AMBER力场 AMBER力场是在生物大分子的模拟计算领域有着广泛应用的一个分子力场开发这个力场的是Peter Kollman课题组最初AMBER力场是专门为了计算蛋白质和核酸体系而开发的计算其力场参数的数据均来自实验值后来随着AMBER力场的广泛应用包括Kollman在内的很多课题组对AMBER力场的内容不断进行丰富逐渐开发出了一个可以用于生物大分子有机小分子和高分子模拟计算的力场体系但是总体来讲AMBER力场的优势在于对生物大分子的计算其对小分子体系的计算结果常常不能令人满意 AMBER力场的势能函数形势较为简单所需参数不多计算量也比较小这是这个力场的一大特色但也在一定程度上限制了这个力场的扩展性本力场用谐振子模型计算键长伸缩能和键角弯转能用傅立叶级数的形式来描述二面角扭转能选用LennardJones势来模拟范德华力用库仑公式来描述静电相互作用其势能表达式为 V  r N    b o n d s   k b  l  l      a n g l e s   k a  θ  θ      t o r s i o n s   V n    c o s  n ω  γ     j   N    i  j   N   ϵ i  j   σ i j r i j     σ i j r i j     q i q j  π ϵ  r i j  displaystyle VrNsum bondsfrac kbllsum anglesfrac katheta theta sum torsionsfrac Vncosnomega gamma sum jNsum ijNleftepsilon ijleftleftfrac sigma ijrijrightleftfrac sigma ijrijrightrightfrac qiqjpi epsilon rijright 现在有很多主流计算软件包应用了AMBER力场其中除了Kollman课题组开发的AMBER软件之外还有Insight IISybylCeriusMOE和HyperChem等