Diskussion:Transposon

message: Diese Angabe scheint mir nicht ganz zu stimmen:
- "[Ein Transposon] umfasst ein oder mehrere Gene "
Kurz darunter werden dann miniature inverted-repeat transposable elements zitiert, die eben kein Gen enthalten.
Auch in http://en.wikipedia.org/wiki/Transposon nachzulesen: "Both classes of transposons may lose their ability to synthesise reverse transcriptase or transposase through mutation, yet continue to jump through the genome because other transposons are still producing the necessary enzyme."
Und ich würde hinzufügen: ein Transposon braucht diese Fähigkeit nie gehabt zu haben: in der Tat scheint es logisch, dass sobald eine Transcriptase existiert, sie jedes DNA Segment umziehen wird, wenn es bloss zwischen den zwei Sequenzen steht, die sie erkennt. Egal was dazwischen kommt. Nur die Länge des Segments darf anscheinend nicht kleiner als 250 bp sein.
217.82.171.206 07:11, 18. Mär. 2010 (CET)
thread_title:  umfasst ein oder mehrere Gene 

message: Wird Klasse I und II sicher durch das Intermediat festgelegt? Im "Knippers", Molekulare Genetik, 8. Auflage, steht auf S. 227, dass sich die beiden Klassen dadurch unterscheiden würden, dass Klasse I-Transposons von IS-Sequenzen flankiert würden, die die Transposition übernehmen, und Klasse II-Transposons diese Fähigkeit selbst hätten.
Verwirrte Grüße, Suvidu
:Die Einteilung von Transposons in Klasse I und II auf Basis des Vorhandenseins oder Fehlens eines RNA-Intermediats ist auch heute noch weitgehend anerkannt. Die auch in aktuellen Veröffentlichungen dazu (siehe z.B. Wicker et. al.) regelmäßig zitierte Originalpublikation von DJ Finnegan stammt aus dem Jahr 1989 (!). Die feinere Einteilung von Transposons unterhalb diese beiden Klassen ist ein "heißes Eisen" in der aktuellen Forschung, hierzu wird viel und heftig gestritten. Generell ist zu sagen, dass die mir bekannten Lehrbücher, auch aktuelle wie der Knippers, zum Thema Transposons nur Informationsbruchstücke anbieten und daher leider wenig geeignet sind, einen echten Überblick zu dem Thema zu bekommen. --85.177.116.181 14:19, 28. Dez. 2009 (CET)
thread_title:  Klassen 

message: Ich habe den Teil über die R-Plasmide rausgeschmissen. Transposons könne auf Plasmide springen und Resistenzgene u.U. daraus mitnehmen, aber das ist eher sehr unwahrscheinlich. R-Plasmide und Transposons haben nicht miteinander zu tun. --Pharaoh han 21:53, 24. Jan 2006 (CET)
replies: text: Woher kommen Deine Infos? Campbell(2006) S.403f misst dem Phänomen enorme Bedeutung zu. Schau mal nach. --Hig 23:04, 5. Feb. 2007 (CET)
thread_title:  Plasmide 

message: Der Einführungsabsatz zu repeats sollte nochmals überarbeitet werden: " ... oftmals von kleinen Wiederholungssequenzen (repeats) umgeben, die für die Transposition notwendig sind. Je nach Art des Transposons sind diese gleichgerichtet (direct repeat) oder gegenläufig (inverted repeat)." Aus E. coli weiß man, dass die inverted repeats zu den Transposons gehören, während die direct repeats erst duch die Insertion entstehen. Die Transposase erzeugt zwei versetzte Einzelstrangbrüche, zwischen denen das zuvor herausgeschnittene Transposon eingefügt wird und welche schließlich von wirtseigenen Enzymen nach der Insertion wieder geschlossen werden. Dadurch wird das Transposon nun von einer kurzen Wiederholung flankiert (liegt aber am Transpositionsmechanismus, nicht am Aufbau!).
:Ich stimme Dir zu, dass der Absatz überarbeitet werden sollte, da er bezüglich der direct/inverted repeats mißverständlich ist. Die hier vorgeschlagene Einteilung: "Inverted Repeat = Bestandteil des Transposons, Direct Repeat = Entstehung durch Transposotionsmechanismus" stimmt allgemein für die Gesamtheit der Transposons allerdings auch nicht (ob das ggf. bei E.coli korrekt ist weiß ich nicht). Allgemein gilt: viele Transposons enthalten an beiden Enden der Sequenz Sequenzwiederholungen (Repeats), die, bezogen auf den Gegenpart am anderen Ende der Sequenz direct (gleichgerichtet) oder inverted (gegenläufig) sein können. Diese Sequenzwiederholungen werden als Bestandteil des Transposons angesehen (sie können sehr lang werden -- z.B. mehrere hundert Basenpaare und mehr bei LTR-Retrotransposons). Zusätzlich können, wie von Dir beschrieben, bedingt durch den Transpositionsmechanismus zusätzliche Direct Repeats entstehen, die das eingebaute Transposon flankieren. Diese werden häufig als "Target Site Duplications" (TSD) bezeichnet und werden dem Wirtsgenom zugerechnet. In der Regel sind sie sie eher kurz. Eine gute Veranschaulichung (für eukaryotische Transposons) zeigt diese Abbildung, die in ähnlicher Form hochrangig publiziert wurde .--85.177.116.181 14:53, 28. Dez. 2009 (CET)
thread_title:  Missverständlich 

message: Ist das Bild mit den farbigen Maiskörnern nicht womöglich missverständlich? Ich verstehe Linder Biologie S. 339 (21. Auflage von 2001) so, dass die Wirkung des Transposons in gesprenkelten Körnern beim Mais feststellbar ist; die farbigen Körner wären demgegenüber "einfach" von Pollen des dominanten Mais mit Allel schwarz überkreuzt - oder sehe ich das falsch? Wer Experte in diesem Gebiet ist, soll doch bitte den Artikel Xenien bearbeiten, denn vielleicht sind meine Informationen aus alten Büchern ja wirklich völlig veraltet.
Gruss, Pausanias2 13:52, 3. Jun. 2007 (CEST)
thread_title:  Bild missverständlich? 

message: Springende Gene für die Genmanipulation (Technology Review) Vielleicht interessant für den Artikel?! 79.213.224.233 11:49, 29. Jul. 2008 (CEST)
thread_title:  Weblinkvorschläge 

message: Gibt es einen Unterschied zwischen Transposon und "transposable Element" oder sind beide Begriffe synonym? Falls beide synonym sind, sollte man "transposable Element" im ersten Satz fett erwähnen. Falls ein Unterschied besteht, wäre eine Definition von "transposable Element" vor dem ersten Gebrauch sinnvoll. --92.228.60.217 21:18, 2. Mär. 2013 (CET)
thread_title:  Transposable Element 

message: Die Einheit in der Tabelle ist falsch! Es müssten Picogramm (pg) sein. Ich hab noch nie gehört, dass das menschliche Genom 3,5 Gb hat. (nicht signierter Beitrag von Piranha79 (Diskussion | Beiträge) 09:49, 11. Mai 2013 (CEST)
replies: text: Die Einheiten in der Tabelle stimmen schon... Es sind Basenpaare, bzw. entsprechende Vielfache davon. Nicht jedes 'Gb' steht für Gigabyte. --Roo1812 (Diskussion) 20:56, 11. Mai 2013 (CEST)
replies: text:  Sind die pg nun mit oder ohne Histone, die ja auch was wiegen? Zudem misst man das Gewicht der DNA in pg, während die Größe in Kb bzw. Gb angeben wird. --Pharaoh han (Diskussion) 17:26, 12. Mai 2013 (CEST)
replies: text: Hallo, vermutlich ohne. Ich werde die Tabelle demnächst per obigem Umrechnungsfaktor um eine Basenpaarspalte (Größe) erweitern, Masse ist für Picogramm richtig. Gruß, --Ghilt (Diskussion) 17:36, 12. Mai 2013 (CEST)
replies: text: Ok. Wieder was dazu gelernt - auch wenn mir bisher immer nur Bp als Größenangaben untergekommen sind. --Roo1812 (Diskussion) 19:24, 12. Mai 2013 (CEST)

text: Vermutlich sind es Toleranzen aufgrund der jeweiligen Berechnungsmethode und Datengrundlage, bei der Sequenzierung sind zudem repetitive Sequenzen (und davon gibt es eine Menge) kaum vollständig zu erfassen. Die Quelle gibt leider nur diese 3,5 her. Gruß, --Ghilt (Diskussion) 11:27, 13. Mai 2013 (CEST)
thread_title:  Einheit Tabelle 

message: Nach der gegebenen Beschreibung wird ein Klasse II-Transposon von einer/seiner Transposase am bisherigen Ort  ausgeschnitten und an andere Stelle des Genoms wieder eingebaut. Solche molekularen Mechanismen funktionieren aber nie zu 100%, meist sogar deutlich weniger: Das Transposon könnte unterwegs von irgendwelchen Enzymen beschädigt werden, es könnte vergeblich nach einer passenden Insertionsstelle suchen, beim Einbau selbst kann ein Fehler passieren, die Einbaustelle kann sich als ungünstig für die Expression des Transposasegens erweisen, und das neue Wirtsgen kann lahmgelegt, das neue Genom eine Letalvariante sein. Ein so und nur so funktionierendes Transposon müsste schnell seltener werden und bald ganz verschwinden, wenn dem nicht ein massiver Selektionsvorteil etwa durch ein mitgeführtes Antibiotikaresistenz-Gen entgegegenwirkt. Aber sonst? Wie gehts wirklich?-- Binse (Diskussion) 13:59, 1. Jul. 2013 (CEST)
replies: text: Hallo Binse, eine Verbreitung findet dadurch statt, das von einem Transposon mehrere Tochterkopien erzeugt werden können, die sich wieder integrieren. Auch gibt es selektive Integrationsmechanismen, z. B. sequenzspezifisch oder wie bei Homing-Endonukleasen bevorzugt auf Allelen ohne andere HE. Ein guter Teil der DNA ist nichtkodierende Desoxyribonukleinsäure. Eine Zelle, bei der die Integration letal ist, wird untertergehen (erhöhte Fitnesskosten). Ein Selektionsvorteil besteht in der Erhöhung der gentischen Anpassungsfähigkeiten (via DNA-Rekombination). Gruß, --Ghilt (Diskussion) 18:01, 1. Jul. 2013 (CEST)
replies: text: Danke Ghilt! So muss es einfach sein. Bloß der Artikel sagt es eben anders. Gleich oben unter Vermehrungsmechanismen: Klasse I wird kopiert, Klasse II wird ausgeschnitten und neu eingefügt. Kannst Du das im Artikel (mit Nachweis! Wem sag ichs? (;-) ) richtigstellen? Da hab ich noch ne Frage. Irgendwo steht, dass eine Transposase beides erledigt: Ausschneiden und Einfügen bzw. Kopieren und Einfügen. Im ersten Fall habe ich kein Problem. Da wird vielleicht nur ein Gleichgewicht mal in die eine und mal in die andere Richtung verschoben. Zumindest sind die Mechanismen sehr ähnlich. Aber mit Kopieren und Insertieren habe ich ein echtes Problem. Soll man das glauben, dass ein Enzym beides kann? – Und nochmal zu Obigem. Das das Stören und Zerstören von Genen über den Zwang zur Anpassung einen Selektionsvorteil bedeutet, kann ich mir in Ausnahmefällen vorstellen. Aber das wäre dann, wenn es den Begriff gibt, ein Effekt zweiter Ordnung, der sich nur auf lange Sicht bemerkbar macht. Der würde den exponentiellen Schwund, den ich oben beschrieben habe, kaum ausgleichen. Gruß -- Binse (Diskussion) 23:45, 1. Jul. 2013 (CEST)
thread_title:  Wie funktionieren Klasse II-Transposons wirklich? 

message: Sagtmal, gibt es mit "DNA-Transposon" nicht eine Dopplung der Seiten? (nicht signierter Beitrag von 77.3.185.253 (Diskussion) 19:42, 14. Apr. 2014 (CEST)
replies: text: Sehe ich nach Entdecken der beiden Artikel auch so. Ich werde das mal unter Qualitätssicherung melden, da hierzu auf auf dieser Diskussionsseite schon über Jahre keinerlei Rückmeldung kam. -- Muck (Diskussion) 19:44, 28. Aug. 2018 (CEST)
replies: text: Danke für die umgehenden Reaktionen nach dem letzten Hinweisen! Gruß -- Muck (Diskussion) 12:28, 1. Sep. 2018 (CEST)
thread_title:  Dopplung 

message: Ich schlage vor ein redirect von "Transposons" zu "Transposon" hier zu ermöglichen. Ich habe zuerst die URL geöffnet mit dem "s" hinten dran (also Plural-Form); das funktionierte aber nicht. Erst die Singular-Variante funktionierte. 2A02:8388:1641:8380:8920:7EEB:D50A:6466 13:33, 24. Sep. 2019 (CEST)
thread_title:  Redirect: Transposons -> Transposon