不完全谱系分选 不完全谱系分选英語incomplete lineage sorting或hemiplasy常缩写为ILS也称为不完全谱系分类指的是祖先基因多态性在后代中随机保留而导致的单个基因位点的系统发生关系与真实的进化历史不一致的现象在快速的辐射适应中尤为常见 在多起物种形成事件中长期持续存在的基因多态性可能导致不完全谱系分选在物种形成事件之后某些形式的等位基因可能会丢失而其他的等位基因则会被保留并继续进化这个丢失与保留的过程是随机的不同的后代物种可能保留不同的等位基因在右图的例子中祖先物种中的基因H突变形成等位基因H基因H因而具有了多态性在随后的物种形成事件中后代物种C最先分化出来其姊妹种继续分化分化为了物种A与物种B但是由于基因多态性的随机保留物种A保留了等位基因H丢失了等位基因H而物种B与物种C则相反因此在使用基因H进行的系统发育分析中结果将显示物种B与物种C为最接近的姊妹群因为它们的基因H具有更晚近的最后共同祖先这显然与真实的进化历史不同简言之最相近的物种不一定会继承最相近的基因单倍型 不完全谱系分选对系统发育研究具有重要意义由于这种现象在计算系统发育树时结果可能与实际的亲缘关系不一致然而杂交基因滲入或水平基因转移等现象也可能会产生类似的现象不完全谱系分选在许多情况下较难与前述概念区分但目前已开发了一些方法用于对其进行评估降低其影响的方案之一是使用多个基因来构建系统发育树一般而言使用的基因越多系统发育的结果就越可靠 例如在现代人类智人与类人猿的基因组中多数基因支持黑猩猩属与人属是最近的姊妹群约有的基因支持黑猩猩属与大猩猩属最接近而还有的基因支持大猩猩属与人属最接近 不完全谱系分选也在语言学上被用于解释语言进化中的非树状现象