יהונתן אייבשיץ

המונח "כרתי ופלתי" מפנה לכאן. לערך העוסק בגיבורי דוד, ראו הכרתי והפלתי. רבי יהונתן אייבשיץ (~ה'תנ"ד, 1694 – כ"א באלול ה'תקכ"ד, 18 בספטמבר 1764) היה רב, מקובל, ראש ישיבה ודרשן, ומגדולי פוסקי ההלכה ביהדות אשכנז בזמנו. כיהן כרבן של פראג, מץ וקהילות אה"ו. חיבר מספר ספרי הלכה משפיעים: 'כרתי ופלתי' על שולחן ערוך יורה דעה, ו'אורים ותומים' על חושן משפט. גם ספר דרשותיו, 'יערות דבש', זכה לתפוצה רבה. לצד עיסוקו בחלק הנגלה של התורה, שהקנה לו את עיקר פרסומו, עסק גם בתורת הנסתר ואף כתב קמעות. עיסוקו זה קומם נגדו את רבי יעקב אשכנזי (היעב"ץ) שמצא רמזים שבתאיים בכתביו ופתח בפולמוס להחרמתו. הרב אייבשיץ זכה לגיבוי מאת רוב רבני דורו והפולמוס דעך, אם כי לא נעלם. בהיסטוריוגרפיה הרבנית מקובל על פי רוב כי טענותיו של היעב"ץ נגדו היו שגויות, בעוד שבמחקר מדעי היהדות, בעיקר מאז גרשם שלום, מקובל כי אכן היה שבתאי נסתר. נולד בפינצ'וב שבפולין, עיר הולדתה של אמו. משפחתו הייתה משפחה רבנית, אמו שיינדל הייתה בתו של רבי משה יצחק יהודה ליב צונץ רבן של האלישוי ופינצ'וב, ואביו רבי נתן נטע, שלימים היה רבה של העיר אייבשיץ (Eibenschütz) שבצ'כיה, היה צאצא של רבי נתן שפירא בעל "מגלה עמוקות". שכן, נתן נטע היה בנו של יצחק זעליג דיין בקראקא, בן אברהם יואל, חתן ישעיה, חתן של רוזא ונתן נטע שפירא בעל "מגלה עמוקות". שניהם נפטרו לפני מלאות לבנם חמש עשרה שנים. בילדותו התפרסם בסביבתו כילד פלא, ועילוי תלמודי, דבק בו הכינוי "העילוי מפינצ'וב" ואגדות רבות נשזרות סביב תקופת ילדותו. בסביבות שנת ה'ת"ס (1700) עברה משפחתו לאייבשיץ בשל מינויו של האב לרב הקהילה. לאחר פטירת אביו בי"ב בחשוון ה'תס"ח, נותר ללא אב ואם, ועבר לחיות בפרוסניץ שבה גדל בבית רבי מאיר איזנשטט, ה"מהר"ם א"ש", שכיהן אז כרבה של העיר. הוא החשיב את רבו זה לרבו הראשון ו"אלוף נעוריו", ואולי למד אצלו בבית המדרש של רבי שמשון ורטהיימר שבו עמד המהר"ם א"ש בראשות ישיבה. רבו זה כיבדו מאוד ומתייחס אליו בכתביו כתלמיד חכם שווה ערך ולא כתלמיד. בפרוסניץ למד גם בישיבתו של רבי זאב וולף שפירא (שלימים שידך לו את נכדתו). בשנת ה'תס"ט, בעקבות מינויו של מהר"ם א"ש כרבה של שידלובצה וחזרתו לפולין, נסע אייבשיץ הצעיר להאלישוי ללמוד בישיבתו של קרוב משפחתו רבי אליעזר הלוי איטינגא שכיהן כאב בית דין העיר. משם עבר לווינה והתגורר בבית הגביר ר' שמשון ורטהיימר. בשנת ה'ת"ע, 1710, נשא לאישה את עלקלי (כתיב מיושן. קרי: אֶלקה'לֶה), בתו של רבי משה יצחק שפירא שכיהן אז כאב בית הדין בעיר בומסלא בבוהמיה, ולימים נעשה רבה של בוהמיה כולה. עם נישואיו נעשה ר' יהונתן קרוב משפחתם של כמה מגדולי דורו: חמיו, היה אחיינו של רבי אליהו שפירא (ה"אליה רבה"); וחמותו, אחייניתם של רבי יעקב ריישר (ה"שבות יעקב") ורבי דוד אופנהיים רבן של ניקלשבורג ופראג (מנישואיו השניים). לאחר נישואיו התגורר זמן מה אצל חמיו ועשה אצלו שימוש חכמים בהוראת הלכות איסור והיתר, וזמן קצר לאחר מכן התיישב בפראג, בבית סב אשתו, רבי אהרן יחיאל מיכל שפירא. הוא התחכך עם גדולי התורה בפראג, קרובי משפחתו ואחרים, וקיבל תורה מתלמידי רבי אברהם ברודא שעזב שנים אחדות קודם לכן את פראג לטובת מץ בשל מחלוקת הלכתית עם חכמי העיר, אך הותיר אחריו ישיבה גדולה ותלמידים כמו רבי יונה לנדסופר ורבי נתנאל וייל. בעקבות לימודו עם תלמידים אלו, ראה רבי יהונתן את עצמו כתלמידו של רבי אברהם ברודא. בשנים ה'תע"ג-ה'תע"ד עשו בני הזוג אייבשיץ בהמבורג, בתקופה זו התגוררו בבית ר' מרדכי הכהן, אבי חמותו. בשנת ה'תע"ד (1714) שב לפראג ועד מהרה התגבשה סביבו קבוצת למדנים צעירים שזכתה לתמיכה כלכלית מכמה מראשי ומנהיגי הקהילה. בין למדנים אלו נמנה רבי שמחה פופרש, לימים ראש בית הדין בפראג. מאז ועד סוף ימיו עמד רבי יהונתן אייבשיץ, בכל ערי מגוריו, בראש ישיבה והעביר בה שיעורים קבועים.[דרושה הבהרה] קצת לפני סוף השנה העברית (כ' באלול ה'תע"ד) נפטר בפראג רבי שמעון ריישר, בן דוד חמותו של הרב אייבשיץ, שהיה הדרשן הממונה של קהילת פראג. הרב אייבשיץ שהתגלה מאז בואו לפראג כדרשן מוכשר נבחר למלא את מקומו וכפי שהיה מקובל עד אז בפראג נשא הדרשן גם במשרת ראש הישיבה הגדולה המקומית. בתפקידיו אלו נשא כחצי יובל. בתקופה זו הוא היה למקור סמכות בקהילה, שני רק לרב המקומי רבי דוד אופנהיים. בערב יום הכיפורים של שנת ה'תפ"ו (1725) הכריז על חרם נגד גרעינים שבתאיים נסתרים וגלויים שלפי השמועה החלו להתפשט באירופה למרות התאסלמותו ומותו של שבתי צבי כיובל שנים קודם לכן. הוא חתום על כתב החרם בראש רבני ופרנסי הקהילה בפראג, בשל העדרו מן העיר של אב בית דין פראג, הרב אופנהיים. עם פטירתו של האחרון (ז' בתשרי ה'תצ"ז) היה לממלא מקום אב בית דין פראג. בתקופה זו התפרנס מעסקאות שעשה. לרבי יהונתן היו קשרי ידידות טובים עם אישים באקדמיה ובכמורה המקומית בפראג, כחלק מתפקידו בעריכת מהדורת תלמוד חדשה בפראג, לאחר שנים שבהן נאסר הדבר על ידי הוותיקן, דבר שחייב קשרים קבועים עם הממונים על הצנזורה מהצד הנוצרי. מעבר להקנטות הדדיות שנשתמרו בסיפורי האגדות העממיים היהודיים אודותיו, השתמרו בספריו בירורים שערך בקרב אנשי האקדמיה בשאלות מציאותיות שבירורן היה נחוץ לו לפסיקת הלכה. מאוחר יותר, ר' יעקב עמדין אף תיאר בזלזול: "אצל כהני הנוצרים היה לו חן". הרב אייבשיץ תיאר קשרים אלו: "ותהי לי הלילה למחשבת מחשבה מועלת לדברי תורה, והיום למשמר נכנס ויוצא בחצרי השרים וכהני מלומדי נוצרים יר"ה להתווכח עמם בשל תורתנו... ואני הייתי כמליץ מוציא לאור תעלומות לברר דברי קדמונים ז"ל, כשחר נכון מוצאו". קשרים אלו אף סייעו לו כאשר נרדף באשמת שבתאות, אז כתב הכומר פרנציסקוס הזלבאואר, מכתב תמיכה ברב אייבשיץ בו תיאר את הגינותו ושקדנותו. הזלבאואר אף תיאר את העצב שפשט בקרב המלומדים הנוצריים בעיר כאשר נאלץ הרב אייבשיץ לעזוב לטובת העיר מץ. באופן הדדי, הרב אייבשיץ עצמו פרס השקפה חיובית יחסית על בני הדת הנוצרית, בטקסט שחורג בהרבה מהנוסח האפולוגטי הלקוני שהיה מקובל בהדפסת ספרים יהודיים: ”אבל באמת אין הכוונה על הנוצרים בזמנים הללו, כי העמים נוצרים אשר אנו יושבים בקרבם דרך כלל שמרו משפט וצדקה, מאמינים בבריאות העולם ומציאות אלוקות והשגחתו ותורת משה ועבדיו הנביאים, ורודפים ומנגדים לכת הצדוקים הכופרים בתחיית המתים והשארת הנפש. אם כן ראוי להתחזק להם טובה ולהללם ולפארם” (כרתי ופלתי, הקדמה) מהדורת התלמוד של פראג, נדפסה בשנת ה'תפ"ז, ובהתאם לדרישת הכמורה נערכו בה שינויים והשמטות בעיקר במקומות שעוררו עלבון כלפי הנצרות. מערכת שמינה רבי יהונתן עסקה בבדיקת נוסח התלמוד וההשמטות אושרו על ידי בית הדין של הקהילה היהודית בפראג שבראשו עמד רבי דוד אופנהיים. עיקר ההשמטות הן במאמרי אגדה, שהיה קשה לבארם על פי הפשט, כגון "הקב"ה מניח תפילין". בפועל נדפסו רק "הלכות ברכות", בית הדין סירב להדפיס תחת השם 'תלמוד' נוסח מצונזר של הטקסט, אך ההדפסה נפסקה לאחר מכן מאחר שבית הדין משך את ידו מהפרויקט בשל השמטות רבות מדי שדרשו ההגמונים ליתר המסכתות, והחשש שעלה שהנוסח יתקלקל לגמרי עם החלתן. בהמשך בוטלו הגבלות הצנזורה החמורות בהתערבות יהודים אמידים מקהילת פרנקפורט ובין השנים ה'תצ"ג-ה'תצ"ט נדפסו "הלכות" ממסכתות נוספות של התלמוד. הודות לקשריו עם ראשי הכמורה, עלה בידו לא פעם להציל את יהודים מרעה, ולבטל מהם גזירות ופורענויות. בעת מלחמת הירושה האוסטרית, הנהיג את הקהילה היהודית בפראג בכל תלאותיה בתקופה זו, ואף נתפס בהזדמנות אחת כבן ערובה למטרת כופר נפש בידי אחד הצבאות הלוחמים. בשנת ה'תק"א (1741), לאחר שהצרפתים כבשו את פראג, נבחר לכהן כרבה של העיר מץ בצרפת, שהייתה בה קהילה יהודית גדולה ומרכזית. הוא החליף בתפקידו את רבי יעקב יהושע פלק (ה"פני יהושע") שעבר אז לכהן כרבה של פרנקפורט דמיין. בעקבות הגירתו לצרפת האשימו אותו האוסטרים בבגידה והחרימו את רכושו שנשאר בפראג. במץ דרשה ממנו עבודתו הציבורית זמן מועט בהרבה מאשר בפראג, והוא הקדיש את הזמן שהתפנה לו להעלאת חידושי תורתו על הכתב. הוא הכין לדפוס בתקופה זו את ספריו "כרתי ופלתי" ו"בני אהובה". גם במץ החזיק ישיבה גדולה, אך נראה שנחשבה פחות מהישיבה בפראג. בישיבה זו העביר שני שיעורים שבועיים בני שבע שעות כל אחד. מתלמידיו בישיבה במץ, רבי ידידיה טיאה וייל. בעת גירוש פראג (1745) ישב רבי יהונתן בצרפת וממנה הפעיל את קשריו כדי להשיג את התערבותם של ראשי כמה ממדינות אירופה אצל מריה תרזה לביטול פקודת הגירוש. בתקופת מץ זיהה שהמניע לעזיבת הדת בקרב רבים מיהודי האזור לא נבע במישרין מקעקוע יסודות הדת, אלא מהיסחפות בזרם החיים ובורות באשר לדרישות ההלכה. לשם כך, בצעד חריג עבור רב במעמדו כתב קיצור הלכות שבת ביידיש כדי להפיץ את תודעת ההלכה גם בקרב מי שהשכלתם לא אפשרה להם קריאה והבנה בעברית. במשך שנות ישיבתו במץ בדק רבי יהונתן את האפשרות לקבל משרת רבנות בעיר שיש בה בית דפוס עברי, כדי שיוכל לטפל בהדפסת כתביו המוכנים לדפוס (במץ עצמה הוקם בית דפוס רק לאחר עזיבתו). ב-1746 השיג מינוי כזה בקהילת פיורדא, אך אנשי קהילת מץ הצליחו לעכב אותו ובהמשך להניא אותו מתוכניתו. הוא נותר בעיר עוד ארבע שנים עד שנקרא לכהן כרבן של קהילות אה"ו - יהודי העיר המבורג והעיירות אלטונה וואנדסבק הסמוכות לה, שלימים היו לשכונות בעיר. בשנת ה'תק"י (1750), לאחר פטירתו של רבי יחזקאל קצינאלפוגין (ה"כנסת יחזקאל"), נבחר לכהן כרבן של קהילות אה"ו. רבנות זו נחשבה אז לאחת המשרות החשובות והמכובדות ביותר ביהדות אשכנז. על אף חשיבותה האזרחית של המבורג הגדולה, אשר הייתה מרכז כלכלי ופיננסי, המרכז התורני של קהילות אה"ו היהודיות היה באלטונה. גם לאחר איחוד שלוש הקהילות, נותר מושב אב בית הדין המשותף שלהן, באלטונה. קמעות שחילק זמן קצר לאחר בואו לאלטונה ליולדות בשל אחוזי תמותה גבוהים באופן חריג, נפתחו בידי אנשים בקהילה וכמה מהם הגיעו לידיו של רבי יעקב עמדין (היעב"ץ) שהתגורר אז כאדם פרטי באלטונה ולא נשא במשרה רבנית. הרב עמדין, בעל השכלה תורנית רחבה והבנה גם בתורת הנסתר חשד שנוסח הקמעות מראה על אמונה שבתאית של כותבם, והחל מנהל מאבק להוקעתו של הרב אייבשיץ. המאבק היה למחלוקת שהתפשטה ברחבי אשכנז ויהדות פולין וארכה שנים (על המחלוקת ראו בהרחבה בפרק "החשד בשבתאות"). חמש שנותיו הראשונות של רבי יהונתן אייבשיץ באה"ו עמדו בצל המאבק נגדו. למרות המאבק המשיך להעביר את שיעוריו בבית המדרש המקומי ואף יסד 'קלויז' שבו ישבו בקביעות חמישה תלמידי חכמים נשואים שלימדו את קהל הלומדים והתפרנסו מקופה מיוחדת שהקים עבורם. הוא גם קיבל הזמנות לרבנות בקהילות חשובות כמו קראקא, ניקלשבורג ומוראביה, אך דחה אותן ונשאר באה"ו. במהלך השנים התדרדר מעמדו והוא התקשה להטיל את מרותו על חלק מבני הקהילה. כדי לייצב את עמדתו הרבנית, אסף מכתבי תמיכה מגדולי רבני אירופה וראשי הקהילות החשובות והדפיסם בקובץ בשם "לוחות עדות" (אלטונה תקט"ו). המהלך ייצב את מעמדו והמחלוקת דעכה אף כי לא שככה לגמרי. בשנת ה'תקכ"ג (1763) הספיק להדפיס את הכרך הראשון של ספרו "כרתי ופלתי" על יורה דעה, וזמן מה לאחר שהודפס הספר, נפטר בכ"א באלול ה'תקכ"ד, 18 בספטמבר 1764, והובא למנוחות בבית הקברות היהודי באלטונה (גר'). על מצבת קברו נחקקו לבקשתו דברי מוסר באקרוסטיכון שמו "יהונתן ז"ל": יראו כל עובר הֶחָרוּת על הלוחות. האיש אשר עמד לנס והיה כשושן פורחת. ושב אל עפר ומראהו מאיש נשחת. נא שימו על לב ושובו בתשובה נוצחת. תפילה תרבו בעדו לֶאֱלֹקֵי הרוחות. נפשו אליו יאסוף ובל תהיה נדחת. זכות מעשיכם יָגֹנּוּ כי נפשות ישראל אחת. למדו מוסר לשנוא כבוד ומגדולה תהיה נפשכם בורחת. רבי יהונתן אייבשיץ כתב עשרות ספרים בנושאי הלכה, פרשנות, אגדה וקבלה, אך רק ספרו "כרתי ופלתי" נדפס בחייו (אלטונה תקכ"ג). בשנים שלאחר פטירתו נדפסו הספרים שהכין בעצמו לדפוס, ואחריהם במשך למעלה מ-250 השנים שחלפו מאז פטירתו נדפסו רוב כתביו, כתבים בודדים שלו ובעיקר רשימות מחידושיו שכתבו תלמידיו לא נדפסו, והם מתפרסמים מעת לעת בכתבי עת תורניים. כל ספריו זכו למהדורות רבות, הם שבים ונדפסים גם בעשור השני של המאה ה-21 במהדורות פאר מוערות. לספריו השפעה רבה על ספרות ההלכתית שנכתבה בדורות שלאחריו, ודבריו נידונו בכתבי גדולי האחרונים, כגון בספרים: פרי מגדים, קצות החושן ונתיבות המשפט. כרתי ופלתי על שולחן ערוך יורה דעה (אלטונה תקכ"ג) תרי"ג מצוות, מנין המצוות לשיטת הרמב"ם, הרמב"ן והסמ"ג עם השגות הראב"ד, בדרך שיר וחרוזים (פראג תקכ"ה), באתר היברובוקס אהבת יהונתן, על ההפטרות (המבורג תקכ"ו). לספר זה נספח החיבור אלון בכות על מגילת איכה. אורים ותומים על שולחן ערוך חושן משפט, בשני חלקים (קרלסרוהה תקל"ה-תקל"ז). ספר זה שימש רבות את בעל נתיבות המשפט בחיבורו. יערות דבש - דרשות ותוכחות מוסר, בשני חלקים (קרלסרוהה תקל"ט-תקמ"ב) קשת יהונתן עם חצי יהונתן, דרושים, הספדים ופלפולים בסוגיות. לבוב תקמ"ד, באתר היברובוקס בינה לעיתים, על הלכות יום טוב במשנה תורה לרמב"ם (וינה תקנ"ז), באתר היברובוקס המדע, על הלכות ריבית (פראג תקע"א), באתר היברובוקס בני אהובה, על ספר נשים במשנה תורה לרמב"ם (פראג תקע"ט), באתר היברובוקס תפארת יהונתן, על התורה, אוסטרהא תקפ"ה ישועה גדולה, פירוש על מגילת אסתר מלוקט מדרושי פורים שבספרו "יערות דבש", ורשה תרכ"ד מאמר יהונתן באור על דרך פרד"ס על הפיוט חד גדיא, למברג ה'תרכ"ב באור על הגדה של פסח, לונדון תרל"ז מטה יהונתן, הערות על שולחן ערוך יורה דעה, נדפסו על גיליונות השולחן ערוך בדפוס ראם החל ממהדורת תר"ם צפיחת הדבש, דברי חריפות ובקיאות על התורה, מונקאטש תרמ"ז מטה יונתן - על הלכות פסח, פאקש תרנ"א שם עולם, אגרות ותשובות בחקירה אלוהית ובחכמת הקבלה, וינה תרנ"א חסדי יהונתן, חידושים ודרושים על ש"ס ומדרשים, פיעטרקוב תרנ"ז מתוק מדבש, חידושים על הלכות שבת, פאקש תרנ"ט גבורת יהונתן, י"ח פלפולים בסוגיות הש"ס וג' דרושים, ורשה תרס"א דעת יהונתן, חידושים על מסכת עבודה זרה, ורשה תרס"א ברכת יהונתן, על הלכות ברכות הנהנין (סימן קסו-ריא), ורשה תרס"ב דברי יהונתן, חידושים על התורה ועל מדרשים, פודגורזה תרס"ג ואבוא היום אל העין, קונטרס בקבלה. מהדורה מוערת ומבוארת יצא על ידי פאבל מצ'ייקו. מהדורה שנייה, הוצאת כרוב, לוס אנג׳לס, תשע״ו 2016 אוצר חכמה ביאור על ספר יצירה בינה לעיתים על כל שולחן ערוך אורח חיים ביאור על חכמת העיבור והלכות קידוש החודש לרמב"ם ביאור על ספר ירמיה ביאור על ספר איוב ספר מירב מלבד ידיעתו הרבה בתורה, היו לו גם ידיעות בחכמות חיצוניות, והתחבב על הרבה שרים ומלכים. ישנה מסורת על ויכוחים רבים שלו עם מלכים ואנשי כמורה נוצריים, שבהם הצטיין בתשובות פקחיות ומחודדות, וקיימות אנקדוטות רבות על ויכוחים אלו, ועל נטייתו, עוד מילדות, לסוג כזה של תשובות. כך, למשל, מסופר עליו: רבי יונתן יצא מביתו לרחוב. פגשו המלך ואמר לו:  הרגליים להיכן?  השיב לו רבי יונתן:  אדוני המלך, איני יודע.  כעס המלך וציווה לאוסרו.  לאחר ששככה חמת המלך שלח להביא את רבי יונתן ואמר לו:  מפני-מה לא החזרת לי תשובה כהלכה על שאלתי?  אמר לו רבי יונתן:  אדוני המלך, תשובה כהלכה החזרתי לך. אין אדם יודע, להיכן רגליו מובילות אותו. ועיניך הרואות שכך. יצאתי מביתי על-מנת לילך לבית המדרש, ורגלי הובילו אותי – לבית האסורים... — אלתר דרויאנוב, ספר הבדיחה והחידוד, גדולים ומפורסמים בדיחה 2263, באתר "ויקיטקסט" מה שמאפיין את יצירתו התורנית הוא הפלפול המחוכם. פלפול זה מלווה הן את דברי התוכחה והמוסר שהרבה ר' יהונתן אייבשיץ להטיף והן את חידושיו בהלכה. הוא כולל חיבור של רעיונות ואימרות שונים זה לזה, כאשר הצירוף מאפשר לפתור קושיות ולהתמודד עם סתירות ותמיהות. כפוסק, הרב אייבשיץ מחמיר למדי ומהסס להקל גם כשיש לכך מקום, במיוחד אם הדבר הוא כנגד מנהג. דבקותו בשולחן ערוך גדולה, והוא מציע להתעלם מדעות שלא מוזכרות בו. ידועה תשובתו הארוכה לבטל את היתרו של ה"חכם צבי" בעניין תרנגולת שניטל ליבה שפסק השולחן ערוך לאוסרה. ר' יהונתן טרח ושאל את חכמי אומות העולם, אם אפשרי שתרנגולת תחיה זמן מה בלי לב, והם ענו לו כי לפעמים יש תחליף במקום הלב, אך אין לתרנגולת אפשרות לחיות כך לאורך זמן רב. לפיכך פסק כי תרנגולת זו טרפה ואפילו בעודה בחיים. כשהוא מתפלפל בהלכה, כמו ב"אורים ותומים", הוא מחבב במיוחד את הדיון בדברי התוספות, שמשמשים לו רקע לחידוש. החשד בשבתאות עורר פולמוס שלא שכך כל ימיו, ואף מנע ממנו להתמנות לרבה של פראג. ראש הלוחמים כנגדו במחלוקת קשה זו היה רבי יעקב עמדין, שכינה אותו, בין השאר, "מין ארור" ו"נחש". המחלוקת נתלבתה, כאשר קמיעות שכתב שנפתחו, והפיענוח שהוצע על ידי הרב עמדין לתוכנם העלה משפטים כגון: "ש"צ מלכא משיחא". בספר היחיד שכתב רבי יהונתן על הפולמוס, 'לוחות עדות', טען כי פיענוח זה שגוי, בין השאר משום שלפיו יהיה תוכן קמיעותיו דברי תפילה ובקשה בעלמא, בעוד שלפי האמת מדובר בסודות עליונים, צירופי אותיות וצרופי 'שמות קדושים'. (טענה זו גובתה לאחר זמן אף על ידי רבי נחמן מברסלב שאמר שמזה אין ראיה, ואף אם הוא היה כותב קמיעות היו מוצאים שם מילים שלפי הפשט אינן מתיישבות עם השכל.). מספר רבנים חשובים הצטרפו לרב עמדין במלחמתו כנגד הרב אייבשיץ; אולם רבים מרבני אירופה הביעו תמיכה פומבית ברב אייבשיץ במכתבים ששלחו אליו, וברבות מן הקהילות גם הוכרזו חרמות על כל התומכים במחלוקת, או שמחזיקים בביתם את כתבי מתנגדיו. הרב אייבשיץ שלח גם העתקים של קמיעותיו לכמה מקובלים חשובים (וגם לגאון רבי אליהו מווילנא), בתקווה לקבל מהם אישור כי תוכן הקמיעות מובן על פי הקבלה המעשית. בהמשך לפולמוס על השבתאות, האשים הרב עמדין את רבי יהונתן גם בכך שבצעירותו (בהיותו כבן שלושים) ניסה לעשוק את הקהילה בהכריחו אותם לקנות עותק מצונזר של סידור התפילה ושל התלמוד הבבלי, ברישיון שניתן לו בידי הנוצרים. כיום ברור שהוויכוח המקורי בין הרבנים לפני הפולמוס על השבתאות, נסב על התלמוד המצונזר עצמו, ולא על הכסף שניסה לגייס בעבורו. אף השלטונות הנוצריים עורבו במחלוקת, כשהרב אייבשיץ הואשם בידי מתנגדיו היהודים בריגול נגד שוודיה וצרפת אשר שלטו במץ באהדה פוליטית לשלטונות האוסטרים, ובהתנגדותו לנצרות אף בתלמוד המצונזר ובסידור שניסה למכור. בשנת ה'תקי"ב (1752) שנה לאחר הכרזתו של רבי יעקב עמדין על הקמיעות, הרב יחזקאל לנדא, מחבר הספר "נודע ביהודה", הצעיר ב-19 שנה מרבי יהונתן, הביע מצד אחד תמיכה ברב אייבשיץ והכרה בכשרותו ובגדולתו, אבל הציע עם זאת פשרה, שהיא לדבריו 'קשה כגידים לכל אחד מהצדדים': שקמיעותיו של הרב אייבשיץ ייאספו ויגנזו, והוא יקבל על עצמו שלא לכתוב עוד קמיעות לעולם. בפשרה זו בקש הרב לנדא למנוע הכרזת חרם על הרב אייבשיץ, שביקשו להטיל חכמי הקלויז בברודי. הרב עמדין לא קיבל את הפשרה, והחל לתקוף את הרב לנדא על כך שאף הוא שבתאי. בסופו של דבר, אכן הוכרז החרם בברודי, בחודש אלול ה'תקי"ב. בערוב ימיו, משניסה לשוב לעיר הולדתו פראג, תחת שלטון מריה תרזה והממלכה האוסטרית, פנה לשגרירות דנמרק. הרב לנדא שלח מכתב בו הגדיר את הרב אייבשיץ כשבתאי, ובכך מנע ממנו את המעבר. בסוף ימיו, רבי יהונתן האשים את החולקים עליו (ובראשם העסקן יהודה פרגר) בשבירת מטה לחמו, ובמות אשתו מצער. בנו הצעיר של הרב, בנימין וולף אייבשיץ, היה נביא שבתאי חשוב. גם הבן הבכור, מרדכי, נחשד בשבתאות על ידי ראש קהל פרשבורג והושלך לכלא בעוון זה ב-1761. הרב יהונתן עתר לקיסרית מריה תרזה עבור בנו והלה שוחרר בהתערבותה. לאחר מותו, קהילות אה"ו מסרו את הבחירה ברב המחליף, בידי תומכיו של רבי יעקב עמדין, על מנת שלא להסתכסך עמו. במסגרת זו, דחה את מועמדותו של רבי יחזקאל לנדא, שבעבר קרא להתפשרות עם הרב אייבשיץ, ושל רבי יוסף שטיינהארט, שתמך ברב אייבשיץ. מלומדי חכמת ישראל וחוקרי תנועת ההשכלה שעסקו במלחמה בקבלה ובזוהר, טענו שאכן היה שבתאי. ההיסטוריוגרפיה האורתדוקסית כיום רואה את החשד שהוטל בו כחשד שווא. הרב אייבשיץ עצמו השתתף בחרם על השבתאים ואף כתב ספר הגנה מפני האשמתו בשבתאות, "לוחות עדות". לטענת גרשום שלום, בספר זה עצמו יש רמיזות שבתאיות. מאידך טוען הרב ראובן מרגליות, כי מסקנותיו של שלום נובעות בין היתר, מחוסר בקיאות מספקת בספרות הקבלית. לדוגמה: הפניה ל"מאמר ראשי תנינים" בכתבי הרב אייבשיץ, בקטע שתוכנו דחיית השבתאות, מהווה לדברי שלום רמז דק כי למעשה הוא דווקא תומך בשבתאות, שכן קיים ספר בשם זה מאת נתן העזתי. אולם - טוען הרב מרגליות - שלום לא ידע שמדובר באחד ממאמרי הזוהר בשם זה, המתקשר לנושא עליו דן הרב אייבשיץ. לגבי שלום, משה אריה פרלמוטר בספרו "חקירות חדשות על יסוד כתב היד של ס' ואבוא היום אל העין" טוען שלשלום הייתה מגמה להציג את הרב אייבשיץ, ראשוני החסידות ורבנים נוספים אף מתלמידי הגר"א כשבתאים, כחלק מתפישתו את השבתאות עצמה כגישה יהודית לגיטימית - במופרד מהתנהגות הפורשים והקיצונים המשיחיים (דוגמת הפרנקיסטים). שלום הגיב לדברי מרגליות במאמר ארוך, בהמשך לאחר ששלום מצא הגהות של היעב"ץ לדרוש התנינים חזר בו. הגאון מווילנה שנתבקש להתערב בפולמוס בעודו צעיר, שלח לרבי יהונתן אייבשיץ דברי ברכה, ועקב כך ספג ביקורת חריפה מרבי יעקב עמדין. מאוחר יותר, כשמעמדו של הגאון מווילנה עלה ושמו התפרסם, טען רבי יעקב עמדין בספרו שמכתבו של הגאון מווילנא מזויף. הגאון מווילנה מעולם לא ענה על שני פרסומים אלו, למרות מסירת דרישת שלום בעת קשרי נישואים עם קרובי הרב עמדין. התקפותיו של הרב עמדין נגד הגאון מווילנה, נגד הנודע ביהודה שהציע פשרה, וכנגד עוד רבנים רבים שלא נחשדו בשבתאות, מהוות בעיני החוקרים האורתודוקסים ראיה לכך שהמדובר בהאשמות שווא. גם עצם הצעת הפשרה של הנודע ביהודה, ומכתבו החיובי של הגאון מווילנה, ואי פרסום הכחשה למכתב הרב אייבשיץ, חיזקו את דעתם זו. הרב ראובן מרגליות טען עוד, שסיבת מלחמתו של רבי יעקב עמדין ברבי יהונתן אייבשיץ, הייתה התנגדותו החריפה כרב צעיר להיתרו של החכם צבי (אביו של רבי יעקב עמדין) שהיה אז רב מבוגר בעניין תרנגולת שנמצאה לאחר שחיטתה ללא לב. מחלוקת זאת גרמה להתפטרותו של החכם צבי מרבנותו בקהילות אה"ו, וגרמו לו מחלה קשה. התנגדות זאת לדעת הרב מרגליות עוררה את השנאה בלב רבי יעקב עמדין לרבי יהונתן אייבשיץ והיא שגררה את התנגדותו החריפה לו שנים לאחר מכן. לאחרונה נתגלו רישומים של בקשת מעבר של הרב אייבשיץ לפראג דרך שגרירות דנמרק, והוראה על כך שהדבר נמנע בעקבות בקשתו של הרב לנדא בנימוק שהוא משתייך לשבתאות; מה שמעמיד בשאלה את עמדתו האמיתית של הרב לנדא לגבי הרב אייבשיץ (אמנם, הרב מרגליות טוען שמכתב זה מזויף). כמו כן נתגלה נוסח ארוך של חרם, שזקן הרבנים באותה תקופה הרב יעקב יהושע פלק (ה'פני יהושע') הוציא נגד הרב אייבשיץ. במכתב זה הרב פלק מתאר את המסכת הארוכה של ההתכתבות עם הרב אייבשיץ ואת התחמקותו ממענה. לאור מכתב החרם, מתבהרת התנהגותם של הרב פלק והרבנים שעמו, שלא הצטרפו לרב עמדין מחד, אך נאבקו ברב אייבשיץ מאידך. קיימת מסורת בשם החתם סופר המתארת את חזרתו בתשובה של וולף אייבשיץ, בנו של רבי יהונתן, בסוף ימיו, לאחר שאביו נגלה אליו בחלום. יש חוקרים הקושרים מסורת זו עם עמדתו של הגאון מווילנה ואולי אף של רבי יעקב עמדין עצמו, לגבי סוגיות קבליות שבהם מעורבים דעות הנוהים אחרי שבתי צבי, ואשר מקורן קדום לשבתי צבי, ובראשם סוגיית כתיבת האות צדי בי' הפוכה על פי כתב האר"י. עמדה זו יכולה להסביר את הימנעותו של הגאון מהתערבות במחלוקת על הרב אייבשיץ, ואת המסורות על כשרות ספריו. יחס זה, של אהדה לחלק מהרעיונות השבתאיים, אך תוך דחיית שבתי צבי עצמו, יכולה להסביר את התנהגותו של רבי יהונתן אייבשיץ עצמו, בהשקעת מפעל חיים של החמרה ודקדוק במצוות, הנוגדות לכאורה את השבתאות. וכפי שתמה החוקר ד"ר משה אריה פרלמוטר בספרו: לא נפתרה הבעיה הפסיכולוגית - איך שבתאי באמונתו עוסק כל ימיו בהלכה ובהרבצתה? איך אדם המאמין באמונה אנטינומיסטית ברורה וקיצונית ומפיץ אותה ברבים, עסקו הוא בהלכה דווקא? מחשובי הלוחמים בעד רבי יהונתן, היה הרב אלעזר פלקלס, תלמידו המובהק של הרב לנדא, שכתב: הנה עדות זו עדות שקר, והוציא לעז על גדול עולם נוחו עדן... וחשד אותם בדבר אשר לא היה ולא נברא אלא למשל ולשנינה. ולא היה בהם שום שמץ מינות מהכלב שבתי צבי שבור ומהכלבים אשר סבבוהו... ומרוב שנאה וקנאה... דיבר דברים במילים אלו, שרצה למאחז פני כיסא תחת אביו הגאון זצ"ל, ולא עלתה בידו, כי קיימו וקבלו היהודים את גאון עולם. יצחק יודלוב, לתולדות רבינו יהונתן אייבשיץ, בתוך: מבוא למהדורה חדשה של יערות דבש, ירושלים תשמ"ח. חלק א, עמ' ח–כו על כתביו וכתבים המיוחסים לו מעוז כהנא, תרנגולת בלי לב – דת ומדע בכתיבה הרבנית במאה השמונה-עשרה, מוסד ביאליק תשפ״א. פרקים 7-8 מוקדשים לתפיסותיו המדעיות ולקשריו עם אנשי מדע ואוניברסיטאות, בונים חופשיים ונוצרים מסוגים שונים. פרק 3 (בסופו) עוסק בתפיסתו את המהפכה המדעית. רחל אליאור, ישראל בעל שם טוב ובני דורו: מקובלים, שבתאים, חסידים ומתנגדים, כרמל: ירושלים תשע"ד, חלק ב'. משה אריה פרלמוטר, חקירות חדשות על יסוד כתב היד של ס' ואבוא היום אל העין, ירושלים תש"ז 1947 יהודה ליבס, "כתבים חדשים בקבלה שבתאית מחוגו של ר' יהונתן אייבשיץ", מתוך: סוד האמונה השבתאית, קובץ מאמרים, מוסד ביאליק ירושלים, תשס"ז 2007 ואבוא היום אל העין, חיבור קבלי גנוז המיוחס לר' יהונתן איבשיץ. יצא מחדש במהדורה מדעית מבוארת ע"פ כתבי-יד. לוס אנג’לס : כרוב, תשע"ה 2014 הרב משה שלמה (מרווין סטיוארט) אנטלמן, "בכור שטן: יהונתן אייבשיץ, מסית ומדיח", הוצאת ירון גולן, 1992 מדיה וקבצים בנושא יהונתן אייבשיץ בוויקישיתוף עליו משה מנדלסון, פני תבל, אמסטרדם, תרל"ב, באתר היברובוקס יחזקאל דוקקעס, הר"ר יהונתן אייבעשיטץ, בתוך ספרו אוה למושב: תולדות רבני אלטונא האמבורג וואנדסבעק, קרקא תרס"ג, עמ' 29–52, באתר היברובוקס דוד ליב צינץ, גדולת יהונתן, שלושה חלקים עם הערות, פיעטרקוב תר"ץ, באתר היברובוקס יקותיאל יהודה גרינוולד, הרב ר' יהונתן אייבשיץ, ניו יורק תשי"ד, באתר היברובוקס חיים ישכר גראס "חיי אריה" הוספות על בית יהונתן (על הרב יהונתן אייבשיץ), סיגעט, תרס"ח, באתר היברובוקס "אייבשיץ, יהונתן", יהודה דוד אייזנשטיין (עורך), אנציקלופדיה אוצר ישראל, ניו יורק: פרדס, תשי"ב, חלק א, עמודים 266–267, באתר היברובוקס יהונתן אייבשיץ, ב"אנציקלופדיה יהודית" באתר "דעת" משה סמט, אייבשיץ, יהונתן באנציקלופדיית ייווא ליהודי מזרח אירופה (באנגלית) "אייבשיץ, יהונתן", במהדורת 1901–1906 של האנציקלופדיה היהודית (באנגלית) רבי יהונתן אייבשיץ - באתר "MyTzadik" האנציקלומדיה להנצחת הצדיקים מעוז כהנא, ספר מירב האבוד וחזון הדת המדעית: פרק לא ידוע בעולמו של הרב יהונתן אייבשיץ, ציון תשע״ט, עמ׳ 229-278. מידע על אייבשיץ, יהונתן בן נתן נטע בקטלוג הספרייה הלאומית רשימת מאמרים על יהונתן אייבשיץ באתר רמב"י על הגותו וכתביו במלאת מאתיים שנה לפטירתו של ר' יהונתן אייבשיץ מאמר מאת הרב חיים רבינוביץ' בסיני (כתב עת), המאמר כולל תיאור והדגמה לדרכו הפרשנית והדרשנית. בדיחות של ועל רבי יהונתן אייבשיץ בספר הבדיחה והחידוד של דרויאנוב (באתר פרויקט בן-יהודה) פולמוס השבתאות חיבורי הרב יעקב עמדין - תורת הקנאות (נדפס לראשונה אלטונה תקי"ב), שפת אמת ולשון זהורית (נדפס לראשונה אלטונה תקי"ב), עקיצת עקרב ח"א, אמסטרדם תקי"ב, ויקם עדות ביעקב, אלטונה תקט"ז, שבירת לוחות האון, זאלקוע תקט"ז פתח עיניים (קונטרס אחרון לספר שבירת לוחות האון), אלטונה תקי"ז, ספר שמוש, אמסטרדם תקי"ח, ספר התאבקות, אלטונה תקכ"ב, בית יהונתן הסופר, אלטונה תקכ"ג, מגלת ספר, ווארשא תרנ"ז אספקלריה המאירה, ארבע אגרות של ראשי גאוני וזקני הדור בעניין הקמיעות של רבי יהונתן אייבשיץ, שבט-אדר תקי"ג; באתר ויקיטקסט מאירת עיניים, תעודות ומכתבים מרבנים שונים בעניין הקמיעות, אמשטרדם תקי"ג למען דעת - תעודות ומכתבים מרבי משה חאגיז, ועוד רבנים, אמשטרדם תקי"ג, [למען דעת באתר קדם. אגרת שום לבדה הרב יהונתן אייבשיץ, לוחות עדות, ווארשא תר"נ (נדפס לראשונה אלטונא תקט"ו), באתר היברובוקס הרב ראובן מרגליות, סיבת התנגדותו של רבינו יעקב מעמדין לרבינו יהונתן אייבשיץ, ירושלים, תש"א, באתר היברובוקס גרשם שלום, על קמיע אחד של ר' יהונתן אייבשיץ ופירושו עליו, תרביץ כרך י"ג חוברת ד', תמוז תש"ב, עמודים 226–244 (המאמר זמין לצפייה במאגר JSTOR לאחר הרשמה) יקותיאל יהודה גרינוולד, הרב ר' יהונתן אייבשיץ, ספר הגנה על רבי יהונתן אייבשיץ נגד טענות השבתאות, ניו יורק תשי"ד, באתר היברובוקס מיכל אורון, ספר 'גחלי אש' תעודות לתולדות המאבק בשבתאות, מתוך מחקרי ירושלים במחשבת ישראל טז-יז, תשס"א סיד ליימן ושמעון שוורצפוקס, ממצאים חדשים בפולמוס עמדן-אייבשיץ (באנגלית), 2006 שניאור זלמן ליימן, 'איגרת שלומים' לרבי יחזקאל לנדא, מתוך הספר "לא יסור שבט מיהודה", ירושלים תשע"א יהודה ליבס, פולמוס עמדין - אייבשיץ, סיכום הרצאה 11.11.14 רחל אליאור, סיכומי הרצאות של ד"ר מעוז כהנא ופרופ' שניאור זלמן ליימן, מתוך הקונגרס העולמי למדעי היהדות, אוגוסט 2017 מכתביו יהונתן אייבשיץ, כרתי ופלתי, וינה ה'תקע"ט (1819), באתר היברובוקס יהונתן אייבשיץ, חידושי הלכות נדה, קרלסרוה ה'תקל"ג (1773), באתר היברובוקס יהונתן אייבשיץ, יערות דבש (חלק א), לבוב ה'תקנ"ח (1798), באתר היברובוקס יהונתן אייבשיץ, יערות דבש (חלק ב), לבוב ה'תקנ"ט (1799), באתר היברובוקס תצלום תשובה של הרב אייבשיץ כולל חתימתו בספרות השאלות ותשובות שירי מצוות, באתר "דעת" יהונתן אייבשיץ, באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית) יהונתן בן נתן נטע אייבשיץ (1690 בערך-1764), דף שער בספרייה הלאומית באנציקלופדיות השונות מופיעים תאריכים שונים, אין ידיעה ברורה בדבר שנת לידתו המדויקת, הצגנו כאן את השערת המחקר העדכני של יודלוב (מופיע תחת סעיף "לקריאה נוספת"), המקובלת גם על משה סמט בערכו שבאנציקלופדיית ייווא ליהודי מזרח אירופה. לפי רוב כותבי תולדותיו המוקדמים והמאוחרים. אך לפי משה סמט בערכו שבאנציקלופדיית ייווא ליהודי מזרח אירופה, נולד בקרקוב. כיום איוונצ'יצה (צכ'), במחוז מוראביה הדרומית שבצ'כיה. יודלוב, תולדות, (מופיע תחת סעיף "לקריאה נוספת"), עמ' י. על פי שו"ת פנים מאירות חלק ג סוף סימן כב. בן ר' ר' אהרן יחיאל מיכל, בן רבי בנימין וואלף, בן רבי אהרן שמעון שפירא. גדולת יהונתן (מופיע תחת סעיף "קישורים חיצוניים"), עמ' 6. יודלוב, תולדות, (מופיע תחת סעיף "לקריאה נוספת"), עמ' יא. יודלוב, תולדות, (מופיע תחת סעיף "לקריאה נוספת"), עמ' יא. על פי רבי יהונתן אייבשיץ, תשובה בסוף ספרו "בני אהובה". יודלוב, תולדות, (מופיע תחת סעיף "לקריאה נוספת"), עמ' יב. יודלוב, תולדות, (מופיע תחת סעיף "לקריאה נוספת"), עמ' יד-טו, על פי עמדין, בית יהונתן הסופר, דף א עמוד ב. אהרן פריימאן, הצופה לחכמת ישראל, כרך ו, תרפ"ב, עמודים 40–45. מצוין אצל יודלוב, תולדות, (מופיע תחת סעיף "לקריאה נוספת"), עמ' יט. ראו למשל תשובתו בסוף ספרו "בני אהובה": ”...ואחר כך הצעתי הדברים באקאדעמי בפראג גם כן, ואמרו כן דברת, שדבר זה אי אפשר...”. כרתי ופלתי, הקדמה מעוז כהנא, ספר מירב האבוד וחזון הדת המדעית: פרק לא יודע בעולמו של הרב יהונתן אייבישיץ, ציון פד (ב) תשע"ט להרחבה על קורות דפוס פראג של התלמוד הבבלי, ראו: רפאל נתן נטע רבינוביץ, "הדפסת התלמוד", מוסד הרב קוק, ירושלים תשי"ב עמ' קיג-קטו. יודלוב, תולדות, (מופיע תחת סעיף "לקריאה נוספת"), עמ' כב. מבוסס על דרשתו של רי"א ב"יערות דבש" (חלק א' דרוש י"א, עשרת ימי תשובה ה'תק"ו). י"ז בטבת תק"י, היה עוד במץ, ועשה הספד על חמיו שם, יערות דבש, ח"א, דרוש טז תמונת קברי רבי יהונתן אייבשיץ ואשתו אלקהל'ה וציון צוואתו על נוסח הכיתוב שביקש. ספרים שאינם מקושרים למקור, נרשמו על פי הביבליוגרפיה שבביוגרפיה "גדולת יהונתן" (מופיע תחת סעיף "קישורים חיצוניים"), עמ' 169–177. הספר נדפס בשלבים באלטונה ובלבוב, פרטי מקום ותאריך ההדפסה מתייחסים להדפסת השער, ראו על כך: יצחק יודלוב, מהדורות שער בספרים עבריים ישנים, עלי ספר (יא) תשמ"ד, עמ' 142–143. ישועה גדולה, מהדורה חדשה ומוערת, ברוקלין תשס"ח, באתר היברובוקס. זהו חיבור שבתאי. הרב בצלאל נאור, בספרו מחול לצדיקים עמוד רח, כתב שלדעתו ספר זה אינו מעטו של רבי יהונתן אייבשיץ אלא "כולו אומר זיוף". בעמודים רט-רי הוא מראה שמחבר שם עולם משתמש בכתבי יד של ר' אברהם חזקוני מקראקא, שהיו קיימים באוצרותיו של רבי דוד אופנהיים, בזמן שידוע כי היחסים בין ר"ד אופנהיים לר"י אייבשיץ היו מתוחים מאוד. ראו דוגמאות במאמר זה ב"סיני". ממצאים חדשים בפולמוס מחקר של סיד להמן ושמעון שוורצפוקס, לפיו, בשנים האחרונות נמצא המקור הנוטריוני לקמיעות, ומהתבוננות בהם והשוואה לטענות ההתגוננות של הרב אייבשיץ, ניתן להסיק שהרב אייבשיץ למעשה מודה שמקור זה אמין, ומנגד בהסתייגות מסוימת, שעמדת הרב עמדן מוצדקת. חיי מוהר"ן תסג השוואת התלמוד המצונזר של פראג וכן טענות רבי יעקב עמדין (אנגלית, אן דימיין ליין) המשך מאמרו של סיד להמן, "ממצאים חדשים בפולמוס" מסמך זה פורסם לראשונה בידי גרץ, והיו שפקפקו באמינותו, אך עקבות ותמונות מוכיחים שהוא אכן מהימן. כשרב מואשם בכפירה - מאמרו של סיד להמן על יחסו של הנודע ביהודה לרבי יהונתן אייבשיץ Raphael Patai. The Jews of Hungary: History, Culture, Psychology. Wayne State University Press, 1996. עמ' 228. בספרו, רבי יעקב עמדין פרסם התכתבות מוקדמת עם קרוב משפחתו שהודח מהרבנות בפראג, לאחר שכבר מונה, אך בטרם עזב את מקומו באמסטרדם בעקבות התנגדותו לאייבשיץ. הוא פרסם את חשדו שהרב לנדא פנה לפשרה על מנת לזכות במשרת רבנות פראג. דברי ימי ישראל היינריך גרץ ערך 'אייבשיץ יהונתן'. צילום מכתב התומך בכך שהרב אייבשיץ לא היה שבתאי. המכתב של נפתלי הירץ ויזל פורסם בידי רבנים מתנגדי הרפורמה אך גם מתנגדי השבתאים והפרנקיסטים במסגרת המאבק בהם, וכן התפרסם בעיתון המליץ מהדורה 48, עמוד 3 מתוך 8, 'מכתב על דרך הקבלה' 5 ביולי 1886. (התמונה ממאמר באתר 'על הקו הראשי') ראו ראובן מרגליות, א. סיבת התנגדותו של רבינו יעקב מעמדין לרבינו יהונתן אייבשיץ. ב. להקטגוריה שנתחדשה. תל אביב, תש"א; ותגובתו של גרשם שלום, "לקט מרגליות", הוצאת שוקן, תל אביב, תש"א-1941, שפורסמה שוב בספרו, מחקרי שבתאות (ההדיר יהודה ליבס), הוצאת עם עובד, תל אביב, תשנ"ב (להלן: "מחקרי שבתאות"). ראו בפרט פרק שמיני, עמ' 655 - 733, וכן בנספחים הביבליוגרפיים מאת פרופ' יהודה ליבס, בעמ' 679, 705 - 706; ראו גם א. השילוני (הוא יצחק רפאל), לפולמוס המחודש על שבתאותו של רבי יונתן אייבשיץ, ירושלים: ספרית "במישור" ה', אגוד סופרים דתיים, תש"ב-1942. סיני כרך עד עמוד רעב 'ניצחונה של סניגורה' הערה 18 ספר 'הרב רבי יהונתן אייבשיץ', של הרב גרינוואלד להגנה מפני טענות השבתאות, עמודים 75–76 ובהערות שם, מביא גידופים של רבי יעקב עמדין נגד הגאון מווילנה שלכאורה תמך ברב יהונתן, ושבמכתב לרב עמדין קרא לו "ספר תורה שרוי בצער". לטענת מחבר הספר, עם הזמן התברר לרב עמדין מעמדו של הגאון מווילנה בעיני יהודי ליטא, ולאור זאת החליף את טיעונו וקבע שהמכתב אליו מהגאון מווילנה היה מזויף. בנוסף, בספרו, האשים רבי יעקב עמדין את הרב לנדא (הנודע ביהודה) בכך שהצעת הפשרה באה ממניע אישי, כי קיבל מינוי רב בפראג, לאחר שמקרובו של הרב עמדין נמנעה רבנות זו, והמינוי בוטל כשהביע את התנגדותו לרב אייבשיץ. הרב מרגליות מציין שרבי יעקב עמדין עצמו כותב בתשובה שאם היו עדים נאמנין שניטל לב התרנגולת יש לאוסרה כפסק השולחן ערוך, וכל היתרו של אביו היה בגלל שההשגחה על התרנגול הייתה על ידי 'ריבה אחת' בלבד. וזאת למרות שהחכם צבי כותב במפורש בתשובה שאפילו אם יבואו עדים נאמנין אין לסמוך עליהם. ודבריו של רבי יעקב עמדין הם כשיטת רבי יהונתן אייבשיץ ממש שבעדים נאמנין יש לאסור סדרה של שלשה מאמרים על שבתאותו של רבי יהונתן אייבשיץ כשהרב מואשם בכפירה בידי שניאור זלמן להמן (אנגלית) על החרם שהשית הפני יהושע, על עמדת הנודע ביהודה והסתירה לכאורה בין הפשרה המוצעת לעדותו בשגרירות דנמרק ועל עמדת הגאון מווילנה בפולמוס. הסדרה נכתבה לקראת סדרת הרצאות שניתנו בה'תשנ"ח (1998) במרכז זלמן שזר לזכרו של פרופסור יצחק טברסקי עלון השבת 'נר לשבת' לפרשת כי תבוא ה'תש"ע (אתר ארגון תימנים, בקישור מאתר שטייגן) צדקת הצדיק: יחס הגאון מווילנא ותלמידיו לגבי שבאות (מסמך וורד) פרופ' יהודה ליבס (אתר האוניברסיטה העברית) "הספר ו"אבוא היום אל העין": שייכותו לר' יהונתן איבשיץ וערכו להבנת המחלוקת בין הרב יהונתן איבשיץ והרב יעקב עמדין", משה אריה פרלמוטר, דפוס הארץ ה'תש"ז (1947) על עמדת הדתיים והרבנים בימינו ניתן לעמוד ממאמרו של הרב חיים ראובן רבינוביץ על רבי יהונתן אייבשיץ הודפס בסיני (כתב עת) ה'תשכ"ה (1965). באתר דעת עמדין יעקב, ב"אנציקלופדיה יהודית" באתר "דעת". המאמר מצטט את הירחון לחכמת היהודים בגרמנית מ-1882. עותק דפוס אלטונה ה'תקכ"ג (1763) בחייו של הרב יהונתן, הוחלף בטעות באתר HebrewBooks עם עותק ורשה תרל"ה.