다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 10호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
가. 개발행위 허가신청 및 반려
원고는 2014. 10. 10.경 김제시장에게 생산관리지역인 김제시 C 전 1,527m² 및 D 답 4,595m²(이하 '이 사건 신청지'라 한다)에서 공업용원료 토사채취공사를 하기 위한 토석채취 등 개발행위 허가신청(이하 '이 사건 신청'이라 한다)을 하였다.
김제시장은 이 사건 신청에 대한 도시계획심의위원회의 자문을 얻기 위하여, 민원처리기한을 당초 2014. 10. 27.에서 2014. 12. 5.로 연장하였고, 그러한 취지의 공문을 원고의 신고 대행업체에 전달하였다.
김제시장은 2014. 12. 16. '이 사건 신청지는 광업권이 설정된 지역으로, 광업인이 아닌 원고는 채굴권이 없다'는 이유로 위 신청을 반려하였다(이하 '이 사건 반려처분'이라 한다).
나. 김제 지적 E의 광구 현황
이 사건 신청지는 광업지적 '김제 지적 E'에 속해 있는데, 위 광업지적에 속한 광구 현황은 아래 표와 같다.
다. 행정심판의 청구 및 인용 등
원고는 김제시장의 이 사건 반려처분에 관하여 전라북도 행정심판위원회에 그 취소를 구하는 행정심판을 청구하였고, 전라북도 행정심판위원회는 2015. 2. 16. '김제시장이 원고에게 이 사건 신청지의 광업권자 사용동의서 또는 산업통상자원부장관이 인정하는 전문조사기관의 조사결과 중 한 가지만 있어도 개발행위허가를 받을 수 있음에도 법령의 오인으로 양자를 모두 요구하였고, 원고의 위 요건 미비에 대한 보완요구를 할 수 있었음에도 특별한 사유 없이 보완요구를 하지 아니하였다'는 등의 이유로 원고의 행정심판 청구를 인용하는 재결을 하였다.
이에, 김제시장은 2015. 2. 25. 및 2015. 3. 18. 원고에게 이 사건 신청지 주변은 광업권이 설정된 구역이므로 광업권자나 조광권자의 동의서 또는 산업통상부장관이 인정하는 전문조사기관의 조사결과를 제출할 것을 보완 요청하여, 2015. 3. 27. 원고로부터 광업권자인 K 주식회사의 동의서를 받았고, 2015. 4. 10. 원고에게 허가기간을 2015. 4. 11.부터 2016. 4. 10.까지로 정하여 개발행위를 허가하였다(이하 '2015. 4. 10.자 허가'라 한다).
라. 감사원의 질의 및 김제시장의 보완요구
감사원은 2015. 7. 2. 김제시장에게 이 사건 신청지 일대에는 광업법 제2조에서 광물로 분류하는 고령토 및 사금·지르코늄·세륨 등이 분포하고 있고, 고령토에 대해 L 주식회사의 광업권(등록번호: J), 사금·지르코늄·세륨에 대해 M의 광업권(등록번호: I, 이하 '이 사건 광업권'이라 한다)이 설정되어 있는데, 고령토 광업권자인 L의 동의서만을 받고, 이 사건 광업권의 권리자인 M의 동의서는 제출받지 아니한 채 2015. 4. 10. 이 사건 신청에 관하여 허가하였는바, 그 사유가 무엇인지 질문하였고, 이에 김제시장은 김제시 관내에서 지르코늄·세륨 채굴허가를 신청한 사례가 전혀 없었고, 사금의 경우 지표면에서 약 9m 지하에 매장되어 있는 것으로 조사되었으며, 이 사건 허가는 주변 토지의 지표면보다 약 2m 정도 높은 곳의 공업용원료(고령토) 및 토사만을 채취하는 것이기 때문에 고령토 광업권자인 L의 동의서만을 제출받았던 것이라고 답변하였다.
김제시장은 2015. 7. 20., 2015. 8. 17., 2015. 9. 7. 3회에 걸쳐 원고에게, 이 사건 광업권의 권리자인 M으로부터 동의서를 받아 정해진 일자까지 제출하고, 위 동의서 제출시까지 공사를 중지할 것을 요구하였다.
마. 보완자료 미제출 및 개발행위 허가취소
김제시장의 보완요청에도 불구하고 원고가 광업권자 M의 동의서를 제출하지 아니하자, 김제시장은 2015. 10. 27. 청문절차를 거쳐 2015. 11. 5. 원고에게 했던 2015. 4. 10.자 허가를 취소하였다(이하 '2015. 11. 5.자 취소처분'이라 한다).
바. 개발행위허가취소에 관한 취소처분
원고는 2015. 12. 28. 감사원에 김제시장의 2015. 11. 5.자 취소처분이 부당하다는 진정서를 제출하였고, 김제시장은 이 사건 신청내용을 다시 검토하여 이 사건 신청지에 존재하였던 이 사건 광업권이 소멸하였음을 확인한 후, 2016. 2. 17. 종전에 했던 2015. 11. 5.자 취소처분을 취소하는 처분(이하 '이 사건 최종처분'이라 한다)을 하였다.