가. 피고는 2011. 10.경 하남시 B, C, D, E 일원 약 2,142,000m²에서 시행하는 F공사 1공구(이하 '이 사건 공사'라 한다)에 관하여 입찰을 위한 현장설명회를 실시하였고, 위 현장설명회에 참여한 원고에게 현장설명서(이하 '이 사건 현장설명서'라 한다)를 교부하였는데, 이 사건 현장설명서의 주된 내용은 아래와 같다.

나. 원고는 G 주식회사 등과 공동수급체(출자비율 원고 73.5%, G 주식회사 및 H 주식회사 각 9.19%, 주식회사 I 8.12%, 이하 '이 사건 공동수급체'라 한다)를 구성하여 이 사건 공사에 관한 피고의 입찰에 응하여 낙찰자로 선정되었고, 이 사건 공동수급체는 2011. 11. 22. 피고와 이 사건 공사에 관하여 계약금액 51,481,319,214원, 착공일 2011. 11. 23., 준공예정일 2014. 12. 22.로 하는 도급계약을 체결하였다(이하 '이 사건 도급계약'이라 한다). 이 사건 도급계약 중 이 사건과 관련된 부분은 아래와 같다.

다. 피고는 2012. 4. 27.경부터 2017. 2. 14.경까지 총 53회에 걸쳐 이 사건 공동수급체에 공사대금을 전액 지급하였고, 이 사건 공사는 2016. 12. 31. 완공되었으며, 이 사건 공동수급체는 2017. 2. 17. 피고와 이 사건 공사의 최종 공사대금의 액수를 94,558,923,000원, 착공일 2011. 11. 23., 준공일 2016. 12. 31.로 확인하는 준공 공사도급계약을 체결하였다.
라. 위 공사대금은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항, 제51조의2 제3항, 주택법 제2조 제3호(이하 '관련법령'이라 한다)에 따라 이 사건 공사의 총 공급가액 중 주택단지의 총 유상공급면적에서 국민주택면적이 차지하는 비율에 해당하는 공급가액(면세비율 23.58%)에 대해서는 부가가치세가 면제된다고 보아, 나머지 공급가액(과세비율 76.42%)에 대해서만 10% 상당의 부가가치세 상당액을 가산한 금액으로 결정되었다.
마. 한편, 국민주택 건설용역이 포함되지 않은 택지조성공사만 수행하고 주된 용역인 국민주택 건설공사는 다른 시공사들이 수행한 경우 택지조성공사 용역은 관련법령에서 정한 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설의 부수용역이라고 볼 수 없다는 취지의 대법원 판결이 선고되었고, 서울지방국세청은 피고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 공사의 총 공급가액에 대하여 부가가치세가 과세되어야 한다고 보아 2018. 9. 20. 원고에게 2013년도 2기부터 2017년 1기까지의 부가가치세를 경정·고지할 예정임을 통지하였다.
바. 종로세무서장은 2018. 10. 12. 2013년도 2기부터 2017년도 1기까지의 부가가치세 본세 및 세금계산서 미교부, 신고 불성실, 납부 불성실에 따른 가산세를 경정·고지하였고, 원고는 2018. 7. 25. 2013년도 1기분 부가가치세를 수정신고하였다.
사. 원고는 2017. 9. 1. 피고에게 이 사건 공사와 관련하여 추가로 부과될 예정인 부가가치세 본세 및 가산세의 지급을 청구하였으나, 피고는 이를 거절하였다.