שיחה:תאחיזה לא שוויונית

message: אני בדיוק בעבודה על הערך תאחיזה ובמקרה הגעתי לערך זה. לא שמעתי עד כה על המושג "תאחיזה לא שוויונית" ומהערך הזה לא הבנתי כלל מה זה / מה ההבדל בין זה לפשוט "תאחיזה". בברכה, ‏Almighty ~ שיחה 03:40, 21 ביולי 2007 (IDT)
replies: text: אפילו אני הקטן שמעתי על תאחיזה לא שוויונית. נדמה לי שהפיסקה הפותחת ב-:en:Linkage disequilibrium (תאחיזה לא שוויונית) מסבירה את ההבדל בינה לבין תאחיזה סתם (Genetic linkage). כמובן שנצטרך לקשר בין שני הערכים ולהסביר בעברית צחה מה ההבדל ביניהם.

text: וחוצמזה, השבתי לך בדף שיחתי. ליאור ތޮ 06:25, 21 ביולי 2007 (IDT)
replies: text: :המושג "תאחיזה" מדבר על מרחקים גנומיים, על הקשר בין לוקוסים הנמצאים על אותו כרומוזום ועל הסיכוי הקטן ככל שהמרחק גדל על פני הכרומוזם, שהאללים בשני לוקוסים יועברו יחד לצאצא. המונח "תאחיזה לא שוויונית" מדבר על הקשר בין האללים השונים של הלוקוסים הנ"ל, ומה שקורה בתנאי תאחיזה והסטוריה אוכלוסייתית מסויימים. כלומר התאחיזה בין שני גנים היא דבר קבוע בזמן, ותלוי במיקומם הגנומי. תאחיזה לא שוויונית הוא מצב שנוצר עקב מוטציה בגן כזה (יצירת אללים שונים), והולך ודועך/משתנה עם הזמן בתלות בזמן, גודל האוכלוסיה, התפלגותה מבחינת האללים השונים דפוסי הזיווג באוכלוסיה וכו'. בהתאם לכך, תאחיזה לא שוויונית, במידה וקיימת, מספקת אינפורמציה על האוכלוסיה, על הסטורית המוטציה, או לחילופין, על המרחק בין הלוקוסים אם זהו הנעלם במשוואה. מקווה שזה עונה על שאלתך, אבדוק מה ניתן לשפר בערך כדי להבהיר זאת. בברכה, ST∙אסתר 13:26, 21 ביולי 2007 (IDT)
replies: text: ::חידדתי את ההגדרה במבוא, אבל לדעתי הפסקה הראשונה לאחר המבוא מבהירה מהי התאחיזה הלא שוויונית ומי שיודע מהי תאחיזה מבחין בהדבל. בכל מקרה אשמח להערות נוספות. ST∙אסתר 13:34, 21 ביולי 2007 (IDT)

text: :אני משער ש"לוקוס" זה "אתר גן" (נכון?). אני לא בטוח שהבנתי מדויק, תאחיזה לא שוויונית מודדת בעצם את כמות הכרומוזומים בעלי שני האללים המקוריים שבתאחיזה (כלומר, באתר 1: האחד שהיה בזמן המוטציה + באתר 2: החדש שנוצר עקב מוטציה) לעומת הכרומוזומים הרקומביננטיים שהאללים המקוריים נפרדו? אני מצטער אבל מהערך הכתוב זה כלל לא מובן. צריך להסביר את זה כמו לילדים קטנים בגן, כי לא רק ביולוגיים/גנטיקאים קוראים ערך זה וצריכים להבין מה ההבדל. בברכה, ‏Almighty ~ שיחה 22:57, 22 ביולי 2007 (IDT)
replies: text: ::לוקוס זה אתר, יכול להיות של גן אבל לאו דווקא (למשל של סמן גנטי).

text: ::תאחיזה לא שוויונית נמדדת על פני אוכלוסיה. מה שנמדד זה הפער בין התפלגות ההפלוטיפים (האללים בשני אתרים או יותר) במדגם האוכלוסייתי, לבין ההתפלגות לפי ההנחה שאין תלות בין האתרים. אני מצטערת, אבל אי אפשר להסביר את זה כמו לילדים בגן, כי זה לא חומר לגן. זה אפילו לא בהכרח לתואר ראשון בביולוגיה. זה באמת חומר מתקדם למדי ודורש ידע מוקדם בגנטיקה (ואולי גם קצת מונחים סטטיסטיים). ST∙אסתר 22:47, 23 ביולי 2007 (IDT)
replies: text: :::עדיין, לפי דעתי, דף השיחה הזה ברור יותר מהערך, ולא נראה לי שזה אמור להיות כך. גם לא ציינת כלל את המושג "הפלוטיפ" בתוכן הערך. אני מציע להרחיב בצורה ניכרת את המבוא, כך שמי שיש לו רקע מסוים ויודע מה זה "גן", "אלל", "לוקוס", "תאחיזה" (ויִדע מהערך הזה בדיוק מה זה "הפלוטיפ"), יבין את הערך וידע מה זה "תאחיזה לא שוויונית". אני בינתיים לא רואה את עצמי בקבוצת האנשים הזו. בברכה, ‏Almighty ~ שיחה 23:24, 23 ביולי 2007 (IDT)

text: :::מותר לי לנסות לשפר קצת את הערך? ‏Almighty ~ שיחה 23:25, 23 ביולי 2007 (IDT)

text: ::אני לא חושב שנגיע לשום מקום אם סתם נשחזר את עריכותיו של השני. מה הייתה בדיוק הבעיה בעריכה שלי? ‏Almighty ~ שיחה 23:26, 25 ביולי 2007 (IDT)
replies: text: :::ראשית אני מתנצלת שלא הסברתי יותר בפירוט קודם לכן:

text: :::#המשפט שהשמטת נחוץ להבנה של "לא ביולוגים או גנטיקאים" כפי שקראת להם. לשלוח אותם לקרוא ערך אחר כדי להבין מילה במבוא לא תורם לפישוטו של הערך וזה מקובל ורצוי לתת הסבר קצרצר למושגים לא טריוויאלים.

text: :::#החלק שהוספת הוא פשוט לא נכון - שני גנים יכולים להיות בתאחיזה ועדיין שלא יהיה LD בין האללים שלהם באוכלוסיה כלשהי. יש הבדל בין התפלגות אקראית של האללים לבין המיקום של שני הגנים זה בקרבת זה.

text: :::אני אנסה לשפר עם הזמן לפי נקודות שהעלת בשיחה. גם אתה כמובן מוזמן לערוך, אבל אל תעלב אם אני משחזרת או משנה - זה באמת חומר מתקדם והדקויות פה חשובות. ST∙אסתר 23:48, 25 ביולי 2007 (IDT)

message: תאחיזה לא שיוויונית אינה קרובה בהכרח לתאחיזה רגילה- בנוסף על כך, הקשר הוא לא הבין שני אללים על אותו הכרומוזום אלא ע"פ כל הגנום (ראה וויקיפדיה האנגלית) יש לתקן זאת, נאי מוסיףפ מידע מקצועי למקרה שלמישהו יהיה כח לתרגם
Linkage disequilibrium (LD):  The statistical association between alleles at two or more sites (SNPs) along the genome in a population.  Irrespective of the starting genetic composition of a population, over time, the frequencies of the four possible haplotypes AC, AG, GC and GG are expected to become the numerical products of the constituent allele frequencies, that is, reach an equilibrium state.  Any departure from this state is called disequilibrium and defined as D = P(AC)P(GG) – P(AG)P(GC) (using the above example) where P(.) refers to the frequency of that haplotype.  LD is commonly measured by the statistic D’, which is the absolute value of D divided by the maximum value that D could take given the allele frequencies; D’ ranges between 0 (no LD) and 1 (complete LD).  LD decays depending on the rate of recombination between the SNPs.  Thus, the patterns of genomic recombination, and the occurrence of recombination hotspots and coldspots, affect the decay of LD and its local patterns.  When two SNPs are in strong linkage disequilibrium, one or two of the four possible haplotypes may be missing.  Another way of measuring LD is by the coefficient of determination between the two alleles of the two SNPs, a statistic called r2.  The value of r2 (the square of the correlation coefficient) lies between 0 and 1 and its maximum possible value depends on the MAFs of the two SNPs.  It has been used because its theoretical properties have been well studied and, most importantly, because it measures how well one SNP can act as a surrogate (proxy) for another.
thread_title:  תאחיזה לא שיוויונית- טעות בפתיחה