가. 당사자의 지위
원고는 대구 서구 C 대 250.1㎡ 및 그 지상 집합건물(다음부터 이를 통틀어 ‘이 사건 부동산'이라 하고 그 중 지상 집합건물을 ‘이 사건 건물'이라 한다)의 소유자였던 사람이다. 피고는 이 사건 부동산을 포함한 대구 서구 D동 일대를 사업부지로 하여 지역주택개발사업을 진행하는 지역주택조합이다.
나. 이 사건 부동산에 관한 매매계약
1) 원고는 2015. 5. 6. 피고와, 원고가 피고에게 이 사건 부동산을 매매대금 23억 원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하였다. 피고는 2016. 8. 16. 및 2016. 11. 25. 원고에게 계약금 합계 2억 3,000만 원을 지급하였다.
2) 원고는 2018. 8. 21. 피고와, 위 매매계약의 매매대금을 25억 원으로 증액하기로 하는 매매계약 변경약정을 체결하였다. 피고는 2018. 9. 5. 원고에게 중도금 3억 원을 지급하였다.
3) 원고는 2018. 11. 6. 피고와, 위 매매계약의 매매대금을 26억 원으로 증액하고, 그 중 이미 지급받은 계약금 및 중도금 합계 5억 3,000만 원을 제외한 나머지 20억 7,000만 원을 잔금으로 하며, 특약으로 피고가 원고에게 이 사건 건물의 임차인들에게 반환되어야 할 임대차보증금 명목으로 7억 원을 추가 지급하기로 하는 매매계약 추가약정을 체결하였다.
4) 원고와 피고는 2018. 11. 6. 아래와 같은 내용의 협의서(다음부터 ‘이 사건 협의서'라 한다)를 작성하였고, 2019. 2. 14. 이 사건 협의서에 대하여 공증을 받았다.

5) 피고는 2018. 11. 20. 이 사건 부동산에 관하여 2018. 11. 8. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다. 피고는 원고에게 2018. 11. 20. 잔금 중 15억 5,000만 원을 지급하였고, 2020. 3. 3. 잔금 중 나머지 5억 2,000만 원을 지급하였다.
6) 한편 피고는 2018. 12. 11.부터 2019. 8. 14.까지 이 사건 건물 임차인 11명에게 임대차보증금 합계 3억 9,700만 원을 직접 지급하였다. 피고는 2020. 3. 3. 원고에게, 원고가 이 사건 건물 임차인들에게 이미 반환한 임대차보증금에 해당하는 합계 1억 9,800만 원을 지급하였다.
다. 이 사건 부동산에 관한 양도소득세 등의 부과
1) 원고는 2019. 1. 24. 피고에게 ‘2018. 11. 8. 매매계약에 의한 양도소득세를 2019. 1. 31.까지 납부해야 하므로, 이 사건 협의서에 의한 7억 원에 관한 양도소득세 498,960,000원을 지급하여 주면 위 기한까지 납부하겠다. 기한 내에 납부하지 않으면 가산금 10%와 납부불성실가산금 4%가 부과된다.'라는 내용의 내용증명을 발송하였다.
2) 원고는 2019. 1. 31. 매매대금 26억 원을 양도가액으로 한 이 사건 부동산의 양도에 따른 세금 342,252,652원(= 양도소득세 311,138,775원 + 지방소득세 31,113,877원)을 신고하고 2019. 3. 31.까지 이를 모두 납부하였다.
3) 원고는 피고에게 2020. 3. 20. ‘이 사건 협의서에 의한 7억 원에 관한 양도소득세 353,434,150원을 지급하여 주면 2020. 4. 29.까지 납부하겠다'라는 취지의 내용증명 및 2020. 5. 13. ‘이 사건 협의서에 의한 7억 원에 관한 양도소득세 530,562,243원을 지급하여 주면 2020. 5. 31.까지 납부하겠다'라는 취지의 내용증명을 각각 발송하였다.
4) 원고는 2021. 6.경 2021. 6. 30.을 기준으로 매매대금 26억 원, 보증금 7억 원 및 위 7억 원 부분에 대한 양도소득세 등의 합계를 양도가액으로 한 이 사건 부동산의 양도에 따른 세금 937,779,871원= 양도소득세 852,547,652원(= 양도소득세 본세 721,048,586원 + 가산세 131,499,066원) + 지방소득세 85,232,219원(= 지방소득세 본세 72,104,858원 + 가산세 13,127,361원)을 수정신고하였다.