שיחה:גילוי מבנה ה-DNA

message: הועבר לעת עתה מהערך עצמו
DNA (ראשי תיבות באנגלית של Deoxyribonucleic Acid, חומצה דאוקסיריבונוקלאית; לעתים בתעתוק שגוי לעברית: דנ"א התעתוק הנכון הוא די-אן-איי) היא מולקולת ענק של חומצת גרעין המורכבת ממיליוני זוגות נוקליאוטידים הבנויים מבחינה מרחבית כשני סלילים המלופפים האחד סביב השני בכיוונים מנוגדים (Anti parallel). יחידות הבסיס של המולקולה  ממוקמות בחלק הפנימי של הסליל, החלק הפונה אל הסליל הנגדי,  ואילו יחידות הפוספט נמצאות בצד החיצוני. כל נוקליאוטיד מורכב משלושה חלקים – סוכר חמש פחמני (דאוקסיריבוז במקרה זה ומכאן השם), קבוצת פוספט ובסיס חנקני (ישנם ארבעה  סוגי בסיסים אשר האותיות הראשונות של שמותיהם,  ידועות כ"אותיות" של ה"קוד הגנטי"  A,G,T,C – אדנין, גואנין, תימין וציטוזין). התימין וציטוזין שייכים לקבוצת הפרמידינים, והאדנין וגואנין לקבוצת הפורינים. מולקולת ה DNA מכילה את כל המידע התורשתי לבנייתם של כל החלבונים בתא, אצל כל האורגניזמים הידועים, החל מחיידקים ועד לבני אדם, ואף בחלק מהנגיפים. ה-DNA מושווה לעתים תכופות למערכת תוכניות, מרשם או קוד מכיוון שהוא כולל את ההוראות הנחוצות לבניית החלבון. כל מקטע משמעותי ב-DNA המכיל מידע לבניית חלבון או הוראות בקרה נקרא גן. רצף הבסיסים המרכיב את מולקולת ה-DNA מקודד גנים שונים.
איתן - שיחה 21:33, 10 במאי 2010 (IDT)
replies: text: : איתן שלום. אולי זה לא מתאים בפתיחה, אבל רצוי לשים את זה היכן שהוא בתחילת הערך. אי אפשר להבין את הדרך לגילוי המבנה המרחבי בלי מושגי היסוד הבסיסיים של איך בנויה המולקולה. יתרה מכך - ההיסטוריה של הגילוי היא ההבנה של המיקום והקשרים שבין החלקים של המולקולה.  דוגמא - שרגף גילה שכמות הפורינים כמעט זהה לכמות הפרימידינים, בכל האורגניזמים שהוא בדק. הוא לא הסיק מזה את המבנה, אבל כל מי שהגיע קרוב להבנת המבנה והחל לשקול את נושא זיווג הבסיסים (כמו פרנקלין וכמובן ווטסון וקריק) עשה שימוש במידע זה כדי לתאר מבנה שיתאים לממצא הזה. לכן, בלי הבנת מהות המבנה, "הסיפור" ההיסטורי יוצא חסר עד בלתי מובן. שחר
replies: text: :: שלום,
replies: text: :: ויקיפדיה בנויה באופן שלכל ערך יש קישורים לערכים מורחבים. הערך DNA קיים בויקיפדיה, כך שהקורא המתעניין בהרחבה יוכל למצוא את מבוקשו. אם מאוד נחוץ ההסבר המקדים, שלב אותו בפרקים הראשונים באופן שישתלב בהם. רצוי לקצר מאוד בתיאורים, כי הקורא מתעניין בתהליך הגילוי ויש להניח פחות במולקולה עצמה. בפתיח שילבתי רק את התיאור הקצר של מה היא המולקולה. איתן - שיחה 06:24, 11 במאי 2010 (IDT)
replies: text: ::: לדעתי בסביבות הפרק "העזרה של ג'רי דונויו ובניית המודל הנכון" צריך לשלב את המידע. יתכן גם שלכתוב פרק מסכם - מה ידוע על המולקולה היום וחלקם של החוקרים בכך. איתן - שיחה 06:34, 11 במאי 2010 (IDT)
מישהו שינה כאן ניסוחים בפיסקה של הניסיון השני לבניית המודל הנכון. הודעה זו מכוונת אליו.
1. אני לא מבין מה התרומה של השינויים הללו לערך, לדעתי כלום ובעצם תרומה שלילית.
2. הטעות של פאולינג אינה רק  "משונה" אלא בלתי יאומן כי זו טעות של לשכוח קיומו של אטום מסוים במולקולה מצד מי שניסח את חוקי הקשרים הכימיים המבוססים על קשרי אטומים. זה דומה נניח שארכימדס יטען שבמשולש יש יותר מ 180 מעלות - בקיצור בלת יאומן. לכן שינוי הניסוח ממש לא מתאים להקשר.
3. השינוי הנוסף חמור יותר מבחינת "הטעות" שבו. ההצעה של פאולינג שימשה לווטסון וקריק לא זרז אלא קריאת השכמה, ואסביר מדוע. זרז אומר שזה זירז אותם לעבוד ולא היא. עד להצעה של פאולינג הם חדלו מלעבוד על ה DNA בגלל הכשלון של המודל הראשון וההוראה של בראג שניתנה להם, וההסכמה הג'נטלמנית שבין בראג לרנדל, לפיה קוונדיש יתמקדו בחלבונים וקינגס בחומצות הגרעין.ההצעה של פאולינג שהגיעה לקוונדיש עוד כטיוטא טרם הפרסום שלה דרך פיטר הבן של לינוס פאולינג שימשה קריאת השכמה כי אחריה בראג הסכים לבקשות של ווטסון וקריק להתחיל לעבוד מחדש על המודל.
4. בהינתן מה שאמרתי בסעיף 1 לעיל, סעיפים 2 ו 3 עוד מקבלים משנה תוקף - אין כאן תרומה יש כאן שינוי  שהוא למעשה מנציח  שגיאה.
שחר

text: בקשר לנקודה 2, אי אפשר לומר "בלתי יאומן" על משהו שקרה. לכן צריך משונה, חסר הסבר או משהו דומה. בקשר ל-3, שינתי את הניסוח שיהיה ברור יותר. גם כאן הייתי מבקש להוריד את הטונים. Dangling Reference - שיחה 17:38, 17 במאי 2010 (IDT)
replies: text: ::הטקסט המופיע בערך הנוכחי, לאחר שעבר "עריכה" של משתמש שנקרא Dangling Reference הוא שגוי ואינו נכון, בעיקר עקב מחיקות של מה שהיה כתוב כאן בתחילה. אני מציין דבר זה למען הרקורד שכן לאור השינויים שנעשו כאן החלטתי להפסיק ולנסות לכתוב ערך זה. Shacharbm - שיחה 12:37, 20 במאי 2010 (IDT)
replies: text: :::אני מציע שלא תתיאש כל כך מהר. אם תנמק מדוע השינויים אינם ראויים, יהיה מי שיתקן זאת (אולי אפילו תשכנע את Dangling Reference). דוד שי - שיחה 19:43, 20 במאי 2010 (IDT)

text: ::אני אנסה להסביר, חלק מהדברים.

text: :: 1. כאשר כותבים בפתח הערך (או בכל מקום אחר) את המשפט הבא - "גילוי מבנה הסליל הכפול עם בסיסים משלימים הוביל גם לדרך שבה מולקולת DNA משתכפלת ובפרט עוברת מדור לדור, על ידי הפרדת שני הסלילים ובניית המשלימים להם" הדבר מעיד על חוסר הבנה בסיסית של מה מדובר. ישנו הבדל משמעותי ביותר בין "ההשתכפלות" של המולקולה (בשפה המקצועית - שעתוק), לבין מעבר מדור לדור!!!מבנה הסליל איפשר להבין את השעתוק שהוא על ידי פתיחת הקשרים שבין הסלילים, העתקה של סליל אחד על ידי RNA ואותו RNA (נתעלם לצורך ההסבר מסוגיו השונים) מגיע לריבוזום (עדה יונת כמובן..) שם הריבוזום בונה את החלבון בהתאם לסדר האותיות של ה RNA אשר מכתיב את סדר (וכמה) החומצות האמיניות של החלבון הנוצר. אין לכל התהליך הזה ולמעבר "מדור לדור" דבר וחצי דבר. ה DNA עובר מדור לדור פשוט כי כל תא מכיל את ה DNA של התא הקודם שלו שהתחלק, ובתאי מין זה הצירוף של הכרומוזומים מתא האם ותא האב.

text: :: 2. כאשר מוחקים את הטקסט הבא - "באחת הטיוטות הקודמות של המאמר, באותה פסקה אחרונה, שמה של פרנקלין כלל וכלל לא נזכר. באותה גרסה (משנת 1953 – התאריך המדויק אינו ידוע אך מדובר ככל הנראה בחודש מרץ) נכתב כך: + We have also been stimulated by the very beautiful experimental work of Dr. H. F. wilkins and his co-workers at kings college, London.  + ככל הנראה, שמה של פרנקלין הוסף לקראת הגרסה האחרונה אשר נשלחה לפרסום.   + ראוי לציין עוד כי כאשר בוחנים את שתי הגרסאות של אותה פסקת סיום (זו שבטיוטה וזו שפורסמה לבסוף) מבחינים שבגרסה המוקדמת יותר (שפרנקלין נעדרת ממנה) נעשה שימוש במילת התואר "יפה" לציון העבודה המדעית של קינגס קולג': "..."…the very beautiful experimental .  + לעומת זאת בגרסה שפורסמה הושמט מונח זה. אפשר להניח כי הכוונה המקורית שלהם במילה "יפה" הייתה דווקא או במיוחד, לצילום מס' 51 של מולקולת ה-DNA שנעשה על ידי פרנקלין, ואשר הוביל במידה לא מועטה להבנת המבנה על ידי ווטסון וקריק. אין זה מפתיע כי מי שביקש מקריק לשנות את פסקת הסיום, למחוק את המילה "יפה" ולכתוב במקומה את הנוסח שפורסם לבסוף (knowledge of the general nature of the unpublished) הוא לא אחר מאשר וילקינס עצמו, והטעמים לכך ברורים למדי." וכותבים עליו שהוא נמחק כי הוא ספקולטיבי הרי שזה מעיד על (בלשון המעטה) חוסר רצינות. אף אחד לא טען כי זו הייתה הכוונה המפורשת שלהם שנאמרה על ידם  לשנות מיפה לידע כללי  (לכן נכתב  בזהירות - אפשר להניח). אלא מאי - בהינתן שווילקינס קיבל מהם את טיוטת המאמר טרם הפרסום (זו שהתייחסתי אליה) ובהינתן שהוא ידע (מה שפרנקלין לא ידעה) שהוא הראה לווטסון את תצלום 51 שלה, ובהינתן שוילקינס הציע לקריק לשנות את הניסוח של אותה פיסקה במאמר  (ראה לענין זה אצל אולבי the path to the duoble helix 1974 בעמוד 418), בהינתן כל אלו הרי שמדובר לכל הפחות ב"השערה סבירה". ועוד סיבה מדוע ראויה השערה זו לאזכור. כמעט כל מהותה של רוזלינד פרנקלין במבט לאחור  היא של "זו שגנבו ממנה", מכאן שכל פרט שיש בו להצביע על הניסיון להסתרה הינו חשוב ומהותי, שאחרת מה בדיוק הקשר שלה לגילוי? אם לא שני הדברים המהותיים האחד - התרומות שלה, ושניים - הניסיון  להסתיר זאת שנים רבות, דבר שהחל כאמור כבר במאמר דנן.

text: ::3. במובן קצת יותר פילוסופי - איני טוען לקבלת כל מה שאני כותב כאן במסגרת "הטיעון מן הסמכות". אולם לפני שמתיימרים לכתוב דברים לא נכונים, למחוק דברים ראויים, להתיימר לומר עליהם שהם ספקולטיביים, מתבקשת מידה של צניעות מחד, ושל ידע מבוסס על לימוד מאידך ביחס לנושא שבו עוסק הערך. לצערי אותו כותב שהוציא לי החשק מלהמשיך ולכתוב, לא ניחן בשתי תכונות אלו (ביחס לנושא דכאן) ואיני מוצא לנכון לנהל דיונים על דברים כגון דא ולנסות לשכנע. אמרתי את שאמרתי ותודה על תשומת הלב.
replies: text: :::אני לא אדון עם מי שלא רוצה לדון עמי. פירטתי מעט על משמעות גילוי המבנה להבנת התהליכים הבסיסיים והפניתי לערכים הדנים בזה. Dangling Reference - שיחה 20:01, 25 במאי 2010 (IDT)

message: לדעתי יש להוסיף סקירה מקדימה על גילוי תאי החיים, ולאחר מכן גילוי הגרעינים שבתא, מבניהם הכימי ופעולתם בהתחלקות תאים ובהפריה בין תאי זוויג. כמו כן, הערך מקצר בסדרת הגילויים שתרמו להבנת הDNA ומתמקד בעבודתם של הצמד, ובעיקר בתיקון העוול שנעשה לפרקלין. אני חושב שאם הערך יציג גם את הרקע שקדם להבנה שיש בכלל חומצת גרעין (שציינתי במשט הראשון; גילוי תא וגרעין), וכמו כן אם הערך ירחיב יותר על סדרת הגילויים שאפשרה את עבודתם של בני המאה ה-20, ויקצר מעט בהתמקדות היתר שציינתי - יהיה לנו ערך מקצועי יותר, שיצדיק יותר את הכותרת "גילוי מבנה הDNA". ‏Rex‏ • שיחה 16:50, 25 בספטמבר 2010 (IST)
thread_title:  מבנה הערך 

message: לכולם יש את אותו דנא 81.218.254.118 01:39, 16 באוקטובר 2022 (IDT)
thread_title:  דנא 

message: יש עוד נוסף לפרנקלין לדוגמה חוקי צ'ארגף מ1950 אבל ההבדל שלולא פרנקלין לא היו מגיעים למבנה הDNA. ווטסון כותב בסיפרו הסליל הכפול ששכנו לחדר דונוהיו תיקן לו את קשרי המימן ורק כך איפשר לווטסון להגיע למבנה הנכון. 
שלושה ביולוגים פרסמו ב1944 הוכחות ניסוייות שהחומר התורשתי הוא DNA ולא חלבון. ב1948 הציע פאולינג את מנגנון השיכפול הדו גדילי. ללא פירוט מבנה אבל נטש את הצעתו לאחר מכן. וילקינס הגיע לצילומי רנטגן טובים אך לא מספיק טובים. פרנקלין מצאה שיש שני סוגי מבנה ויש להפרידם ולצלם כל אחד בנפרד. היו לה את צילומי הDNA הכי מדויקים אבל היא לא הצליחה להסיק מהם את מבנה הDNA כי יחסה חשיבות לאחד מהם ולא לשני אותו חמד וטסון ובו נעזר למציאת המבנה הנכון ב1953. ספק רב מאוד אם היתה מגיעה למבנה הנכון על אף הצילומים שעשתה הן כי יחסה חשיבות לצילום הלא נכון והן כי סירבה לנחש מבנים שיתאימו לצילומיה והן כי התנגדה באופן מוחלט למבנה סלילי של שרשרת מולקולת הDNA. התיאור כאילו היא מצאה וגנבו לה זו הוצאת דיבה. היא לא טענה זאת. זה היה יותר מורכב מאשר תיארתי כאן. בכל מקרה פרנקלין תכננה לעבור למוסד אחר ולהשאיר את מחקרה למוסד בו עבדה וכך עשתה.Greenantilope ⁃ שיחה 13:28, 29 במרץ 2024 (IDT)
replies: text: בספרו הסליל הכפול ווטסון מגלה גם על דרכים ממוזלות בהן הגיעה אליהם אינפורמציה. שיחה עם צ'ארגאף. היה ברור שלפרנקלין היה את מירב הידע בעקבות מאות הצילומים שביצעה וקראו לה ולוילקינס לבדוק מודל ראשוני שעשו והיא פסלה והסבירה למה. ואז קיבלו מבנו של פאולינג שישב באותו חדר איתם את טיוטת המאמר ששלח לפירסום עם אותו מודל מוטעה. פרנקלין נדרשה לדווח על עבודתה והממונים עליה הראו זאת לווטסון כולל הצילומים. הצילומים כיוונו את ווטסון לשקול אפשרויות. שכנם לחדר דונוהיו פסל אפשרויות מוטעות עד שווטסון שם לב לאחת האפשרויות שלא נפסלו והתאימה לחוקי צ'ארגאף ודונוהיו אישר אותה. שוב קראו לפרנקלין לבדוק והפעם היא אישרה. Greenantilope ⁃ שיחה 14:50, 29 במרץ 2024 (IDT)
thread_title: עוד עובדות