B3 DNA結合ドメイン

B3 DNA結合ドメイン（B3 DNA binding domain）あるいはB3ドメイン（B3 domain）とは、DNA結合ドメインの一つである。転写因子のみに見られ、現在までに40種以上の転写因子（ Pfam PF02362 ）にて発見されている。それら全ての遺伝子において、B3ドメインは他のドメイン（AP2 DNA結合ドメインなど）と共に高度に保存されている(InterPro: IPR003340)。 B3ドメインは100-120アミノ酸残基で構成され、7つのベータストランドと2つのアルファヘリックスを含み、DNA結合性偽バレル構造をフォールディングにより形成する（SCOP 117343）。この立体構造はDNAの主溝と相互作用することで、B3ドメインがDNAと結合することを可能にする。 シロイヌナズナにおいて、B3ドメインを含む転写因子には3つの主要なファミリーがある： ARF（ Auxin Response Factor） ABI3（ ABscisic acid Insensitive 3 ） RAV（Related to ABI3/VP1） PDB: 1WID​ 及びPDB: 1YEL​ については、溶液NMRでの構造解析結果のみ判明している。 エンド型制限酵素EcoRIIのN末端ドメイン。また、エンド型制限エンドヌクレアーゼ BfiIのC末端ドメインは、同様のDNA結合性擬似バレル構造を有している 。 ^ a b c “Solution Structure of the B3 DNA Binding Domain of the Arabidopsis Cold-Responsive Transcription Factor RAV1”. Plant Cell 16 (12): 3448–59. (2004). doi:10.1105/tpc.104.026112. PMC 535885. PMID 15548737. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC535885/.  ^ “Arabidopsis transcription factors: genome-wide comparative analysis among eukaryotes”. Science 290 (5499): 2105–10. (2000). doi:10.1126/science.290.5499.2105. PMID 11118137.  ^ “ARF1, a transcription factor that binds to auxin response elements”. Science 276 (5320): 1865–8. (1997). doi:10.1126/science.276.5320.1865. PMID 9188533.  ^ “The Roles of Auxin Response Factor Domains in Auxin-Responsive Transcription”. Plant Cell 15 (2): 533–43. (2003). doi:10.1105/tpc.008417. PMC 141219. PMID 12566590. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC141219/.  ^ “The conserved B3 domain of VIVIPAROUS1 has a cooperative DNA binding activity”. Plant Cell 9 (5): 799–807. (1997). doi:10.1105/tpc.9.5.799. PMC 156957. PMID 9165754. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC156957/.  ^ “Transactivation of the Brassica napus napin promoter by ABI3 requires interaction of the conserved B2 and B3 domains of ABI3 with different cis-elements: B2 mediates activation through an ABRE, whereas B3 interacts with an RY/G-box”. Plant J. 24 (1): 57–66. (2000). doi:10.1046/j.1365-313x.2000.00857.x. PMID 11029704.  ^ “RAV1, a novel DNA-binding protein, binds to bipartite recognition sequence through two distinct DNA-binding domains uniquely found in higher plants”. Nucleic Acids Res. 27 (2): 470–8. (1999). doi:10.1093/nar/27.2.470. PMC 148202. PMID 9862967. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC148202/.  ^ Waltner, J.K.; Peterson, F.C.; Lytle, B.L.; Volkman, B.F. (2005). “Structure of the B3 domain from Arabidopsis thaliana protein At1g16640”. Protein Sci 14 (9): 2478–83. doi:10.1110/ps.051606305. PMC 2253459. PMID 16081658. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2253459/.  ^ “Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold”. J. Mol. Biol. 335 (1): 307–19. (2004). doi:10.1016/j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759.  ^ “Structure of the metal-independent restriction enzyme BfiI reveals fusion of a specific DNA-binding domain with a nonspecific nuclease”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (44): 15797–802. (2005). doi:10.1073/pnas.0507949102. PMC 1266039. PMID 16247004. http://bib-pubdb1.desy.de/record/138680/files/2005_Grazulis_15797.pdf.  転写因子のDNA結合ドメインのデータベース “DBD: a transcription factor prediction database”. Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D74–81. (2006). doi:10.1093/nar/gkj131. PMC 1347493. PMID 16381970. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1347493/.  Uses a curated set of DNA-binding domains to predict transcription factors in all completely sequenced genomes. Transfacデータベースによる転写因子分類表。 シロイヌナズナ転写因子のデータベース PlantTFDB：植物転写因子データベースにおけるB3、RAV、およびARFファミリーのページ