Diskussion:GC-Gehalt

message: Stapelwechselwirkungen zwischen den nebeneinander liegenden Basen der dsDNA tragen als Hauptfaktor zur Stabilität eines Nukleinsäure-Duplex bei, während die Ausbildung von Wasserstoffbrücken zwischen den Basen kaum stabilisierende Wirkung hat. AT-Paarungen gelten als grundsätzlich destabilisierend, GC-Paare als leich stabilisierend für einen Nukleinsäure-Duplex [1]. Die Basen untereinander verbinden sich dagegen über sehr labile Wasserstoffbrückenbindungen (Brechkraft = 4 pN). Geringgradige Temperaturschwankungen um die Körpertemperatur von 37°C genügen, um sie zu brechen. So können sich Basen voneinander innerhalb
einer bestimmten Amplitude entfernen und sich erneut einander annäheren [2]. Diese Fluktuation erzeugt lokale Öffnungen, Zugangsmöglichkeiten zur Sequenzinformation der DNA-Basen und wird als DNA-Breathing bezeichnet. So wie es momentan im Artikel zu lesen ist, finde ich es gut formuliert.
Literatur
* [1] Yakovchuk P, Protozanova E, Frank-Kamenetskii MD: Base-stacking and basepairing contributions into thermal stability of the DNA double helix. Nucleic Acids Res 34: 564{574 (2006)
* [2] Peyrard M, Cuesta-López S, James G: Nonlinear analysis of the dynamics of DNA breathing. J Biol Phys 35: 73{89 (2009)
-- J.R.wiki 15:57, 9. Sep. 2010 (CEST)
thread_title:  Stapelwechselwirkungen 

message: Bei der Purinbase Guanin fehlt ein Bindungsstrich zwischen N und C sowie die Wasserstoffbrücke von diesem N zum Cytosin und die (-O-H-NH-)-Wasserstoffbrücke sollte nicht eine Doppelbindung zwischen dem oben angegebenen C und dem O haben; diese Bindung scheint umgeklappt die fehlende zu sein. -TumtraH-PumA (Diskussion) 01:51, 11. Apr. 2018 (CEST)
replies: text: Es ist anders, vom Cytosin N in Position 3 nach der Zählung des Pyrimidin zum H ist die Wasserstoffbrücke und nicht die Bindung. Von diesem H zum N in Position 1 nach der Zählung des Purin (n.d.Z.d.Pu) fehlt die Bindung, und von diesem N zum C (6 n.d.Z.d.Pu). Die Abildung:  zeigt die Verhältnisse richtig. --TumtraH-PumA (Diskussion) 02:08, 21. Apr. 2018 (CEST)
thread_title:  Abbildung 

message: Auf dieser Seite wird sehr schön die Bedeutung des GC-Gehalts bei Lebewesen-DNA erklärt. Über die Bedeutung bei einzelsträngigen Viren habe ich nur andeutungswiese Informationen gefunden (den Hinweis auf retrovirale DNA in Organismen). Aber z.B. SARS-CoV-2 verlinkt auf diese Seite, die dortige Quelle (z.Zt. Nr. 73)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=txid2697049 gibt 38,0 Mol-% GC an, also auch weit von 50% entfernt.--Himbeerbläuling (Diskussion) 16:13, 8. Jul. 2020 (CEST)
replies: text: Weiß vielleicht jemand einen Link zu guter open-access-Information, z.B. einem review-Artikel? Danke.--Himbeerbläuling (Diskussion) 16:23, 8. Jul. 2020 (CEST)
replies: text:  Welcher Zusammenhang interessiert denn?
* Codon Usage and Phenotypic Divergences of SARS-CoV-2 Genes 2020
* On the biased nucleotide composition of the human coronavirus RNA genome 2015
* Impact of the biased nucleotide composition of viral RNA genomes on RNA structure and codon usage 2016
* Causes and Implications of Codon Usage Bias in RNA Viruses 2013
* A Comparison of Synonymous Codon Usage Bias Patterns in DNA and RNA Virus Genomes: Quantifying the Relative Importance of Mutational Pressure and Natural Selection 2013
» ... selbst suchen in pubmed --2003:E4:D70B:1A00:8CAF:2128:49A4:7F3A 22:58, 9. Jul. 2020 (CEST)
replies: text:  Vielen Dank für die Hinweise, auch auf das Suchformular in pubmed. Mein Vorhaben wäre, selber einen ersten Entwurf eines Absatzes zu schreiben und den hier auf der Diskussionsseite vorzustellen. Wenn Andere das schneller und/oder besser können, um so besser.--Himbeerbläuling (Diskussion) 11:20, 11. Jul. 2020 (CEST)
thread_title:  einzelsträngige RNA-Viren 

message: Es sollte der Wert für den Menschen in die Tabelle eingetragen werden. 2A02:8388:1600:A200:3AD5:47FF:FE18:CC7F 11:27, 5. Jun. 2022 (CEST)
thread_title:  GC-Gehalt Tabelle