アナトモグラフィー

アナトモグラフィー（Anatomography）は、DBCLSが運営する人体解剖図の作成・表示サービス。インターネットを介して誰でも無料で利用できる。文部科学省委託研究開発事業として開発された。作成した図譜はクリエイティブ・コモンズ 表示 - 継承 2.1 日本 (CC BY-SA 2.1 JP) ライセンスの元で利用可能であり、実際に wikipedia や日本国外の科学番組の挿絵などに利用されている。開発者らによると、CC ライセンスでの提供は医学の情報・データ共有の促進を狙ったものであり、このような利用の広がりは期待通りの展開であるとしている。 アナトモグラフィーとは、解剖学を意味するアナトミー（Anatomy）という言葉と、画法といった意味を持つグラフィー（-graphy）という言葉から作った造語。 アナトモグラフィーは、2004年に独立行政法人情報通信研究機構らによって公開された数値人体モデルデータベース「TARO」を元に作成されている。TARO はMRIの断面画像をつなぎあわせた2mm*2mm*2mmのボクセルからなる三次元人体地図で、主要約50臓器のデータが含まれている。アナトモグラフィーはこのTAROのデータを元に、サイトで表示されているような高解像度の3Dポリゴンデータを作り上げて行く。作業は三段階に分けて行われている。 第一フェーズは、TAROのデータを単純に各パーツに分割していく。 第二フェーズは、TAROのデータは空間分解能が荒いこと（2mm立方）、MRIで映らない臓器があること（例えば動いている心臓など）、直立姿勢では臓器位置が変化すること（寝て撮影したMRIデータは直立時と内臓の位置が変化する）などに対応するため、解剖学のテキスト、模型、種々の統計データ等を参照しながら、細部の構造のモデリングや位置の微妙な補正などを手作業で行っていく。 第三フェーズは、作り上げたデータを、解剖学的な観点から専門家にチェックしてもらい、正確性を上げる。 2010年4月現在、各臓器について、順次フェーズ1から2へと勧められている状況で、サイトは発展段階にある。順番として内臓、骨、脳部分のデータ化が現状進んでおり、中でも心臓のモデリングは細かい部分まで進んでいる。皮膚や筋肉データはまだ扱われていない。各パーツについての作業の進捗状況はサイトのページで確認できる[1]。 DBCLS内開発チーム 大久保公策（開発責任者）：原案、解剖学監修 三橋信孝（専任開発リーダー）: 解剖学用語辞書整備、レンダリングサーバ構築、ホームページ作成 藤枝香（専任メディカルアーティスト）: 臓器形状データ作成、データ名称付与、臓器関係編集 外部開発分担企業 株式会社エムアイシー（HP）: ラフモデリング、計測データ入力 株式会社ケイズデザインラボ（HP）: 3Dエディター指導、ラフモデリング、計測データ入力 株式会社ビッツ（HP）: アナトモエディタ画面デザインおよび作成 2010年2月現在、神経系、骨格系、循環器系ほか、人体の642の部位が表示可能である[2]。 出来ないこと 姿勢は直立姿勢のみ。関節を曲げる機能はない。 2010年2月現在、筋肉と皮膚のデータは表示できない。 サイトで利用している人体のモデルデータは BodyParts3D という名前で無料で公開されている。旧称はポリゴンマン。2008年7月1日に BodyParts3D という名称に変わった。ライセンスに従えば誰でもダウンロードして再利用できる。ファイル形式はstlとvtk。 アナトモグラフィーで作成した図にURLを通じてリンクすることが出来る。URLを取得するには、図を作成した後、画面左側の「Save」タブから「アナトモグラフィーエディタのURL」または「PNG 画像のURL」を右クリックしURLをコピーする。この機能を使うことで、メールやウェブサイトを通じて図譜へのリンクを貼ることができる。 リンク用URLの形式は以下のようになっている。 http://lifesciencedb.jp/ag/edit?locale=jp&tp_ap=08020601:IF09004506000600FFFFFF1NANANANANANANANANANANANA006060%7CFMA50801:FFA500NANANANANANAS020W%7CFMA71325:FFFFFFNANANANANANAS010S 各項は次のようになっている。 http://lifesciencedb.jp/ag アナトモグラフィーのアドレス edit 編集ページへのリンクである事を示す。これがない場合、画像のみのページにリンクする。 locale=jp 表記を日本語メインとする指示。locale=en とすると英語を中心とした表示となる。 08020601 使われているポリゴンデータのバージョンを表すコード。2008年2月6日公開の第一版。 IF090045 Z軸回りの回転角3桁、X軸回りの回転角3桁、計6桁で表示角度を表す。90度-45度。 06000600 画像の解像度をピクセル単位で指定する。600px-600px。 FFFFFF 画像の背景色をRGBで指定する。これは白色。 バーティカルバー（|）以降は、部品名、色、透明度、表示方法の指定が繰り返される。 FMA50801 部品ID。これは脳。アナトモグラフィーで使用されているIDはワシントン大学で開発された解剖学オントロジー Foundational Model of Anatomy (FMA) に準拠している。 FFA500 部品の表示色。オレンジ色。RGBで指定する。 020W 不透明度20%でワイヤーでの表示を意味する。不透明度は0で完全に透過、100で完全に不透明となる。 頭蓋骨と眼球（アナトモグラフィーで編集） 胸郭と心臓（アナトモグラフィーで編集） ^ a b リリース・ノート ライフサイエンス統合データベースセンター 2010年5月27日閲覧 ^ カナダの科学番組「LE CODE CHASTENAY」Emission 48 2010/1/19放送 ^ 三橋信孝、藤枝香、今井紫緒、武藤勇、田村卓郎、川本祥子、高木利久、大久保公策 "BodyParts3DとAnatomography: 医学での情報共有を「動機付ける」素材[リンク切れ]" ^ 日本人の数値人体モデルDB「TARO」と「HANAKO」公開 2004/11/10 ITmedia 2010年4月10日 閲覧 ^ 報道発表:日本人平均成人男女の数値人体モデルデータベース公開のお知らせ 平成16年11月10日 独立行政法人 情報通信研究機構 2010年4月10日 閲覧 ^ Nagaoka T, Watanabe S, Sakurai K, Kunieda E, Watanabe S, Taki M, Yamanaka Y. "Development of realistic high-resolution whole-body voxel models of Japanese adult males and females of average height and weight, and application of models to radio-frequency electromagnetic-field dosimetry." Phys Med Biol. 2004 Jan 7;49(1):1-15. PMID 14971769 三橋信孝 "アナトモグラフィー（Anatomography)" 統合データベース講習会: AJACS本郷1 2008年7月3日 藤枝香 "アナトモグラフィー（Anatomography)" 統合データベース講習会: AJACS近江 2008年10月31日 Nobutaka Mitsuhashi, Kaori Fujieda, Takuro Tamura, Shoko Kawamoto, Toshihisa Takagi and Kousaku Okubo "BodyParts3D: 3D structure database for anatomical concepts" Nucleic Acids Research, 2009, Vol. 37, Database issue D782-D785 PMID 18835852 ウィキメディア・コモンズには、アナトモグラフィーに関連するカテゴリがあります。 サイト アナトモグラフィー BodyParts3D - ポリゴンデータ ビデオ 三橋信孝 アナトモグラフィー（約18分） - サイト構築者の方による説明。統合データベース講習会: AJACS本郷1 2008年7月3日 藤枝香 アナトモグラフィー／BodyParts3Dの利用法（約25分） - 3Dデータ作成者の方による説明。統合データベース講習会：AJACS長津田 2009年1月23日 オンライン人体地図サービス「アナトモグラフィー」を使い倒す - YouTubeにある解説動画。無音 関連サービス twitter - Twitter。フォローしてから臓器名をリプライすると、臓器画像のURLを返してくれる