가. C는 부동산 개발업 등을 목적으로 설립된 피고(변경전 상호: D 주식회사)의 발행주식 전부(600주)를 보유하면서, 2014.경부터 2017. 8.경까지 피고의 대표이사로 재직하였고, E은 토목건설업 등을 목적으로 설립된 주식회사 F(변경후 상호: 주식회사 G, 이하 ‘F'이라 한다)의 감사로 재직하면서 F을 실질적으로 경영하였다.
나. 피고는 2015. 10. 30. H 문중과 사이에, H 문중 소유의 화성시 I 및 J 토지 지상에 K 공장부지를 조성하는 개발사업(이하 ‘이 사건 사업'이라 한다)을 위한 공동사업계약을 체결하였다.
다. E과 F은 2017. 4. 14. C 및 피고와 사이에, E과 F이 C 및 피고로부터 이 사건 사업에 관한 피고의 권한 및 C 소유의 피고 발행주식을 양수하고, C에게 1,500,000,000원의 양도대금을 지급하기로 하는 내용의 권리양도 및 양수계약(이하 ‘이 사건 권리양수도계약'이라 한다)을 체결하였다.
라. C는 2017. 8. 7. 피고의 대표이사에서 퇴임하였고, 2018. 6.경 원고를 설립한 후 원고의 사내이사로 취임하였다.
마. C, 원고, E, 피고는 2019. 1. 21. 원고가 C의 이 사건 권리양수도계약상 권리의무를, 피고가 E 및 F의 이 사건 권리양수도계약상 권리의무를 각각 승계하여 이행하기로 합의(이하 ‘이 사건 승계합의'라 한다)하였고, E은 2019. 4. 12.경 피고의 사내이사로 취임하였다.
바. C는 2018. 10.경 E을 상대로 수원지방법원에 이 사건 권리양수도계약 및 이 사건 승계합의에 기한 양도대금 등의 지급을 구하는 민사소송(이하 ‘관련 민사소송'이라 한다)을 제기하였고, 위 소송계속 중 C와 E이 탈퇴하고 원고가 C의 승계참가인으로, 피고가 E이 피고의 인수참가인으로 위 소송에 참여하였다.
사. ① 관련 민사소송의 1심 법원인 수원지방법원은 2019. 12. 19. ‘피고는 이 사건 승계합의에 따라 원고에게 이 사건 권리양수도계약에서 정한 양도대금 중 미지급금 1,220,660,000원(=1,500,000,000원 – 2018. 3. 14.부터 2018. 10. 22.까지 지급한 합계 159,340,000원 – 2019. 2. 25.부터 2019. 4. 5.까지 지급한 합계 120,000,000원)을 지급할 의무가 있다'는 이유로 ‘피고는 원고에게 1,220,660,000원 및 이에 대한 지연손해금을 지급하라‘는 판결을 선고하였다(수원지방법원 2018가합24342). ② 피고가 위 1심 판결에 불복하여 항소하였고, 항소심 법원인 수원고등법원은 2020. 12. 3. '피고가 이 사건 권리양수도계약 및 이 사건 승계합의에 따라 원고에게 지급해야 할 양도대금 잔금은 1,220,660,000원이고, 원고가 피고에게 이 사건 권리양수도계약 제5조 및 이 사건 승계합의에 따라 피고가 L 주식회사에게 부담하게 된 부외부채 채무 470,000,000원 및 이에 대한 지연손해금을 지급하여야 하는데, 피고가 위 부외부채 채권을 자동채권으로 하여 이 사건 권리양수도계약에 따른 대금채권과 상계한다는 의사표시를 하였으므로, 위 잔금 채권 1,220,660,000원과 위 부외부채 채무 등의 원리금 521,396,174원은 상계적상일인 2019. 11. 11. 소멸하였다‘는 이유로 '피고는 원고에게 위 상계 후 남은 이 사건 권리양수도계약에 따른 대금채권액 699,263,826원(=1,220,660,000원 – 521,396,174원) 및 이에 대하여 2019. 11. 12.부터 2020. 12. 3.까지는 연 6%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라‘는 내용의 판결을 선고하였으며(수원고등법원 2020나10448), 위 판결은 그 무렵 그대로 확정되었다.
아. 한편, 관련 민사소송의 1심 및 항소심은 각 판결을 선고하면서 판결 이유에서 다음과 같은 판단을 하였다.

자. 원고는 2020. 1. 29. 관련 민사소송의 가집행선고부 제1심 판결에 기하여 수원지방법원 M로 피고 소유의 화성시 N 임야 1484㎡ 외 5필지에 관한 부동산강제경매신청을 하였고, 피고는 2020. 10. 6. 800,000,000원을 공탁하고 위 강제경매절차를 정지시켰는데, 2020. 12. 15. 담보권리자의 동의가 있었다는 이유로 위 공탁금에 대한 담보취소결정이 내려졌다.
차. 한편, ① 법무법인(유한) O은 2020. 11. 16. 서울중앙지방법원 2020카단819859호로 원고를 채무자, 피고를 제3채무자로 하여 원고가 피고에 대하여 가지는 이 사건 권리양수도계약 등에 기한 대금지급채권 중 32,749,000원에 대하여 가압류결정을 받았고, ② P은 2020. 12. 4. 수원지방법원 2020카단507275호로 원고를 채무자, 피고를 제3채무자로 하여 원고가 피고에 대하여 가지는 관련 민사소송의 판결금채권 중 225,000,000원에 대하여 가압류결정을 받았다.
카. 피고는 2020. 12. 17. 원고에게 관련 민사소송의 항소심 판결에 따라 원고에게 지급해야 할 잔존 판결금 원리금 746,967,029원(지연손해금 포함)에서 위 판결금채권에 대한 위 차.항의 청구금액 중 232,749,000원P 200,000,000원, 법무법인(유한) O 32,749,000원을 공제한 나머지 514,218,029원(=746,967,029원 – 232,749,000원)을 지급하였고, 위 금원의 지급 당시 ‘작성일자 2020. 12. 17., 공급자 원고, 공급받는자 피고, 공급가액 1,109,690,910원, 세액 110,969,091원, 합계금액 1,220,660,001원‘으로 한 전자세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서‘라 한다)가 발행되었으며, 원고는 아래와 같은 내용의 확인각서(이하 '이 사건 확인각서‘라 한다)를 작성하여 피고에게 교부하였다.

타. 원고는 2020. 12. 23. 이 사건 세금계산서의 발행을 취소하는 내용의 수정전자세금계산서를 발행하면서 '수정사유‘란에 '계약의 해제‘라고 기재하였으나, 이후 피고가 이 사건 세금계산서를 매입세금계산서로 신고하여 부가가치세 10,351,730원을 환급받았고, 원고는 화성세무서로부터 2020년 2분기 부가가치세 107,649,190원을 납부하라는 통지를 받았다.