facts: 가. 원고는 원자력과 수력, 양수발전 등을 통해 전력을 생산하는 발전전기업 및 전력설비건설업 등을 영위하는 공기업이고, 피고는 국립 B대학교의 설립‧운영 주체로서, 위 대학교는 그 산하에 수산해양과학에 관한 연구 및 기술개발 등을 주요사업으로 하는 연구소인 B대학교 수산과학연구소를 두고 있다. 나. 원고는 2005. 6. 16. 원고가 운영하는 C원자력발전소 1호기 내지 4호기가 배출하는 온배수에 따른 어업피해보상을 위하여, D군내 18개 어촌계 등 1,800여 명의 어민들로 구성된 E대책위원회(이하 'E 대책위원회'라 한다)와의 합의에 따라, F대학교 해양과학기술연구소 및 G대학교 해양과학공동연구소와 위 원자력발전소들이 배출하는 온배수의 영향범위에 관한 조사용역계약을 체결하였고, 위 각 연구소는 2006. 1. 5.경부터 2007. 11. 4.경까지 그 조사용역을 수행한 다음 2007. 11.경 원고에게 'C원전 4개호기 가동에 따른 D지역 어업피해 조사 최종 보고서'를 제출하였다. 다. 그러나 E 대책위원회가 위 최종보고서의 조사결과에 대하여 이의를 제기하였고, 원고는 2008. 12. 2. E 대책위원회와, C원전 4개호기 운영에 따른 어업피해(3, 4호기 출력증강 포함)에 관한 보완조사 및 H원전 4개호기 운영에 따른 어업피해 예측에 관한 조사를 실시하기로 합의하였다. 라. 원고는 위 합의에 따라 2009. 8. 14. B대학교 수산과학연구소(이하 '피고 연구소'라 한다)와 'C 및 H 원전 운전영향 D지역 어업피해 조사용역'에 관하여 총 계약금액 926,400,000원, 계약보증금 185,280,000원(총 계약금액의 20%, 정부출연기관이므로 지급각서를 징구하고 계약보증금의 지급의무를 면제함), 착공연월일 2009. 9. 10., 준공연월일 2011. 4. 9.로 하는 용역계약을 체결하였고, 위 조사용역계약은 이후 4차례의 변경계약을 거쳐 최종적으로 총 계약금액 1,034,066,202원, 준공연월일 2011. 8. 9.까지로 변경되었다(이하 위와 같이 변경된 최종 용역계약을 '이 사건 용역계약'이라 한다). 이 사건 용역계약의 주된 내용은 아래와 같다.     마. 원고는 피고 연구소에 이 사건 용역계약에 따른 용역의 진행 정도에 따라 총 6차례에 걸쳐 계약금액 중 765,524,274원(= 2009. 10. 26. 선급금 164,000,000원 + 2010. 1. 4. 1차 기성금 200,249,030원 + 2010. 5. 28. 2차 기성금 90,702,209원 + 2010. 10. 4. 3차 기성금 142,864,676원 + 2010. 12. 30. 4차 기성금 109,030,618원 + 2011. 5. 3. 5차 기성금 58,677,741원)을 지급하였다. 바. 피고 연구소는 약 23개월간의 조사를 거쳐 2011. 8. 8. 원고에게 이 사건 용역계약에 따른 최종보고서를 제출하면서 준공신청을 하였다. 그러나 원고는 2011. 8. 10. 위 연구소에 대하여 이 사건 용역계약 제23조 등에 따른 검사에 필요한 자료가 이행되지 않아 준공신청을 반려한다고 통지하면서, CD를 포함한 보고서(초안) 5부 및 용역수행 과정에서 조사한 어업원부, 기초조사(통계)자료, 분석기초자료 등 각종 검사 기초자료 원본 등을 제출할 것을 요구하였고, 같은 달 12. 재차 '보고서 검사를 위한 필수 제출 요구자료'라는 명칭 하에 별지 기재와 같이 온배수 확산 모의결과 검증을 위한 전체 모델링 해역에 대한 모의결과 일체 등의 자료를 제출할 것을 요구하였다. 사. 이에 피고 연구소는 2011. 8. 22. 원고에게 원고의 시정요구에 따라 일부 시정한 최종보고서 및 보고서 검사를 위하여 원고가 요구한 필수 자료(동계, 추계, 춘계, 하계 등 4계절에 대한 수온자료 및 유속자료, 모델초기조건 및 경계조건, 방류량 및 수온조건, 배수구입력최종수온자료 등, 을 제4호증 중 1 내지 10면)를 다시 제출하면서 준공재신청을 하였으나, 원고는 2011. 9. 1. '이미 제출한 어업실태보고서와 원본자료 등은 재정리가 필요하므로 조속한 시일 내 다시 제출할 것과 해양물리와 관련하여 7개항, 어업생산량과 관련하여 24개항, 어업피해정도와 관련하여 6개항에 관하여 시정조치를 할 것(이하 '1차 시정요구'라 한다)을 요구하였다. 자. 피고 연구소는 2011. 9. 19. 시정조치에 대한 답변서, 시정요구 내용을 반영한 보고서(이하 '1차 수정 보고서'라 한다) 및 원고가 요구한 자료(을 제4호증 중 11 내지 44면)를 제출하였으나, 원고는 2011. 10. 6. 1차 시정요구 당시 요구하였던 어업실태보고서와 원본자료 등을 다시 제출할 것을 요구하면서 1차 시정요구사항에 대한 피고 연구소의 답변에 관하여 추가 시정요구(이하 '2차 시정요구'라 한다)를 하였다. 차. 피고 연구소가 2차 시정요구에 따른 답변과 자료제출을 준비하던 중인 2011. 10. 31. 원고, 피고 연구소 및 E 대책위원회 3자간 협의가 있었고, 위 협의 과정에서 온배수 확산 수치모델을 재설정하기로 하는 합의가 성립되었다. 카. 이에 피고 연구소는 원고와의 협의를 거쳐 온배수 확산 수치모델을 재설정한 후 2012. 1. 16. 2차 시정요구에 따라 수정한 최종보고서(이하 '2차 수정 보고서'라 한다) 및 관련 자료 등(을 제4호증 중 45 내지 58면)을 다시 제출하였다. 타. 그러나 원고는 2012. 1. 31. 온배수 확산 등에 관한 자료, 어업생산량의 어업권별 기초 현장조사자료 등을 추가로 요청하는 등 다시 위 보고서에 대한 시정요구(이하 '3차 시정요구'라 한다)를 하였고, E 대책위원회도 2012. 2. 6. 조사보고서에 1995년 이전 수협 위판자료를 적용하여야 한다는 점을 지적하였다. 이에 피고 연구소는 2012. 3. 13. 1995년 이전 수협 위판자료를 적용한 조사보고서(이하 '3차 수정 보고서'라 한다)와 그 밖에 요청된 자료들을 다시 제출하였으나, 원고는 같은 달 29. 위 보고서의 내용 중 일부에 오류가 있다고 주장하면서 보고서 내용의 재검토를 요청하였다. 파. 피고 연구소는 2012. 4. 30. 원고의 위 시정요구를 반영한 최종보고서(이하 '최종 수정 보고서'라 한다)를 제출하였다. 그러나 원고는 2012. 5. 14. 위 연구소에 '이 사건 용역계약 제33조 제1항 제8호, 제40조 및 제42조 규정 위반, 특수조건 8.의 다., 라. 규정 위반'을 이유로 위 보고서의 준공검사 불합격 통보를 한 후 2013. 12. 3. 이 사건 용역계약 제33조 제1항 제2, 8, 10호에 따라 이 사건 용역계약을 해제한다고 통보하였다. 하. 원고는 2014. 1. 17. 피고 연구소에 지급기한을 2014. 2. 5.로 정하여 계약보증금 206,813,240원(총 계약금액의 20%)을 지급하고 이 사건 용역계약에 따라 지급받은 기성금 765,524,274원을 반환하라고 통보하였고, 2015. 9. 3. 지급기한을 2015. 9. 10.로 다시 정하여 위 연구소에 위 계약보증금 및 기성금을 지급할 것을 독촉하였다.