5-甲基胞嘧啶 甲基胞嘧啶methylcytosine為胞嘧啶受到甲基化之後附加一個甲基於號碳上的的型態結構改變但與互補鹼基的配對性質不變 甲基胞嘧啶是一種表观遺傳修飾參與的酵素稱為DNA甲基轉移酶DNA methyltransferase對於細菌而言甲基胞嘧啶可見於各式不同的位置可用來作為一種標記保護DNA不受自身的甲基化敏感methylationsensitive限制酶破壞在植物體內甲基胞嘧啶出現於CpG與CpNpG序列裡而對真菌及動物來說則主要存在於CpG雙核苷酸CpG dinucleotides中所有真核生物細胞中皆只有少量此類位置脊椎動物的CpG胞嘧啶約有到受到甲基化 胞嘧啶受到脫氨作用後會轉變成尿嘧啶不過此情形相會被DNA修復酵素辨識並移除而甲基胞嘧啶在脫氨作用之後則會形成胸腺嘧啶此種轉變會導致置換突變transition mutation的發生 一般的胞嘧啶可在某些化學物質如亞硝酸的作用下而發生脫氨作用進而轉變成胸腺嘧啶甲基胞嘧啶可以抵抗亞硫酸所可能造成的脫氨作用因此可用亞硫酸定序法bisulfite sequencing來分析DNA胞嘧啶的甲基化情形