Discussion:Bio-informatique

message: J'ai noté que l'article parlait de la modélisation moléculaire et de la dynamique moléculaire comme composantes de la bioinforamtique. Personnellement, je trouve ça bizarre. Ces 2 disciplines (modélisation dynamique moléculaires) seraient plutôt de la biophysique et de la modélisation (au sens large). Il s'agit pas tellement d'un traitement de l'information biologique mais plutôt de la construction de modèles prospectifs. A moins que l'on ne cherche à déterminer la structure à partir de la séquence. Dans ce cas, ça me parait effectivement plus proche de la bioinformatique
83.159.12.197 10 décembre 2005 à 02:04 (CET)
replies: text: J'ai effacé la phrase sur la dynamique moléculaire dans la partie modélisation moléculaire. Je pense qu'effectivment, il ne s'agit pas de bioinformatique. J'ai également rajouté la seonde adresse web du Pôle BioInformatique Lyonnais qui est un regroupement de principalement 2 labos (Université Lyon 1 et CNRS).
Foobar 10 mai 2006 à 15:57 (CEST)

text: C'est logique, sauf que là, ce n'est pas "oin", mais "ioin", qui ne laisse pas vraiment d'ambigüité; il faudrait être vraiment tordu pour ne pas faire la diphtongue "i-o" pour privilégier "oin", non? microinformatique se lit bien "mi-croin", mais bioinformatique ne m'a jamais posé de problème, personnellement... Enfin j'ai pigé l'argument, ça se tient. Arnaudus 4 mai 2004 à 22:29 (CEST)
thread_title:  Qu'est-ce qui est de la bioinformatique, qu'est-ce qui n'en n'est pas 

message: La phrase suivante :
En supposant que les séquences de gènes homologues trouvées chez deux espèces proviennent d'un même gène ancestral présent chez la dernière espèce ancêtre commune à ces deux espèces, on peut quantifier la distance génétique entre ces deux espèces. Cette distance génétique est représentée par le nombre de mutations qui séparent les gènes de ces deux espèces, du gène ancestral.
me parait incorrecte. En effet, des séquences de "gènes homologues" sont des séquences qui ont un ancêtre commun. La proposition "en supposant que les séquences de gènes homologues [...] proviennent d'un même gène ancestral" semble erronée (ce n'est pas une supposition, c'est une définition). Pour autant, je suis plus informaticien que biologiste :)
--Manproc 19 juin 2006 à 12:33 (CEST)
replies: text: Je suis tout a fait d'accord. Plus généralement, il ne faut pas confondre homologie et similarité. Deux séquences similaires ne sont pas forcément homologues, c-à-d qu'elles ne proviennent pas forcément d'un ancêtre commun. -- Foobar 20 juin 2006 à 21:47 (CEST)
thread_title:  Définition de l'homologie 

message: Bonjours, je viens de relire l'article Bio-informatique et je constate une nette dérive des liens externes: il y en a plus que de mot dans l'article quasiment!. Idéalement, les liens externes ne devrait contenir que ce qui à réellement servi à rédiger l'article et non pas être une simple liste de lien comme dans DMOZ. Bref, un lien externe n'est pas là pour servir de jolie image d'illustration. Je propose donc de supprimer purement et simplement tout les liens externes à l'exception peut être d'un lien vers le NCBI et/ou l'EMBL qui sont les 2 grosses références mondiales en matière de ressources en bio-informatique. Si l'on doit mettre chaque Master, chaque labo, chaque chercheur qui fait un peu de bio-info, l'article perdra toute pertinence. Avant de me répondre, n'oubliez pas de lire la page d'aide consacrée aux liens externes -- Foobar 24 septembre 2006 à 00:41 (CEST)
replies: text: Voila, j'ai fait un petit (gros) nettoyage. N'ayant pas recu de commentaires suite a ma proposition, j'ai essaye de couper la poire en deux en ne gardant que les liens liens me semblant les plus representatifs (notamment ceux cites dans l'article). Je pense que l'on peut encore en enlever. -- Foobar 4 octobre 2006 à 18:26 (CEST)
thread_title:  Liens externes 

message: La Bio-informatique, que je pratique depuis ses débuts il y a 25 ans, est une discipline en évolution rapide et je trouve à la fois que la structure de cet article ne reflète pas l'état actuel de ce champ et est trop restrictive par certains aspects. Aujourd'hui la bio-informatique comporte trois sous-disciplines :
*La bio-informatique des séquences, qui traite de la manipulation des séquences biologiques (ADN et protéine) : comparaison alignement, assemblage, évolution...
*La bio-informatique des structures, qui traite de l'analyse des structures (analyse et prédiction de repliement, docking...).
*La bio-informatique des réseaux, qui traite de l'analyse des réseaux métaboliques, des réseaux génétiques, des réseaux d'interactions moléculaires, cellulaires. C'est une discipline émergente et active, poussée par la nécessité d'interpréter de manière globale les résultats des approches "-omiques" (génomique, transcriptomique, protéomique...). Ce dernier champ est peu ou pas traité dans l'article et c'est l'un des plus actifs à l'heure actuelle.
Ces différents champs ne sont pas si cloisonnés qu'il peut apparaître au premier abord. Pour la prédiction de structures de protéines, les méthodes les plus avancées utilisent de manière courante outils de la bio-informatique des séquences (alignements multiples, analyse des substitutions d'acides aminés). Pour annoter les génomes, on utilise désormais une combinaison des trois approches : l'analyse des séquences pour découvrir des parentés évolutives, l'analyse structurale pour essayer de prédire des fonctions à des gènes inconnus, l'analyse des réseaux pour comprendre l'intégration de tel gène dans tel boucle métabolique (profil caractéristique d'expression tissulaire, réponse coordonnée à tel type de stimulus ou de stress).
La dynamique moléculaire est aussi un outil qui, à mon sens, fait partie intégrante de la panoplie du bio-informaticien. Elle est absolument nécessaire pour un certain nombre d'approche structurales in silico : affinement de prédictions structurales à partir des séquences, criblage virtuel de ligands... C'est certes une technique issue initialement de la chimie théorique, mais que se sont appropriée les bio-informaticiens, comme ils se sont approprié la programmation dynamique ou les chaînes de Markov, issues de l'informatique ou des maths appliquées.
Je propose donc que l'on restructure cet article suivant le plan en trois parties énoncé ci-dessus.
--Fdardel 23 septembre 2007 à 11:01 (CEST)
thread_title:  Structure de l'article et définition du champ 

message: Bonjour, l'illustration BDI me semble étrangement placée : dès le début de l'article, et en très gros, alors qu'il semble être question d'un sous-domaine de la bioinformatique... --Roll-Morton (discuter) 31 mai 2015 à 23:13 (CEST)
thread_title:  Illustration BDI