SAM格式 SAMSequence Alignment Map可直译为序列比对地图是生物信息学中一种用于储存已比对到基因组上的序列信息的文件格式SAM格式是在千人基因组计划期间由李恒英语Heng Li等人为了取代过去的MAQ格式开发出来的SAM这一名称是参与这一项目的犹他大学教授加博尔马思决定的他在现在的SAM格式开发出来以前就开发出了一种同名的结构文件不过当时他开发的SAM格式更接近于BLAST算法的输出结果现在SAM格式已成为学界与工业界都广泛接受的生物信息学格式之一经过数次修正之后目前的SAM格式甚至也可以储存没有比对到基因组上的序列信息SAM格式不仅可以储存第二代测序英语Massive parallel sequencing中的短长度序列的比对信息也可以储存长至MB的长序列的比对信息 SAM格式压缩后以二进制格式表示产生的文件称为BAM格式Binary Alignment Map