分子力学 分子力学采用经典力学来模拟分子体系在分子力学中使用分子力场方法计算出所有系统的势能分子力学可用于研究小分子也可用于研究具有成千乃至上百万原子数的大型生物系统或材料 全原子分子力学方法具有以下性质 将每个原子模拟为单个粒子 每个粒子具有一个半径值通常为范德华半径极化率和一个恒定的净电荷数通常来自于量子计算和或实验 将原子间互相成键作用模拟为连线取平衡距离等于实验或计算所得的键长 这个方法有几个可能的变体例如许多模拟方法曾使用原子团模型此模型将一个甲基基团或亚甲基单元视为单个粒子而大型蛋白系统则通常使用珠模型此模型将一个氨基酸视为二至四个粒子进行模拟