facts: 가. 이 사건 사업의 시행
  원고는 천안시 서북구 불당․백석동, 동남구 신방동 및 아산시 배방읍 등 일원 1,680,205.9㎡에서 국토해양부 고시 제2009-1133호(2009. 12. 2.)로 실시계획승인을 받은 아산탕정지구 택지개발사업(이하 ‘이 사건 사업'이라 한다)을 시행하였다.
  나. 대체산림자원조성비 및 농지보전부담금의 납부
  원고는 이 사건 사업과 관련하여 피고(실제로는 피고의 사무를 위임받은 충청남도지사와 협의하였다. 이하 충청남도지사가 국가사무 수임기관으로서 한 행위를 모두 피고가 한 것으로 적는다.)와 협의를 거쳐 2010. 5. 27. 대체산림자원조성비 823,722,970원을 납부하였다. 또한 원고는 이 사건 사업 실시계획승인 과정에서 피고와 농지전용 협의를 거쳐 2011. 11. 21. 농지보전부담금 81,122,774,290원을 납부하고, 2012. 9. 28. 실시계획 변경승인에 따라 추가로 농지보전부담금 950,416,780원을 납부하였다.
  다. 대체산림자원조성비 및 농지보전부담금의 환급요청 및 거부
  1) 원고는 2016. 4. 30. 이 사건 사업 1단계 준공 후, 농지보전부담금과 대체산림자원조성비를 중복하여 납부하였다고 주장하며 피고에게 ‘지목이 임야이나 사실상 농지로 사용되었던 토지'에 대한 대체산림조성비의 환급을 요청하였다. 이에 대하여 피고는 2016. 9. 7. 원고에게 ‘산지전용허가 없이 무단으로 개간한 산지는 산지관리법 취지에 따라 복구되어야 할 산지로 보아야 한다. 다른 법률에 따라 산지전용허가를 받지 아니한 것으로 의제되는 경우에는 대체산림자원조성비를 환급할 수 있으나, 원고가 환급을 요청하는 산지는 이미 산지전용을 협의한 면적에 포함되어 있으므로, 대체산림자 원조성비를 환급받으려면 먼저 위 산지의 면적을 기존에 산지전용을 협의한 면적에서 제척하는 변경협의를 거쳐야 한다.'는 이유로 원고의 환급 요청을 거부하였다.
  2) 그러자 원고는 2016. 11. 9. 피고에게 ‘원고가 납부한 농지보전부담금 중 지목이 임야인 사실상 농지에 대한 749,765,660원'은 대체산림자원조성비와 농지보전부담금이 중복으로 부과된 것이라며 농지보전부담금의 환급을 요청하였다. 이에 대하여 피고는 2016. 11. 30. 원고에게 ‘기 납부한 농지보전부담금은 2012년도 농지전용 변경협의에 따라 부과된 것이므로, 환급을 요청하려면 먼저 원고가 환급을 요청하는 필지에 대한 농지전용 변경협의를 거쳐야 한다.'는 이유로 원고의 환급 요청을 거부하였다.
  3) 원고는 피고와 농지전용 변경협의를 위해 국토교통부와 협의를 진행하였으나, 국토교통부는 ‘농지전용 변경 건은 실시계획 변경사항이 아니라 별도처리사항'이라는 의사를 밝혔다. 원고는 2020. 6. 11. 다시 피고에게 ‘국토교통부가 실시계획을 변경할 사항이 아니라고 하고, 실시계획 변경이 없더라도 대법원 2018. 6. 28. 선고 2015두55769 판결의 취지에 따르면 지목이 임야이고 실제로는 농지로 이용되는 토지가 적법하게 개간된 농지라는 증명이 없는 농지보전부담금 부과처분은 위법하므로, 농지보전부담금을 환급해 달라‘고 요구하였으나, 피고는 2020. 7. 2. 종전 회신과 같은 취지에서 '농지전용 변경협의 없이는 농지보전부담금을 환급할 수 없다‘며 원고의 환급 요청을 거부하였다.