Diskussion:Needleman-Wunsch-Algorithmus

message: Nach mehrfacher Betrachtung und der Tatsache, dass bei D(i, j) das i für die Zeile und das j für die Spalte steht, müsste im Beispiel bei
2. Schritt: Berechnung von D(1,2):
nicht statt des C ein G im 1. und 3. Fall der Maximums-Funktion stehen?
--crush 11:04, 11. Jan. 2010 (CET)
replies: text: Ja, sehe ich auch so. --Gms 23:12, 11. Jan. 2010 (CET)
thread_title:  Fehler im Beispiel? 

message: Vielleicht wäre es an dieser Stelle günstiger eine Gap nicht mit 0 sondern mit einer negativen Zahl zu bewerten, da der Smith-Waterman-Algorithmus (lokales Alignment) sich vom Needleman-Wunsch ja nur dadurch unterscheidet, dass statt negativen Zahlen 0er geschrieben werden. Durch dieses Beispiel wird es schwieriger den Unterschied zwischen lokalem und globalem Alignment herauszuarbeiten.
Ist ein guter Vorschlag. Wenn ich Zeit habe arbeite ich das Beispiel um.
Dennis G. 20:19, 26. Apr 2005 (CEST)
thread_title:  Beispiel 

message: Stimmt die folgende Ausage aus Artikel:
"Die einfachste Bewertungsfunktion, die man sich vorstellen kann, gibt bei Gleichheit 1 zurück, ansonsten wird 0 zurückgegeben. Dabei werden also Substitutionen, Insertionen oder Deletionen geduldet und nicht bestraft."
Müsste es statt dessen nicht so heisen
... Dabei werden also Substitutionen, Insertionen oder Deletionen nicht geduldet und bestraft.
Um Substitutionen, Insertionen oder Deletionen nicht zu bestrafen müsste die Bewertungsfunktion ja in diesen Fällen auch 1 zurückliefern???
: Bei einer Bestrafung müsste meiner Meinung nach die Bewertungsfunktion -1 zurückliefern. Da durch 0 die Bewertung nicht verändert wird, finde ich, dass "dulden" passt.
: --87.122.46.149 00:34, 11. Jul 2006 (CEST)
thread_title:  Verstädnisfrage zur Bewertungsfunktion ?? 

message: Ich find es komisch das im Beispiel in der Matrix D in der 1. Zeile und der 1. Spalte die Sequenzen stehen davon war in der Beschreibung nie die Rede. Ich gehe mal davon aus das wurde nur gemacht damit man es besser nachvollziehen kann und die gehören da garnicht hin.
Die gehören da wirklich nicht hin das ist nur verwirrend und hilft überhaupt nicht. Ich werde das Beispiel umschreiben.
Nachtrag: Wenn man es mal verstanden hat ist die Beschriftung ja ganz nett. Aber sie muss auf jeden Fall aus der Matrix raus.
: Habt schon recht mit den Buchstaben, aber als ich den Artikel konzipert hatte fand ichs noch sinnvoll. Jetzt sind sie weg, bis auf ein Beispiel zur Anschauung.
: Andere Frage: Traut ihr euch nicht eure Signatur zu hinterlassen, oder mal nen Namen? Das ist sonst alles so unpersönlich hier.
:Dennis G. 00:10, 15. Jul 2006 (CEST)
thread_title:  Beispiel komisch 

message: 10.000 * 10.000 * 4 B = 400 * 10^6 B oder? Also ca. 381 MB, nicht 95 MB
: Jo hatte die 4 Byte vergessen hast recht. Danke an Unbekannt.
:Dennis G. 13:14, 29. Sep 2005 (CEST)
thread_title:  Speicher-Komplexität 

message: "Durch die Konstruktion des Algorithmus in der dargestellten Weise ist es nicht möglich die längste übereinstimmende Teilsequenz beider Sequenzen zu finden. Um dieses Problem zu beheben wurden von T.Smith und M. Waterman einige Modifikationen am Needleman-Wunsch-Algorithmus vorgeschlagen, die genau dies ermöglichen. Der modifizierte Algorithmus wird Smith-Waterman-Algorithmus genannt."
Ich wuerde diesen Abschnitt komplett loeschen, da er falsch ist. Denn mit dem SW-Algorithmus sucht man noch dem lokalen Alignment, also nach einem Substring in der einen Sequenz und einem Substring der anderen Sequenz, welcher den groessten Alignmentscore hat. Das muss nicht die laengste uebereinstimmende Teilsequenz beider Sequenzen (=longest common substring) sein.
--Gms 21:33, 7. Jan. 2007 (CET)
thread_title:  Probleme Abschnitt loeschen 

message: Der hier unten genannte Algorithmus hat größere Ähnlichkeit mit Waterman-Smith-Beyer als mit Needleman-Wunsch und bedarf daher dringend einer Überarbeitung.
:Woran machst du das fest? Hast du Literatur, die deine Aussage belegt? Hast du die in dem Artikel referenzierten Quellen konsuliert?
:
:P.S.: Naechstes mal bitte die Beitraege auf der Diskussionsseite 'unterschreiben'.
:--Gms 18:05, 14. Nov. 2007 (CET)
replies: text: Da keine Diskussion bis jetzt statt fand, entferne ich wieder den Überarbeitungsbaustein. Ich beobachte diese Diskussion, so dass Du auch weiterhin hier antworten kannst (ohne direkt wieder einen Überarbeitungsbaustein einfügen zu müssen ...). --Gms 16:21, 12. Dez. 2007 (CET)
thread_title:  Überarbeiten-Baustein eingefügt 

message: habe gerade die Speicherfunktion von O() auf S() geändert. Quelle wäre (m)ein Skript aus dem Fach Theoretische Informatik. Reicht die Behauptung oder soll ich eine Quelle raussuchen. --Tukaram 12:14, 26. Mai 2010 (CEST)
replies: text: Das Symbol O soll ein Landau-Symbol sein! Also bitte nicht ändern! Wenn irgendein (!) Script ein S verwendet, ist das nicht wirklich relevant. --Gms 23:19, 8. Jun. 2010 (CEST)
thread_title:  2 

message: :Es müssen m\cdot n Elemente der Matrix berechnet werden, und für jedes Element muss über \mathcal{O}(n)+\mathcal{O}(m)
Hier ist O(n)+O(m) IMO unschön. Es müsste lautet 
:Es müssen m\cdot n Elemente der Matrix berechnet werden, und für jedes Element muss über n+m ...
Begründung: Der Text begründet, warum die O()-Funktion so aussieht wie sie aussieht, stellt selbst aber keine O() Funktion mehr dar.--Tukaram 12:14, 26. Mai 2010 (CEST)
replies: text: Die O-Notation ist in der Informatik absolut üblich. Siehe auch Artikel Landau-Symbole. --Gms 23:19, 8. Jun. 2010 (CEST)
thread_title:  3 

message: Es gibt Auffassungen nach denen dieser Wikipedia-Artikel den Waterman-Smith-Beyer-Algorithmus beschreibt. Offensichtlich wurden an dieser Stelle bereits ähnliche Überschneidungen diskutiert. Deswegen möchte ich gerne alle Interessenten die sich mit dem Needleman-Wunsch-Algorithmus auskennen zu der dortigen Diskussion einladen. Ziel ist es, sich auf eine Abgrenzung zu einigen, damit ein neuer Artikel entstehen kann: Diskussion:Waterman-Smith-Beyer-Algorithmus
__AlienR 12:57, 27. Nov. 2009 (CET)
thread_title:  Abgrenzung zum Waterman-Smith-Beyer-Algorithmus 

message: Entspricht das Beispiel dem im Originalpaper beschriebenen Algorithmus? Das sieht nach O(n²) aus. Easelpeasel (Diskussion) 19:31, 6. Dez. 2013 (CET)
thread_title:  Beispiel irreführend