ソリルブロバクター目

ソリルブロバクター目（Solirubrobacterales）は、真正細菌の放線菌門サーモレオフィラム綱の目の一つである。 グラム陽性、中温性で時に耐低温性であり、細胞壁のペプチドグリカンの3位のジアミノ酸としてmeso-ジアミノピメリン酸を含む。 16S rRNA遺伝子配列におけるシグネチャーヌクレオチドとしてG–C(63 : 104)、G–C(70 : 98)、C–G(370 : 391)、U–A(580 : 776)、U–A(657 : 749)、A–U(670 : 736)、U–A(681 : 709)、A–U(941 : 1342)、G–C(953 : 1228)、G–C(954 : 1226)、G–C(1051 : 1207)、U–A(1118 : 1155)、A–U(1311 : 1326)が挙げられている。 タイプ属のソリルブロバクター属及びタイプ種のソリルブロバクター・パウリ(Solirubrobacter pauli)は、米国ジョージア州の農業用土壌のアカミミズ（Lumbricus rubellus）の巣穴から単離されたことが2003年に報告され、放線菌門ルブロバクター亜綱(Rubrobacteridae)の新属及び新種として提案された。2003年にソリルブロバクター属はコネキシバクター属(Conexibacter)とともにソリルブロバクター目内で深く関連し、他の属とは別のグループを形成することが明らかとなった。また、これとは別にサーモレオフィラム属(Thermoleophilum)も目内で分岐していることも分かった。この結果を受けて2004年にStackebrandtはルブロバクター目内をコネキシバクター科(Conexibacteraceae)、ソリルブロバクター科(Solirubrobacteraceae)、サーモレオフィラム科(Thermoleophilaceae)の3つに分けることを提案した（2006年にパツリバクター科(Patulibacteraceae)も追加された）。 2009年にルブロバクター目(Rubrobacterales)からサーモレオフィラム科及びソリルブロバクター科が分離される形でサーモレオフィラム目(Thermoleophilales)及びソリルブロバクター目は新設された。このとき、ソリルブロバクター目にはソリルブロバクター科、コネキシバクター科、パツリバクター科が割り当てられた。 2012年にルブロバクター亜綱の分析に基づきルブロバクター綱とサーモレオフィラム綱が新設された。このとき、サーモレオフィラム綱にサーモレオフィラム目とソリルブロバクター目が割り当てられた。 ^ a b c d Gundlapally S. N. Reddy, Ferran Garcia-Pichel (01 January 2009). “Description of Patulibacter americanus sp. nov., isolated from biological soil crusts, emended description of the genus Patulibacter Takahashi et al. 2006 and proposal of Solirubrobacterales ord. nov. and Thermoleophilales ord. nov.”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 59 (1): 87-94. doi:10.1099/ijs.0.64185-0. PMID 19126730.  ^ “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 59, part 1, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 59 (4): 645-646. (01 April 2009). doi:10.1099/ijs.0.013045-0.  ^ a b David R. Singleton, Michelle A. Furlong, Aaron D. Peacock, David C. White, David C. Coleman, William B. Whitman. “Solirubrobacter pauli gen. nov., sp. nov., a mesophilic bacterium within the Rubrobacteridae related to common soil clones.”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 53 (Pt 2): 485-490. doi:10.1099/ijs.0.02438-0. PMID 12710617.  ^ a b “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 53, part 2, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 53 (4): 939-940. (01 July 2003). doi:10.1099/ijs.0.02848-0.  ^ Dong-Shan An, Muhammad Zubair Siddiqi, Kyoung-Ho Kim, Hong-Shan Yu & Wan-Taek Im (04 January 2018). “Baekduia soli gen. nov., sp. nov., a novel bacterium isolated from the soil of Baekdu Mountain and proposal of a novel family name, Baekduiaceae fam. nov.”. Journal of Microbiology 56: 24–29. doi:10.1007/s12275-018-7107-6. PMID 29299847.  ^ Aharon Oren, George M. Garrity (08 May 2019). “List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 69 (5): 1247-1250. doi:10.1099/ijsem.0.003357.  ^ Selma Vieira, Katharina J. Huber, Alicia Geppert, Jacqueline Wolf, Meina Neumann-Schaal, Manja Luckner, Gerhard Wanner, Mathias Müsken, Jörg Overmann (26 August 2022). “Capillimicrobium parvum gen. nov., sp. nov., a novel representative of Capillimicrobiaceae fam. nov. within the order Solirubrobacterales, isolated from a grassland soil”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 72 (8): 5508. doi:10.1099/ijsem.0.005508. PMID 36018778.  ^ Aharon Oren, Markus Göker (30 November 2022). “Notification that new names of prokaryotes, new combinations, and new taxonomic opinions have appeared in volume 72, part 8 of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 72 (11): 5644. doi:10.1099/ijsem.0.005644.  ^ a b c “Will We Ever Understand? The Undescribable Diversity of the Prokaryotes”. Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica 51 (4): 449–462. (01 Dec 2004). doi:10.1556/amicr.51.2004.4.5. PMID 15704333.  ^ a b “Validation of publication of new names and new combinations previously effectively published outside the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 55 (2): 547-549. (01 March 2005). doi:10.1099/ijs.0.63680-0.  ^ Seong-Jun Chun, Yingshun Cui, Chunzhi Jin, A Ra Cho, Shu-Kuan Wong, Hyung-Gwan Lee, Hee-Mock Oh, Chi-Yong Ahn (07 November 2019). “Paraconexibacter algicola gen. nov., sp. nov., a novel actinobacterium isolated from a eutrophic lake during the end of cyanobacterial harmful algal blooms, and proposal of Paraconexibacteraceae fam. nov. in the order Solirubrobacterales”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 70 (2): 915-922. doi:10.1099/ijsem.0.003846. PMID 31697228.  ^ Aharon Oren, George M. Garrity (29 May 2020). “Notification that new names of prokaryotes, new combinations, and new taxonomic opinions have appeared in volume 70, part 2 of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 70 (5): 2967-2971. doi:10.1099/ijsem.0.004148.  ^ a b Bärbel U. Foesel, Alicia Geppert, Manfred Rohde, Jörg Overmann (01 February 2016). “Parviterribacter kavangonensis gen. nov., sp. nov. and Parviterribacter multiflagellatus sp. nov., novel members of Parviterribacteraceae fam. nov. within the order Solirubrobacterales, and emended descriptions of the classes Thermoleophilia and Rubrobacteria and their orders and families”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66 (2): 652-665. doi:10.1099/ijsem.0.000770. PMID 26582010.  ^ Aharon Oren, George M. Garrity (01 May 2016). “Notification that new names of prokaryotes, new combinations, and new taxonomic opinions have appeared in volume 66, part 2, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66 (5): 1916-1919. doi:10.1099/ijsem.0.001042.  ^ a b Yōko Takahashi, Atsuko Matsumoto, Kurimi Morisaki, Satoshi Ōmura (01 February 2006). “Patulibacter minatonensis gen. nov., sp. nov., a novel actinobacterium isolated using an agar medium supplemented with superoxide dismutase, and proposal of Patulibacteraceae fam. nov.”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 56 (2): 401-406. doi:10.1099/ijs.0.63796-0. PMID 16449447.  ^ “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 56, part 2, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 56 (5): 929-930. (01 May 2006). doi:10.1099/ijs.0.64327-0.  ^ a b Euzéby JP, Parte AC.. “Order Solirubrobacterales”. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). 2023年1月23日閲覧。 ^ Michail M. Yakimov, Heinrich Lünsdorf, Peter N. Golyshin (01 March 2003). “Thermoleophilum album and Thermoleophilum minutum are culturable representatives of group 2 of the Rubrobacteridae (Actinobacteria)”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 53 (2): 377–380. doi:10.1099/ijs.0.02425-0.  ^ Wolfgang Ludwig, Jean Euzéby, Peter Schumann, Hans-Jürgen Busse, Martha E. Trujillo, Peter Kämpfer & William B. Whitman (2012). “Road map of the phylum”. In Goodfellow M., Kämpfer P., Busse H.-J., Trujillo M. E., Suzuki K., Ludwig W., Whitman W. B.. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 5 (2nd ed.). Springer(New York). pp. 1–28. doi:10.1007/978-0-387-68233-4_1. ISBN 978-0-387-95043-3.