Diskussion:Peter Forster (Genetiker)

message: Worldwide, the production of full-genome sequences of SARS-CoV-2 viruses represents only a tiny fraction of the number of actual infections. It is not safe to draw conclusions regarding geographic transmission routes based on such a small and under-sampled data set.[...] This example shows the danger of prematurely drawing conclusions based on highly incomplete data. Virology institutes currently have much more pressing priorities than curating and annotating sequences for upload, and the priority for doing so will certainly only decrease if unjustified and illogical nationalistic conclusions are being jumped to based on such incomplete data. The number of available SARS-CoV-2 sequences is dwarfed by the number of cases worldwide. The available data is certainly not representative of the unknown early genetic diversity or of the initial global spread of the virus. Many early samples will likely have been discarded and many may never be sequenced. We may never have conclusive answers to questions regarding early geographic spread. 
--Curnen (Diskussion) 16:20, 17. Apr. 2020 (CEST)
thread_title:  Hier noch die Hinweise des Instituts für Virologie der Charité Berlin, auf die ich mich bezog, als Referenz 

message: === SARS-CoV-2 Forschung ===
Außerhalb wissenschaftlicher Fachkreise wurde Forster mit einer während der COVID-19-Pandemie durchgeführten phylogenetischen Analyse von 160 vollständig sequenzierten SARS-CoV-2 Genomen bekannt. Dazu wendete er gemeinsam mit Lucy Forster, Michael Forster und Colin Renfrew die von ihm für mitochondriale DNA entwickelte Analysesoftware auf die Virusgenome an. Gemeinsam publizierte die Gruppe die Ergebnisse in der wissenschaftlichen Fachzeitschrift PNAS.Peter Forster, Lucy Forster, Colin Renfrew, Michael Forster: Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. [elektronische Veröffentlichung vor dem Druck] April 2020, , PMID 32269081. Basierend auf Mutationen in den Virusgenomen definierten die Forscher drei Virusstämme A, B und C, denen sie unterschiedliche Eigenschaften zuschrieben. So könne sich beispielsweise der Typ B aufgrund immunologischer Unterschiede in der Bevölkerung außerhalb Ostasiens nicht ausbreiten, solange er nicht weitere Mutationen erlange. Die Ergebnisse der Untersuchung wurden in der Folge in zahlreichen britischen, deutschen und internationalen Presseberichten aufgegriffen.
Unmittelbar nach der Fachveröffentlichung der Arbeit entbrannte jedoch eine wissenschaftliche Kontroverse über die Ergebnisse. Da aus der Anfangszeit der Pandemie nur wenige und nicht systematisch gesammelte Daten vorlägen, seien derartige Analysen prinzipiell nicht verlässlich. Zudem begründeten einzelne Mutationen in Virusgenomen noch keine neuen Virusstämme und es seien Experimente erforderlich, um die Hypothese unterschiedlicher Eigenschaften der defininierten Virusstämme zu testen. Andernfalls müsste von rein zufälligen Abweichungen und dem Gründereffekt ausgegangen werden. Ferner sei das verwendete Verfahren für die Analyse von viralen Genomen aus mehreren Gründen ungeeignet und stützten die gezogenen Schlussfolgerungen nicht. Bereits zuvor hatte Christian Drosten eine ähnlich gelagerte chinesische Studie
 wegen der leichtfertigen Anwendung von für menschliche Genetik entwickelter Software auf Virusgenome kritisiert und eindringlich vor daraus erwachsenden Fehlschlüssen gewarnt.. Auch andere Forscher betonten bereits zuvor, dass einzelne, zufällige Mutationen in Virusgenomen erwartbar und nicht zwingend bedeutsam oder bedrohlich seien.
Forster und Kollegen hielten an ihrer Interpretation der Daten fest. Die hohe Mutationsrate ermögliche eine enge Nachverfolgung des Infektionsgeschehens auf genetischer Ebene und die Einteilung in Stämme sei nicht willkürlich aufgrund vereinzelter Mutationen erfolgt. Zur Verwendung eines nicht repräsentativen Datensatzes habe es keine Alternativen geben, außerdem seien Lese- und Verständnisfehler hauptursächlich für die Kontroverse. Das Fehlen experimenteller Daten zur Unterfütterung ihrer Schlussfolgerungen sei als Ermunterung zur Durchführung dieser Experimente zu verstehen.
--Curnen (Diskussion) 16:05, 6. Sep. 2020 (CEST)
thread_title:  Überarbeitungsvorschlag Sept 2020 / Curnen 

message: Außerhalb wissenschaftlicher Fachkreise wurde Forster mit einer während der COVID-19-Pandemie durchgeführten phylogenetischen Analyse von 160 vollständig sequenzierten SARS-CoV-2 Genomen bekannt. Dazu wendete er gemeinsam mit Lucy Forster, Michael Forster und Colin Renfrew die von ihm für mitochondriale DNA entwickelte Analysesoftware auf die Virusgenome an. Gemeinsam publizierte die Gruppe die Ergebnisse in der wissenschaftlichen Fachzeitschrift PNAS.Peter Forster, Lucy Forster, Colin Renfrew, Michael Forster: Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. [elektronische Veröffentlichung vor dem Druck] April 2020, , PMID 32269081. Basierend auf Mutationen in den Virusgenomen definierten die Forscher drei Virusstämme A, B und C, denen sie unterschiedliche Eigenschaften zuschrieben. So könne sich beispielsweise der Typ B aufgrund immunologischer Unterschiede in der Bevölkerung außerhalb Ostasiens nicht ausbreiten, solange er nicht weitere Mutationen erlange. Die Ergebnisse der Untersuchung wurden in der Folge in zahlreichen britischen, deutschen und internationalen Presseberichten aufgegriffen.
Unmittelbar nach der Fachveröffentlichung der Arbeit entbrannte jedoch eine wissenschaftliche Kontroverse über die Ergebnisse. Da aus der Anfangszeit der Pandemie nur wenige und nicht systematisch gesammelte Daten vorlägen, seien derartige Analysen prinzipiell nicht verlässlich. Zudem begründeten einzelne Mutationen in Virusgenomen noch keine neuen Virusstämme und es seien Experimente erforderlich, um die Hypothese unterschiedlicher Eigenschaften der defininierten Virusstämme zu testen. Andernfalls müsste von rein zufälligen Abweichungen und dem Gründereffekt ausgegangen werden. Ferner sei das verwendete Verfahren für die Analyse von viralen Genomen aus mehreren Gründen ungeeignet und stützten die gezogenen Schlussfolgerungen nicht. Bereits zuvor hatte Christian Drosten eine ähnlich gelagerte chinesische Studie
 wegen der leichtfertigen Anwendung von für menschliche Genetik entwickelter Software auf Virusgenome kritisiert und eindringlich vor daraus erwachsenden Fehlschlüssen gewarnt.. Auch andere Forscher betonten bereits zuvor, dass einzelne, zufällige Mutationen in Virusgenomen erwartbar und nicht zwingend bedeutsam oder bedrohlich seien.
Forster und Kollegen hielten an ihrer Interpretation der Daten fest. Die hohe Mutationsrate ermögliche eine enge Nachverfolgung des Infektionsgeschehens auf genetischer Ebene und die Einteilung in Stämme sei nicht willkürlich aufgrund vereinzelter Mutationen erfolgt. Zur Verwendung eines nicht repräsentativen Datensatzes habe es keine Alternativen geben, außerdem seien Lese- und Verständnisfehler hauptursächlich für die Kontroverse. Das Fehlen experimenteller Daten zur Unterfütterung ihrer Schlussfolgerungen sei als Ermunterung zur Durchführung dieser Experimente zu verstehen.
--Curnen (Diskussion) 16:05, 6. Sep. 2020 (CEST)
thread_title:  SARS-CoV-2 Forschung 

message: Curnens Abschnitt über Lesefehler/Algorithmendiskussionen der Kritiker gehört nicht hierher, sondern in einen Wikipedia-Artikel zum Coronavirus. Ich setze daher den Abschnitt auf den vorherigen Stand zurück. 31.4.158.118 11:10, 8. Dez. 2020 (CET)
thread_title:  Lesefehler etc.