가. 원고는 산업교육을 진흥하고 산학협력을 촉진함으로써 새로운 지식 기술을 개발, 보급, 확산하여 국가 산업과 과학기술 발전에 이바지함을 목적으로 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따라 A대학교 내에 설립된 법인이다.
나. 피고는 1999. 3.경 A대학교 건설환경공학과 교수로 임용되어 재직하였다.
다. 피고는 2010. 9.경 주식회사 C(이하 ‘C'이라 한다)과 함께 환경부 연구개발과제에 참여하기 위하여 ‘D'을 연구과제(이하 ‘이 사건 연구개발과제'라 한다)로 한 ‘환경기술개발사업 연구개발계획서'를 작성하여 환경부 연구개발과제 사업단(이하 ‘사업단'이라 한다)에 제출하였고, C은 응모업체 중 최고 점수를 얻어 2010. 10. 27. 사업단과 3단계 1차연도 연구개발협약을, 2011. 8. 16. 3단계 2차년도 위탁연구계약을 각 체결하였다.
라. 피고는 2010. 10. 1.부터 2014. 5. 31.까지 진행하였던 이 사건 연구개발과제 중 제2위탁과제의 책임연구원이었고, 원고는 이 사건 연구개발과제의 위탁연구기관으로 선정되었다.
마. 피고는 2012. 3. 30. 4단계 1차연도 연구개발계획서를 제출하여 ‘계속' 사업으로 평가받은 후 2012. 7. 9. 사업단과 4단계 1차연도 사업단과제 협약을 체결하였다.
바. 피고는 ① C의 대표이사 E 등과 공모하여 3단계 2차년도 연차보고서 및 4단계 1차년도 연구개발계획서를 왜곡 내지 허위 작성하여 사업단에 제출함으로써 ‘계속' 사업으로 평가받은 후 사업단과 4단계 1차년도 사업단과제 협약을 체결한 다음, 한국환경산업기술원으로부터 원고를 통해 4단계 1차년도 연구비 명목으로 2012. 9. 12. 1,037,881,000원, 2013. 1. 16. 691,921,000원 등 합계 1,729,802,000원의 정부 출연금을 지급받아 이를 편취하였고, ② ‘국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정' 및 ‘국가연구개발사업의 대학 학생인건비 관리지침'이 국가 연구개발과제의 학생인건비 공동관리를 금지하고 있으므로 학생연구원의 인건비 통장을 회수하여 관리하거나 그 인건비를 재분배하거나 또는 그 인건비 중 일부를 연구실 공동경비로 유용하는 등으로 연구책임자 또는 개별 연구실 차원에서 학생인건비를 공동관리해서는 안된다는 것을 잘 알고 있었음에도 위 관련 규정에 위배하여 학생인건비를 공동관리하고 있거나 향후에도 계속 학생 인건비를 공동관리할 예정임을 숨긴 채 학생인건비 전액을 해당 학생연구원에게 모두 지급할 것처럼 거짓말하여 이에 속은 원고 담당자로 하여금 학생 연구원 명의 학생인건비 통장에 인건비를 송금하게 하는 방법으로 2010. 1. 15.경부터 2015. 1. 22.경까지 사이에 총 288회에 걸쳐 합계 205,880,078원의 학생인건비를 편취하였다는 범죄사실(이하 ‘이 사건 범죄행위'라 한다)로 항소심에서 2018. 9. 3. 징역 2년형을 선고받았고, 2019. 1. 17. 위 판결이 상고기각으로 확정되었다.
사. 환수대상 사업비를 집행하였던 한국환경산업기술원장은 2018. 10. 18. 원고 및 C에게 구체적인 환수대상금액 산출내역 및 환수금 납부기한을 통보하였고, 환경부장관은 2018. 11. 2. 원고, 피고에게 ‘연구부정 및 연구비 용도 외 사용'을 이유로 ‘연구비 환수처분 및 5년간 국가연구개발사업 참여제한‘의 국가연구개발사업 제재처분 사전통지를 하였다.
아. 이후 환수처분에 대한 피고의 이의신청이 일부 받아들여져 환경부는 2020. 1. 22. 최종적으로 원고 및 피고에게 '5년간 국가연구개발사업 제한제한 및 314,318,460원의 환수처분‘(이하 위 환수처분을 ‘이 사건 환수처분'이라 한다)을 하였다. 이는 구체적으로 3단계 1차년도 공동관리 학생인건비 31,071,382원, 3단계 2차년도 공동관리 학생 인건비 23,631,682원, 4단계 1차년도 연구비 전액 259,615,396원(학생 인건비 77,460,000원 포함)을 합하여 산정되었다. 이 사건 환수처분과 관련된 규정은 아래와 같다.

 환수금액을 감액할 수 있다.
자. 원고는 2020. 4. 1. 한국환경산업기술원에게 위 환수금 전액인 314,318,460원(이하 ‘이 사건 환수금'이라 한다)을 납입한 후 2020. 7 . 17. 피고를 상대로 이 사건 환수금 전액을 청구하는 이 사건 소를 제기하였다.