가. L은 M치과네트워크 소속 각 치과병원의 실질적 소유자이고, 원고들은 L과의 약정에 따라 M치과네트워크 소속 각 치과병원(이하 통틀어 ‘이 사건 각 병원'이라 한다)의 원장들의 직위를 맡아 L으로부터 월 매출액의 20%를 대가로 받으면서 근로를 제공한 근로자들이다. 원고들이 L과 체결한 권리약정(이하 ‘이 사건 약정'이라 한다)의 주요 내용은 다음과 같다.
제5조 원고들의 수입
1) 월 매출액의 20%를 세후 실수령액으로 하며 기본급은 없다.
2) 사업소득세 및 공과금은 상기 사업자의 통장에 적립하며 적립액이 부족할 때에는 L이 부족금액을 모두 부담한다.
제6조 소유권
1) 사업장 내 동산 및 유체동산(의료기기, 사무기기, 기타 사업장에서 구입하는 모든 물품 등)과 임대보증금 등의 소유는 L의 소유이며, 원고들은 여타의 소유권을 행사할 수 없다.
2) 사업장 운영과 관련된 원고들 명의의 입출금 통장은 L의 소유이며 원고들은 여타의 소유권을 행사할 수 없으며 계좌번호 및 비밀번호를 원고들이 임의로 변경할 수 없다.
나. 원고들은 자신들의 이름으로 이 사건 각 병원의 사업자등록을 마친 후, 관할 세무서장들(이하 통틀어 ‘처분청'이라 한다)에게 별지 목록2 기재와 같이 사업소득에 대한 종합소득세를 각각 신고·납부하였다(이하 원고들의 위 각 종합소득세 신고를 통틀어 ‘이 사건 신고'라 하고, 원고들이 납부한 위 각 종합소득세를 통틀어 ‘원고들의 각 기납부세액'이라 한다).
다. 서울지방국세청은 L에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 각 병원을 포함한 M 치과네트워크 소속 각 치과병원의 매출누락금액을 반영한 소득금액을 실제사업자인 L의 사업소득으로 경정하면서 원고들을 포함한 사업명의자들에 대한 부외급여를 필요경비로 공제하는 한편, 원고들을 포함한 사업명의자들의 근로소득자료를 처분청에 통보하였다.
라. 이에 따라 처분청은 원고들에게 별지 목록3 기재와 같이 근로소득에 대한 종합소득세를 각각 경정·고지하였고(이하 통틀어 ‘이 사건 처분'이라 하되, 본세 부분을 통틀어 ‘이 사건 본세 부과처분'이라 하고, 가산세 부분을 통틀어 ‘이 사건 가산세 부과처분'이라 한다), 원고들은 이 사건 처분에 따라 별지 목록3 ‘최종납부일' 란 기재 각 납부일까지 본세 및 가산세를 모두 납부하였다(이하 통틀어 ‘원고들의 각 추가납부세액'이라 하되, 본세 부분을 통틀어 ‘원고들의 각 추가납부본세액'이라 하고, 가산세 부분을 통틀어 ‘원고들의 각 납부가산세액'이라 한다).
마. 또한 처분청은 L이 실제사업자라는 이유로 원고들이 신고한 사업소득을 모두 부인하고, 원고들의 각 기납부세액을 L의 기납부세액으로 보아 L의 체납세액에 충당하였다.
바. 한편 ① 2015. 3. 6.부터 2016. 3. 6.까지 시행된 구 국세기본법 시행규칙(2016. 3. 7. 기획재정부령 제543호로 개정되기 전의 것) 제19조의3에서 정한 환급가산금의 이율은 연 1,000분의 25이고, ② 2016. 3. 7.부터 2017. 3. 14.까지 시행된 구 국세기본법 시행규칙(2017. 3. 15. 기획재정부령 제611호로 개정되기 전의 것) 제19조의3에서 정한 환급가산금의 이율은 연 1,000분의 18이며, ③ 2017. 3. 15.부터 2018. 3. 18.까지 시행된 구 국세기본법 시행규칙(2018. 3. 19. 기획재정부령 제665호로 개정되기 전의 것) 제19조의3에서 정한 환급가산금의 이율은 연 1,000분의 16이고, ④ 2018. 3. 19.부터 2019. 3. 19.까지 시행된 구 국세기본법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제715호로 개정되기 전의 것) 제19조의3에서 정한 환급가산금의 이율은 연 1,000분의 18이며, ⑤ 2019. 3. 20.부터 2020. 3. 12.까지 시행된 구 국세기본법 시행규칙(2020. 3. 13. 기획재정부령 제771호로 개정되기 전의 것) 제19조의3에서 정한 환급가산금의 이율은 연 1,000분의 21이다.