חנה מרגלית

חנה מרגלית היא פרופסור אמריטה בפקולטה לרפואה באוניברסיטה העברית בירושלים. מחקריה משלבים ביואינפורמטיקה, ביולוגיה חישובית וביולוגיה של מערכות, במיוחד בתחומי ויסות גנים בחיידקים ואאוקריוטים. מרגלית קיבלה תואר ראשון במתמטיקה וביולוגיה בשנת 1974, ותואר שני בגנטיקה (בהצטיינות) בשנת 1977, מהאוניברסיטה העברית בירושלים. בשנת 1985 סיימה את הדוקטורט שלה בביולוגיה מולקולרית חישובית בהנחיית נורמן גרובר, באוניברסיטה העברית בירושלים. מרגלית השלימה פוסט-דוקטורט במכונים הלאומיים לבריאות (NIH) במעבדה לביולוגיה מתמטית בפיקוחו של צ'ארלס דליסי, שם פיתחה את האלגוריתם החישובי הראשון לחיזוי פפטידים אנטיגניים המוכרים על ידי תאי החיסון. בשנת 1989 חזרה לישראל והקימה את קבוצת המחקר העצמאית שלה בפקולטה לרפואה, באוניברסיטה העברית בירושלים. מחקריה המוקדמים כללו פיתוח אלגוריתמים חישוביים לחיזוי קשירת פפטידים אנטיגניים למולקולות MHC, מודלים חישוביים של העדפות קשירת חלבון-DNA, גם בשיתוף פעולה עם ניר פרידמן, זיהוי של זוגות דומיינים כאבני הבניין של רשתות אינטראקציה בין חלבון לחלבון, ניתוח הרשת המשולבת של אינטראקציות בין חלבון לחלבון ובין חלבון ל-DNA (בשיתוף פעולה עם אורי אלון), כמו גם מודלים חישוביים לחיזוי מולקולות RNA רגולטוריות קטנות בחיידקים, אשר אומתו בניסויים בשיתוף פעולה עם שושי אלטוביה וגרהארט וגנר. לאחרונה, המעבדה של מרגלית בחנה את הדינמיקה של ויסות על ידי RNAs קטן (בשיתוף עופר ביהם), וחזתה בצורה חישובית שישנן מולקולות מיקרו-רנא נגיפיות המדכאות את מערכת החיסון האנושית, מנגנון שקיבל תוקף בניסוי שנערך בשיתוף עופר מנדלבוים. מאז 2012 שילבה מרגלית מחקר ניסיוני וחישובי כדי לחקור וללמוד אינטראקציות קטנות של RNA עם חיידקים. מרגלית היא מחלוצי המחקר בביואינפורמטיקה וביולוגיה חישובית בישראל ובעולם. באוניברסיטה העברית היא הקימה את התוכנית "מדעי המחשב ומדעי החיים" בביואינפורמטיקה וביולוגיה חישובית (בשנת 1999) ואת תוכנית הבוגרים "גנומיקה וביואינפורמטיקה" (בשנת 2000). בשנת 2002 נבחרה לנשיאה הראשונה של האגודה הישראלית לביואינפורמטיקה וביולוגיה חישובית (2002–2004). הדריכה למעלה מ-50 סטודנטים לתארים מתקדמים, רבים מהם ממלאים תפקידים בפקולטה לביואינפורמטיקה בישראל ובחו"ל. בשנת 2008 הוענק לה פרס לנדאו למדעים ולמחקר בביולוגיה של מערכות. בשנת 2018 נבחרה לעמיתה באגודה הבינלאומית לביולוגיה חישובית (ISCB) עבור תרומות יוצאות דופן לתחומי הביולוגיה החישובית והביואינפורמטיקה. בשנת 2020 זכתה בפרס רוטשילד בביולוגיה חישובית. בהמשך אותה שנה זכתה בפרס למפעל חיים בחונכות במדע לשנת 2020 מטעם כתב העת המדעי Nature, בעקבות הישגיה בתחום ההדרכה המדעית. מדיה וקבצים בנושא חנה מרגלית בוויקישיתוף חנה מרגלית, באתר פרויקט הגנאלוגיה במתמטיקה חנה מרגלית, באתר dblp חנה מרגלית, באתר גוגל סקולר חנה מרגלית גאוגרפיה, דף שער בספרייה הלאומית "Keynotes Details". www.iscb.org. נבדק ב-2018-11-28. "Hanah Margalit's Lab". margalit.huji.ac.il. Margalit, H.; Spouge, J. L.; Cornette, J. L.; Cease, K. B.; Delisi, C.; Berzofsky, J. A. (1987). "Prediction of immunodominant helper T cell antigenic sites from the primary sequence". Journal of Immunology. 138 (7): 2213–2229. ISSN 0022-1767. PMID 2435793. Altuvia, Y.; Schueler, O.; Margalit, H. (1995). "Ranking potential binding peptides to MHC molecules by a computational threading approach". Journal of Molecular Biology. 249 (2): 244–250. doi:10.1006/jmbi.1995.0293. ISSN 0022-2836. PMID 7540211. Mandel-Gutfreund, Y.; Schueler, O.; Margalit, H. (1995). "Comprehensive analysis of hydrogen bonds in regulatory protein DNA-complexes: in search of common principles". Journal of Molecular Biology. 253 (2): 370–382. doi:10.1006/jmbi.1995.0559. ISSN 0022-2836. PMID 7563096. Mandel-Gutfreund, Y.; Margalit, H. (1998). "Quantitative parameters for amino acid-base interaction: implications for prediction of protein-DNA binding sites". Nucleic Acids Research. 26 (10): 2306–2312. doi:10.1093/nar/26.10.2306. ISSN 0305-1048. PMC 147552. PMID 9580679. Kaplan, Tommy; Friedman, Nir; Margalit, Hanah (2005). "Ab Initio Prediction of Transcription Factor Targets Using Structural Knowledge". PLoS Computational Biology (באנגלית). 1 (1): e1. Bibcode:2005PLSCB...1....1K. doi:10.1371/journal.pcbi.0010001. ISSN 1553-734X. PMC 1183507. PMID 16103898. Sprinzak, E.; Margalit, H. (2001-08-24). "Correlated sequence-signatures as markers of protein-protein interaction". Journal of Molecular Biology. 311 (4): 681–692. doi:10.1006/jmbi.2001.4920. ISSN 0022-2836. PMID 11518523. Yeger-Lotem, Esti; Sattath, Shmuel; Kashtan, Nadav; Itzkovitz, Shalev; Milo, Ron; Pinter, Ron Y.; Alon, Uri; Margalit, Hanah (2004). "Network motifs in integrated cellular networks of transcription-regulation and protein-protein interaction". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (16): 5934–5939. Bibcode:2004PNAS..101.5934Y. doi:10.1073/pnas.0306752101. ISSN 0027-8424. PMC 395901. PMID 15079056. Argaman, L.; Hershberg, R.; Vogel, J.; Bejerano, G.; Wagner, E. G.; Margalit, H.; Altuvia, S. (2001-06-26). "Novel small RNA-encoding genes in the intergenic regions of Escherichia coli". Current Biology. 11 (12): 941–950. doi:10.1016/s0960-9822(01)00270-6. ISSN 0960-9822. PMID 11448770. Shimoni, Yishai; Friedlander, Gilgi; Hetzroni, Guy; Niv, Gali; Altuvia, Shoshy; Biham, Ofer; Margalit, Hanah (2007). "Regulation of gene expression by small non-coding RNAs: a quantitative view". Molecular Systems Biology. 3: 138. doi:10.1038/msb4100181. ISSN 1744-4292. PMC 2013925. PMID 17893699. Stern-Ginossar, Noam; Elefant, Naama; Zimmermann, Albert; Wolf, Dana G.; Saleh, Nivin; Biton, Moshe; Horwitz, Elad; Prokocimer, Zafnat; Prichard, Mark (2007). "Host immune system gene targeting by a viral miRNA". Science. 317 (5836): 376–381. Bibcode:2007Sci...317..376S. doi:10.1126/science.1140956. ISSN 1095-9203. PMC 4283197. PMID 17641203. Melamed, Sahar; Peer, Asaf; Faigenbaum-Romm, Raya; Gatt, Yair E.; Reiss, Niv; Bar, Amir; Altuvia, Yael; Argaman, Liron; Margalit, Hanah (2016). "Global Mapping of Small RNA-Target Interactions in Bacteria". Molecular Cell. 63 (5): 884–897. doi:10.1016/j.molcel.2016.07.026. ISSN 1097-4164. PMC 5145812. PMID 27588604. "Hanah Margalit's Lab". margalit.huji.ac.il (באנגלית). נבדק ב-2018-11-28. "קרן לנדאו - פרס למדעים ומחקר". 2012-06-17. אורכב מ-המקור ב-2012-06-17. נבדק ב-2018-11-28. Anon (2018). "ISCB Fellows". iscb.org. International Society for Computational Biology. אורכב מ-המקור ב-2015-04-15. נבדק ב-2018-03-13. "The Rothschild Prize". The Rothschild Prize. נבדק ב-7 במרץ 2020. {{cite web}}: (עזרה) ערוץ 7, פרופ' מרגלית עוסקת במחקר שמשלב ביואינפורמטיקה, ביולוגיה חישובית וחקר מערכות ביולוגיות., באתר ערוץ 7, 22 בדצמבר 2020