SARSr-CoV

SARSr-CoV (גם SARS-CoV‏, ראשי תיבות של Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus) הוא מין של נגיף RNA מתת-משפחת נגיפי קורונה המידבק באדם, בעטלפים ובמיני יונקים נוספים. SARSr-CoV הוא נגיף RNA חד-גדילי חיובי בעל מעטפת שככל הנראה חודר לתא דרך הקולטן ACE2. שני זנים ממין זה גרמו להתפרצויות של מחלות נשימה קשות בבני אדם: SARS-CoV (גם: SARS-CoV-1) שגרם למחלת סארס בשנים 2002–2004 ו-SARS-CoV-2 שגורם למחלת נגיף קורונה 2019 והביא למגפת הקורונה. ישנם מאות זנים נוספים של SARSr-CoV, שאינם ידועים כמידבקים באדם. עטלפים הם חיית המאגר העיקרית של זנים רבים של SARSr-CoV, וכמה זנים נמצאו בגחן הדקלים שהם ככל הנראה המקור הראשוני למין זה. SARSr-CoV הוא אחד ממספר נגיפים שהוגדרו על ידי ארגון הבריאות העולמי בתוכנית החדשה שפותחה לאחר התפרצות האבולה במערב אפריקה (2014–2015) ב-2016 כבעלי פוטנציאל מגפתי עתידי, ויועדו למחקר ופיתוח דחופים. התחזית התממשה עם פרוץ מגפת הקורונה ב-2019. SARSr-CoV הוא מין בסוג Betacoronavirus ובתת-סוג Sarbecoviruses‏.‏ על בסיס האזורים השמורים בגנום של SARSr-CoV, משערים שהוא צאצא מוקדם של ה-betacoronaviruses‏. עטלפים הם חיית המאגר העיקרית שלו. הניגף התפתח במשך זמן רב בעטלפים ורק לאחרונה החלו זנים מסוימים להידבק באדם. שני הזנים SARS-CoV ו-SARS-CoV-2 הם צאצאים של נגיף אחד אך עשו את המעבר לבני אדם בנפרד ובאופן עצמאי. SARS-CoV-2 אינו צאצא של הזן SARS-CoV. בדומה לשאר הנגיפים בתת-משפחת נגיפי קורונה, לנגיף גנום ליניארי לא מקוטע, חד-גדילי חיובי (גדיל קריא; נגיפי (+)ssRNA). הגנום ארוך יחסית לנגיפי RNA, ומכיל 29,727 בסיסים. הגנום כולל 5' Cap ו-3' poly (A) tail, מה שמאפשר תרגום ישיר של ה-RNA לחלבוני רפליקאז, הנחוץ לשכפול ה-RNA. לוויריונים מבנה עגול בעל קוטר של כ-125 ננו-מטר, עם זיזים (spikes), בצורה המזכירה קרני שמש - מה שהקנה לנגיפים אלה את שמם. בוויריוני קורונה ארבעה מבנים חלבוניים עיקריים: זיזים, ממברנה, מעטפת ונוקליאוקפסיד בעל מבנה ספירלי שאינו אופייני לנגיפי (+)ssRNA. מדיה וקבצים בנושא SARSr-CoV בוויקישיתוף SARSr-CoV, באתר NCBI (באנגלית) SARSr-CoV, באתר האנציקלופדיה של החיים (באנגלית) SARSr-CoV, באתר GBIF (באנגלית) היסטוריה טקסונומית באתר הוועדה הבין-לאומית לטקסונומיה של נגיפים SARS-CoV משמש לפעמים גם לשם המין וגם לשם הזן הגורם למחלת סארס. על מנת להבדיל בין המין לזן יש שמשתמשים ב-SARSr-CoV למין וב-SARS-CoV לזן, ויש שמשתמשים ב-SARS-CoV וב-SARS-CoV-1 לזן Neeltje van Doremalen; Trenton Bushmaker; Dylan H. Morris; Myndi G. Holbrook; Amandine Gamble; Brandi N. Williamson; Azaibi Tamin; Jennifer L. Harcourt; Natalie J. Thornburg; Susan I. Gerber; James O. Lloyd-Smith; Emmie de Wit; Vincent J. Munster (17 במרץ 2020). "Aerosol and Surface Stability of SARS-CoV-2 as Compared with SARS-CoV-1". The New England Journal of Medicine. doi:10.1056/NEJMc2004973. נבדק ב-3 באפריל 2020. {{cite journal}}: (עזרה) Branswell, Helen (9 בנובמבר 2015). "SARS-like virus in bats shows potential to infect humans, study finds". Stat News. נבדק ב-20 בפברואר 2020. {{cite news}}: (עזרה)תחזוקה - ציטוט: url-status (link) Wong AC, Li X, Lau SK, Woo PC (בפברואר 2019). "Global Epidemiology of Bat Coronaviruses". Viruses. 11 (2): 174. doi:10.3390/v11020174. Most notably, horseshoe bats were found to be the reservoir of SARS-like CoVs, while palm civet cats are considered to be the intermediate host for SARS-CoVs [43,44,45]. {{cite journal}}: (עזרה)תחזוקה - ציטוט: שימוש בפרמטר authors (link) Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses (במרץ 2020). "The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2". Nature Microbiology. 5 (4): 536–544. doi:10.1038/s41564-020-0695-z. {{cite journal}}: (עזרה) Kohen, Jon; Kupferschmidth, Kai (28 בפברואר 2020). "Strategies shift as coronavirus pandemic looms". Science. 367 (6481): 962–963. Bibcode:2020Sci...367..962C. doi:10.1126/science.367.6481.962. {{cite journal}}: (עזרה) Lau SK, Li KS, Huang Y, Shek CT, Tse H, Wang M, Choi GK, Xu H, Lam CS, Guo R, Chan KH, Zheng BJ, Woo PC, Yuen KY (במרץ 2010). "Ecoepidemiology and complete genome comparison of different strains of severe acute respiratory syndrome-related Rhinolophus bat coronavirus in China reveal bats as a reservoir for acute, self-limiting infection that allows recombination events". Journal of Virology. 84 (6): 2808–19. doi:10.1128/JVI.02219-09. PMC 2826035. {{cite journal}}: (עזרה)תחזוקה - ציטוט: שימוש בפרמטר authors (link) Kieny, Marie-Paule. "After Ebola, a Blueprint Emerges to Jump-Start R&D". Scientific American Blog Network. ארכיון מ-20 בדצמבר 2016. נבדק ב-13 בדצמבר 2016. {{cite web}}: (עזרה) "LIST OF PATHOGENS". World Health Organization. ארכיון מ-20 בדצמבר 2016. נבדק ב-13 בדצמבר 2016. {{cite web}}: (עזרה) Wong AC, Li X, Lau SK, Woo PC (בפברואר 2019). "Global Epidemiology of Bat Coronaviruses". Viruses. 11 (2): 174. doi:10.3390/v11020174. See Figure 1. {{cite journal}}: (עזרה)תחזוקה - ציטוט: שימוש בפרמטר authors (link) Woo PC, Huang Y, Lau SK, Yuen KY (באוגוסט 2010). "Coronavirus genomics and bioinformatics analysis". Viruses. 2 (8): 1804–20. doi:10.3390/v2081803. PMC 3185738. Furthermore, subsequent phylogenetic analysis using both complete genome sequence and proteomic approaches, it was concluded that SARSr-CoV is probably an early split-off from the Betacoronavirus lineage [1]; See Figure 2. {{cite journal}}: (עזרה)תחזוקה - ציטוט: שימוש בפרמטר authors (link) "Coronaviridae - Figures - Positive Sense RNA Viruses - Positive Sense RNA Viruses (2011)". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (באנגלית). נבדק ב-2020-03-06. See Figure 2. Gouilh MA, Puechmaille SJ, Gonzalez JP, Teeling E, Kittayapong P, Manuguerra JC (באוקטובר 2011). "SARS-Coronavirus ancestor's foot-prints in South-East Asian bat colonies and the refuge theory". Infection, Genetics and Evolution. 11 (7): 1690–702. doi:10.1016/j.meegid.2011.06.021. Betacoronaviruses-b ancestors, meaning SARSr-CoVs ancestors, could have been historically hosted by the common ancestor of the Rhinolophidae and Hipposideridae and could have later evolved independently in the lineages leading towards Rhinolophidae and Hipposideridae betacoronaviruses. {{cite journal}}: (עזרה)תחזוקה - ציטוט: שימוש בפרמטר authors (link) Cui J, Han N, Streicker D, Li G, Tang X, Shi Z, Hu Z, Zhao G, Fontanet A, Guan Y, Wang L, Jones G, Field HE, Daszak P, Zhang S (באוקטובר 2007). "Evolutionary relationships between bat coronaviruses and their hosts". Emerging Infectious Diseases. 13 (10): 1526–32. doi:10.3201/eid1310.070448. PMC 2851503. {{cite journal}}: (עזרה)תחזוקה - ציטוט: שימוש בפרמטר authors (link) Ge XY, Li JL, Yang XL, Chmura AA, Zhu G, Epstein JH, Mazet JK, Hu B, Zhang W, Peng C, Zhang YJ, Luo CM, Tan B, Wang N, Zhu Y, Crameri G, Zhang SY, Wang LF, Daszak P, Shi ZL (בנובמבר 2013). "Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor". Nature. 503 (7477): 535–8. Bibcode:2013Natur.503..535G. doi:10.1038/nature12711. PMC 5389864. {{cite journal}}: (עזרה)תחזוקה - ציטוט: שימוש בפרמטר authors (link) "SARS coronavirus Urbani, complete genome" (PDF). 23 באפריל 2003. נבדק ב-24 במאי 2021. {{cite web}}: (עזרה) Fehr & Perlman, Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis, Coronaviruses pp 1-23 הבהרה: המידע בוויקיפדיה נועד להעשרה בלבד ואינו מהווה ייעוץ רפואי.