VMD VMD英語Visual molecular dynamics 可视化分子动力学是一套分子建模与可视化软件主要用来分析分子动力学模拟的实验数据同时软件也包含处理长度与提及相关数据的模块能可视化与分析轨迹添加任意图形并能导出成其他软件能利用的格式例如POVRayPRManVRML等用户能运行Tcl和Python脚本进行批量操作也可通过TclTk与其他程序进行交互VMD能在UnixMacOSMicrosoft Windows等操作系统下运行对于非商业用途VMD通过特定分发协议发布用户注册后可免费使用和修改源码