Discussion:Gène/Archive 1

message: Une liste de termes dérivés du mot gène est apparue dans l'article. Même si elle contient de nombreuses informations, elle est inutilisable en l'état, car les définitions sont incompréhensibles, même pour un biologiste (elles sont justes et techniques, mais le vocabulaire employé est beaucoup, beaucoup trop "jargon de laboratoire"). Si des volontaires peuvent m'aider à wikifier ou à enlever les définitions les moins utiles... Arnaudus 17 nov 2004 à 22:19 (CET)
replies: text: D'accord sur la nécessité de rendre certaines définitions plus lisibles, mais est-ce une bonne chose de supprimer les définitions très spécialisées alors qu'elles sont justes ? Il y a dans Wikipédia de nombreux passages sur les maths que je ne comprends pas, mais ce n'est pas une raison pour les effacer.  Spicalioth 17 nov 2004 à 22:43 (CET)
replies: text: À mon avis, il y a un tri à faire. Quelque chose comme gène candidat positionnel par cartographie comparée me semble un peu tiré par les cheveux. Ce n'est pas un "type de gène", c'est une phrase, comme si on disait que "route à double sens de couleur bleue avec un terre-plein central planté de buissons verts" était un "type de route"... Arnaudus 18 nov 2004 à 09:47 (CET)
thread_title:  Liste des termes dérivés 

message: J'ai réverté deux modifications de 82.120.66.127 .
La première : retrait du § sur Dawkins et le gène égoïste. Même si c'était maladroit ici, je trouve que c'était justifié. Je n'aime pas quand des informations sont supprimées sans justification.
La deuxième : 82.120.66.127 avait modifié le nombre de gènes humains de 30 000 à 20 000. Or, dans une grande référence assez récente (Lander et al., Nature, 2001 409:860-921), on peut lire There appear to be about 30000-40000 protein-coding genes in the human genome. Je ne compte pas changer le chiffre de 30000 sans discussion préalable, cette référence (article initial sur le séquençage du génome humain) fait foi dans le milieu scientifique.
Arnaudus 2 nov 2004 à 10:12 (CET)
replies: text: Nouveau révert aujourd'hui. Mêmes raisons : manque de source. Pourquoi 20 000 gènes? Le papier initial annonçant le séquençage du génome en dénombrait 30 000, et ce, après séquençage. Donc dans le doute, sans sources, je réverte. Arnaudus 29 mai 2005 à 19:10 (CEST)
thread_title:  Révert du 02/11/04 

message: Cette discussion commence à me casser les pieds, elle n'est pas constructive. En plus, c'est très dur à suivre, la mise en page est cahotique (cf le revert de R). Je propose un résumé :
=== Définition de génome ===
* Nikoo propose : "le génome est l'ensemble des gènes d'un organisme". Arguments :
** C'est logique (gènes -> génome)
** Argument d'autorité (je ne suis pas sûr que ça soit recevable dans Wikipédia)
* Arnaudus propose "le génome est l'ensemble de l'ADN d'un organisme". Arguments :
** C'est la définition proposée dans la page génome
** C'est la définition qui est utilisée par de nombreux scientifiques : séquençage du génome, plasticité du génome, taille du génome...
** Une recherche sur Google.fr (génome définition) donne : 
*** http://www.genomequebec.com/asp/dirUtilitaires/glossaire.asp?alpha=g&l=f "Ensemble du matériel génétique dun organisme, y compris ses gènes."
*** http://www.vetofish.com/definition-1185-Génome.html "Ensemble du matériel génétique contenu dans une cellule. Il se présente sous la forme d'une longue molécule, l'ADN, logée dans le noyau de chaque cellule de l'organisme."
*** www.igh.cnrs.fr/perso/isabelle.touitou/cours/p2genome.pdf "Ensemble de linformation génétique dun organisme.[...] Par extension, le génome se réfère aussi au support physique de cette information génétique, cest-à-dire la macromolécule dADN."
*** Malheureusement, Nikoo définit le terme de matériel génétique en faisant référence aux séquences transcrites (c'est à dire les gènes). 
** Voici la définition proposée dans le livre Génétique et évolution (M. Solignac, P. Périquet, D. Anxolabehère, C. Petit) : Le génome de chaque espèce [...] n'est pas un simple assemblage de fonctions codantes entassées pêle-mêle [...], mais un ensemble de gènes, de séquences régulatrices et de séquences non codantes, [...].. Les quatre auteurs sont des professeurs d'universités française. 
** Je me sens au moins aussi compétent que Nikoo dans ce domaine, si ce n'est que j'ai évité d'indiquer mon activité sur ma page perso. Les remarques du style "j'espère que tu n'es pas biologiste" ou "je crois que tu ne sais pas de quoi tu parles" ont le don de mettre entre parenthèses ma neutralité de point de vue. J'aimerais qu'on parle de faits, de références précises. 
Je vais essayer d'être neutre. Je propose que ces deux définitions soient décrites dans la page génome (c'est un autre problème). Quoi qu'il en soit, je pense que dans les autres pages, on devrait utiliser la définition courante.
=== Gènes et séquences protéiques ===
On est presque d'accord. Ca devrait bien se passer.
=== Gènes et caractères ===
Je (Arnaudus) reproche à Nikoo un manque de rigueur dans le vocabulaire. Par exemple, "Un gène code pour un caractère" -> "un gène code pour une protéine", ou "un gène détermine un caractère". "un gène code pour un ARNt" -> "un gène est transcrit en ARNt", la transcription n'est pas un décodage, et une séquence codante n'est pas la même chose qu'une séquence transcrite. Les mots ont des significations, on a le droit de les changer, mais il faut expliquer pourquoi. Code != information, par exemple. Sinon, pourquoi existerait-il deux mots? J'attends de Nikoo qu'il définisse les termes qu'il emploie, afin de pouvoir déterminer si nous sommes en désaccord sur le fond ou sur la forme. Par la même occasion, on avancera sur les articles allèle, caractère, déterminisme génétique, génotype, phénotype. Pareil, pour toute définition différente, on cite une source (et pas "c'est comme ça que tout le monde dit"). 
Par ailleurs, nous avons un vrai problème de fond sur gène <-> caractère. La relation 1-1 proposée par Nikoo me semble une approximation "de tous les jours" quand on fait de la génétique formelle, mais elle est insoutenable, du constat même qu'il existe un nombre fini de gènes et un nombre infini de caractères (les maths sont loin, mais je crois bien qu'il est impossible d'avoir une bijection entre un ensemble fini et un ensemble infini). Arnaudus 20 fév 2004 à 19:04 (CET)
thread_title:  Résumé 

message: Je (Arnaudus) reproche à Nikoo un manque de rigueur dans le vocabulaire. Par exemple, "Un gène code pour un caractère" -> "un gène code pour une protéine", ou "un gène détermine un caractère". "un gène code pour un ARNt" -> "un gène est transcrit en ARNt", la transcription n'est pas un décodage, et une séquence codante n'est pas la même chose qu'une séquence transcrite. Les mots ont des significations, on a le droit de les changer, mais il faut expliquer pourquoi. Code != information, par exemple. Sinon, pourquoi existerait-il deux mots? J'attends de Nikoo qu'il définisse les termes qu'il emploie, afin de pouvoir déterminer si nous sommes en désaccord sur le fond ou sur la forme. Par la même occasion, on avancera sur les articles allèle, caractère, déterminisme génétique, génotype, phénotype. Pareil, pour toute définition différente, on cite une source (et pas "c'est comme ça que tout le monde dit"). 
Par ailleurs, nous avons un vrai problème de fond sur gène <-> caractère. La relation 1-1 proposée par Nikoo me semble une approximation "de tous les jours" quand on fait de la génétique formelle, mais elle est insoutenable, du constat même qu'il existe un nombre fini de gènes et un nombre infini de caractères (les maths sont loin, mais je crois bien qu'il est impossible d'avoir une bijection entre un ensemble fini et un ensemble infini). Arnaudus 20 fév 2004 à 19:04 (CET)
thread_title:  Gènes et caractères 

message: J'ai modifié l'article sur les gènes pour le rendre plus homogène et plus précis. Certains paragraphes m'ont cependant semblé, disons, très flous, voire inexacts. Je les ai donc supprimés, mais je les recopie ici :
La correspondance non équivoque entre une séquence de l'ADN et la synthèse d'une protéine d'une part, et d'autre part la correspondance entre la présence de cette protéine et un caractère visible (couleur des yeux), reste un cas assez rare d'organisation de l'ADN.
L'analogie avec un "code" est d'ailleurs impropre car on a découvert dans les années 1960 (travaux de François Jacob et François Gros notamment) que la synthèse d'une protéine n'est pas toujours le fait d'un gène unique, et qu'un gène ne correspond pas toujours à la synthèse d'une et d'une seule protéine. De plus, des facteurs externes à la cellule interviennent également dans le processus de synthèse.
Nikoo
Je suis d'accord avec les suppressions : 
du paragraphe "la correspondance...." : n'apporte rien.
du paragraphe "l'analogie...." : c un cas particulier. 
Mais peut être réinséré justement par son caractère particulier pour montrer la complexité du vivant.
En fait, ce n'est pas que "synthèse des protéines n'est pas toujours le fait d'un gène unique". C'est que certains objets, que l'on considéraient comme étant une seule protéine (ex: l'ATP synthase mitochondriale, le ribosome, etc...) sont en fait des complexes multiprotéiques codés par plusieurs gènes (ben oui, puisque chaque sous-unité du complexe étant codée par un gène). 
Donc ça n'enlève en rien que un gène-> une protéine.
Bon évidemment, il y a pleins de cas particuliers, avec certains virus notamment, qui synthétisent des polyprotéines à partir d'un seul gène et qu'ils clivent par la suite, mais tout ceci peut-être mis dans un encart de cas particuliers intéressant.
: Mhhh... 1 gène (pas tous, pas les ARNt ou ARNr par exemple) -> 1 chaîne polypeptidique... Après, plusieurs chaînes peuvent s'assembler pour former une protéine (c'est la structure quaternaire). L'hémoglobine est une protéine, elle est portant formée de 2x2 chaînes polypeptidiques. D'autres chaînes sont trop courtes pour être appelées "protéines" et sont appelées "peptides", comme l'insuline. On a donc un gène, celui de l'insuline, qui code pour une chaine d'acides aminés qui n'est pas une protéine. La simplification 1 gène -> 1 protéine ne fonctionne donc pas dans tous les cas. Arnaudus 19 fév 2004 à 23:36 (CET)
thread_title:  Réécriture ''from scratch''