가. 원고는 용인시 기흥구 E 전 52,123㎡ 및 F 전 1,560㎡의 소유자이고, 피고 A, B, C는 위 E에 전입신고를 한 자이며(피고 A : 1992. 11. 24., 피고 B : 2012. 1. 30., 피고 C : 2018. 7. 18.), 피고 농업회사법인 주식회사 D(이하 ‘피고 D'이라고 한다)은 피고 B이 설립한 회사로 위 E에 본점을 두고 있다.
나. 피고 A는 1972. 7. 20.경 용인시 기흥구 E 전 52,123㎡ 중 8,517㎡와 F 전 1,560㎡의 합계 10,077㎡(이하 위 부동산을 통틀어 ‘이 사건 부동산'이라고 한다)에 관하여 관리청인 국립산림과학원장으로부터 사용허가를 받았고, 그 허가기간이 종료될 때마다 이를 갱신하여 왔는데, 2014. 12. 30. 최종적으로 이 사건 부동산에 대하여 사용목적 경작(청정채소재배)용, 사용기간 2015. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지로 한 사용허가를 받았다.
다. 그런데 국립산림과학원장은 2015. 11. 23. 피고 A에게 이 사건 부동산의 일부가 사용허가 및 대부용도 목적사업(경작용)이 아니라 타용도(식물분재원)으로 사용되고 있다며 그 시정을 요구하였고, 2017. 12. 22.에도 재차 시정을 요구하며 사용허가기간이 만료되고 기간갱신이 이루어지지 않을 경우 허가가 취소될 수 있음을 알렸다.
라. 그러자 피고 A는 2018. 1. 3. 국유재산 사용허가(기간갱신) 신청을 하였는데, 국립산림과학원장은 ‘이 사건 부동산은 위 신청서에 기재한 것과 같이 교육용 학습장 등으로는 사용허가 목적(경작용)에 맞지 않아 사용이 불가하고 기존에 고지한 바와 같이 타 용도로 사용한 사항이 수차례 시정요구에도 불구하고 조치되고 있지 않으므로 해당 시설물을 철거하고 사업목적에 맞는 내용의 사업계획을 제출하라'며 위 기간갱신 신청에 대한 보완요구를 하였다.
마. 이후 국립산림과학원장은 2018. 12. 21. 피고 A가 타용도(D 및 교육·체험장) 사용지에 대하여 시설물을 철거 및 정리하고 사용목적에 맞게 사용하도록 조치할 것을 통보하였으나 이를 이행하지 않았다는 이유로 국유재산 사용허가가 취소·소멸되었음을 통지함과 동시에 2019. 3. 29.까지 이 사건 부동산 내에 설치된 모든 시설물을 철거할 것을 명하였다.
바. 현재 이 사건 부동산 지상에는 주문 제2항 기재와 같은 비닐하우스, G동, 부대시설 등과 같은 시설물(이하 ‘이 사건 시설물'이라고 한다)이 설치되어 있는 상태이다.