가. 피고 산하기관인 조달청은 수요기관을 국토해양부(현 국토교통부) 부산지방국토관리청으로 하여 부산 기장군 B리와 울산 울주군 C리를 연결하는 총 연장 7.68㎞의 국도건설공사(이하 '이 사건 공사‘라 한다)에 관한 입찰을 공고하였고, 원고가 이 사건 공사의 낙찰자로 선정되었다.
나. 원고는 2009. 4. 9. 피고와 이 사건 공사에 관하여 '계약금액 250,000,000원, 총공사 부기금액 94,631,986,120원, 착공일 2009. 4. 20., 준공일 2010. 4. 15., 공사기간 착공 후 금차 360일, 총공사 2,520일'로 정한 장기계속공사 방식의 도급계약(이하 '이 사건 공사계약‘이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 공사계약에 포함되는 '공사계약 일반조건' 중 이 사건과 관련된 주요내용은 별지1 기재와 같다(이하 ‘이 사건 일반조건'이라 한다).
다. 이후 원고와 피고는 이 사건 공사에 관하여 다음 표 기재와 같이 각 차수별 계약 및 이에 대한 변경계약을 체결하였는데(이하 각 차수별 계약 및 이에 대한 변경계약을 일괄하여 ‘이 사건 ○차수 계약‘이라 한다), 2012. 4. 25. 이 사건 3차수 계약에 대한 변경계약을 체결하면서 이 사건 3차수 계약의 준공기한을 '2012. 2. 12.‘에서 '2012. 5. 2.‘로, 이 사건 공사의 총 공사기한을 '2016. 3. 14.‘에서 '2016. 12. 31.‘로 변경하였다.

라. 원고와 피고는 2012. 2. 9. 이 사건 4차수 계약을 체결하면서 이 사건 공사에 관한 도급계약을 이전의 장기계속계약 방식에서 계속비계약 방식으로 변경하였고, 이후 다음 표 기재와 같이 준공일, 공사금액 등을 변경하는 이 사건 4차수 계약에 대한 각 변경계약을 체결하였다.


마. 원고는 피고에게 2016. 12. 29. "이 사건 공사와 관련하여 계약상대자의 책임 없는 사유로 인하여 준공기간이 당초 2016. 3. 14.에서 2017. 12. 31.까지 약 21.5개월 연장되었다. 현재 연장기간에 현장관리를 위해 월 1.5억 원의 비용이 투입되고 있고, 총 연장기간에 투입될 비용은 3,240,000,000원에 달할 것으로 예상된다. 이에 이 사건 일반조건 제23조에 의거하여 공사기간 변경으로 인한 계약금액 조정을 요청한다."는 내용의, 2018. 2. 22. "이 사건 공사와 관련하여 계약상대자의 책임 없는 사유로 인하여 준공기간이 당초 2016. 3. 14.에서 2018. 2. 28.까지 약 23.5개월 연장되었다. 이에 그간 발생한 투입비용(3,401,906,000원)에 대하여 계약금액 조정을 요청한다."는 내용의 각 내용증명을 보냈으나, 피고는 계약금액 조정을 받아들이지 않았다.
바. 이 사건 공사는 2018. 2. 28. 완료되었다.
사. 피고는 원고에게 2012. 5. 4. 이 사건 3차수 계약까지 공사대금을 모두 지급하였고, 2018. 3. 13. 이 사건 4차수 계약의 공사대금을 지급하였다.