가. 원고와 피고는 2019. 4. 22. 대전 동구 C 지상 5층 규모의 근린생활시설(D, 이하 ‘이 사건 집합건물'이라 한다) 중 E호(이하 ‘이 사건 건물'이라 한다)에 관하여 매매대금을 556,490,000원으로 하는 부동산매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 매매계약서에는 특약사항으로 ‘이 사건 건물에 대한 부가세 38,528,000원 별도임'이라고 기재되어 있다.
나. 이 사건 건물에 관하여 2019. 4. 26. 원고 앞으로 소유권보존등기가 마쳐짐과 동시에 같은 날 피고 앞으로 이 사건 매매계약을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다.
다. 원고는 이후 2019. 4. 22.자로 이 사건 매매계약 중 건물 부분과 관련하여 공급가액 385,250,000원, 세액 38,525,000원으로 한 세금계산서를 발행하였다.