סיווג נגיפים

סיווג נגיפים הוא תהליך שיום נגיפים, שיבוצם במערכת טקסונומית או חלוקתם לקבוצות על בסיס מאפייני יסוד. סיווג נגיפים הוא תהליך בהתהוות, עקרונות לסיווג נגיפים נתונים במחלוקת, והצעות חדשות עולות תדיר. הסיבה לכך נובעת מכך שנגיפים הוא גופיפים לא חיים שחלק ממאפיינהם הכימיים דומים ליצורים חיים, ולכן הם אינם מתאמים למערכות הטקסונומיה הביולוגית הקלאסית. נגיפים מסווגים בעיקר על בסיס מאפיינים פנוטיפיים, כגון מורפולוגיה, סוג הגנום, שיטת שכפול, מאכסנים, וסוג המחלה לה הם גורמים. מיון הנגיפים הרשמי נעשה על ידי הוועדה הבין-לאומית לטקסונומיה של נגיפים (ICTV). סיווג בולטימור עשוי לשמש לחלוקת הנגיפים ל-7 קבוצות על בסיס סוג הגנום ושיטת ההכפלה שלהם. שיום רשמי ומיון מסועף נעשים על ידי ה-ICTV. הוצע קטלוג של כל הנגיפים הידועים. מינים הם יחידות הבסיס למיון ביולוגי. בעבר ה-ICTV אימצה את העיקרון שמין נגיפי הוא קבוצה פוליתטית (קבוצה שבין חבריה מאפיינים רבים משותפים אך לא כולם) היוצרת שושלת הכפלה ותופסת נישה אקולוגית מסוימת. ביולי 2013 שינתה ה-ICTV את ההגדרה של מין נגיפי: "מין הוא קבוצה מונופילטיות של נגיפים שמאפייניהם יכולים להיות מובחנים ממאפייני מינים אחרים על בסיס קריטריונים רבים". נגיפים הם ישיות פיזיות בעוד שמינים וטקסונים אחרים הם מושגים מופשטים. הוועדה לטקסונומיה בין-לאומית של נגיפים החלה לפתח שיטה לשיום ולמיון בתחילת שנות ה-70 של המאה ה-20, תהליך המתמשך עד היום. ה-ICTV הוא הגוף היחיד המוסמך על ידי ההתאחדות הבין-לאומית לאגודות מיקרובילוגיות (אנ'), ומטרתה לפתח, לשפר ולתחזק מערכת טקסונומית נגיפית אוניברסלית. מערכת המיון חולקת מאפיינים רבים עם המערכת הקלאסית למיון אורגניזמים. אולם מערכת הנומנקלטורה שונה מאורגנזימים אחרים במספר נקודות. אחד ההבלים הקטנים הוא שבמערכת למיון נגיפים, שמות הסדרות והמשפחות נכתבים בכתב נוטה, בשונה מהנהוג במערכות המיון של האצות והפטריות ומהקוד הבין-לאומי לנומנקלטורה זואולוגית. מיון נגיפי מתחיל בטקסון Realm (תחום) וממשיך כך: תחום (Realm); סיומת: -viria תת-תחום (Subrealm); סיומת: -vira ממלכה (Kingdom); סיומת: -viriae תת-ממלכה (Subknigdom); סיומת: -virites מערכה (Phylum); סיומת: -viricota תת-מערכה (Subphylum); סיומת: -viricotina מחלקה (Class); סיומת: -viricetes תת-מחלקה (Subclass); סיומת: -viricetidae סדרה (Order); סיומת: -virales תת-סדרה (Suborder); סיומת: -virineae משפחה (Family); סיומת: -viridae תת-משפחה (Subfamily); סיומת: -virinae סוג (Genus); סיומת: -virus תת-סוג (Subgenus); סיומת: -virus מין (Species) שמות המינים נגזרים, לעיתים קרובות, בתבנית שם מחלה + סיומת virus, לדוגמה: Ebolavirus מורכב מ: Ebola + virus (גם שמות המינים בעברית מבוססים לעיתים קרובות על "נגיף" + שם מחלה. לדוגמה: נגיף הכלבת. נגיף + כלבת). רוב משפחות הנגיפים אינם ממוקמות בעץ ההיררכיה הטקסונומית. נכון ל-2018 יש רק תחום (realm) אחד, 4 סדרות תחת טקסון ללא מקור, 46 משפחות תחת טקסון ללא מקור, ו-3 סוגים תחת טקסון ללא מקור. ערך מורחב – סיווג בולטימור סיווג בולטימור. מתבסס על בסיס סוג הגנום ושיטת ההכפלה. קבוצה I – נגיפי DNA דו-גדילי ‏(dsDNA viruses), לדוגמה: Adenoviruses, נגיפי הרפס. קבוצה II – נגיפי DNA חד-גדילי חיובי ((+)ssDNA viruses; בעלי גדיל קריא, מובן), לדוגמה: Parvoviruses. קבוצה III – נגיפי RNA דו-גדילי (dsRNA viruses), לדוגמה: Reoviridae. קבוצה IV – נגיפי RNA חד-גדילי חיובי ((+)ssRNA viruses; בעלי גדיל קריא, מובן), לדוגמה: נגיפי קורונה. קבוצה V – נגיפי RNA חד-גדילי שלילי ((-)ssRNA viruses; בעלי גדיל מול-קריא, אנטי-מובן), לדוגמה: נגיפי שפעת. קבוצה VI – נגיפי שעתוק לאחור עם RNA חד-גדילי (ssRNA-RT viruses; רטורווירוסים בעלי גדיל קריא, היוצרים גדילי DNA מתווך במחזור החיים שלהם), לדוגמה: HIV. קבוצה VII – נגיפי שעתוק לאחור עם DNA דו-גדילי (dsDNA-RT viruses; שלהם RNA מתווך במחזור החיים), לדוגמה: Hepadnaviridae (ובכללם נגיף הפטיטיס B). הולמס (1948) השתמש במערכת הנומנקלטורה הדו-שמית של קארולוס ליניאוס לשיום ולסיווג תחת הסדרה Virales ל-3 קבוצות על בסיס המאכסן: קבוצה I:‏ Phaginae (תוקפת בקטריות). קבוצה II:‏ Phytophaginae (תוקפת צמחים). קבוצה III:‏ Zoophaginae (תוקפת בעלי חיים). מערכת LHT לסיווג נגיפים מבוססת על מאפיינים פיזיקליים וכימיים כגון סוג הגנום (DNA או RNA), סימטרייה, קיומה של מעטפת, קוטר הקפסיד ומספר הקפסומרים. הסיווג הזה אושר על ידי הוועדה הפרוויזונלית לנומנקלטורה שך נגיפים (PNVC) של ההתאחדות הבין-לאומית לאגודות מיקרובילוגיות ב-1962, והיא בנויה כך: מערכה: Vira (מחולקת ל-2 תת-מערכות). תת-מערכה: Deoxyvira (נגיפי DNA) מחלקה: Deoxybinala (סימטרייה דואלית) סדרה: Urovirales משפחה: Phagoviridae מחלקה: Deoxyhelica (סימטרייה סלילית) סדרה: Chitovirales משפחה: Poxviridae מחלקה: Deoxycubica (סימטרייה קובית) סדרה: Peplovirales משפחה: Herpesviridae‏ (162 קפסומרים) סדרה: Haplovirales (ללא מעטפת) משפחה: Iridoviridae‏ (812 קפסומרים) משפחה: Papiloviridae‏ (72 קפסומרים) משפחה: Paroviridae‏ (32 קפסומרים) משפחה: Microviridae‏ (12קפסומרים) תת-מערכה: Ribovira(נגיפי RNA) מחלקה: Ribocubica סדרה: Togovirales משפחה: Arboviridae סדרה: Tymovirales משפחה: Napoviridae משפחה: Reoviridae מחלקה: Ribohelica סדרה: Sagovirales משפחה: Stomataviridae משפחה: Paramyxoviridae משפחה: Myxoviridae סדרה: Rhabdovirales תת-סדרה: Flexiviridales משפחה: Mesoviridae משפחה: Peptoviridae תת-סדרה: Rigidovirales משפחה: Pachyviridae משפחה: Protoviridae משפחה: Polichoviridae היו שמתחו ביקורת על המדעיות של שיטת LHT וטענו שהיא באה רק לפתור את הבעיה המעשית של נומנקלטורה וזיהוי, שיש בה מן השרירותיות, ושהיא אינה מביאה בחשבון קשרים אמיתיים בין חברי הטקסון. טקסונומיה (ביולוגיה) שם מדעי Virus בויקימינים מדיה וקבצים בנושא נגיפים בוויקישיתוף van Regenmortel MH, Mayo MA, Fauquet CM, Maniloff J: Virus nomenclature: consensus versus chaos. Arch Virol 2000, 145: 2227-2232. 10.1007/s007050070053 (בתשלום) שיטת Casjens ו- Kings לסיווג נגיפים (Siddell et al., Binomial nomenclature for virus species: a consultation, Archives of Virology, volume 165, pages 519–525 (2020 ראשי תיבות של שמות מפתחי השיטה Zimmer, Carl (5 בספטמבר 2013). "A Catalog for All the World's Viruses?". New York Times. נבדק ב-6 בספטמבר 2013. {{cite news}}: (עזרה) Adams MJ, Lefkowitz EJ, King AM, Carstens EB (בדצמבר 2013). "Recently agreed changes to the International Code of Virus Classification and Nomenclature". Archives of Virology. 158 (12): 2633–9. doi:10.1007/s00705-013-1749-9. PMID 23836393. {{cite journal}}: (עזרה)תחזוקה - ציטוט: שימוש בפרמטר authors (link) "International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (באנגלית). נבדק ב-2020-03-25. Lefkowitz EJ, Dempsey DM, Hendrickson RC, Orton RJ, Siddell SG, Smith DB (בינואר 2018). "Virus taxonomy: the database of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)". Nucleic Acids Research. 46 (D1): D708–D717. doi:10.1093/nar/gkx932. PMC 5753373. PMID 29040670. {{cite journal}}: (עזרה)תחזוקה - ציטוט: שימוש בפרמטר authors (link) (אורכב 27.09.2007 בארכיון Wayback Machine) "Virus Taxonomy: 2018 Release" (html). International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (באנגלית). באוקטובר 2018. נבדק ב-8 במרץ 2019. {{cite web}}: (עזרה) Baltimore D (1971). "Expression of animal virus genomes". Bacteriol Rev. 35 (3): 235–41. doi:10.1128/MMBR.35.3.235-241.1971. PMC 378387. PMID 4329869. Holmes, F.O. 1948. Order Virales: the filterable viruses. In: Breed, R.S., Murray, E.G.D. & Hitchens, A.P. (eds). Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, 6th ed. The Williams and Wilkins Co., Baltimore, Bergey's manual of determinative bacteriology, The Outline Classification used in The Bergey Manual of Determinative Bacteriology. Lwoff A, Horne R, Tournier P (1962). "A system of viruses". Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 27: 51–5. doi:10.1101/sqb.1962.027.001.008. PMID 13931895.{{cite journal}}: תחזוקה - ציטוט: שימוש בפרמטר authors (link) Karl Maramorosch and Edouard Kurstak, Comparative Virology, p15-17, Academic Press, 1971