Discussion modèle:Graphique prévalence coronavirus

message: Si je comprends bien ce graphique, les points de la courbes sont tracés à partir des données de CSSEGISandData. Il faut enregistrer un fichier par jour, puis y chercher les donnés pour chaque pays. Vu le temps que ça prend, je n'ai pas sorti les chiffres pour la France et des autres pays pour voir si mon résultat donne le même graphique affiché ici.
Par contre, je me demande comment CSSEGISandData calcule son chiffre de "cas confirmés" - "nombre de décès" - "nombre de guéries".
CSSEGISandData donne pour la France métropolitaine au 24.03.2020 : 22 304, or santepubliquefrance donne 22 302 pour la France métropolitaine + domtom dont 22 025 pour la France métropolitaine. 
Si je prends santepubliquefrance 22 025 moins le nombre de décès et de guéris : ça fait 22 025 - 1100 - 3281 = 17 644. Alors pourquoi CSSEGISandData est quasiment au même chiffre de cas France métropolitaine + domtom ? 
C'est dommage que CSSEGISandData n'affiche pas ses chiffres utilisés pour les "cas", pour les "décès" et pour les "guéris". À mon avis, il faudrait l'écrire.
Enfin est-on vraiment sûr que CSSEGISandData procède à ce calcule de "cas" - "décès" - "guéris" ? J'ai été voir sur leur site, mais j'ai rien vu.
--Viruscorona2020 (discuter) 26 mars 2020 à 03:51 (CET)
replies: text: J'avais aussi identifié ces légers écarts. J'avais commencé à les « corriger » en croisant plusieurs sources, mais le résultat final a été une dégradation au lieu d'une amélioration. À ce stade, il me semble donc que le plus important est la cohérence interne. Peut-être que En rouge a plus d'infos sur l'obtention des données, et peut apporter des éléments sur la qualité de la source… Pour moi les écarts viennent probablement d'une heure de clôture différence : aux États-Unis, ils ne sont pas censés boucler les comptes pour le JT de 20h. Borvan53 (discuter) 26 mars 2020 à 10:00 (CET)

text: Bonjour à tous les deux. A jour du 6 avril pour CSSEGISandData  le nombre de "cas confirmés" = cas confirmés en hôpital + cas confirmé en ESMS (soit le nombre dans le carré bleu ciel + le nombre dans le carré bleu foncé sur https://www.santepubliquefrance.fr). Le nombre de "décès" correspond au nombre inscrit dans le carré rouge. Le nombre de "guéris" correspond au nombre dans le carré vert ("retour à domicile après hospitalisation").DafWiki22 (discuter) 7 mars 2020 à 17:29 (CET)
thread_title:  Méthodologie de CSSEGISandData 

message: Comme vous pouvez le constater la courbe suisse a brusquement inversé sa tendance le 27 mars. Cela est dû à la mise à jour des données de l'université Johns-Hopkins (https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/tree/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_daily_reports) sur le nombre de guéris qui n'était pas actualisé depuis un certain temps. 
Mais ces chiffres ne semblent pas vérifiables car l'office général de la santé publique (https://www.bag.admin.ch/bag/fr/home/krankheiten/ausbrueche-epidemien-pandemien/aktuelle-ausbrueche-epidemien/novel-cov/situation-schweiz-und-international.html#1164290551) ne communique pas de valeurs de guérisons.
Je m'interroge la possibilité d'utiliser la source officielle au lieu de CSSEGISandData pour la Suisse, ou de lisser par extrapolation la progression des guérisons dont la dernière actualisation datait du 21 mars. 
:J'ai été également surpris. Je pense que l'aspect de ce ressaut va devenir marginal dans les semaines à venir. Pour moi, il n'y a donc pas lieu d'entreprendre quoi que ce soit. Borvan53 (Borvan53|discuter) 28 mars 2020 à 21:01 (CET)
replies: text:  J'ai vu que tu avais mis le chiffre final au lieu de la soustraction. Je pense que le détail du calcul est quand même intéressant : la particularité évoquée ci-dessus s'explique naturellement si on maintient la pratique antérieure. Borvan53 (discuter) 31 mars 2020 à 13:41 (CEST)
replies: text: Salut. Oui j'ai vu qu'il y avait eu une inversion de tendance due à des chiffres pas à jour (on a la même chose pour la France je crois, un autre jour, mais c'est plus léger donc lissé). Ne trouvant pas d'autres sources j'ai laissé tel quel.  Vu que le lecteur ne voit que le chiffre final, et que le détail est dans la source, je me suis attelé à ne pas surcharger l'évaluateur d'expressions par des calculs « inutiles ». À la limite, on peut le mettre en commentaire si tu penses que ça peut aider . Gonzolito Pwet 31 mars 2020 à 13:46 (CEST)
replies: text:  Il y a toujours un risque de disparition de l'url de la ref, donc conserver le détail me semble pertinent. La soustraction est évidente, elle ne complique pas la compréhension du code source. Par ailleurs, ces chiffres ne correspondent à aucune stat nationale (voir deuxième discussion) donc toute enquête a posteriori va jeter un doute sur la qualité du graphe… qui a été déjà remise en cause (voir Discussion:Pandémie de maladie à coronavirus de 2020 en France). Borvan53 (discuter) 31 mars 2020 à 14:13 (CEST)
replies: text:  je comprends ton point de vue. Alors faisons comme sur d'autres graphes que j'ai vu : mettons le calcul en commentaire ? Mon problème c'est pas la compréhension du code source, c'est l’alourdissement de l'appel au modèle #expr qui fait les calculs : moins on lui en donne à faire d'inutile, mieux c'est (pour la perf, pour le temps d'affichage,...). Gonzolito Pwet 31 mars 2020 à 14:35 (CEST)
replies: text: Ah oui, Gonzolito, pourquoi pas, l'idée me semble tout à fait valable. Borvan53 (discuter) 31 mars 2020 à 17:26 (CEST)
thread_title:  Guérison en suisse 

message: Le nombre de cas recensés en France décroit le 14 avril alors qu'il est censé ne jamais baisser. Quelqu'un connait la cause de cette chute ? Borvan53 (discuter) 16 avril 2020 à 14:23 (CEST)
replies: text: Quand le 15 avril et par rétroaction jusqu'au 12 avril le gouvernement a commencé à donner les chiffres détaillés, Johns Hopkins a cessé d'additionner les cas PCR (confirmés) au cas Esms qui faisait un total avec des doublons. Depuis Johns Hopkins additionne les cas PCR (confirmés) au cas cas Exam. Méd (probable/possibles) sans doublons, avec la nuance que le chiffre métropolitain correspond au chiffre incluant l'outre mer et que le chiffre incluant l'outremer, l'inclut une seconde fois (doublons). --Antidote2020 (discuter) 19 avril 2020 à 01:51 (CEST)
replies: text:  ; Les données de l'uJH ont été modifiés, pour la France, du 2020-04-01 au 2020-05-01, pour supprimer les doublons liés aux ESMSs ou aux DROMs. Voir pour cela le fichier Errata.csv (les modifications datées du 2020-04-16 et celles du 2020-05-02). Attention, l'uJH a corrigé les données des fichiers de .../csse_covid_19_time_series/, mais pas ceux de .../csse_covid_19_daily_reports/. Ces modifications ont bien sûr été reportées pour le tracé de la courbe pour la France. Cordialement,  eN rOUGE ♦ eN rOUGE 7 mai 2020 à 14:56 (CEST)
replies: text:  J'ai vu que tout était chamboulé. Les notes de bas de tableau du 4 et 12 avril sont donc à supprimer ? Borvan53 (discuter) 7 mai 2020 à 15:04 (CEST)
replies: text: Merci En rouge , je notifie Lofhi si il n'est pas au courant, cordialement --Antidote2020 (discuter) 7 mai 2020 à 15:15 (CEST)
replies: text: , ah mince, j'ai oublié d réfléchir à la note du 4 avril, (les autres - 12 et 13 -, il faut les conserver). À+   eN rOUGE ♦ eN rOUGE 8 mai 2020 à 16:48 (CEST)
thread_title:  Anomalie chiffres français à partir du 14 avril 

message: Bonjour,
je me demandais s'il ne fallait pas mettre une phrase quelque part pour expliquer que l'université Johns Hoppkins considère aussi les cas non confirmés en EPHAD et EMS ?
J'ai longtemps été perturbé par ce chiffre qui semblait prendre en compte 2 fois le nombre de cas confirmés en EHPAD (puisqu'il est inclus dans le chiffre total communiqué par Santé Publique) alors qu'en fait il correspond (si on se rèfère au lien précédent) aux  cas confirmé totaux + cas total en EHPAD et EMS - cas confirmés en EHPAD et EMS 
C'est plus ou moins dit dans le tableau de commentaires, mais j'aurais eu envie de rajouter "(confirmés ou non)" à " Depuis le 4 avril 2020, en complément des données hospitalières, Santé publique France
publie les cas détectés en ESMS".
Je suis resté aussi longtemps bloqué sur ce plateau de prévalence stable pendant 3 semaines, jusqu'à ce que je lise la phrase "Il est à noter que la stratégie de tests en France a beaucoup varié depuis le début de l'épidémie, d'abord des tests dans les clusters, puis des tests des cas sérieux ou graves, puis des tests dans les EHPAD puis désormais des tests en population générale, ce qui rend difficile toute interprétation de la courbe du taux de prévalence."
Bref tout ça pour dire que ce genre de commentaire aide les béotiens comme moi à comprendre ce qui apparaît comme des anomalies curieuses voire inquiétantes. 
--DafWiki22 (discuter) 17 mai 2020 à 19:25 (CEST)
thread_title:  Les cas probables EHPAD  & EMS inclus dans la méthodologie CSSE 

message: C'est moi qui ait ajouté la courbe du R-U. Ça a été un gros boulot, mais il faut admettre qu'en l'absence des chiffres sur les guérisons, la courbe n'est pas celle d'une prévalence.
Et elle commence à faire vraiment tâche : soit on est capable de définir la prévalence en y injectant le nombre de guérisons, soit cette courbe doit être retirée.
Votre avis ? Borvan53 (discuter) 21 mai 2020 à 22:12 (CEST)
thread_title:  Chiffres du R-U