가. 참가인에 대한 사업시행자 지정 및 피고와의 분양위탁계약 체결
(1) 건설부장관(현재의 건설교통부장관)은 1991. 9. 20.경 산업입지및개발에관한법률(이하 산업입지법이라 한다) 제16조에 의거하여 피고보조참가인(변경전 명칭은 한국토지개발공사, 이하 참가인이라 한다)을 평택시 C 일대에 공단 및 공단전용항만(이하 전용항만이라 한다) 등을 조성하는 D국가공업단지개발사업의 시행자로 지정하였는데, 그 지정조건으로서 공단전용항만에 대한 시설공사는 해운항만청장에게 위탁하여 시행하도록 하였다.
(2) 한편 참가인은 1991. 10. 31. 산업입지법 제38조 제1항 단서에 의거하여 D국 가공업단지 내의 공장용지 등 분양업무를 피고(E공업공단을 승계한 F지역공업단지관리공단을 피고가 다시 승계함)에게 위탁하는 계약을 체결하였다.
나. 참가인과 피고의 분양공고 및 원고 등의 입주신청
참가인과 피고는 (1) 1991. 11. 21. 공장용지분양 및 전용항만 건설참여 공고를 하였는데 미분양되었고, (2) 1992. 4. 13. 2차 분양 및 건설참여 공고를 하였는데 원고 B 주식회사(이하 원고 B이라 한다)가 전용항만 1개 선석(280 m²)과 공장용지 132,232 m²에 대하여 입주신청을 하였고 나머지는 미분양되었으며, (3) 1993. 9. 21. 3차 분양 및 건설참여 공고를 하였는데 G 주식회사, H 주식회사, I 주식회사가 전용항만 각 1개 선석, J 주식회사 및 K 주식회사가 전용항만 1개 선석에 대하여 각 입주신청을 하였고, (4) 그 후 1994. 12. 10. 4차 분양 및 건설참여 공고를 하였는데 L 주식회사가 전용항만 1개 선석에 대하여, M 주식회사가 공장용지 33,300m²에 대하여 각 입주신청을 하였다.
다. 원고들과 피고의 분양계약 체결, 승계 및 원고들의 분양대금(선수금) 납입 (1) 피고는 원고 B의 위 입주신청에 대한 적격심사를 거쳐 1992. 6. 20. 원고 B에게 평택시 C 소재 D국가공업단지(이하 N지구라고 한다) 내 공장용지 105,800m²와 전용항만 1개 선석(280m²)을 분양하기로 하는 계약을 체결하였고, 이에 따라 원고 B은 같은 날 피고에게 분양계약금 1,388,931,820원을 지급하였다.
(2) 그런데 원고 B(지분율 32.995/60), M 주식회사(지분율 18/60), O 주식회사(지분율 9/60)는 1995. 11. 30.경 (D국가공업단지 내의) 공장시설 등의 건설과 운영 및 전용항만 건설사업참여 등을 목적으로 공동출자회사인 원고 주식회사 A(이하 원고 A이라 한다)을 설립하였는바, 당초 원고 B이 분양계약을 체결하였던 위 전용항만 1개 선석 및 위 공장용지 중 37,646m²를 원고 A이 승계하는 것으로 결정되었다.
(3) 그리하여 피고는, ㈎ 1995. 12. 14. 위 전용항만 1개 선석 280m²를, ㈏ 1996. 11. 15. N지구 내 공장용지 105,800m² 중 P 블록 Q호 37,646m²(공장용지에서 유통업무설비용지로 용도변경됨)를 각 원고 A에게 분양하기로 하는 (승계)계약을 체결하였고, 이에 따라 원고 A은 피고에게 1997. 4. 26. 분양(승계)계약금 및 1차중도금 합계 632,386,612원을, 1997. 10. 27. 2차중도금 210,795,537원을 각 지급하였다.
(4) 한편 원고 A과 피고 사이의 위 (승계)계약에 따라, 원고 B과 피고는 1996. 11. 15. 위 (1)항 기재 분양계약의 목적물을 N지구 P 블록 R호 68,154m²(＝105,800m²－ 37,646 m²)로 변경하는 계약을 다시 체결하였고, 그 후 원고 B은 피고에게 1997. 4. 26. 1차중도금 1,194,834,027원을, 1997. 10. 27. 2차중도금 861,255,282원을 각 지급하였다.
라. 건설부장관의 개발사업실시계획기간 및 그 변경에 관한 고시 등
(1) 건설부장관은 당초 D국가공업단지 (N지구)개발사업실시계획기간을 1992. 12. 31.부터 1996. 12. 31.까지로 정하여 고시하였다가, 1994. 12. 22.에 이르러 산업입지법 제17조에 의거하여 그 기간을 1, 2단계로 구분한 다음 1단계(육지부측)는 1992. 12. 31.부터 1997. 12. 31.까지로, 2단계(해면측)는 1992. 12. 31.부터 2001. 12. 31.까지로 변경한다는 내용을 고시하였다.
(2) 그런데, 참가인과 피고의 위와 같은 각 분양공고 및 분양계약체결은 위 건설부고시에 따른 것이었으며, 한편 참가인은 1994. 12. 5.경 D국가공업단지 내 공장용지 분양안내서를 통해 위 N지구개발사업의 1단계는 1994. 11월 착공하여 1997. 11월 준공될 것이고, 2단계는 1995년 착공하여 1999년 준공될 것이며, 따라서 그 토지사용시기는 1단계가 1997년 하반기로, 2단계가 1999년 하반기로 될 것이라고 설명하였다.
마. 전용항만건설 사업방식의 변경과 그 추진과정
(1) 당초 D국가공업단지의 전용항만건설은 참가인이 해운항만청장에게 위탁하여 시행하는 방식으로 추진될 예정이었으나, 1995. 8. 10.경 건설교통부, 해운항만청, 참가인 및 G 주식회사, H 주식회사, I 주식회사, J K 주식회사, L 주식회사, 원고 B(이하에서는 위 6개의 회사를 합하여 '참여업체들'이라 한다)의 각 실무자들이 모여 협의한 결과, 참여업체들이 전용항만건설을 대행하는 방식으로 추진하기로 변경하기에 이르렀다.
(2) 이에 따라 참여업체들은 전용항만건설사업을 추진하기 위하여 컨소시엄을 구성하고(원고 A은 원고 B을 대신하여 컨소시엄에 참여함), 1996. 1. 9. 주식회사 S(이하 S이라 한다)과 전용항만설계용역계약을, 1996. 2. 27. 주식회사 T(이하 T라고 한다)와 전용항만설계감리용역계약을 각 체결하였다.
(3) 원고 A은 위 각 용역계약에 기한 용역비 중 자신의 부담부분에 해당하는 몫으로, ㈎ S에게 1996. 1. 29. 50,638,000원을, 1996. 6. 7. 84,397,000원을, 1998. 2. 20. 16,879,400원을, 2000. 10월경 25,000,000원을 각 지급하였고, ㈏ T에게 1997. 2. 5. 10,670,000원을, 2000. 11. 6. 2,500,000원을 각 지급하였다.
(4) 그런데 1995. 12월 말경부터 참여업체들과 참가인 사이에 전용항만건설과 관련한 투자비보전, 항만시설관리권, 하역업면허, 사업시행자 변경 등의 문제에 관한 분쟁이 있었고, 또한 원고 A을 제외한 참여업체들은 1997년 말경의 소위 외환위기사태 등을 원인으로 참가인에게 전용항만건설사업의 연기요청 혹은 포기요청을 하였으며, 결국 원고 A을 제외한 나머지 참여업체들은 2000. 3월경 전용항만에 대한 각 분양계약(위 입주신청에 의하여 체결된 분양계약임) 자체를 합의해제하기에 이르렀다.
바. 원고들의 입주가능성 등
(1) 원고들이 피고와 체결한 위 각 분양계약(승계계약 및 변경계약 포함, 이하 같다) 상의 공장용지 혹은 전용항만시설은 D국가공업단지 N지구개발사업 2단계가 완성되어야 입주가 가능한 부분인데, 위 2단계 공사는 먼저 물막이 공사를 통해 전용항만건설을 완성한 다음 바다를 매립하는 방식으로 진행되는 것으로서, 전용항만건설에 최소한 4년이 걸리는데 반해 아직 전용항만건설공사는 착공조차 되지 않은 상황이다.
(2) 따라서, 위 2단계 공사는 2001. 12. 31.까지 현실적으로 완성될 수 없으므로, 원고들이 2001. 12. 31.까지 위 각 분양계약 상의 공장용지 및 전용항만시설에 입주한다는 것은 불가능하게 되었다.
(3) 한편, 원고들과 피고가 체결한 위 각 분양계약 제18조 제1항은 '수분양자는 분양용지가 분양대금 등을 선납하기로 한 협약에 따라 공급되는 점을 감안하여 공업단지개발사업시행자의 용지매수, 지상물철거, 조성공사에 따른 기간의 손실 및 실시계획(변경계획 포함)의 모든 내용을 수인하여야 한다'라고 규정하고 있었는바, 공정거래위원회가 1999. 11. 20. 위 규정은 아무런 객관적인 기준도 정함이 없이 사업자가 임의로 토지이전 시기 및 실시계획의 변경을 가능하게 하고 또한 수분양자에게 이로 인한 기간의 손실 및 모든 내용의 실시계획과 그 변경을 포괄적으로 수인하도록 하는 것으로서 고객에게 부당하게 불리한 불공정 약관조항에 해당하므로 60일 이내에 삭제 또는 수정하라고 의결하였고, 피고는 그 의결에 따라 위 규정을 '수분양가는 분양용지를 조성사업 준공 전에 공급받은 때에는 조성사업으로 인하여 불가피하게 발생되는 토지사용의 제한, 기타 불이익을 수인하기로 한다, 이 경우 공업단지개발사업시행자는 수분양자의 불이익이 최소화되도록 조성사업을 성실히 이행하여야 한다'는 내용으로 변경하였다.
사. 원고들의 분양계약해제 의사표시
원고들은 2001. 12. 31.까지 위 각 분양계약 상의 공장용지 및 전용항만시설에 입주할 수 없음을 이유로 위 각 분양계약을 해제하겠다는 의사가 담긴 이 사건 소장을 이 법원에 제출하였고, 이 사건 소장부본은 2000. 2. 9. 피고에게 송달되었다. (기록상 명백한 사실)
 인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1, 8, 16, 20~22, 25, 26, 33, 35, 37호증의 각 1, 2, 갑 제2, 5~7, 10, 11, 17, 24, 27, 29~31, 34, 36, 38호증, 갑 제9호증의 1~5, 갑 제23호증의 1~4, 갑 제28호증의 1~3, 을 제1~3, 5, 10, 15, 18~20호증, 을 제7, 13호증의 각 1~3, 을 제8, 9호증의 각 1, 2, 을 제11호증의 1~4, 을 제16호증의 1~8의 각 기재, 증인 U의 증언, 변론의
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