濡木理

濡木 理（ぬれき おさむ、1965年（昭和40年）10月22日 - ）は、日本の構造生物学者。学位は、理学博士（東京大学・1993年）。東京大学教授、東京大学新世代感染症センター メンバー。Modalis Therapeutics株式会社共同創始者、電顕創薬ベンチャーCurreio社外取締役。 X線結晶構造解析やクライオ電顕を用いてタンパク質・核酸の立体構造研究を行う構造生物学者。 東京大学大学院、助手、助教授時代に、アミノアシルtRNA合成酵素やtRNA修飾酵素の立体構造、分子機構を解明。 東京工業大学で教授として独立し、膜チャネルの構造機能研究を開始。 その後東京大学医科学研究所教授を経て東京大学大学院理学系研究科の教授に就任、膜輸送体、GPCRの構造機能研究と並行して、RNA干渉やCRISPR-Casによるゲノム編集のプロジェクトを始めた。 2016年にゲノム編集創薬ベンチャー、Modalis Therapeutics（研究室はボストン、CEOは森田晴彦）を設立。 現在のテーマは物理刺激で開閉するチャネルの分子機構の解明。 1984年3月 私立武蔵高校卒業 1984年4月 東京大学教養学部理科II類入学 1988年3月 東京大学理学部生物化学科卒業 1990年3月 東京大学大学院理学系研究科生物化学専攻修士課程修了 1990年～1991年 フランス ルイ・パスツール大学HFSP研究員 1991年〜1993年 蛋白質工学研究所（森川博士に師事） 1992年4月 日本学術振興会特別研究員DC2 1993年3月 東京大学大学院理学系研究科生物化学専攻博士課程修了　博士（理学）（東京大学）取得　 1993年4月 日本学術振興会特別研究員PD（蛋白質工学研究所） 1994年4月 理化学研究所基礎科学特別研究員 1995年3月 東京大学大学院理学系研究科生物化学専攻 助手 2002年4月 東京大学大学院理学系研究科生物化学専攻 助教授 2003年5月 東京工業大学大学院生命理工学研究科生命情報専攻 教授 2008年4月 東京大学医科学研究所基礎医科学部門 教授 2010年4月 東京大学大学院理学系研究科生物化学専攻 教授 2022年10月 東京大学新世代感染症センター メンバー 1999年 日本結晶学会進歩賞　「アミノアシルtRNA合成酵素のX線結晶構造解析」 2005年 手島工業教育資金団手島精一記念研究賞 「鋳型非異存的RNA重合反応の構造基盤」 2007年 手島工業教育資金団手島精一記念研究賞　「Snapshot of tRNA sulphuration via an adenylated intermediate」 2007年 文部科学大臣表彰科学技術賞（研究部門）　「高精度な化学反応を触媒する酵素の反応機構の研究」 2008年 日本学術振興会賞　「遺伝暗号翻訳の動的機構の構造基盤」 2009年 21年度持田記念学術賞　「遺伝暗号翻訳と生体恒常性に働く多機能タンパク質の分子機構の解明」 2010年 第18回木原記念財団学術賞　「遺伝暗号翻訳とタンパク質合成のメカニズムの構造基盤」 2011年 第27回井上学術賞　「遺伝暗号翻訳とタンパク質合成のメカニズムの解明」 2011年 平成23年度日本結晶学会学術賞　「遺伝暗号の翻訳とタンパク質合成機構の構造基盤の解明」 2014年 2014年度上原賞 「細胞膜輸送の分子機構の解明」 2014年 2014年度 武田医学賞 「細胞膜を介した物質輸送の分子機構の研究」 2018年 文部科学大臣表彰科学技術賞（研究部門）　 2018年 紫綬褒章受勲 2020年-2023年 Highly Cited Researchers (クラリベイト社選出高被引用論文著者) 2021年 慶應医学賞 2022年 安藤百福大賞 Nureki, O; Vassylyev, D.; Katayanagi, K; Shimizu, T; Sekine, S; Kigawa, T; Miyazawa, T; Yokoyama, S et al. (1995). “Architectures of class-defining and specific domains of glutamyl-tRNA synthetase”. Science 267 (5206): 1958–1965. doi:10.1126/science.7701318.  Nureki, O. (1998). “Enzyme Structure with Two Catalytic Sites for Double-Sieve Selection of Substrate”. Science 280 (5363): 578–582. doi:10.1126/science.280.5363.578.  Handa, Noriko; Nureki, Osamu; Kurimoto, Kazuki; Kim, Insil; Sakamoto, Hiroshi; Shimura, Yoshiro; Muto, Yutaka; Yokoyama, Shigeyuki (1999). “Structural basis for recognition of the tra mRNA precursor by the Sex-lethal protein”. Nature 398 (6728): 579–585. doi:10.1038/19242.  Fukai, Shuya; Nureki, Osamu; Sekine, Shun-ichi; Shimada, Atsushi; Tao, Jianshi; Vassylyev, Dmitry G.; Yokoyama, Shigeyuki (2000). “Structural Basis for Double-Sieve Discrimination of L-Valine from L-Isoleucine and L-Threonine by the Complex of tRNAVal and Valyl-tRNA Synthetase”. Cell 103 (5): 793–803. doi:10.1016/S0092-8674(00)00182-3.  Ogiso, Hideo; Ishitani, Ryuichiro; Nureki, Osamu; Fukai, Shuya; Yamanaka, Mari; Kim, Jae-Hoon; Saito, Kazuki; Sakamoto, Ayako et al. (2002). “Crystal Structure of the Complex of Human Epidermal Growth Factor and Receptor Extracellular Domains”. Cell 110 (6): 775–787. doi:10.1016/S0092-8674(02)00963-7.  Ishitani, Ryuichiro; Nureki, Osamu; Nameki, Nobukazu; Okada, Norihiro; Nishimura, Susumu; Yokoyama, Shigeyuki (2003). “Alternative Tertiary Structure of tRNA for Recognition by a Posttranscriptional Modification Enzyme”. Cell 113 (3): 383–394. doi:10.1016/S0092-8674(03)00280-0.  Tomita, Kozo; Fukai, Shuya; Ishitani, Ryuichiro; Ueda, Takuya; Takeuchi, Nono; Vassylyev, Dmitry G.; Nureki, Osamu (2004). “Structural basis for template-independent RNA polymerization”. Nature 430 (7000): 700–704. doi:10.1038/nature02712.  Numata, Tomoyuki; Ikeuchi, Yoshiho; Fukai, Shuya; Suzuki, Tsutomu; Nureki, Osamu (2006). “Snapshots of tRNA sulphuration via an adenylated intermediate”. Nature 442 (7101): 419–424. doi:10.1038/nature04896.  Tomita, Kozo; Ishitani, Ryuichiro; Fukai, Shuya; Nureki, Osamu (2006). “Complete crystallographic analysis of the dynamics of CCA sequence addition”. Nature 443 (7114): 956–960. doi:10.1038/nature05204.  Hattori, Motoyuki; Tanaka, Yoshiki; Fukai, Shuya; Ishitani, Ryuichiro; Nureki, Osamu (2007). “Crystal structure of the MgtE Mg2+ transporter”. Nature 448 (7157): 1072–1075. doi:10.1038/nature06093.  Tsukazaki, Tomoya; Mori, Hiroyuki; Fukai, Shuya; Ishitani, Ryuichiro; Mori, Takaharu; Dohmae, Naoshi; Perederina, Anna; Sugita, Yuji et al. (2008). “Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures”. Nature 455 (7215): 988–991. doi:10.1038/nature07421.  Nozawa, Kayo; O’Donoghue, Patrick; Gundllapalli, Sarath; Araiso, Yuhei; Ishitani, Ryuichiro; Umehara, Takuya; Söll, Dieter; Nureki, Osamu (2008). “Pyrrolysyl-tRNA synthetase–tRNAPyl structure reveals the molecular basis of orthogonality”. Nature 457 (7233): 1163–1167. doi:10.1038/nature07611.  Nakanishi, Kotaro; Bonnefond, Luc; Kimura, Satoshi; Suzuki, Tsutomu; Ishitani, Ryuichiro; Nureki, Osamu (2009). “Structural basis for translational fidelity ensured by transfer RNA lysidine synthetase”. Nature 461 (7267): 1144–1148. doi:10.1038/nature08474.  Tsukazaki, Tomoya; Mori, Hiroyuki; Echizen, Yuka; Ishitani, Ryuichiro; Fukai, Shuya; Tanaka, Takeshi; Perederina, Anna; Vassylyev, Dmitry G. et al. (2011). “Structure and function of a membrane component SecDF that enhances protein export”. Nature 474 (7350): 235–238. doi:10.1038/nature09980.  Kato, Hideaki E.; Zhang, Feng; Yizhar, Ofer; Ramakrishnan, Charu; Nishizawa, Tomohiro; Hirata, Kunio; Ito, Jumpei; Aita, Yusuke et al. (2012). “Crystal structure of the channelrhodopsin light-gated cation channel”. Nature 482 (7385): 369–374. doi:10.1038/nature10870.  Nishimasu, Hiroshi; Ishizu, Hirotsugu; Saito, Kuniaki; Fukuhara, Satoshi; Kamatani, Miharu K.; Bonnefond, Luc; Matsumoto, Naoki; Nishizawa, Tomohiro et al. (2012). “Structure and function of Zucchini endoribonuclease in piRNA biogenesis”. Nature 491 (7423): 284–287. doi:10.1038/nature11509.  Tanaka, Yoshiki; Hipolito, Christopher J.; Maturana, Andrés D.; Ito, Koichi; Kuroda, Teruo; Higuchi, Takashi; Katoh, Takayuki; Kato, Hideaki E. et al. (2013). “Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter”. Nature 496 (7444): 247–251. doi:10.1038/nature12014.  Nishizawa, T.; Kita, S.; Maturana, A. D.; Furuya, N.; Hirata, K.; Kasuya, G.; Ogasawara, S.; Dohmae, N. et al. (2013). “Structural Basis for the Counter-Transport Mechanism of a H+/Ca2+ Exchanger”. Science 341 (6142): 168–172. doi:10.1126/science.1239002.  Nishimasu, Hiroshi; Ran, F. Ann; Hsu, Patrick D.; Konermann, Silvana; Shehata, Soraya I.; Dohmae, Naoshi; Ishitani, Ryuichiro; Zhang, Feng et al. (2014). “Crystal Structure of Cas9 in Complex with Guide RNA and Target DNA”. Cell 156 (5): 935–949. doi:10.1016/j.cell.2014.02.001.  Kumazaki, Kaoru; Chiba, Shinobu; Takemoto, Mizuki; Furukawa, Arata; Nishiyama, Ken-ichi; Sugano, Yasunori; Mori, Takaharu; Dohmae, Naoshi et al. (2014). “Structural basis of Sec-independent membrane protein insertion by YidC”. Nature 509 (7501): 516–520. doi:10.1038/nature13167.  Kato, Hideaki E.; Inoue, Keiichi; Abe-Yoshizumi, Rei; Kato, Yoshitaka; Ono, Hikaru; Konno, Masae; Hososhima, Shoko; Ishizuka, Toru et al. (2015). “Structural basis for Na+ transport mechanism by a light-driven Na+ pump”. Nature 521 (7550): 48–53. doi:10.1038/nature14322.  Nishimasu, Hiroshi; Cong, Le; Yan, Winston X.; Ran, F. Ann; Zetsche, Bernd; Li, Yinqing; Kurabayashi, Arisa; Ishitani, Ryuichiro et al. (2015). “Crystal Structure of Staphylococcus aureus Cas9”. Cell 162 (5): 1113–1126. doi:10.1016/j.cell.2015.08.007.  Hirano, Hisato; Gootenberg, Jonathan S.; Horii, Takuro; Abudayyeh, Omar O.; Kimura, Mika; Hsu, Patrick D.; Nakane, Takanori; Ishitani, Ryuichiro et al. (2016). “Structure and Engineering of Francisella novicida Cas9”. Cell 164 (5): 950–961. doi:10.1016/j.cell.2016.01.039.  Tsuchiya, Hirotoshi; Doki, Shintaro; Takemoto, Mizuki; Ikuta, Tatsuya; Higuchi, Takashi; Fukui, Keita; Usuda, Yoshihiro; Tabuchi, Eri et al. (2016). “Structural basis for amino acid export by DMT superfamily transporter YddG”. Nature 534 (7607): 417–420. doi:10.1038/nature17991.  Yamano, Takashi; Nishimasu, Hiroshi; Zetsche, Bernd; Hirano, Hisato; Slaymaker, Ian M.; Li, Yinqing; Fedorova, Iana; Nakane, Takanori et al. (2016). “Crystal Structure of Cpf1 in Complex with Guide RNA and Target DNA”. Cell 165 (4): 949–962. doi:10.1016/j.cell.2016.04.003.  Shihoya, Wataru; Nishizawa, Tomohiro; Okuta, Akiko; Tani, Kazutoshi; Dohmae, Naoshi; Fujiyoshi, Yoshinori; Nureki, Osamu; Doi, Tomoko (2016). “Activation mechanism of endothelin ETB receptor by endothelin-1”. Nature 537 (7620): 363–368. doi:10.1038/nature19319.  Matsumoto, Naoki; Nishimasu, Hiroshi; Sakakibara, Kazuhiro; Nishida, Kazumichi M.; Hirano, Takamasa; Ishitani, Ryuichiro; Siomi, Haruhiko; Siomi, Mikiko C. et al. (2016). “Crystal Structure of Silkworm PIWI-Clade Argonaute Siwi Bound to piRNA”. Cell 167 (2): 484–497.e9. doi:10.1016/j.cell.2016.09.002.  Taniguchi, Reiya; Inoue, Asuka; Sayama, Misa; Uwamizu, Akiharu; Yamashita, Keitaro; Hirata, Kunio; Yoshida, Masahito; Tanaka, Yoshiki et al. (2017). “Structural insights into ligand recognition by the lysophosphatidic acid receptor LPA6”. Nature 548 (7667): 356–360. doi:10.1038/nature23448.  Nishimasu, Hiroshi; Shi, Xi; Ishiguro, Soh; Gao, Linyi; Hirano, Seiichi; Okazaki, Sae; Noda, Taichi; Abudayyeh, Omar O. et al. (2018). “Engineered CRISPR-Cas9 nuclease with expanded targeting space”. Science 361 (6408): 1259–1262. doi:10.1126/science.aas9129.  Akichika, Shinichiro; Hirano, Seiichi; Shichino, Yuichi; Suzuki, Takeo; Nishimasu, Hiroshi; Ishitani, Ryuichiro; Sugita, Ai; Hirose, Yutaka et al. (2019). “Cap-specific terminal N6-methylation of RNA by an RNA polymerase II–associated methyltransferase”. Science 363 (6423): eaav0080. doi:10.1126/science.aav0080. ISSN 0036-8075.  Hiraizumi, Masahiro; Yamashita, Keitaro; Nishizawa, Tomohiro; Nureki, Osamu (2019). “Cryo-EM structures capture the transport cycle of the P4-ATPase flippase”. Science 365 (6458): 1149–1155. doi:10.1126/science.aay3353. ISSN 0036-8075.  Shihoya, Wataru; Inoue, Keiichi; Singh, Manish; Konno, Masae; Hososhima, Shoko; Yamashita, Keitaro; Ikeda, Kento; Higuchi, Akimitsu et al. (2019). “Crystal structure of heliorhodopsin”. Nature 574 (7776): 132–136. doi:10.1038/s41586-019-1604-6. ISSN 0028-0836.  Kise, Yoshiaki; Kasuya, Go; Okamoto, Hiroyuki H.; Yamanouchi, Daichi; Kobayashi, Kan; Kusakizako, Tsukasa; Nishizawa, Tomohiro; Nakajo, Koichi et al. (2021). “CrystalStructural basis of gating modulation of Kv4 channel complexes”. Nature 599 (7883): 158–164. doi:10.1038/s41586-021-03935-z. ISSN 0028-0836.  Yamaguchi, Sonomi; Naganuma, Masahiro; Nishizawa, Tomohiro; Kusakizako, Tsukasa; Tomari, Yukihide; Nishimasu, Hiroshi; Nureki, Osamu (2022). “Structure of the Dicer-2–R2D2 heterodimer bound to a small RNA duplex”. Nature 607 (7916): 393–398. doi:10.1038/s41586-022-04790-2. ISSN 0028-0836.  Chazan, Ariel; Das, Ishita; Fujiwara, Takayoshi; Murakoshi, Shunya; Rozenberg, Andrey; Molina-Márquez, Ana; Sano, Fumiya K.; Tanaka, Tatsuki et al. (2023). “Phototrophy by antenna-containing rhodopsin pumps in aquatic environments”. Nature 615 (7950): 535–540. doi:10.1038/s41586-023-05774-6. ISSN 0028-0836.  ^ “Members”. 東京大学 (2023年2月15日). 2023年2月15日閲覧。 ^ Nureki et al. (1995) ^ Nureki et al. (1998) ^ Fukai et al. (2000) ^ Ishitani et al. (2003) ^ Tomita et al. (2004) ^ Numata et al. (2006) ^ Tomita et al. (2006) ^ Hattori et al. (2007) ^ Kato et al. (2012) ^ Tanaka et al. (2013) ^ Nishizawa et al. (2013) ^ Kumazaki et al. (2014) ^ Kato et al. (2015) ^ Tsuchiya et al. (2016) ^ Shihoya et al. (2016) ^ Taniguchi et al. (2017) ^ Nishimasu et al. (2012) ^ Nishimasu et al. (2014) ^ Nishimasu et al. (2015) ^ Hirano et al. (2016) ^ Yamano et al. (2016) ^ Matsumoto et al. (2016) ^ Nishimasu et al. (2016) ^ “About Company”. EdiGENE. 2018年11月29日閲覧。 ^ “物理刺激で制御される膜蛋白質の分子機構の解明”. 科学研究費助成事業データベース. 2018年11月29日閲覧。 ^ a b “日本結晶学会受賞者”. 日本結晶学会. 2018年11月29日閲覧。 ^ a b “濡木 理”. 濡木研究室. 2018年11月29日閲覧。 ^ “平成19年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 科学技術賞（研究部門）受賞一覧”. 文部科学省. 2007年6月10日時点のオリジナルよりアーカイブ。2018年11月29日閲覧。 ^ “第5回（平成20年度）日本学術振興会賞受賞者”. 日本学術振興会. 2018年11月29日閲覧。 ^ “持田記念学術賞受賞者一覧” (pdf). 持田記念医学薬学振興財団. 2018年11月29日閲覧。 ^ “過去の受賞者”. 木原財団. 2018年11月29日閲覧。 ^ “井上学術賞”. 井上科学振興財団. 2018年11月29日閲覧。 ^ “上原賞受賞者（詳細）”. 上原記念生命科学財団. 2018年11月29日閲覧。 ^ “武田医学賞受賞者”. 武田科学振興財団. 2018年11月29日閲覧。 ^ “平成30年度科学技術分野の文部科学大臣表彰　科学技術賞　受賞者一覧” (pdf). 文部科学省. 2018年11月29日閲覧。 ^ “平成３０年春の褒章　神奈川県” (pdf). 内閣府. 2018年11月29日閲覧。アーカイブ 2023年4月4日 - ウェイバックマシン ^ 第26回（2021年）受賞者 濡木研究室