腸道菌群 腸道菌群gut flora或肠道菌相又称肠道菌群系gut microbiome肠道菌区系gut microbiota是定居于肠道中的细菌或真菌等正常菌群normal flora及其所生活的环境肠道菌群通过影响食物消化吸收调控机体免疫和维护肠黏膜屏障参与维持人体功能和肠道内环境的稳定 肠道菌群包括人類及人類以外動物含昆蟲的消化道內生存的微生物複雜群落腸道宏基因組metagenome是腸道微生物群英语Microbiota的所有基因組的聚集體在人體內腸道是人類微生物群系中的一個利基生态位 與一般商業上應用單一物種的益生菌相比人類腸道微生物的生物多樣性一旦降低會影響其宿主的消化功能所以現時有研究利用多種益生菌的活生物製劑去模擬腸道菌群的多樣性以加強益生菌對人體的功效人體內的細菌種類多達萬種數量約兆至兆