分子生態學 分子生態學是利用进化生物学理论采用分子生物学和基因组学的实验方法和技术手段统计学和数学的分析方法通过计算机科学的技术和算法旁及地学古气候学等 研究物种和种群的遗传变异及表观遗传变异遗传谱系 探讨生物多样性演化生物地理演化物种分化生态适应等的生态学和进化生物学机制 研究范围包括种群演化历史种群分化和物种形成机制寄主选择配偶选择繁殖行为生殖方式精子竞争扩散和建群遗传谱系地理演化遗传分化和局部适应生态适应的遗传基础气候变化的生态学和进化生物学后果生物对环境变化的响应机制遗传多样性评估食性鉴定觅食行为濒危生物贸易的监测个体和种群鉴定外来入侵种溯 源及入侵机制遗传修饰生物的生态风险评估有害生物防控等 分支学科包括分子群体遗传学谱系生物地理学生态基因组学景观遗传学系统发生群落生态学等 由於很多微生物不能很容易地在實驗室中培養海水中的土壤中的左右活性污泥中可被分離培養因此不能用傳統的鑒別和描述菌株的辦法研究它們另外隨著聚合酶鏈式反應PCR技術的發展人們可以快速擴增遺傳物質DNA 環境樣品中DNA的擴增通常需要一組用於特定微生物的引物而得到遺傳物質的混合物將其分離隨後進行測序和鑒別經典的分離辦法是通過克隆將擴增的DNA片段插入到細菌質粒上實現的較新的方法包括變性梯度凝膠電泳DGGE可以更快地得到結果 分子生態學的發展也和DNA芯片的使用緊密相關該技術可以高通量檢測環境中的特定生物或基因 分子生態學中可以使用很多基因進行研究在分類學角度最常應用的基因是核糖體小亞基RNASSU rRNA而功能性基因的研究有助於判斷微生物在該環境中的活動 微生物生態學中和分子技術相關的一個重要問題就是這些生物以主動進行正常代謝和繁殖還是被動靜息休眠的方式存在這可以用幾種方式來解決 利用逆轉錄酶擴增活躍的基因 用熒光原位雜交FISH對環境中包含特定基因的細胞進行檢測和計數