Diskussion:Enzymkinetik

message: Ich finde den Artikel ziemlich schlecht. Obwohl ich mich mit der Biochemie beschäftige, wird mir in dieser Auflistung von Verfahren nichts klar. Eine zusammenhangslose Aneinanderreihung von Details ohne jeglichen didaktischen Leitfaden, und so nicht verständlich. Auch die Skizzen sind keinesfalls selbsterklärend und benötigen dringend eine Erläuterung. Es hilft eben niemanden über das Verfahren von Lineweaver Burk abzulästern, und es dann nicht mal mathematisch gut beschreiben zu können.
131.188.3.20 16:09, 23. Sep 2005 (CEST)
thread_title:  Unverständlich 

message: Der Artikel ist sehr interessant, weicht aber von der Lehrbuchmeinung ab, was der Autor ja auch selber einräumt. Die Begründung dagegen ist für mich nicht nachvollziehbar. Es ist löblich, dass man Lehrbuchmeinungen hinterfragen sollte und auch sehr gut, dass der Autor darauf hinweist, aber warum sollte etwas, dass in einem halben dutzend Lehrbüchern seit Jahrzehnten gelehrt wird, weniger zuverlässig sein, als ein Wikipedia-Artikel? Ich bin selbst Biochemiker und stimme zwar dem Autor in seiner Mahnung zur Vorsicht bei Linearisierungsverfahren zu, das hat aber nichts in einem Wiki-Artikel zu suchen, weil es auch nicht verständlich erklärt wird.
Als Einführung in die Enzymkinetik ist der Artikel für mich daher zum einen zu unverständlich, wenn man kein Vorwisen besitzt, und der Autor vertritt zu sehr seine Meinung.
:Dem stimme ich zu. Der vorgestellte Ansatz der "direkt-linearen auftragung" sollte auf keinen Fall als erstes da stehen. Ich persönlich finde ihn als grafisches Verfahren auch nicht besonders zeitgemäß. Was mir völlig fehlt, ist ein Hinweis darauf, dass sich die enzymkinetischen Parameter auch mittels nichtlinearer Regression direkt aus den Messwerten bestimmen lassen. Das geht zwar nicht mit Excel, ist aber imho der genaueste Weg.
:Unabhängig von der berechtigten Kritik werden Lineweaver-Burk, Eadie-Hofstee & Co. immer noch häufig verwendet, auch in Fachaufsätzen. Daher sollten sie hier nicht so stiefmütterlich behandelt werden. --Janstr 11:11, 26. Jan. 2009 (CET)
thread_title:  Schön aber... 

message: Hat das teilweise Ebuxbaum gemacht, und zwar von der Seite?? --Yikrazuul 18:17, 4. Mär. 2008 (CET)
thread_title: Abgeschrieben?

message: Und dann ist Michaelis-Menten ein Sonderfall, der aber immer gerne verwendet wird! (nicht signierter Beitrag von 84.186.199.24 (Diskussion | Beiträge) 16:05, 8. Mai 2009 (CEST)
thread_title:  Schön wäre doch auch die Hillkinetik und der Allgemine Ansatz Enzymkenitik (6 K's für alle Hin- und Rückreaktionen) 

message: Wäre schön, wenn noch mal jemand bei dem Hilldiagramm r bezeichnen würde. Danke. (nicht signierter Beitrag von 141.53.11.203 (Diskussion | Beiträge) 16:21, 25. Aug. 2009 (CEST)
thread_title:  Deffinition. 

message: Was ich mich jetzt noch Frage ist, was die ganzen Werte und parameter für Einheiten haben. Ich meine eine Reaktionsgeschwindigkeit hat bestimmt nicht m/s sondern so irgendwie was wie Reaktionen/Konzentration oder sowas. Aber wie ermittelt man die ? Das würde denke ich auch zum besseren Verständnis des Artikels führen. Oder auch die ganzen Konstanten sind bestimmt nicht einheitenlos.
danke (nicht signierter Beitrag von 160.45.67.162 (Diskussion) 15:04, 19. Jul 2011 (CEST)
thread_title: Einheiten?

message: "Mehrsubstratreaktionen" scheint sich sehr gut in den Artikel "Enzymkinetik" einzugliedern. Falls keine Proteste auftauchen, werde ich das demnächst mal zusammenlegen. 
Viele Grüße! (nicht signierter Beitrag von Norby (Diskussion | Beiträge) 18:41, 28. Dez. 2011 (CET)
thread_title:  Zusammenführen mit "Mehrsubstratreaktionen" 

message: k-1 und k+1 werden direkt benutzt, ohne zu erklären was diese Variablen überhaupt bedeuten oder woher sie stammen. Ich bitte jemanden mit genügend Fachkenntnis dies zu ergänzen. (nicht signierter Beitrag von 62.143.116.107 (Diskussion) 19:12, 9. Mär. 2014 (CET)
replies: text: Völlig richtiger Einwand! Ich habe das mal erledigt. :-) Gruß, Bernd (nicht signierter Beitrag von 79.234.187.133 (Diskussion) 11:52, 22. Okt. 2014 (CEST)
thread_title:  Erklärung der Variablen 

message: (Zum vorgelegten Text:)
Eine "Geschwindigkeitskonstante erster Ordnung"  fand ich nirgendwo . (Eingeführt sind Reaktionen erster Ordnung). 
Was ist eine „tatsächliche“ Geschwindigkeit der Reaktion? Gibt es denn auch eine „scheinbare“? 
K_m ist keineswegs eine Konstante, die die Zerfallsreaktion (des Enzym-Substrat-Komplexes) beschreibt. Leider sagt der vorgefundene Satzbau das aus. 
„unendlich hohe Substratkonzentrationen, wenn alle Enzymmoleküle Substrat gebunden haben“ existieren schlicht nicht. 
Hyperbeln haben (als mathematische Objekte) zwei Asymptoten. Das ist für den Graphen der Michaelis-Menton-Gleichung nicht der Fall. Die Aussage ist ohne Erläuterung kaum verständlich. 
Das Kreuzprodukt-Zeichen ist nicht erforderlich (wie schon andernorts in dieser Diskussion kritisiert ist). 
Wieso wird die Größe [E]_t erst eingeführt, wenn weiter oben im Text schon vorkam? Was soll eine „totale“ Enzymkonzentration überhaupt sein? Gibt es dann vielleicht auch eine "relative"? Eine Definition wird nirgendwo angegeben.
Wieso "ist" die Michaelis-Konstante eine Konzentration, wie der vorgelegte Text unterstellt? 
...usw. 
Ich fand das ziemlich „unrettbar“ und formulierte es im Ganzen neu. Wie ich hoffe, zumindest etwas besser. Es wurde lang. Wer es in gleicher Verständlichkeit kürzer kann, mag sich daransetzen; ich lerne gern. 
ZU den abschließenden Bemerkungen über die in weiter unten dargestellten Linearisierungen sah ich noch nicht durch. (Unter welchen nicht explizit genannten Nebenbedingungen ist eine Linearisierung ein Extrapolationsverfahren? Oder ist das die nächste "wilde Begriffsmischung"? Bei der gelesenen Formulierung wird mir auf Anhieb schon wieder mulmig...)
--Psychironiker (Diskussion) 22:58, 15. Aug. 2019 (CEST)
thread_title:  zum Abschnitt "Theorie" 

message: Vorgefundener Text zum Hill-Diagramm:
A. „Die Auftragung von
: log v/(Vmax-v) als Funktion von log [S] beziehungsweise
: log r/(n-r) als Funktion von log [L]
ist eine Gerade der Steigung 1 (nH = 1), wenn die Bindungsplätze voneinander unabhängig sind.Bei kooperativen Systemen kann die Steigung am Nullpunkt (der Hill-Koeffizient nH) theoretisch der Zahl der Untereinheiten (n) gleichen, wird aber praktisch darunter bleiben. Falls die individuellen K_m-(K_d-)Werte nicht durch Tangenten an die 45°- Ausläufer der Kurve extrapolierbar sind, ist nH als ein Ersatzmaß ( - ? - ) der Kooperativität einzusetzen; nur für nH = 1 gleicht der Nulldurchgang \ln K_m (beziehungsweise \ln K_d).“
Der Graph der angegebenen Funktionen ist stets eine Gerade hat daher genau eine Steigung, eine „Steigung am Nullpunkt“ ist für eine Gerade nicht erklärt. Was ein „individueller“  K_m- oder (K_d-)Wert bedeuten soll, ist nirgendwo erklärt, ebensowenig, was ein „45°- Ausläufer der Kurve“ sein soll, oder ein „Nulldurchgang“.  Diese wunderlichen Aussagen haben auch keine Entsprechungen in anderssprachigen Wikipedien (wohl aber im deutschsprachigen Artikel „Kooperativität“, in dem diese genauso unklar  sind). Es ist etwas fraglich, ob Sie sich überhaupt auf das Hill-Diagramm beziehen. - Die Bezeichnungen für natürlichen Logarithmus (im deutschen Sprachraum mit „ln“ bezeichnet, im angelsächischen häufig mit „log“), wird plötzlich für den allgemeinen Logarithums  (im deutschen Sprachraum mit „log“ bezeichnet) eingesetzt, eine Begründung nicht angegeben.  -  Die Textteile sind (wie ich denke, ohne erkennbaren Verlust) entfernt. 
B. „Die Hill-Gleichung (…) mit  \theta  als Anteil der besetzten Bindungsstellen, an denen das Pharmakophor des Liganden bindet,
[L] als Konzentration des ungebundenen Liganden, K_d als scheinbare Dissoziationskonstante aus dem Massenwirkungsgesetz, K_A als Konzentration des Liganden mit halbmaximaler Bindung, n als Hill-Koeffizient."
Das Wort "Pharmkophor" ist mit dem gleichen Argument grammatisch männlich wie etwa Phosphor ( = Phosphóros) oder Christoph ( = Christóphoros) (vgl. z.B. die Disssertation https://d-nb.info/984383964/34 ) Die Einführung der Pharmakophor-Begrifflichkeit trägt nichts zur Klärung des behandelten Themas bei.  Auch der Begriff „Ligand“ ist für die Beschreibung einer Enzymkinetik verzichtbar.
C. "Ein Hill-Koeffizient von 1 zeigt eine voneinander unabhängige Bindung zweier Liganden an, ein Wert größer als 1 weist auf eine positive Kooperativität hin, unter 1 weist auf negative Kooperativität hin."
Ein Hill-Koeffizient von 1 zeigt an, dass eine Enzymkinetik zutreffend ohne Annahme einer Kooperativität beschrieben werden kann; darüber, ob das betrachtete Enzym zwei, drei oder siebzehn Liganden (= Substratmoleküle) voneinander unabhängig zu binden vermag, sagt ein Hill-Koeffizient von 1 nichts aus. 
Die in mehreren Quellen zu findende „halbwahre“ Aussage, dass ein Hill-Koeffizient von n>1 in einer Hill-Gleichung für positive Kooperativität steht, führt ohne die Nennung der zusätzlichen Bedingung, dass in diesem Fall Substrat-Konzentrationen [S]>K_A betrachtet werden, in Widersprüche: Für [S] < K_A verläuft der Graph der Hill-Gleichung unterhalb desjenigen einer Michalis-Menten-Gleichung (besonders gut sichtbar in Hill-Diagrammen mit logarithmisch geteilter Abszisse, in denen der Graph der einer logistischen Funktion ist) , sodass das Enzym gemäß Hill-Kinetik für n>1 für Substratkonzentrationen [S] < K_A 'negative' Kooperativität zu zeigen scheint. 
D. Die (leider geläufige, ebenso „halbwahre“) Aussage, dass die "Steilheit der Kurve" mit n zunähme, trifft nicht im Allgemeinen zu, denn eine Steilheit „der Kurve" (insgesamt) ist weder definiert noch definierbar. Die Sprechweise führt notwendigerweise in verwirrende Widersprüche. So hat die direkt-lineare Darstellungder Hill-Gleichung 
: \theta = \dfrac {1} {\left( \dfrac {K_A} {[L]} \right)^{n}+1}
für eine vorgegebene Konzentration [L] die Steigung 
: {d\theta \over d[L]} = {n \cdot ({K_A \over [L]})^n \over [L] (({K_A \over [L]})^n + 1)^2}; 
die Steigung ist also beispielsweise für K_A = 10 an der Stelle [L] = 1 mit dem Ausdruck
: {n \cdot 10^n \over (10^n + 1)^2}
gegeben. Die Steigung nimmt in diesem Fall also für 0<n<0,5  mit wachsendem n zu, für 1<n<2 aber mit wachsendem n ab (wie ein kurzer Blick auf den Graphen des Ausdrucks als Funktion in reellen n zeigt). 
Sinnvoll ist, die Aussage über die Steilheit „der Kurve“ in Abhängigkeit vom Hill-Koeffizienten auf einen bestimmten Punkt des Graphen zu beziehen und diesen Punkt dann auch zu bezeichnen. Der Punkt [S] = K_A bietet sich an.
E. "Bei einer Unabhängigkeit (n=1) gleicht sich die Hill-Gleichung der 'Langmuir-Gleichung' an.“
Bei einem Hill-Koeffizienten von 1 ist  die Hill-Gleichung der Michaels-Menten-Gleichung äquivalent, wenn K_A als Michaelis-Konstante K_M interpretiert wird. Der Verweis auf die (der Michaelis-Menten-Gleichung) strukturgleiche  Langmuir-Gleichung, die Adsorptionsvorgänge beschreibt, trägt nichts zur Klärung des Themas bei. 
Die beispielsweise in der englischsprachigen Wikipedia unternommene Bezeichnung der hier behandelten Hill-Gleichung als Hill-Langmuir-Gleichung (zur Unterscheidung der Hill-Gleichung, die die Muskelkontraktion beschreibt) überzeugt insofern wenig, als die zum Vergleich angeführte Langmuir-Gleichung (der Adsorptionskinetik) keine Potenzen der Konzentration bzw. des Partialdrucks kennt und daher eher der Michaelis-Menten-Gleichung als der Hill-Gleichung analog ist. Dass Herr Langmuir ein nobelpreisgekrönter Chemiker und Physiker war, ändert nichts daran.
F. Da dem Hill-Diagramm eine andere Theorie zugrundliegt als den Linearisierungen der Michaelis-Menten-Kinetik, ist der Theorieteil entsprechend erweitert. Die Gliederung des Artikels insgesamt ist dem erweiterten Inhalt angepasst.
--Psychironiker (Diskussion) 23:23, 3. Nov. 2019 (CET)
thread_title:  zum Abschnitt "Hill-Diagramm"