ハロモナス科

ハロモナス科（Halomonadaceae）は、プロテオバクテリア門ガンマプロテオバクテリア綱オケアノスピリルム目に属する科の一つである。好塩菌であることで知られている。 ハロモナス科は、ハロモナス属（Halomonas）とディレイア属（Deleya）を含む科として1988年に最初に記述された。 1989年にベータプロテオバクテリア綱クロモバクテリウム属のクロモバクテリウム・マリスモルツイ（Chromobacterium marismortui）がガンマプロテオバクテリア綱のハロモナス科に再分類された。その際、ハロモナス科に3番目のクロモハロバクター属が新設され、この種はクロモハロバクター・マリスモルツイ（Chromohalobacter marismortui）として再命名された。 1990年にハロモナス科細菌として新種が発見されて当初はVolcaniella eurihalinaと呼称され新しい属に割り振られていたが、1995年にハロモナス属のハロモナス・ユーリハリナ（Halomonas eurihalina）に改められた。 2007年にカーニモナス属とその属の唯一の種であるカーニモナス・ニグリフィカンス（Carnimonas nigrificans）が新たに加えられた。この種の発見当初の1998年時点では、16S rRNA遺伝子解析において15種のシグネチャー配列のうち2種が無かったためにハロモナス科へ分類されていなかったが、その後の遺伝子解析により2002年にこの科への配属が提案された。 1996年にハロモナス科の大きな再編が行われた。ディレイア属、ハロモナス属、ハロビブリオ属がハロモナス属に統合され、そこへパラコッカス・ハロデニトリフィカンス（Paracoccus halodenitrificans）が転属され、またジモバクター属（Zymobacter）がこの科へ編入された。後に、元々はハロビブリオ属唯一の種であったハロモナス・バリアビリス（Halovibrio variabilis）DSM 3051株とDSM 3050株が異なる種であることが判明し、現在ではハロビブリオ属が復活させられて前者はハロモナス属、後者はハロビブリオ属に配された。2006年にハロビブリオ属にハロビブリオ・デニトリフィカンス（Halovibrio denitrificans）が追加され、2022年現在この属は2種で構成されている。 2002年にハロモナス・マリナ（Halomonas marina）はコベティア属（Cobetia）に、2009年にハロモナス・マリスフラビ（Halomonas marisflavi）、ハロモナス・インダリニナ（Halomonas indalinina）、ハロモナス・アビセンニアエ（Halomonas avicenniae）はKushneria属に移管された。 2006年にHalospina denitrificansが、2007年にHalotalea alkalilentaが、2009年にAidingimonas halophilaとHalospina denitrificansとSalinicola sociusが発見され、それぞれ新属とともにハロモナス科に新たに追加された。このうちSalinicola属には2010年にHalomonas salariaがSalinicola salariusとして、クロモハロバクター・サラリウス（Chromohalobacter salarius）Salinicola halophilusとして移動した。 2004年に発見された、コナジラミ類の主要な内部共生菌のCandidatus Portiera aleyrodidarumが追加された。 2010年にはタイタニック号から採取されていたサンプルからハロモナス・ティタニカエが発見された。 Halomonadaceaeという名称はタイプ属のハロモナス属「Halomonas」に、科を意味する接尾辞「-aceae」を付加したものである。 NASAの資金提供を受けたチームの地質微生物学者Felisa Wolfe-Simon は、カリフォルニア州東部のヨセミテ国立公園近くのモノ湖湖岸で採取された堆積物から分離培養された、GFAJ-1と名付けられたハロモナス科菌株を研究している。GFAJ-1株は高濃度のヒ素環境でも生育することができ、体内に取り込んだヒ素を細胞の基本的プロセスでリンの替わりに用いることができこれまで知られているものとは異なる生化学機構を有する点で注目されている。 [脚注の使い方] ^ a b Franzmann, P.D.; Wehmeyer, U.; Stackebrandt, E. (1988). “Halomonadaceae fam. nov., a new family of the class Proteobacteria to accommodate the genera Halomonas and Deleya”. Syst. Appl. Microbiol. 11: 16–19. doi:10.1016/s0723-2020(88)80043-2.  ^ a b c d “Validation of the Publication of New Names and New Combinations Previously Effectively Published Outside the IJSB”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 39 (2). (01 April 1989). doi:10.1099/00207713-39-2-205.  ^ a b R. H. Vreeland, C. D. Litchfield, E. L. Martin, E. Elliot (01 April 1980). “Halomonas elongata, a New Genus and Species of Extremely Salt-Tolerant Bacteria”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 30 (2). doi:10.1099/00207713-30-2-485.  ^ a b Yun Wang, Shu-Kun Tang, Kai Lou1, Jae-Chan Lee, Che Ok Jeon, Li-Hua Xu, Chang-Jin Kim, Wen-Jun Li (01 December 2009). “Aidingimonas halophila gen. Nov., sp. Nov., a moderately halophilic bacterium isolated from a salt lake”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 59 (12): 3088–3094. doi:10.1099/ijs.0.010264-0. PMID 19643876.  ^ “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 59, part 12, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 60 (3). (01 March 2010). doi:10.1099/ijs.0.022673-0.  ^ a b Garriga, M.; Ehrmann, M. A.; Arnau, J.; Hugas, M.; Vogel, R. F. (1998). “Carnimonas nigrificans gen. nov., sp. nov., a bacterial causative agent for black spot formation on cured meat products”. International Journal of Systematic Bacteriology 48 (3): 677–86. doi:10.1099/00207713-48-3-677. PMID 9734022.  ^ “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 48, part 3, of the IJSB”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 48 (4). (01 October 1998). doi:10.1099/00207713-48-4-1085.  ^ a b Ventosa, A.; Gutierrez, M.C.; Garcia, M.T.; Ruiz-Berraquero, F. (1989). “Classification of "Chromobacterium marismortui" in a new genus, Chromohalobacter gen. nov., as Chromohalobacter marismortui comb. nov., nom. rev”. Int. J. Syst. Bacteriol. 39 (4): 382–386. doi:10.1099/00207713-39-4-382.  ^ a b David R. Arahal, Ana M. Castillo, Wolfgang Ludwig, Karl H. Schleifer, Antonio Ventosa (2002). “Proposal of Cobetia marina gen. nov., comb. nov., within the Family Halomonadaceae, to Include the Species Halomonas marina”. Systematic and Applied Microbiology 25 (2): 207-211. doi:10.1078/0723-2020-00113.  ^ “VALIDATION LIST NO.88: Validation of publication of new names and new combinations previously effectively published outside the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 52 (6). (01 November 2002). doi:10.1099/ijs.0.02569-0.  ^ a b Spyridon Ntougias, Georgios I. Zervakis, Constantinos Fasseas (01 September 2007). “Halotalea alkalilenta gen. Nov., sp. Nov., a novel osmotolerant and alkalitolerant bacterium from alkaline olive mill wastes, and emended description of the family Halomonadaceae Franzmann et al. 1989, emend. Dobson and Franzmann 1996”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 57 (9): 1975–1983. doi:10.1099/ijs.0.65078-0. PMID 17766858.  ^ “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 57, part 9, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 57 (12). (01 December 2007). doi:10.1099/ijs.0.65660-0.  ^ “Halovibrio variabilis gen. nov. sp. nov., Pseudomonas halophila sp. nov. and a New Halophilic Aerobic Coccoid Eubacterium from Great Salt Lake, Utah, USA”. Systematic and Applied Microbiology 11 (1 date=November 1988): 36-43. doi:10.1016/S0723-2020(88)80046-8.  ^ a b Cristina Sánchez-Porro, Rafael R. de la Haba, Nelis Soto-Ramírez, M. Carmen Márquez, Rafael Montalvo-Rodríguez, Antonio Ventosa (01 February 2009). “Description of Kushneria aurantia gen. nov., sp. nov., a novel member of the family Halomonadaceae, and a proposal for reclassification of Halomonas marisflavi as Kushneria marisflavi comb. nov., of Halomonas indalinina as Kushneria indalinina comb. nov. and of Halomonas avicenniae as Kushneria avicenniae comb. nov.”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 59 (2). doi:10.1099/ijs.0.001461-0. PMID 19196785.  ^ a b “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 59, part 2, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 59 (5). (01 May 2009). doi:10.1099/ijs.0.013334-0.  ^ María JoséLeón, Cristina Sánchez-Porro, Rafael R. de la Haba, Inmaculada Llamas, Antonio Ventosa (February 2015). “Corrigendum to “Larsenia salina gen. nov., sp. nov., a new member of the family Halomonadaceae based on multilocus sequence analysis” [Syst. Appl. Microbiol. 37 (October (7)) (2014) 480–487]”. Systematic and Applied Microbiology 38 (1): 77. doi:10.1016/j.syapm.2014.11.001.  ^ Aharon Oren, George M. Garrity (01 April 2015). “List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 65 (Pt_4). doi:10.1099/ijs.0.000178.  ^ a b Zouhaier Ben Ali Gam, Slim Abdelkafi, Laurence Casalot, Jean Luc Tholozan, Ridha Oueslati, Marc Labat (01 October 2007). “Modicisalibacter tunisiensis gen. nov., sp. nov., an aerobic, moderately halophilic bacterium isolated from an oilfield-water injection sample, and emended description of the family Halomonadaceae Franzmann et al. 1989 emend Dobson and Franzmann 1996 emend. Ntougias et al. 2007”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 57 (10). doi:10.1099/ijs.0.65088-0.  ^ “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 57, part 10, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 58 (1). (01 January 2008). doi:10.1099/ijs.0.65722-0.  ^ Zhen-Xing Xu, Qi-Yun Liang, De-Chen Lu, Guan-Jun Chen & Zong-Jun Du (26 August 2016). “Pistricoccus aurantiacus gen. nov., sp. nov., a moderately halophilic bacterium isolated from a shark”. Antonie van Leeuwenhoek 109: 1593–1603. doi:10.1007/s10482-016-0760-z. PMID 27566710.  ^ Aharon Oren, George M Garrity (01 May 2017). “List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67 (5). doi:10.1099/ijsem.0.001986.  ^ a b Anan'ina, L.N.; Plotnikova, E.G.; Gavrish, E.Y.; Demakov, V.A.; Evtushenko, L.I. (2007). “Salinicola socius gen. nov., sp. nov., a moderately halophilic bacterium from a naphthalene-utilizing microbial association”. Microbiology 76 (3): 324–330. doi:10.1134/s0026261707030095.  ^ International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 58 (11). (01 November 2008). doi:10.1099/ijs.0.2008/008953-0.  ^ Vanessa K. Zepeda, Hans-Jürgen Busse, Jan Golke, Jimmy H. W. Saw, Maqsudul Alam, Stuart P. Donachie (01 October 2015). “Terasakiispira papahanaumokuakeensis gen. nov., sp. nov., a gammaproteobacterium from Pearl and Hermes Atoll, Northwestern Hawaiian Islands”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 65 (Pt_10). doi:10.1099/ijsem.0.000438. PMID 26297573.  ^ Aharon Oren, George M. Garrity (01 January 2016). “Notification that new names of prokaryotes, new combinations and new taxonomic opinions have appeared in volume 65, part 10, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66 (1). doi:10.1099/ijsem.0.000745.  ^ “Halomonadaceae”. アメリカ国立生物工学情報センター(NCBI). 2023年1月8日閲覧。 ^ “Cospeciation of psyllids and their primary prokaryotic endosymbionts”. Applied and Environmental Microbiology 66 (7): 2898-905. (1 July 2000). doi:10.1128/AEM.66.7.2898-2905.2000. PMC 92089. PMID 10877784. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC92089/.  ^ Stefan Martin Kuechler, George Gibbs, Daniel Burckhardt, Konrad Dettner, Viktor Hartung (30 January 2013). “Diversity of bacterial endosymbionts and bacteria-host co-evolution in Gondwanan relict moss bugs (Hemiptera: Coleorrhyncha: Peloridiidae)”. Environmental Microbiology 15 (7): 2031-42. doi:10.1111/1462-2920.12101. PMID 23452253.  ^ MyLo Ly Thao, Paul Baumann (7 June 2004). “Evolutionary relationships of primary prokaryotic endosymbionts of whiteflies and their hosts”. Applied and Environmental Microbiology 70 (6): 3401-6. doi:10.1128/AEM.70.6.3401-3406.2004. PMC 427722. PMID 15184137. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC427722/.  ^ Tomoyuki Okamoto, Hiroshi Taguchi, Katsumi Nakamura, Hiroshi Ikenaga, Hiroshi Kuraishi & Kazuhide Yamasato (November 1993). “Zymobacter palmae gen. nov., sp. nov., a new ethanol-fermenting peritrichous bacterium isolated from palm sap”. Archives of Microbiology 160 (5): 333–337. doi:10.1007/BF00252218. PMID 8257279.  ^ “Validation of the Publication of New Names and New Combinations Previously Effectively Published Outside the IJSB”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 45 (2). (01 April 1995). doi:10.1099/00207713-45-2-418.  ^ “Family Hyphomonadaceae”. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. 2023年1月3日閲覧。 ^ E. Quesada, M. J. Valderrama, V. Bejar1, A. Ventosa, M. C. Gutierrez, F. Ruiz-Berraquero, A. Ramos-Cormenzana (01 July 1990). “Volcaniella eurihalina gen. nov., sp. nov., a Moderately Halophilic Nonmotile Gram-Negative Rod”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 40 (3). doi:10.1099/00207713-40-3-261.  ^ Mellado, E.; Moore, E. R. B.; Nieto, J. J.; Ventosa, A. (1995). “Phylogenetic inferences and taxonomic consequences of 16S. ribosomal DNA sequence comparison of Chromohalobacter marismortui, Volcaniella eurihalina, and Deleya salina and reclassification of V. eurihalina as Halomonas eurihalina comb. nov”. Int J Syst Bacteriol 45 (4): 712–716. doi:10.1099/00207713-45-4-712. PMID 7547290.  ^ David R Arahal, Wolfgang Ludwig, Karl H Schleifer, Antonio Ventosa (2002). “Phylogeny of the family Halomonadaceae based on 23S and 165 rDNA sequence analyses”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 52 (Pt 1): 241-249. doi:10.1099/00207713-52-1-241. PMID 11837309.  ^ Dobson, S.J.; Franzmann, P.D. (01 April 1996). “Unification of the genera Deleya (Baumann et al. 1983), Halomonas (Vreeland et al. 1980), and Halovibrio (Fendrich 1988) and the species Paracoccus halodenitrificans (Robinson and Gibbons 1952) into a single genus, Halomonas, and placement of the genus Zymobacter in the family Halomonadaceae”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 46 (2): 550–558. doi:10.1099/00207713-46-2-550.  ^ Sorokin, D. Y.; Tindall, B. J. (2006). “The status of the genus name Halovibrio Fendrich 1989 and the identity of the strains Pseudomonas halophila DSM 3050 and Halomonas variabilis DSM 3051. Request for an Opinion”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 56 (2): 487–489. doi:10.1099/ijs.0.63965-0. PMID 16449462.  ^ a b c Sorokin, D. Y.; Tourova, T. P.; Galinski, E. A.; Belloch, C.; Tindall, B. J. (2006). “Extremely halophilic denitrifying bacteria from hypersaline inland lakes, Halovibrio denitrificans sp. nov. And Halospina denitrificans gen. nov., sp. nov., and evidence that the genus name Halovibrio Fendrich 1989 with the type species Halovibrio variabilis should be associated with DSM 3050”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 56 (2): 379–88. doi:10.1099/ijs.0.63964-0. PMID 16449444.  ^ Zouhaier Ben Ali Gam, Slim Abdelkafi, Laurence Casalot, Jean Luc Tholozan, Ridha Oueslati, Marc Labat (01 October 2007). “Modicisalibacter tunisiensis gen. nov., sp. nov., an aerobic, moderately halophilic bacterium isolated from an oilfield-water injection sample, and emended description of the family Halomonadaceae Franzmann et al. 1989 emend Dobson and Franzmann 1996 emend. Ntougias et al. 2007”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 57 (10): 2307–13. doi:10.1099/ijs.0.65088-0. PMID 17911302.  ^ Rafael R. de la Haba, Cristina Sánchez-Porro, M. Carmen Márquez, Antonio Ventosa (01 April 2010). “Taxonomic study of the genus Salinicola: Transfer of Halomonas salaria and Chromohalobacter salarius to the genus Salinicola as Salinicola salarius comb. Nov. And Salinicola halophilus nom. Nov., respectively”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 60 (4): 963–971. doi:10.1099/ijs.0.014480-0. PMID 19661506. https://semanticscholar.org/paper/4811561d6bd43e93ed617666c752644e16c70b55.  ^ Thao, MyLo Ly; Baumann, Paul (1 2004). “Evolutionary Relationships of Primary Prokaryotic Endosymbionts of Whiteflies and Their Hosts”. Applied and Environmental Microbiology 70 (6): 3401–3406. doi:10.1128/AEM.70.6.3401-3406.2004. PMC 427722. PMID 15184137. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC427722/.  ^ “Classification, taxonomy and systematics of prokaryotes (bacteria)”. 2011年5月16日時点のオリジナルよりアーカイブ。date=2011-05-16閲覧。 ^ Bortman, Henry (2010年12月2日). “Arsenic-Eating Bacteria Opens New Possibilities for Alien Life”. Space.com. http://www.space.com/scienceastronomy/arsenic-bacteria-alien-life-101202.html 2010年12月2日閲覧。  ^ Bortman (5 October 2009). “Searching for Alien Life, on Earth”. Astrobiology Magazine (NASA). 2010年12月2日閲覧。 ^ Katsnelson, Alla (2 December 2010). “Arsenic-eating microbe may redefine chemistry of life”. Nature. doi:10.1038/news.2010.645. http://www.nature.com/news/2010/101202/full/news.2010.645.html 2010年12月2日閲覧。.  NASA - Astrobiology Magazine: "Searching for Alien Life, on Earth" — (October 2009) NASA.gov: "NASA-Funded Research Discovers Life Built With Toxic Chemical" — (December 2010) Science Express abstract of F. Wolfe-Simon, et al.: "A Bacterium That Can Grow by Using Arsenic Instead of Phosphorus." - (December 2010)