האינתיפאדה השנייה

האינתיפאדה השנייה (הקרויה בפי הפלסטינים אינתיפאדת אל-אקצא בערבית: انتفاضة الأقصى; תעתיק מדויק: אנתפאדת אלאקצא) הייתה התקוממות פלסטינית אלימה נגד מדינת ישראל, שהחלה בסוף ספטמבר 2000. הכינוי שניתן על ידי צה"ל לאירועים אלה (עוד לפני פריצתם) היה "אירועי גאות ושפל". כינוי זה נותר קוד פנימי במערכת הביטחון; השם הנהוג בישראל כיום הוא "האינתיפאדה השנייה", להבדיל מהאינתיפאדה הראשונה. התקוממות אלימה זו כללה בתחילתה מהומות ופעולות מחאה בדרגות אלימות שונות, אך במהרה הפכו פעולות טרור ולוחמת גרילה לביטויה המרכזי. מאפיין מובהק של הפעילות הפלסטינית במאבק זה היה שימוש נרחב בפיגועי התאבדות נגד אזרחי מדינת ישראל, שהחלו כבר באוקטובר 2000, כחודש לאחר תחילתה והתגברו ככל שנמשכה. תחילתה של האינתיפאדה הובלה על ידי ארגון הפת"ח, ובהמשך הצטרפו ארגון הג'יהאד האסלאמי והחמאס שהובילו את הפעילות האלימה. את פעולות הטרור נגד הישראלים ביצעו כלל הארגונים הפלסטינים כאשר החמאס היה הדומיננטי שבהם. האינתיפאדה השנייה מוטטה כמעט לחלוטין את הסכם אוסלו מ־1993, והסלימה את הסכסוך לרמה שלא נראתה זה עשרות שנים. במהלכה נמנו אלפי קורבנות בשני הצדדים, הן בקרב הלוחמים והן בקרב האזרחים. האינתיפאדה גרמה גם למיתון בישראל, אשר שיאו היה בשנים 2002 ו-2003 ולפגיעה קשה בכלכלה הפלסטינית. נקודת המפנה באינתיפאדה השנייה הייתה מבצע חומת מגן באביב 2002 בו צה"ל השתלט מחדש על מרכזי הערים הפלסטיניות ומחנות הפליטים ביהודה ושומרון, תוך מעצרם וחיסולם של מאות מחבלים, והחל בפעילות יום-יומית לסיכול הטרור הפלסטיני, בסיוע השב"כ והימ"מ. הפעילות הביטחונית, בשילוב בניית גדר ההפרדה ומותו של יאסר ערפאת בסוף 2004, הביאו לדעיכת גל הטרור ביהודה ושומרון. בעקבות יישום הסכמי אוסלו, נסוג צה"ל מאזורי יישוב פלסטיניים ביהודה, שומרון וחבל עזה, שעברו לשליטת הרשות הפלסטינית. במסגרת הרשות הפלסטינית הוקמו מנגנוני ביטחון שהיו אחראים על הביטחון ושמירת הסדר בשטחים שבשליטת הרשות הפלסטינית. בספטמבר 1996 פרצו מהומות מנהרת הכותל, שהיו סדרת קרבות קשים בין חיילי צה"ל לשוטרים פלסטינים בנקודות שונות, ובהם נהרגו 17 חיילי צה"ל וכ־100 פלסטינים. המהומות הראו כי צה"ל לא היה ערוך לאפשרות של עימות רחב היקף עם פלסטינים חמושים. בעקבות האירועים החליט הרמטכ"ל שאול מופז על הכנות מקיפות לקראת עימות עתידי דומה עם הפלסטינים, כאשר על ההכנות הופקד גל הירש כקצין אג"ם באוגדת איו"ש. גל מהומות קצר התרחש ב-15 במאי 2000, שבו היו אירועי ירי פלסטינים בחסות הפרות סדר, וניסיון לפגוע בגל הירש, שהיה אז מח"ט בנימין. האירועים שבישרו את האינתיפאדה שככו לאחר יום קרב והבאת מסוקי קרב וכוחות שריון. בעימותים נהרגו 8 פלסטינים, ונפצעו מספר חיילי צה"ל. בין 11 ל-25 ביולי 2000, כחודשיים לפני פרוץ האינתיפאדה, נערכו שיחות קמפ דייוויד בתיווכו של נשיא ארצות הברית ביל קלינטון; בין משלחת ישראלית בראשות ראש הממשלה אהוד ברק לבין משלחת פלסטינית בראשות יו"ר הרשות הפלסטינית יאסר ערפאת, בניסיון להגיע להסדר קבע בין ישראל לפלסטינים. הצד הישראלי, בעידוד אמריקאי, הציע הסכם שבמסגרתו תוקם מדינה פלסטינית על 90% משטחם של יהודה, שומרון ורצועת עזה. הצד הפלסטיני בראשותו של ערפאת דחה הצעה זו, וגרס כי הצעותיו של ברק לא היו רציניות ולא פתרו בעיות מהותיות בסכסוך, כגון בעיית הפליטים ומחלוקות טריטוריאליות. העמדה הישראלית הרשמית גרסה כי הפלסטינים לא רצו להגיע לוויתורים בנושאים מרכזיים, כדוגמת מעמדה של ירושלים והר הבית, זכות השיבה והכרזה על סיום הסכסוך הישראלי-פלסטיני. עם זאת, חוקר הסכסוך שאול אריאלי, שעמד בראש המנהלת להסכם הביניים, טוען בספרו כי הצעתו של ברק הייתה מופרכת ולא רצינית, ונועדה להוות בסיס למשא ומתן בלבד, וכן כי השאיפה הישראלית בהסכם הייתה לא ריאלית, ולא הלמה את הפירוש המקובל להחלטות 242 ו-338 של מועצת הביטחון של האו"ם. הנשיא ביל קלינטון, שהיה השותף המרכזי לשיחות, צידד בעמדה הישראלית והאשים את ערפאת בכישלון השיחות. בציבור הישראלי זכורה אמירתו של ברק בעקבות קמפ דייוויד לפיה "אין פרטנר פלסטיני", אלא שמספר יועצים פוליטיים שהגו את הקמפיינים שהדהדו מסר זה טענו בדיעבד שדובר היה במסר שנועד לצרכים פוליטיים פנים ישראליים, ואף כינו אותו "קמפיין שקרי" ו"ספין כוזב". אף על פי שרצח סמל גבעתי דוד בירי (נפצע אנושות ב-27 בספטמבר ומת מפצעיו למחרת, 28 בספטמבר 2000) נחשב לאירוע פתיחת האינתיפאדה, העילה הרשמית שהציגו הפלסטינים להתפרצות האירועים האלימים הייתה ביקורו של ראש האופוזיציה, אריאל שרון, בהר הבית, אירוע שקרה רק למחרת, ב-28 בספטמבר 2000. ישנן גם ראיות לכך שלאינתיפאדה היה תכנון פלסטיני מקדים. לדוגמה, עימאד אל-פאלוג'י, שהיה שר בממשלה הפלסטינית, צוטט באומרו כי האינתיפאדה תוכננה מיד לאחר כישלון שיחות קמפ-דייוויד ביולי באותה שנה. מאוחר יותר, הכחיש פאלוג'י את דבריו אלו. מחמוד א-זהאר, מבכירי חמאס, סיפר בריאיון לעיתון א-שרק אל-אווסט כי ערפאת נתן אור ירוק לחמאס לביצוע מספר פעולות טרור לאחר כישלון השיחות, והעביר נשק מהרשות הפלסטינית לחמאס לצורך כך. בריאיון טלוויזיוני שנערך עמה בסוף שנת 2012, טענה סוהא ערפאת שבעלה, יאסר ערפאת תכנן את האינתיפאדה השנייה. לדבריה, מחשש שיאונה לה רע, הוא אף ביקש ממנה להישאר בפריז לאור זה שהאינתיפאדה עתידה לפרוץ. מסעב חסן יוסף טען בספרו בן החמאס שהרשות הפלסטינית ראתה בביקורו של שרון הזדמנות להתקוממות שתוכננה יחד עם הסירוב להסכם בוועידת קמפ דייוויד כדי שיהיה אפשר להאשים את החמאס והפופולריות של הפת"ח תעלה. על פי תחקירים מאוחרים שנעשו בקהילת המודיעין, העימותים הראשונים פרצו כמחאה עממית, בעקבות כישלון השיחות המדיניות, שחיתות וליקויי תפקוד פנימיים של הרשות הפלסטינית, וכן אירוע ביקור שרון בהר הבית, כאשר ערפאת אשר יזם את גל המחאה העממי גם ניצל אותו לצרכים מדיניים. צה"ל לא היה ערוך לטיפול בהפגנות הפלסטיניות עקב חוסר באמצעים לפיזור הפגנות, דבר שהוביל להרוגים פלסטינים רבים בעקבות שימוש באש חיה, ולהתרחבות העימות. בעקבות ההתדרדרות, איבדה הרשות הפלסטינית את השליטה על השטח, ובציבור הפלסטיני נוצרה אנרכיה, כאשר קבוצות חמושות שונות פועלות ביוזמות עצמאיות. מנגד, דו"ח מיטשל, של הסנטור האמריקאי ג'ורג' מיטשל, שחקר את הנסיבות לתחילת האינתיפאדה, קבע: "אין לנו דרך להגיע למסקנות כי היה תכנון מכוון מראש של הרשות הפלסטינית לפתוח באלימות, או שהיה תכנון של ישראל להגיב בצורה שתביא לשפיכות דמים". יש שטענו שהנסיגה מדרום לבנון במאי 2000, שנתפסה ככישלון ישראלי בעקבות הלחץ הצבאי שהפעיל החזבאללה, הייתה מהגורמים שסייעו לפרוץ האינתיפאדה, שמועד התפרצותה נחזה על ידי צה"ל בדיוק של רבעון. אחרים טענו כי פעולות צה"ל קודם העימות הובילו במידה רבה להתפרצות. לטענה זו, שיחות קמפ דייוויד היו מוצלחות, שכן לאחריהן המשיך ברק במשא ומתן עם הפלסטינים ואף הציע להם הצעות נדיבות מאלה שהציע בוועידת הפסגה. אלא שההכנות שצה"ל ערך לקראת לחימה, בהתבסס על הערכת מודיעין שצפתה עימות עתידי מול הפלסטינים, העבירה לפלסטינים מסר לפיו ישראל מתכוננת לעימות צבאי, וכך הפכה הערכת המודיעין לנבואה המגשימה את עצמה. בקרב ציבור הימין יש הטוענים כי הסכמי אוסלו היוו זרז וגורם משמעותי לפרוץ האינתיפאדה. ערכים מורחבים – מהומות הר הבית (2000) פרשת מוחמד א-דורה, הלינץ' ברמאללה, אירועי אוקטובר 2000 בעקבות כישלון שיחות השלום בוועידת קמפ-דיוייד שנערכה ביולי 2000 גבר המתח בשטחי יהודה ושומרון, ולאחר ביקורו של ראש האופוזיציה, אריאל שרון, בהר הבית בסוף חודש ספטמבר הסלים המצב. כוחות הביטחון העריכו כי הביקור יעבור בשלום והחליטו לאשר את קיומו. ב־28 בספטמבר קיים אריאל שרון, מלווה בשמירה כבדה, את ביקורו המתוכנן בהר הבית בליווי שישה חברי כנסת מהליכוד. מאות פלסטינים שהיו במקום התעמתו עם שוטרים שהופקדו על אבטחת הביקור, ובעימותים נפצעו כ־20 שוטרים וכעשרה פלסטינים. למחרת ביום שישי ה־29 בספטמבר, ערב ראש השנה תשס"א, החריפו המהומות וחלה הסלמה ניכרת בעימותים בהם נהרגו ישראלי ושבעה פלסטינים: בבוקרו של היום נרצח בקלקיליה קצין משמר הגבול יוסף טבג'ה, בעת אחד הסיורים המשותפים של צה"ל והמשטרה הפלסטינית, על ידי שוטר פלסטיני שהשתתף בסיור. לאחר תפילת הצהרים בהר הבית, פרצו מהומות שהחלו כמחאה על ביקורו של שרון בהר ביום הקודם. המתפרעים יידו אבנים לעבר רחבת הכותל המערבי, שפונתה. בתגובה פרצה המשטרה להר דרך שער המוגרבים והשתלטה על רחבת ההר תוך שימוש באש חיה ממנה נהרגו ארבעה פלסטינים וכ-200 נפצעו. עוד שלושה פלסטינים נהרגו במהומות שפרצו במקומות אחרים במזרח ירושלים. החדשות מהר הבית על ההרוגים הביאו לפרוץ גל הפגנות ומהומות ברחבי יהודה ושומרון עוד באותו יום, והגל התפרץ במלוא עוזו למחרת ונמשך פרק זמן ארוך יחסית. ב-30 בספטמבר הפיצה רשת הטלוויזיה הצרפתית France 2 סרטון ודברי קריינות המתארים את מותו של הילד הפלסטיני מוחמד א-דורה, שנקלע עם אביו להפגנה אלימה מלווה בחילופי אש בצומת נצרים. הסרטון מתאר את ניסיונו של א-דורה לתפוס מחסה, יחד עם אביו, ואת מותו של הילד לאחר שנפגע מירי. קריינות הצילומים קבעה שא-דורה נהרג מירי מעמדת צה"ל בצומת ותחילה ישראל אף לקחה אחריות והתנצלה על התקרית. האב וילדו היו בקו האש בתוך חילופי היריות שהתרחשו באותו הזמן. הסרטון הוקרן פעמים רבות בטלוויזיה הפלסטינית והסעיר את הרוחות ומוחמד א-דורה הפך לסמל פלסטיני. מאוחר יותר פורסמו תחקירים שונים המטילים ספק באמינות הסרטון וישראל חזרה בה מלקיחת האחריות, אך היה זה זמן רב לאחר שהסרטון תרם לשלהוב הרוחות. בהתפרעויות בקבר יוסף בשכם שאירעו ב־1 באוקטובר, השתלטו כוחות חמושים של המשטרה הפלסטינית על אתר התפילה היהודי שבקרבתו נמצא מחנה צה"ל. במהלך קרב היריות שהתפתח במקום דימם למוות שוטר משמר הגבול, מדחת יוסף, והפלסטינים לא אפשרו לפנותו לבית חולים. צה"ל נמנע כל העת מלפרוץ למקום, תוך שהוא סומך על הבטחותיו של ג'יבריל רג'וב לדאוג לפינויו של השוטר. הפינוי התעכב, והשוטר דימם למוות במשך כמעט ארבע שעות. גופתו פונתה עם הגעת הסיוע הפלסטיני שעות אחרי מותו. בדיקה של ועדה פרלמנטרית בנושא העלתה כי היה זה מחדל חמור של צה"ל. ישראל פינתה את הקבר ב-7 באוקטובר. לאחר הפינוי הרסו הפלסטינים את הקבר ובנו במקום מסגד. ב־12 באוקטובר התבצע לינץ' בשני חיילי מילואים ישראלים שנכנסו בטעות לרמאללה. השניים נעצרו בידי המשטרה הפלסטינית ונלקחו לתחנת משטרה ברמאללה. המון זועם פלש לתחנה, ויחד עם שוטרים פלסטינים הכה את שניהם למוות, השליך את גופותיהם דרך החלון ובהמשך התעלל בהן. צוות טלוויזיה איטלקי תיעד את הלינץ' ושידר את התמונות. הלינץ' עורר את זעמה של דעת הקהל הישראלית, ותמונת הרוצחים המנופפים את ידיהם מגואלות הדם בשמחה דרך החלון נהפכה לסמל. בתגובה למעשה, ישראל הפציצה מבנים של הרשות הפלסטינית והחלה במצוד אחרי מבצעי הלינץ'. לבסוף נעצרו כל מבצעי הלינץ' על ידי צה"ל. אירועי האינתיפאדה כללו בתחילתם מהומות ספונטניות לצד הפרות סדר מאורגנות. במהלך התקהלויות אלו, ירו חמושים פלסטינים ובהם שוטרים, אש חיה על כוחות צה"ל. צה"ל הגיב בירי מסיבי, ובבדיקה שנערכה שבועות ספורים לאחר תחילת האירועים התברר שבימים הראשונים לאירועים נורו כמיליון קליעים על ידי צה"ל. המהומות גלשו בימים הראשונים אל תוך ישראל, בעקבות הפגנות המוניות שערכו ערביי ישראל כמחאה על ההרוגים בהפגנות ובהתפרעויות הפלסטיניות. במהלך ההפגנות נחסם כביש נחל עירון, כמו גם כבישים נוספים בסמוך ליישובים ערביים, הוצתו יערות ומבני ציבור ויודו אבנים ובקבוקי תבערה לעבר כוחות המשטרה. משטרת ישראל ומשמר הגבול הגיבו בירי אש חיה לעבר המפגינים. בתקופת המהומות אירעו גם תקיפות נגד אזרחים ערביים, מוסדותיהם ורכושם בידי ציבור יהודי. במהלך המהומות נהרגו מירי המשטרה 12 ערבים ישראלים ופלסטיני אחד. כמו כן נהרג נוסע יהודי ישראלי בכביש החוף, מאבן שנזרקה על מכוניתו. הנהגת ערביי ישראל דרשה מהממשלה בראשות אהוד ברק להקים ועדת חקירה ממלכתית לבדיקת האירועים, והממשלה נעתרה לכך. בראש ועדת החקירה הממלכתית לבירור ההתנגשויות בין כוחות הביטחון לבין אזרחים ישראלים באוקטובר 2000, עמד השופט תיאודור אור (לכן כונתה "ועדת אור"). במסקנותיה מתחה הוועדה ביקורת קשה על שרים בממשלה, על קצינים במשטרת ישראל, ועל מנהיגים בציבור הערבי הישראלי. כיוון שהממשלה ממילא התחלפה, השרים שעליהם נמתחה הביקורת כבר לא כיהנו. גם הקצינים שספגו את מרב הביקורת פרשו מהמשטרה עוד בטרם פורסמו ההמלצות. עם זאת, הביקורת של הוועדה עוררה כעס רב הן בקרב שרים וחברי כנסת והן בהנהגת הציבור הערבי. החל מהימים הראשונים של האינתיפאדה נורתה אש מנשק קל מהעיירה הפלסטינית בית ג'אלא על שכונת גילה בדרום ירושלים (השכונה נמצאת מדרום לקו הירוק בשטח שהוחלה עליו ריבונות ונוסף לשטח המוניציפלי של ירושלים ב־1967). על אף שלא היו הרוגים מאש זו, המצב שבו פלסטינים יורים על שכונה בירושלים היה בלתי נסבל מבחינת ישראל שבתגובה ביצעה פעולות קשות נגד בית-ג'אלא, אף שהיורים לא היו מבין תושביה. הירי על גילה נפסק לחלוטין רק לאחר מבצע חומת מגן. מקום נוסף אשר ספג ירי לאורך שנות האינתיפאדה הוא היישוב פסגות בבנימין צפונית לירושלים. הירי בוצע מאל בירה הסמוכה ליישוב וגם כאן לא היו נפגעים בנפש אולם תושבי היישוב ספגו פגיעות רבות ברכוש וכן פגיעה בחיי היום יום מכיוון שהירי בוצע באופן יום-יומי. הירי נפסק לחלוטין רק לאחר מבצע חומת מגן. בתחילת שנת 2001 חידשו הפלסטינים במרכזי הערים בישראל את פיגועי ההתאבדות (בערבית הם כונו: عمليّات استشهاديّة, "עמליאת אסתשהאדיה" – "פעולות הקרבה"), שהפכו במרוצת הזמן לביטוי המרכזי של ההתקוממות. אחד האירועים שהשפיעו במידה הרבה ביותר על התפרצות האינתיפאדה היה כישלונה של ועידת קמפ דייוויד שנערכה ב־12–25 ביולי 2000. התפוצצות ועידה זו, כמו גם כישלון פסגת המילניום שנערכה בתחילת ספטמבר וכישלון השיחה בין ברק לערפאת ב־25 בספטמבר תרמו לתחושת האין ברירה שליוותה את פריצת האינתיפאדה. לאחר ועידת קמפ דייוויד הודיע ברק כי "נתן הכול לפלסטינים" והם סירבו, הודעה זו בסיוע הודעה דומה של הנשיא קלינטון תרמה לתחושה זו בישראל. במהלך האינתיפאדה השנייה התיאום הביטחוני נפסק לעיתים, והוא לא פעל ביעילות בשנים 2000 עד 2006. תחילתה של האינתיפאדה לוותה בפרץ של פעילות מדינית; ב־4 באוקטובר נערכה פסגה בפריז, בין ברק וערפאת בהשתתפות מדליין אולברייט, מזכירת המדינה האמריקנית. ב־17 באוקטובר נערכה פסגת שארם (2000) בהשתתפות קלינטון, מובארק, ברק וערפאת. ב־23 בדצמבר פורסם מתווה קלינטון להסדר הקבע. ב־21–27 בינואר 2001 נערכה ועידת טאבה. בין הוועידות התנהלו מגעים אינטנסיביים ביותר להשיג הסדר מדיני כלשהו או לפחות הפסקת אש.[דרוש מקור] מאמצים אלו סוכלו מסיבות שונות, בהן הערכתו הגוברת של ערפאת כי המשך האש יביא לתוצאות מדיניות חיוביות מבחינתו ואי רצונו להתעמת עם גורמי השטח שחתרו להסלמה. מהצד הישראלי ניתן למנות את חולשתו של ראש הממשלה, את חוסר האמון בפלסטינים שחלחל גם לגורמים שקודם לכן היו מאמינים אדוקים בתהליך השלום, ואת המעבר לפעילות צבאית בעלת אופי שנקבע ברמה המקומית (והתעלם לעיתים קרובות מהשלכות נרחבות יותר). החל מהתפטרותו של ברק, ב־9 בדצמבר, החלו להיערך גם מגעים חשאיים בין ראש האופוזיציה שרון לבין ערפאת. מרבית מגעים אלו התנהלו בציר עמרי שרון-מוחמד ראשיד. לאחר בחירתו של שרון לראשות הממשלה, הפכו מגעים אלו לרשמיים והחלו לכלול גם מגעים עם ערפאת (שרון האב סירב לפוגשו). מגעים אלו היו פחות נמרצים אולם נמשכו למעשה עד לפרשת קארין איי בתחילת 2002. החל מבחירתו ועד לאמצע אוקטובר 2001 העמיד שרון דרישה מקדימה לשבעה ימי שקט מוחלט, ללא טרור, כתנאי לפתיחת משא ומתן מדיני עם הפלסטינים. עמדה זו אף אומצה על ידי ממשל בוש ב־28 ביוני 2001. לצורך שיפור התמודדות עם התקשורת בשפה הערבית אופיר גנדלמן מונה לדובר משרד החוץ בערבית (תפקיד חדש שלא היה קיים קודם). המאפיין העיקרי של האינתיפאדה השנייה היה גל פיגועי ההתאבדות, שבוצעו בידי כל ארגוני הטרור הפלסטינים ואף בידי נשים וילדים. פיגועי ההתאבדות גרמו למאות הרוגים ואלפי פצועים בישראל. בסך הכל, נרצחו באינתיפאדה למעלה מ-1,100 ישראלים ונפצעו כ־8,000. בתחילת שנת 2001, בעקבות הוראתו של ערפאת, שוחררו כל המחבלים – לרבות פעילי חמאס והג'יהאד האיסלאמי – מכלאי הרשות והחלו לפעול לביצוע פיגועים. גורמי מודיעין בישראל העריכו בדיעבד כי הוראה זו ניתנה בכינוס של נציגי הארגונים עם ערפאת שנערך ברמאללה ב־11 בפברואר. חלק גדול מהפיגועים ב־2001 היה מכוון אל אזור העמקים והשרון (חדרה, עפולה, כפר סבא ונתניה), שהיה פרוץ יחסית ושכן קרוב למרכזי הטרור של ג'נין ושכם. ברצועת עזה החל ירי מרגמות החל מסוף ינואר, ב־30 בינואר נורו לראשונה מרגמות לעבר נצרים ואילו הירי הראשון לכיוון שדרות בוצע ב־16 באפריל (והביא לכניסה של צה"ל לבית חנון). בין הפיגועים הבולטים שבוצעו עד אמצע שנת 2001: רצח התינוקת שלהבת פס ב־26 במרץ בידי צלף פלסטיני בחברון, פיגוע בקניון בנתניה ב־18 במאי שבו נרצחו 5 ישראלים ופיגוע ההתאבדות בדולפינריום ב־1 ביוני, שבו מחבל מתאבד מחמאס רצח 21 צעירים. שרון החליט להגיב באיפוק על הפיגוע בדולפינריום ולתת לרשות הפלסטינית הזדמנות לפעול. בתחילת יוני סוכם על הפסקת אש בתיווכו של ג'ורג' טנט שהיה אז ראש ה-CIA וב־13 ביוני סוכם על קבלת תוכניתו לרגיעה, אולם לאחר ירידה באלימות לקראת ביקור מזכיר המדינה האמריקני קולין פאואל באזור ב־28 ביוני, התחדשה האש. חוסר פעולתה של הרשות הפלסטינית, ופיגועי טרור נוספים בקיץ (הקשה שביניהם היה הפיגוע במסעדת סבארו ב־9 באוגוסט שבו נרצחו 16 איש) גרמו מהר מאוד לאובדן האמון ברשות הפלסטינית ודרישה לתגובה צבאית תקיפה ונחרצת נגד הטרור. ההתנקשות בשר רחבעם זאבי שבוצעה ב־17 באוקטובר 2001 גרמה להסלמה נוספת כאשר צה"ל נכנס לכמה מהערים הפלסטיניות בגדה. ב־1 בדצמבר וביום שלמחרת בוצעו שני פיגועי התאבדות. לעומת זאת באמצע דצמבר נראה שהמצב נרגע כאשר ערפאת נאם בערבית ב־16 בדצמבר נגד הפיגועים, ב־22 בדצמבר אמנם נאסר על ערפאת לצאת למיסה בבית לחם, אולם למחרת נחשף סיכום על הפסקת אש (שנחתם על ידי שמעון פרס ואבו עלא). בסוף דצמבר נראה היה כי משתרר שקט ואנתוני זיני שהגיע כשליחו של נשיא ארצות הברית בוש ב־3 בינואר 2002 היה אמור למצוא אזור שקט. ב־2 בינואר תפסה ישראל את אוניית הנשק קארין איי. חשיפת הקשרים של המבריחים עם הרשות הביאה להתדרדרות מדינית מהירה, לצד נתק ביחסים של ארצות הברית עם הרשות הפלסטינית, קריאתה להחלפת ההנהגה הפלסטינית, ומתן יד חופשית לישראל לפעול כנגד הטרור. ב-10 בינואר הותקף מוצב אפריקה, הממוקם ליד מעבר כרם שלום, בהתקפה נהרגו 4 חיילים ישראליים מגדוד הסיור המדברי והשקט התערער. ב־14 בינואר נהרג בכיר גדודי חללי אל-אקצא ראאד כרמי, מה שהביא לכניסת הפת"ח למעגל הפיגועים בתוך תחומי הקו הירוק. למרות ההצלחה הראשונית באירועי פתיחת האינתיפאדה, צה"ל לא הצליח להתמודד היטב עם המשך אירועי האינתיפאדה, התקשה להגן על צירי התנועה הארוכים ביהודה ושומרון מפיגועי ירי, ולמנוע מעבר מחבלים מתאבדים משטחי יהודה ושומרון לתוך ירושלים וישראל של הקו הירוק. בתחילת תקופה זו נמנע צה"ל מכניסה לשטחי A שהיו בשליטה פלסטינית מלאה מחשש לנפגעים רבים, אך החל משלהי 2001 החלו מבצעים בודדים שכללו כניסה לערים פלסטיניות ומחנות פליטים. הצלחת מבצעים אלו העלתה את הביטחון ביכולותו של צה"ל לפעול בשטחים פלסטינים בעיני מפקדיו והדרג המדיני. ערכים מורחבים – מבצע חומת מגן התדרדרות צבאית חלה גם בשטחי יהודה ושומרון כשב־19 בפברואר נהרגו 6 חיילים בפיגוע במחסום עין עריכ על ידי חוליה פלסטינית, ושלושה ימים לאחר מכן הרג צה"ל 50 שוטרים פלסטינים במבצע הגדול הראשון נגדם. ככלל, החל מאמצע ינואר 2002 שוב גבר הטרור, והגיע לשיאו בחודש "מרץ השחור", שבו נרצחו למעלה מ־135 ישראלים בפיגועי התאבדות בישראל שהתרחשו בתדירות יום-יומית: ב־2 במרץ נרצחו 11 אזרחים בשכונת בית ישראל בירושלים, למחרת נרצחו 7 חיילים ו־3 אזרחים ליד עפרה, ב־7 במרץ נרצחו 5 מתלמידי הישיבה בעצמונה, ב־9 במרץ נרצחו 11 בפיגוע בקפה מומנט בירושלים, ב־20 במרץ נרצחו 7 בפיגוע באוטובוס בוואדי עארה, והשיא היה בפיגוע במלון פארק בנתניה בליל הסדר, ה־27 במרץ שבו נרצחו 30 איש. בסה"כ אירעו ב־27 הימים הראשונים של מרץ 23 פיגועים בשטחי יהודה ושומרון ובשאר שטחי מדינת ישראל. בתגובה לאירועים אלו תקפה ישראל את השוטרים הפלסטינים ואת ארגוני הטרור במתקפה חסרת תקדים וב־10 במרץ הודיע הרמטכ"ל מופז כי כ־200 פלסטינים נהרגו על ידי ישראל. ניסיון של שרון למנוע את התדרדרות המצב על ידי ויתור על הדרישה של "שבעת ימי השקט" ב־8 במרץ לא הצליח למנוע את ההתדרדרות המהירה במצב. גם הגעתו של זיני השליח האמריקאי לאזור ב־14 במרץ לא מנעה את התדרדרות המצב. בסופו של דבר לאחר הפיגוע בנתניה בערב ליל הסדר הורתה ממשלת ישראל על פתיחת מבצע חומת מגן, שבמהלכו נכבשו כמעט כל הערים הפלסטיניות בשטחי יהודה ושומרון. במסגרת המבצע, נהרגו כ-500 פלסטינים, נתפסו מבוקשים רבים, הוחרמו מאות כלי נשק שונים, ואף נתפסו מסמכים רבים הקושרים את ערפאת ואת הרשות הפלסטינית לפעילות טרור. ערפאת עצמו בודד במוקטעה שברמאללה, לאחר שרובו של המבנה השלטוני נהרס, ולא הורשה לצאת משם. מוקדי ההתנגדות החזקים ביותר במבצע, היו שכם וג'נין. בקרב בג'נין השתמש צה"ל בדחפורי D9 משוריינים על מנת להכריע את הפלסטינים החמושים, להרוס תשתיות טרור ולסלק מטעני חבלה. דחפורים אלו השאירו הרס במחנה הפליטים ג'נין. בבית לחם ברחו מבוקשים לתוך כנסיית המולד, ורק ולאחר משא ומתן ממושך והתערבות של מדינות שונות, הם יצאו והיגרו למדינות שהסכימו לקלוט אותם. מאז המבצע יצא צה"ל מערים אלה וחזר אליהן פעמים אחדות. כניסת כוחות צה"ל לערים נעשו על פי רוב לפי צרכים מבצעיים, במיוחד לפי התרעות ממוקדות על מעבדות נפץ ופיגועי התאבדות. גם במהלך המבצע ואחריו התרחשו פיגועי תופת נגד ישראל (ב־29 במרץ התאבדה איאת אל-אח'רס בירושלים והרגה שני אזרחים, ב־31 במרץ התרחשו פיגוע במסעדת מצה בחיפה שבו נרצחו 15 איש ופיגוע באפרת שבו נפצעו 6 אנשים), אך הם פחתו באופן ניכר ומוקד הפעילות הדרים לאזור חברון וההתקפות עברו אל תל אביב וירושלים מאחר שמרכזי הטרור בג'נין ושכם ספגו מכות קשות במבצע "חומת מגן". התחדשות הפיגועים הביאה לקראת סוף יוני את ישראל לפתוח במבצע דרך נחושה. מבצע זה היה למעשה רצף ארוך של פעילות נגד ארגוני הטרור הפלסטיניים בגדה המערבית, שמייצב תפישה מבצעית חדשה בכל הנוגע למלחמה בטרור ביהודה ושומרון. בניגוד למבצע חומת מגן שבו הופעלה מסה צבאית באופן מרוכז, במבצע הופעלו הכוחות באופן מבוזר, במאות פעולות נקודתיות שבוצעו באופן אינטנסיבי ומתחדש. למעשה, במהלך המבצע נפרשו כוחות צה"ל באופן קבוע בשטחי יהודה, שומרון ועזה והקימו מערך הגנה וסיכול שכלל גם שינויים בשטח (הקמת גדרות, חפירת תעלות, הצבת מחסומים ועוד). ארגוני שמאל וארגוני זכויות האדם מתחו ביקורת על השיטות בהן נקט צה"ל, בייחוד על השימוש בעוצר, על הריסת הבתים והשימוש ב"נוהל שכן" ומאוחר יותר בנוהל סיר לחץ. הביקורת התבטאה גם בסרבנות מאורגנת לשרת בשטחים מצד התארגנויות של חיילים ("אומץ לסרב") ותנועות "יש גבול" ו"פרופיל חדש". באוגוסט 2002, לאחר סיום מבצע דרך נחושה, סיכמו ישראל והפלסטינים על תוכנית "עזה ובית לחם תחילה" שבו נסוגה ישראל משטחה של בית לחם ומחלק מהעמדות בעזה. תוכנית זו נחלה הצלחה בשלביה הראשונים, ובאמצע אוקטובר הורחבה גם לחברון. בעקבות סדרה של פיגועי ירי קטלניים, הפיגוע בחוות הדלק והגז פי גלילות ופיגוע התאבדות באוטובוס בתל אביב הטילה ישראל מצור נוסף על המוקטעה ברמאללה (מקום משכנו של ערפאת) בין 19 ל־29 בספטמבר אבל נאלצה לסגת בעקבות לחץ אמריקאי. תוכנית "בית לחם תחילה" שהורחבה ל"יהודה תחילה" התמוטטה בעקבות הפיגוע בציר המתפללים שאירע בחברון באמצע נובמבר וצה"ל חזר לשלוט ישירות בעיר ולאחר מכן גם בבית לחם. ב־2002 וב־2003 מיקדו המחבלים את התקפותיהם על אוטובוסים עמוסים במרכזי הערים הישראליות, אך בעיקר בירושלים, שהייתה הקרובה ביותר למרכזי הטרור בחברון ורמאללה. הפיגועים היו קטלניים ביותר וגרמו למאות הרוגים. הפיגועים הקשים באותה תקופה היו באוטובוס מספר 830 ליד צומת מגידו (17 הרוגים), באוטובוס מספר 32א בצומת פת בירושלים (19 הרוגים), במועדון "שפילד קלאב" בראשון לציון (15 הרוגים), באוניברסיטה העברית בירושלים (9 הרוגים), באוטובוס מספר 37 בחיפה (17 הרוגים) ובאוטובוס מספר 14א בירושלים (17 הרוגים). לחלק מהפיגועים סייעו אנשים מקרב ערביי ישראל וערביי מזרח ירושלים (שהם בעלי תעודת זהות כחולה). חוליית סילוואן ממזרח ירושלים, שהופעלה על ידי החמאס, הייתה אחראית לפיגועים בקפה מומנט, באוניברסיטה העברית, בשפילד קלאב בראשון לציון וכן בניסיונות לפיגועים והטמנת מטענים בתשתיות אסטרטגיות. החוליה נעצרה בידי השב"כ. בצפון ובמשולש נחשפו הן חוליות טרור של ערבים ישראלים והן סייענים שהסיעו מחבלים מתאבדים. שנת 2002 הייתה שנת השיא של העימות, ומבחינת ישראל גם השנה הקשה ביותר. במהלכה על פי נתוני השב"כ הוצאו נגד ישראל 53 פיגועי התאבדות, נרצחו 452 ישראליים ונפצעו 2,284. את המציאות הביטחונית הקשה בשנתיים הראשונות של האינתיפאדה תיאר השופט אהרן ברק בפסק דין שניתן בספטמבר 2002 בעניין העברת בני משפחות של מחבלים מתאבדים מיהודה ושומרון לרצועת עזה: מאז סוף חודש ספטמבר 2000 מתנהלת באזורי יהודה והשומרון וחבל עזה לחימה קשה. אין זו פעילות משטרתית. זהו סכסוך מזוין. במסגרתו בוצעו כ-14,000 פיגועים נגד החיים, הגוף והרכוש של אזרחים ותושבים ישראלים חפים מפשע ובהם זקנים וילדים, גברים ונשים. למעלה מ-600 אזרחים ותושבים של מדינת ישראל נהרגו. למעלה מ-4,500 נפצעו, חלקם באורח קשה ביותר.... השכול והכאב שוטפים אותנו. לחימתה של ישראל סבוכה היא. הצד הפלסטיני משתמש, בין השאר, בפצצות-אדם מונחות. מתאבדים אלה מגיעים לכל מקום בו מצויים ישראלים. הם זורעים הרג ודם בערים ובישובים. אכן, הכוחות הנלחמים בישראל הם טרוריסטים; הם אינם נמנים עם צבא סדיר; הם אינם לובשים מדים; הם מסתתרים בתוך האוכלוסייה הפלסטינית האזרחית באזור, לרבות במקומות קדושים; הם זוכים לתמיכת חלק מהאוכלוסייה האזרחית בכלל וכן לתמיכתם של בני משפחה וקרובים בפרט. — אהרן ברק במרץ 2003 מינה ערפאת את אבו מאזן לראש ממשלת הרשות הפלסטינית. מסוף אפריל עד יוני אירעו מספר פיגועים בולטים: ב-30 באפריל במייק'ס פלייס (3 הרוגים), ב-18 במאי בגבעה הצרפתית שבירושלים (7 הרוגים), ב-19 במאי בעפולה (3 הרוגים) וב-11 ביוני בקו 14 בירושלים (17 הרוגים). ב-26 ביוני נרצח עמוס מנטין, טכנאי בזק. מנגד בפעולה של צה"ל ב-1 במאי בשכונת סג'עיה בעזה נהרגו 13 פלסטינים וב־21 ביוני בפעולה של הימ"מ נהרג עבדאללה קוואסמה, בכיר חמאס בחברון. אבו מאזן פעל להשגת הודנה, שהוסכמה לבסוף ב־26 ביוני 2003 (לאחר ועידת עקבה). בתקופת ההודנה חלה ירידה גדולה בכמות הפיגועים, אך עדיין בוצעו מספר פיגועי התאבדות קטלניים. ישראל בתגובה המשיכה לפעול נגד מחבלים, שלטענתה היו בגדר "פצצות מתקתקות". למרות זאת, ההודנה הייתה תקופה של שקט יחסי ונרשם בה מספר נמוך של הרוגים. ההודנה התאפיינה במאמצים מדיניים סביב מפת הדרכים, כמו גם בניסיון חזרה לשיתוף פעולה ביטחוני בין ישראל והרשות הפלסטינית. ההודנה קרסה באופן מעשי ב־19 באוגוסט. שני הצדדים האשימו זה את זה בהפרת ההודנה – ישראל ציינה את הפיגוע בקו 2 בירושלים באותו יום (23 הרוגים, ביניהם 7 ילדים, ו-130 פצועים) ואילו הפלסטינים את חיסולם של מוחמד סידר ב־15 באוגוסט ושל אסמאעיל אבו שנב ב־20 בו. בעקבות קריסת ההודנה חידשה ישראל את מדיניות הסיכולים הממוקדים והחלה בסדרת פעולות ממושכת (אוגוסט–נובמבר) בחברון (ממנה יצא הפיגוע) שבהן נעצרו או נהרגו רוב מפקדי החמאס והג'יהאד האיסלאמי בעיר, ביניהם: נסים זעתרי, אחמד באדר, עז-א-דין מיסק ובאסל קוואסמה. בשלהי 2003 בוצעו פיגועי תופת נוספים נגד ישראל, חלקם בהכוונת החזבאללה וסוריה. ב־4 באוקטובר 2003 ביצע הג'יהאד האיסלאמי פיגוע התאבדות במסעדת מקסים בחיפה בו נרצחו 21 בני אדם. בעקבות הפיגועים תקף חיל האוויר ישראל מחנה אימונים של מחבלים בסוריה, בסמוך לעין-צאחב, במטרה לאותת לסוריה לרסן את מפקדות ארגוני הטרור בתחומה. כבר משנת 2003 החלה ירידה בכמות הפיגועים המוצלחים ובכמות הנפגעים מפעולות טרור, אך השינוי הגדול התרחש בשנת 2004, אז ירד מספר ההרוגים הישראלים בכ־45%. השינוי מיוחס לגדר ההפרדה שהוקמה סביב השומרון, למודיעין והכרת השטח של השב"כ, לשליטה המלאה של כוחות צה"ל במרחב ובערים הפלסטיניות ולסיכולים שביצעו הכוחות. מוקדי הטרור שנותרו ביו"ש היו הערים שכם, ג'נין וחברון – שכתוצאה מכך שהו תחת כתר ממושך והוקפו ברשת מחסומים. רוב מנהיגי הטרור ומהנדסי הנפץ בגדה – בייחוד אלה של החמאס, הג'יהאד האיסלאמי (גא"פ) וגדודי חללי אל-אקצא נהרגו או נעצרו בידי צה"ל בגל של פעולות מתמשכות ויום-יומיות. את החלל מילאו כנופיות מקומיות וחוליות תנזים שלדברי מומחים צבאיים מומנו והודרכו על ידי חזבאללה. בג'נין, זכה זכרייה זביידי לתשומת לב תקשורתית, בעיקר הודות לנגישות שהייתה לו לעיתונות הישראלית, לדמותו הציורית וכן לעניין שגילתה בו פעילת השמאל הרדיקלי טלי פחימה. סגניו של זביידי, מחמוד אבו שרף, מחמוד אבו ח'ליפה וכאמל טאהר – שהיו מעורבים במספר רב של פיגועים – נהרגו על ידי כוחות הביטחון של ישראל, אך זביידי הצליח להתחמק מניסיונות חיסול ולבסוף הכריז על הפסקת מעורבותו במעשי טרור, הכרזה שהקנתה לו חנינה זמנית מול צה"ל. במאי–יולי 2004 נערך בשכם מבצע אישית לוחצת בפיקוד מפקד אוגדת איו"ש, תא"ל גדי איזנקוט, במהלכו נהרגו כ-20 מחבלים ובהם מספר מחבלים ששימשו בתפקידים בכירים בארגוני הטרור. בספטמבר 2004, במהלך העבודה העיתונאית מטעם CNN בעזה נחטף על ידי חמושים פלסטינים העיתונאי ריאד עלי אך כעבור יממה הוא שוחרר. בנובמבר 2004 החל מצב בריאותו של ערפאת להתדרדר, והוא הובהל לאשפוז בפריז (בפעם הראשונה לאחר שנים שלא הורשה לצאת מהמוקטעה ברמאללה). כעבור שבוע מת ערפאת בבית החולים וראשי הפת"ח החליטו למנות את מחמוד עבאס (אבו מאזן) ליורשו. ב־9 בינואר 2005 נערכו בחירות לנשיאות רשות הפלסטינית ובהן זכה אבו מאזן. הפיגועים הבולטים שבוצעו בשנים 2004 ו־2005 היו באוטובוסים בירושלים (פיגוע אחד בוצע בסמיכות לדיון בבית הדין הבין-לאומי לצדק על גדר ההפרדה), פיגוע כפול בבאר שבע (16 נרצחו) וב־2005: פיגועי התאבדות של הג'יהאד האיסלאמי מטולכרם בתל אביב (ה־Stage, חמישה נרצחו) ונתניה (קניון השרון, 5 נרצחו) ופיגוע בשוק בחדרה (6 נרצחו). שנת 2004 התאפיינה בהרבה ניסיונות פיגוע אך גם בסיכולים מוצלחים רבים של כוחות הביטחון, אך רק בשנת 2005 חלה גם ירידה בניסיונות לבצע פיגועים. זאת עקב מותו של יאסר ערפאת, הסכם הפסקת האש שהשיג אבו מאזן עם ארגוני הטרור והתמקדות תשומת הלב העולמית ברצועת עזה עקב תוכנית ההתנתקות. בסוף ספטמבר 2005 נחטף בגדה ששון נוריאל על ידי החמאס במטרה להתמקח על שחרור אסירים (נוריאל לבסוף נרצח). חטיפה זו גרמה למעצרים המוניים של אנשי ארגוני הטרור במטרה למצוא את החטוף באמצעות חקירתם בישראל. מעצרים אלו לא עברו בשקט ובמהלכם נהרגו פלסטינים, כמעט כולם פעילי טרור, מה שגרם להתדרדרות משמעותית במצב ולגלישת האירועים גם לרצועת עזה. תשתית הג'יהאד האיסלאמי בטולכרם המשיכה לנסות להוציא פיגועי התאבדות נגד ישראל. רובם סוכלו, אך שניים מהם הצליחו, בחדרה ובקניון השרון בנתניה. בפיגועים אלה נרצחו 11 בני אדם. מחסום פתע של צה"ל מנע פיגוע תופת קטלני שכוון נגד מופעי הילדים בחופשת חנוכה, המחבל התפוצץ על המחסום ומהפיצוץ נהרגו קצין בצה"ל ו-3 פלסטינים. בינואר 2006 ניצח חמאס בבחירות לפרלמנט הפלסטיני ובמרץ החל במגעים להרכבת הממשלה. ב-4 בינואר 2006 לקה אריאל שרון בשבץ מוחי ואהוד אולמרט תפס את מקומו בראשות הממשלה כממלא מקום ראש הממשלה. חודש ינואר 2006 התאפיין בפיגועי ירי וסכינאות מצד הפת"ח, בהם נהרגו מספר ישראלים. חמאס הכריז על כוונתו לשחרר את רוצחי רחבעם זאבי ומזכ"ל החזית העממית לשחרור פלסטין אחמד סעדאת שהוחזקו בכלא יריחו במסגרת "הסכם רמאללה" שנחתם ב-2002. ב-14 במרץ 2006 עזבו הפקחים הזרים את הכלא מחשש לחייהם וכעבור זמו קצר החל מבצע הבאת ביכורים: כוחות צה"ל כתרו את המתחם וכלי צמ"ה ממוגנים החלו להרוס את המבנה עד שהמבוקשים הבכירים נכנעו והסגירו את עצמם. בעקבות המבצע איימו הפלסטינים, לרבות החמאס בגל פיגועי נקמה. מנגד, מצבה הכלכלי של הרשות הפלסטינית המשיך להתדרדר. ב-31 במרץ הצליח הפת"ח לבצע פיגוע התאבדות בקדומים בו נרצחו 4 אנשים. בשנים 2005–2007 עבר מרכז הטרור ביהודה ושומרון לשכם ומחנות הפליטים שמסביבה, ובמסגרת הפעילות הטרוריסטית גויסו אף נערים ותלמידי תיכון לבצע פיגועים (המפורסם שבהם הוא חוסאם עבדו בילאל שנתפס במחסום חווארה ב-24 במרץ 2004). צה"ל המשיך בפעילות סיכולית אינטנסיבית יום-יומית שכללה פשיטות, מעצרים, הריגת מחבלים ופיצוץ מעבדות נפץ. הפעילות נשאה פרי וכמעט כל הפיגועים שעמדו לצאת בשנים אלה סוכלו בידי כוחות הביטחון (צה"ל, שב"כ, ימ"מ ומג"ב). עקב דעיכת הטרור ביהודה ושומרון, ביצוע תוכנית ההתנתקות וניצחון חמאס בבחירות לפרלמנט הפלסטיני, עבר מוקד האלימות לרצועת עזה שם החלו ארגוני הטרור בירי רקטות קסאם לעבר יישובים ישראלים בעוטף עזה באופן קבוע. במהלך כל שנות האינתיפאדה יצאו רק מעט פיגועי התאבדות מרצועת עזה לישראל, בזכות הגדר המקיפה את הרצועה ומונעת מעבר אדם. פיגועים רבים נעשו נגד ההתנחלויות ברצועת עזה ונגד חיילי צה"ל. בנוסף, הקימו הפלסטינים ברצועה "ארגון גג" לארגוני ההתנגדות והטרור, שנקרא ועדות ההתנגדות העממית ומנהיגיו הבולטים היו ג'מאל אבו סמהדאנה ועבד יוסף קוקה. עיקר פעילות הטרור ברצועת עזה בשנים אלה כללה פיגועי ירי ומטענים אל עבר שיירות צבאיות ואזרחיות שנעו על הצירים ברצועה. זכור מכולם הוא הפיגוע באוטובוס הילדים ב-20 בנובמבר 2000, שבו נרצחו שניים מתושבי כפר דרום וילדים רבים נפצעו. בתגובה לפיגועים אלה נהג צה"ל לבתר זמנית את הרצועה ל-3 חלקים על ידי הקמת חסימות לאורך ציר טנצ'ר (המשתרע מצפון לדרום במרכז הרצועה) וחוף הים. בנוסף, דחפורים חישפו שטחים מסביב לצירי התנועה על מנת לתת מרחב התרעה לכוחות ולמנוע מהמחבלים מקומות מסתור שיאפשרו להם לבצע מארבי ירי או להטמין מטענים בסתר. פעולות החישוף הקטינו באופן ניכר את כמות הפיגועים על הצירים, למעט בציר קרני-נצרים (המחבר בין מעבר קרני לנצרים) וציר כיסופים (שהוביל לגוש קטיף) שנחלש על ידי חאן יוניס. בעקבות ההצלחה היחסית של פעולות החישוף, והשמירה ההדוקה סביב ההתנחלויות, החליטו ארגוני הטרור לעקוף את מערכי ההגנה באמצעות ירי בנשק תלול מסלול. ב־30 בינואר נורו לראשונה פצצות מרגמה לעבר נצרים ואילו הירי הראשון לכיוון שדרות בוצע ב־16 באפריל. בתגובה נכנס צה"ל לראשונה לעיירה בית חאנון אך נאלץ לסגת עקב לחץ בין-לאומי. הפלסטינים הפעילו מטעני גחון כבדים שהשמידו 4 טנקים על צוותיהם, וביצעו שורה של פיגועי ירי ומטענים אל עבר ציר כיסופים המחבר את גוש קטיף עם יישובי עוטף עזה. בד בבד, גבר הירי של נשק תלול מסלול – בעיקר רקטות קסאם ופצצות מרגמה על ההתנחלויות ברצועת עזה והיישובים הסמוכים לה. החל מ-14 בספטמבר 2001 בוצעו התקפות על מעבר ארז שהתחזקו ככל שחלף הזמן, ושהגיעו לשיאן בשנים 2003–2004 בהן בוצעו עשרות התקפות על המעבר ואזור התעשייה המשותף, שגרמו לנפגעים רבים וכתוצאה מכך לסגירת רוב המפעלים הישראליים באזור ואובדן פרנסה לאלפי פלסטינים. אחד ממוקדי העימות ברצועת עזה היה ציר פילדלפי: רצועה צרה שנותרה בידי ישראל לאחר הסכמי אוסלו על מנת למנוע הברחות נשק לתוך הרצועה. הפלסטינים, שניסו נואשות להשיג תחמושת ונשק כבד יותר, החלו לחפור מנהרות לעבר העיר רפיח המצרית ולהיעזר בשירותי המקומיים המצריים על מנת להבריח כמויות אדירות של נשק לרצועה. בתגובה על גילוי מנהרות ההברחה החלה ישראל להגביר נוכחות על הציר: חיל ההנדסה ופיקוד הדרום הקימו את פלוגת צמ"ה עזה ("אבירי הפלדה") וצוות מיוחד שהוקדש ללחימה במנהרות ההברחה, וכוחות צה"ל ביצעו פעולות חישוף על מנת לגלות מטעני צד וגחון ופתחים של מנהרות הברחה. כדי לסכל את פעילות צה"ל ירו המחבלים עשרות רקטות נ"ט אל עבר כוחות צה"ל שנעו בציר. בתגובה לירי הכבד, ביצע צה"ל פעולות חישוף גדולות ממדים ובהם הרסו דחפורים משוריינים מאות בתים שנשקו לגבול וצפו על מוצבי צה"ל. במקביל, החל חיל ההנדסה בבניית מערכת ביצורים לחיילי ששמרו בציר שכללה קיר שיגומים מברזל ומוצבים משודרגים. ההריסות ההמוניות ברפיח ספגו ביקורת בין-לאומית רבה, ומספר תקריות – כגון מותה בתאונה של פעילת השמאל האמריקנית, רייצ'ל קורי, ואסון הנגמ"שים – הביאו את הציר לתשומת לב הציבור הישראלי והקהילה הבין-לאומית. בספטמבר 2003 במבצע קטיף כלניות הוחמצה הזדמנות לחסל את צמרת החמאס אך לראשונה מנהיג החמאס אחמד יאסין היה יעד לחיסול למרות היותו "מנהיג פוליטי". מאבקה של ישראל בטרור הפלסטיני הסלים בחודש מרץ 2004, עם חיסולו של אחמד יאסין, מנהיג החמאס. בחיסולו הראתה ישראל, שגם "מנהיגים פוליטיים" בכירים, המעודדים טרור, אינם חסינים מפגיעה. חודש לאחר מכן נהרג יורשו של יאסין, עבד אל-עזיז רנטיסי. אחרי צמד החיסולים, ישראל זכתה לארבעת החודשים השקטים ביותר מאז פרוץ המאורעות האלימים. בתקופה זו לא הצליחו ארגוני הטרור לבצע פיגועי התאבדות בתוך ערי ישראל, ונרצחו 25 ישראלים (מהם 13 חיילים). בחודש מאי 2004 חלה הסלמה בטרור ברצועה, כאשר מחבלים מוועדות ההתנגדות העממית רצחו את טלי חטואל וארבע בנותיה בציר כיסופים ושבועיים אחר כך פוצצו שני נגמ"שים של צה"ל (ראו: אסון הנגמ"שים). מיד אחרי סיום פעולות החיפוש אחרי שרידי הגופות, פתח צה"ל במבצע קשת בענן כדי להרוס את תשתית הטרור ברפיח. במבצע נהרגו 40 מחבלים ו־12 אזרחים פלסטינים ונהרסו 56 מבנים. בפעולה לא נפגע אף חייל ישראלי. ב־30 בספטמבר 2004, בעקבות התקפת רקטות קסאם שהרגה ילד ופעוטה בשדרות, פתח צה"ל במבצע ימי תשובה בצפון רצועת עזה במטרה למנוע שיגור רקטות ופגיעה במחבלים. במהלך המבצע פעל צה"ל בעיירות בית חאנון ובית לאהיא, אך בייחוד במחנה הפליטים ג'באליה. במסגרת הפעולה נהרגו כ־130 פלסטינים, רובם מחבלים, וחוסלו 10 חוליות קסאם. כ־70 מבנים נהרסו ושטחים חושפו בצפון-מזרח ג'באליה. במהלך המבצע הועלו האשמות כנגד אונר"א, סוכנות הסיוע של האו"ם לפליטים הפלסטינים, שמתקניה, רכביה ועובדיה מסייעים לפעילות טרור, כאשר דובר צה"ל שלח לרשתות טלוויזיה זרות קלטת של אמבולנס שלתוכו הוכנסו רקטות קסאם. הסרט בסופו של דבר לא הציג ראיות חד משמעיות ופגע באמינות דובר צה"ל, אך פליטת פה של פטר הנסן, הנציב הכללי של אונר"א, הביאה בסופו של דבר להדחתו. המבצע הסתיים ב־15 באוקטובר. בחודש דצמבר 2004 – הופגזו יישובי גוש קטיף באופן מסיבי בפצצות מרגמה ורקטות קסאם. ב־12 בדצמבר מחבלי החמאס פוצצו את מוצב JVT באמצעות מנהרת תופת, וגרמו למותם של 5 חיילים מגדוד הסיור הבדואי. לקראת סוף החודש החלו המחבלים לשגר רקטות קסאם גם על שדרות. צה"ל ביצע מספר פעולות נקודתיות בח'אן יונס וצפון הרצועה. בפברואר 2005 נערכה פסגת שארם א-שייח' בין אריאל שרון למחמוד עבאס בה ישראל הסכימה להקפיא את מדיניות החיסולים והריסת הבתים וזאת בתמורה להפסקת פעולות הטרור על ידי הפלסטינים. זה יחד עם התקדמות יישומה של תוכנית ההתנתקות הביאו את הרשות הפלסטינית וארגוני הטרור להגיע להסכם פנימי ביניהן על הפסקת אש ושינויים פנימיים ברשות הפלסטינית. על אף שבדיונים המוקדמים דובר על חזרה ל"הודנה", הוחלט בסוף על הכרזת "הרגעה" (בערבית: تهدئة; תהדיאה). אף שבפועל החלה הרגיעה עם התדרדרות מצבו של ערפאת בנובמבר 2004 הרי שרשמית היא החלה רק לאחר חתימת הסכם קהיר ב־17 במרץ 2005 (תקציר מופיע כנספח באתר ממר"י שבו מופיעה התחייבות ל"הרגעה" עד סוף 2005. ה"הרגעה" לא הביאה להפסקה מוחלטת של פעולות הטרור, אולם מספרן ירד באופן חד (בייחוד מספרם של פיגועי-ההתאבדות) ועודד דיבורים על סיום האינתיפאדה. התחדשות בהפגזות על שדרות ויישובי גוש קטיף חלה בחודשים מאי ויוני 2005. רוב הפרשנים טענו שירי חמאס נגד ישראל נועד דווקא כדי לאותת לאבו מאזן מי בעל הבית ברצועת עזה, ושהחמאס לא יסבול את דחיית הבחירות. שיא הירי התרחש ב־7 ביוני ובו נורו יותר מ־9 רקטות קסאם, 5 פצצות מרגמה ו־5 טילי נ"ט. מהירי נהרגו בגני טל פועל זר, ושני עובדים פלסטינים. הירי הכבד התחדש שוב ב־14 ביולי וגרם להרוגה ישראלית ביישוב נתיב העשרה מצפון לרצועה. אחרי תגובה ממוקדת של ישראל וביקור באזור של קונדוליזה רייס נמנעה תגובה צבאית ישראלית מסיבית. במקביל להורדת האש הישראלית, החלו עימותים פנימיים בין הרשות הפלסטינית לחמאס אשר גרמו ל-2 הרוגים ולעשרות פצועים, ותנועת החמאס החליטה, בהדרגה, להפסיק את ההפגזה. במשך חודש יולי (ובעיקר בין 16 ו-21 לחודש) הירי חדל סופית, בעקבות הקרבה לתוכנית ההתנתקות ורקטת קסאם שהחטיאה את מטרתה, הרגה פעוט פלסטיני בבית חאנון. בעקבות הכרזתו של אריאל שרון על תוכנית ההתנתקות, החלו פגישות תיאום בין ישראל לפלסטינים על מנת להסדיר את היציאה בעזה כך שתעבור בשקט. רוב הפגישות התקיימו בין שאול מופז למוחמד דחלאן, שהתחייב לפרוס 7,500 שוטרים פלסטינים שימנעו אלימות בעת פינוי ההתנחלויות. במהלך פינוי היישובים, הפלסטינים שמרו על שקט כמעט מוחלט, וגורמים באמ"ן טענו כי הארגונים הפלסטינים אינם רוצים להצטייר בתור אלו שמחבלים בנסיגה. גם לאחר שני פיגועי טרור יהודיים, שאחד מהם נעשה בתושבי שפרעם ואחד מהם בשטח הרשות, נשמר האיפוק. לאחר השלמת פינוי גוש קטיף, הודיע אבו מאזן שהעם הפלסטיני עובר מ"הג'יהאד הקטן" – נגד ישראל – ל"ג'יהאד הגדול" – בניית מדינה פלסטינית משגשגת. רבים בישראל התייחסו להודעתו בחוסר רצינות אך בתקווה. ערך מורחב – הלחימה ברצועת עזה מההתנתקות עד מבצע עופרת יצוקה אחרי ביצוע תוכנית ההתנתקות גבר ירי רקטות הקסאם והגראד מרצועת עזה על ישראל ובפרט על יישובי עוטף עזה. בשנים 2006–2007 חמאס השתלט באלימות על הרצועה ודיכא באלימות את האופוזיציה של הפת"ח והמשיך את מגמת שיגורי הרקטות לעבר ישראל. ישראל הגיבה בפעולות צבאיות שכללו סיכולים ממוקדים, תקיפות אוויריות ומספר מבצעים גדולים. אחרי ההתנתקות בנתה ישראל מערך ביצורים סביב הרצועה, המכונה ציר הוברס, על מנת למנוע התקפות טרור על יישוביה, בעיקר פיגועי חדירה ומיקוח. בתגובה לירי הרקטות וחטיפת גלעד שליט הכריזה ישראל על ממשלת חמאס ברצועה כ"יישות עוינת", סגרה ישראל את המעברים לרצועה והטילה עליה סגר (אך התירה מעבר סיוע הומניטרי לרצועה). אירועים בולטים שהתרחשו מ-2004 עד אוקטובר 2023 כוללים את: מבצע קשת בענן (18 במאי 2004 – 25 במאי 2004): בא בעקבות אסון הנגמ"שים. מבצע ימי תשובה (30 בספטמבר 2004 – 15 באוקטובר 2004): בא בעקבות רצח 2 ילדים אחים בשדרות בעת ירי קסאמים לעיר. מבצע גשם ראשון (23 בספטמבר 2005 – 1 באוקטובר 2005): עימות ראשון אחרי ההתנתקות, שגלש גם ליהודה ושומרון, בו ישראל הגיבה בעיקר באמצעות תקיפות אוויריות. מבצע חץ דרומי (31 במרץ 2006 – 5 באפריל 2006): מבצע גשמי קיץ (25 ביוני 2006 – 26 בנובמבר 2006): מבצע קרקעי גדול שהחל עקב חטיפת החייל גלעד שליט והתבטא במספר רב של פעולות עומק קרקעיות לצד תקיפות אוויריות. במבצע נהרגו כ-400 פלסטינים, רובם מחבלים, ו-5 ישראלים. מבצע חורף חם (28 בפברואר 2008 – 3 במרץ 2008): במבצע נהרגו כ-120 פלסטינים ו-3 ישראלים. מבצע עופרת יצוקה (27 בדצמבר 2008 – 17 בינואר 2009): המבצע נפתח בשני גלים מסיביים של תקיפות אוויריות על תשתיות ומטרות חמאס, בהן כוח המשטרה שהקים סעיד סיאם (נהרג במבצע). בהמשך, כוחות קרקעיים רבים של צה"ל נכנסו לרצועה ולחמו במחבלים. מנגד, המחבלים ירו לראשונה רקטות 122 מ"מ לבאר שבע, אשדוד קריית גת וגן יבנה. במבצע נהרגו בין 1,100 ל-1,400 פלסטינים, רובם מחבלים, ו-13 ישראלים. מבצע הד חוזר (9–16 במרץ 2012): ההסלמה החלה בעקבות חיסול זוהיר אל-קייסי, מזכ"ל ועדות ההתנגדות העממית על ידי צה"ל ב-9 במרץ. בעקבות זאת החל ירי רקטות נרחב מרצועת עזה לעבר מטרות אזרחיות ויישובים וערים בישראל, ובתגובה תקף חיל האוויר הישראלי יעדי טרור. ההסלמה נמשכה מספר ימים ודעכה אל סיומה ב-16 במרץ. מבצע עמוד ענן (14–21 בנובמבר 2012): מבצע צבאי רחב-היקף של צה"ל ברצועת עזה, שהחל בחיסולו בסיכול ממוקד של אחמד ג'עברי, מפקדה בפועל של הזרוע הצבאית של החמאס. במהלך המבצע נערכו אלפי תקיפות על יעדים ברצועת עזה, ובמקביל נורו מרצועת עזה כ-1,500 רקטות לעבר יישובי הדרום ולראשונה מרצועת עזה בוצע ירי גם לעבר ערי המרכז בהן ראשון לציון, תל אביב וירושלים. המבצע הסתיים כעבור שבוע בהכרזה על הפסקת אש. המבצע לא כלל כניסה קרקעית לרצועה והתנהל בעיקרו על ידי חיל האוויר ובאופן מצומצם, חיל הים, חיל התותחנים ויחידות נוספות. מבצע צוק איתן (8 ביולי 2014 – 26 באוגוסט 2014): מבצע גן סגור (3–6 במאי 2019): מבצע שנפתח בשיגור מאסיבי של רקטות על ידי החמאס אל עבר עוטף עזה, הנגב הצפוני, באר שבע והפזורה הבדואית ואף ערד ודימונה ולצפון לכיוון חבל לכיש, חבל עדולם ובית שמש ואף לראשונה ממבצע צוק איתן אל עבר השפלה והערים רחובות ויבנה. במבצע נורו 690 רקטות לשטח ישראל ונהרגו 5 ישראלים וחוסלו 25 מחבלים ברצועת עזה. מבצע חגורה שחורה (12–16 בנובמבר 2019): המבצע החל עקב חיסולו של מפקד החטיבה הצפונית של הג'יהאד האסלאמי בהאא אבו אל-עטא על ידי צה"ל, וכן עקב ניסיון חיסולו בסוריה של בכיר הג'יהאד אכרם עג'ורי. ארגון הג'יהאד הגיב בשיגור כ-450 רקטות לדרום הארץ ואף לשפלת יהודה וגוש דן ותל אביב-יפו וגרם לפציעתם של מספר אזרחים. בתגובה למתקפה זו, ישראל פתחה במתקפה אווירית וארטילריה לעבר רצועת עזה במשך יומיים. מבצע שומר החומות (10–21 במאי 2021): מבצע עלות השחר (5–7 באוגוסט 2022): המבצע נפתח לאחר מספר ימי כוננות בעוטף עזה מחשש לירי טיל נ"ט לאחר מעצרו של פעיל בכיר של הג'יהאד האסלאמי ביהודה ושומרון באסם א-סעדי, כתוצאה מכך ב-5 באוגוסט, צה"ל פתח את המבצע בסיכול ממוקד של תייסיר אל-ג'עברי, מפקד החטיבה הצפונית של הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני בצפון רצועת עזה. למחרת הרג צה"ל גם את ח'אלד מנסור, מפקד החטיבה הדרומית. לאורך המבצע תקף חיל האוויר הישראלי מטרות המזוהות עם הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני ברצועת עזה, כולל מחסני אמצעי לחימה ועמדות צבאיות, מתקני שיגור רקטות ויעדים נוספים. בצד הישראלי, הוחל "מצב מיוחד בעורף" עד גוש דן, ותושבי עוטף עזה הונחו להישאר בקרבת מרחבים מוגנים, במהלך המבצע שיגר הג'יהאד האסלאמי לעבר ישראל כ-1,162 רקטות. מהן 946 חצו לשטח ישראל מתוכן כ-400 יורטו על ידי כיפת ברזל ב-96% אחוזי הצלחה. כ-17 לא יורטו ונפלו בשטחים בנויים. כ-34 נפלו בים וכ-182 רקטות נפלו והתפוצצו בשטח רצועת עזה, וגרמו למותם של 15 פלסטינים, בהם לפחות 7 ילדים. מבצע מגן וחץ (9–13 במאי 2023): ב-2 במאי 2023 מת בכלא בישראל האסיר הביטחוני ח'דר עדנאן, חבר בפלוגות אל-קודס של הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני, אחרי שביתת רעב ממושכת, בתגובה למותו, בהמשך אותו היום שיגרו מחבלים מארגון הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני 102 רקטות לעבר שדרות, יישובי עוטף עזה וצפון הנגב. במטחים אלו נפצע קשה עובד זר בשדרות ונפצעו עוד כ-6 אנשים, במשך שבוע נמנעה ישראל מלהגיב על הירי מהרצועה, עד אישור ראש ממשלת ישראל, בנימין נתניהו, ושר הביטחון, יואב גלנט שפתח את המבצע ב-9 במאי, לפנות אותו בוקר חוסלו 3 בכירי הג'יהאד, ח'ליל אל-באהיתני, ג'יהאד ע'אנם וטארק עז א-דין, בהמשכו של המבצע חוסלו עוד 3 בכירי הארגון, אישה אחת נהרגה בישראל מירי הרקטות וגם עובד פלסטיני מרצועת עזה נהרג, ברצועת עזה חוסלו כ-30 מחבלים ונהרגו כ-13–20 אזרחים רובם כתוצאה משיגורים כושלים של הג'יהאד האסלאמי. מתקפת הפתע על ישראל – מלחמת חרבות ברזל (7 באוקטובר 2023 – הווה): בעקבות השתלטות חמאס על רצועת עזה, פירוק ממשלת חמאס בידי אבו מאזן והקמת ממשלת פת"ח ברשות סלאם פיאד, הפסיקו ישראל וארצות הברית את החרם על הרשות, ופעלו לחיזוק אבו מאזן מול חמאס. שיאו של תהליך זה היה בוועידת אנאפוליס (27 עד 28 בנובמבר 2007) שמטרתה הייתה להתניע מחדש את התהליך המדיני והמשא ומתן על הסכם קבע. הוועידה הסתיימה בהצהרה משותפת של ישראל והפלסטינים על פתיחת משא ומתן בין הצדדים ב-12 בדצמבר. ישראל, במחווה לאבו מאזן, שחררה כ-800 אסירים פלסטינים, בשתי קבוצות, שהאחרונה ביניהן שוחררה ב-3 בדצמבר 2007 וכללה 429 אסירים. הרשות תגברה את מאמציה לתיאום ביטחוני עם ישראל ולמאבק בארגונים חמושים וארגוני טרור, אך נערכו גם ניסיונות לביצוע פיגועים: בפיגוע ירי שביצעו שוטרים פלסטינים נרצח מתנחל ישראלי, וב-28 בדצמבר 2007 התרחש הפיגוע בנחל תלם. ב-10 בינואר 2008 ביקר נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש בישראל וברשות הפלסטינית על מנת לקדם את התהליך המדיני. ב-6 במרץ 2008 התרחש הפיגוע בישיבת מרכז הרב; מחבל תושב מזרח ירושלים חדר לישיבת מרכז הרב בירושלים ורצח 8 מתלמידי הישיבה. בחודש יולי 2008 התרחשה סדרת פיגועים במרכז ירושלים. ב-2 ביולי 2008 ביצע תושב מזרח ירושלים פיגוע דריסה באמצעות יעה אופני. בפיגוע נרצחו 3 אנשים, נפצעו למעלה מ-30 ונגרם נזק לאוטובוסים וכלי רכב. ב-12 ביולי ירו מחבלים אל עבר שוטרים בשער האריות; שוטר מג"ב שנפצע מן הירי מת מפצעיו מאוחר יותר. ב-22 ביולי 2008 שוב ביצע תושב מזרח ירושלים פיגוע דריסה באמצעות יעה אופני בלב ירושלים. בפיגוע נפצעו 24 אנשים. המחבל נורה למוות על ידי אזרח ישראלי. בשני המקרים הראשונים נהרג המחבל על ידי חייל, אשר הגיע למקום הפיגוע. על אף העובדה שיש הסכמה רחבה שהאינתיפאדה השנייה הסתיימה (עקב דעיכה דרסטית של מקרי האלימות), תאריך סיומה שנוי במחלוקת, שכן אין אירוע משמעותי מוגדר שהביא לסיומה. פרשנים כמו סבר פלוצקר סבורים שהאינתיפאדה הסתיימה בסוף 2004 עם מותו של יאסר ערפאת בנובמבר 2004, אז איבדו הפלסטינים את מנהיגם הוותיק והמאחד, דבר שהוביל לפגיעה במומנטום של גל הטרור ולהתדרדרות הפלסטינים למלחמות פנימיות (הידועה בהן היא עימות חמאס-פת"ח, אך היו גם עימותים בתוך הפת"ח). תוכנית ההתנתקות והנסיגה של ישראל מרצועת עזה בסוף אוגוסט 2005 נחשבת גם היא למאורע ותאריך שמסמן את סוף האינתיפאדה השנייה. מחמוד עבאס (אבו מאזן), שירש את ערפאת כראש הרשות הפלסטינית, הצהיר לפני פסגת שארם א-שייח שזה סימן לסוף האינתיפאדה. בפסגה עצמה הכריז עבאס שהאלימות תסתיים, ושאריאל שרון הסכים לשחרר 900 אסירים ולסגת מהערים הפלסטיניות ביהודה ושומרון. יש הרואים בכך סיום רשמי לאינתיפאדה. אף על פי כן, האלימות והטרור לא נפסקו לגמרי ונמשכו במינון לא זניח עד 2007. ביולי 2007 נחתם הסכם המבוקשים במסגרתו נכנעו למעשה פעילי הטרור המרכזיים באיו"ש והניחו את נשקם בתמורה להפסקת המצוד עליהם. בעקבות ההסכם למשך מספר שנים נפסקו כמעט לגמרי הפיגועים כנגד ישראל משטחי איו"ש, למעט אירועים של זריקות אבנים ובקת"בים בתוך שטח הגדה. לעומת זאת, ברצועת עזה, עליה השתלט החמאס, הלחימה נמשכת עד היום. למרות השיחות המדיניות, לא הושגה התקדמות במשא ומתן בין ישראל לרשות הפלסטינית. ביטוי להתדרדרות היחסים היו ירי הרקטות המסיבי על ישראל מרצועת עזה ומבצע עופרת יצוקה שבא בתגובה לו. עם בחירתם של בנימין נתניהו לראש ממשלת ישראל ושל ברק אובמה לנשיא ארצות הברית ב-2009, נכנסו המגעים לקיפאון. ערך מורחב – אבדות באינתיפאדה השנייה על פי נתוני השב"כ, החל מ-29 ספטמבר 2000, ועד סוף שנת 2009 נהרגו 1,178 ישראלים ו-50 זרים בפיגועי טרור פלסטינים ונפצעו 8,022 בני אדם. כ-70% מההרוגים הם אזרחים וה-30% הנותרים הם אנשי כוחות הביטחון (לרבות חיילים שנהרגו מפיגועים בעורף). כנגד ישראל בוצעו למעלה מ-20 אלף פעולות טרור, ביניהן 144 פיגועי התאבדות (על ידי 161 מחבלים מתאבדים) בהם נרצחו 516 ישראלים ונפצעו 3,428 ישראלים. על פי עיתון "הארץ", במהלך שנות העימות נהרגו 3,333 פלסטינים (מספר הכולל מחבלים מתאבדים ונפגעי תאונות בעת טיפול בחומר נפץ) ונפצעו כ-30 אלף בני אדם. לפי ארגון "בצלם", עומד מספר ההרוגים על 3,329 איש, אולם מספר זה אינו כולל מחבלים מתאבדים ומחבלים שנהרגו ב"תאונת עבודה". כ-1,200 פלסטינים נהרגו במבצע עופרת יצוקה ויש המונים גם אותם בהרוגי האינתיפאדה. ההערכה המקובלת היא שבערך שליש (ולפי טענת "בצלם": כמחצית) מן ההרוגים הפלסטינים היו אזרחים עוברי אורח, וכל השאר חמושים או פעילי טרור. מלבד האבדות בלחימה, ובמיוחד לאחר עליית החמאס לשלטון, בידוד הרשות והתדרדרות המצב הכלכלי, במיוחד ברצועת עזה, גרמו התנאים הרפואיים והתזונתיים הירודים ואי-אספקת תרופות, לפגיעה קשה באוכלוסייה הפלסטינית ולמותם של רבים. על פי ארגון האו"ם, יוניצ"ף, 1 מכל 3 תינוקות פלסטינים שמתו בבית חולים, מתו ממחסור בתרופות ובתנאים בסיסים. הגדרת מטרות הלחימה של הפלסטינים השתנתה הן על פני הקשת הפוליטית הפלסטינית והן על פני רצף הזמן. ככלל, אנשי החמאס, הג'יהאד האסלאמי, ארגוני הסירוב וכן הפלגים הקיצוניים של גדודי חללי אל-אקצא, הציגו את מאבקם כמיועד לחיסולה של מדינת ישראל. הצגת מטרת הלחימה על ידי הפת"ח והרשות הייתה מעורפלת יותר ומשתנה, בעיקר כתלות בקהל המאזינים וברמת האלימות בשטח אולם לרוב הציגו גורמים אלו את מטרות הלחימה כרצון להחזיר את ישראל לקווי 1967 (כולל בירושלים) ולהביא לפתרון בעיית הפליטים או מימוש זכות השיבה. מטרה שנוספה בדיעבד ללחימה הפלסטינית היא שחרור אלפי אסירים הכלואים בישראל, חלקם ותיקים וחלקם חדשים שנעצרו במהלך האינתיפאדה. מטרת ישראל במהלך הלחימה לא הוגדרה רשמית מעולם, לא על ידי הממשלה ולא על ידי צה"ל. משה יעלון, סגן הרמטכ"ל בעת תחילת הלחימה והרמטכ"ל בהמשכה, הגדיר את מטרת הלחימה כ"צריבה תודעתית". הוא הגדיר את יעד הלחימה כהנעת הפלסטינים להבין כי לא יוכלו להשיג את מטרותיהם על ידי פעולות טרור. יעד אחר שנעשה ניסיון לממשו בפועל הוא צמצום הנפגעים הישראלים. נדחו תביעות של השמאל להגדיר את מטרת הלחימה כמיועדת להגיע בסופו של דבר למצב של משא ומתן עם הפלסטינים. ערך מורחב – הטקטיקה באינתיפאדה השנייה העימות בין ישראל לפלסטינים הוגדר והתנהל ברובו כעימות נמוך עצימות (LIC) וכשכזה כלל בעיקר לוחמה זעירה מצד ישראל והפלסטינים. ישראל התמקדה בלוחמה בשטח בנוי ופעולות לוחמה בטרור ואילו הפלסטינים התמקדו בפעולות טרור וגרילה. טקטיקות ותרגולות שישראל נקטה נגד הפלסטינים כוללות: סיכול ממוקד – חיסול פעילי טרור מרכזיים בירי מדויק, בדרך כלל מהאוויר. הריסת מבני טרור והריסת בתי מחבלים – כחלק מהריסת תשתיות טרור וכאמצעי הרתעה וענישה נגד משפחות של מחבלים מתאבדים. מעצרים, חיפושים ופשיטות יום-יומיות התראות ממוקדות על פיגועים שעומדים להתבצע על פי מודיעין וסיכולם. נוהל שכן – שיטה לעצור מבוקש שמתבצר בבית. נוהל סיר לחץ – עוד שיטה לעצור מבוקש המתבצר בבית, באמצעות הרס הבית על ידי כלי צמ"ה. הפעלת דחפורי D9 משוריינים להריסת בתים, לוחמה בשטח בנוי, חישוף שטחים, פתיחת צירים, ניקוי זירות מטענים וחשיפת מנהרות. תוכנית מרחב התפר שכללה את הקמת גדר ההפרדה בקו התפר למניעת חדירות מחבלים. הקמת מחסומים וחסימות עפר – כדי למנוע תנועה חופשית של מחבלים ואמל"ח. הטלת סגר, כתר ועוצר. לחצים כלכליים. מבצעים גדולים שכוללים כיבוש שטח ושהייה בו לפרק זמן מסוים. הפעלת יחידות מיוחדות ללוחמה בטרור כגון הימ"מ ויחידות מסתערבים. נקודת המפנה בשינוי בטקטיקות הישראליות היה מבצע חומת מגן בו כבש צה"ל מחדש את רוב יהודה ושומרון וחשף כמות אדירה של חומרי טרור ואמצעי לחימה. בהמשך הגביר צה"ל את שליטתו על השטח והודות למודיעין של השב"כ סיכל מאות פיגועים. כתוצאה מכך, חלה ירידה משמעותית בכמות הטרור היוצא מיהודה ושומרון. ברצועת עזה, מנגד, חלה הסלמה בלחימה, וזו המשיכה גם לאחר תוכנית ההתנתקות שבה פונו ההתנחלויות וכוחות הצבא ברצועה. בלחימה נטלו חלק צה"ל, השב"כ, מג"ב ומשטרת ישראל, שהפעילה יחידות מיוחדות בהן הימ"מ, ימ"ס ומערך החבלה. טקטיקות שהפעילו הפלסטינים כוללות: פיגועי טרור כנגד ישראלים, הן בתחומי הקו הירוק והן בשטחי יהודה, שומרון ועזה. אלו כללו פיגועי התאבדות בריכוזי אוכלוסייה אזרחית ופיגועי ירי בדרכים ובצירי תנועה בשטחים. הטמנת מטעני חבלה בצירי תנועה בשטחים. ירי תלול מסלול של פצצות מרגמה, רקטות קסאם ורקטות גראד 122 מ"מ כנגד יישובי עוטף עזה, שדרות, אשקלון, יישובי חבל עזה וגוש קטיף. הנחת מטעני גחון, ירי רקטות נ"ט וטילי נ"ט נגד טנקים ורכב קרבי משוריין. ייצור נשק עצמי באיכות נמוכה, הידוע שבהם הוא רקטת הקסאם, אך הנשק כולל גם רובים מאולתרים, מטעני חבלה ורקטות נ"ט. הברחת נשק תקני באמצעים שונים, כאשר הידועים שבהן הן המנהרות מרפיח מתחת לציר פילדלפי. פיגוע חטיפה ומיקוח (ראו: גלעד שליט) שימוש באזרחים כמגן אנושי לוחמת גרילה כנגד כוחות צה"ל פעילות הטרור הפלסטינית גרמה למעלה מ-1,115 הרוגים ישראלים, רובם הגדול אזרחים ורק מיעוטם חיילים קרביים שנהרגו בעת לחימה. בעימותים הצבאיים עם כוחות צה"ל הייתה ידם של הפלסטינים על התחתונה, וברוב המבצעים הגדולים ספגו הפלסטינים אבדות כבדות לעומת האבדות שהסבו לכוחות צה"ל. בלחימה נטלו חלק כל ארגוני הטרור הפלסטינים, לרבות חמאס, הפת"ח והג'יהאד האסלאמי, תוך סיוע מצד ארגון חזבאללה הלבנוני ומארגוני ג'יהאד עולמי. בשלבים המוקדמים של האינתיפאדה, כלי התקשורת בעולם גילו אהדה לצד הפלסטיני ועוינות לצד הישראלי. המשרתים בכוחות הביטחון לא הוכשרו להתמודדות עם הפגנות, ואת המהומות האלימות שהתעוררו לאחר ביקורו של אריאל שרון בהר הבית פזרה המשטרה באמצעים שעמדו לרשותה, תוך גרימת פגיעות בנפש. כתבות שונות ששודרו ברחבי העולם בחודשים לאחר מכן, בהן נראו מעשי זוועה לכאורה שחיילי צה"ל ביצעו במהומות של אותם ימים (אחד האירועים הבולטים ביותר היה מותו של מוחמד א-דורה), זכו לתשומת לב רבה ועוררו זעם רב והפגנות מחאה (אם כי על חלק מהכתבות נטען שהן מבוימות; ראה מוחמד א-דורה), בעוד שדיווחים על פיגועים בשטחה של ישראל זכו לסיקור מועט. בשלב זה, כניסה של כוח חמוש או טנקים לתוך מחנה פליטים הייתה מלווה בגינויים רבים מרוב המעצמות, כאשר המבקרת הפחות תוקפנית מביניהן הייתה ארצות הברית, הידועה ביחסיה החמים עם מדינת ישראל. טקטיקת הסיכול הממוקד ספגה גינויים רבים גם כן, אך ישראל טענה שהיא מוצדקת בגלל מעשיו של המבוקש ההרוג. בשלב זה, מערכת הביטחון אולצה לא פעם להימנע מתגובה קשה לפיגועים נגד ישראל בשל החשש מהחרפת היחסים עם מדינות העולם. מלבד הכרזות שונות על חרם כלכלי, המתקפות על ישראל הגיעו לשיאן בוועידת דרבן ב-2001 שבמהלכה הושוותה הציונות לגזענות ומעשיה של מדינת ישראל הושוו למעשיה של גרמניה הנאצית בשואה. בעקבות השוואה זאת, הוחזרו לארצם נציגיהן בוועידה של ישראל וארצות הברית. הוכחות למעורבות פלסטינים בטרור (תפיסת אמצעי לחימה ומסמכים הקושרים אישים ברשות הפלסטינית לטרור) וכן התגברות הטרור העולמי (פיגועי 11 בספטמבר) האטו את מגמת ההשתלחות בישראל ואפשרו למערכת הביטחון לפעול ביד קשה יותר נגד הטרור הפלסטיני, אך עדיין לא באופן חופשי. פגיעות מקריות של חיילי צה"ל בעוברי אורח המשיכו לעורר גינויים קשים. בעקבות התגברות פיגועי הטרור, יצא צה"ל למבצע חומת מגן. בקרב בג'נין הפלסטינים טענו כי מתבצע טבח בעיר (לפי טענות ישראל גופות פלסטיניים שמתו לפני המבצע הוצאו מקבריהן כדי להגדיל את מספר הגופות ובכך להעצים את הזעזוע) מה שעורר במשך זמן קצר הפגנות רבות בעולם. לטענת ישראל, מרבית הדיווחים בתקשורת היו מוטים לטובת הפלסטינים (חלקם מסולפים, כמו דיווח של ה-BBC בו פיצוץ של מעבדת חבלה הוצג כפיצוץ של בית תמים למראה). הסרט של מוחמד בכרי "ג'נין ג'נין" אמנם יישר קו עם הגרסה הפלסטינית, אך בסופו של דבר גם האו"ם הודה בטעותו וקבע שבג'נין לא אירע טבח. בשנים אלו הוצגו יצירות קולנועיות ומיצגים אמנותיים שונים שנגעו לאינתיפאדה וגרמו לזעזוע בישראל – חלקם זכו גם בפרסים בפסטיבלים שונים. בשנת 2003 החלה ישראל בהקמתה של גדר הפרדה, שתחצוץ בין השטחים שבהם מתגוררים הפלסטינים ביהודה ושומרון ובין השטחים הישראלים, כדי לצמצם את האפשרות של מחבלים מתאבדים להיכנס לשטחי ישראל גופא. הקמת הגדר ספגה ביקורת כיוון שחלקים ממנה תוכננו להקמה ממזרח לקו הירוק, ובחלק מהמקרים היא אף תוכננה לחצות יישובים פלסטינים, תוך איבוד שטחים חקלאיים שלהם. הוויכוח על הגדר נסוב אף סביב המינוח – "גדר" או "חומה" (התנגדותה של ישראל למילה חומה נבעה מתדמיתה של חומת ברלין). ישראל טענה שהגדר מיועדת להגנה מפני טרור ואכן מצליחה למנוע פיגועים רבים, ומתנגדיה טענו שהיא כולאת את הפלסטינים, ושמטרתה אינה רק להגן מפני טרור אלא גם לספח שטחים לישראל ולקבוע עובדות בשטח להסכם עתידי, ולכן יש להסירה. הוויכוח על הגדר נגרר לדיונים בבית הדין הבין-לאומי לצדק בהאג, אליהם הוטס במיוחד על ידי ישראל שלדו המפויח של אוטובוס בו אירע פיגוע, אך בסיכום הדיונים לא התקבלה החלטה שמחייבת את ישראל לפרק את הגדר. לאחר מותו של יאסר ערפאת וחיסולה של מרבית הנהגת החמאס, בעקבות המעטת השימוש בסיכולים ממוקדים ובפעילויות צבאיות בהיקף גדול וכן בשל מספר אירועים חשובים שהתרחשו בשנותיה האחרונות של האינתיפאדה כגון ביצוע תוכנית ההתנתקות, המלחמה בעיראק ומלחמת לבנון השנייה, הוסטה תשומת הלב העולמית מהסכסוך הישראלי-פלסטיני אל מוקדים אחרים. הסטת תשומת הלב תרמה לרגיעה היחסית ששררה בין ישראל לארגונים הפלסטיניים (במקביל לפעילות מוצלחת של סיכול פיגועים). השתלטות החמאס על רצועת עזה קבעה את תדמיתו השלילית בדעת הקהל ונתנה לצה"ל חופש יחסי בפעילותו נגד משגרי הקסאם. בעקבות נאומו של נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש בפני מועצת זכויות האדם של האו"ם, נשיא המועצה הודה בספטמבר 2007 כי תשומת לב רבה מדי הוקדשה לסכסוך הישראלי-פלסטיני בעוד הביקורת של מוקדי עימות אחרים הוזנחה, ושעל המועצה "לבחון את מעשיהם של כל הצדדים ולא רק של מדינה אחת". אחת התוצאות הראשונות של האינתיפאדה השנייה הייתה נפילת ממשלתו של אהוד ברק, ובחירתו של אריאל שרון לראש הממשלה, בפברואר 2001. לאחר הצגת ממשלתו של שרון ב־7 במרץ 2001, היו המובילים בהחלטות הצבאיות בצד הישראלי ראש הממשלה שרון, שר הביטחון בנימין בן אליעזר, והרמטכ"ל שאול מופז. בינואר 2003 נבחרה ממשלה חדשה, שבתקופת כהונתה הצוות המוביל בישראל כלל את ראש הממשלה שרון, שר הביטחון מופז, הרמטכ"ל משה יעלון וראש השב"כ אבי דיכטר. המשך פיגועי ההתאבדות ותרומתה של הרשות הפלסטינית לטרור גרמו לעוינות וחשדנות גוברת בציבור הישראלי כלפי הציבור הפלסטיני, ולהטלת ספק בכך שיש פרטנר לשלום. אריאל שרון הצליח גם לשכנע מנהיגים בעולם – לרבות נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש – שיאסר ערפאת מעורב בטרור ולכן איננו פרטנר. תזת ה"אין פרטנר" פגעה קשות בשמאל הישראלי, בעיקר במפלגת מרצ, שהתמיכה בה קטנה מאוד. בבחירות 2003 קרסו מפלגות השמאל בכנסת וזכו למספר כולל של 36 מנדטים (8 מתוכם של המפלגות הערביות). הליכוד זכה ב־38 מנדטים (40 לאחר האיחוד עם ישראל בעליה), שינוי ב־15 ואילו האיחוד הלאומי, זכתה ב־7 מנדטים. פיגועי 11 בספטמבר הביאו לחשש בישראל כי הממשל האמריקאי ינסה לקנות את תמיכתן של מדינות ערב באמצעות פגיעה בישראל, תוך יצירת הבחנה בין "טרור מקומי" (אליו ישויכו הארגונים הפלסטינים) לבין "טרור עולמי" (אליו ישויך אל-קאעידה). חששות אלו הביאו את שרון לנאום ב־4 באוקטובר 2001 את "נאום צ'כוסלובקיה" בו רמז על הפקרת צ'כוסלובקיה בידי בעלות בריתה בהסכם מינכן, והודיע כי ישראל לא תהיה מוכנה לפגיעה בה בניסיון לפייס את הערבים. על אף שהחששות התבדו לבסוף ואף התברר כי הפלסטינים היו הנפגעים העיקריים מהמלחמה כנגד הטרור, הרי שבינתיים נאלץ שרון להכריז ב־23 בספטמבר כי הוא מוכן להקמת מדינה פלסטינית ולהסכים לפגישת פרס עם ערפאת שנערכה בדהנייה ב־27 בספטמבר. סקר שנערך במאי 2000 (שבע שנים אחרי חתימת הסכמי אוסלו ומספר חודשים לפני פרוץ האינתיפאדה) על ידי מרכז תמי שטינמץ למחקרי שלום הראה ש־39% מהציבור הישראלי תומך בהסכמי אוסלו וש־32% מאמינים שהוא יביא לשלום בשנים הקרובות. לעומת זאת, סקר שנערך במאי 2004 הראה שרק 26% מהישראלים תומכים בהסכמים ושרק 18% מאמינים שהם יביאו לשלום. כמו כן, הסקר מצא ש־80% מהישראלים מאמינים שצבא הגנה לישראל והשב"כ הצליחו להתמודד עם האינתפאדה באמצעים צבאיים. מהבחינה המדינית ניכרו שני תהליכים סותרים במידה מסוימת. מצד אחד הפכה ישראל ליעד להתקפות תקשורתיות חוזרות ונשנות, במיוחד באירופה, בנושא הפרת זכויות האדם של הפלסטינים, לעיתים קרובות תוך התעלמות מאחריותם של הפלסטינים לאירועים. התפתחות זו הביאה לקריאות לחרם על ישראל מצד גופים שונים (לעיתים תוך סיוע של גורמים מהשמאל הקיצוני) ואף לניסיונות לממשו. בשנים אלה, חלה עלייה גדולה בתקריות אנטישמיות באירופה כנגד יהודים, שתורצו או הוצגו כהתנגדות לישראל ולציונות. גל חדש זה של אנטישמיות נקרא האנטישמיות החדשה ומערב אסלאמיסטים קיצוניים, פעילי שמאל רדיקלי, מכחישי שואה, נאו-נאצים ופעילי ימין קיצוני מסורתיים, שמאוחדים סביב שנאת ישראל ומתעלים את השנאה לפעולות של הסתה ואלימות נגד יהודים. מצד שני, חוסר ההצלחה של האינתיפאדה להשיג את יעדיה וחשש ליציבות משטריהם הביאו את מדינות ערב ובמיוחד מצרים לניסיונות חוזרות ונשנים להשיג הסכם להפסקת אש או להשיג התקדמות מדינית. הניסיון המשמעותי ביותר נעשה בתחילת 2002 כאשר היוזמה הסעודית אושרה על ידי הליגה הערבית ב־28 במרץ. יוזמות אלו נכשלו ברובן בשל אי ההצלחה להביא לרגיעה בשטח. שתי הצלחות נרשמו לזכות מצרים כאשר הצליחה להביא להודנה בקיץ 2003 ולרגיעה לאחר מותו של ערפאת בסוף 2004. ניסיונות דומים של "הקוורטט" (גוף שיש בו נציגות לארצות הברית, אירופה, רוסיה ולאו"ם) הביאו לתוצאות מעורבות. הניסיונות האמריקאיים כמו דו"ח מיטשל (פורסם ב־30 באפריל 2001), נאום בוש (24 ביוני 2002) ומפת הדרכים (הוגשה רשמית ב־30 באפריל 2003, אושרה סופית בוועידת עקבה ב־4 ביוני), אמנם התקבלו לכאורה על ידי ישראל והפלסטינים אולם לבסוף לא יושמו בפועל. הניסיונות של אירופה, רוסיה והאו"ם נדחו על הסף על ידי ישראל בשל טענות על הטיה לכיוון הפלסטינים. בתקופת האינתיפאדה חלה האטה במשק, והשיא היה בשנים 2002–2003 שבו נסגרו בתי עסק וירדו ההשקעות מבחוץ. בנוסף, גופים בין-לאומיים רבים (כגון קבוצות כדורגל) סירבו לשלוח אנשיהם לישראל מנימוקי ביטחון. בשנים 2004–2005, בד בבד עם ירידת הטרור, חלה התאוששות במשק והמסחר החל שוב לפרוח. גופים בין-לאומיים רבים חזרו לישראל, והתאחדויות הספורט התירו שוב לישראל לארח בביתה. ממשלת ישראל הכריזה על נקיטת שתי פעולות מדיניות חד צדדיות במטרה להקטין את הטרור, הראשונה הייתה בניית גדר ההפרדה שזכתה לקוצנזוס ציבורי, אך לביקורת קשה באירופה, והשנייה הייתה תוכנית ההתנתקות מרצועת עזה וצפון השומרון, שזכתה לשבחים בעולם אך עוררה מחלוקת קשה בישראל. עבור הפלסטינים, האינתיפאדה הייתה אסון כלכלי כבד. האבטלה זינקה ואלפי פלסטינים איבדו את מקומות עבודתם בישראל. תשתיות רבות נהרסו במהלך הקרבות עם כוחות צה"ל והפלסטינים איבדו כל מוניטין תיירותי או כלכלי (כיעד טוב להשקעה) שהיה להם לפני פרוץ האירועים. כתוצאה מכך, העוני בשטחים הפך לקשה ביותר, ומשפחות לא מועטות סבלו מרעב ונזקקו לסיוע ותרומות של ארגוני מתנדבים והאו"ם. בתקופה זו, הידרדר המצב ברשות לאנרכיה רבתי, כאשר את השליטה בפועל נוטלות כנופיות חמושות מקומיות, שמשתמשות באש ורצח כשיטה לכפות את רצונן על התושבים. כנופיות כאלה, שחלקן הורכבו מאנשי פת"ח וחלקן מחמולות מקומיות, גרמו למותם של לפחות 360 פלסטינים. גדודי חללי אל אקצא הוציאו להורג במעשי לינץ' אנשים החשודים בשיתוף פעולה עם ישראל, וירו בפלסטינים שסירבו להישמע להוראותיהם. האנרכיה בשכם גרמה להתפטרותו של ראש העיר באסם שקעה, שהטיח ביקורת קשה ברשות הפלסטינית ובתושבי שכם וטען שהם לא עשו דבר כדי להשיב את הסדר על כנו. בעזה, גל חטיפות של אזרחים זרים, הביא לצמצום הסיוע של מדינות זרות לרשות הפלסטינית. מנגד, את החלל שהותירה הרשות, מילאו ארגוני סיוע דוגמת אונר"א וכן ארגוני טרור דוגמת חמאס ואגודות צדקה איסלאמיות שהציעו סיוע בחינוך ורווחה לצד תגמולים גבוהים למחבלים מתאבדים ומשפחותיהם. יאסר ערפאת הוחרם בהדרגה על ידי ארצות הברית החל מגילוי שקריו לבוש בפרשת קארין איי, החרמה שהפכה רשמית לאחר נאום בוש בסוף יוני 2002. טיעוני ה"אין פרטנר" שהציג שרון שכנעו את נשיא ארצות הברית, ג'ורג' בוש, לתת לישראל יד חופשית כמעט לחלוטין לפעולות צבאיות כנגד הטרור. גם באירופה, שנהגה לצדד בפלסטינים, הורגש ייאוש מהמצב וממנהיגותו של ערפאת, והם הפסיקו בהדרגה את הלחצים והמחאות על פעולותיה הצבאיות של ישראל והסתפקו בגינויים רפים בלבד. החל מסוף 2002 חדל ערפאת להיות גורם אפשרי בפתרון הסכסוך בעיני מרבית הצדדים והוא זכה להתעלמות כמעט מוחלטת, בין אם רשמית (על ידי הישראלים והאמריקאים) ובין אם מעשית (על ידי האירופים ובמידה רבה גם הערבים למעט מצרים). במקומו ניסו ישראל וארצות הברית, בתמיכה שבשתיקה של האירופים, לקדם את מחמוד עבאס שהתבטא בדבר הצורך להפסיק את הטרור כנגד ישראל ולחפש פתרון של שלום ולכן נחשב למתון יותר. אולם הלחץ של ישראל וארצות הברית הצליח להביא רק למינויו של עבאס לראשות הממשלה, תפקיד שסמכויותיו ברשות הפלסטינית מעטות. ב־11 בנובמבר 2004 מת ערפאת וב־9 בינואר 2005 נבחר עבאס לשמש כיושב ראש הרשות הפלסטינית במקומו. בחירתו של עבאס ליושב ראש התפרשה בידי רבים כסיומה של האינתיפאדה החמושה ופתיחת חלון הזדמנויות חדש באזור. אף על פי כן, פיגועי הטרור המשיכו גם בתקופה שלאחר עלייתו של עבאס לשלטון, לרבות על ידי ארגונו שלו – הפת"ח. ב-25 בינואר 2006, לאחר שנדחו מספר פעמים, נערכו בחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית, בחירות שניות לגוף זה מאז הקמת הרשות הפלסטינית. הסוקרים הפלסטינים ושרות המודיעין הישראלי צפו ניצחון דחוק לפת"ח של אבו מאזן. העיתונות דיווחה כי ישראל מסייעת לפת"ח בבחירות, כדי לעצור את ארגון החמאס. החמאס זכה ברוב גדול (76 מושבים לעומת 43 של הפת"ח) בבחירות דמוקרטיות שקטות שפוקחו על ידי נציגות בין-לאומית. התוצאות הובילו להתפטרות מיידית של ראש הממשלה הפלסטיני אבו עלא ושריו. תוך כדי הבחירות ומיד אחריהן, הודיעו ארצות הברית ומספר מדינות מערביות אחרות כי הן מסרבות לשאת ולתת עם החמאס מאחר שמדובר בארגון טרור שמטרתו המוצהרת היא השמדת ישראל. שרי מדינת ישראל הונחו על ידי ראש הממשלה בפועל, אהוד אולמרט, שלא לדבר בנושא ניצחון החמאס. מחמוד א-זהאר, אחד ממנהיגי התנועה, הכריז ברשת הלוויין אל ערביה כי הוא מוכן להגיע להסכם עם ישראל ללא הכרה בה, על בסיס מדינה פלסטינית. כמו כן הכריז כי ימשיך את מדיניות הפסקת האש, אך הארגון יסרב להתפרק מנשקו. לצדו נשמעו הצהרות מבכירי החמאס השוללים כל פשרה עם ישראל. הצלחת החמאס הובילה ללחץ בין-לאומי וישראלי על הארגון למתן את המצע שלו, כתנאי למשא ומתן ולסיוע בין-לאומי. בעקבות השבעת ממשלת החמאס ב-29 במרץ 2006 החליטו מספר מדינות, ובראשן ארצות הברית, להפסיק את הסיוע הכלכלי לפלסטינים. תחילת האינתיפאדה לוותה בביקורת חריפה ביותר כלפי אהוד ברק, ראש הממשלה, סקר של משרד ראש הממשלה מצא ב־22 בנובמבר 2000 כי 58% (לעומת 36%) מהנשאלים חושבים כי ברק "איננו מתאים" להעברת המסרים של הממשלה. מצבו הפנימי של ברק הלך והתדרדר, הוא נאלץ להתפטר מראשות הממשלה בעקבות הביקורת, ובמקומו נבחר בפברואר 2001 אריאל שרון. תחילת תקופתו של שרון כראש ממשלה לוותה בירידה חדה ברמת הביקורת כלפי ראש הממשלה. מצב זה לא נמשך זמן רב ובסוף 2001 הלכה והתגברה הביקורת כלפי שרון. ביקורת זו נבעה מאי הצלחתו של שרון לבלום את גל הטרור, למרות הפעלת צעדים אלימים יותר ויותר כלפי הפלסטינים. מהפך במצב זה נרשם לאחר מבצע חומת מגן שלוותה בהסכמה פנימית כמעט כללית לגביו. במשך התקופה שבין מבצע חומת מגן לתחילת תוכנית ההתנתקות נהנה שרון, גם בזמנים קשים, ממיעוט ביקורת עליו בתחום המדיני. תוכנית ההתנתקות החלישה משמעותית את הביקורת על שרון בנושא הטיפול באינתיפאדה עצמה אולם גרמה לביקורת משמעותית עליו מימין. במשך כל זמן האינתיפאדה בוקרה מדיניות הממשלה על ידי השמאל הקיצוני שטען כי הממשלה מפעילה כוח רב מדי כלפי הפלסטינים והיא איננה שואפת לפתרון מדיני. מנגד, חוגי הימין ביקרו את הממשלה על כך שהיא כובלת את ידי צה"ל ונוקטת במדיניות פחדנית שמטרה רק לצמצם או "להכיל" את הטרור, במקום לחתור להכרעתו ולניצחון בעימות, בהקשר זה נטבעה הסיסמה "תנו לצה"ל לנצח". הביקורת הפנימית אצל הפלסטינים הייתה חלשה אף יותר מאשר בישראל. רק בספטמבר 2002 החלו להתגלות סדקים בתמיכה המוחלטת בערפאת. ב־11 בספטמבר נכשל ערפאת בהעברה במועצה המחוקקת הפלסטינית של אישור מינוים של שרים חדשים (שמונו שלושה חודשים קודם לכן). הוא נאלץ להקים ממשלה חדשה שאושרה רק ב־29 באוקטובר, כמו כן פורסם בחודש זה מאמרו של נביל עמר ב"אל-חיאת אל-ג'דידה" שבו תקף את מדיניות ערפאת. אולם הסתייגויות אלו דעכו עד מהרה ורק במהלך ההודנה בקיץ 2003 החלו להישמע קולות אחרים, במיוחד של אבו מאזן, שקראו להפסקת האינתיפאדה הצבאית. ביקורת זאת הלכה והתגברה, אולם מרבית הפלסטינים, גם לאחר בחירתו של אבו מאזן לנשיאות הרשות בתחילת 2005, תמכו בפעילות הצבאית של האינתיפאדה, לפחות מהגדה המערבית. ב-2006 זכה החמאס לניצחון גדול בבחירות הכלליות אחרי שורה של ניצחונות בבחירות למועצות המקומיות. פרשנים רבים ראו בכך הצבעת מחאה של הרחוב הפלסטיני נגד השחיתות שפשתה ברשות הפלסטינית ומפלגת השלטון פת"ח. פרשנים אחרים ראו בהצבעה גם מחאה על דרך ניהול האינתיפאדה בידי הרש"פ, באשר לטענתם ההצבעה מעידה שהפלסטינים מעדיפים את הקו הקיצוני והמיליטנטי של חמאס על פני דרך אוסלו המתונה יחסית, בה דגל הפת"ח. ב-2010 אמר ראש הרשות הפלסטינית, מחמוד עבאס, בריאיון לערוץ טלוויזיה מצרי, כי האינתיפדה השנייה הייתה שגיאה קשה מצידם של הפלסטינים. ערך מורחב – האינתיפאדה השנייה בתרבות כמאורע מתמשך בעל השפעה ניכרת על החיים בישראל וברשות הפלסטינית, באה האינתיפאדה השנייה לידי ביטוי בספרות, בקולנוע ובמוזיקה. בצה"ל מכנים את האירועים "אירועי גאות ושפל", שם המדגיש את היותם של האירועים בעלי תקופות רגיעה (שפל) ותקופות משבר (גאות). ההתנגדות העיקרית לשם "אינתיפאדת אל-אקצא" מגיעה מהטענה כי היא מאמצת את הנרטיב הפלסטיני שקושר את פרוץ האירועים עם עלייתו של שרון להר הבית, ולכן השם "האינתיפאדה השנייה" נותר הכינוי העיקרי לאירועים. בציבוריות הישראלית שימשה ההתייחסות לאינתיפאדה השנייה ככלי לניגוח פוליטי בין ימין ושמאל: בימין היו שכינו את האירועים "מלחמת אוסלו", שהיא תוצאה של הסכמי אוסלו והמדיניות הפייסנית אל מול הפלסטינים. שם נוסף "מאורעות תשס"א" שאמורות לקשר בין האינתיפאדה לבין הפעילות העוינת נגד המיעוט היהודי לפני הקמת המדינה, בין השאר במאורעות תרפ"ט (1929). לעומתם, דוברים בשמאל הפוליטי כינו אותה לעיתים "מלחמת שלום ההתנחלויות", ובכך הדגישו, לשיטתם, את ההתנחלויות הנמצאות בלב אוכלוסייה פלסטינית, ואשר בלעדיהן, לתפישתם, מדינת ישראל הייתה נסוגה לקו הירוק ומגיעה להסכם עם הפלסטינים. אבדות באינתיפאדה השנייה הטקטיקה באינתיפאדה השנייה השב"כ באינתיפאדה השנייה חיל ההנדסה באינתיפאדה השנייה חיל האוויר באינתיפאדה השנייה דחפור די-9 באינתיפאדה השנייה פיגועי התאבדות בישראל עמוס הראל ואבי יששכרוף, המלחמה השביעית – איך ניצחנו ולמה הפסדנו במלחמה עם הפלסטינים, הוצאת ידיעות אחרונות, 2004 רביב דרוקר ועפר שלח, בומרנג – כישלון המנהיגות באינתיפאדה השנייה, הוצאת כתר, 2005 (לקריאת הספר ברשת) יעקב בר סימן טוב, אפרים לביא, קובי מיכאל ודניאל בר טל, העימות האלים הישראלי-פלסטיני 2000–2004: המעבר מיישוב סכסוך לניהול סכסוך, מכון ירושלים לחקר ישראל, 2005 יעקב בר סימן טוב, הסכסוך הישראלי-פלסטיני: מתהליך שלום לעימות אלים 2000–2005, מכון ירושלים לחקר ישראל, 2005 דניאל דור, עיתונות תחת השפעה, בבל רונן ברגמן, והרשות נתונה, הוצאת ידיעות אחרונות, 2002 יחזקאל רחמים, "אין עם מי לדבר" – מבט ביקורתי על הקשר פוליטיקה-תקשורת, מכון הרצוג לתקשורת חברה ופוליטיקה, אוניברסיטת תל אביב, 2005. משה (בוגי) יעלון, דרך ארוכה קצרה, ידיעות ספרים, 2008 גיורא איילנד, לא נרדם בלילות, ידיעות ספרים, 2018, עמ' 240–262 רשימת כל קורבנות הטרור הישראלים החל מ-27 בספטמבר 2000, אתר משרד החוץ ארבע שנות עימות אלים בין ישראל לפלסטינים – סיכום ביניים, באתר מרכז המידע למודיעין ולטרור, 13 באוקטובר 2004 קורבנות הטרור, כיסוי מיוחד של רשת CNN רונן פרי, ביטול חוק האינתיפאדה: מצע לדיון, בלוג המרצים למשפטים באוניברסיטת חיפה (12 בדצמבר 2006). ליאור טבנסקי, "המאבק בטרור בעידן המידע: 'אינתיפאדת המתאבדים' וההתמודדות הישראלית עמה בסיוע טכנולוגיות עילית", בית הספר לממשל ולמדיניות ע"ש הרולד הרטוג, אוניברסיטת תל אביב, 2006 יהונתן דחוח-הלוי, עדות נוספת לאחריות הישירה של ערפאת לפרוץ אינתיפאדת אל-אקצה, באתר המרכז הירושלמי לענייני ציבור ומדינה צור ארליך, כאילו כלום, באתר News1 מחלקה ראשונה, 12 באוקטובר 2010, פורסם במקור ראשון מאחורי הקלעים של האינתיפאדה השנייה: אנשי שרון וראשי מערכת הביטחון מדברים, בחזרה לאינתיפאדה השנייה: היציאה ל"חומת מגן" והביקורת בצבא על התנהלות שרון, תחקיר "המקור", אתר נענע10, 11 ו-18 בפברואר 2013. רועי שרון וגל ברגר, מלחמה אחת לשני עמים: 20 שנה לאינתיפאדה השנייה, באתר כאן – תאגיד השידור הישראלי, 13 בספטמבר 2020 20 שנה לאינתיפאדה השנייה: כיצד השתנתה מדינת ישראל, באתר וואלה, 7 בספטמבר 2021 אבנר ברנע, האנתפאדה השנייה והפתעה אסטרטגית: מקרה בוחן של מודיעין לריצוי קברניטים, אתר אגודת חוקרי צבא-חברה בישראל, 20 במרץ 2022 שאול מופז, המסע הישראלי שלי, ידיעות ספרים, 2022, עמודים 240–268 ד"ר אבנר ברנע, האנתפאדה השנייה והפתעה אסטרטגית: מקרה בוחן של מודיעין לריצוי קברניטים, מתוך אתר "מערכות", 20 במרץ 2022 סרטונים בארכיון AP ביוטיוב: IDF demolishes Palestinian homes – דחפורי D9N ו-D9R בפעולה ברפיח Dramatic cover of house demolitions – מחפר ממוגן ודחפור D9R הורסים בתים ברצועת עזה Army bulldozers demolish four houses – דחפור D9N הורס בית West Bank – Hamas members' houses demolished – דחפור D9N הורס בית של מחבל חמאס House demolitions in Hebron and Jenin – קרבות בג'נין וחברון בשיתוף טנקים ודחפורים של צה"ל Palestinian police arrested, IDF bulldozers destroy buildings – פעולה של צה"ל בשכם אינתיפאדה, 2000-, דף שער בספרייה הלאומית רועי שרון וגל ברגר, מלחמה אחת לשני עמים: 20 שנה לאינתיפאדה השנייה, באתר כאן – תאגיד השידור הישראלי, 19 בספטמבר 2020 מידע באתר שירות הביטחון הכללי באנגלית. אבדות בצד הפלסטיני על פי עיתון הארץ בשנים 2000–2005. ד"ר אורי מילשטיין, ‏תחקיר: כך הצליח צה"ל למנוע מעורבות איראנית בשטחים באינתיפאדה השנייה, באתר מעריב אונליין, 26 במרץ 2016 רביב דרוקר, לא למדו כלום מהאינתיפאדה השנייה, באתר הארץ, 23 בנובמבר 2014 ככה בדיוק קרה? – שאול אריאלי | ידיעות ספרים שאוהבים, באתר www.ybook.co.il בעז גאון, יונתן גורפינקל, מדינת ישראל במצב שביר. בעז גאון ויונתן גורפינקל החליטו שהגיע הזמן לקום ולעשות משהו, באתר הארץ, 10 במרץ 2011 מתוך דבריו:"מי שחושב שהאינתיפאדה פרצה בגלל ביקורו הנתעב של שרון במסגד אל-אקצה טועה... האינתיפאדה תוכננה מראש". ד"ר קנת לוין, אהוד ברק והתמוטטות פנטזיית אוסלו, News1. שר ברש"פ: האינתיפאדה תוכננה כששב ערפאת מקמפ-דייוויד באתר המכון לחקר תקשורת המזרח התיכון. Pa Minister: Intifada Was Planned From The Day Arafat Returned From Camp David, UJC עדות נוספת לאחריות הישירה של ערפאת לפרוץ אינתיפאדת אל-אקצא ב"בלוג הפורום האסטרטגי" באתר המרכז הירושלמי לענייני ציבור ומדינה. א-זאהר: "ערפאת אישר לחמאס לבצע פיגועים", nrg. סוהא ערפאת מודה: בעלי תיכנן את אינתיפאדת אל-אקצא, באתר nana10‏, 28 בדצמבר 2012 אפרים לביא, מי נתן את ההכשר?, באתר הארץ, 19 באוקטובר 2011 דו"ח מיטשל, באתר ה-Jewish Virtual Library, ‏4 במאי 2001 (באנגלית) עדויות בפני ועדת וינוגרד – הנושא מופיע בעמוד 8 של עדותו של עמוס מלכא, שהיה ראש אמ"ן יותם פלדמן, אני אשם, אנחנו אשמים, באתר הארץ, 20 בדצמבר 2007 ענת רואה ועלי ואקד, ביקור שרון בהר הבית: מהומות ופצועים, באתר ynet, 28 בספטמבר 2000 ראו פירוט בפרשת מוחמד א-דורה אמיר בוחבוט, עשור למותו של מדחת יוסף: החילוץ שלא יצא לפועל, באתר nrg‏, 29 בספטמבר 2010 רוני סופר, לבני תתבע מהפלסטינים לתחזק את קבר יוסף, באתר ynet, 14 בפברואר 2008 דו"ח ועדת אור, שער שלישי פרק י' טלי קרויטורו, ‏פסק זמן באיו"ש, מערכות 445, אוקטובר 2012 עלי ואקד ופליקס פריש, בדרך ל"עזה ובית לחם תחילה"?, באתר ynet, 6 באוגוסט 2002 אלוף בן וגדעון אלון, הארץ, בן אליעזר: ננסה את תוכנית "יהודה תחילה", וואלה, ה-14 באוקטובר 2002 דיאנה בחור ופליקס פריש, גורמים מדיניים: הבנות יהודה בטלות, באתר ynet, 16 בנובמבר 2002 פליקס פריש, דיאנה בחור וסוכנויות הידיעות, צה"ל השתלט על בית לחם וכיתר את כנסיית המולד, באתר ynet, 22 בנובמבר 2002 כיפאח מחמד-אחמד עג'ורי ואח' נ' מפקדת כוחות צה"ל בגדה המערבית ואח', באתר News1 מחלקה ראשונה רנית נחום-הלוי ומירב לוי, יום שחור בשטחים: 16 פלסטינים ובהם תינוק נהרגו בפעולת צה"ל בעזה; 9 חיילים נפצעו, חדשות מחלקה ראשונה, 1 במאי 2003, שירות הביטחון הכללי עצרו 3 תושבי מזרח ירושלים אשר הוציאו לפועל פיגועים בלב ירושלים, כמו כן הואשמו בפעילות טרור נוספת, משרד ראש הממשלה זאב שיף, איתות לסוריה על החלטה ישראלית להרחבת המאבק בטרור, באתר הארץ, 6 באוקטובר 2003. עמוס הראל‏, יעלון: נשוב ונתקוף מטרות בסוריה, באתר וואלה, 17 בנובמבר 2003. גרף המציג פיגועי התאבדות שמומשו לעומת אלו שסוכלו מאוקטובר 2000 עד מרץ 2004, הארץ ומספר הפיגועים בתוך הקו הירוק לפי רבעונים, עד מרץ 2004, הארץ גדעון אלון, מבצע "אישית לוחצת" בשכם יימשך, באתר הארץ, 28 ביוני 2004. אפרת וייס, מג"ד צנחנים: כך הרגנו את צמרת הטרור בשכם, באתר ynet, 27 ביוני 2004. מרואן עתאמנה ואורי גליקמן "הבטיחו לי לשכב עם 72 בתולות", nrg, ‏24 במרץ 2004 אורי גליקמן עוד 'נער תופת' במחסום חווארה, nrg, ה-20 ביולי 2004 אתר ממר"י הדס שפר, 429 אסירים פלסטינים יצאו לחופשי, nrg, ב-3 בדצמבר 2007 עלי ואקד, פיאד נגד גדודי אל-אקצה: לא תתחייבו, תיעצרו, באתר ynet, 14 בנובמבר 2007 רועי שרון, רוצחי עידו זולדן ז"ל: שוטרים פלסטינים, nrg, ה-3 בדצמבר 2007 רוני מלול לוחם מג"ב ושוטר נפצעו מירי בי-ם, nrg, ה-12 ביולי 2008 רוני מלול, מת מפצעיו לוחם מג"ב שנפצע בפיגוע ירי בירושלים, nrg, ה-23 ביולי 2008 פיגוע דריסה בי-ם: 3 הרוגים וכ-30 פצועים מפגיעת טרקטור, nrg, ה-2 ביולי 2008 בפיגוע במרכז הרב החייל שהרג את המחבל היה סרן דוד שפירא מגדוד 890. בפיגוע הטרקטור הרג את המחבל גיסו של שפירא, משה פלסר, חייל מיחידת אגוז, שאף קיבל על כך צל"ש אלוף (ערוץ 7, סמל משה פלסר, באתר הגבורה). אמיר בוחבוט החייל שירה במחבל: "גיסי שימש לי דוגמה", nrg, ה-2 ביולי 2008 סבר פלוצקר, 2nd Intifada forgotten, באתר ynet, 22 ביוני 2008 Ruth Tenne,‏ Rising of the oppressed: the second Intifada, באתר International Socialism Journal (נלקח מגיליון 116), 1 באוקטובר 2007 Inigo Gilmore, ‏Palestinian ceasefire ends four-year intifada, The Telegraph, 4 February 2005 Israel Chronology (Time line) 1993 to Present Day, באתר Zionism-Israel.com Brad A. Greenberg & Lilly Fowler, ‏UC to reopen study in Israel; Brandeis offers summer prep program, באתר ה-JewishJournal.com, ‏3 בדצמבר 2008 בימים אלה הסתיים השלב השני של "הסכם המבוקשים" (מיולי 2007), שנועד לצמצם את מעגל המעורבים בטרור מקרב פת"ח Victims of Palestinian Violence and Terrorism since September 2000, Israel Ministry of Foreign Affairs פלסטינים שנהרגו בידי כוחות הביטחון הישראליים בשטחים, מפרוץ האינתיפאדה השנייה ועד למבצע "עופרת יצוקה" (לא כולל), באתר בצלם הרוגים מפרוץ האינתיפאדה השנייה ועד למבצע "עופרת יצוקה" (לא כולל), באתר בצלם הרוגים ופצועים מפיגועים בעשור האחרון, אתר השב"כ ראו סיכום האבדות בצד הפלסטיני בשנים 2000–2005 בני מוריס: Benny Morris (2009). One States, Two States. Yale University Press. pp. 151–152. פערי ההערכה קשורים לשילוב של פערים עובדתיים והבדלים בהגדרת "פעיל טרור" ו"השתתף בלחימה". רויטרס ומערכת וואלה!‏, אחד מכל 10 ילדים בשטחים חולה מתת תזונה, באתר וואלה, 13 ביוני 2006 סוכנויות הידיעות, בכיר באו"ם: נכשלנו, העדפנו את הפלסטינים, באתר ynet, 30 בספטמבר 2007 כתבי ynet, שרון: מופז יהיה שר ביטחון בממשלה שאקים, באתר ynet, 5 בנובמבר 2002 משה "בוגי" יעלון הוא הרמטכ"ל הבא – וזה סופי, באתר וואלה, 24 במרץ 2002 תוצאות סופיות בבחירות: הליכוד השלים ל-38 מנדטים; 120 אלף קולות ירדו לטמיון בגלל אחוז החסימה, באתר גלובס, 30 בינואר 2003 עיקרי דו"ח מיטשל, באתר הארץ, 6 במאי 2001 דיאנה בחור, נאום בוש על המזה"ת: היום או מחר, באתר ynet, 18 ביוני 2002 Erika Waak,‏ Violence among the Palestinians, באתר BNET.com, נלקח מגיליון ינואר–פברואר 2003 של the Humanist סוכנויות הידיעות, מחריפה האנרכיה בשטחים: ראש עיריית שכם התפטר, באתר ynet, 28 בפברואר 2004 ArabYnet וסוכנויות הידיעות, הפלסטינים: מצב חירום ברצועה בעקבות גל חטיפות, באתר ynet, 17 ביולי 2004 עכשיו זה רשמי: יאסר ערפאת מת לפנות בוקר בביה"ח פרסי בפאריס, באתר גלובס, 11 בנובמבר 2004 ג'קי חוגי, אבו מאזן: "האינתיפאדה השנייה הייתה טעות", באתר גלי צה"ל, 26 במאי 2010