פרשת דרייפוס

פרשת דרייפוס (בצרפתית: L'affaire Dreyfus; הייתה פרשה של הפללת שווא, עם רקע אנטישמי, שבה הואשם הקצין היהודי אלפרד דרייפוס בריגול ובגידה במולדתו צרפת. דרייפוס הורשע והוגלה לאי השדים, אך מאבק ציבורי בהובלת אינטלקטואלים הוביל לזיכויו. לאורך השתלשלות האירועים, כונתה פרשת דרייפוס: "הפרשה". הייתה זו שערורייה פוליטית רחבה, אשר פילגה קשות את הרפובליקה הצרפתית בין השנים 1894–1899 ובמידה פחותה עד 1906. השערורייה נסובה סביב דרייפוס, קפטן ארטילריה יהודי בצבא צרפת, אשר הואשם בריגול עבור הקיסרות הגרמנית. דרייפוס היה היהודי היחיד במטה הכללי הצרפתי, כך שהחשדות נגדו היו בחלקם אנטישמיות פשוטה. דרייפוס הורשע על סמך ראיות קלושות. הוא נידון לטקס משפיל ב-5 בינואר 1895 שבו נשללו ממנו דרגותיו ולאחר מכן הוגלה לכל חייו לאי השדים סמוך לחופי אמריקה הדרומית. אולם עד מהרה, בהנהגתו של אחיו של אלפרד, מתייה דרייפוס, קמה תנועה של פוליטיקאים, עיתונאים ועורכי דין אשר טענה לחפותו של אלפרד דרייפוס. הם נודעו בכינוי "הדרייפוסרים" או "האינטלקטואלים". בשנת 1896 החל להתברר בהדרגה שדרייפוס חף מפשע, בעיקר הודות לחקירה נמרצת שערך ראש המודיעין הצרפתי ז'ורז' פיקאר, אשר גילה את המרגל האמיתי – פרדיננד אסטרהאזי. פיקאר ניסה להפנות את תשומת לבם של מפקדיו לתגליתו, אולם הללו, שחששו מאיבוד שמם הטוב ומפגיעה ביוקרתו של הצבא, הורו לו לשתוק, ובהמשך שלחו אותו לתפקיד נידח בתוניסיה. למרות זאת, הצליח פיקאר להעביר את הידוע לו הלאה, ובעקבות לחץ מצד הדרייפוסרים, נפתח משפט כנגד אסטרהאזי, אשר נמשך יומיים בלבד ובו הוא זוכה מכל אשמה. עם זאת, מכתב פתוח של הסופר אמיל זולא לנשיא פליקס פור, אשר נודע בכינוי "אני מאשים...!", הביא לפתיחה מחדש של התיק כנגד דרייפוס. מכתבו של זולא עורר זעם (בעיקר מצד חוגי השלטון), והוא נתבע לדין על הוצאת דיבה נגד הצבא והרפובליקה. אף על פי שזולא הורשע, הרי שהמשפט כנגדו גרם בעקיפין לכך שהתגלה כי אחד המסמכים אשר עליהם הסתמכה התביעה כנגד דרייפוס הוא זיוף ("זיוף אנרי"). הדבר הוביל לכך שדרייפוס הוחזר מגלותו ונפתח כנגדו משפט חוזר, אשר בסופו הוא הורשע שוב, אולם קיבל עונש קל יותר, 10 שנות מאסר. זמן קצר לאחר מכן, קיבל דרייפוס חנינה מנשיא צרפת אמיל לובה, ורק ב־1906 טוהר שמו סופית. רבים סבורים כי הפרשה חוללה מפנה אצל בנימין זאב הרצל, לשנות את דעותו ביחס לאנטישמיות ולעודד אותו לתמוך בציונות. ב־1848, כחלק מגל מהפכות אביב העמים ששטף את אירופה, סולק סופית בית בורבון מהשלטון בצרפת והוכרז על כינונה של הרפובליקה הצרפתית השנייה. באותה שנה זכה בבחירות לנשיאות צרפת לואי נפוליאון, אחיינו של נפוליאון בונפרטה. בשנת 1851 ביצע לואי נפוליאון הפיכה שהעניקה לו סמכויות דיקטטוריות שאושרו במשאל עם, וב־1852 הוא הכריז על ביטול הרפובליקה ועל כינון הקיסרות השנייה, והכתיר את עצמו כקיסר "נפוליאון השלישי". לאחר ששלט במשך 17 שנים, הסתבך נפוליאון במלחמה הרסנית נגד פרוסיה, שבסופה הוכרז על הקמת הקיסרות הגרמנית באולם המראות שבארמון ורסאי. נפוליאון הודח משלטונו ועזב את צרפת, ובמקום השלטון המלוכני הוכרז על הקמת הרפובליקה הצרפתית השלישית. עם זאת, לכל אורך שנות קיומה, סבלה הרפובליקה מחוסר יציבות. במהלך 65 שנותיה התחלפו בה 101 ממשלות, כלומר חילוף ממשלה בכל שמונה חודשים בממוצע. בשנותיה הראשונות של הרפובליקה נותר בידי המלוכנים כוח רב, והם התחלקו לשלוש סיעות: תומכי בית בורבון, תומכי בית אורליאן ותומכי בית בונפרטה. המשבר בין המלוכנים לרפובליקה הגיע לשיאו במהלך המשבר ב-16 במאי 1877. נשיא הרפובליקה, פטריס דה מק־מהון, פיטר את ראש הממשלה ז'יל סימון, אשר נחשב לרפובליקני מובהק, ומינה במקומו את אלבר, הדוכס הרביעי מברולי. האספה הלאומית סירבה להכיר בראש הממשלה החדש, ולאחר מערכת בחירות סוערת שנערכה באוקטובר 1877, זכה גוש השמאל הרפובליקני בראשותו של לאון גמבטה ברוב מוחץ, ומק־מהון נאלץ להסכים להקמת ממשלת שמאל בראשות ז'יל־ארמן דופור (אנ'). לאחר בחירות נוספות שבהן זכה השמאל, הגיש מק־מהון את התפטרותו לפרלמנט ב־28 בינואר 1879. פרישתו של מק־מהון מהזירה הפוליטית הפחיתה באופן משמעותי את כוחם של המלוכנים, אולם במהלך השנים הבאות ספגה הרפובליקה זעזועים נוספים. הראשון היה ב־1889, כאשר הגנרל ז'ורז' בולנז'ה קיבץ סביבו תומכים ותכנן לבצע הפיכה שתהפוך אותו לדיקטטור. עם זאת, שעת הכושר חלפה ובולנז'ה לא עשה דבר. ב־1892 זועזעה הרפובליקה שוב במהלך "שערוריית פנמה", פרשת שחיתות הקשורה בבניית תעלת פנמה. בבחירות של 1893 זכו הרפובליקנים לרוב בפרלמנט, אל מול המלוכנים, הרדיקלים והסוציאליסטים. השנים הבאות התאפיינו בממשלות מרכז לא יציבות, אשר התמקדו בעיקר במדיניות חוץ ובמדיניות קולוניאליסטית, וגילו אדישות מסוימת ביחס לסוגיות חברתיות. עובדה זו התבלטה במהלך פרשת דרייפוס, כאשר הממשלות השונות שהנהיגו את צרפת במהלכה הפגינו קהות חושים, הפקידו את ניהולה בידי הצבא, והיו מעוניינות בסגירתה מהר ככל האפשר. פרשת דרייפוס הופיעה בצרפת בתקופה של מתחים רבים מבחינה חברתית. צרפת עדיין כאבה את תבוסתה לגרמנים ב־1871, ויחסיה עם הקיסרות הגרמנית היו מתוחים מאוד. בקרב האוכלוסייה פעמה בעוז רוח ה"רבאנש" ("נקמה"), והגעגועים למחוזות אלזס ולורן שסופחו לגרמניה לאחר המלחמה. שיתוף פעולה עם הגרמנים נחשב למעשה חמור מאוד. ככלל, החברה הצרפתית הייתה מפולגת בין שלל דעות וסיעות. המלוכנים עדיין היוו כוח שיש להתחשב בו, וכנגדם התחזק בהדרגה כוחם של הסוציאליסטים ואף של האנרכיסטים. הנצרות הקתולית נחלשה, אך עדיין שמרה על כוח רב. בשנת 1895 מנו היהודים בצרפת המטרופוליטנית כ-80,000 (מתוכם 40,000 בפריז בלבד) וכ-45,000 יהודים נוספים חיו באלג'יריה. בעקבות האמנציפציה הצליחו היהודים להתערות היטב בחברה הגבוהה בצרפת. אולם גלי הלאומנות ששטפו את אירופה בעקבות אביב העמים, והתחזקו בצרפת עוד יותר בשל המלחמה עם פרוסיה, גרמו לכך שהיהודים נתפסו כגורם לא־צרפתי. לכך נוספו האשמות כי יהודים התעשרו כתוצאה ממתן הלוואות לממשלת צרפת, הלוואות שנועדו לממן את תשלום הפיצויים לגרמנים שלו התחייבו הצרפתים לאחר המלחמה. העובדה שהמוני יהודים שחיו באלזס ובלורן במשך מאות שנים ופיתחו קהילה משגשגת, בחרו להגר מערבה (לצרפת) לאחר הסיפוח הגרמני (בהם משפחתו של דרייפוס עצמו), לא שינתה את דעת הקהל. האנטישמיות הצרפתית התגברה במיוחד לאחר פרסום ספרו של אדואר דרימון "צרפת היהודית" בשנת 1886. הספר נמכר במהדורה הראשונה בכ-150,000 עותקים. ב־1892 פתח דרימון את העיתון "לה ליבר פארול", שבו המשיך בתעמולה גזענית, אנטישמית וקסנופובית. עוד באותה שנה הגיע העיתון לתפוצה של כ-200,000 עותקים. העיתון התחזק מאוד בעקבות שערוריית פנמה, אשר בה היו מעורבים שני יהודים: ז'אק דה ריינאך (Jacques de Reinach) וקורנליוס הרץ (Cornelius Herz). ריינאך התאבד לאחר שנסחט בנוגע לפרשה, אולם לפני מותו מסר לעיתון של דרימון את רשימת חברי הפרלמנט שהיו מעורבים בשערורייה, בתמורה לטיוח חלקו שלו בפרשה. דרימון ניצל את הפרשה כדי להבליט את חלקם של היהודים בכלכלה הצרפתית ולהאשים אותם בשחיתות. האנטישמיות בצרפת לא פסחה גם על הדרגים הגבוהים בצבא, ובמטה הכללי היה דרייפוס עצמו היהודי היחיד. עם זאת, הצבא בכללותו היה פתוח יחסית, ובתחילת הפרשה היו בו כ-300 קצינים יהודיים, מתוכם עשרה בדרגות גנרלים. לנוכח מרוץ החימוש שהתקיים באותה עת בכמעט כל מדינות אירופה, והסתיים עם מלחמת העולם הראשונה, הפעילו כל המעצמות רשתות ריגול פעילות. כל עסקי הריגול בצרפת היו מרוכזים תחת "המשרד השני" של צבא צרפת. המשרד השני היה ארגון רשמי אשר שכן במשרד רשמי, קיבל את הדו"חות הרשמיים של הנספחים הצבאיים בארצות השונות וקיים פגישות רשמיות עם נספחים צבאיים ממדינות זרות. עם זאת, המשרד השני הפעיל תת־משרד שכונה "המשרד הסטטיסטי", מטהו היה סודי, והוא דיווח ישירות לשר ההגנה ולראש המטה הכללי. המשרד הפעיל רשת של סוכנים וסוכנים כפולים, ומרבית קציני הצבא כינו אותו פשוט "מחלקת הריגול הנגדי". ב־1887 מונה ז'אן סאנדהר למפקד המשרד השני, וגילה שהוא במצב גרוע מאוד. שירות הביון הצרפתי פיגר בכמה רמות אחרי זה של הגרמנים והאיטלקים למשל. כאשר התמנה אוגוסט מרסייה לשר ההגנה ב־1893, הצליח סאנדהר לשכנע אותו להקציב סכומים גדולים יותר למשרד השני, והפך אותו לארגון ריגול יעיל ביותר, אשר לא פיגר בהרבה אחרי הגרמנים. במסגרת תפקידו הפעיל סאנדהר רשת ריגול ענפה בגרמניה. למוריס בארס אמר: "אילו הראיתי לך את שמות האנשים שאנו משלמים להם בגרמניה, היית יוצא מדעתך". מנגד, פריז עצמה הייתה מלאה במרגלים של מדינות זרות. בין 1888–1890 נתפסו חמישה מרגלים בצבא צרפת. הנמרצים ביותר בפעולות הריגול נגד הצרפתים היו הגרמנים. מרבית המדינות השתמשו בנספחים הצבאיים שלהם בשגרירויות כדי להקים רשתות ריגול, אולם הגרמנים הרחיקו לכת באופן משמעותי בנושא זה. השגריר הגרמני בפריז, הרוזן צו מינסטר, היה אדם מכובד אשר תיעב עסקי ריגול מכל סוג. עם זאת, ב־1891 התגלה כי הנספח הצבאי שעבד תחתיו, פון היהנה (Huehne), הפעיל כמה מרגלים ללא ידיעתו. גרמניה החזירה את היהנה ושלחה במקומו את מקסימיליאן פון שוורצקופן. מינסטר הבטיח לשר החוץ הצרפתי כי "אתו לא תהיינה לכם בעיות". עם זאת, שוורצקופן לא היה כפוף למינסטר אלא למטכ"ל בברלין בלבד, ולפיכך המשיך בפעילות קודמו, ומתחת לאפו של השגריר החל לארגן רשת מרגלים ענפה. דיווחיו עברו במישרין לממשלת גרמניה, וייתכן שאף לקיסר וילהלם השני עצמו, אשר העריך מאוד את שוורצקופן. מיד עם הגיעו לפריז קשר שוורצקופן קשרי ידידות עם הנספח הצבאי של ממלכת איטליה, אלסנדרו פניצארדי, שגם הוא עסק בריגול. עד מהרה הפכו השניים לנאהבים, והתראו כמעט מדי יום. פניצארדי נהג לחתום על מכתביו לשוורצקופן בשם "אלכסנדרין". המודיעין הצרפתי ידע על פעילות הריגול שבה עסק שוורצקופן, וכן על קשריו עם פניצארדי. לצרפתים נודע גם ששוורצקופן ופניצארדי מחליפים מידע שהצליחו להשיג. שוורצקופן גילה חוסר זהירות בטיפול בחומר שהגיע אליו. את המכתבים הרגישים שהגיעו אליו הוא לא נהג לשרוף, אלא קרע והשליך לאשפה. לרוע מזלו, מארי באסטיאן, המנקה הצרפתייה שעבדה בשגרירות הגרמנית, עבדה כסוכנת של המשרד השני תחת שם הקוד "אוגוסט". באסטיאן לא ידעה קרוא וכתוב והתחזתה לטיפשה, וכך הצליחה לגנוב ניירות מסלי האשפה של השגרירות. מכיוון שנהנתה מאמון מוחלט של אנשי השגרירות, היא התנדבה לא אחת להחליף את השומר בשער וכך הצליחה לגנוב מכתבים ישירות מתיבת הדואר. במשרד לסטטיסטיקה היו משחזרים מחדש את קרעי הניירות ומתרגמים אותם אם היה צורך, וכך ידעו הצרפתים בדיוק איזה מידע שוורצקופן מקבל ממרגליו. השירות שהעניקה באסטיאן היה כה חשוב, עד כי הוא נודע בפי אנשי המשרד הסטטיסטי ומאוחר יותר בפי חוקרי פרשת דרייפוס, בכינוי "הדרך הרגילה". ערך מורחב – אלפרד דרייפוס אלפרד דרייפוס נולד ב-1859 למשפחה יהודית אמידה ומיוחסת בעיר מילוז שבאלזס, אשר השתייכה אז לצרפת. משפחתו עסקה בייצור טקסטיל. במהלך מלחמת צרפת–פרוסיה נכבשה עירו בידי הפרוסים, ולאחר מכן סופחה לקיסרות הגרמנית. בעקבות כך עקרה משפחתו לפריז. מאורעות אלו השפיעו על החלטתו להתגייס ב־1877 לצבא צרפת. הוא למד באקול פוליטקניק ולאחר מכן בקורס לקציני ארטילריה. ב־1889 כבר החזיק בדרגת קפיטן (סרן). ב־1893 נכנס למטה הכללי. דרייפוס היה היהודי היחיד במטה הכללי, אולם הוא לא התייחס כמעט אף פעם להיותו יהודי, ושמר על קשר מועט עם הקהילה היהודית בצרפת. גילוי האנטישמיות המשמעותי היחיד שנתקל בו במהלך הקריירה שלו, היה כאשר באחד המבחנים העניק לו אחד הבוחנים ציון נמוך באופן חריג בטענה שהוא אינו רוצה שיהודי יגיע למטה הכללי. דרייפוס היה אהוב ומוערך מאוד על ידי מפקדיו, אולם עמיתיו לא חיבבו אותו ולא היו לו חברים במטה הכללי. בנוסף על כך שהיה יהודי, הוא היה נשוי ובן למשפחה אמידה, בניגוד לרוב הקצינים בדרגתו שהיו רווקים עם הכנסה צנועה. כמו כן, הוא היה קשוח, יהיר, שתקן ו"הוגן עד כדי אי־נעימות". הוא בלט בתכונתו לנסות לרצות את הממונים עליו, מה שרק הרגיז יותר את עמיתיו. כמו כן, לא סייעה לו העובדה שבשל מוצאו מאלזס היה לו מבטא גרמני קל. חרף היותו פטריוט צרפתי מושבע, הוא ביקר לעיתים קרובות בעיר הולדתו מילוז, שהייתה תחת שלטון גרמני, ורבות מהנשים שעמן התרועע לפני נישואיו דיברו גרמנית. ערך מורחב – פרדיננד אסטרהאזי פרדיננד אסטרהאזי נולד בפריז ב־1847. מוצא משפחתו היה מהונגריה, וב־1870 התגייס ללגיון הזרים הצרפתי. משם המשיך לצבא הסדיר והגיע לדרגת קפיטן. בין 1881–1882 שירת במשרד השני והיה מיודד עם סאנדהר. הוא נישא לצרפתייה ממעמד מכובד, והיה אב לשתי בנות ובעליה של טירה קטנה. עם זאת, הוא נודע באופיו ההרפתקני, באורח חייו הפזרני וההולל, ובקשריו עם נשים שהוציאו ממנו כסף רב. הוא מעולם לא גילה אהדה רבה מדי לצרפת, ובהמשך הפרשה אף פורסמו מכתבים שלו המעידים על נטיות גרמנופיליות. אורח חייו סיבך אותו בסופו של דבר בחובות, והוא ניסה להיחלץ מהם באמצעים שונים ללא הצלחה. לפי זיכרונותיו של שוורצקופן, אשר פורסמו ב־1930 לאחר מותו, פנה אליו אסטרהאזי לראשונה ב-20 ביולי 1894. הוא הופיע במדים בשגרירות הגרמנית ולא הזדהה בשמו. הוא פירט בפני שוורצקופן את הקריירה שלו והסביר שהוא זקוק לכסף. שוורצקופן העמיד בתחילה פנים שאינו מעוניין, אולם למחרת יצר אסטרהאזי קשר פעם נוספת. ב-22 ביולי יצר שוורצקופן קשר עם מפקדיו בברלין, ואלו הורו לו לקיים מגע עם האלמוני. ב-27 ביולי הופיע אסטרהאזי שוב והפעם הזדהה בשמו. הוא דרש משוורצקופן תשלום חודשי של 2,000 פרנקים תמורת שירותו, אולם שוורצקופן סירב בטענה שסוכניו מקבלים שכר לפי הסחורה שהם מביאים. בתחילת אוגוסט שהה שוורצקופן בגרמניה, וקיבל אישור סופי מהממונים עליו להפעיל את אסטרהאזי כסוכן. ב-13 באוגוסט הופיע אסטרהאזי שוב בשגרירות והבטיח להביא לשוורצקופן את תוכנית הגיוס של הארטילריה הצרפתית. כעבור יומיים הוא אכן שב עם המסמך וקיבל משוורצקופן 1,000 פרנקים. מאז נפגשו שוורצקופן ואסטרהאזי מדי 15 יום, אך במרץ 1896 ניתק שוורצקופן את הקשר עמו משום שהמידע שהביא היה בעל חשיבות מועטה מדי. מרבית המידע על קשריהם של שוורצקופן ואסטרהאזי מגיע מזיכרונותיו של שוורצקופן, שנחשבים לא אמינים במחקר ההיסטורי המודרני. עוד ב-1893 טען סאנדהר כי בשורות הצבא הצרפתי, ואולי אפילו במטכ"ל הצרפתי, פועל מרגל המעביר מידע לגרמנים. הוא גילה בין היתר כי התרשימים הטופוגרפיים של ביצורי הערים טיל, ריימס ונאנסי, עם ציון המקומות שבהם הוצבו סוללות התותחים, הועברו לידי הגרמנים, מה שעורר דאגה רבה במשרד הסטטיסטי. לפי הגרסה המקובלת, ב-26 בספטמבר 1894 נפגש סגנו של סאנדהר, אובר־ז'וזף אנרי, שבהמשך היה דמות מפתח בפרשה, עם באסטיאן המנקה, אשר הביאה לו שקיות ובהן פיסות נייר ממכתבים שונים מהתאריכים 4, 21, 24 ו-26 באוגוסט ומ-2 בספטמבר. הסיבה לאיחור במשלוח הייתה שאנרי היה בחופשה, ובאסטיאן שמרה על החומר עבורו. אחד המסמכים שהביאה באסטיאן לאנרי היה המכתב שנודע בתור "הבורדרו" ("האיגרת"). הוא היה קרוע לשישה חלקים, ואנרי לא התקשה לחבר אותם מחדש ולקרוא את תוכנו. המסמך היה קצר ותמציתי, ונשלח ללא ספק בידי מרגל. במסמך הציע המרגל להעביר לשוורצקופן כמה מסמכים שלרובם הייתה חשיבות מעטה. יש הסבורים שהמכתב נועד להוות תשובה חלקית לשאלון בן 11 שאלות ששוורצקופן נהג להציג לסוכנים שעבדו עבורו. זה תוכנו: באין ידיעות שרצונך לראותני, הנני מביא לפניך, אדוני, מספר ידיעות מעניינות: תזכיר על המעצור ההידראולי של (תותח) 120 (מ"מ) והצורה שבה מוסע תותח זה; תזכיר על גייסות החיפוי (לפי התכנית החדשה יוכנסו מספר שינויים); תזכיר על שינוי בעוצבות הארטילריה; תזכיר ביחס למדגסקר; ההצעה למדריך ירי לחיל תותחי השדה (14 במרץ 1894) קשה מאוד להשיג את המסמך האחרון. הוא היה ברשותי רק ימים ספורים. מיניסטריון המלחמה שלח כמה עותקים בלבד לגייסות השונים והאחריות לעותקים אלה נופלת על הגייסות. כל קצין המחזיק בעותק חייב להחזירו אחרי התמרונים. אם תרצה לקחת טופס המעניין אותך ולהעמידו לרשותי לאחר מכן, אקחנו ממך. אלא אם תרצה שאעתיקו כלשונו ואשלח אליך את העותק. אני עומד לצאת לתמרונים. לכל אורך הפרשה, היה מקובל להאמין שהבורדרו אכן הגיע אל אנרי ב"דרך הרגילה", דהיינו באמצעות באסטיאן. עם זאת, היסטוריונים שונים, כמו ז'וזף ריינאך ומוריס בומון, העלו השערה על פיה המכתב נגנב מתיבת הדואר של שוורצקופן ומעולם לא הגיע ליעדו. לפי טענה זו, המכתב נגנב בידי סוכן ממוצא אלזסי בשם בריקר (Brücker), אשר עבד במשך שנים עבור המשרד הסטטיסטי. בריקר היה בין היתר האדם שגייס עבור המשרד הסטטיסטי את באסטיאן. עם זאת, במשרד השני איבדו בו אמון לאחר שהתגלה כי המאהבת שלו ריגלה עבור הגרמנים. לפי חלק מההשערות, בריקר רצה לרכוש מחדש את אמון המשרד הסטטיסטי, ולפיכך, כאשר באחת הפעמים נעדר השוער בכניסה לשגרירות, התגנב בריקר והוציא מתיבת הדואר את המעטפה שבתוכה היה הבורדרו. לפי דעה זו, בריקר הביא לאנרי את הבורדרו כשהוא שלם, ואנרי היה זה שקרע אותו לחתיכות כדי שיראה כאילו הגיע ב"דרך הרגילה". תאוריית קשר גורסת כי אנרי לא רצה בתחילה להביא את הבורדרו לידי סאנדהר, משום שזיהה את כתב ידו של אסטרהאזי אשר עבד עמו בעבר במשרד הסטטיסטי והיה ידיד קרוב שלו, אולם בריקר איים עליו שיספר לסאנדהר על כל העניין ולפיכך אנרי נכנע. דרייפוס עצמו נטה יותר לקבל את "גרסת בריקר", וגם שוורצקופן בזיכרונותיו טוען שהבורדרו מעולם לא הגיע לשולחנו. היה לו אינטרס ברור לטעון כך, כדי להפחית מרשלנותו הניכרת לאורך כל הפרשה. כיום נוטים מרבית ההיסטוריונים להאמין שהבורדרו כן הגיע בדרך הרגילה. אנרי העביר מיד את הבורדרו לידי סאנדהר. סאנדהר מיהר להעבירו לידי הגנרל רנואר, אשר שימש כממלא מקום הרמטכ"ל (הרמטכ"ל בואדפר לא נמצא אותה עת בפריז), שבתורו העביר אותו לידי שר ההגנה אוגוסט מרסייה. מרסייה הורה מיד להתחיל בחיפושים אחר המרגל. סאנדהר ניסה להשוות את כתב היד עם כתבי יד של מרגלים מוכרים שהיו בארכיון שלו, אולם החיפוש לא הניב תוצאות. סאנדהר ומרסייה שיערו שכותב הבורדרו הוא חבר במטכ"ל, שכן אחרת לא הייתה יכולה להיות לו גישה למסמכים הללו. הבורדרו הופץ בין מפקדי המשרדים השונים כדי שהללו ישוו אותו עם כתבי היד של אנשיהם, אך איש מהם לא זיהה אותה. סאנדהר החליט למקד את החיפוש באגף הארטילריה, אולם ראש האגף גם הוא לא זיהה את הכתב. ב-5 באוקטובר הגיעה החקירה למבוי סתום. ב-6 באוקטובר הושגה פריצת דרך בידי לוטננט קולונל אנרי ד'אבוביל, סגן מפקד המשרד הרביעי האחראי על ההובלה ועל מסילות הברזל. ד'אבוביל הפנה את תשומת לבו של מפקדו, קולונל פאבר (Fabre), לעובדה שסוג הידיעות המוצגות בבורדרו מעיד שהכותב עבד בכל ארבעת המשרדים של הצבא, ופירושו של דבר שהוא אחד מ"המתמחים", היינו קציני המטכ"ל שהוסמכו לא מכבר והיו חייבים לעבור תקופה בכל אחד מהמשרדים לפני ששובצו ביחידותיהם. כעת החיפוש הצטמצם מאוד. המרגל היה מוכרח להיות מתמחה אשר משתייך לאגף הארטילריה. דרייפוס באותה עת עבד במשרדו של פאבר, והוא התאים בדיוק לתיאור. פאבר לא חיבב את דרייפוס ולפיכך הביא טופס בכתב ידו והשווה בינו לבין תצלום של הבורדרו. אכן נמצא דמיון רב. הבעיה שעמדה בפני פאבר וד'אבוביל הייתה אזכורו של כותב המכתב כי הוא עתיד לצאת לתמרונים. בדיקה שערכו גילתה שדרייפוס לא השתתף בתמרונים בזמן האחרון. עם זאת, הם גילו כי בחודש יוני ערך המטכ"ל מסע במחוזות המזרח ודרייפוס השתתף בו. הם החליטו כי זו הכוונה במילה "תמרונים". "החל מאותו רגע," כותב ז'וזף ריינאך - פוליטיקאי יהודי אשר היה אחד מתומכיו של דרייפוס ולימים הפך לאחד ממתעדיה החשובים של הפרשה: "מתרחשת התופעה שתחלוש על כל ה'פרשה'. לא העובדות הבדוקות שנבחנו בזהירות הן היסוד שעליו מתבססת האמונה, אלא להפך, האמונה הקבועה מראש, שאין להפריך אותה או לחלוק עליה, היא המעוותת את העובדות ומסלפת אותן". פאבר שיתף בתגליתו את סגן הרמטכ"ל שארל־ארתור גונז, אשר הסכים עם המסקנות והחליט להמתין לפני שיעביר את המידע הלאה. תחת זאת, הוא סיפר על כך לרמטכ"ל בואדפר, אשר נרעש מהרעיון מכיוון שהכיר את דרייפוס וחיבב אותו. כמו כן הוא שיתף בתגלית את סאנדהר, אשר מכיוון שנודע כאנטישמי מושבע קיבל מיד את ההאשמות. הוא אף טען שראה את דרייפוס מסתובב באזור מטה המשרד הסטטיסטי, וכי דרייפוס נהג לשאול אותו שאלות רבות, וזאת אף על פי שהוא מעולם לא פגש את דרייפוס. תוצאות החקירה הוגשו למחרת אל שר ההגנה מרסייה, אשר היה מסויג מעט יותר ודרש שתיערך בדיקה מקצועית יותר. גונז החליט ליטול את היוזמה לידיו וקרא למשרדו את לוטננט קולונל ארמאן די פאטי דה קלאם, אשר נודע בכישוריו הגרפולוגיים. גונז הציג בפני פאטי את הבורדרו לעומת כתב יד של דרייפוס בלי לספר לו למי שייך כתב היד. פאטי קבע מיד כי שני כתבי היד זהים. גונז הסביר לו כעת את החשד ופרט בפניו את החקירה החובבנית של פאבר. פאטי חקר את כתבי היד במהלך 7 באוקטובר, ולמחרת הגיש את תוצאות מחקרו אשר קבעו כי "למרות כמה הבדלים" שני כתבי היד זהים ורצוי להגיש אותם לחקירה רצינית יותר. מרסייה החל לפעול במישור הפוליטי כדי להבטיח סיום מהיר של הפרשה. ב-10 באוקטובר הוא נפגש עם נשיא צרפת ז'אן קזימיר־פרייה וניסה לתאר את הפרשה כולה כאירוע שולי שיש לטפל בו במהירות. פרייה נפגש עם ראש הממשלה שארל דופוי (Charles Dupuy) והשניים סיכמו לכנס קבינט מיוחד למחרת היום. הדיון נערך במשרד הפנים ונכחו בו, פרט לנשיא ולראש הממשלה, רק שר החוץ, שר המשפטים לודוביק טרארי ומרסייה עצמו. מרסייה סקר את הפרשה בקצרה וקבע כי ישנו חשוד, אולם לא נקב בשמו (פרט לראש הממשלה והנשיא, איש מהפוליטיקאים לא ידע את שמו). הוא דרש לערוך משפט מהיר ולסיים את הפרשה. עם זאת, שר החוץ גבריאל הנוטו התנגד לכך בחריפות בטענה שהמצב הפוליטי בין גרמניה לצרפת שברירי מאוד ופרשייה כזו עלולה להטיל צל על השירות הדיפלומטי הגרמני והצרפתי כאחד. הוא דרש להימנע מכל תקרית, ולו הקטנה ביותר. מרסייה עמד על שלו וטען שהאירוע חשוב מאוד למדינה. דופוי העלה לבסוף פשרה: תיפתח חקירה כנגד החשוד, אולם אם לא תמצאנה הוכחות נוספות לאשמתו פרט לבורדרו, ההליך המשפטי יפסק. באותו ערב ביקר הנוטו בביתו של מרסייה והתחנן בפניו לעצור את החקירה, אולם מרסייה טען שקצינים רבים מדי במטה הכללי יודעים על הפרשייה, ואם החקירה תפסק, תתעורר שערורייה, ומלבד זאת, החוק מחייב להעניש בוגדים במולדת. מרסייה ביקש משר המשפטים להמליץ לו על מומחה לכתב יד שיוכל לנתח את הכתבים. השר המליץ לו על אלפרד גובר, מומחה לכתבי יד מטעם הבנק של צרפת. מרסייה זימן אותו אליו ללשכתו, ולאחר שהסביר לו את עבודתו, שלח אותו לבואדפר וגונז אשר הציגו בפניו את הכתבים וחיוו את דעתם בפניו כי מדובר באותו אדם, בלי לנקוב בשמו של החשוד. מרסייה לא אמר די בכך, ושלח את פאטי וסאנדהר אל מפקד משטרת פריז כדי שימצא לו מומחה נוסף. מפקד המשטרה המליץ להם על אלפונס ברטיון הנודע, אשר תרם רבות לחקר הפשע. ברטיון הבין מעט מאוד בכתבי יד, אולם היה אנטישמי מובהק, כך ששיתוף הפעולה שלו היה ודאי. בבוקר 13 באוקטובר הגיש גובר את מסקנות חקירתו. הופעל עליו לחץ ניכר לטעון ששני הכתבים זהים, אולם למרות זאת הוא הצהיר כי אף על פי שישנם קווי דמיון רבים בין הכתבים, הרי שישנם גם ניגודים רבים. הוא הצהיר כי אכן יכול להיות שהבורדרו נכתב בידי דרייפוס, אך בהחלט יכול להיות שלא. באותה שעה ממש, החל ברטיון לעבוד על כתבי היד, ובערב כבר הצהיר ללא כל ספק כי הם זהים לחלוטין. מרסייה הבין שאין די בכך עבור המשפט המתוכנן, ולפיכך הורה לברטיון לערוך חקירה מעמיקה יותר. ב-12 באוקטובר, עוד בטרם הגישו גובר וברטיון את מסקנותיהם, כבר זימן אליו בואדפר את פאטי ודרש ממנו לאסור את דרייפוס ולבצע חיפוש בביתו. במקום לבצע מעצר פשוט, פאטי הכין תוכנית מפורטת ודרמטית כיצד לעשות זאת. ככל הנראה הוא קיווה שדרייפוס ישבר ויודה בכל. ביום שבת 13 באוקטובר קיבל דרייפוס אל ביתו צו המורה לו להגיע ביום שני 15 באוקטובר למיניסטריון המלחמה בלבוש אזרחי לצורך ביקורת שגרתית. דרייפוס תמה על ההוראה, אולם לא חשד במאום. ייתכן שבכוונה העניק לו פאטי מרווח של זמן מתוך תקווה שדרייפוס ינסה להימלט או להסתתר וכך יאשש באופן רשמי את החשדות לגביו. אולם לא כך קרה, ובמועד הנקוב הופיע דרייפוס בכניסה למיניסטריון המלחמה. בכניסה, הוא פגש את לוטננט קולונל ז'ורז' פיקאר, אשר עתיד למלא תפקיד חשוב בהמשך הפרשה ולעת עתה רק הוכנס בסוד העניינים. פיקאר הזמין את דרייפוס לחדרו, שם שוחחו במשך כמה דקות, ולאחר מכן הוביל אותו אל חדרו של בואדפר. זה האחרון לא היה בחדר, ובמקומו מצא דרייפוס את פאטי ועוד שלושה אנשים בלבוש אזרחי. פאטי הציג את עצמו בפני דרייפוס וביקש ממנו כטובה אישית לכתוב בשבילו מכתב לבואדפר. פאטי החל להכתיב לו מכתב אשר שילב בתוכו קטעים מתוך הבורדרו. בשלב מסוים נראה היה שדרייפוס מאבד את ביטחונו העצמי, וידו החלה לרעוד באמצע הכתיבה. פאטי ניסה לערער אותו עוד יותר, אולם לא הצליח בכך. לפיכך, הוא החליט לנטוש את העמדת הפנים. הוא הניח יד על כתפו של דרייפוס והצהיר: "בשם החוק אני אוסר אותך. אתה נאשם בבגידה במולדת". דרייפוס העיד לימים כי: "אילו הלם בי הרעם לא היה גורם לי להזדעזעות כה עזה". הוא החל למחות ולזעוק שהוא חף מפשע, בעוד האנשים בחדר השתלטו עליו ונטלו ממנו את מפתחות ביתו. פאטי הגיש לו אקדח והציע לו להתאבד כ"מוצא של כבוד", אולם דרייפוס השיב: "אני רוצה לחיות כדי להוכיח את חפותי". האנשים אזקו אותו ומסרו אותו לידי אנרי, אשר הוביל אותו לבית הסוהר שרש־מידי (Cherche-Midi prison), שם נכלא בתא לבדו, ונאסר עליו לכתוב או ליצור מגע עם אדם. מיד לאחר מכן, מיהר פאטי אל ביתו של דרייפוס. הוא פגש את לוסי דרייפוס ובישר לה על מעצרו של בעלה. הוא ערך חיפוש בבית, והחרים מכתבים אישיים, כולל מכתבים שכתבו הזוג דרייפוס זה לזה בתקופת אירוסיהם. נאסר עליה לספר לאף אחד על מה שקרה, והיא קיבלה רק פתק אחד מבעלה. רק ב-31 באוקטובר הותר לה לספר למשפחה, והיא מיהרה ליצור קשר עם אחיו של בעלה, מתייה דרייפוס, וביקשה ממנו לבוא לפריז במהירות. במהלך הימים שלאחר מעצרו, ביקר פאטי את דרייפוס בתאו מדי ערב. הוא חקר אותו בצורה נוקשה ביותר, וניסה ללא הרף להביך אותו, לבלבל אותו וליאש אותו. הוא הכתיב לו הכתבות ארוכות ואיים עליו שגורלו נחרץ. כל אותו הזמן, לא נאמר לדרייפוס במה מאשימים אותו ולא ניתן לו לראות את הבורדרו. כתוצאה מכך, בריאותו הנפשית התערערה כליל, והוא שקע בהתקפי דיכאון, או לחלופין בהתקפי זעם שבהם היה משליך כל מה שבהישג יד ואף פוגע בעצמו. בלילות שמעו אותו הסוהרים צוחק לעצמו צחוק מטורף. מפקד הכלא פרדיננד פורצינטי היה היחיד שגילה כלפיו יחס אנושי. הוא בא לבקר אותו ולעודד אותו, ולא הרשה לפאטי להגזים בחקירותיו. ב-27 באוקטובר הוא פנה אל בואדפר וטען שדרייפוס קרוב לטירוף. בואדפר הרשה לו לקחת את דרייפוס לרופא הכלא, וזה רשם לו כדורי הרגעה. במקביל לחקירה הרשמית, פתח פאטי בחקירה אשר נועדה לחקור את חייו האישיים של דרייפוס ולהכפיש את שמו. דו"ח שהגיע למשטרה קבע שדרייפוס נראה מספר פעמים במועדוני קלפים מפוקפקים. נערך גם דו"ח נגדי אשר הוכיח שדרייפוס מעולם לא ביקר במועדונים הללו, אולם הוא הועלם עד מהרה. נמצא שהיו לו מספר מערכות יחסים עם נשים מחוץ לנישואים, אולם למרות חיפושים נמרצים שערך צוותו של פאטי, לא נמצאה ביניהן אף אחת אשר הייתה עשויה להיות מרגלת. דרייפוס מצדו, טען שכל קשריו עם הנשים הללו נפסקו לאחר נישואיו. בינתיים, המשיך ברטיון בחקירה הרשמית, אשר במסגרתה השווה בין הבורדרו לכתב היד של דרייפוס. ברטיון עבד על הנושא חמישה ימים (בין 15 ל-20 באוקטובר) והפעם הגיש תאוריה חדשה ומורכבת אשר נודעה בתור "הזיוף העצמי". ברטיון טען כי אכן כתב היד של דרייפוס הוא לא כתב היד שבו נכתב הבורדרו, וזאת מכיוון שדרייפוס זייף את כתב היד שלו עצמו כאשר כתב את הבורדרו. לטענתו, דרייפוס ביטח את עצמו מפני חשיפה כאשר הכניס בכתב היד שלו שינויים קלים ומחושבים. בהמשך ברטיון אף פיתח את התאוריה שלו וטען שדרייפוס "גנב" חלק מהשינויים מבני משפחתו. הוא מצא כי חלקים מהבורדרו היו דומים לכתב ידו של מתייה, אחיו של דרייפוס, ואף מצא כי האות S במסמך נלקחה מכתב ידה של גיסתו אנה. הוא הציג תרשימים גרפיים מורכבים אשר הוכיחו את התאוריה שלו, תרשימים אשר רבים לא הבינו אותם אולם סמכו על ברטיון בשל השם שיצא לו כמומחה לזיהוי פלילי. חוקרים מודרניים סבורים שהתאוריה של ברטיון מפוקפקת לחלוטין שלא לומר אווילית, אולם בזמנו היא הוצגה כיצירת מופת חלוצית של הזיהוי הפלילי. מרסייה לקח את ברטיון להיפגש עם הנשיא פרייה, אשר הגיע למסקנה שברטיון "לא סתם מוזר אלא מטורף לחלוטין". בהמשך הוא אף כינה את ברטיון "חולה רוח המוכה בשיגעון", אולם הוא לא יכול היה להתווכח עם המוניטין שיצא לברטיון ועם העובדה שמרבית קציני הצבא קיבלו את התאוריה שלו כנכונה. עם זאת, בעצת שר המשפטים לודוביק טרארי, כינס מרסייה עוד שלושה מומחים שיעבדו על כתבי היד. אחד מהם שלל מכל וכל את האשמתו של דרייפוס, וקבע שכל דמיון בין הכתבים הוא מקרי. השני קבע בתוקף שכתבי היד זהים והשלישי תמך דווקא בתאוריה של ברטיון. הסתירות בחוות הדעת של המומחים, ערערו את ביטחונו של מרסייה, ואפילו פאטי החל לחוש ספקות לנוכח עקשנותו של דרייפוס שהוא חף מפשע. חרף העובדה שכל קציני המטכ"ל, וכן כמה פוליטיקאים, כבר היו מעורים היטב בפרטי הפרשה, מרסייה אסר לשחרר פרטים לעיתונות. עם זאת, האירוע הודלף. ב-29 באוקטובר פרסם "לה ליבר פארול" ("המילה החופשית"), ביטאונו של הסופר האנטישמי אדואר דרימון, מאמר מאת אדריאן פאפיו (צר') אשר בו נכתב בין היתר: ”האם נכונה הידיעה כי לא מכבר בוצע מאסר חשוב מאוד בפקודתם של שלטונות הצבא? האיש נאסר ואמור להיות מואשם בבגידה. אם אמת בידיעה, מדוע שומרים שלטונות הצבא על שתיקה מוחלטת?”. לא ידוע מי הדליף לדרימון ופאפיו את המידע. המדינאי היהודי ריינאך, אשר היה אחד מתומכיו של דרייפוס ולימים הפך לאחד ההיסטוריונים החשובים של הפרשה, טען שאנרי הדליף את הסיפור כיוון שרצה למנוע ממרסייה לסגת בו מהעמדתו לדין של דרייפוס. ריינאך אף פרסם לימים (1898) בכתב העת לה סייקל (Le Siècle) תצלום של מכתב אשר לטענתו נכתב בידי אנרי ומוען לידי פאפיו, ובו נאמר כי דרייפוס נעצר בעוון ריגול. עם זאת, היסטוריונים אשר בחנו את התצלום הגיעו למסקנה כי אין זה כתב ידו של אנרי. כך או כך, הכתבה בלה ליבר פארול עוררה סערה, וב-31 באוקטובר כבר החלו לזרום לעיתונים פרטים מדויקים. ב-1 בנובמבר אישרה סוכנות הידיעות של הצבא באופן רשמי כי קצין נעצר בעוון ריגול, אולם לא נקבה בשמו. אך באותו יום כבר יצא לה ליבר פארול במודעה בעמוד הראשון: "בגידה במולדת. מאסר של הקצין היהודי אלפרד דרייפוס". העיתון תיאר בדייקנות את כל פרטי הפרשה וסיים: "ואולם יש לנו נחמה אחת. לא צרפתי אמיתי הוא שביצע את הפשע". כאמור לעיל, מרסייה החל לפקפק באשמתו של דרייפוס לנוכח חוות הדעת הסותרות של המומחים, אולם כעת משפורסמה הפרשה, נחסמה בפניו הדרך לנסיגה. ישיבת ממשלה כונסה באופן חפוז, ומרסייה נאם בפניה באריכות. חרף התנגדותו של הנוטו, הסכימו מרבית השרים על פתיחתה של חקירה משפטית. מרגע זה ואילך, יצא לה ליבר פארול במסע תעמולה והשמצות כנגד דרייפוס, אשר הקו המנחה שלו היה אנטישמיות פשוטה. במקביל, מתייה דרייפוס הגיע לפריז על פי הזמנתה של לוסי, ושם התבשר על מה שקרה. הוא נפגש עם פאטי, אולם זה טען בפניו כי אין כל סיכוי לשחרר את אחיו. מתייה פנה אל עורך הדין אדגר דמאנז' (Edgar Demange), אשר אף על פי שנודע כשמרן קיצוני ואף כמלוכן וכקתולי אדוק, הסכים לקחת את התיק לאחר שילמד אותו על בוריו. אולם לדמאנז' לא הורשה לראות את התיק או להיפגש עם דרייפוס עד 5 בדצמבר. כאשר ראה את התיק, הצהיר מיד שדרייפוס לא היה יושב בכלא אלמלא היה יהודי, וניאות לקחת אותו. לדרייפוס עצמו הובהר סוף סוף במה בדיוק מאשימים אותו והותר לו לראשונה לראות את הבורדרו. הוא הכחיש כל קשר. מרגע שנתקבל אישור מהממשלה לפתוח בחקירה ממשלתית, העביר מרסייה את התיק לידי הגנרל פליקס גוסטב סוסייה, המושל הצבאי של פריז. לסוסייה הייתה יריבות אישית ארוכה עם מרסייה, והוא לא היה להוט לפתוח בחקירה. אולם לא הייתה לו ברירה, וב-3 בנובמבר הסמיך את הקומנדנט בקסון ד'אומרשוויל לבצע את החקירה. חקירתו של ד'אומרשוויל הייתה רשלנית ומוטית, ונעשתה מתוך אמונה ראשונית שדרייפוס אכן אשם. הוא התעלם מכל החוקרים אשר טענו כי אין דמיון בין הכתב בבורדרו לכתב ידו של דרייפוס, ובחר לקבל רק את הדעות הנגדיות. לעיתים קרובות הוא חזר בתחקירים שלו מילה במילה על תחקיריו של פאטי. חלק נכבד מהתחקירים יוחדו לנשים אשר דרייפוס היה עמן בקשר. ד'אומרשוויל היה מודע לכך שהראיות נגד דרייפוס מעטות מאוד, והוא לא היסס לנצל אפילו עובדה זו כדי לטעון שדרייפוס אכן אשם. כך לדוגמה, הוא טען שהעובדה שבביתו של דרייפוס נמצאו מעט מאוד מכתבים, מעידה על כך שדרייפוס השמיד את כל המכתבים החשודים. ד'אומרשוויל התייעץ עם פאטי בכל שלב משלבי החקירה, עד כדי כך שהדבר נמאס אפילו על אנשי צוותו. ב-3 בדצמבר הגיש ד'אומרשוויל את הדו"ח שלו לסוסייה, והמליץ בו על פתיחת משפט צבאי כנגד דרייפוס. סוסייה התנגד עקרונית למהלך, והיה מסוגל להורות על ביטול החקירה, אולם לא עשה זאת, ככל הנראה מתוך אמונה בצדק הצבאי. למחרת הוא הוציא את ההוראה להעמיד את דרייפוס למשפט צבאי בפריז וקבע את מועד תחילת המשפט ל-19 בדצמבר. במהלך הפרשה כולה, התבטאה באופן מיוחד חשיבותה של דעת הקהל וכן של העיתונות. במהלך הימים שבין פרסום הפרשה לתחילת המשפט, עסקו העיתונים כולם באירוע. בתחילה נהנה העיתון "לה ליבר פארול" מיתרון בולט על פני כל שאר העיתונים בדיווחים אמינים על פרטי הפרשה ובמאמרי ביקורת נוקבים כנגד הצבא על שהחזיק את דרייפוס, נגד מרסייה עצמו על שלא נקט יד חזקה מספיק במהלך הפרשה, וגם נגד דרייפוס עצמו והקהילה היהודית בכלל. אל "לה ליבר פארול" הצטרפו כל עיתוני הימין אשר החלו בפרסום מאמרים אנטישמיים. עיתוני השמאל שמרו על נימה מתונה יותר, אולם גם הם לא גילו אהדה רבה לדרייפוס. מתייה ניסה לפנות לעיתונים שונים בבקשה לפרסם מאמר תגובה, אולם נענה רק על ידי "לה פטי ז'ורנל", שם התפרסם מאמר אשר תבע את זכותו של היהודי "להיות חף מפשע". אולם ההתקפות לא היו מכוונות רק כנגד דרייפוס. עיתוני הימין ביקרו את מרסייה בחריפות על הרשלנות שמגלה הצבא בלכידת מרגלים, כמו גם על העובדה שמרסייה השתיק את הפרשה בתחילה. גם עיתוני השמאל כדוגמת לה פיגארו, הצטרפו למתקפה זו. בתגובה, מרסייה התראיין ב-17 בנובמבר לז'ורנל וטען כי החקירה תיסגר בקרוב. הוא ניסה להציג את הפרשה כולה כאירוע שולי וחסר ערך, אולם הדבר רק החריף את המתקפות כנגדו מצד עיתוני הימין. בניסיון להנמיך את האש, הוא התראיין ב-28 בנובמבר ללה פיגארו, וטען כי "האשמה [של דרייפוס] ברורה, מוחלטת". הצהרה זו שימחה מאוד את עיתונות הימין, כיוון שהיא היוותה למעשה הודעה רשמית שדרייפוס אכן אשם. סוכנות הידיעות הרשמית של הצבא מיהרה להכחיש את הדברים, אולם כבר היה מאוחר מדי. מכאן ואילך הפכה פרשת דרייפוס, לדידו של מרסייה, לעניין אישי לחלוטין. שורצקופן ופניצארדי מצדם, הופתעו כליל כשהתפרסמה בעיתונים האשמתו של דרייפוס. שניהם סברו בתחילה שאולי דרייפוס פעל ישירות דרך המטכלי"ם שלהם ולא דרכם, ולפיכך מיהרו ליצור עמם קשר. ב-2 בנובמבר כתב פניצארדי לקומנדו סופרמו ברומא, מברק בנוסח: "אם לקפיטן דרייפוס אין כל קשר אתכם רצוי להורות לשגריר לפרסם הכחשה רשמית, כדי למנוע פרשנות העיתונות". עוד באותו היום הגיעה מרומא התשובה: "למטכ"ל האיטלקי ולכל השירותים הקשורים אתו לא היה כל קשר, לא במישרין ולא בעקיפין, עם הקפיטן דרייפוס". המברק הראשון נקלט בידי המודיעין הצרפתי, אך לא המברק השני. בתחילה לא ייחסו לו חשיבות, אולם בהמשך עתיד "מברק פניצארדי" להפוך לאחד המסמכים החשובים בפרשה. בשל טענות חלק מהעיתונים כי דרייפוס ריגל עבור איטליה, הוציאה ממשלת איטליה הכחשה רשמית. עם זאת, מכיוון שאיטליה הייתה חברת הברית המשולשת, הציבור הצרפתי לא האמין להצהרה זו. היו אפילו שמועות כי דרייפוס נגרר לעולם הריגול בידי מרגלת איטלקייה שפיתתה אותו. גרמניה מצדה, שמרה בתחילה על שתיקה. אולם ב-9 בנובמבר התפרסמה בעיתון לה פאטרי (La Patrie) ידיעה, על פיה המסמכים המפלילים את דרייפוס נגנבו משוורצקופן. השגריר הגרמני, הרוזן צו מינסטר, לא יכול היה לשתוק יותר. הוא שוחח עם שוורצקופן, אשר הבטיח לו שמעולם לא היה לו כל קשר עם דרייפוס. שניהם כתבו לווילהלמשטראסה והכחישו כל קשר לדרייפוס. ב-10 בנובמבר מינסטר הוציא הצהרה רשמית ללה פיגארו, אשר על פיה: "מעולם לא קיבל אוברסט פון שוורצקופן מכתבים מדרייפוס. מעולם לא עמד עמו בקשרים כלשהם, ישירים או עקיפים. אם קצין זה אשם בפשע שמייחסים לו, אין שגרירות גרמניה מעורבת בפרשה זו". עם זאת, העיתונות הצרפתית ביטלה הצהרה זו מכל וכל בעקבות הראיון הנזכר של מרסייה, אשר בו טען כי האשמה של דרייפוס ברורה ומוחלטת. ביום פרסום הראיון, נפגש מינסטר עם הנוטו (Gabriel Hanotaux) והכחיש כל קשר של השגרירות הגרמנית עם דרייפוס. הנוטו הטיל על אחד מעוזריו, מוריס פאליאולוג (Maurice Paléologue) (אשר לימים הפך לאחד המתעדים החשובים של הפרשה), לברר את העניין מול המשרד הסטטיסטי. פאליאולוג נפגש עם אנרי, אשר הבהיר לו בצורה שאינה משתמעת לשני פנים כי הבורדרו בבירור נמצא בסל הניירות של שוורצקופן. הנוטו היה מופתע מהכחשה כה מחוצפת מצדם של הגרמנים, אולם כאמור לעיל, היה מודע למצב השברירי בו נמצאים יחסי גרמניה-צרפת, ולפיכך הרגיע את מינסטר והצהיר כי "ממשלת צרפת מתקוממת נגד מסע זה החורג מכל מידה סבירה ואין לסובלו עוד". מינסטר דרש הכחשה רשמית, וסוכנות הידיעות של הצבא אכן הוציאה הכחשה ב-30 בנובמבר. עם זאת, ההודעה הייתה מתונה ולא ברורה כלל ומינסטר דרש הודעה חדשה. המצב הגיע לכדי משבר דיפלומטי. לימים טען מרסייה כי גרמניה עמדה להכריז מלחמה ובואדפר כבר התכונן להורות על גיוס כללי. עם זאת, בסופו של דבר הגיעו הצדדים לפשרה, וב-13 בדצמבר פורסמה הכחשה נמרצת השוללת מכל וכל את מעורבותה של שגרירות גרמניה בכלל ושל מינסטר בפרט. הודעה זו סיפקה את הגרמנים, אולם לא הייתה לה כל משמעות בעיני הציבור הצרפתי, אשר היה משוכנע בביטחון שגרמניה היא זו שהפעילה את דרייפוס. פרשת דרייפוס הייתה כל כולה באחריותו של מרסייה. הנשיא פרייה וראש הממשלה דופוי מאסו בשערוריות מסוג זה, והפקידו את כל העניין בידיו. אי לכך, הוא ידע היטב שאם דרייפוס יזוכה האחריות תיפול עליו בלבד, ועיתוני השמאל כבר החלו לרמוז לאפשרות הזו. כדי למנוע תרחיש כזה, הוא פנה אל סאנדהר ואנשי צוותו והורה להם להרחיב את התיק כנגד דרייפוס. סאנדהר עבר על כל המכתבים שהצטברו בארכיון המשרד הסטטיסטי בשנים הקודמות, ובסופו של דבר מצא מסמך אשר זכה בכינוי "המנוול ד". מדובר בפתק ששוורצקופן שלח לפניצארדי ואשר נכתב בו: "מצורפות בזה שתים עשרה מפות הכוונה של העיר ניס שאותו מנוול 'ד' מסר לי בעבורך". האות "ד" עוררה את תשומת לבם של סאנדהר ואנשי צוותו, אשר החליטו ש"ד" הוא דרייפוס. לאמיתו של דבר, הפתק נשלח עוד ב-1892 וכוונתו היא לפקיד בשם דובוא, אשר מכר לגרמנים תוכניות של ביצורי ערים. סאנדהר ידע על סחר התוכניות הזה, וידע שדרייפוס לא קשור אליו, אולם החליט להתעלם מכך. מכתב "המנוול ד" היה למעשה המסמך המרשיע היחיד שהצליח סאנדהר למצוא, אולם הוא החליט להתמקד בהוכחה שאכן פעל מרגל בצבא הצרפתי, ולהסתמך על הראיות הקיימות כדי להוכיח שאותו מרגל הוא אכן דרייפוס. הוא מצא מכתב נוסף מפניצארדי לשוורצקופן, אשר נודע כ"מכתב ד'אביניון" או "מכתב הדן בצווי הגיוס" (מוצג בתבנית בצד שמאל). במכתב זה, הזכיר פניצארדי כי לשוורצקופן ישנו ידיד בצבא הצרפתי. כמו כן, מצא סאנדהר דיווח מהנספח הצבאי הספרדי בפריז, המרקיז ואל קרלוס, אשר ממנו ניתן היה להבין כי ישנו מרגל בצבא צרפת. סאנדהר ואנרי שינו את הנוסח של הדו"ח, והפכו אותו לאזהרה מפורשת בדבר מרגל במטכ"ל הצרפתי. זה היה המעשה הפלילי הראשון של סאנדהר וחבורתו במהלך הפרשה, והוא לא יהיה האחרון. לא ברור אם מרסייה ידע שהדו"ח של ואל קרלוס מזויף או לא. כמו כן, צורף לתיק מכתב קטוע של שוורצקופן לממונים עליו, אשר מכמה מילים המופיעות בו ניתן להבין כי קצין בצבא צרפת הציע לו את שירותיו והוא דרש את תעודת הקצין שלו כראיה. כל המסמכים הללו נותרו בידי התביעה, להגנה כלל לא נודע על קיומם. המשפט נפתח ב-19 בדצמבר באולם המשפט של בית הכלא שרש־מידי. דרייפוס ניצב מול שבעה שופטים, אשר בראשם עמד הקולונל אמיליין מורל (Émilien Maurel). דמאנז' שימש כסנגורו של דרייפוס, ולוטננט קולונל בריסה (Brisset) שימש כתובע מטעם המדינה. דמאנז', כאמור לעיל, עבר לפני כן על התיק, וידע היטב שהאשמה מתבססת על ראיות קלושות. עם זאת, הוא גם ידע עד כמה חשובה האשמתו של דרייפוס לאנשים רבים, ולפיכך ייתכן שהמשפט יהיה מוטה מראש. תקוותו היחידה הייתה נציגי העיתונות הלא־משוחדת שיבחינו בעוול שנעשה. אולם בימים שלפני המשפט, עלה הדיון האם לקיים את המשפט בדלתיים סגורות או פתוחות. עיתוני הימין צידדו בעריכת המשפט בדלתיים סגורות כדי למנוע משבר דיפלומטי עם גרמניה. עיתוני השמאל לעומת זאת, צידדו בעריכת המשפט בדלתיים פתוחות. דמאנז' חשש מהאפשרות שהמשפט יערך בדלתיים סגורות, ולפיכך תכנן להקריא את עיקרי טענותיו עוד לפני שהעיתונאים יצאו. כצפוי, עם תחילת המשפט, דרש בריסה לקיים את הדיון בדלתיים סגורות. דמאנז' החל מיד להקריא את סיכומיו, אולם מורל קטע אותו באמצע ויצא לדיון בחוץ עם שאר השופטים. כעבור רבע שעה הם חזרו והחליטו על המשך הדיון בדלתיים סגורות. כל הנוכחים עזבו את האולם, כולל מתייה. פרט לדמאנז' ובריסה, נותרו באולם שני אנשים נוספים. היו אלו שר המשטרה לואי ל'פין ולוטננט קולונל ז'ורז' פיקאר. כאמור לעיל, פיקאר סייע בלכידתו של דרייפוס וכעת החליטו מרסייה ובואדפר למנותו כמשקיף מטעמם במשפט. נוכחותם הייתה שלא כחוק, אולם מורל התעלם מכך. בין העדים הבולטים שהופיעו, נמנו פאבר, גונז, ד'אבוביל ופאטי. חשיבות רבה יוחסה לעדותו של אנרי, אשר הוסמך בידי מרסייה להעיד מטעם המשרד הסטטיסטי. אנרי העיד: אישיות מכובדת שאינני יכול לנקוב בשמה, הזהירתני בחודש מרץ שקצין אחד ממיניסטריון המלחמה בוגד. אותה אישיות מכובדת הבהירה לי בחודש יוני שהקצין הזה משתייך למשרד השני [מצביע על דרייפוס ומכריז בקול דרמטי] והבוגד הזה הנהו! אנרי נשבע תחת צלב שוודאי לו שדרייפוס אשם. העדות והשבועה השפיעו עמוקות על השופטים. כמו כן, הופיעו עדי אופי רבים אשר רובם דיברו בגנותו של דרייפוס. הם העידו שהיה גרמנופיל וחטטן. אך עם זאת, עלו גם כמה עדים שדיברו בשבחו. ביום שלמחרת הופיעו המומחים לכתבי יד, אשר כאמור נחלקו בדעותיהם, וכן עדים רבים נוספים, אשר רובם העידו דווקא בעד דרייפוס. ב-21 בדצמבר נאם בריסה בפני בית המשפט, אולם לא חידש דבר ורק שעמם את השופטים. דמאנז' נפגש עם מתייה, והצהיר שעל פי מהלך המשפט הנוכחי אמור אחיו להיות מזוכה, אולם הוא חשש שמרסייה יפעל מאחורי הקלעים כדי להטות את הדין. למחרת, נאם דמאנז' במשך שלוש שעות. הוא הוכיח תחילה כי הבורדרו לא נכתב בידי דרייפוס. הוא הוכיח כי לדרייפוס לא היו בעיות כספיות אשר יכלו לאלץ אותו לבגוד. ירושה שקיבל מאביו, והנדוניה הנכבדה שהביאה אשתו, הפכו את הכנסתו לשוות ערך לזו של גנרל. הוא הפריך את הרכילויות כנגד דרייפוס והוכיח שלא היה לו גם מניע אידאולוגי. השופטים יצאו להתייעצות אחרונה, בעוד משפחת דרייפוס מתכנסת בביתו של מתייה מצפה לגזר הדין. שררה שם אווירה של אופטימיות זהירה. דרייפוס עצמו היה משוכנע שעומדים לזכות אותו. בעוד מורל ושאר השופטים יוצאים מהאולם, ניגש פאטי אל מורל והגיש לו מעטפה חתומה. הוא אמר: "נתבקשתי להעיר את תשומת לבך להערה חשובה בתוך המעטפה, וששר המלחמה ביקש להודיע על תוכנה לשופטים בלבד בשעת התייעצותם". הגשת מסמכים לשופטים בלי שתינתן להגנה האפשרות לעיין בהם, נחשבה למעשה פלילי בעליל. מרסייה עשה זאת בלי להודיע לפרייה ודופוי או לשום פוליטיקאי אחר. המעטפה, אשר נודעה בכינוי "התיק הסודי", כללה את מכתב "המנוול ד", את מכתב ד'אביניון (אשר צורף אליו "פירוש" מאת פאטי), את המכתב הקטוע של שוורצקופן, וכן ראיות נסיבתיות שוליות. לא ברור עד כמה השפיע התיק הסודי על החלטתם של השופטים. מורל טען לימים שקרא רק מסמך אחד, מכיוון שכבר החליט לפני כן שדרייפוס אשם. בשבע וחצי יצאו השופטים בהכרזה הדרמטית: ”בית הדין החליט פה אחד להרשיע את דרייפוס. בית הדין דן את דרייפוס להגלייה לצמיתות במקום מבוצר ולשלילת דרגתו בטקס פומבי”. מורל החזיר את התיק הסודי לפאטי, שהביא אותו לסאנדהר. מרסייה הורה לסאנדהר לפזר את המסמכים בארגזים שמהם הגיעו. סאנדהר הפקיד את המשימה בידי אנרי, שמסיבה לא ברורה לא עשה זאת. תחת זאת, הוא הניח את המעטפה בכספת ברזל המיועדת למסמכים סודיים וכתב עליה "תיק סודי". דרייפוס הוחזר לתאו, ונפגש עם פורצינטי. "פשעי היחיד הוא שנולדתי יהודי!" הוא זעק וביקש מפורצינטי אקדח כדי להתאבד, פורצינטי סירב לאפשר לו זאת ועשה מאמצים עקרים להרגיע אותו. ברחובות פריז, המוני האנטישמים חגגו ורקדו במשך כל הלילה. בלי אשליות רבות, ערער דרייפוס על גזר הדין. הערעור נדחה רשמית ב-31 בדצמבר ובאותו יום ביקר פאטי אצל דרייפוס בפעם האחרונה והציע לו הקלה מסוימת בעונש בתמורה להודאה באשמה, ואפילו הודאה בחוסר זהירות. הוא נתקל בסירוב נחרץ מצדו של דרייפוס. ב-2 בינואר 1895 קיבלה לוסי אישור לראותו לראשונה מאז יצא מביתו ב-15 באוקטובר. בפגישה הראשונה הפרידו ביניהם סורגי ברזל. לוסי ופורצינטי כתבו לסוסייה וביקשו ממנו אישור לפגישה בתנאים אנושיים יותר. סוסייה הסכים, בתנאי שהפגישות יהיו באחריותו הבלעדית של פורצינטי. פורצינטי אפשר להם להיפגש בחופשיות בלשכה שלו ולשוחח שעות. טקס שלילת הדרגות נקבע לשבת, 5 בינואר. בשעה 7:20 הופיעה פלוגת פרשים בפיקודו של קומנדנט שארל לברן־רנו בבית הסוהר שרש־מידי. הם ערכו חיפוש על דרייפוס ואזקו אותו. הם הובילו אותו בעגלת אסירים רתומה לארבעה סוסים אשר לפניה רכבה כל הפלוגה, ולקחו אותו אל האקול מיליטר, אשר ברחבתו היה אמור להיערך הטקס. כל גדוד בחיל המצב של פריז שלח לטקס שתי פלוגות, אחת מורכבת מחיילים סדירים ואחת מטירונים. פרט לדיפלומטים ועיתונאים, הוזמנו לטקס רק מעט "מיוחסים" נוספים. לקהל הרחב לא ניתנה רשות כניסה, אולם 20,000 התקבצו ליד השערים של בית הספר או טיפסו על הגגות הסמוכים. המשטרה הצליחה אך בקושי למנוע מהם להיכנס. ב-8:45 הוצא דרייפוס החוצה בידי בריגדיר וארבעה תותחנים. מאחורי הגדר נשמעו קריאות "מוות ליהודים! מוות ליהודה איש קריות!". דרייפוס הובא אל כיכר המסדרים, והגנרל פול דאראס (Darras), רכוב על סוס, נעמד מולו ושלף את חרבו. דרייפוס צעד בצעדים בטוחים כשבידו אחוזה חרב ואקדח קשור במצולב לצדו. מזכיר בית המשפט הקריא את פסק הדין, ולאחר מכן הצהיר דאראס: אלפרד דרייפוס, אינך ראוי עוד לשאת נשק. בשם העם הצרפתי אנו שוללים ממך את דרגותיך. דרייפוס זעק: חיילים, שוללים דרגותיו של אדם חף מפשע. חיילים, משפילים כבודו של אדם חף מפשע. תחי צרפת! יחי הצבא! רב־סמל בקסון מהמשמר הרפובליקני ניגש אל דרייפוס, קרע באלימות את הסרטים מהכובע, ומהשרוולים, את הפסים האדומים התפורים לאורך המכנסיים, את הכתפות ואת סימני הדרגה והשליכם על הארץ לרגליו של דרייפוס. לאחר מכן הוא לקח את החרב מידו של דרייפוס, ובתנועה אטית שבר אותה על ברכו. דרייפוס צעק שוב: "תחי צרפת! אני חף מפשע. אני נשבע בראש אשתי ובראשם של ילדי!". בבגדיו הקרועים, הוא הקיף את כיכר המסדרים, צועד לאורך שורות החיילים. כמה קצינים צעקו לעברו "יהודי בוגד!". דרייפוס צעק לעברם בתגובה "אני אוסר עליכם לפגוע בכבודי!". לאחר מכן הוא נכבל בידיו וברגליו ונמסר לשוטרים אזרחיים. כשעבר אל מול קבוצת העיתונאים, קרא להם: "אתם תודיעו לצרפת כולה כי אני חף מפשע". כמה מהעיתונאים השיבו לו בקריאות מעליבות וההמון מאחורי שערי הברזל צעק "מוות ליהודים!". ביום שלאחר מכן התפרסמה השמועה על פיה דרייפוס הודה באשמתו. מקור השמועה היה הקומנדנט לברן־רנו שכאמור ליווה את דרייפוס משרש־מידי אל האקול מיליטר. במהלך הזמן הקצר שבין הגעתו של דרייפוס לתחילת הטקס, שוחח לברן־רנו עם דרייפוס במשך כמה דקות. דרייפוס לא אמר לו דבר בעל חשיבות אולם סיפר לו על ביקורו של פאטי אשר היה אמור להיות חשאי. עם זאת, לברן־רנו, שרצה להתרברב בפני חבריו, הצהיר שדרייפוס הודה באשמתו, אולם טען שנתן לגרמנים מסמכים חסרי חשיבות בתקווה שיוכל להשיג בהמשך מידע רב ערך. חבריו של לברן־רנו סיפרו על כך לעיתונאים. באותו הלילה ביקר לברן־רנו עצמו במועדון, ושם חזר עוד פעם על סיפורו, ועיתונאי מהפיגארו שמע אותו. השמועה הייתה למורת רוחם של בכירי הצבא, ולברן־רנו נחקר וננזף בידי הגנרל גונז ולאחר מכן בידי הנשיא פרייה עצמו. באותו יום הכחיש לברן־רנו רשמית את הסיפור באוזני עיתונאים. עם זאת, הסיפור עורר מחדש את רוגזם של הגרמנים. מינסטר נפגש עם פרייה והגיש לו מכתב מאת קנצלר גרמניה, הנסיך הוהנלוהה, אשר דרש להבהיר שגרמניה אינה קשורה לפרשה. פרייה ביקש לבחון את תיקו של דרייפוס, ולשם כך קיבל לראשונה את "התיק הסודי". לאחר העיון בו, הבהיר פרייה למינסטר כי המסמכים המפלילים בפרשה נלקחו בוודאות משגרירות גרמניה. מינסטר הופתע, אולם פרייה הוסיף בנימוס שגרמניה אינה אחראית על מכתבים הנשלחים אליה. לאחר משא ומתן מתיש, ב-9 בינואר פורסמה הודעה רשמית מטעם ממשלת צרפת אשר הכחישה את מעורבותה של גרמניה בפרשה, ובכך תם סופית המשבר הדיפלומטי. משתם הטקס, הובא דרייפוס למאסר בכלא לה סנטה, שם שהה עד 17 בינואר, עת הובל כבול ללה רושל, שם המתין מספר שעות בקרון אסירים. בעיר פשטה השמועה שדרייפוס בפנים, והמונים צבאו על הקרון, דפקו עליו ושילחו בו עלבונות. כאשר הוצא מהקרון, התנפלו עליו המונים והכו אותו. הוא נפצע קל וניצל ברגע האחרון בידי שומריו. מכונית הסיעה אותו לנמל לה פאליס, ומשם הפליג למושבת העונשין באיל דה רה. הוא נכלא באי זה במשך חודש, ומדי יום נערך עליו חיפוש. לוסי הגיעה לאי בעקבותיו, והורשתה להיפגש עמו פעמיים בשבוע, כל פעם במשך שעה. ב-21 בפברואר הוא ראה אותה בפעם האחרונה, ואז נלקח מהאי על האנייה "ויל־דה־סן־נאזר" (Ville-de-Saint-Nazaire). במהלך ההפלגה, הוא שוכן בתא פרוץ לרוחות בקור של 14 מעלות מתחת לאפס. לא נאמר לו לאן לוקחים אותו. לאמיתו של דבר, דרייפוס היה אמור להישלח לחצי האי דוקוס בקלדוניה החדשה. עם זאת, תנאי המאסר שם נחשבו לקלים מדי לאחר ניסיון הבריחה של לוסיאן שטלן (Lucien Châtelain), שכמו דרייפוס נידון למאסר באשמת בגידה. ברגע האחרון הגיש מרסייה הצעת חוק לשר המושבות לכלוא את דרייפוס באי השדים שמקבוצת איי הישועה. זמן קצר לאחר מכן, ב-24 בינואר, הגיש מרסייה את התפטרותו ממשרת שר המלחמה והועבר לפקד על הדיוויזיה ה-16. היה ברור מאליו שההצעה תתקבל, וכבר ב-8 בפברואר בושר על כך למושל גיאנה הצרפתית. למחרת התקבלה הצעתו באופן רשמי. דרייפוס הגיע לאיי הישועה ב-12 במרץ. במשך חודש שלם הוא נכלא באי איל רויאל, לפני שהועבר לאי השדים. הוא שוכן בבקתה בת 4 על 4 מטרים, תנועתו הוגבלה וארבעה שומרים השגיחו עליו יומם וליל. הטמפרטורה באי הגיעה ל-45 מעלות, וניתנו לו מנות צבאיות לא מזינות. הוא לקה בכמה מחלות טרופיות, וזכה לטיפול גרוע. מצבו הבריאותי החמיר משנה לשנה. ניתן לו לכתוב לאשתו, אולם מכתבים ממנה הגיעו אליו לעיתים רחוקות, הוא היה מיואש כליל, משוכנע שחייו ייגמרו באי השדים. צרפת כולה כבר החלה לשכוח מהפרשה, אם כי גלי האנטישמיות שהיא עוררה טרם נרגעו. מתייה נותר בפריז, משוכנע בחפותו של אחיו. הוא ניסה לשווא למצוא תומכים, אולם למרבה ההפתעה היחידים שהאמינו לו וניסו לעזור לו היו סוהריו לשעבר של אחיו. הוא גילה עד מהרה כי המשטרה מרגלת אחריו ואחרי לוסי, ופותחת את מכתביהם. בהמשך נעשו גם ניסיונות להפליל את המשפחה כולה בעוון שיתוף פעולה עם אלפרד. תומך נוסף, לא צפוי, היה הרופא ז'וזף ג'יברט, אשר הכיר את אביהם של האחים דרייפוס. ג'יברט היה בעל קשרים רבים, ובין היתר היה רופאו של הנשיא החדש פליקס פור (פרייה התפטר ב-16 בינואר). ג'יברט, בנוסף לעיסוקו ברפואה מדעית, גילה עניין רב בתורת הנסתר. הוא היה בקשר עם אשה בשם לאוני לבולנז'ה (Léonie Leboulanger) ונהג להפנט אותה. לטענתו של ג'יברט, בזמנים בהם הייתה מהופנטת, הייתה לאוני מגלה לו דברים רבים על העתיד וההווה. ג'יברט הזמין את מתייה לביתו בלה האבר שם היפנט את לאוני לעיניו והיא טענה בתוקף שאחיו חף מפשע. מתייה התרשם עמוקות, ולקח את לאוני עמו לפריז. הוא שיכן אותה בתחילה בדירתה של אחותו, ולאחר מכן בדירתו שלו, ונהג להתייעץ עמה באופן קבוע. לטענתו של מתייה, היא הייתה הראשונה שסיפרה לו על "תיק סודי" שקיבל בית המשפט. מתייה הזדעזע מהידיעה, וביקש מג'יברט לברר את הנושא עבורו. ג'יברט השיג פגישה עם הנשיא ב-21 בפברואר וזה הודה בפניו כי דרייפוס אכן "נמצא אשם על סמך מסמכים שהציגו בפני השופטים באולם הישיבות ולא היה אפשר להראותם לא לנאשם ולא לסנגורו, משיקולים של טובת המדינה". כמה חודשים לאחר מכן נודע על כך גם לדמאנז' מפי אחד מעמיתיו, ששמע על כך מפי אחד מהשופטים. דמאנז' בירר את העניין מול שר המשפטים, לודוביק טרארי, שהודה גם הוא כי שמע על כך. למעשה הידיעה על קיומו של תיק סודי כבר החלה להתפשט באיטיות, וזאת באשמת השופטים שלא נצרו את לשונם. עם ידיעות אלו, פנה מתייה אל עיתונאים שונים בניסיון לשכנע אותם לעורר מחדש את הפרשה, אולם הצליח לשכנע רק את ברנאר לזר, שב-1896 נסע לבריסל והחל לפרסם מאמרים בעד דרייפוס. לזאר דאג לשלוח את מאמריו עם חתימתו אל מאות אנשי ציבור, בהם צירי בית הנבחרים, עיתונאים מפורסמים, ועוד. במאמרים אלו הוא חשף לציבור הרחב לראשונה את קיומו של התיק הסודי, אולם השפעתם הייתה מועטה. מתייה היה על סף יאוש. ב-14 באפריל 1895, חלה סאנדהר קשות, ולפיכך פרש מתפקידו כמפקד המשרד הסטטיסטי. אנרי קיווה לקבל את התפקיד, אולם תחת זאת הוא הוצע לז'ורז' פיקאר. פיקאר היה קצין מוערך מאוד, ונחשב לממושמע, כשרוני וחרוץ. עם זאת, הוא נודע כבעל אופי מורכב, מאופק מדי ושומר סוד. הייתה לו הכרות אישית עם דרייפוס מהתקופה בה למד דרייפוס באקול פוליטקניק ופיקאר שימש כמורה שלו. פיקאר עצמו היה מעט אנטישמי, ובאופן אישי לא חיבב את דרייפוס וסבר שהוא מעורר סלידה. עד אז מילא פיקאר תפקיד שולי בפרשה. כאמור לעיל, הוא השתתף במעצרו של דרייפוס ולאחר מכן שימש כמשקיף מטעם מרסייה במהלך המשפט ומאוחר יותר בטקס שלילת הדרגות. אצל בואדפר ומקורביו נוצרה לפיקאר תדמית חיובית של אדם אמין ורציני שניתן לסמוך עליו שישמור סוד. כגמול על עזרתו במהלך הפרשה, הוא הועלה לדרגת קולונל (והפך בכך לקולונל הצעיר ביותר בצבא צרפת) ומונה למפקד המשרד השני. אנרי היה ממורמר מאוד על כך. פיקאר ניסה להגיע ליחסים טובים אתו, אולם אנרי מצדו הגיב בחשדנות ובקנאה. כאשר נכנס פיקאר לתפקיד, הוא ניגש לביתו של סאנדהר כדי לקבל ממנו תדרוך. סאנדהר סיפר לפיקאר כי בואדפר מוסיף להתעניין בפרשת דרייפוס, וסיפר לו לראשונה על קיומו של התיק הסודי. ואכן, כעבור זמן קצר זימן בואדפר את פיקאר והבהיר לו כי פרשת דרייפוס רק החלה ויש חשש מ"מתקפת נגד של היהודים". הוא דרש מפיקאר להמשיך ולפקח על התיק. פיקאר החליט להפסיק את החופש הרב שממנו נהנה אנרי עד עתה, והורה כי מכאן ואילך המסמכים המגיעים ב"דרך הרגילה" לא יעברו דרך אנרי לפני שיגיעו אליו. במהלך חודש מרץ 1896 (התאריך המדויק שנוי במחלוקת) הגיע אל פיקאר משלוח נוסף של מסמכים באמצעות באסטיאן. בין המסמכים נמצא מכתב קטן קרוע לשלושים גזרים קטנים אשר נודע בכינוי ה"פטי בלה" (petit bleu, "הכחול הקטן"). זה תוכן המכתב: אדוני, אני מחכה, קודם כל, לקבל הסבר מפורט יותר מזה שנתת לי לפני ימים אחדים בדבר העניין התלוי ועומד. לפיכך, אבקשך להעבירו אלי בכתב, כדי שאוכל לשפוט אם יש ביכולתי להמשיך ביחסי עם בית ר. ואם לאו. חתום ס. המכתב היה ממוען אל קומנדנט אסטרהאזי, רחוב ביין־פזאנס 27, פריז. עם זאת, לא הייתה על המכתב חותמת דואר, מה שאמר ששוורצקופן קרע אותו בלי לשלוח אותו. קומנדנט לות, אשר חיבר מחדש את קרעי המכתב, הגיש אותו לפיקאר בהתרגשות: "הדבר מפחיד ממש, הייתכן שיש עוד מרגל אחד?" פיקאר לא ענה, אולם באותו היום הורכב מכתב נוסף משוורצקופן, קטוע מאוד, אשר אישר את קיומו של מרגל נוסף בצבא הצרפתי. בזמן שפוענחו המכתבים, שהה אנרי בחופשה בגלל פטירתה של אמו, וכשחזר למשרד הראה לו פיקאר את הממצאים. כאמור, אנרי הכיר את אסטרהאזי מהתקופה בה עבדו יחד במשרד הסטטיסטי. תגובתו של אנרי שנויה במחלוקת. אין ספק שהוא זיהה את כתב ידו של חברו הוותיק והכיר באשמתו, וככל הנראה גם הבין מיד שהוא היה המרגל האמיתי ודרייפוס חף מפשע. יש לזכור כי אנרי היה מעורה היטב בכל פרטי הפרשה וידע היטב שאשמתו של דרייפוס מתבססת על ראיות קלושות בלבד. אולם יש הטוענים כי מלכתחילה אנרי היה שותפו לפשע של אסטרהאזי וסייע לו בפעולות הריגול שלו. לדעתם, אנרי מיהר אל אסטרהאזי ובישר לו שהוא נתגלה, ומכאן ואילך עשה הכל כדי למנוע את האשמתו. פיקאר החל מיד לחקור את פרשת אסטרהאזי, אולם לא סיפר דבר לממונים עליו. היה זה מחדל חמור, אשר תומכיו של פיקאר תירצו אותו באופיו המופנם והמסוגר ומתנגדיו ראו בכך יוהרה, ביטחון עצמי מופרז וזלזול בממונים עליו. חקירתו של פיקאר גילתה כי לאסטרהאזי אין פרוטה והוא חייב כסף רב. הוא ניהל חיים כפולים, ופרט למשפחתו החוקית חי עם אשה נוספת. הוא שכר לה דירה ואף הקציב לה מלגה חודשית. הממונים עליו אישרו כי הוא מנסה ללא הרף להשיג ידיעות סודיות, ומכריח את החיילים הכפופים לו להעתיק עבורו מסמכים. הייתה לו גישה לכל המסמכים הנזכרים בבורדרו, והוא נצפה פעמיים מבקר בשגרירות גרמניה (אם כי הייתה לו אמתלה סבירה לכך). בהמשך, הופיע בשגרירות צרפת בברלין קצין במודיעין הגרמני בשם ריכרד קיורס והציע את שירותיו. הוא סיפר על קצין צרפתי אשר מרגל עבור הגרמנים. הוא לא ניאות למסור פרטים רבים על אותו קצין, ורק אמר שהוא "בעל עיטור" ו"מפקד גדוד", שני תיאורים אשר התאימו לאסטרהאזי. כאשר פיקאר שמע על כך, הוא מיהר להיפגש עם קיורס בבזל. הפגישה נערכה ב-7 באוגוסט 1896 והשתתפו בה אנרי ולות, אולם פיקאר לא הצליח להוציא מקיורס פרטים חדשים. כשחזר קיורס לברלין, הוא נפגש עם הנספח הצבאי הצרפתי והתלונן בפניו שאנרי נהג בו באלימות, דחף אותו בגסות ומנע ממנו לדבר. יש הסבורים כי אנרי בסך הכל נהג בחוסר זהירות, בעוד אחרים סבורים שהוא הכשיל בכוונה את הפגישה כדי למנוע מפיקאר להשיג מידע מפליל על אסטרהאזי. קיורס עצמו שלח ב-15 ביולי 1899, לאחר שהפרשה כולה כבר התפוצצה, מכתב לפיגארו, בו טען כי סיפר לאנרי ולות דברים רבים בזמן שפיקאר לא היה נוכח. הוא טען כי אמר במפורש שדרייפוס מעולם לא פעל בשירות גרמניה והמרגל האמיתי הוא קומנדנט "כבד גוף" ממוצא אוסטרו־הונגרי – תיאור מדוקדק של אסטרהאזי. לטענתו, אנרי איים עליו שלא יספר אף מילה. אולם, כפי שמציין החוקר ז'אן דניס ברדן: "למי להאמין? שהרי השקר היה מקצועם של כל הנוגעים בדבר". כדי להשלים את התיק ההולך ונבנה כנגד אסטרהאזי, ניסה פיקאר להשיג כתב יד שלו, אולם לא הצליח. בסופו של דבר, ב-5 באוגוסט הוא נפגש בליון עם בואדפר אשר גילה בפרשה התעניינות מועטה, ואפילו לא נזף בו על כך שלא סיפר לאיש על חשדותיו. הוא ניאות להפגיש אותו עם שר המלחמה החדש ז'אן־בטיסט ביו, אשר אישר לפיקאר להמשיך לחקור בצורה לא רשמית, אולם סירב לסייע לו להשיג כתב יד של אסטרהאזי. במהלך החודש נפגש פיקאר עוד מספר פעמים עם בואדפר, אשר המשיך לגלות אדישות וסירב להתחיל בחקירה רשמית נגד אסטרהאזי. "אינני רוצה פרשת דרייפוס חדשה", הוא טען. עם זאת, באותו חודש ממש, נעשה אסטרהאזי נואש יותר ויותר לכסף. הגרמנים הפסיקו עמו את הקשר, והוא נדחה בידי חברה אנגלית שבה ביקש לעבוד. לפיכך, הוא ניסה להשיג מינוי במשרד המלחמה, ולשם כך הפעיל קשרים ושלח מכתבים רבים. פיקאר הזהיר מראש את הנוגעים בדבר, ובקשותיו של אסטרהאזי נדחו שוב ושוב. אולם התכתובת הממושכת הזו אפשרה לפיקאר להניח את ידו על שני מכתבים של אסטרהאזי. להפתעתו, כתב היד היה מוכר לו מאוד. הוא השווה אותו עם הבורדרו. "אימה אחזה בי", הוא סיפר לימים, כתבי היד היו זהים לחלוטין. כדי לאמת את חשדותיו, פנה פיקאר אל פאטי והראה לו את כתב ידו של אסטרהאזי בלי לספר לו של מי הכתב הזה. פאטי לא הראה שהוא מזהה את הכתב, אולם פתק בכתב ידו שנמצא מאוחר יותר מעיד כי הוא אכן זיהה אותו. לאחר מכן הראה פיקאר את הפתק לברטיון, אשר הצהיר ללא היסוס כי זהו הכתב של הבורדרו. פיקאר פתח מחדש את התיק הסודי של דרייפוס, ונדהם מדלות הראיות. ב-1 בספטמבר הוא סיים את כתיבתו של דו"ח אשר קבע באופן חד משמעי כי אסטרהאזי הוא מרגל מסוכן, ואף שלח רמזים עבים לכך שדרייפוס למעשה חף מפשע. ב-1 בספטמבר הוא הגיש את הדו"ח לבואדפר, אשר לתדהמתו של פיקאר גילה אדישות לכך שבוגד מתהלך חופשי וזעם רק כאשר נודע לו שהתיק הסודי לא הושמד כפי שביקש. בואדפר הפנה אותו אל גונז אשר הורה לו "להפריד בין הפרשות", היינו לא לקשר בין האשמתו של אסטרהאזי לחפותו של דרייפוס. פיקאר מחה על כך מספר פעמים, אולם עוד בטרם הספיק אי מי מהצדדים להשתכנע, גלשה הפרשה לציבור במלוא העוצמה. בינתיים, מתייה, בלי לדעת על מאמציו של פיקאר, התייאש מלנסות ולהשיג תמיכה בצרפת, ותחת זאת גייס לעזרתו כמה עיתונים בלונדון. סייע לו בכך סוכן מסתורי אשר זכה לכינוי "מר X". כדי להחזיר את הפרשה לתודעת הציבור בצרפת, אותו סוכן הציע למתייה לפרסם ידיעה שקרית על פיה דרייפוס ברח מאי השדים. ב-3 בספטמבר התפרסמה בדיילי כרוניקל "ידיעה על בריחתו של קפטן דרייפוס", אשר הובאה לכאורה ללונדון בידי הקברניט האנטר מהאנייה "נון־פאריי", אשר לא היו ולא נבראו. עוד באותו היום הגיעה הידיעה אל פריז והודפסה בעיתוני הערב. שר המושבות אנדרה לבלון מיהר להבריק לגיאנה, ונתבשר כי הכל בסדר. למחרת היום הוא פרסם הכחשה רשמית, אך ליתר ביטחון הורה לשמור טוב יותר על דרייפוס. מאז, נקשר דרייפוס למיטתו מדי לילה. לא סיפרו לו על הידיעה השקרית שהתפרסמה אודותיו, ולא היה לו מושג למה מתייחסים אליו כך. עם זאת, הידיעה עוררה מחדש את סקרנות הציבור ביחס לדרייפוס. ב-8 בספטמבר התפרסם מאמר בפיגארו, אשר בו תוארו, באמצעות פקיד שחזר מגיאנה, תנאי מאסרו הקשים של דרייפוס וההחמרה במצבו הבריאותי. ב-11 בספטמבר פרסם לה ליבר פארול מאמר תגובה שקרי, אשר בו נאמר כי: "דרייפוס חי כבהמה גסה, הוא רשאי לקרוא אך הוא מעדיף לזלול. הוא מתפטם, אוכל, שותה". אולם עיקר הסערה התעוררה סביב ידיעה צדדית במאמר בפיגארו, על פיה שר המושבות הקודם, קאמיל שוטאמפ, שקל בתחילה לאפשר ללוסי דרייפוס להצטרף אל בעלה באי השדים. שוטאמפ מחה על כך וטען כי מדובר ב"דיבה שפלה". בתגובה, פרסם הפיגארו מברק מוצפן של שוטאמפ אל מושל גיאנה, בו שאל שוטאמפ אם לוסי תוכל להצטרף לבעלה. עיתוני הימין זעמו על מה שנתפס כנדיבות יתר ביחס לבוגד כמו דרייפוס, וב-22 בספטמבר אף טען לה ליבר פארול כי "היהודונים" גייסו ארבעה מיליון פרנקים כדי לממן את בריחתו של דרייפוס מאי השדים. לעומת זאת, אחד מידידיו של דמאנז' פרסם מאמר בשם "הספק" בו העז להעלות את ההשערה, על פיה חלה בשוגג טעות במשפטו של דרייפוס. עם זאת, ההשפעה המרכזית באה דווקא מצד מאמר אנטישמי שהתפרסם בל'אקלר ב-10 בספטמבר. המאמר הוקיע את "משתפי הפעולה האזרחיים" של הבוגד דרייפוס, ואת "משפחתו שהיא הכוח המלבה תסיסה זו", וכלל בין היתר משפט מסתורי: "אם יגבר הספק הפועל לטובתו של הבוגד, יש הסבורים, גם בקרב החוגים הצבאיים, שמן הראוי יהיה להדגיש ולומר בגלוי מה הבסיס הניצח שעליו הסתמך בית הדין הצבאי בהצהירו כי הבוגד במולדת הוא האיש, שככל הנראה נהנה יתר על המידה ממידת הרחמים שקשה להסבירה ומהספק שיש בו יותר נדיבות משום שכל". המאמר רמז על קיומו של תיק סודי אשר על בסיסו הורשע דרייפוס, ועורר סערה גדולה. ישנה מחלוקת בשאלה מי כתב אותו. בעוד שיש המצביעים על אנרי, אחרים סבורים כי היה זה דווקא אחד מתומכי משפחת דרייפוס או אולי פיקאר. למחרת פרסם אחד הצירים בפרלמנט הצרפתי, אנדרה קאסטלן, כי הוא עומד להגיש לראש הממשלה החדש ז'יל מלין שאילתא בנושא "עמדתה הסלחנית של הממשלה כלפי דרייפוס וידידיו". ב-14 בספטמבר פרסם ל'אקלר מאמר נוסף אשר בו ציין במפורש את קיומם של מסמכים סודיים אשר הוסתרו מהציבור מטעמים ביטחוניים ואשר על בסיסם הוסתר דרייפוס. המאמר אף ציין כי באחד המסמכים מצוין "אותה חיה גסה, דרייפוס". היה זה רמז בוטה למכתב "המנוול ד". כמו כן המאמר חשף לציבור פרטים ושמות רבים שלא היו ידועים. למשל, חקירתו של פאטי, המסמכים שהובאו בידי אנרי וכו'. פיקאר הבין היטב שהסערה בעיתונות משחקת לטובתו, והוא פנה אל גונז בבקשה לפעול מהר כדי למנוע את השערורייה ההולכת ומתעוררת. אולם גונז דרש ממנו לא להתערב, ולהגביל את עצמו לחקירת אסטרהאזי בלבד. ב-9 בספטמבר (או למחרת) הצליח פיקאר להיפגש עם שר המלחמה ביו, ופרש בפניו את הנתונים ואת חששותיו. ביו לא חיבב את מרסייה ולא היה אכפת לו כלל אם יושפל, ובתחילה גילה התעניינות כנה בממצאיו של פיקאר והורה לו להמשיך לחקור. עם זאת, בואדפר נפגש עמו ושכנע אותו כי הדבר מסכן את כבודו של הצבא כולו, והוא סירב לאפשר לפיקאר לפתוח בחקירה רשמית. פיקאר הלך ונעשה חסר סבלנות. הוא נפגש שוב ושוב עם בואדפר, גונז וביו ודרש מהם לצאת לפעולה מהר, לטמון מלכודת לאסטרהאזי ולהפליל אותו ולאחר מכן לחקור אותו בנוגע לבורדרו. כולם התחמקו בתירוצים שונים. לטענת פיקאר, ב-15 בספטמבר יצא גונז מגדרו וצעק: "וכי מה אכפת לך אם היהודי הזה יישאר באי השדים?" פיקאר נדהם והשיב: "אבל הרי הוא חף מפשע?!" גונז השיב ש"אין זה חשוב" והוסיף: "אם לא תאמר מאומה, איש לא ידע". פיקאר יצא מהפגישה המום וזועם והצהיר כי הוא אינו מתכוון לקחת עמו את הסוד אל הקבר. לימים הכחיש גונז את תוכן השיחה, אך לא את רוחה. ב-18 בספטמבר הגישה לוסי דרייפוס עצומה לנשיא (אשר נוסחה בידי דמאנז'). בעצומה היא התייחסה למאמר בל'אקלר ודרשה לדעת האם אכן הורשע בעלה על סמך תיק סודי. היא לא זכתה לתשובה. במהלך אוקטובר, נראה היה שהסערה שסביב דרייפוס שככה. פיקאר המשיך לחקור בדבקות את פרשת דרייפוס ולעקוב אחרי צעדיו של אסטרהאזי, והזניח תוך כדי כך את שאר חובותיו. המטכ"ל הורה לאנרי להתחיל לעקוב אחריו, ובמקביל החלו ביו, בואדפר וגונז להתייעץ איך להיפטר ממנו. ב-27 באוקטובר הורה ביו לפיקאר לצאת לגבול המזרחי כדי לארגן מחדש את שירות המודיעין ביחידות שם. גונז לקח על עצמו באופן זמני את התפקיד הרשמי, בעוד אנרי עושה את העבודה היומיומית. יציאתו של פיקאר נקבעה ל-16 בנובמבר, אולם בינתיים קרו מספר דברים חשובים. ב-7 בנובמבר פרסם ברנאר לזר את החוברת "טעות משפטית - פרשת דרייפוס", אשר בה הפריך אחת לאחת את טענותיהם של מתנגדי דרייפוס וחשף לראשונה לציבור את מכתב "המנוול ד". הדפסת החוברת עלתה למשפחת דרייפוס 25,000 פרנקים, והיא חולקה לכל חבר בפרלמנט הצרפתי. חשיפה זו זעזעה את המטכ"ל, שהחל לחשוד בפיקאר. ב-10 בנובמבר המצב החמיר כאשר העיתון לה מטן פרסם לראשונה תצלום של הבורדרו. מקור ההדלפה היה ככל הנראה אחד המומחים שהוטל עליהם לבדוק את המסמך, אשר מכר אותו לעיתונות תמורת סכום נאה. אסטרהאזי ושוורצקופן נבהלו מאוד, ובנוסף על כך קיבל אחד מידידיו של אסטרהאזי מוריס וייל (אשר ייתכן שהיה מודע לפשעו) אזהרה אנונימית על חקירה המתנהלת נגדו, והוא דאג להעביר אותה באמצעות קשרים שונים, עד ביו. בואדפר וביו ראו בפיקאר את המקור לכל ההדלפות והצרות, וגונז איים להתפטר אם הוא לא יורחק לאלתר. ב-16 בנובמבר הוא יצא סוף סוף לדרכו, ויומיים לאחר מכן נערכה השאילתא בפרלמנט. היא נכשלה כליל, הודות לביו שהצהיר כי אין לערער אחר החלטות בית המשפט. מרבית השרים, שלא רצו לעורר את הפרשה מחדש, הסכימו עם דעתו. אולם מתייה לא אמר נואש, ופרסום הבורדרו העניק לו נשק חדש. הוא מיהר לפרסם תמונה של המסמך לצד מכתבים של אחיו, כדי שהכל יראו כמה מועט הדמיון ביניהם. מחנה ה"דרייפוסרים" ("תומכי דרייפוס") הלך וגדל מיום ליום. בואדפר וגונז רצו להרחיק את פיקאר סופית מצרפת, אולם ביו לא רצה לעשות זאת בלי אמתלה מתאימה. גונז הורה לאנרי לחקור אחריו ולנסות להאשים אותו בהדלפות המרובות שאירעו בזמן האחרון, או בקשרים עם הדרייפוסרים. אנרי לא הצליח להוכיח כל קשר של פיקאר להדלפות, אולם מצא מכתב משונה שנשלח לפיקאר מאחד מידידיו. למעשה המכתב היה חסר חשיבות, אולם הוא הכיל מילים כמו "יצירת המופת" ו"בן האלים", שלמעשה היו הלצות פנימיות בחוג ידידיו של פיקאר, אולם אנרי השתמש בהם כדי להוכיח שלפיקאר ישנו קשר עם הדרייפוסרים. בהמשך, אנרי אף זייף מכתב שנשלח כביכול אל פיקאר מהדרייפוסרים. הזיוף הפחיד מאוד את ביו, שהורה לשלוח את פיקאר לתוניסיה כדי לארגן מחדש את שירות המודיעין שם. פיקאר הפליג ממרסיי ב-27 בדצמבר, ואנרי מונה רשמית לפקד על המשרד הסטטיסטי. בואדפר וגונז סברו שהצליחו לסגור את הפרשה, הפעם לתמיד. פיקאר הוצב בסוסה, ושם הבין עד מהרה כי אף על פי שגונז ואנרי המשיכו לשמור עמו על קשר ידידותי באמצעות מכתבים, הרי שאין בכוונתם להחזיר אותו לצרפת בזמן הקרוב. הוא ביקש רשות לצאת לחופשה בת כמה ימים בפריז, וב-20 ביוני 1897 הוא הגיע לעיר ונפגש עם ידידו עורך הדין לואי לבלוא. הוא שיתף אותו בכל הפרשה והסמיך אותו לייצג אותו בכל מקרה, אולם הוא אסר עליו לפרסם את המידע ולספר דבר למתייה ולדרייפוסרים. לבלוא שיתף במידע את סגן נשיא הסנאט אוגוסט שויירר־קסטנר אשר נודע כאדם הגון ועוד לפני כן הביע ספק בנוגע לאשמתו של דרייפוס. קסטנר היה מזועזע מהמידע, אולם לבלוא השביע אותו לא לספר דבר. קסטנר המשיך באיסוף פיסות מידע, והתחנן בפני לבלוא שישחרר אותו משבועתו וייתן לו לפרסם את המידע. לבלוא סרב, ופנייה באמצעות מכתבים לפיקאר הניבה תוצאה דומה. עם זאת, קסטנר לא חשש לפרסם כי הוא סבור שדרייפוס חף מפשע וכי יש בידו ראיות לכך. בשלב זה, כבר היה המחנה הדרייפוסרי חזק, מאורגן ומבוסס, והוא כלל מספר רב של עיתונאים ופוליטיקאים. לצד מתייה, הונהגו הדרייפוסרים בידי הפוליטיקאי היהודי ז'וזף ריינאך. באמצעות ריינאך, נוצר קשר בין קסטנר למתייה, אשר שמח מאוד על תמיכתו הבלתי־צפויה של אחד הפוליטיקאים היותר מוערכים בארץ. בואדפר, גונז ואנרי הודאגו מאוד מהשמועות שהפיץ קסטנר, והחלו להתארגן לקראת התעוררות מחודשת של הפרשה. הם זייפו מסמכים (ראו להלן "זיוף אנרי") ואגרו חומרים במטרה להבטיח את האשמתו של דרייפוס ואף להפליל את פיקאר. הם אף מצאו את לברן־רנו, ושכנעו אותו לחזור בו מהודאתו כי דרייפוס לא התוודה בפניו ולטעון כי דרייפוס כן הודה. השיא היה כאשר הם החליטו ליצור קשר עם אסטרהאזי, אשר ברור היה להם כי הוא מרגל, במטרה לשמור עליו מפני המתקפה הקרבה של הדרייפוסרים. האשמתו של אסטרהאזי תהיה בהכרח זיכויו של דרייפוס. החל משלב זה, נודעה חבורת הקצינים הזו בכינוי "הקנוניה". בפועל, היא פעלה עוד הרבה קודם לכן, אולם החל משלב זה הוסרו כל העכבות המוסריות והחוקיות, והם פעלו במרץ. החברים העיקריים בקנוניה היו בואדפר, גונז, אנרי ופאטי, וכן שנים מעובדי המשרד הסטטיסטי לות וגריבלן. ב-17 באוקטובר שלח פאטי מכתב לאסטרהאזי וחתם עליו בשם "ספראנצה". במכתב זה, הוזהר אסטרהאזי מפני קנוניה של משפחת דרייפוס להאשימו באישומים שיוחסו לדרייפוס. המכתב הזהיר את אסטרהאזי מפני תגובה נמהרת כמו בריחה. אסטרהאזי קיבל את המכתב יומיים לאחר מכן, ואיבד את עשתונותיו כליל. הוא אף שקל להתאבד. ב-22 באוקטובר הופיע גריבלן בתחפושת בבית אהובתו של אסטרהאזי (שם שהה אסטרהאזי מאז קבלת המכתב) והותיר לו מכתב בו הציע לו להיפגש עמו באותו הערב מול הגן הציבורי מונסורי. אסטרהאזי הנואש קיבל את ההצעה, אולם לפני כן קבע פגישה עם שוורצקופן, אותו לא ראה כבר שנה שלמה. אסטרהאזי ביקש משוורצקופן לפנות אל משפחת דרייפוס ולומר להם שאלפרד אכן אשם, כדי שיעזבו אותו. שוורצקופן סירב להצעה, ואסטרהאזי יצא מיואש לפגישה בגן מונסורי. לפגישה הגיעו פאטי וגריבלן, בעוד אנרי המתין במרכבה. הם הבהירו לו שאל לו לחשוש וכי מיניסטריון המלחמה עומד לימינו, אולם מעתה עליו לנהוג בזהירות ולא לעשות דבר בלי אישור מהמיניסטריון. מכאן ואילך נפגש אסטרהאזי בקביעות עם פאטי ואנרי, והחל לרקום עמם תוכניות להפיל את תוכניותיהם של קסטנר ופיקאר. בין היתר, פאטי אף הכתיב לאסטרהאזי מכתב אשר אותו שלח לנשיא פור וסיפר לו על "המזימה היהודית" הנרקמת להפליל אותו במקום את דרייפוס. אסטרהאזי נעשה חצוף יותר מיום ליום, והחל לשלוח מכתבים לפוליטיקאים וגנרלים בכירים אשר בהם דרש הגנה, ואף איים בפרסום מסמכים חשאיים אם זו לא תסופק לו. בהמשך הוא אף שלח מכתב איום לפיקאר. במקביל, פעל אנרי ללא ליאות כדי לתפור תיק כנגד פיקאר. הוא מצא מספר מכתבים חשודים שלו וזייף מכתבים אחרים, וב-12 בנובמבר הגיש לביו את הממצאים על פיהם פיקאר זייף את הפטי בלה ומסמכים נוספים כדי להפליל את אסטרהאזי וכן הדליף מסמכים חשאיים למשפחת דרייפוס. ביו הורה לפתוח בחקירה חשאית כנגד פיקאר. קסטנר ולבלוא הסתובבו בין פוליטיקאים רבים תוך שהם משווים בין הבורדרו לבין כתביהם של דרייפוס ושל אסטרהאזי, אולם לשווא. כבולים לשבועתם לפיקאר, הם לא יכלו לספר למתייה אודות חשדותיהם, אולם אמרו לו שהם יודעים מי המרגל האמיתי. עיתונות הימין החלה עד מהרה במסע השמצות וגינויים ביחס לקסטנר. אולם ב-7 בנובמבר הדבר נודע למתייה בדרך מקרה כאשר אחד מידידיו שהכיר את אסטרהאזי השווה בין כתב ידו לבורדרו. מתייה שאל את קסטנר האם אכן אסטרהאזי הוא הבוגד, וקסטנר השיב שכן. לא לקח למתייה זמן רב כדי לגלות על אורח חייו המפוקפק של אסטרהאזי ועל העובדה שהייתה לו גישה לכל אחד מהמסמכים הנזכרים בבורדרו. כמו כן הוא גילה כי דבר האשמתו של אסטרהאזי כבר היה ידוע למטכ"ל זמן רב. בעצה אחת עם קסטנר, הוא החליט לשחרר את הידיעה לציבור בהדרגה. עם זאת, אחד מצירי הפרלמנט הנאמנים למתייה לא נזהר, ופרסם ב-14 בנובמבר מאמר בפיגארו בו קבע כי דרייפוס חף מפשע ושלח רמזים עבים לכיוונו של אסטרהאזי. עבור מרבית הציבור, הרמזים הללו לא אמרו דבר, אולם אנרי, פאטי ואסטרהאזי נלחצו מאוד, ויום למחרת פרסמו מאמר תגובה בלה ליבר פארול בו גינו את מסע ההשמצה של משפחת דרייפוס כנגד קצין חף מפשע והאשימו אותם ואת פיקאר בשיתוף פעולה. עוד באותו היום, שלחו מתייה ודמאנז' מכתב לביו בו קבעו חד וחלק כי דרייפוס חף מפשע ונקבו מפורשות בשמו של אסטרהאזי כאשם. כמו כן, בצירוף מקרים, גם פיקאר שלח באותו היום לביו תלונה כנגד אסטרהאזי. בלית ברירה, הודיע למחרת ביו על פתיחתו מחדש של תיק דרייפוס. הוא הטיל את המשימה על סוסייה, שמינה את הגנרל ז'ורז'-גבריאל דה פלייה לבצע חקירה נגד אסטרהאזי. זה האחרון, התראיין לכל עיתוני הימין וטען לחפותו. במהלך הימים הבאים, ראיין פלייה את מתייה, קסטנר ולבלוא, ומנגד את אסטרהאזי שהוכן היטב לחקירה בידי אנרי ופאטי. אסטרהאזי טען כי אמנם הבורדרו כתוב בכתב ידו, אך ההסבר לכך הוא שדרייפוס השיג מכתב שלו והשתמש בו כדי לכתוב את הבורדרו. במקביל, נפגש פלייה עם בואדפר וגונז, אשר הראו לו את המסמכים המזויפים המעידים על האשמתו של פיקאר בהדלפה וזיוף. ב-20 בנובמבר חתם פלייה על הדו"ח שלו, אשר קבע כי אסטרהאזי נקי מאשמה, ומנגד המליץ על פתיחתה של חקירה כנגד פיקאר. הממשלה התכנסה למחרת כדי לדון במסקנותיו של פלייה, והחליטה להורות על פלייה לפתוח בחקירה חדשה, ולזמן את פיקאר כדי להעיד. פלייה עצמו, הפך בהדרגה לעושה דברם הכנוע של גונז ובואדפר ואף נפגש עם אסטרהאזי והאזין לעצותיו. פיקאר זומן חזרה לצרפת, ונחקר בידי פלייה בין 26 ל-27 בנובמבר. פלייה התייחס אליו בקשיחות, כאילו היה נאשם ולא עד, ותחקר אותו ללא הרף על קשריו עם נשים שונות ועם "האיגוד" היהודי־דרייפוסרי. בואדפר וגונז ניסו להפיל בפח גם את מתייה וריינאך ולמכור להם מסמכים מזויפים, אולם הם עמדו על המשמר. בסוף החודש כבר עמדו להצהיר סופית על זכאותו של אסטרהאזי, והעיתונים כבר הודיעו על כך רשמית. מה שמנע מפלייה לסגור את החקירה, היה מכתב שהגיע אל קסטנר בסוף החודש. את המכתב כתב אסטרהאזי שלוש־עשרה שנים קודם לכן לבת־דודתו מאדאם דה בולאנסי (Boulancy), אשר הייתה אז אהובתו. הם נפרדו לאחר שאסטרהאזי הוציא ממנה במרמה סכומי כסף גדולים. בולאנסי שמרה את מכתביו של אסטרהאזי, וכעת הגיעה שעת הכושר לנקום בו. היא הביאה את המכתב המפליל ביותר אל עורך דינה, שהביא אותו לקסטנר. קסטנר שלח את המכתב לפלייה, אשר, לאחר התייעצות עם שופט, מיהר להחרים את כל מכתביה של בולאנסי, שהעניקה אותם בשמחה. ב-28 בנובמבר פרסם הפיגארו את המכתב שנודע כ"מכתב האולאן". להלן קטע מהמכתב: אילו בא אלי מישהו הערב ואמר לי שמחר איהרג כאולאן גרמני תוך שאני קוטל בחרבי צרפתים, ודאי הייתי מאושר... לא אסב כאב לכלב קטן, אבל הייתי הורג, בעונג רב, מאה אלף צרפתים... מה עלובים הם ודלים לאורן של להבות שמש אדומה בפריז, הנכבשת בסערת קרב ונשדדת בידי מאה אלף חיילים מבוסמים. מפקדינו הגדולים הפחדנים הנבערים, שוב ילכו למלא את בתי הסוהר הגרמניים... המכתב הביא את אסטרהאזי במבוכה רבה, אולם העיתונות מיהרה להיחלץ לעזרתו ולטעון שהמכתבים זויפו בידי מתייה וריינאך. עיתונים אחרים טענו בנימה מתונה יותר שגם אם המכתבים אמתיים הם אינם קשורים לפרשה ואינם מוכיחים שאסטרהאזי עסק בריגול. בשלב הזה, כבר היו הדרייפוסרים חזקים דיים כדי לצאת במתקפת נגד. עיתונאים אשר פעלו עבור מתייה, פרסמו מאמרי תגובה חריפים. העיתון ל'אורור, אשר היה שייך לז'ורז' קלמנסו - אחד הדרייפוסרים היותר נלהבים, ניהל מסע תעמולה שלם ואף רמז על קנוניה במטכ"ל. דווקא הכחשתו של אסטרהאזי סייעה לדרייפוסרים, כיוון שהיא אילצה את פלייה לערוך חקירה על כתב היד שבו נכתב מכתב האולאן. בעיתונים דרשו ממנו לערוך באותה הזדמנות חקירה על כל כתבי היד של אסטרהאזי, מה שהיה אמור לאלץ אותו לחקור גם את הבורדרו. אולם ב-1 בדצמבר קבע פלייה כי המומחים יעבדו על מכתב האולאן בלבד. יום למחרת, נקט אסטרהאזי (בהצעת אנרי ופאטי) בצעד מפתיע ודרש שחפותו תוכח במשפט צבאי. יום למחרת מסר פלייה את הדו"ח הסופי שלו לסוסייה. הדו"ח קבע כי הפטי בלה זויף בידי פיקאר וללא ספק אסטרהאזי חף מפשע. הוא דחה את עתירתו של אסטרהאזי למשפט צבאי והמליץ על חקירה כנגד פיקאר. ב-7 בדצמבר ביצעו הדרייפוסרים ניסיון אחרון. קסטנר נאם בסנאט אולם ביו נאם אחריו ודחה את דבריו. שר המשפטים ניסה גם הוא לטעון כי נגרמו ליקויים מסוימים במהלכו של משפט דרייפוס, אולם ראש הממשלה מלין קטע אותו בקריאה הנחרצת: "פרשת דרייפוס אינה קיימת". עם זאת, נחמה ניתנה להם כאשר סוסייה דחה את דעתו של פלייה והחליט להיענות לבקשתו של אסטרהאזי ולהעמיד אותו למשפט צבאי. משפטו של אסטרהאזי נקבע ל-10 בינואר 1898. דמאנז' היה אמור לייצג את מתייה הפעם, אולם הדרייפוסרים רצו שיהיה עורך דין נפרד גם ללוסי. לאחר התלבטות רבה, הציע לבלוא את התפקיד לפרננד לאבורי. עורך דין צעיר, אך מבטיח. לאבורי היסס רבות בטרם קיבל את התיק, אולם לאחר שמתייה הראה לו את הנתונים, השתכנע לאבורי בכך שדרייפוס חף מפשע והסכים לייצג את לוסי בתנאי שלא יקבל על כך תשלום. דמאנז' התנגד לכך, כיוון שהוא עצמו קיבל תשלום ולא רצה להצטייר כרודף בצע. לאחר משא ומתן, הסכים לאבורי לקבל תשלום. בימים שקדמו למשפט, התעורר דיון חברתי בשאלה האם הוא יערך בדלתיים סגורות כמו המשפט הקודם או בדלתיים פתוחות. לתביעה, היינו הדרייפוסרים, היה חשוב מאוד שהוא יערך בדלתיים פתוחות, כדי שההגנה לא תוכל לחזור על התעלולים מהפעם הקודמת, וכדי שהעיתונאים יראו בעצמם את דלות הראיות נגד דרייפוס ואת כובד הראיות כנגד אסטרהאזי. ריינאך שלח מכתב גלוי בנושא לשר המלחמה, ושר המשפטים טרארי פרסם בלה טאמפ מכתב המוחה על "אחיזת העיניים במשפט העומד להתקיים". סופו של דבר מצא ביו פשרה מתוחכמת: העדים האזרחיים, כולל אסטרהאזי, יעידו בישיבה פומבית, ואילו העדים הצבאיים והמומחים יעידו בישיבות סגורות. הרווח העיקרי של המטכ"ל בפשרה זו, הייתה עדותו של פיקאר שתושמע בדלתיים סגורות. כמו משפט דרייפוס, נערך גם משפט אסטרהאזי בבית הסוהר שרש-מידי. יום לפני המשפט, נאסר אסטרהאזי לצורך הרשמיות. מוקדם בבוקר, בתחילת המשפט, ניסו לאבורי ודמאנז' לדרוש הגשת תביעה אזרחית נפרדת בעניין דרייפוס, אולם בית הדין דחה את הדרישה פה אחד וקבע כי "הקפטן לשעבר דרייפוס, הורשע בצדק ובהתאם לחוק". דמאנז' ולאבורי עזבו את האולם בזעם. לאחר מכן נחקר אסטרהאזי בידי השופטים. החקירה הייתה קצרה, יבשה ומוטה מראש. מתייה העיד אחריו, ועדותו שוסעה ללא הרף בידי הקהל באולם, שהיה מורכב ברובו מקציני צבא שתודרכו מראש בידי גונז ופלייה. קסטנר העיד אחריו, וגם עדותו שוסעה ללא הרף בפרצי צחוק קולניים. לאחר מכן באו העדים השוליים יותר, ואז נסגרו הדלתות ופיקאר נקרא להעיד. אב בית הדין, הגנרל דה לוקסר, חקר אותו בקשיחות רבה וקטע אותו ללא הרף, עד שאחד השופטים האחרים אמר: "אני רואה שהנאשם האמיתי הוא לוטננט קולונל פיקאר. אני דורש שיותר לו להסביר מה שברצונו להסביר למען הגן על עצמו". אולם כאשר הזכיר פיקאר את שמותיהם של ביו, בואדפר וגונז, קטע אותו פלייה שצפה מהצד ודרש ממנו לא לערב אותם. בניגוד לכל הנהלים, הניחו לו השופטים לתקוף את פיקאר. כאשר סיים פיקאר את עדותו, הוא חזר לאולם העדים, ומתייה, שפגש אותו אז לראשונה, ניסה להודות לו. פיקאר השיב לו: "אין לך על מה להודות לי. נשמעתי לקול מצפוני". בעקבות עדותו של פיקאר, העידו גונז, אנרי ולות, שתקפו אותו והטיחו בו האשמות. אנרי טען שראה את פיקאר ולבלוא מעיינים יחד בתיק הסודי. פיקאר דרש לדעת מתי אירע הדבר. אנרי התבלבל וסתר את עצמו, אולם פלייה קם מהקהל ובא לעזרתו. למרות זאת, השופטים קיבלו את עדותו של אנרי. עורך דינו של אסטרהאזי נאם במשך חמש שעות, ובשעה שמונה בערב פרשו השופטים ללשכתם כדי להתדיין ואסטרהאזי הוצא מהאולם. כעבור שלוש דקות בלבד הם יצאו והודיעו, לתדהמת כולם, שאסטרהאזי זכאי מכל אשמה. פרץ של מחאות כפיים שטף את האולם ומכל עבר נשמעו הצעקות: "יחי הצבא! תחי צרפת! מוות ליהודים!". פיקאר ומתייה הצליחו אך בקושי להימלט מההמון שהיה עורך בהם לינץ'. אסטרהאזי היה חייב לחזור לתאו, שכן על פי הנהלים היה צריך עוד להנפיק עבורו צו שחרור רשמי, אולם הקצינים שנכחו במקום נשאו אותו על כתפיהם החוצה. בפתח הכלא הם הכריזו: "הסירו את כובעיכם לפני המעונה שסבל מידי היהודים!", וקהל של 1,500 איש הריע לאסטרהאזי שהובל בתהלוכה חזרה לתאו. במהלך הלילה נשמעה בכל מקום הקריאה "יחי אסטרהאזי!". יומיים לאחר מכן נאסר פיקאר במצודת מון־ואלריאן, ומקסטנר נשלל תפקיד סגן נשיא הסנאט. ערך מורחב – אני מאשים...! מחנה הדרייפוסרים נמצא בשלב זה במצב של יאוש מוחלט. בשלב זה היה המחנה מורכב מאנשים מפורסמים רבים שסיכנו את שמם הטוב, מעמדם החברתי והקריירה שלהם למען המטרה. פרט לברנאר לזר, ז'וזף ריינאך והאחים אלבר וז'ורז' קלמנסו, כלל החוג גם את אוקטב מירבו, לוסיאן לוי־בריהל, אנטול פראנס, ז'אן ז'ורס ליאון בלום ורבים אחרים. רובם ככולם השתייכו למעמד הבורגני המשכיל, אולם רבים מהם החזיקו בדעות סוציאליסטיות וליברליות. ככלל, ניתן לומר שמרבית הסיעות הלאומניות, הקתוליות והמלוכניות השתייכו למחנה מתנגדי דרייפוס בעוד סיעות השמאל תמכו בו. אחד ה"נכסים" היותר חשובים של הדרייפוסרים היה הסופר אמיל זולא. בשלב זה, זולא כבר היה אחד הסופרים היותר ידועים בצרפת. סדרת הרומנים המצליחה "משפחת רוגון־מאקאר" הקנתה לו פרסום רב גם ברחבי העולם וכעת הוא עמל על סדרה חדשה, "שלוש הערים". הוא היה מודע לכך שמרבית קוראיו השתייכו למעמד הבינוני הנוטה למתנגדי דרייפוס, אולם משנודע לו על חוסר הצדק שנעשה, הוא היה מוכן להקריב הכל, ופרסם מאמרים תקיפים בעד דרייפוס. הדרייפוסרים נחלקו בשאלת העמדה שיש לנקוט. ריינאך וקסטנר דרשו לנקוט עמדה מתונה ופייסנית, להאמין בשלטון החוק ובבית המשפט, ולהפיץ את האמת לציבור מעט מעט. עמדה זו הובילה את המחנה במשך רוב הפרשה, אולם אחרים, כגון זולא, לא האמינו בה, וסברו מלכתחילה שישנה קנוניה במטכ"ל להפליל את דרייפוס. כאשר הועמד אסטרהאזי למשפט, נראה היה שהגישה המתונה צדקה, אולם זולא לא האמין בכך והיה משוכנע שאסטרהאזי ייצא זכאי. אי לכך, הוא החל לעבוד בקדחתנות על מאמר תקיף שיחשוף לציבור כולו את ממדיה האמתיים של הפרשה. המאמר השתרע על פני 40 עמודים וזולא רצה לפרסם אותו כחוברת, אולם לבסוף השתכנע שעדיף לפרסם אותו בעיתון. הפיגארו, שעד אז ניסה לשמור על נייטרליות זהירה ולפיכך שימש כשופרם העיקרי של הדרייפוסרים, הפסיק לפרסם את מאמריהם בעקבות מסע לביטול חתימות המנויים. אי לכך, המקום היחיד בו יכול היה זולא לפרסם את המאמר היה העיתון של קלמנסו ל'אורור. המאמר התפרסם במהדורה מיוחדת בעיתון ובאותיות קטנות במיוחד כדי שיוכל להיכנס כולו בעיתון. זולא קרא למאמר "אני מאשים...!". ייתכן שהוא קיבל את ההשראה למשפט זה מחוברת שפרסם ברנאר לזר שנתיים לפני כן, אשר המילים האחרונות בה היו "אני מאשים". מאז הפך צמד המילים הזה למטבע לשון נפוץ. מאמר זה היה למעשה מכתב גלוי לנשיא פליקס פור, והוא פרש את שלבי הפרשה, אם כי בחוסר דיוק מסוים. בסוף המאמר נקב זולא מפורשות בשמותיהם של האנשים אותם הוא מאשים: פאטי, פלייה, בואדפר, גונז, ביו, מרסייה והמומחים לכתבי יד. ולבסוף: "אני מאשים את לשכות המיניסטריון כי ניהלו בעיתונות תעמולה נבזית כדי להוליך שולל את דעת הקהל ולחפות על חטאתן. אני מאשים את בית הדין הצבאי הראשון, כי עבר על החוק בחייבו אדם על יסוד תעודת סתרים, ואני מאשים את בית הדין השני, כי חיפה על עבירה זו על פי פקודה מגבוה." בסיום המאמר הוא כתב: "בהעלותי את האשמות הללו ברי לי כי חלים עלי הסעיפים 30 ו-31 של חוק העיתונות מיום 29 ביולי 1881, העשויים לענוש בעוון הוצאת דיבה. אני יוצא ברצון לקראת הסכנה. יקומו נא ויאזרו לבם להביאני בפלילים. תיערך נא החקירה לאור היום!". המאמר פורסם ב-13 בינואר 1898, יומיים לאחר זיכויו של אסטרהאזי, והופץ ב-300,000 עותקים, אשר שני שלישים מהם נמכרו תוך כמה שעות. הוא עורר סערה רבתי ברחבי צרפת, הן בקרב רבים שהזדעזעו לנוכח העוולות שהוסברו במאמר, והן בקרב מתנגדיו של דרייפוס שהחלו להשמיץ את זולא. הדרייפוסרים קיוו שאחד מן השניים יקרה: או שהציבור ישתכנע ויגרום ללחץ על הממשלה לקיים משפט חוזר עבור דרייפוס, או שיופעל לחץ הפוך על הממשלה, להגיש תביעה נגד זולא בעוון הוצאת דיבה. כך או כך הפרשה תתעורר מחדש וייערך משפט אשר במהלכו תינתן לדרייפוסרים הזדמנות נוספת לשטוח את טענותיהם. ראש הממשלה מלין, וכמוהו גם הנשיא פור לא חפצו לפתוח את הפרשה מחדש ולפיכך קיוו להימנע משני הצעדים, בתקווה שההדים שעורר מאמרו של זולא ירגעו תוך כמה ימים. אולם מפלגות הימין פתחו מיד במתקפה בדרישה לפתוח במשפט כנגד זולא, דרישה שחוזקה לנוכח תקוותיהם של הרדיקלים בימין להפיל את הממשלה הרעועה בלאו הכי. בעקבות פרסום המאמר, התאספו אל מול ביתו של זולא מפגינים שצעקו "מוות לדרייפוס! מוות לזולא!" המשטרה שלחה שוטרים להפסיק את המהומות, אולם אלה רק הצטרפו אליהן. מלין ניסה להרגיע את הרוחות, ובהמשך אף חזר על הטענה הישנה שהושמעה בזמנו מפי לברן־רנו, שדרייפוס כביכול הודה בפניו באשמה. היו בפרלמנט כמה פוליטיקאים אשר ידעו היטב ־רנו עצמו הודה מאוחר יותר כי סיפור ההודאה לא היה ולא נברא, אולם הם בחרו לשתוק. גונז אף דאג שיזייפו מכתב שכביכול נכתב בידי לברן־רנו ביום בו נערך טקס שלילת הדרגות ובו הוא מספר על הודאתו של דרייפוס. לנוכח הלחצים, נכנע מלין והבטיח להעמיד את זולא למשפט. ב-15 בינואר 1898 פרסם העיתון לה טאמפ עצומה הקוראת להעניק לדרייפוס משפט חוזר. זולא חתם על העצומה יחד עם 3,000 אנשי רוח צרפתים מובילים, ביניהם פליקס פנאון, מרסל פרוסט, ז'ורז' סורל, קלוד מונה, שארל פגי, אנדרה ז'יד, ז'ול רנאר ואמיל דורקהיים. קלמנסו כינה את החותמים בהערכה "אינטלקטואלים", אולם עד מהרה הפך איש הימין האנטי-דרייפוסרי מוריס בארס את הכינוי לכינוי גנאי. ב-20 בינואר נאם בתקיפות הרוזן המלוכני אלבר דה מון בלשכת הנבחרים ודרש בתוקף להעמיד את זולא לדין. הנאום אילץ את ראש הממשלה מלין לפעול בזריזות, וברוב של 312 מול 22 הוחלט להעמיד את זולא ואת אלכסנדר פרנקס (מנהל ל'אורור) למשפט. אולם מלין וביו היו נחושים להפוך את פרשת זולא לפרשה נפרדת לחלוטין מפרשת דרייפוס, וכדי להבטיח זאת הוחלט שזולא יועמד לדין רק על כך שקבע במאמרו כי בית הדין זיכה את אסטרהאזי "על פי פקודה מגבוה" ועל כך שכתב כי בית הדין "זיכה ביודעין אדם שסרח". היה ברור שיהיה קשה מאוד לקשר משפטים אלו אל עניינו של דרייפוס, ועל אחת כמה וכמה להוכיח אותם. לאבורי הסכים לשמש כעורך דינו של זולא, בעוד אלבר קלמנסו נבחר לעורך דינו של אלכסנדר פרנקס. תאריך המשפט נקבע ל-7 בפברואר. עד לזמן זה, עבדו שני הצדדים על בניית מערך הגנה חזק. הדרייפוסרים החליטו להזמין למשפט כ-200 עדים, ביניהם גנרלים, פוליטיקאים, עיתונאים, עורכי דין, שופטים ומומחים לכתבי יד. הם אפילו תכננו להזמין את שוורצקופן ופניצארדי. כעורך דין מטעם התביעה, נבחר גנרל אדמון ואן קאסל. הוחלט שהמשפט יתארך על פני 15 ישיבות, היינו עד 23 בפברואר. במהלך הימים שקדמו למשפט, הגיעו המהומות האנטישמיות לשיאן. ההפגנות מול ביתו של זולא התפתחו לטקסים בהם נשרפו ספריו ומאמריו. העיתונות הדרייפוסרית פרסמה מאמרי תמיכה עבורו, אולם זו האנטישמית הייתה מאורגנת הרבה יותר. ביום המשפט, התארגן בכניסה לאולם בית הדין הפלילי של פריז המון זועם שקידם את פני מרכבתם של זולא והאחים קלמנסו בקריאות: "בוז זולא! בוז למנוול!". האולם היה מלא עד אפס מקום. עיתונאי אחד העיר: "איזו התרגשות בפני האנשים, אילו ניצוצות של שנאה בעיני רבים מהם... עשרים וחמש שנים נכחתי במשפטים פליליים, אך אינני זוכר קהל אלים כזה". בפתיחת המשפט, הצהיר התובע הכללי: "אני מזהיר את בית הדין, שמטרת זולא וידידיו היא להתייחס לפרשת דרייפוס. רוצים לעורר דיון מחפיר. יש להגביל את הדיונים לכתב האישום". לאבורי מחה בטענה כי שתי הפרשיות קשורות זו לזו, אולם אב בית הדין, השופט דלגורג, קיבל את טענת התובע הכללי. כדי להבטיח את ההחלטה הזו, נקבע כי ההגנה לא תוכל להזמין כעדים את השופטים משני המשפטים הצבאיים (כנגד דרייפוס וכנגד אסטרהאזי) וכן מספר דמויות מפתח נוספות. המשפט היה מתחילתו ועד סופו "קרב כביר", כפי שכינה זאת מתייה, שבעצמו נמנע מלהגיע כדי שהמהומות לא יצאו שליטה. כבר ביומו הראשון של המשפט פרצו קטטות במסדרונות ההיכל, וזולא עזב את המקום בליווי משטרתי. המהומות גלשו מהכניסה לבית המשפט לכל רחבי העיר, והגיעו לכדי ניפוץ חלונות ראווה של חנויות בבעלות יהודית והשחתת רכוש יהודי. העיתון לה ליבר פארול תיאר את המהומות כ"ביטוי לזעמו האציל של העם". העיתון תיאר כיצד ההמונים דרשו להטביע את היהודים או לצלות אותם, והוסיף וציין כי "יהודון צלוי ודאי מדיף ריחות מאוד לא נעימים". בהמשך פרצו מהומות וביזת חנויות יהודיות גם בשאר ערי צרפת ואף באלג'יריה. בזה אחר זה, עלו להעיד לבלוא, קסטנר, הנשיא לשעבר פרייה, בואדפר, גונז ופאטי. שלושתם נשבעו כי דרייפוס אשם, וסירבו להתייחס לשאלה האם אכן דרייפוס הורשע על סמך מסמכים שלא נראו להגנה. אנרי היה חולה, ולפיכך עדותו הייתה קצרה, קטועה ומבולבלת. ברטיון חזר שוב על תאוריית הזיוף העצמי שלו, והפעם לא הצליח לשכנע בה את השופטים. לאבורי הצליח לבלבל ולהביך אותו, והנוכחים באולם פרצו בצחוק. ברטיון נפגע מאוד והצהיר שההיסטוריה תשפוט אותו. הוא יצא מהאולם בעוד לאבורי צועק אחריו: "הנה כתב האשמה של שנת 1894. יש בו האשמה אחת ואחת בלבד: הבורדרו. והנה לפניכם המומחה, המומחה הראשי". אסטרהאזי הוזמן להעיד רק לקראת סוף המשפט. אלבר קלמנסו הכין 60 שאלות שאותן תכנן לשאול אותו, אולם פלייה דרש ממנו לשתוק ולא לענות. קלמנסו שאל את השאלות במשך חצי שעה, בעוד אסטרהאזי שותק, אולם כאשר הגיע לשאלה האחרונה האם הוא קיים קשר עם שוורצקופן, דרש נשיא בית המשפט לא לשאול את השאלה הזו. פיקאר נלקח מתאו כדי להעיד, ובמשך שעה פרט את כל הידוע לו בשלווה גמורה. דבריו עשו על הנוכחים רושם עז, אולם אז נקרא אנרי להעיד שוב והחל להטיח האשמות בפיקאר. בעומדם זה מול זה, איבדו השניים את קור רוחם וכינו זה את זה שקרנים. בעקבות כך, התמודדו השניים בדו-קרב אשר ממנו יצא אנרי פצוע קלות. ב-16 בפברואר הובאו מומחים לכתבי יד, אשר קבעו כי דרייפוס לא יכול היה לכתוב את הבורדרו וכותבו הוא בוודאות אסטרהאזי. באותו היום העיד פלייה והאריך להוכיח שאסטרהאזי לא יכול היה לכתוב את הבורדרו, אולם פיקאר הפריך את דבריו ללא כל קושי. ז'ורז' פיקאר מעיד במהלך המשפט אובר-ז'וזף אנרי מעיד במהלך המשפט ז'ורז'-גבריאל דה פלייה מעיד במהלך המשפט שארל-ארתור גונז מעיד במהלך המשפט בשלב זה נראה היה שההגנה עומדת לנצח, אולם ב-17 בפברואר 1898 אירע מהפך דרמטי במהלך המשפט. כמעט שלוש שנים לפני כן, ב-2 בנובמבר 1895 הגיש אנרי לבואדפר וביו את המסמך אשר נודע כ"זיוף אנרי" (faux Henry). אנרי טען שמדובר במסמך שנשלח מפניצארדי לשוורצקופן, והוא מוכיח למעלה מכל ספק את אשמתו של דרייפוס. המכתב היה למעשה זיוף גס של אנרי, שחיקה את כתב ידו של פניצארדי. זה נוסח המכתב: ידידי היקר, קראתי שאחד הצירים [בבית הנבחרים הצרפתי] עומד להגיש שאילתא בעניין דרייפוס. אם יבקשו ברומא הסברים נוספים אגיד שמעולם לא היו לי שום קשרים עם היהודי הזה. זה מובן. אם ישאלו אותך, אמור כך, כי אסור שיידע איש אי פעם מה אירע לו. - אלכסנדרין. השאלה האם בואדפר וביו ידעו שהמסמך מזויף, שנויה במחלוקת. כך או כך, הוא הפך ל"נשק הסודי" שלהם. הם נזהרו שלא לחשוף את קיומו, ותכננו להשתמש בו בשעת חירום של ממש. אולם מהלך משפט זולא החל להדאיג את הגנרלים המעורבים בקנוניה, וב-17 בפברואר הודיע פלייה כי ברצונו לחזור לדוכן העדים. הוא השתמש בתואנה שעורכי הדין מטעם ההגנה קראו קטע מתוך הדו"ח שכתב ד'אורמשוויל במהלך החקירה של דרייפוס ובכך עירבו בין שתי הפרשיות, כדי להצהיר: רוצים לזרות אור על העניין? אדרבה, יהי כן!... הייתה בידינו, במשרד המלחמה - ואני מפנה את תשומת לבכם כי אינני מדבר על פרשת דרייפוס - הוכחה מכרעת לאשמתו של דרייפוס! הוכחה זו ראיתיה במו עיני... פלייה ציטט מהמסמך בעל פה, לתדהמת כל הנוכחים. לא ברור אם הוא פעל על דעת עצמו או שמא קיבל הוראה מגבוה לעשות זאת. לאבורי ידע אמנם על קיומו של מסמך מרשיע (הוא שמע על כך מקסטנר ששמע על כך מביו), אולם לא ידע עליו פרטים רבים. עדותו של פלייה אפשרה לו לדרוש את צירוף המסמך לתיק והצגתו בפומבי. גונז ביקש את רשות הדיבור והצהיר שמטעמים של טובת המדינה לא ניתן לחשוף את המסמך לציבור, אולם ההוכחות כנגד דרייפוס "קיימות, ממשיות ומוחלטות". גונז הצהיר כי למחרת יעיד בואדפר שוב ויאשר את קיומו של המסמך. בואדפר אכן הופיע למחרת. הוא דיבר קצרות, אישר את קיומו של המסמך והוסיף שמטעמים ביטחוניים לא ניתן להציג אותו, אולם לאחר מכן הוא הטיל איום: "אתם חבר המושבעים, אתם האומה. אם האומה אין לה אמון בראשי הצבא שלה, באלה הנושאים באחריות להגנה הלאומית, הרי הם מוכנים להניח את הנטל הכבד הזה לאחרים. אין לכם אלא להשמיע את דברכם". משמעות האיום הייתה כי אם יזוכה זולא, המטה הכללי כולו יתפטר. האיום עורר פחד רב, ויש אף שהתייחסו אליו כאל הפיכה צבאית. העיתון האנגלי וסטמינסטר גאזט הצהיר בהגזמה כי: "הרפובליקה השלישית אינה קיימת עוד... ההפיכה של הגנרל דה בואדפר אינה שונה בהרבה מהפיכתו של נפוליאון השלישי. ההבדל הוא במידת האכזריות שבנסיבות השוליות". ואכן, יש לזכור כי המשפט הוכרע בידי חבר מושבעים שהיו אנשים פשוטים, ואיום של התפטרות המטה הכללי בהחלט היה מרתיע דיו. בנוסף על כך, לה ליבר פארול פרסם את שמותיהם וכתובותיהם של חבר המושבעים, מה שהיווה איום מרומז. פסק הדין ניתן ב-23 בפברואר. המושבעים התייעצו כ-35 דקות בטרם החליטו כי זולא ופרנקס אשמים. על זולא הושת העונש המרבי - שנת מאסר, ועל פרנקס ארבעה חודשים. בנוסף על כך הושת על שניהם קנס בסך 3,000 פרנקים. צעקות שמחה מילאו את האולם, קצינים התחבקו ומבחוץ נשמעו הקריאות הקצובות: "מוות לזולא! מוות ליהודים!". זולא יצא מאולם המשפט בעוד המון זועם מקיף אותו ומאיים עליו. קלמנסו העיד לימים כי "אילו יצא זולא זכאי, לא היה איש מאתנו נשאר בחיים". בכל אותו הלילה נערכו חגיגות והפגנות ספונטניות בכל רחבי צרפת. הלאומן מוריס בארס כתב למחרת בפיגארו: "אין ביכולתי לתאר את הסופה המסחררת, את האחווה והשמחה של הערב ההוא". פיקאר סולק מהצבא ללא קצבה, ולבלוא הודח מלשכת עורכי הדין. עם זאת, במובן מסוים, היה משפט זולא דווקא הישג עבור הדרייפוסרים, שכן כעת פרשת דרייפוס עמדה במרכז סדר היום בצרפת וקלישותה של האשמה כנגד דרייפוס הייתה גלויה לציבור. ב-2 באפריל, הגיש זולא ערעור על משפטו בפני בית המשפט העליון, בתואנה כי מכיוון שהתביעה על הוצאת הדיבה התמקדה בטענה שבית המשפט שהרשיע את אסטרהאזי פעל על פי הוראה מגבוה, הרי שהשופטים הצבאיים הם אלה שהיו צריכים להגיש את התביעה ולא ביו. למרבה ההפתעה, בית המשפט העליון קיבל את הטענה. נשיא בית המשפט העליון אף נשא נאום תקיף בעד דרייפוס ונגד האנטישמיות. גזר הדין של זולא בוטל. הייתה זו סטירת לחי מצלצלת עבור מתנגדי דרייפוס. ב-8 באפריל התכנסו השופטים הצבאיים כדי להחליט האם להגיש תביעה חדשה, ובסופו של דבר החליטו לעשות זאת, אולם גם החליטו שהתביעה תתמקד אך ורק בטענתו של זולא כי אסטרהאזי זוכה "על פי פקודה מגבוה". המשפט החדש נקבע ל-23 במאי, ובמטרה לצמצם את המהומות, הוחלט שהוא לא יערך בפריז אלא בוורסאי. בשל סיבות טכניות שונות, נדחה משפטו של זולא מ-23 במאי ל-18 ביולי. אולם עוד בטרם החל המשפט, אירעו מספר אירועים חשובים. ב-15 ביוני התפטר ראש הממשלה מלין בעקבות חילוקי דעות קשים עם הסיעה הרדיקלית. לאחר משבר שנמשך 12 ימים שבמהלכם לא הייתה לצרפת ממשלה, הטיל הנשיא את הרכבת הממשלה על אנרי בריסון הרדיקלי. בריסון הצליח להקים ממשלה יציבה, וכחלק מהמינויים החדשים שיזם, מינה לשר ההגנה, במקום ביו, את גודפרואה קווניאק, אשר השתייך למפלגה הרדיקלית. קווניאק נודע כבעל דעות ימניות ולאומניות, וגם כאדם הגון מאוד. הוא האמין באמת ובתמים שדרייפוס אשם, במיוחד לאחר שיחה עם לברן-רנו שסיפר לו על "הודאתו" כביכול של דרייפוס. קווניאק היה להוט לסיים את הפרשה אחת ולתמיד, והחליט להקריב לשם כך את כללי הזהירות. הוא הפקיע את התיק הסודי שכעת כבר היה נפוח למדי, והפקיד אותו בידי שני קצינים שהיו נאמנים לו. הוא תחקר את בואדפר אודות התיק ושאל אותו האם בדק כל מסמך בתיק. בואדפר נאלץ להודות שהוא סמך על אנרי בנוגע לחלק גדול מהמסמכים. חברי הקנוניה גילו כי בקווניאק הם לא יוכלו לשלוט כפי ששלטו בביו. מלבד זאת, קווניאק תיעב את אסטרהאזי והחליט להיפטר ממנו. קווניאק ונאמניו עמלו רבות על 365 המסמכים שבתיק (רובם לא חשובים או מזויפים), ובררו מתוכם את המעניינים ביותר. קווניאק הכין נאום בו הציג את עיקר הראיות כנגד דרייפוס, וחיפש תירוץ לשאת אותו. לשווא ניסו בואדפר, גונז ואנרי להניא אותו מהתכנית. ב-5 ביולי הוא פרש את המסמכים החשובים ביותר בפני ראש הממשלה ושר המשפטים. כצפוי, עיקר ההתעניינות הופנתה למסמך היחיד שבו נזכר שמו של דרייפוס, היינו זיוף אנרי. באותו יום הגישה לוסי דרייפוס מכתב נוסף לנשיא בבקשה לעיין מחדש במשפטו של בעלה, לנוכח העובדה שהוא הורשע על בסיס מסמכים שההגנה לא ראתה. המכתב הרגיז מאוד את קווניאק, שהיה כעת נחוש יותר מתמיד לסגור את הפרשה. ב-7 ביולי הגיש הציר אנדרה קאסטלן שאילתא נוספת לנשיא, בה דרש שהממשלה תנקוט עמדה תקיפה ביחס למחנה הדרייפוסרים. שאילתא זו הייתה ההזדמנות לה קווניאק חיכה והוא נשא את הנאום שהכין מראש. ראשית כל הוא תקף את אסטרהאזי בלי להזכיר את שמו, האשים אותו בהפרת משמעת והבטיח להעניש אותו. צעד מפתיע זה זיכה אותו במחיאות כפיים מצד נציגי השמאל והמחנה הדרייפוסרי. לאחר מכן עבר קווניאק לדרייפוס. הוא תיאר את הדרייפוסרים כאנשים ישרי לב, וטען שרק למענם הוא עומד לחשוף כעת את אשמתו של האיש עליו הם מגנים. קווניאק הקריא שלושה מסמכים. הראשון מביניהם היה מכתב שפניצארדי שלח לשוורצקופן בספטמבר 1896, בזמן שדרייפוס כבר נמצא באי השדים. במסמך זה, הזכיר פניצארדי אדם בשם "פ" שהביא לפניצארדי "דברים מעניינים" שהוא הציע לשוורצקופן לבוא לראות. אנרי עיוות את המסמך, הקדים את התאריך למרץ 1894, ובמקום האות פ הכניס את האות ד. לאחר מכאן הקריא קווניאק את מכתב "המנוול ד", ולבסוף את המסמך המזויף של אנרי, אשר בו דרייפוס נזכר במפורש. לבסוף הוא הזכיר את הודאתו של דרייפוס אשר נרשמה בידי לברן-רנו. כשסיים קווניאק את דבריו, קם כל בית הנבחרים להריע לו, וראש הממשלה הורה להדפיס את הנאום ולתלות אותו על לוחות המודעות. נאומו של קווניאק נתפס בעיני רוב הציבור בצרפת כסופה המוחלט של הפרשה. עבור הדרייפוסרים, הנאום היה מייאש מאוד מחד, כיוון שהם תלו תקוות רבות בקווניאק שנודע כאדם הגון, אולם מאידך הוא פרש בפניהם הזדמנויות חדשות. לראשונה מאז תחילת הפרשה, הניחו מתנגדי דרייפוס את כל הקלפים על השולחן והצהירו בדיוק על מה מסתמכת האשמה. כעת יכלו הדרייפוסרים למצוא את נקודות התורפה שלה. בעוד דמאנז' ולוסי שלחו מכתב נוסף לשר המשפטים, בו טענו כי דווקא נאומו של קווניאק מוכיח את הצורך במשפט חוזר, כיוון שהמסמכים שהוצגו בו לא היו ידועים להגנה, פיקאר שלח לראש הממשלה מכתב תקיף בו הוא מודיע חד משמעית כי שניים מתוך שלושת המסמכים אינם עוסקים בדרייפוס והשלישי למעשה מזויף. קווניאק זעם על מכתבו של פיקאר, והחליט להיפטר ממנו. החקירה כנגד פיקאר התנהלה עד אז בעצלתיים, אולם קווניאק דחק בשר המשפטים ובראש הממשלה להגיש תביעה נגדו ונגד לבלוא. אולם אז שלף מתיה את "הנשק הסודי" שהסתיר זה כמה ימים. אחיינו של אסטרהאזי, כריסטיאן, אשר שימש בזמנו כיד ימינו של דודו וקישר בינו לבין פאטי, גילה שדודו גזל ממנו את כספי הירושה שלו, וכנקמה סיפר את כל הידוע לו למתייה ולוסי. בין היתר, הוא גילה כי אחד המכתבים המפלילים את פיקאר הוכתב למעשה בידי אסטרהאזי לאהובתו מרגרט פאי. כריסטיאן הפקיד את המסמכים המפלילים בידי לאבורי, שהעביר אותם לידי שופט בשם ברטולוס, אשר צידד במחנה הדרייפוסרי. ברטולוס הצליח להוציא צו מעצר כנגד אסטרהאזי וזה הובא לבית הסוהר סנטה ב-12 ביולי. אהובתו נאסרה גם היא, אולם הובאה לבית סוהר אחר. קווניאק זעם על הצעד העצמאי של ברטולוס, אף על פי שהוא עצמו תכנן לעצור את אסטרהאזי ממש באותו היום. תחת זאת, הוא הוציא צו מעצר כנגד פיקאר, שהובא לאותו בית סוהר בו נכלא אסטרהאזי. קווניאק ראיין את כריסטיאן, שסיפר לו כי העומד מאחורי הזיופים של דודו הוא למעשה פאטי – מה שהביך מאוד את קווניאק, שפאטי היה קרוב משפחה שלו. אנרי עצמו זומן לחקירה בידי ברטולוס, אולם מהר מאוד השתכנע קווניאק שפאטי חף מפשע, והוא החל לפעול בבית המשפט העליון כדי לעצור את חקירתו של ברטולוס. ובינתיים, הגיע מועד משפטו המחודש של זולא. לנוכח חקירותיו הנמרצות של קווניאק, חשו הדרייפוסרים כי הקרקע נשמטת מתחת רגליהם, והם החלו ללחוץ על זולא להימלט. זולא לא אהב את הרעיון, אולם בסופו של דבר השתכנע, וב-18 ביולי, מועד תחילת המשפט, הצליחו הוא ואשתו להתחמק מהשוטרים ששמרו על ביתם ולהגיע ללונדון. בית המשפט הרשיע אותו שלא בפניו, וגזר עליו את העונש הקודם: שנת מאסר וקנס של שלושת אלפים פרנק. כמו כן, הוגשה נגדו תביעה נפרדת בידי שלושה מומחים לכתבי יד שזולא האשים במאמרו "במסירת דו"חות שקריים". תביעה זו הסתיימה ב-10 באוגוסט בחיובו של זולא בחודש מאסר, תשלום 2,000 פרנק קנס ועוד 10,000 פרנק פיצוי לשלושת המומחים. בהיעדרו של זולא, נערכה מכירה פומבית של רהיטיו, ולמזלו, נמצא קונה שהיה מוכן לשלם את כל סכום הפיצויים בתמורה לשולחן אחד שלו. קווניאק העלה הצעה לאסור את כל מנהיגי הדרייפוסרים, והכין רשימה מפורטת שכללה את מתייה, קלמנסו, פיקאר, ריינאך לזר ועוד. אחד מיועציו שאל אותו בעוקצנות למה לא לאסור גם את עורכי הדין, וקווניאק השיב "כמובן" ורשם גם את לאבורי ודמאנז'. זולא כתב מלונדון אל לאבורי: "אין אנו יכולים לסמוך עוד על החוק והמשפט. לא נותרה תקווה בלבי אלא לבלתי צפוי, לבלתי ידוע. אנו זקוקים להבזק ברק מן השמים". ואכן, הפרשה עתידה לעבור תפנית פתאומית ובלתי צפויה. ב-13 באוגוסט בשעות הערב, עבד קפטן לואי קואיניה, אחד מעושי דברו הנאמנים ביותר של קווניאק, על המסמכים בתיק הסודי. הוא הניח את הזיוף של אנרי מתחת למנורה, ונדהם לגלות כי לנייר זה שני גוני צבע שונים. הכותרת והחתימה היו על נייר בצבע אפור-כחלחל בעוד שגוף המכתב היה בצבע סגול בהיר. קואיניה הבין מיד את משמעות הדבר. המכתב צורף משני חלקים שונים והיה למעשה זיוף. הוא גם הבין מיד שהאשם בזיוף אינו אלא אנרי, שהיה ידיד טוב שלו. אולם מכיוון שהיה אדם ישר, הוא מיהר למחרת אל קווניאק והראה לו את המסמך. התברר שלאור יום לא ניתן להבחין בשני הצבעים השונים, אולם כאשר החדר הואפל והובאו אליו מנורות, נחשפה התרמית. קווניאק נדהם, אך לא שינה את דעתו כי אכן דרייפוס אשם. הוא החליט לחקור יותר בטרם יפעל, וכן להיפטר קודם מאסטרהאזי. למחרת הוא נשא נאום בעיר מאקון, בו תקף בחריפות את הדרייפוסרים וטען שהם אינם נאמנים למדינה. ב-24 באוגוסט, נחקר אסטרהאזי בידי ועדת חקירה צבאית שהקים קווניאק. פלייה ניסה להגן עליו, אולם לשווא. במר נפשו, אסטרהאזי סיפר על העזרה הרבה שפאטי הגיש לו במהלך משפטו. ב-27 באוגוסט הודיעה הוועדה כי אסטרהאזי משוחרר משירות בשל "הפקרות מתמדת". זה סיפק את קווניאק, שניגש כעת לטפל באנרי. חקירה נוספת שביצע, העלתה כי המסמך אשר בו נזכר דרייפוס במפורש הוא למעשה שילוב של שני מכתבים שונים של פניצארדי, וכן שגם המסמך הנוסף שנכתב לכאורה ב-1894 ומזכיר אדם בשם ד, הוא זיוף. קווניאק זימן את בואדפר והציג בפניו את הנתונים. בואדפר נדהם, או העמיד פנים שנדהם, וקרא לחקור מיד את אנרי. החקירה נערכה ב-30 באוגוסט בנוכחות קווניאק בואדפר וגונז. בואדפר וגונז שתקו כל החקירה בעוד קווניאק לוחץ את אנרי אל הקיר. אנרי נשבר מהר מאוד והודה באמת: הוא לקח מכתב חסר ערך של פניצארדי, גזר ממנו חלקים ושתל בו משפטים מפלילים. אנרי נלקח למעצר במון-ואלריאן (למעשה באותו חדר בו הושם פיקאר בחורף שעבר) ובואדפר הודיע על התפטרותו. למחרת בבוקר נמצא אנרי מת בתאו. על פי הסברה המקובלת, הוא שיסף את גרונו באמצעות סכין גילוח. לפני מותו, כתב אנרי שלושה מכתבים (ייתכן שהיו מכתבים נוספים אולם הם הושמדו). במכתב הראשון הוא פונה אל גונז בבקשה לדבר עמו בדחיפות. השני מיועד לאשתו, והוא שנוי במחלוקת: ברתה יקירתי, רואה אני כי חוץ ממך כל העולם מפקיר אותי. אבל את, לא נעלם ממך לטובת מי פעלתי. המכתב שלי אינו אלא העתק, ובשום פנים לא זיוף. אין הוא אלא מאשר הודעה שנמסרה לי בעל פה ימים אחדים קודם לכן. אני חף בתכלית. הם יודעים זאת ולימים ידעו זאת הכל. אבל ברגע זה אינני יכול לדבר. המכתב השלישי מיועד גם כן לאשתו, והוא אינו גמור. הפתיחה שלו אבדה גם כן. הוא עוסק בעיקר במצבו הנפשי ("הריני כמשוגע. ראשי מפולח כאב נורא..."). לימים טענה אשתו שאנרי האמין באמת ובתמים באשמתו של דרייפוס, וחשש משערורייה שתתחולל אם לא תמצאנה הוכחות מספקות לכך, לפיכך זייף את המכתב. סברה אחרת טוענת שאנרי פשוט ניסה למצוא חן בעיני הבכירים ממנו. עם זאת, המשפט "לטובת מי פעלתי" שצוטט לעיל, שנוי במחלוקת, ובעוד שיש הפוטרים אותו כהערה סתמית וסבורים שהכוונה היא למולדתו או לצבא, אחרים סבורים שאנרי שרת מישהו. ניתן לחלק את תאוריות הקשר העוסקות בכך לשלוש תאוריות עיקריות: תאוריית "האשמה הקטנה" גורסת שאנרי למעשה עסק בריגול יחד עם אסטרהאזי וניסה להגן עליו. תאוריית "האשמה הגדולה" גורסת שאנרי זייף את המכתב בהוראת הממונים עליו, כחלק ממזימה גדולה של ראשי הצבא להפליל את דרייפוס. תאוריה שלישית גורסת שבצבא צרפת פעל למעשה סינדיקט ריגול שלם שאנרי היה חלק ממנו. על פי תאוריה זו, אנרי לא ניסה להגן על אסטרהאזי, כי אם על מרגל נוסף, חשוב ובכיר ממנו. גם הגרסה הרשמית, על פיה אנרי התאבד, שנויה במחלוקת. ניתוח הגופה נאסר, מה שגרם לכך שהיסטוריונים רבים סבורים שאנרי למעשה נרצח. ליאון לוי, רופא יהודי במון-ואלריאן שקבע את מותו של אנרי, סיפר לימים כי זמן קצר לפני מותו המשוער של אנרי, הופיע במון-ואלריאן קצין בכיר שדרש לשוחח עם אנרי. אולם אין עדויות נוספות לביקור זה. מותו של אנרי גרם לאסטרהאזי להימלט לבריטניה שם חי עד 1923. בהיעדרו של בואדפר, וכאשר שמו הטוב של פאטי הושחת במהלך חקירת אסטרהאזי, היו גונז ופלייה חסרי אונים. הפרשה עברה מידי הצבא לידי הממשלה. בריסון וקווניאק לא שינו את דעתם והמשיכו לסבור כי דרייפוס אשם, אולם בעוד קווניאק דרש להימנע ממשפט חוזר, בריסון סבר שהוא הכרחי. בדעת הקהל נוצר הרושם שמשפט חוזר לדרייפוס הוא בגדר הכרח כעת, אולם עד מהרה התאוששו מתנגדי דרייפוס ופתחו במתקפת נגד. מוריס בארס כתב נאום הספד ארוך לאנרי, והעיתון לה ליבר פארול כתב עליו: "נשמה תמה, לב נלהב למדים, שמסע ההסתה היהודי הוציאו מדעתו". שארל מוראס הפיץ בעיתון המלוכני לה גאזט דה פראנס את הרעיון על פיו הזיוף של אנרי היה "זיוף פטריוטי", ועד מהרה הוא צבר תאוצה בקרב מתנגדי המשפט החוזר. לה ליבר פארול החל בגיוס כספים עבור אלמנתו ועבור בניית אנדרטה לזכרו. בסופו של דבר גייס העיתון 131,000 פרנקים אשר הגיעו מ-14,000 ממנויי העיתון, ביניהם פוליטיקאים רבים. בריסון רצה להתחיל בהליכי המשפט החוזר, אולם לא רצה להכעיס את קווניאק וליצור בכך פיצול בממשלתו. למזלו, ב-3 בספטמבר התפטר קווניאק ופרסם ברבים את מכתב ההתפטרות שלו. בריסון מינה כשר המלחמה החדש את אמיל צורלינדן, גנרל אשר כבר שימש לתקופה קצרה כשר המלחמה (בין תקופת כהונתו של מרסייה לזו של ביו) וכעת שימש כמושל הצבאי של פריז. צורלינדן התיישר בתחילה עם עמדתו של בריסון ואף החל לערוך את הסידורים הטכניים לקראת החזרתו של דרייפוס מאי השדים, אולם לפתע שינה את טעמו מן הקצה אל הקצה וטען כי אין לאפשר משפט חוזר. הוא אף שלף מספר מסמכים נוספים מהתיק הסודי והציג אותם בפני בריסון. הן צורלינדן והן בריסון איימו בהתפטרות באם עמדתם לא תתקבל, והנשיא פור נאלץ להתערב ולדחות את הפשרה ל-17 בספטמבר. יום לפני כן הודיע צורלינדן על כוונתו לפתוח בחקירה נוספת נגד פיקאר שעדיין היה אסיר. מבחינתו של בריסון, צורלינדן עבר את הגבולות, והוא החל לחפש שר מלחמה חדש. מצבו היה כה נואש, עד כי הוא שיגר בחשאי שליח אל מתייה וריינאך וביקש מהם למצוא עבורו גנרל שאותו ניתן יהיה למנות כשר מלחמה בידיעה שהוא יפעל למען משפט חוזר. הם המליצו לו על פול דאראס, הגנרל שפיקח על טקס שלילת הדרגות של דרייפוס ומאז שינה את טעמו והחל לתמוך במשפט חוזר. אולם בריסון לא קיבל את הצעתם, ותחת זאת בחר בשארל שאנואן. וכך, כאשר צורלינדן דרש להעמיד את פיקאר לחקירה, יכול היה בריסון להתנגד לו בלי חשש. בריסון הכריז על הקמת ועדה לבדיקת האפשרות למשפט חוזר, צורלינדן התפטר ב-20 בספטמבר, ושאנואן נכנס במקומו. אולם עד מהרה גילה בריסון שנפל בפח. שאנואן היה ידידו של צורלינדן ועד מהרה התגלה כמתנגד חריף למשפט חוזר. הוא עקף את בריסון בצורה מתוחכמת, כאשר החזיר את צורלינדן למשרת המושל הצבאי של פריז. התביעה כנגד פיקאר נדחתה אמנם, אולם הוא הועבר בינתיים לבית הסוהר שרש-מידי כדי להרחיק אותו ממוקד ההתרחשויות. צעד זה גרר מחאה בכל רחבי צרפת. ז'ורס ארגן כנס מחאה במרסיי, בו השתתפו 30,000 איש. המונים צעדו אל מול שרש-מידי כשהם צועקים: "יחי פיקאר!". ב-26 בספטמבר הוחלט כי עתירתה של לוסי דרייפוס בדבר משפט חוזר תועבר לבית המשפט העליון. ובעוד בבית המשפט נערכים דיונים בנושא זה, ממשלתו של בריסון החלה מתפוררת. חוסר האונים שגילה אל מול שרי המלחמה שלו, שהתחלפו בזה אחר זה, כמו גם דרישתו העקשנית למשפט חוזר, הקנו לו תדמית של אדם חלש ולא יציב. נוספה על כך שביתת פועלים גדולה, שמועות על קשר להחזרתו לשלטון של בית בונפרטה ולבסוף משבר פשודה. ב-25 באוקטובר פרצו מהומות אל מול ארמון בורבון. המפגינים היו ברובם לאומנים ואנטישמים אשר דרשו את התפטרותו של בריסון. בעוד פלוגות פרשים משתלטות על גני טווילרי כדי למנוע מההמון המוסת לפרוץ לארמון, נשא שאנואן נאום תקיף נגד בריסון ונגד משפט חוזר, ולאחריו התפטר מתפקידו. מיד לאחר מכן נערכה הצבעת אי אמון בממשלה. ברוב של 286 נגד 254 נפלה הממשלה. הנשיא פור הטיל על שארל דופוי, אשר היה ראש הממשלה גם בתחילת הפרשה, להרכיב ממשלה. דופוי הצליח להרכיב ממשלה שנשענה בעיקר על סיעות השמאל-מרכז, אולם זכתה לתמיכה מוגבלת גם מרוב סיעות הימין. עוד לפני כן, קבע בית המשפט העליון כי עתירתה של לוסי למשפט חוזר קבילה וכי יש להתחיל את ההכנות. במהלך חודש נובמבר הוקלו מעט תנאי כליאתו של דרייפוס. הוענק לו מזון טוב יותר והותר לו לטייל באי. ב-24 בנובמבר חתם צורלינדן על העמדתו לדין של פיקאר בטענה שהוא זייף את הפטי בלה. המשפט נקבע ל-12 בדצמבר. מחנה הדרייפוסרים עשה ככל יכולתו לבטל את המשפט או לכל הפחות לדחות אותו, אולם כל שהצליח להשיג היה העברתו של התיק מבית דין צבאי לבית משפט אזרחי. ב-30 בדצמבר נקבע כי התיק הסודי יימסר לניתוח לבית המשפט האזרחי. ב-16 בפברואר 1899 נפטר במפתיע הנשיא פור. הפולמוס הדרייפוסרי ליווה את הבחירות והשפיע עליהן. בסופו של דבר נבחר אמיל לובה, אשר זכה לתמיכת הדרייפוסרים וסיעות השמאל, וגבר על ז'יל מלין שנתמך בידי הימין. בחירתו הכעיסה מאוד את האנטי-דרייפוסרים, אשר היו נחושים לנקום בלובה בכל צורה אפשרית. בטקס המינוי שלו הם עוררו מהומה כזו עד שאפילו נגינת המרסייז לא נשמעה. ב-23 בפברואר נערכה הלווייתו של פור, ומיד לאחריה ניסה המון אנטישמי, שהונהג בידי פול דרולד, ז'ול גרן ומוריס בארס, להוביל הפיכה בסיוע הצבא. עם זאת, ההפיכה נכשלה בשל חוסר התמיכה מצד הצבא, ומנהיגיה נעצרו. ב-4 ביוני הותקף לובה במהלך מרוץ סוסים. שני האירועים יצרו רושם שהרפובליקה בסכנה, מה שהוביל לנפילת ממשלתו של דופוי ולהקמת ממשלה חדשה ב-22 ביוני בראשותו של רנה ולדק-רוסו. ממשלה זו נשענה, כמו קודמתה, על מפלגות השמאל והמרכז. אולם עבור הדרייפוסרים היה זה סימן טוב כיוון שוולדק-רוסו נודע כדרייפוסר מושבע. מה גם שעוד לפני כן, ב-3 ביוני הצהיר בית המשפט העליון באופן רשמי כי פסק הדין של 1894 בטל ומבוטל וכי משפט צבאי חדש יערך בעיר רן. להצהרה זו נודעה חשיבות גם מעבר לגבולות הפרשה, כיוון שהיא ביססה את סמכותו של בית המשפט העליון כחזקה אף יותר מזו של בתי הדין הצבאיים. ממקום גלותו בלונדון, שלח אסטרהאזי מכתב בו הודה כי אכן הוא כתב את הבורדרו, אולם טען כי עשה זאת על פי הוראתו של סאנדהר. דרייפוס עצמו לא היה מודע כלל לסערה שעורר עניינו בצרפת, ולמאבק האדיר המתנהל לשחררו, כיוון שהמכתבים שנשלחו לו ושהוא עצמו שלח, צונזרו. רק ב-5 ביוני נודע לו שהוא עומד למשפט חוזר. ב-9 ביוני הוא עזב את אי השדים. הוא הגיע לצרפת ב-30 ביוני בחשאיות גמורה, ומיד נכלא בבית הסוהר הצבאי ברן. יומיים לאחר מכן הגיעו דמאנז' ולאבורי לבקרו, והציגו בפניו את כל הנתונים והפרוטוקולים של המשפטים האחרונים. בשלב זה המחנה הדרייפוסרי, שכבר היה גדול מאוד, נעשה מפולג ומבולבל. דמאנז' ולאבורי נחלקו קשות בשאלה האם להסכים לפשרות מתונות אם יוצעו (דמאנז'), או לדרוש משפט תקיף עד הסוף (לאבורי). כמו כן, פרצו מחלוקות רבות בשאלה אילו עדים להזמין בנוסח נאומי ההגנה ועוד. המחנה האנטי-דרייפוסרי היה מלוכד מעט יותר, ומנהיגו הבולט בשלב זה היה מרסייה, שהתראיין לעיתונות בכל מקום והבטיח שהפעם יחשוף את כל הסודות גם אם הדבר יגרום למלחמה. הממשלה מצדה הייתה נחושה למנוע את הישנות המהומות שאירעו בעת משפטם של אסטרהאזי וזולא, ולפיכך שלחה לרן כוחות צבא ומשטרה גדולים. המשפט התקיים באולם התיאטרון של בית הספר תיכון של רן, ובדרך אליו נדרשו אנשים להציג תעודות מעבר. שבעת השופטים נבחרו בקפידה מבין קציני הצבא שטרם הביעו עמדה בפרשה. המשפט נפתח ב-7 באוגוסט בבוקר. למרבה צערם של הדרייפוסרים, דרייפוס עצמו לא שיתף פעולה היטב במשפט. אנשים רבים הגיעו כדי לרחם עליו, אולם הוא לא רצה שירחמו עליו. הוא צעד בתנועות אוטומטיות במדים שהוחזרו לו, וענה תשובות קצרות וענייניות. מוריס פאליאולוג, שנכח במשפט, תמה: "מדוע אין איש זה מסוגל לחמימות כלשהי? מדוע, במחאותיו הבוטות ביותר, לא נשמע מגרונו החנוק ולו ההד הקל ביותר לנפשו המיוסרת?" השופטים מצידם חקרו אותו בקשיחות שהפתיעה את כולם. במהלך המשפט הוצג התיק הסודי, אם כי בדלתיים סגורות. כל קציני המטכ"ל העידו נגד דרייפוס, אולם לא סיפקו שום הוכחה. הם התעלמו מהודאותיהם של אנרי ואסטרהאזי, והמשיכו לטעון בעקשנות כי דרייפוס הוא זה שכתב את הבורדרו וכי "זיוף אנרי" הוא מסמך אמיתי. הנשיא לשעבר פרייה העיד כי התיק הסודי הוסתר מפני הפוליטיקאים והכחיש את הטענה על פיה דרייפוס הודה בפני לברן-רנו. ב-12 באוגוסט הגיע מרסייה להעיד. עוד לפני כן הוא הפיץ את השמועה כי הוא עומד "להנחית מהלומה מוחצת" כדי להגביר את הדרמה סביב נאומו. בפועל, מרסייה נשא נאום טרחני ומשעמם שנמשך ארבע שעות. במהלך הנאום הוא חזר שוב על כל פרטי הפרשה, והוסיף פרטים רבים שהיו לא נכונים או לא מדויקים. בסיום נאומו הוא הצהיר: לא הגעתי לגילי בלי שאלמד מנסיוני המר, כי כל דבר אנושי מועד לטעות. וכיוון שכך, עקבתי בחרדה צורבת אחר הוויכוחים שהתעוררו במסע למען משפט חוזר. אילו עלה בלבי הספק הקל ביותר, רבותי, הייתי הראשון להודיעכם על כך, שכן אני אדם ישר, בנו של אדם ישר. הייתי בא אליכם ואומר לקפטן דרייפוס: "טעיתי בתום לב..." בשלב זה דרייפוס לא היה מסוגל יותר לעמוד מנגד. הוא קם וצעק על מרסייה: "כך היית חייב לעשות". גל של מחיאות כפיים שטף את האולם. מרסייה החוויר כליל, וניסה להמשיך את נאומו: "ביקשתי לומר..." אולם דרייפוס קם שוב וצעק: "זו חובתך". שאר הנאום של מרסייה נבלע כליל בגלל מחיאות הכפיים. הוא סיים את הנאום וירד מדוכן העדים. מיד כשסיים את נאומו, עלה על הדוכן הנשיא לשעבר פרייה, אשר טען כי מרסייה שיקר בנוגע לכמה עובדות, ודרש להתעמת עמו פנים אל פנים. השופטים קבעו שהעימות יתקיים ב-14 באוגוסט. הדרייפוסרים המתינו להזדמנות הזו כדי להלום במרסייה. העובדה שמרסייה שלף את כל הקלפים אפשרה ללאבורי להכין נאום נגדי אשר בו פרך כמה וכמה מטענותיו. אולם כאשר פסעו פיקאר ולאבורי ב-14 באוגוסט בדרכם לאולם הישיבות, הופיע לפתע צעיר וירה בלאבורי בגבו תוך שהוא צועק "הרגתי את דרייפוס!". פיקאר ניסה לרדוף אחריו, אולם הוא נעלם ועד ימינו לא נודעה זהותו. נטען כי מרסייה שלח אותו, אולם מעולם לא נמצאה ראיה לכך. לאבורי עצמו לא נפצע קשה, אולם נזקק למספר ימי מנוחה. דרייפוס אישית ביקש לעכב את המשפט עד 21 באוגוסט, אז העריכו הרופאים שלאבורי יוכל לעמוד שוב על רגליו ולדבר, אולם השופטים סירבו מתוקף נהליו הרשמיים של בית המשפט, אשר אסרו על עיכוב של נידון למעלה מ-48 שעות. בהיעדרו של לאבורי, שאל דמאנז' את מרסייה מספר שאלות, אולם לא הייתה להן אותה השפעה. גם העימות בין פרייה למרסייה לא הניב תוצאות, כיוון שפרייה לא הצליח להוכיח דבר. בשלב זה, ההגנה נחלשה מאוד בשל יריבות פנימית וחלוקי דעות. לאבורי החלים, אולם מצב רוחו היה רע כל הזמן והוא חיפש ללא הרף הזדמנויות להתנגחות עם השופטים. עמדת הממשלה בשלב זה הייתה שעדיף שדרייפוס יזוכה כדי שהפרשה תיגמר, אולם מתנגדי דרייפוס לחמו כעת בכל הכח ומרבית המשקיפים שנכחו מטעם הממשלה התרשמו כי המשפט עתיד להיות מוכרע לרעתו. לאבורי פנה אל ראש הממשלה ולדק-רוסו וטען כי הסיכוי היחיד להציל את דרייפוס יהיה אם שוורצקופן עצמו יבוא ויעיד. שוורצקופן כבר חזר לברלין בסוף 1897, ולא יכול היה להעיד ללא אישור ממפקדיו. ב-24 באוגוסט פנה ולדק-רוסו למינסטר וביקש ממנו לדבר עם הנוגעים בדבר, כדי ששוורצקופן יוכל לבוא ולהעיד. וילהלם השני, קיסר גרמניה, עקב בהתעניינות אחר הפרשייה, ואף רשם הערות על עותק הבורדרו שהוגש לו, אולם כאשר מסר לו הנסיך בילוב, ששימש כקנצלר שלו, את בקשתו של ולדק-רוסו, הוא הצהיר: "במה נוגע לי עניין זה? אינני קיסר הצרפתים". יום למחרת שלח בילוב מכתב מנומס אך תקיף לוולדק-רוסו, בו הבהיר כי: ממשלת גרמניה רוצה בכנות לספק את רצונה של ממשלת צרפת; אולם התעלמותם של כל הגופים הצרפתיים הרשמיים מההצהרה שהשמעתי ברייכסטאג כנציג הממשלה הקיסרית, כי לא היה לגרמניה כל קשר, במישרין או בעקיפין, עם דרייפוס, מוציאה מכלל חשבון, בהתאם לרצונו של הוד מלכותו הקיסר והמלך, כל אפשרות שהממשלה הקיסרית תתערב מעתה, בכל צורה שהיא, בעניין צרפתי פנימי זה. ולדק-רוסו פנה אל בילוב פעם נוספת ב-28 באוגוסט, יחד עם שר המלחמה החדש המרקיז דה גאליפה, אולם שוב נתקל בסירוב נחרץ. לאבורי זעם על כך, וב-7 בספטמבר שלח מברקים לקיסר גרמניה ולמלך איטליה בדרישה ששני הנספחים יבואו ויעידו. בילוב הגיב באיגרת נזעמת: "הוד מלכותו הקיסר והמלך, אדוננו רב החסד, בדעה כי בשום פנים ואופן אין זה אפשרי, ואין זה טבעי להיענות, בכל צורה שהיא, להצעתו המוזרה של עורך הדין לאבורי." ליתר ביטחון, פרסם בילוב את עמדתו גם בביטאונו הרשמי של הקיסר "מוניטור הקיסרות". לטענתה של ברברה טוכמן, הימנעותה של גרמניה מהתערבות לכל אורך הפרשה, לא נבעה רק מרצון לא להסתבך, אלא גם מתוך כוונה להחליש את צרפת מבחינה פנימית, בעוד שהתערבותה יכלה לסגור את הפרשה בקלות. משאפסה התקווה להיעזר בגרמניה, נעשו תומכי דרייפוס עצבניים ומתוחים וחילוקי הדעות גברו. בעוד שלאבורי ופיקאר לא הסכימו להתפשר על פחות מזיכוי מוחלט, דמאנז' ומתייה, שכבר נמצאו במאבק זמן רב יותר, קיוו להשיג פשרה כלשהי. בעקבות חילוקי הדעות, עזב פיקאר את רן וחזר לפריז ב-9 בספטמבר. יום למחרת היה אמור לאבורי לשאת את נאום ההגנה המסכם אשר עליו עמל זמן רב. אולם לאבורי נעשה יותר ויותר זועף ונחוש, ומריבותיו עם השופטים לא חדלו. מתייה החל לחשוש שדווקא נאום ההגנה ישכנע את השופטים באשמתו של אחיו. לפיכך, ב-8 בספטמבר הוא שלח את ברנאר לזר וז'אן ז'ורס שיבקשו מלאבורי לוותר על נאום ההגנה. בהמשך אותו היום הוא הגיש לו מכתבים מריינאך וקלמנסו, שגם כן ביקשו ממנו לעשות זאת. לאבורי הסכים בזעם, אף על פי שדמאנז' הפציר בו כן לנאום. בהמשך היום שינה גם מתייה את דעתו והתחנן בפניו לנאום, אולם לאבורי סירב, בטענה שוודאי לו שדרייפוס יצא חייב בדין והוא אינו רוצה שיאמרו כי זה באשמתו. דמאנז' נאם לבד, נאום פייסני ומתון, ומכיוון שהיה ימני ולאומן, הוא הילל את הצבא והחניף לו. ב-9 בספטמבר נאם אחד מעורכי הדין של התביעה, ומכיוון שלאבורי לא נאם, ב-3:15 אחר הצהריים פרשו השופטים לדיון בלשכתם. כעבור שעה וחצי הם יצאו, ואב בית הדין, קולונל אלברט ז'ואסט, הקריא את פסק הדין: "בשם העם הצרפתי, ברוב של חמישה קולות נגד שניים, כן, הנאשם נמצא אשם." עם זאת, בית הדין החליט להכיר ב"נסיבות מקילות" ובניגוד לפעם הקודמת, דן את דרייפוס לשלילת דרגותיו בפעם השנייה ולעשר שנות מאסר בצרפת עצמה. דמאנז' פרץ בבכי ולאבורי היה זה שנאלץ לבשר לדרייפוס כי המאבק נכשל, ופעם נוספת הוא יצא אשם. גזר הדין הפתיע מאוד את כל הצדדים. כל מי שהיה מעורה בפרטי המשפט ידע היטב כי הראיות כנגד דרייפוס הוכחו כקלושות ביותר והראיות כנגד אסטרהאזי נראו מוצקות וברורות. בנוסף על כך, הוכח כי בית הדין עצמו מודע לקלישות האשמה, לנוכח העובדה שהוא דן את דרייפוס רק לעשר שנות מאסר. עובדה זו הומחשה עוד יותר למחרת היום, כאשר שבעת השופטים מסרו לנשיא את בקשתם שלא להחיל על דרייפוס את גזר הדין הקובע כי עליו לעבור פעם נוספת טקס שלילת דרגות. בשלב זה פרשת דרייפוס כבר הפכה למוקד סקרנות בינלאומי, ועיתונים מכל רחבי העולם עקבו אחריה. גזר הדין התקבל בשאט נפש בכל מקום. כמה עיתונים דרשו להטיל סגר על צרפת ולהחרים את התערוכה העולמית שעמדה להתקיים בפריז ("אותו מקום מושחת") באביב הבא. המלחין הנורווגי אדוורד גריג ביטל סבב הופעות מתוכנן בצרפת. הפגנות מחאה התקיימו באנטוורפן, מילאנו, נאפולי, לונדון, שיקגו וניו יורק ובכמה מקומות נאלצה המשטרה להגן על השגרירות הצרפתית. ולדק-רוסו היה מודאג מאוד. הפתרון היחיד אשר עמד בפניו היה הענקת חנינה, אולם הוא היה משוכנע שהדרייפוסרים לא יקבלו את ההצעה כיוון שמשמעותה היא הכרה באשמתו של דרייפוס. הוא ראה את ארצו נגררת לעוד סבב של מאבקים ואלימות. ואכן, הדרייפוסרים נחלקו בשאלה האם לבקש חנינה. מתייה, אשר דאג לאחיו כעניין אישי ולא עקרוני, והיה מותש כליל מהמאבק בו הוא נמצא כבר כמעט חמש שנים, היה מוכן להתפשר על חנינה. כמוהו גם ריינאך ולזר. לעומת זאת, קלמנסו, ז'ורס ופיקאר התנגדו לרעיון. ריינאך פנה אל ולדק-רוסו ב-11 בספטמבר והציע מעין פשרה: דרייפוס יקבל חנינה, אולם היא תוענק באופן מיידי כך שהכל יבינו כי אף על פי שמבחינה רשמית היא מהווה הכרה באשמתו של דרייפוס, למעשה היא אינה כזו. דרייפוס עצמו פגם במהלך, כאשר הגיש ערעור על גזר הדין. הנשיא לובה דרש שדרייפוס יוותר על הערעור בטרם תוענק לו חנינה. פירושו של דבר היה למעשה הודאה באשמה. היה קשה לשכנע בכך את מתייה, אולם לבסוף הוא הצליח להגיע לפשרה מסוימת. ז'ורס ניסח עבור אלפרד דרייפוס הצהרה שאותה היה אמור לפרסם לאחר שחרורו, בה הוא מצהיר שהוא אכן חף מפשע והוא מתכוון להמשיך במאבק. למתייה לקח שעה לשכנע את דרייפוס להסכים לכך. ברגע האחרון, חזר בו הנשיא לובה ודרש להמתין מעט כדי לשמור על כבודו של בית הדין הצבאי. בתגובה, הגיש ולדק-רוסו את התפטרותו, וכמוהו גם שר המלחמה המרקיז דה גאליפה. כדי למנוע משבר פוליטי חדש, נכנע לובה והבטיח לחון את דרייפוס תוך שבוע. ב-19 בספטמבר חתם הנשיא על הצו. באותו היום, הלך לעולמו אוגוסט שויירר-קסטנר, אחד מהבולטים שבתומכי דרייפוס. כדי לפייס את הצבא, פרסם גאליפה פקודת יום, בה קבע כי "התקרית" הסתיימה בהרשעתו של דרייפוס והוא שוחרר רק הודות ל"רגשי חמלה עמוקים". דרייפוס הוסע לנאנט, שם נפגש עם מתייה, שלקח אותו להתאחד עם משפחתו שהמתינה באביניון. אחרי ארבע שנים ועשרה חודשים, הוא היה משוחרר. ב-17 בנובמבר עבר ולדק-רוסו לשלב הבא של תוכניתו לריפוי הפילוג בעם הצרפתי, והעניק חנינה כללית "על כל המעשים הפליליים, או העברות הקשורות בפרשת דרייפוס, או שנכללו בתביעות משפטיות המתייחסות לאחד ממעשים אלה". הצעד העניק חנינה לזולא, פיקאר ולבלוא, אך עורר את זעמם של רבים כיוון שהוא חיפה למעשה גם על מרסייה, בואדפר, גונז, ביו, פאטי, פלייה ואחרים, אשר נחשדו בזיוף ושקרים. ז'ורס, קלמנסו, לאבורי, זולא ופיקאר החלו לתקוף בגלוי את מתייה דרייפוס ואף את אלפרד דרייפוס עצמו על כך שהסכימו לחנינה ולא התעקשו לקבל צדק. קלמנסו כתב בזעם בעיתונו: "דרייפוס מטפל בדרייפוס, וטוב שכך. אנו חושבים על המולדת שלנו, הכורעת תחת הנטל הכבד של עוול חסר רחמים". החנינה חידדה את חילוקי הדעות שבין אלו שראו במאבק למען זיכויו של דרייפוס עניין עקרוני לבין אלו שראו בו עניין אישי בלבד, והובילה לנתק סופי בין המחנה הדרייפוסרי למשפחת דרייפוס עצמה. היה זה למעשה סיומה הרשמי של הפרשה. מרבית הסיעות הסכימו לקבל את הפשרה, בין היתר בשל התערוכה העולמית שהתקיימה בפריז החל מ-15 באפריל 1900. צרפת כבר שכחה מהפרשה, עד שבעקבות הבחירות ב-1902 הורכבה ממשלת שמאל בראשות אמיל קומבס. ז'ורס קיבל חזרה את מקומו בפרלמנט, וב-7 באפריל 1903 הוא נשא נאום סוחף בו חזר על הליקויים המשפטיים שנערכו במהלך הפרשה ושלל מכל וכל את האשמתו של דרייפוס. ועדת חקירה חדשה הוקמה, והיא קבעה עד מהרה כי הבורדרו נכתב ללא כל ספק בידי אסטרהאזי. תאוריית הזיוף העצמי של ברטיון נשללה מכל וכל. קצינים שבדקו את הביוגרפיה של דרייפוס, קבעו חד וחלק כי לא היה לו המידע המתאים כדי לכתוב את הבורדרו. ב-9 במרץ 1905 הסתיימה החקירה, והיועץ המשפטי לממשלה, מנואל באודוין, הגיש לקומב וז'ורס דו"ח בן 800 עמודים, בו קבע חד וחלק כי דרייפוס הורשע בתחילה ללא כל ראיות אמתיות ובהמשך נפל קרבן לקנוניה צבאית. ב-12 ביולי 1906 ביטל בית המשפט העליון את האשמתו של דרייפוס מ-1894 וקבע כי אין כל ראיות להאשמתו של דרייפוס. ההאשמה ממשפט רן בוטלה מאליה. יום לאחר מכן הוחזרו דרייפוס ופיקאר לשירות צבאי. הדרייפוסרים זכו בניצחון סופי. עם חזרתו לשירות, הוענקה לדרייפוס דרגת לוטננט קולונל, הדרגה אליה על פי ההשערה היה מגיע, לו הייתה הקריירה שלו נמשכת כרגיל. עם זאת, דרייפוס עצמו אוכזב כיוון שקיווה לקבל דרגה גבוהה יותר. כמו כן, הוא קיבל את אות אביר לגיון הכבוד בטקס פומבי. ביוני 1907 הוא נאלץ לפרוש מהשירות בשל בעיות בריאותיות ועייפות כרונית, שנבעו מתקופת מאסרו באי השדים. ב-4 ביוני 1908, הועברו עצמותיו של זולא (אשר נפטר ב-1902 ויש הטוענים שנרצח) לפנתיאון של פריז. במהלך הטקס, עיתונאי ממורמר בשם לואי גרגורי ניסה לירות בדרייפוס. גרגורי הצהיר שהוא לא רק מעוניין לשבש את הטקס של "שני הבוגדים" דרייפוס וזולא, כי אם גם לגרום לפתיחתה של פרשה מחודשת. דרייפוס נפצע קל בידו, וגרגורי זוכה לאחר משפט מהיר. במהלך מלחמת העולם הראשונה, התגייס דרייפוס לצבא פעם נוספת. פרט לפאטי, הוא היה הקצין היחיד מבין המעורבים בפרשה שהשתתף במלחמה. בין היתר, השתתף בשחרור מולדתו אלזס. הוא נפטר ב-1935. פיקאר לעומת זאת, קודם לדרגת ז'נרל דה בריגדה ובהמשך הועלה לדרגת ז'נרל דה דיוויזיה. קלמנסו הפך ב-1909 לראש ממשלה, ומינה את פיקאר לשר המלחמה בממשלתו. פיקאר החזיק בתפקיד זה עד מותו ב-1914 מתאונת ציד. בקרב ההיסטוריונים רווחת הדעה כי הפרשה גרמה להיחלשות ניכרת בכוחם של המלוכנים, שאיבדו את אהדת הקהל והעיתונות. העובדה שמרבית המלוכנים התנגדו לדרייפוס גרמה לכך שהם זוהו עם האלימות הרבה והעוולות שליוו את הפרשה. בדיעבד, הסדר הרפובליקני יצא מחוזק מהפרשה כפי שלא היה לפניה, והתקוות לחזרה למשטר הישן נמוגו כליל. עם זאת, יש הסבורים כי המלוכנים נמצאו בלאו הכי בתהליך איטי של איבוד כוחם והפרשה רק הבליטה אותו. בטווח המידי, אין ספק כי הפרשה הכשילה את ממשלת המרכז וסייעה לחיזוק כוחן של סיעות השמאל. מנגד, הפרשה ליכדה את הלאומנים, עזרה להם לחדד את טענותיהם ומטרותיהם ולבסס את כוחם בהדרגה. גם על הסוציאליסטים בצרפת הייתה לפרשה השפעה ניכרת, כיוון שלראשונה הם נאלצו להתמודד עם השאלה האם עליהם לקחת חלק בסכסוך בין בורגנים, כפי שהייתה הפרשה, ולמעשה האם מפלגה סוציאליסטית מסוגלת לשבת בממשלה בורגנית. סוציאליסטים רבים (כמו ז'ורס ובלום) הביעו תמיכה בדרייפוס, אף על פי שההוראה הרשמית של מנהיגי הסוציאליסטים הייתה כי אין לקחת חלק בסכסוך. פרשת דרייפוס ליוותה את צרפת במשך קרוב לשש שנים, אשר במהלכן היא הייתה הנושא העיקרי בפוליטיקה ובחדשות עד כדי כך שכונתה פשוט "הפרשה". הפרשה החריפה את הניגודים שבין הימין והשמאל הפוליטיים, ויצרה בחברה הצרפתית קרע עמוק שלא אוחה עד סוף ימיה של הרפובליקה השלישית. הפילוג החליש מאוד את צרפת מבחינה פנימית, ויש אף המונים אותו כאחד הגורמים לנפילתה המהירה של צרפת במלחמת העולם השנייה 40 שנה לאחר מכן. לטווח הקרוב יותר, מוסכם כי כוחה של הכנסייה ירד, ויוקרתו של הצבא נפגמה. גם מעמדה של האנטישמיות בצרפת התערער מאוד. הפרשה הבליטה נקודה חשובה נוספת, אשר חרגה בהרבה מעבר לגבולות צרפת, והיא עליית כוחה של דעת הקהל והעיתונות. התעמולה הארסית שהופצה בעיתונות כנגד דרייפוס הייתה בין הגורמים להאשמתו, כשם שהמאמר "אני מאשים" אשר פורסם בעיתונות הנגדית סייע לזיכויו. הפוליטיקאים בצרפת החלו יותר ויותר לקרוץ לדעת הקהל ולנסות להשיג סיקור אוהד בעיתונות. המונח "אינטלקטואל" כשם עצם הפך לפופולרי בשנת 1898, לאחר שעורך בעיתון צרפתי כינה כך את אנשי הרוח שחתמו על העצומה הדורשת לערוך משפט חוזר לדרייפוס. ניתן להניח שבהקשר זה, השימוש הנפוץ הראשון במונח היה של לאומנים מתנגדי דרייפוס כגון מוריס בארס. כתוצאה מכך, למונח יוחס במקור קונוטציה של כינוי גנאי עבור אנשים שאינם נאמנים למדינתם. מגמה זו של מתח בין האינטליגנציה או אנשי אקדמיה לבין השלטונות, הכנסייה או אנשים התומכים בלאומנות הופיע במקרים רבים אחרים לדוגמה בהמשך המאה ה-20 על רקע אנטשימיות וגזענות באירופה ובארצות הברית, במתח על רקע תומכי קיימות וסביבתנות ובהקשר של התנגדות או תמיכה בזכויות להט"ב. בהיסטוריה היהודית, הפרשה סימלה את התחזקות האנטישמיות המודרנית. אף על פי שצרפת הייתה הראשונה שנתנה אמנציפציה ליהודים, הפרשה הוכיחה כי אין בהכרח תקווה שהאמנציפציה המושגת בחוק תהיה לאמנציפציה של ממש במבנה החברתי. היא הוכיחה כי אף על פי שהיהודים השתלבו היטב בחברה הצרפתית, הרי שהאנטישמיות פעפעה מתחת לפני השטח. הפרשה נתנה לעיתונות האנטישמית את הלגיטימציה לפרוח ולהפיץ קריאות כי היהדות היא מחלה שמתפתחת על בסיס "מצע גידול", אותו מהווה צרפת עצמה. הקהילה היהודית בצרפת הייתה מודעת היטב לכך, ולפיכך, במהלך הפרשה, התמיכה לה זכתה משפחת דרייפוס בקהילה הייתה מעטה. הדעה המקובלת היא כי הפרשה חוללה מפנה אצל בנימין זאב הרצל, שסיקר את המשפט ככתבו של העיתון הווינאי "נויה פרייה פרסה". הרצל לא האמין תחילה בחפותו של דרייפוס, אולם בהמשך היה משוכנע יותר ויותר, כי דרייפוס חף מפשע. הוא היה בין העיתונאים המעטים שהורשו להיות נוכחים בעת מתן גזר הדין של 1894. הרצל נכח גם בטקס שלילת דרגותיו של דרייפוס והתרשם מעמידתו האיתנה. הוא שמע את ההמון צועק "מוות ליהודים!", אולם בכתבה שלו שוּנתה הקריאה ל"מוות לבוגדים!". עורכי העיתון שלו סברו שעדיף שלא ללבות עוד יותר את אש האנטישמיות שבערה בווינה באותם ימים. הרצל קיבץ את כל הכתבות שפרסם במשפט דרייפוס בספר "ארמון בורבון". עם זאת, הרצל כתב את ספרו "מדינת היהודים" עוד בימים בהם דרייפוס והפרשייה שנשאה את שמו היו אלמוניים כמעט לחלוטין, כשהרצל מסכם בעיתונו את האירועים החשובים של שנת 1894 אין משפט דרייפוס נכלל ברשימה. בדיווחי הרצל מהמשפט תופס ההיבט האנטישמי מקום שולי, ורק ב-1899, לאחר שהפרשייה כבר התפוצצה, ציין לראשונה ביומנו כי משפט דרייפוס עשה אותו לציוני. כמו כן, מכיוון שהרצל כתב מאמרים ל"נויה פרייה פרסה" על האנטישמיות בצרפת כבר ב-1892, סביר להניח שהוא לא הופתע לחלוטין מגילויי האנטישמיות שהתגלמו בהטלת האשמת שווא על דרייפוס ובגל האנטישמי ששטף את דעת הקהל בצרפת. גם אם משפט דרייפוס היה אבן דרך חשובה בתפיסת היהודים את האנטישמיות בעת החדשה, נראה שהרצל הגיע אל רעיון הציונות המדינית עוד לפני כן, מתוך הבנתו את התפתחותה של הפוליטיקה והחברה באירופה, שהאנטישמיות – שאותה חווה על בשרו מאז היותו בן 22 לפחות – הייתה אחד הגורמים המרכזיים בה. עם זאת, לטענת עמוס אילון, פרשת דרייפוס הייתה בבחינת הקש ששבר את גב הגמל. על פרשת דרייפוס נכתבו ספרים רבים במהלך השנים. ממשלת צרפת שחררה לציבור את כל הרשומות המשפטיות מימי הפרשה. הן זמינות בארכיון הלאומי הצרפתי ובארכיון הצבאי שבטירת ונסן וחלקן גם באינטרנט. עם זאת, מכיוון שחלקים גדולים מהפרשה היו לא רשמיים, במחקר ההיסטורי נודעה חשיבות רבה לכתביהם של בני אותו דור אשר מספקים עדויות אישיות לאירועים. המחקר הראשון שעסק באופן מסודר בפרשת דרייפוס, הוא החוברת של ברנאר לזר: "טעות משפטית - פרשת דרייפוס", אשר פורסמה בעצם ימי הפרשה. דרייפוס עצמו, ניהל יומן בתקופה בה היה כלוא באי השדים, ולאחר שחרורו ב-1899 ערך אותו לכדי ספר זיכרונות ושילב בו את המכתבים שכתבה לו לוסי. ב-1901 יצא הספר לאור בשם "חמש שנים בחיי" והיה מיד לרב מכר. ב-1907 הוא פרסם ספר נוסף בשם "פנקסים, 1899-1907". אחיו מתייה פרסם את זכרונותיו בספר "הפרשה כפי שחייתי אותה". חלקים מזיכרונותיו שלא פורסמו, נאספו והודפסו ב-1965 בשם "דרייפוסר!". ז'וזף ריינאך פרסם סדרה בת חמישה כרכים בשם "תולדות פרשת דרייפוס", אשר נחשבת ליצירת מופת ולאחד המקורות החשובים של חקר הפרשה. ספר חשוב נוסף הוא ספרו של מוריס פאליאולוג "יומני הסודי על פרשת דרייפוס". כעובד משרד החוץ, פאליאולוג עקב מקרוב אחר כל שלבי הפרשה, אולם בפרשה עצמה הוא מילא תפקיד שולי בלבד ולפיכך נקודת מבטו נחשבת לנייטרלית. ספרים בולטים נוספים המשמשים את המחקר ההיסטורי, הם "העדויות" מאת ז'אן ז'ורס, אשר יצא לאור כבר ב-1898, "פרשת דרייפוס" מאת לואי לבלוא, שיצא לאור ב-1929, "זכרונות על הפרשה" מאת ליאון בלום, שיצא לאור ב-1935, ואחרים. ב-1930 פורסמו זיכרונותיו של שוורצקופן, אשר בהם הוא הודה בכך שהעסיק את אסטרהאזי. זיכרונות אלו שפכו אור על נקודות רבות בפרשה, אולם במחקר ההיסטורי מקובל להסתכל עליהם בזהירות רבה, כיוון ששוורצקופן היה מעוניין להמעיט ברשלנות שגילה במהלך הפרשה. במהלך השנים הראשונות שלאחר הפרשה, פורסמו מספר ספרים בנימה אנטישמית גלויה, תחת שם העט אנרי דיטרה-קרוזון (Henri Dutrait-Crozon), אשר עסקו בפרשת דרייפוס. ספרים אלו נכתבו למעשה בידי שני קולונלים בצבא צרפת, אשר עמדו בראש תנועת "אקסיון פראנסז". בספרים אלו פותחה התאוריה, על פיה דרייפוס כן היה האשם, ואסטרהאזי נדחף להודות באשמה בידי משפחת דרייפוס. תאוריה זו אינה מקובלת כלל במחקר ההיסטורי, אולם היא פופולרית בקרב חוגים אנטישמיים שונים. תאוריה נוספת אשר שנויה במחלוקת, פותחה בידי ז'אן דויס - היסטוריון צבאי ומומחה לכלי נשק. דויס פיתח את התאוריה, על פיה אסטרהאזי היה סוכן כפול, אשר פעל למעשה בהוראתו של סאנדהר. באותה תקופה, צרפת עבדה בסודי סודות על פיתוח תותח 75 מ"מ מודל 1897. סאנדהר, אשר רצה להסתיר את הפרויקט מעיני הגרמנים, הורה לאסטרהאזי להעביר לגרמנים מידע חסר ערך שנועד להסיט את תשומת לבם מפיתוחו של התותח. המטכ"ל לא היה מודע למזימה זו, ולפיכך הגיש את האשמה נגד דרייפוס בתום לב. לאחר מכן היו קציני המטכ"ל נחושים להמשיך ולהגן על אסטרהאזי, כשבעצם הגנו על התותח החדשני. תאוריה זו לא התקבלה במחקר המקובל, וספגה ביקורת נוקבת. בעוד הפרשה מתרחשת, כתב רומן רולן, אשר היה דרייפוסר מושבע, את המחזה "הזאבים", אשר היווה למעשה אלגוריה לפרשה. המחזה ניסה להראות כי למעשה הפרשה שקורעת את צרפת מתבססת על הדילמה הישנה האם להקריב את המדינה או את הצדק. העובדה שבהצגת הבכורה של המחזה, נכחו פיקאר מצד אחד ופאטי מצד שני, גרמה לכך שפרצו בתיאטרון מהומות קשות. המחזה תורגם לעברית על ידי יעקב הורוביץ והוצג בהבימה בבימויו של צבי פרידלנד בשנת 1934. מרסל פרוסט, שגם כן היה דרייפוסר, דן בפרשה בכרכים ב, ג, וד של ספרו הנודע "בעקבות הזמן האבוד". זולא תכנן לכתוב ארבעה ספרים אודות הפרשה, והוא קרא להם "ארבעה האוונגליונים". הספר הראשון: "פוריות" יצא לאור ב-1899, והשני "עבודה" יצא לאור ב-1901. הוא לא הספיק לסיים את הספר השלישי, "האמת", לפני מותו ב-1902 והוא פורסם לאחר מכן. כתיבתו של הספר האחרון בסדרה, "צדק", לא הושלמה. על בסיס פרשת דרייפוס נכתבו ספרים וסרטים רבים. בין הבולטים שבהם: "מקרה דרייפוס" - סרט בריטי מ-1931, בו מככב סדריק הארדוויק בתפקיד אלפרד דרייפוס. ב-1937 נעשה סרט ביוגרפי על אמיל זולא, ובפרט על פרשת דרייפוס, בשם "חייו של אמיל זולא". בסרט שיחקו פול מוני בתור זולא וג'וזף שילדקראוט בתור אלפרד דרייפוס. הסרט זכה לביקורות מהללות ואף בפרס אוסקר לסרט הטוב ביותר. ב-1958 עלה לאקרנים הסרט האמריקני "אני מאשים", בו מגולם דרייפוס בידי חוזה פרר. ב-1991 נעשה סרט על הפרשה מנקודת מבטו של פיקאר בשם "אסיר של כבוד", בכיכובו של ריצ'רד דרייפוס בתפקיד פיקאר וקנת' קולי בתפקיד דרייפוס. ב-2014 יצא לאור ספרו של רוברט האריס "קצין ומרגל", אשר מספר את הפרשה מנקודת מבטו של פיקאר. ב-2019 ביים רומן פולנסקי סרט בצרפתית על בסיס ספרו של האריס. הסרט נקרא "אני מאשים" במקור הצרפתי ו"קצין ומרגל" באנגלית ובעברית. ז'אן דוז'רדן גילם את פיקאר ולואי גארל את דרייפוס. ב-1994 הונפק בול דואר ישראלי "100 שנה לפרשת דרייפוס". משפט דרייפוס הוא המשפט הראשון שתועד באמצעות ראינוע. משפט בייליס פרשת הילזנר היסטוריה של האנטישמיות המשרד השני של המטה הכללי הצרפתי אמיל זולא, אני מאשים, ירושלים: מוסד ביאליק, תש"ט. (שני תרגומים: אחד מאת יצחק שנברג [=שנהר] והשני מאת אברהם אבא רקובסקי, שפורסם ב"הצפירה" זמן קצר לאחר הופעת המאמר המקורי. לצדם הובאה פקסימיליה של המאמר המקורי.) (הופיע לרגל 50 שנה לפרסום המאמר) אמיל זולא, אני מאשים...!, מצרפתית: הדר קלונובר, הוצאת קמין-ברזילי, 2017. (הופיע לרגל 120 שנה לפרסום המאמר) Alfred Dreyfus, Cinq années de ma vie, Fasquelle, Paris (réimpr. 2006 (La Découverte), 2015 (Théolib)) (1re éd. 1935) Alfred Dreyfus, Lettres d'un innocent [archive], Stock, 1898. Réédition Théolib, Paris, 2013 Alfred Dreyfus, Carnets 1899-1907, Calmann-Lévy, 1998. Louis Leblois, L'affaire Dreyfus : l'iniquité, la réparation, les principaux faits et les principaux documents, Théolib, coll. « Résistances », 2012 Joseph Reinach, Histoire de l'affaire Dreyfus, Fasquelle, 1901 ; éd. Robert Laffont, deux vol., 2006 חמשת הכרכים של הספר זמינים באתר גאליקה: Tome 1, Procès de 1894 Tome 2, L'affaire Esterhazy Tome 3, Procès Esterhazy et Zola Tome 4, Cavaignac et Félix Faure Tome 5, Procès de Rennes Tome 6, La révision Tome 7, Index général. Henri Crozon, Précis de l'affaire Dreyfus : avec un répertoire analytique, Paris, Éditions du Trident, 1924 Léon Blum, Souvenirs sur l'Affaire, Flammarion, Folio Histoire, 1993 Georges Clemenceau, L'iniquité [archive], Stock, 1899 Georges Clemenceau, La honte, 1903 Georges Clemenceau, Vers la réparation, Tresse & Stock, 1899 Bernard Lazare, L'affaire Dreyfus : une erreur judiciaire, Stock, 1897 Mathieu Dreyfus, L'Affaire telle que je l'ai vécue, Bernard Grasset, Paris, 1978 Jean Jaurès, Les preuves, recueil d'articles parus dans La Petite République, 1898 Octave Mirbeau, L'Affaire Dreyfus, Librairie Séguier, 1991 Maurice Paléologue, L'Affaire Dreyfus et le Quai d'Orsay, Plon, 1955 Émile Zola, Combat pour Dreyfus. Préface de Martine Le Blond-Zola. Postface de Jean-Louis Lévy. Présentation et notes d'Alain Pagès. Éditions Dilecta, 2006 פייר מיקאל, פרשת דרייפוס, מ. מזרחי, 1964 י' המפדן ג'קסון, קלמנסו והרפובליקה השלישית, הוצאת הדר, 1967 מאיר קוטיק, פרשת דרייפוס, מלא, 1982 ברברה טוכמן, המגדל הגאה, דביר, 1998 רוברט ויסטריך, אמת וצדק בפרשת דרייפוס: לזאר, זולא וקלמנסו, נדפס במשפט והיסטוריה, 1998 ז'אן דניס ברדן, פרשת דרייפוס, עם עובד, 2003 Jean-Denis Bredin, L'Affaire, Fayard, Paris, 1993 (1re édition 1981) Vincent Duclert, Biographie d'Alfred Dreyfus, l'honneur d'un patriote, Fayard, Paris, 2006 Marcel Thomas, L'Affaire sans Dreyfus, Fayard, Idégraf (Genève), 1961-1979, 2 volumes Jean Doise, Un secret bien gardé, Histoire militaire de l'Affaire Dreyfus, Le Seuil, 1994 Michael Burns, Rural Society and French Politics, Boulangism and the Dreyfus Affair, 1886–1900 Princeton University Press Alfred S. Lindemann, The Jew Accused: Three Anti-Semitic Affairs, Dreyfus, Beilis, Frank, 1894–1914 (Cambridge University Press) Michael Burns, Dreyfus: A Family Affair, from the French Revolution to the Holocaust, New York: Harper Michael Burns, France and the Dreyfus Affair: A Documentary History (Boston: Bedford/St. Martin's) Eric Cahm, The Dreyfus Affair in French Society and Politics. New York: Longman George R. Whyte, The Accused – The Dreyfus Trilogy, Inter Nationes George R. Whyte, The Dreyfus Affair – A chronological history, Palgrave Macmillan 2006 Ruth Harris, The Assumptionists and the Dreyfus Affair, Past & Present (2007) 194#1 175–211 Ruth Harris, Dreyfus: Politics, Emotion, and the Scandal of the Century. (Henry Holt and Company) Louis Begley, Why the Dreyfus Affair Matters. (Yale University Press) Philippe Oriol, History of the Dreyfus Affair – Vol 1 – The History of Captain Dreyfus, Stock Frederick Brown, For the Soul of France: Culture Wars in the Age of Dreyfus. (Alfred A. Knopf) Robert L. Fuller, The Origins of the French Nationalist Movement, 1886–1914, Jefferson, NC: McFarland Piers Paul Read, The Dreyfus Affair, Bloomsbury Publishing, 2012. ISBN 1408829037 תרגום סופו של המכתב של אמיל זולא, "אני מאשים" (J'accuse), בוויקיטקסט אלפרד דרייפוס, ב"אנציקלופדיה יהודית" באתר "דעת" מתיה קם, משפט דרייפוס, באתר הספרייה הווירטואלית של מטח מידע על פרשת דרייפוס בקטלוג הספרייה הלאומית חן מלול, מכתבים אישיים: כך לחמה לוסי דרייפוס למען בעלה, בבלוג "הספרנים" של הספרייה הלאומית, 12 ביולי 2017 מידע רב על פרשת דרייפוס, כולל מכתבים, מסמכים ותמונות. באתר הספרייה הלאומית לעצטע מדרגה פון די דרייפוס טראגעדיע, פארווערטס, 16 בנובמבר 1897 (ביידיש) (ביידיש) דוד הכהן, היום לפני 100 שנה: אלפרד דרייפוס טוהר, באתר ynet, 12 ביולי 2006 עופר אדרת, 120 שנה אחרי פתיחת המשפט, נחשפים מכתבי אלפרד דרייפוס הכלוא לאשתו, באתר הארץ, 7 במרץ 2014 עוזי אלידע, ‏אמיל זולא מתראיין לעיתון 'הצבי' של אליעזר בן-יהודה, קשר 46, אביב 2014, עמ׳ 30–38 1906 :Dreyfus réhabilité על פרשת דרייפוס באתר משרד התרבות הצרפתי (בצרפתית) אתר מפורט אודות הפרשה (בצרפתית) טקסטים על אודות אלפרד דרייפוס באתר האספה הלאומית הצרפתית (בצרפתית) אתר העיר מולוז, sur le centenaire de la réhabilitation du capitaine Alfred Dreyfus (בצרפתית) Christophe Charle, Champ littéraire et champ du pouvoir, les écrivains et l'Affaire DreyfusAnnales, Économies, Sociétés, Civilisations, Annee 1977, vol. 32,Nr.2, pp. 240–264 הקרב בין העיתונים במשפט דרייפוס, היסטוריום: רגע היסטורי למורים ותלמידים, המרכז ללימודי רוח בספרייה הלאומית משפט דרייפוס - הסרט, היסטוריום: רגע היסטורי למורים ותלמידים, המרכז ללימודי רוח בספרייה הלאומית פרשת דרייפוס, באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית) פרשת דרייפוס, אתר אוצר התיישבות היהודים זיוה שמיר, בכינור, בתוף ובחצוצרה- פרשת דרייפוס, השתקפותה ביצירת ח"נ ביאליק, אתר מב"ע, ינואר 2024. מאז הרפורמה הצבאית ב־1870 היו מרוכזים האגפים השונים בצבא צרפת תחת ארבעה "משרדים". המשרד הראשון היה אחראי על ניהול, השני על מודיעין, השלישי על מבצעים ואימונים והרביעי על הובלה ומסילות ברזל כך למשל, ב־1892 סולק הנספח הצבאי של ארצות הברית כיוון שקיים קשרים עם המרגל ז'וזף גריינר (Joseph Griner) אשר באותה עת הייתה מושבה צרפתית ב-3 בינואר 1894 היא נידונה לחמש שנות מאסר. בריקר עצמו היה העד היחיד במשפט. ראו כל הפרשייה אצל ברדן, עמ' 73–74 וגרסה שונה אצל קוטיק, עמ' 28. רצה המקרה ובדיוק באותה העת היה פאבר עסוק ברשימת הערה לא מחמיאה על דרייפוס: "קצין הלוקה בחסר, אינטליגנטי ומאוד מוכשר, אבל יהיר. אך באשר לאופיו, הגינותו, והאופן שבו הוא ממלא את חובת השירות, אינו עומד במבחנים הדרושים כדי לשרת במטה הכללי של הצבא". חוקרים מודרניים אשר השוו את כתב ידם של דרייפוס ושל אסטרהאזי הגיעו למסקנה כי אכן יש דמיון ביניהם, אולם הוא שטחי בלבד ונובע רק מצורת הכתיבה שהייתה מקובלת אז. באותה מידה יכול היה הכתב להיות דומה להרבה כתבים אחרים. ההבדל הניכר ביותר, לטענתו, הייתה העובדה שהכתב בבורדרו עקבי ומסודר, בעוד הכתב של דרייפוס שהוצג בפניו מפוזר יותר השלושה היו: ראש הבולשת קושפר, מזכירו של קושפר, וגריבלן אשר שימש כאחראי על הארכיון של המשרד הסטטיסטי בדו"ח שכתב ב-28 באוקטובר, טען פאטי כי: "עובדות אחדות שישנן בידינו, לא נוכל להביא אותן לפני בית דין, משום שהן עלולות לגרום לנו תסבוכת עם מעצמות זרות - מחד, ומאידך - העובדות הממשיות האחרות היכולות לשמש בסיס להאשמה, רופפות מדי ועלולות להביא לידי זיכוי. מתוך כל אלה חושב החוקר [היינו פאטי עצמו], שבמצב הקיים כיום ולפי המידע שיש בידינו כעת, רצוי, אולי, להפסיק את החקירה. יש בכל זאת לנקוט אמצעי זהירות מתאימים נגד הקפיטן דרייפוס כדי למנוע ממנו התקשרות עם סוכנים זרים, עד שנעבד תוכנית חדשה". פאטי הגיש את הדו"ח לבואדפר למחרת היום, וזה האחרון דרש ממנו לכתוב דו"ח חדש, אותו סיים פאטי לכתוב ב-31 באוקטובר ובו קבע כי יש להמשיך את החקירה. ד'אביניון שימש כסגן מפקד המשרד השני ומתוקף תפקידו היה אחראי על הקשר עם הנספחים הצבאיים הזרים. לוואל קרלוס היו שורשים צרפתיים, והוא לא הסתיר את היותו פרנקופיל מושבע. הוא דיווח למשרד הסטטיסטי בקביעות את מה שידע על הנספחים הצבאיים האחרים. שוורצקופן הדפיס את המכתב המלא בזיכרונותיו, ואישר את חשדו של סאנדהר כי אכן דובר בו על קצין צרפתי שהציע לו את שירותיו. עם זאת, מדובר שם על קצין אחר. הכוונה לוואל קרלוס השאלה המוסרית האם אנרי נשבע לשקר, עומדת בעינה. כאמור, ואל קרלוס אכן הזהיר מפני מרגל בצבא הצרפתי, אולם לא אמר מעולם מיהו. הוא אף נשאל על כך כמה פעמים ותמיד השיב שאם היה יודע היה אומר. לפיכך, טוען ריינאך שאנרי נשבע לשקר. אחרים פירשו את דבריו של אנרי אחרת וסברו שהוא נשבע רק לכך שוואל קרלוס אמר לו שפועל מרגל בצבא. ראו קוטיק, עמ' 65. כך או כך, ברור שהשופטים הבינו שהוא נשבע שדרייפוס אשם. הגרמנים ידעו על חומר נפץ חדשני מסוים, ולדרייפוס הייתה גישה למידע הזה. לגרמנים הגיע עותק מהרצאה על הגנת ליון שגם דרייפוס השתתף בה. היה זה העונש המרבי שניתן לתת, משום שעונש המוות על פשעים פוליטיים בוטל ב-1848. ס. הייתה אחת החתימות המקובלות של שוורצקופן בתקשורת שבינו ובין סוכניו. היינו המטכ"ל הגרמני להלן תוכן המכתב: "אדוני, אני מצטער על של[א שוחחתי אתך אישית] בעניין ש[יגרום לך עוגמת נפש] רבה. אבי [סירב] לשלם את הכספים הדרושים להמשך [הפעילות ב]תנאים שנקבעו במפורש [בינינו]. [אני] אסביר לך את מניעיו אבל אומר לך כבר עכשיו שהוא מוצא את התנאים שהצבת קשים מדי בעבורו וחושש מאוד מהתוצאות העלולות לצמוח מהמשך הפעילות. הוא מציע לי הסכם אחר שעליו נוכל להסכים. הוא סבור כי הקשרים שקשרתי למענו עד כה אינם עומדים ביחס כלשהו להוצאות שהוצאתי על נסיעות אלו. לבסוף, עלי לדבר עמך בהקדם ככל האפשר.אני שולח לך את הרישומים ששלחת אלי אתמול; אלה אינם הרישומים האחרונים. ס." פיקאר סיפר לימים כי נודע לו שקאסטלן עבד עבור משפחת דרייפוס בשם זה השתמשו חברי הקנוניה גם כשזייפו את המכתב שכביכול נשלח אל פיקאר (ראו לעיל) הכוונה לשאילתא שהגיש הציר אנדרה קאסטלן ב-18 בנובמבר 1895 (הוא הודיע עליה חודשים קודם לכן כך שלאנרי היה די זמן להכין את המסמך). ראו לעיל כזכור, קאסטלן הגיש שאילתא דומה שלוש שנים לפני כן קיסר גרמניה החזיק בו זמנית גם בתואר מלך פרוסיה ז'ואסט עצמו התנגד לגזר הדין קוטיק, עמ' 26. קוטיק, עמ' 27. מיקאל, עמ' 18. ברדן, עמ' 77. ברדן, עמ' 78. ברדן, עמ' 74. קוטיק, עמ' 22. טוכמן, עמ' 204. רואים עולם - רוברט האריס על ספרו החדש קצין ומרגל, סרטון באתר יוטיוב. ברדן, עמ' 42. קוטיק, עמ' 97. ברדן, עמ' 82-85. קוטיק, עמ' 99. מיקאל, עמ' 18-19. קוטיק, עמ' 28. ברדן, עמ' 93–94. Reinach, I, p. 120 מצוטט אצל ברדן עמ' 92. קוטיק, עמ' 28-29. ברדן, עמ' 92. ברדן, עמ' 93–94. מיקאל, עמ' 25. ברדן, עמ' 96. Reinach, I, p. 62 ברדן, עמ' 97. Ellenbogen, 2012, pp. 29-30. Ellenbogen quotes Jean-Denis Bredin, 1986. L'Affaire, p. 77 קוטיק, עמ' 33. קוטיק, עמ' 35. ברדן, עמ' 106. ברדן, עמ' 108. ברדן, עמ' 109. ברדן, עמ' 111. קוטיק, עמ' 41. מצוטט אצל ברדן, עמ' 112-113. ברדן, עמ' 113. ברדן, עמ' 124. ברדן, עמ' 125. קוטיק, עמ' 50. ברדן, עמ' 120. המטכ"ל האיטלקי ברדן, עמ' 121. קוטיק, עמ' 48. ברדן, עמ' 122. ברדן, עמ' 123. ברדן, עמ' 129. ברדן, עמ' 130. Reinach, I, p. 394 מיקאל, עמ' 30-31. מיקאל, עמ' 30. קוטיק, עמ' 68. קוטיק, עמ' 70. ברדן, עמ' 143-144. עמוס אילון, הרצל, הוצאת עם עובד, 1975. עמ' 149. ברדן, עמ' 152. ברדן, עמ' 146. ברדן, עמ' 159. Mathieu Dreyfus, p. 48 ברדן, עמ' 164. ברדן, עמ' 165. טוכמן, עמ' 218. קוטיק, עמ' 94. מיקאל, עמ' 36. ברדן, עמ' 195. ברדן, עמ' 196–197 ברדן, עמ' 199-200. ברדן, עמ' 205. ברדן, עמ' 220. ברדן, עמ' 225. ברדן, עמ' 227. ברדן, עמ' 228. ברדן, עמ' 248-249. ברדן, עמ' 258. ברדן, עמ' 253. ברדן, עמ' 255-258. ברדן, עמ' 276. ברדן, עמ' 288-290. ברדן, עמ' 301. ברדן, עמ' 312. ברדן, עמ' 310. ברדן, עמ' 313. ברדן, עמ' 314. ברדן, עמ' 315. טוכמן, עמ' 210. סופו של המאמר מתורגם לעברית בוויקיטקסט קוטיק, עמ' 132. קוטיק, עמ' 134-135. James Piereson, The rise & fall of the intellectual, The New Criterion, September 15th 2006 קוטיק, עמ' 135. ברדן, עמ' 337. ברדן, עמ' 339. מיקאל (עמ' 37) סבור שהם לא ידעו, ואילו ברדן (עמ' 344) סבור שהם כן ידעו. ברדן, עמ' 345. ברדן, עמ' 347. טוכמן, עמ' 223. ברדן, עמ' 349. ברדן, עמ' 398-399. ברדן, עמ' 401. ברדן, עמ' 408-409. ברדן, עמ' 411. קוטיק, עמ' 152. טוכמן, עמ' 245. ברדן, עמ' 417. מיקאל, עמ' 75-77. מיקאל, עמ' 77. ברדן, עמ' 427. מיקאל, עמ' 78. ברדן, עמ' 435. טוכמן, עמ' 248. טוכמן, עמ' 251. ברדן, עמ' 510-511. ברדן, עמ' 512. ברדן, עמ' 521. ברדן, עמ' 527. ברדן, עמ' 534. טוכמן, עמ' 221. ברדן, עמ' 540-542. ברדן, עמ' 549. טוכמן, עמ' 260. ברדן, עמ' 550. ברדן, עמ' 555. מתוך שעה היסטורית, גלי צה"ל, 18 ביוני 2010 ברדן, עמ' 660-661. אנדרו רוברטס, סערת המלחמה, הוצאת דביר, 2011. עמ' 113. ברדן, עמ' 673. James Piereson, The rise & fall of the intellectual, The New Criterion, September 15th 2006 זאב שטרנהל, מוריס בארס והלאומיות הצרפתית אלכס ביין, הרצל: ביוגראפיה, 1983. עמ' 83; ב"ז הרצל, הרצל ודרייפוס – כתבות ומאמרים של הרצל על משפט דרייפוס (תרגום: מאיר מוהר; עריכה: אלכס ביין), תל אביב: הוצאת מרדכי ניומן; ירושלים: סיני, 1945, עמ' 9–10; עמוס אילון, הרצל, הוצאת עם עובד, 1975. עמ' 148. ב"ז קדר, מבט חדש על דרייפוס, הרצל וצעקת ההמון, באתר הארץ, 29 באוגוסט 2014. שלמה אבינרי, דרכו של הרצל לגיבוש תודעה לאומית יהודית: חלק ב, אלפיים 15, 1997 שלמה אבינרי, ההמון לא צעק כלל "מוות ליהודים" מוסף תרבות וספרות, הארץ יוני 2014 אלכס ביין, תיאודור הרצל, ספר תולדותיו, כרך ראשון, א–ב, תל אביב: דפוס הפועל הצעיר, 1934, עמ' 177. וראו גם: יוסי שריד, לא חוזה או הוזה, דווקא איש מעשה, באתר הארץ, 23 באוקטובר 2007. עמוס אילון, הרצל, הוצאת עם עובד, 1975. עמ' 147–148. ראו למשל מאמר זה טוכמן, עמ' 237-238.