רון שמיר

רון שמיר (נולד ב-29 בנובמבר 1953) הוא פרופסור אמריטוס ישראלי למדעי המחשב, הידוע בעבודתו בתורת הגרפים ובביולוגיה חישובית. המייסד של מרכז אדמונד י' ספרא לביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב ועמד בראשו בשנים 2006-2022. רון שמיר נולד בירושלים בשנת 1953, בנם הבכור של ורדה ורפאל שמיר, שהיו לוחמי ההגנה, ונכדו של העיתונאי ישראל שוכמן. משפחתו הספרדית של אביו גרה בעיר העתיקה בירושלים בבית ברוך מזרחי למעלה מ-400 שנה. הוריה של אמו היו חלוצים שעלו מרוסיה לישראל בעלייה השלישית בראשית שנות העשרים. יש לו שתי אחיות צעירות יותר, דפנה וגדית. שמיר גדל בשכונת רחביה ולמד בגימנסיה העברית רחביה בירושלים (סיים בשנת 1971). בתיכון הוא היה פעיל בשבט מצדה - צופי ירושלים ובאתלטיקה, ובין הישגיו זכה באליפות ירושלים בהדיפת כדור ברזל. שמיר החל לימודי תואר ראשון במתמטיקה ופיזיקה באוניברסיטת תל אביב (1973–1975) וסיימו באוניברסיטה העברית בירושלים (1975–1977). בהמשך החל לימודים לתואר שני בחקר ביצועים באוניברסיטת תל אביב בהנחיית אורי יחיאלי, ולאחר מכן הצטרף לתוכנית הדוקטורט במחלקת IEOR באוניברסיטת קליפורניה בברקלי, שם למד בין השנים 1981–1984. עבודת הדוקטורט שלו נערכה בהנחיית ריצ'רד קרפ ואילן אדלר. שמיר החל את הקריירה המדעית שלו בחקר ביצועים, בחן בעיות אופטימיזציה הקשורות לתכנון ליניארי ולשיטת הסימפלקס. עבודת הדוקטורט שלו עם אדלר וקרפ עסקה בניתוח מקרים ממוצע של שיטת סימפלקס והראתה כי גרסה מסוימת של סימפלקס הייתה ריבועית במודל נתוני קלט פשוט. תוצאות דומות ניתנו במקביל על ידי מייקל טוד ועל ידי אדלר ונמרוד מגידו. בהמשך עבד עם דורית הוכבאום על אלגוריתמים יעילים לבעיות אופטימיזציה מובנות. בתחילת שנות ה-90 שמיר הפנה את עיקר מרצו לתורת הגרפים האלגוריתמיים. יחד עם תלמידיו, חיים קפלן ומרטין גולומביץ', הוא חקר בעיות של כריכי גרפים, בעיות השלמת גרפים ומגוון בעיות הקשורות לתרשימי מרווחים. אחד המאמרים שלו בנושא בעיית הסקה עיתית הוחל מאוחר יותר על חקר המיפוי הפיזי של ה-DNA; הדבר סימן את כניסתו לתחום הביולוגיה החישובית. שמיר השתמש במומחיות שלו בתורת הגרפים לפיתוח אלגוריתמי קיבוץ (clustering) לניתוח בעיות ביטוי גנים. המאמר הראשון שלו בתחום זה, עם ארז הרטוב, הציג את אלגוריתם הקיבוץ HCS. אלגוריתם ה- CAST שלו, עם זוהר יכיני ועמיר בן דור, פורסם בשנת 1999 ומשך תשומת לב רבה מקהילת הביואינפורמטיקה; הטכניקות המתוארות במאמרו בנושא זה, הפכו פופולריות בניתוח נתונים גנומיים. אלגוריתם האשכולות CLICK עם רודד שרן ואלגוריתם SAMBA עם עמוס תנאי ורודד שרן לדו-גלגל מצויים בשימוש רחב. ברבות הזמן, הרחיב שמיר את מחקרו כך שיכלול היבטים נוספים של ביואינפורמטיקה, כגון ניתוח רשתות ביולוגיות, סידורי גנום מחדש, מציאת מוטיבים רצפים, וויסות תעתיק. כלים רבים שפותחו במעבדתו זמינים כחלק מחבילת EXPANDER המספקת סביבה משולבת לניתוח נתונים ביולוגיים בעלי תפוקה גבוהה. המחקר הנוכחי של שמיר מתמקד בניתוח אינטגרטיבי של נתונים ביו-רפואיים הטרוגניים עם תפוקה גבוהה, סידורי גנום בסרטן, ויסות גנים. שמיר היה בוועדת ההיגוי המייסדת של כנס RECOMB, הכנס העיוני הראשי בביואינפורמטיקה, וכיהן בה במשך 13 שנה. הוא הקים את החברה הישראלית לביואינפורמטיקה וביולוגיה חישובית והיה נשיא החברה בין השנים 2004–2006. הוא הקים את מרכז אדמונד י' ספרא לביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב ועמד בראשו בשנים 2006-2022, ומכהן כראש הקתדרה לביואינפורמטיקה ע"ש ריימונד ובברלי סאקלר. שמיר מקדיש זמן גם לחינוך ביואינפורמטיקה. הוא כתב סיכומי הרצאות מקיפים הנמצאים בשימוש נרחב, בנושאי גנומיקה חישובית (אלגוריתמים לביולוגיה מולקולרית), ניתוח ביטוי גנים, שבבי DNA ורשתות גנים. הוא הקים את התוכנית המשותפת למדעי החיים ומדעי המחשב לתואר ראשון בביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב, וכן לימד קורסי הליבה של התוכנית ופיקח על תארים מתקדמים במסגרת תוכנית זו. כמו כן, ערך יחד עם פבל א' פבזנר את הספר "ביואינפורמטיקה לביולוגים" . פרס המדען הבכיר של האגודה הבינלאומית לביולוגיה חישובית (2022) פרס משפחת קדר למחקר מצטיין, אוניברסיטת תל אביב (2017) "פרס מבחן הזמן" עבור המאמר "זיהוי מתחמי חלבונים" משנת 2004 (2016) חבר האגודה הבינלאומית לביולוגיה חישובית (2012) עמית ACM מטעם האגודה למכונות מחשוב (2012) "פרס מבחן הזמן" על מאמרו "דפוסי ביטוי גנים באשכולות" משנת 1999 (2011) הפרס הלאומי ע"ש מייקל לנדאו למדעים בתחום הביואינפורמטיקה (2010) פרס המאמר הטוב ביותר של ISMB על מאמרו "יישור ספקטרום" (2000) מלגת אלון מהאקדמיה הלאומית הישראלית למדעים (1987) שמיר נשוי למיכל אורן-שמיר, פרופסור במכון וולקני ובתו של ההיסטוריון פרופ' ניסן אורן. לרון ומיכל שמיר שלושה בנים והם מתגוררים ברחובות. גיסו היה הבנקאי עודד ערן, וגיס נוסף הוא פרופ' חיים (חגי) פיק מהפקולטה לרפואה באוניברסיטת תל אביב. מדיה וקבצים בנושא רון שמיר בוויקישיתוף רון שמיר, באתר פרויקט הגנאלוגיה במתמטיקה רון שמיר, באתר dblp רון שמיר, באתר גוגל סקולר Ben-Dor, A.; Shamir, R.; Yakhini, Z. (1999), "Clustering gene expression patterns", Journal of Computational Biology, 6 (3–4): 281–297, doi:10.1089/106652799318274, PMID 10582567 Sharan, R.; Maron-Katz, A.; Shamir, R. (2000), "CLICK: A Clustering Algorithm with Applications to Gene Expression Analysis", Intelligent Systems in Molecular Biology - ISMB, 19 (14): 307–316, doi:10.1093/bioinformatics/btg232, PMID 14512350. Sharan, R.; Maron-Katz, A.; Shamir, R. (2003), "CLICK and EXPANDER: a system for clustering and visualizing gene expression data", Bioinformatics, 19 (14): 1787–1799, doi:10.1093/bioinformatics/btg232, PMID 14512350 Ulitsky, Igor; Maron-Katz, Adi; Shavit, Seagull; Sagir, Dorit; Linhart, Chaim; Elkon, Ran; Tanay, Amos; Sharan, Roded; Shiloh, Yosef (2010), "Expander: From expression microarrays to networks and functions", Nature Protocols, 5 (2): 303–22, doi:10.1038/nprot.2009.230, PMID 20134430 Adler, Ilan; Karp, Richard M.; Shamir, Ron (1987), "A simplex variant solving an m × d linear program in O(min(m^2, d^2)) expected number of pivot steps", Journal of Complexity, 3 (4): 372–387, doi:10.1016/0885-064X(87)90007-0 Hochbaum, Dorit S.; Shamir, Ron (1991). "Strongly Polynomial Algorithms for the High Multiplicity Scheduling Problem". Operations Research. 39 (4): 648–653. doi:10.1287/opre.39.4.648. ISSN 0030-364X. Golumbic, Martin Charles; Kaplan, Haim; Shamir, Ron (1995), "Graph Sandwich Problems", Journal of Algorithms, 19 (3): 449–473, doi:10.1006/jagm.1995.1047 Kaplan, Haim; Shamir, Ron (1996), "Pathwidth, Bandwidth, and Completion Problems to Proper Interval Graphs with Small Cliques", SIAM Journal on Computing, 25 (3): 540–561, doi:10.1137/S0097539793258143 Kaplan, Haim; Shamir, Ron; Tarjan, Robert E. (1999), "Tractability of Parameterized Completion Problems on Chordal, Strongly Chordal, and Proper Interval Graphs", SIAM Journal on Computing, 28 (5): 1906–1922, doi:10.1137/S0097539796303044 Golumbic, M.C.; Kaplan, H.; Shamir, R. (1994), "On the Complexity of DNA Physical Mapping", Advances in Applied Mathematics, 15 (3): 251–261, doi:10.1006/aama.1994.1009 Hartuv, E.; Shamir, R. (2000), "A clustering algorithm based on graph connectivity", Information Processing Letters, 76 (4–6): 175–181, doi:10.1016/S0020-0190(00)00142-3 Ben-Dor, Amir; Shamir, Ron; Yakhini, Zohar (1999), "Clustering Gene Expression Patterns", Journal of Computational Biology, 6 (3–4): 281–97, doi:10.1089/106652799318274, PMID 10582567 Sharan, R.; Shamir, R. (2000), "CLICK: A Clustering Algorithm with Applications to Gene Expression Analysis", Proceedings ISMB '00, 8: 307–316C, PMID 10977092 Tanay, A.; Sharan, R.; Shamir, R. (2000), "Discovering statistically significant biclusters in gene expression data", Bioinformatics, 18 (1): S136–S144, doi:10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S136, PMID 12169541 Ulitsky, I.; Shamir, R. (2007), "Identification of functional modules using network topology and high-throughput data", BMC Systems Biology, 1 (8): 8, doi:10.1186/1752-0509-1-8, PMC 1839897, PMID 17408515 Mueller, F.J.; Williams, R.; Kostka, D.; Laurent, L.; Ulitsky, I.; Lu, C.; Rao, M.S.; Shamir, R.; Schwartz, P.H. (2008), "Regulatory networks define phenotypic classes of human stem cell lines", Nature, 455 (7211): 401–405, Bibcode:2008Natur.455..401M, doi:10.1038/nature07213, PMC 2637443, PMID 18724358 Kaplan, H.; Shamir, R.; Tarjan, R.E. (1999), "A Faster and Simpler Algorithm for Sorting Signed Permutations by Reversals", SIAM Journal on Computing, 29 (3): 880–892, doi:10.1137/s0097539798334207 Elkon, R.; Linhart, C.; Sharan, R.; Shamir, R.; Shiloh, Y. (2003), "Genome-Wide In Silico Identification of Transcriptional Regulators Controlling the Cell Cycle in Human Cells", Genome Research, 13 (5): 773–780, doi:10.1101/gr.947203, PMC 430898, PMID 12727897 Linhart, C.; Halperin, Y.; Shamir, R. (2008), "Transcription factor and microRNA motif discovery: The Amadeus platform and a compendium of metazoan target sets", Genome Research, 18 (7): 1180–1189, doi:10.1101/gr.076117.108, PMC 2493407, PMID 18411406 Tanay, A.; Regev, A.; Shamir, R. (2005), "Conservation and evolvability in regulatory networks: The evolution of ribosomal regulation in yeast", Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 102 (20): 7203–7208, Bibcode:2005PNAS..102.7203T, doi:10.1073/pnas.0502521102, PMC 1091753, PMID 15883364 Belle, A.; Tanay, A.; Bitincka, L.; Shamir, R.; O'Shea, E.K. (2006), "Quantification of protein half-lives in the budding yeast proteome", Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 103 (35): 13004–9, Bibcode:2006PNAS..10313004B, doi:10.1073/pnas.0605420103, PMC 1550773, PMID 16916930 RECOMB steering committee, including former member Ron Shamir. Accessed January 12, 2014 http://safrabio.cs.tau.ac.il/steering_committee.htm Members of the steering committee of the Edmond J. Safra Center for Bioinformatics Pevzner, Pavel; Shamir, Ron (2011), Bioinformatics for biologists, Cambridge University Press, ISBN 9781107648876 Christina Fogg, Diane Kovats, Martin Vingron, 2022 ISCB Accomplishments by a Senior Scientist Award: Ron Shamir, academic.oup.com, ‏2022 Sharan, Roded; Ideker, Trey; Kelley, Brian; Shamir, Ron; Karp, Richard M. (ביולי 2005). "Identification of protein complexes by comparative analysis of yeast and bacterial protein interaction data". Journal of Computational Biology. 12 (6): 835–846. doi:10.1089/cmb.2005.12.835. ISSN 1066-5277. PMID 16108720. {{cite journal}}: (עזרה) ACM fellow profile, Association for Computing Machinery RECOMB award winners. Accessed January 12, 2014 Landau Prize Winners for 2010 (Hebrew). Accessed January 12, 2014 Intelligent System for Molecular Biology (ISMB) keynote speakers, ISMB. Accessed January 12, 2014.