T-Coffee TCoffee 中文直翻茶與咖啡 Treebased Consistency Objective Function For alignment Evaluation 以樹形基礎的一致性做多重序列比對 是利用漸進似演算法來作多重序列比對的軟體  它利用兩兩序列比對所產生的資訊來進行多重序列比對 在最新的版本 DCoffee 中亦可結合結構的資訊來作多重序列比對 此外該軟體可以評估比對結果的品質及找出在比對中所出現特殊的模板 Mocca 預設比對結果輸出的格式為 aln Clustal 但也可產生其他 PIR MSF FASTA  等格式 常用的輸入格式多有支援 FASTA PIR