序列組裝 序列組裝Sequence assembly是生物資訊學中的一種分析方法此方法通過序列比對和序列合併等演算將短片段的DNA建構成為較長的連續序列此技術的創立是因為被測序的核酸分子通常長度都遠大於目前存在的DNA測序技術而此分析能試圖從有限長度的DNA測序結果重建出原本被測序分子的樣貌 序列組裝最常被使用在高通量測序資料的分析上例如基因組霰彈槍定序或者RNA轉錄體測序這一類的測序技術會產生大量的測序片段read複數reads而這些片段的長度依照不同的技術短為數十長可至上萬個鹼基對前者如Illumina的定序平台後者如太平洋生物科學公司英语Pacific Biosciences的SMRT測序英语Single molecule real time sequencing或奈米孔洞測序而序列組裝旨在合併這些短片段來重建原本的分子序列 我們可將序列組裝想像成從大量片段的文字中拼湊出一整篇文章的過程被測序的分子就是那篇文章而測序片段就是那段文章中隨機切取出來的句子其中一種重建出這段文章的方式就是找到句子中重疊的部分因為一旦找到夠多重疊的部分我們就有機會將每個句子連接到一起進而得到原始的文章不難想像此過程的困難不僅僅在於需要進行大量的片段比對還會因原本文章的複雜度而製造更多問題例如原本的文章可能有許多重復的段落而帶有這些重複段落的文句可能會重疊在一起又或者我們所拿到的句子中若有錯別字亦會增加尋找重疊片段的難度同樣的問題也同樣存在於生物資訊的序列組裝分析裡