DNA עתיק

DNA עתיק (aDNA) הוא DNA שמבודד מדגימות עתיקות. עקב תהליכי ההתיישנות שעובר החומר, ה-DNA העתיק מתפורר יותר בהשוואה לחומר גנטי טרי. אפילו בתנאי השימור הטובים ביותר, בחלוף 0.4-1.5 מיליון שנים, כמות ה-DNA בדגימה לא תאפשר לבצע ריצוף כהלכה. מאז מיסוד תחום חקר ה-DNA העתיק, שוחזר חומר גנטי משלדים מהתקופה הפלאוליתית, מרקמות חנוטות, מאוספים ארכיוניים של דגימות רפואיות לא קפואות, משרידי צמחים משומרים, מקרקע קפואה, וממצאים שהתגלו בחפירות ארכאולוגיות. המחקר הראשון של מה שעתיד להיקרא לימים DNA עתיק, בוצע בשנת 1984, כאשר ראס היגוצ'י ועמיתיו באוניברסיטת קליפורניה בברקלי, דיווחו כי שרידי DNA ממוצג מוזיאלי של קואגה לא רק שהשתמרו בו מקץ 150 שנה מרגע מותו של הפרט, אלא שגם ניתן למצות שרידים אלה ולרצפם. במהלך השנתיים הבאות, באמצעות מחקר של מוצגים שהשתמרו באופן טבעי או נחנטו, הגנטיקאי האבולוציוני סוונטה פבו אישש כי תופעה זו איננה מוגבלת אך ורק למוצגים מוזיאליים בני זמננו אלא שניתן ליישם את שיטות המחקר למגוון של מוצגים אנושיים שנחנטו ואשר גילם המשוערך עומד על אלפי שנים. התהליכים המעבדתיים הנדרשים על מנת לרצף DNA עתיק באמצעות שיבוט בקטריאלי היוו אבן נגף בפיתוח תחום חקר ה-DNA העתיק. עם זאת, פיתוח שיטת ה-PCR בשנות ה-80 המאוחרות סייע להתקדמות התחום בצורה מהירה למדי. כיום ידוע כי PCR המבוסס על הגברת פריימר כפול מביא לקבלת ממצאים שגויים בתהליך הריצוף (DNA מעוות ובלתי אותנטי). תחת זאת, נהוג להשתמש ב-PCR מקונן המבוסס על ריבוי פריימרים כדי להתגבר על חסרונות אלה. העידן שבא לאחר המצאת ה-PCR לווה בגל של פרסומים מטעם קבוצות מחקר שטענו כי הצליחו לבודד DNA עתיק. בהמשך לכך, פורסמה סדרה של ממצאים שטענו כי DNA אותנטי ניתן למיצוי מדוגמאות בנות מיליוני שנים, אשר זכו לשם "DNA מתקופת טרום-המבול" (Antediluvian DNA). רוב הטענות התבססו על שחזור DNA מאורגניזמים שנשתמרו בתוך ענבר. נטען בין היתר כי רצפים שמוצו מתוך חרקים כגון דבורים חסרות-עוקץ, טרמיטים ויתושי עצים, כמו גם צמחים ובקטריות, מוצו מענבר דומיניקני שמתוארך לתקופת האוליגוקן; דווח גם כי מוצה DNA אותנטי מתוך מקורות של חדקוניות שנשתמרו בענבר לבנוני, שתוארכו לתקופת הקרטיקון. טענות אלה לא הוגבלו אך ורק לגבי ענבר. עוד פורסמו דיווחים על שיירי צמחים שנשתמרו במשקעים המתוארכים לתקופת המיוקן. בשנת 1994, וודוורד ועמיתיו כתבו כי את מה שנחשב לאחד הממצאים המשמעותיים עד אותה העת, רצפי ציטוכרום מיטוכונדריאלי שמוצו מעצמות דינוזאור שגילן המשוער הוא למעלה מ-80 מיליון שנה. בשנת 1995, שני מחקרים נוספים דיווחו כי רצפי DNA של דינוזאור מוצו מביצה מתקופת הקרטיקון. נדמה היה כי תחום חקר ה-DNA העתיק יחולל מהפכה בכל הקשור לידע על עברו האבולוציוני של כדור הארץ. מעבר לממצאים אלה גם שוחזרו רצפים הלו-בקטריאליים בני 250 מיליון שנה שמוצו מהליט. בתקופה זו גם התפתחה ההבנה של קינטיקת שימור DNA. הסיכונים של זיהום דוגמאות וגורמי סיבוך מחקריים, הובילו את החוקרים בתחום זה להסתכל על הממצאים בצורה ספקנית יותר. מספר ניסיונות זהירים נעשו על מנת לשחזר רבים מהממצאים הקודמים, והתחוור כי כל הטענות בדבר DNA עתיק בן עשרות מיליוני שנים ששוחזר ורוצף כהלכה, אינן אותנטיות. על מנת להתמודד עם נזקי השינויים ב-DNA לאחר המוות, בשנת 2007 הוצגה שיטת הגברה באמצעות הרחבה של פריימר יחיד. בשנת 2009, תחום חקר ה-DNA העתיק עבר מהפכה עת הוצגו טכניקות מחקר זולות ביחס לקיים עד אותה תקופה. השימוש בטכניקות ריצוף של הדור הבא, ומאפשרות תפוקה גבוהה, התבררה כחיונית לשחזור הגנומים של אורגניזמים עתיקים או כאלה שנכחדו. כמו כן, נבנתה ספריית DNA חד-גדילי, אשר הציתה עניין רב בקרב חוקרי DNA עתיק. בנוסף להתפתחויות הטכנולוגית, התפתחו גם תקנים וקריטריונים טובים יותר המשמשים להערכת תוצאות DNA, כמו גם הבנה טובה יותר של סך הבעיות הפוטנציאליות הטמונות במחקר DNA עתיק. דגימות DNA עתיקות עשויות להיות מזוהמות על ידי DNA אנושי מודרני ועל ידי DNA מיקרוביאלי (שרובו עתיק). בשנים האחרונות פותחו שיטות למניעת זיהום אפשרי של דגימות aDNA. השיטות כוללות חילוץ חלקים בתנאים סטריליים ושימוש במתאמים מיוחדים לזיהוי מולקולות ששייכות לדגימה המקורית. בנוסף, קיימים יישומים מתחום הביואינפורמטיקה המאפשרים להעריך את מידת הזיהום ברצף באמצעות השוואה לרצפים מוכרים. עקב תהליכי פירוק שעובר DNA בחלוף הזמן (בין היתר דיאמינציה וקיטוע), ה-DNA העתיק פחות איכותי מחומר גנטי מודרני. חוסר השרידות של ה-aDNA לאורך זמן מגביל את אפשרויות הניתוח שלו, ובחלוף זמן רב קשה לקבל דגימות מוצלחות. קיים מתאם בין כמות הזמן שחלפה לבין פירוק ה-DNA, אך תנאי הסביבה יכולים לגרום למתאם להיות לא אחיד. בשל כך, סביר שדגימות שהשתמרו בתנאים שונים תתפרקנה באופן שונה, גם אם גיל הדגימות זהה. תנאי הסביבה עשויים להשפיע על הדגימה גם לאחר שלב החפירה, שכן שיעורי ריקבון ה-DNA עשויים להשתנות בהתאם לתנאי האחסון. גם בתנאי השימור הטובים ביותר, 0.4-1.5 מיליון שנים הן הגבול העליון לגיל הדגימה המאפשר ריצוף של ה-DNA בטכנולוגיות מודרניות. במחקר שעסק בדעיכה של DNA מיטוכונדריאלי וגרעיני בעצמות מואה, הוצג מודל של פירוק DNA מיטוכונדריאלי לכדי אורך ממוצע של זוג בסיסים יחיד וזאת לאחר 6.83 מיליוני שנים בטמפרטורה של 5 - מעלות צלזיוס. קינטיקת הדעיכה נמדדה על ידי ניסויי התיישנות מואצת שהדגימו בפירוט את ההשפעה המשמעותית של תנאי האחסון (כגון טמפרטורה ולחות) על דעיכת ה-DNA. פירוק של DNA גרעיני מתרחש לכל הפחות במהירות כפולה מזה של רעהו המיטוכונדריאלי. מסיבה זו, המסקנות במחקרים מוקדמים שדיווחו על שחזור של DNA עתיק בהרבה, לדוגמה של הדינוזאור מתקופת הקרטיקון, ייתכן כי נבעו מזיהום של הדגימה. מאמר ביקורתי שסקר את הספרות בנושא DNA עתיק במהלך שנות התפתחות התחום, גרס כי מספר מחקרים שנעשו לאחר שנת 2002 הצליחו בהגברת DNA שמוצה משרידים בני למעלה ממאות אלפי שנים. הערכת סיכונים מקיפה יותר שנעשתה לגבי זיהום סביבתי, כמו גם מחקרים בנושא היציבות הכימית של DNA, הציפו סימני שאלה לגבי הממצאים שפורסמו עד אותה עת. כך, ה-DNA שנטען כי מוצה מדינוזאור נחשף בהמשך ככרומוזום Y אנושי, וכן ה-DNA שדווח כי היה עטוף בהלו-בקטריה ספג ביקורת שהתבססה על הדמיון שלו לבקטריות מודרניות, מה שהצביע על קיומו של זיהום. מחקר משנת 2007 הציע כי דגימות ה-DNA הבקטריאלי הללו ככל הנראה לא שרדו מימי קדם ועד זמננו, אלא המדובר בתוצר של פעילות מטבולית איטית וארוכת שנים. DNA עתיק עשוי לכלול כמות גדולה של מוטציות הנוצרות לאחר המוות, והמתעצמות ברבות הזמן. מספר אזורים של הפולי-נוקלאוטיד רגישים יותר לפירוק שכזה, כך שרצף מידע יכול עקרונית "לעקוף" מסננים סטטיסטיים שמטרתם לוודא את תקפות המידע בעת תהליך ניתוח הנתונים. למול שגיאות ריצוף אפשריות, יש לנקוט משנה זהירות בכל הקשור לפרשנות של גודל האוכלוסייה הנחקרת. התמרות כימיות שמקורן בדיאמינציה של שיירי ציטוזין נוטות להופיע בהמוניהן ברצפי DNA עתיק. קידוד שגוי מציטוזין לתימין ומגואנין לאדנין ניצב בבסיס מרבית השגיאות הללו. על אף הבעיות שנקשרו בשמו של DNA מתקופת טרום-המבול, פורסמה מאז מיסוד התחום שורה הולכת וגדלה של רצפי DNA עתיק שמוצו ממינים רבים של בעלי חיים וצמחים. רקמות שנבחנו כוללות שרידי בעלי חיים שנחנטו מלאכותית או טבעית, עצמות, צואה קדומה, דוגמאות כוהל שנשתמרו, ערימות פסולת של מכרסמים, שרידי צמחים יבשים, וכן מיצויים של DNA מבעלי חיים או צמחים היישר מתוך דגימות קרקע. ביוני 2013, קבוצה של חוקרים ובהם אסקה ווילרסלב, מרכוס תומאס, פיוס גילברט ואורלנדו לודוביק מהמרכז לגאו-גנטיקה במוזיאון הטבע של דנמרק (המשויך לאוניברסיטת קופנהגן) הכריזה כי הצליחה לרצף DNA של סוס, בן 560–780 אלפי שנים, וזאת באמצעות מיצוי חומרים מעצם רגלית שנמצאה קבורה בקפאת-עד ביוקון שבקנדה. קבוצה גרמנית פרסמה, גם כן בשנת 2013, כי הצליחה לשחזר גנום מיטוכונדריאלי של דב בן למעלה מ-300 אלפי שנים, ובכך הוכיחה כי DNA עתיק אותנטי יכול להשתמר במשך מאות אלפי שנים מחוץ לקפאת-עד. בשנת 2021 דווח כי רצף DNA עתיק אף יותר, אשר השתמר בקפאת-עד, מוצה מתוך שתי ממותות סיביריות בנות למעלה ממיליון שנה. בשנת 2016 נחקר DNA כלורופלסטי שמוצה מליבת משקעים ימיים, ונמצא DNA של צורניות שמתוארך ל-1.4 מיליון שנה טרם זמננו ובכך נקבע שיא חדש של גיל DNA עתיק אותנטי. קבוצתו של קירקפטריק מצאה כי ה-DNA עבר תהליך דעיכה לאורך זמן מחצית חיים של כ-100 אלף שנים, לאחריו התרחשה דעיכה בקצב איטי יותר (שמתואר מתמטית על ידי חוק חזקה). בשל העניין האנתרופולוגי, הארכאולוגי והציבורי בשרידי אדם, אלו זכו לתשומת לב רבה של חוקרי DNA. בעיית הזיהום מתגברת בחקר דגימות אנושיות, שכן הדגימות מגיעות ממין זהה לזה של החוקרים שאוספים ומעריכים את הדגימות. בשל אופן השימור של מומיות, מחקרים רבים משנות ה-90 וה-2000 השתמשו ברקמה חנוטה כמקור ל-DNA אנושי עתיק. חלק מהמקורות הללו כוללים דגימות שהשתמרו באופן טבעי, למשל מומיות שהשתמרו בקרח, כגון אצי, איש הקרח, או מומיות שנשמרו ביובש, כמו מומיות הנמצאות בגובה רב בהרי האנדים. כמו כן, נעשה גם שימוש ברקמות שהשתמרו באופן מלאכותי, למשל במומיות שנחנטו במצרים העתיקה. עם זאת, דגימות חנוטות הן משאב מוגבל. רוב המחקרים שעוסקים ב-aDNA אנושי התמקדו בהפקת DNA משני מקורות נפוצים יותר שניתן למצוא בחפירות ארכאולוגיות - עצמות ושיניים. העצם שמשתמרת בצורה הטובה ביותר היא הפטרוס, בזכות המבנה הצפוף שלה. לכן, זו העצם הנפוצה ביותר לשימוש בהפקת aDNA. ניתן גם להפיק DNA ממקורות נוספים, למשל מצואה מאובנת, ומשיער. DNA של פתוגנים עתיקים הופק בהצלחה מדגימות שגילן מתוארך ליותר מ-5,000 שנים בבני אדם, ולמעל 17,000 שנים במינים אחרים. בנוסף למקורות הרגילים שמשמשים להפקת DNA כמו רקמות חנוטות, עצמות ושיניים, המחקרים בתחום בחנו גם מגוון דגימות של רקמות אחרות, כולל דגימות מקרום החזה, קמות משומרות בפרפין, ורקמות שנשתמרו בפורמלין. כדי לאפשר הפקת aDNA מפתוגנים וממיקרואורגניזמים, פותחו כלים חישוביים לניתוח aDNA, כדוגמת QIIME ו-FALCON. בנובמבר 2015, מדענים דיווחו על מציאת שן בת 110,000 שנים המכילה DNA של האדם הדניסובי, מין נכחד של בני אדם בסוג הומו. מחקרים נוספים חשפו מידע על קשרים בין אבותיהם של תושבי מרכז אסיה לבין העמים הילידים של ישבת אמריקה. באזור יבשת אפריקה, DNA מתכלה במהירות גדולה יותר בגלל האקלים הטרופי החם, אך בספטמבר 2017 נמצאו דגימות DNA עתיקות, שגילן תוארך לכ-8,100 שנים. DNA עתיק שימש חוקרים בניסיונות תארוך של התפצלות האנושות המודרנית ממיני אדם אחרים. באמצעות ריצוף גנומים אפריקאיים של שלושה ציידים לקטים מתקופת האבן (בני 2000 שנה) וארבעה חקלאים מתקופת הברזל (בני 300 עד 500 שנים), החוקרים הצליחו לשער שההתפצלות הקדומה ביותר בין אוכלוסיות אנושיות התרחשה לפני 350,000 עד 260,000 שנים. נכון לשנת 2021, הגנומים האנושיים העתיקים ביותר ששוחזרו לחלוטין הם בני כ-45,000 שנים. נתונים גנטיים תורמים לקבלת תמונה מדויקת יותר של ההגירה ושל ההיסטוריה הגנטית האנושית, ומאפשרים להבין את הרגלי הרבייה של בני אדם קדומים עם מיני אדם אחרים, למשל עם האדם הניאנדרטלי. DNA עתיק משמש לעיתים עבור דמויות פוליטיות לחיזוק הלאומיות. כך למשל, טען ראש ממשלת הונגריה ויקטור אורבן כי מחקר גנטי תומך בקשר שבין הלאום ההונגרי לשבטי ההונים בני המאה ה-5; גם ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו השתמש בממצאים פלאוגנטיים על מנת לטעון כי מוצא הפלשתים ממערב אירופה ולא מארץ ישראל. בנוסף לכך, עשויות להתעורר דילמות לגבי ההקשר התרבותי של ממצאי ה-DNA העתיק, שכן לא תמיד ישנו קשר תרבותי שריר בין קהילות עתיקות לבין צאצאיהן. גם תהליך מיצוי ה-DNA עצמו עלול לפגוע במסורות של קהילות ילידיות, שכן במהלכו עלול להיגרם נזק לעצמות העתיקות. על מנת להתמודד עם בעיות אתיות אלה, בשנת 2021 פורסם לראשונה במגזין Nature קוד אתי המכתיב קווים מנחים לעוסקים בפלאוגנטיקה ובפרט בחקר DNA עתיק, אשר נכתב על ידי חוקרים מלמעלה מ-30 מדינות. פלאוגנטיקה סוונטה פבו, ממייסדי תחום הפלאוגנטיקה, חתן פרס נובל לרפואה או פיזיולוגיה לשנת 2022 Beth Shapiro, Michael Hofreiter (eds.), Ancient DNA: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology volume 840, Humana press (2012) Michael Haslam, Gail Robertson, Alison Crowther, Sue Nugent, Luke Kirkwood, Archaeological Science Under a Microscope: Studies in Residue and Ancient DNA Analysis in Honour of Thomas H. Loy, ANU press (2011) Susanne Hummel (auth.), Ancient DNA Typing: Methods, Strategies and Applications, Springer-Verlag Berlin Heidelberg (2003) Bernd Herrmann, Susanne Hummel (auth. and eds.), Ancient DNA: Recovery and Analysis of Genetic Material from Paleontological, Archaeological, Museum, Medical, and Forensic Specimens, Springer-Verlag New York (1994) מדיה וקבצים בנושא DNA עתיק בוויקישיתוף Ancient DNA - an overview | ScienceDirect Topics, www.sciencedirect.com Eske Willerslev, Alan Cooper, Ancient DNA, Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 272, 2005-01-07, עמ' 3–16 doi: 10.1098/rspb.2004.2813 Morten E. Allentoft, Matthew Collins, David Harker, James Haile, The half-life of DNA in bone: measuring decay kinetics in 158 dated fossils, Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 279, 2012-12-07, עמ' 4724–4733 doi: 10.1098/rspb.2012.1745 Eske Willerslev, Anders J. Hansen, Regin Rønn, Tina B. Brand, Long-term persistence of bacterial DNA, Current Biology 14, 2004-01-06, עמ' R9–R10 doi: 10.1016/j.cub.2003.12.012 "DNA sequences from the quagga, an extinct member of the horse family". Nature. 312 (5991): 282–4. 1984. Bibcode:1984Natur.312..282H. doi:10.1038/312282a0. PMID 6504142. "Preservation of DNA in ancient Egyptian mummies". J. Archaeol. Sci. 12 (6): 411–17. 1985a. doi:10.1016/0305-4403(85)90002-0. "Molecular cloning of Ancient Egyptian mummy DNA". Nature. 314 (6012): 644–5. 1985b. Bibcode:1985Natur.314..644P. doi:10.1038/314644a0. PMID 3990798. "Molecular genetic investigations of ancient human remains". Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 51 (Pt 1): 441–6. 1986. doi:10.1101/SQB.1986.051.01.053. PMID 3107879. "Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction". Methods in Enzymology. 155: 335–50. 1987. doi:10.1016/0076-6879(87)55023-6. ISBN 978-0-12-182056-5. PMID 3431465. "Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase". Science. 239 (4839): 487–91. בינואר 1988. Bibcode:1988Sci...239..487S. doi:10.1126/science.239.4839.487. PMID 2448875. {{cite journal}}: (עזרה) "Recovery of antediluvian DNA". Nature. 365 (6448): 700. באוקטובר 1993. Bibcode:1993Natur.365..700L. doi:10.1038/365700a0. PMID 8413647. {{cite journal}}: (עזרה) "Isolation and partial characterisation of DNA from the bee Problebeia dominicana (Apidae:Hymenoptera) in 25–40 million year old amber". Med Sci Res. 20: 249–51. 1992a. "Enzymatic amplification and nucleotide sequencing of portions of the 18S rRNA gene of the bee Problebeia dominicana (Apidae:Hymenoptera) isolated from 25–40 million year old Dominican amber". Med Sci Res. 20: 619–22. 1992b. "Extracting DNA from the gut microbes of the termite (Zootermopsis nevadensis)". Journal of Visualized Experiments (4): 195. 2007. doi:10.3791/195. PMC 2556161. PMID 18979000. "Very old DNA". Current Opinion in Genetics & Development. 4 (6): 810–5. בדצמבר 1994. doi:10.1016/0959-437x(94)90064-7. PMID 7888749. {{cite journal}}: (עזרה) "Bacillus DNA in fossil bees: an ancient symbiosis?". Applied and Environmental Microbiology. 60 (6): 2164–2167. ביוני 1994. doi:10.1128/aem.60.6.2164-2167.1994. PMC 201618. PMID 8031102. {{cite journal}}: (עזרה) "Amplification and sequencing of DNA from a 120-135-million-year-old weevil". Nature. 363 (6429): 536–538. ביוני 1993. doi:10.1038/363536a0. PMID 8505978. {{cite journal}}: (עזרה) "Amplification and analysis of Miocene plant fossil DNA". Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. 333 (1268): 419–26, discussion 426–7. בספטמבר 1991. doi:10.1098/rstb.1991.0092. PMID 1684052. {{cite journal}}: (עזרה) "Chloroplast DNA sequence from a miocene Magnolia species". Nature. 344 (6267): 656–8. באפריל 1990. Bibcode:1990Natur.344..656G. doi:10.1038/344656a0. PMID 2325772. {{cite journal}}: (עזרה) Woodward (בנובמבר 1994). "DNA sequence from Cretaceous period bone fragments". Science. 266 (5188): 1229–1232. Bibcode:1994Sci...266.1229W. doi:10.1126/science.7973705. PMID 7973705. {{cite journal}}: (עזרה) "Molecular cloning and sequencing of the 18S rDNA from specialized dinosaur egg fossil found in Xixia Henan, China". Acta Sci Nat Univ Pekinensis. 31: 140–47. 1995. "DNA isolation and sequence analysis of dinosaur DNA from Cretaceous dinosaur egg in Xixia Henan, China". Acta Sci Nat Univ Pekinensis. 31: 148–52. 1995. "Isolation of a 250 million-year-old halotolerant bacterium from a primary salt crystal". Nature. 407 (6806): 897–900. באוקטובר 2000. Bibcode:2000Natur.407..897V. doi:10.1038/35038060. PMID 11057666. {{cite journal}}: (עזרה) "Recovery of 16S ribosomal RNA gene fragments from ancient halite". Nature. 417 (6887): 432–6. במאי 2002. Bibcode:2002Natur.417..432F. doi:10.1038/417432a. PMID 12024211. {{cite journal}}: (עזרה) "Genetic analyses from ancient DNA" (PDF). Annual Review of Genetics. 38 (1): 645–79. 2004. doi:10.1146/annurev.genet.37.110801.143214. PMID 15568989. אורכב מ-המקור (PDF) ב-17 בדצמבר 2008. {{cite journal}}: (עזרה) "Novel high-resolution characterization of ancient DNA reveals C > U-type base modification events as the sole cause of post mortem miscoding lesions". Nucleic Acids Research. 35 (17): 5717–28. 2007. doi:10.1093/nar/gkm588. PMC 2034480. PMID 17715147. "New insights on single-stranded versus double-stranded DNA library preparation for ancient DNA". BioTechniques. 59 (6): 368–71. בדצמבר 2015. doi:10.2144/000114364. PMID 26651516. {{cite journal}}: (עזרה) "Library construction for ancient genomics: single strand or double strand?". BioTechniques. 56 (6): 289–90, 292–6, 298, passim. ביוני 2014. doi:10.2144/000114176. PMID 24924389. {{cite journal}}: (עזרה) "Ancient DNA comes of age". PLOS Biology. 3 (2): e56. בפברואר 2005. doi:10.1371/journal.pbio.0030056. PMC 548952. PMID 15719062. {{cite journal}}: (עזרה) Marie-Theres Gansauge, Matthias Meyer, Selective enrichment of damaged DNA molecules for ancient genome sequencing, Genome Research 24, 2014-09, עמ' 1543–1549 doi: 10.1101/gr.174201.114 Diogo Pratas, Morteza Hosseini, Gonçalo Grilo, Armando Pinho, Metagenomic Composition Analysis of an Ancient Sequenced Polar Bear Jawbone from Svalbard, Genes 9, 2018-09-06, עמ' 445 doi: 10.3390/genes9090445 Montgomery Slatkin, Fernando Racimo, Ancient DNA and human history, Proceedings of the National Academy of Sciences 113, 2016-06-07, עמ' 6380–6387 doi: 10.1073/pnas.1524306113 Maxime Borry, Alexander Hübner, Adam B. Rohrlach, Christina Warinner, PyDamage: automated ancient damage identification and estimation for contigs in ancient DNA de novo assembly, PeerJ 9, 2021-07-27, עמ' e11845 doi: 10.7717/peerj.11845 Martin B. Hebsgaard, Matthew J. Phillips, Eske Willerslev, Geologically ancient DNA: fact or artefact?, Trends in Microbiology 13, 2005-05-01, עמ' 212–220 doi: 10.1016/j.tim.2005.03.010 Anders J Hansen, David L Mitchell, Carsten Wiuf, Lakshmi Paniker, Crosslinks Rather Than Strand Breaks Determine Access to Ancient DNA Sequences From Frozen Sediments, Genetics 173, 2006-06-01, עמ' 1175–1179 doi: 10.1534/genetics.106.057349 Mélanie Pruvost, Reinhard Schwarz, Virginia Bessa Correia, Sophie Champlot, Freshly excavated fossil bones are best for amplification of ancient DNA, Proceedings of the National Academy of Sciences 104, 2007-01-16, עמ' 739–744 doi: 10.1073/pnas.0610257104 Joachim Burger, Susanne Hummel, Bernd Herrmann, Winfried Henke, DNA preservation: A microsatellite-DNA study on ancient skeletal remains, ELECTROPHORESIS 20, 1999, עמ' 1722–1728 doi: 10.1002/(SICI)1522-2683(19990101)20:8<1722::AID-ELPS1722>3.0.CO;2-4 Grass RN, Heckel R, Puddu M, Paunescu D, Stark WJ, "Robust chemical preservation of digital information on DNA in silica with error-correcting codes", Angewandte Chemie, 8 54, February 2015, עמ' 2552-5 doi: 10.1002/anie.201411378 "Diverse plant and animal genetic records from Holocene and Pleistocene sediments". Science. 300 (5620): 791–5. במאי 2003. Bibcode:2003Sci...300..791W. doi:10.1126/science.1084114. PMID 12702808. {{cite journal}}: (עזרה) "Detecting dinosaur DNA". Science. 268 (5214): 1192–3, author reply 1194. במאי 1995. Bibcode:1995Sci...268.1191B. doi:10.1126/science.7605504. PMID 7605504. {{cite journal}}: (עזרה) "Ancient bacteria show evidence of DNA repair". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (36): 14401–5. בספטמבר 2007. Bibcode:2007PNAS..10414401J. doi:10.1073/pnas.0706787104. PMC 1958816. PMID 17728401. {{cite journal}}: (עזרה) "Accounting for bias from sequencing error in population genetic estimates". Molecular Biology and Evolution. 25 (1): 199–206. בינואר 2008. doi:10.1093/molbev/msm239. PMID 17981928. {{cite journal}}: (עזרה) "Patterns of damage in genomic DNA sequences from a Neandertal". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (37): 14616–21. בספטמבר 2007. Bibcode:2007PNAS..10414616B. doi:10.1073/pnas.0704665104. PMC 1976210. PMID 17715061. {{cite journal}}: (עזרה) "DNA phylogeny of the extinct marsupial wolf". Nature. 340 (6233): 465–7. באוגוסט 1989. Bibcode:1989Natur.340..465T. doi:10.1038/340465a0. PMID 2755507. {{cite journal}}: (עזרה) "Ancient bone DNA amplified". Nature. 342 (6249): 485. בנובמבר 1989. Bibcode:1989Natur.342..485H. doi:10.1038/342485a0. PMID 2586623. {{cite journal}}: (עזרה) "Independent origins of New Zealand moas and kiwis". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89 (18): 8741–4. בספטמבר 1992. Bibcode:1992PNAS...89.8741C. doi:10.1073/pnas.89.18.8741. PMC 49996. PMID 1528888. {{cite journal}}: (עזרה) "DNA from ancient mammoth bones". Nature. 370 (6488): 333–4. באוגוסט 1994. Bibcode:1994Natur.370R.333H. doi:10.1038/370333b0. PMID 8047136. {{cite journal}}: (עזרה) "Tracking the origins of the cave bear (Ursus spelaeus) by mitochondrial DNA sequencing". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 91 (25): 12336–40. בדצמבר 1994. Bibcode:1994PNAS...9112336H. doi:10.1073/pnas.91.25.12336. PMC 45432. PMID 7991628. {{cite journal}}: (עזרה) "Molecular coproscopy: dung and diet of the extinct ground sloth Nothrotheriops shastensis". Science. 281 (5375): 402–6. ביולי 1998. Bibcode:1998Sci...281..402P. doi:10.1126/science.281.5375.402. PMID 9665881. {{cite journal}}: (עזרה) "A molecular analysis of ground sloth diet through the last glaciation". Molecular Ecology. 9 (12): 1975–84. בדצמבר 2000. doi:10.1046/j.1365-294X.2000.01106.x. PMID 11123610. {{cite journal}}: (עזרה) "Methods for the recovery of mitochondrial DNA sequences from museum specimens of myiasis-causing flies". Medical and Veterinary Entomology. 16 (1): 39–45. במרץ 2002. doi:10.1046/j.0269-283x.2002.00336.x. PMID 11963980. {{cite journal}}: (עזרה) "Molecular analysis of an 11,700-year-old rodent midden from the Atacama Desert, Chile". Molecular Ecology. 11 (5): 913–24. במאי 2002. doi:10.1046/j.1365-294X.2002.01492.x. PMID 11975707. {{cite journal}}: (עזרה) "Evolution of maize inferred from sequence diversity of an Adh2 gene segment from archaeological specimens". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 90 (5): 1997–2001. במרץ 1993. Bibcode:1993PNAS...90.1997G. doi:10.1073/pnas.90.5.1997. PMC 46007. PMID 8446621. {{cite journal}}: (עזרה) "Amplification of oak DNA from ancient and modern wood". Molecular Ecology. 8 (12): 2137–40. בדצמבר 1999. doi:10.1046/j.1365-294x.1999.00788.x. PMID 10632865. {{cite journal}}: (עזרה) "Ancient DNA". Proceedings. Biological Sciences. 272 (1558): 3–16. בינואר 2005. doi:10.1098/rspb.2004.2813. PMC 1634942. PMID 15875564. {{cite journal}}: (עזרה) Erika Check Hayden (26 ביוני 2013). "First horses arose 4 million years ago". Nature. doi:10.1038/nature.2013.13261. {{cite news}}: (עזרה) "World's Oldest Genome Sequenced From 700,000-Year-Old Horse DNA". National Geographic. 7 בנובמבר 2017. {{cite web}}: (עזרה) "Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse". Nature. 499 (7456): 74–8. ביולי 2013. Bibcode:2013Natur.499...74O. doi:10.1038/nature12323. PMID 23803765. {{cite journal}}: (עזרה) "Complete mitochondrial genome sequence of a Middle Pleistocene cave bear reconstructed from ultrashort DNA fragments". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (39): 15758–63. בספטמבר 2013. Bibcode:2013PNAS..11015758D. doi:10.1073/pnas.1314445110. PMC 3785785. PMID 24019490. {{cite journal}}: (עזרה) "World's oldest DNA sequenced from a mammoth that lived more than a million years ago". CNN News. 17 בפברואר 2021. נבדק ב-17 בפברואר 2021. {{cite news}}: (עזרה) "Million-year-old mammoth genomes shatter record for oldest ancient DNA". Nature. 590 (7847): 537–538. בפברואר 2021. doi:10.1038/d41586-021-00436-x. {{cite journal}}: (עזרה) "Fossil DNA persistence and decay in marine sediment over hundred-thousand-year to million-year time scales". Geology (באנגלית). 44 (8): 615–18. 2016-07-08. Bibcode:2016Geo....44..615K. doi:10.1130/g37933.1. ISSN 0091-7613. Henryk Jurasz, Tomasz Pawłowski, Karol Perlejewski, Contamination Issue in Viral Metagenomics: Problems, Solutions, and Clinical Perspectives, Frontiers in Microbiology 12, 2021, עמ' 3037 doi: 10.3389/fmicb.2021.745076 Kay Prüfer, Cosimo Posth, He Yu, Alexander Stoessel, A genome sequence from a modern human skull over 45,000 years old from Zlatý kůň in Czechia, Nature Ecology & Evolution 5, 2021-06, עמ' 820–825 doi: 10.1038/s41559-021-01443-x S. Paabo, Molecular Genetic Investigations of Ancient Human Remains, Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology 51, 1986-01-01, עמ' 441–446 doi: 10.1101/SQB.1986.051.01.053 Rafael Montiel, Assumpcio Malgosa, Paolo Francalacci, Authenticating Ancient Human Mitochondrial DNA, Human Biology 73, 2001, עמ' 689–713 doi: 10.1353/hub.2001.0069 Catherine Hänni, Vincent Laudet, Jean Coll, Dominique Stehelin, An Unusual Mitochondrial DNA Sequence Variant from an Egyptian Mummy, Genomics 22, 1994-07, עמ' 487–489 doi: 10.1006/geno.1994.1417 Ron Pinhasi, Daniel Fernandes, Kendra Sirak, Mario Novak, Optimal Ancient DNA Yields from the Inner Ear Part of the Human Petrous Bone, PLOS ONE 10, 2015-06-18, עמ' e0129102 doi: 10.1371/journal.pone.0129102 H. N. Poinar, M. Kuch, K. D. Sobolik, I. Barnes, A molecular analysis of dietary diversity for three archaic Native Americans, Proceedings of the National Academy of Sciences 98, 2001-04-10, עמ' 4317–4322 doi: 10.1073/pnas.061014798 M.Thomas P Gilbert, Andrew S Wilson, Michael Bunce, Anders J Hansen, Ancient mitochondrial DNA from hair, Current Biology 14, 2004-06, עמ' R463–R464 doi: 10.1016/j.cub.2004.06.008 H. D. Donoghue, M. Spigelman, J. Zias, A. M. Gernaey-Child, Mycobacterium tuberculosis complex DNA in calcified pleura from remains 1400 years old, Letters in Applied Microbiology 27, 1998-11, עמ' 265–269 doi: 10.1046/j.1472-765X.1998.t01-8-00449.x P. J. Jackson, M. E. Hugh-Jones, D. M. Adair, G. Green, PCR analysis of tissue samples from the 1979 Sverdlovsk anthrax victims: The presence of multiple Bacillus anthracis strains in different victims, Proceedings of the National Academy of Sciences 95, 1998-02-03, עמ' 1224–1229 doi: 10.1073/pnas.95.3.1224 C. F. Basler, A. H. Reid, J. K. Dybing, T. A. Janczewski, Sequence of the 1918 pandemic influenza virus nonstructural gene (NS) segment and characterization of recombinant viruses bearing the 1918 NS genes, Proceedings of the National Academy of Sciences 98, 2001-02-27, עמ' 2746–2751 doi: 10.1073/pnas.031575198 Jeffery K. Taubenberger, Ann H. Reid, Amy E. Krafft, Karen E. Bijwaard, Initial Genetic Characterization of the 1918 “Spanish” Influenza Virus, Science 275, 1997-03-21, עמ' 1793–1796 doi: 10.1126/science.275.5307.1793 QIIME, qiime.org Diogo Pratas, Armando J. Pinho, Raquel M. Silva, João M. O. S. Rodrigues, FALCON-meta: a method to infer metagenomic composition of ancient DNA, 2018-02-18 doi: 10.1101/267179. Zimmer, Carl (2015-11-16). "In a Tooth, DNA From Some Very Old Cousins, the Denisovans". The New York Times (באנגלית אמריקאית). ISSN 0362-4331. נבדק ב-2021-12-25. Susanna Sawyer, Gabriel Renaud, Bence Viola, Jean-Jacques Hublin, Nuclear and mitochondrial DNA sequences from two Denisovan individuals, Proceedings of the National Academy of Sciences 112, 2015-12-22, עמ' 15696–15700 doi: 10.1073/pnas.1519905112 "Great Surprise"—Native Americans Have West Eurasian Origins, Science, ‏2013-11-22 (באנגלית) Zimmer, Carl (2017-09-21). "Clues to Africa's Mysterious Past Found in Ancient Skeletons". The New York Times (באנגלית אמריקאית). ISSN 0362-4331. נבדק ב-2021-12-25. Carina M. Schlebusch, Helena Malmström, Torsten Günther, Per Sjödin, Southern African ancient genomes estimate modern human divergence to 350,000 to 260,000 years ago, Science 358, 2017-11-03, עמ' 652–655 doi: 10.1126/science.aao6266 Max Planck Society, Neanderthal ancestry identifies oldest modern human genome, phys.org (באנגלית) Mateja Hajdinjak, Fabrizio Mafessoni, Laurits Skov, Benjamin Vernot, Initial Upper Palaeolithic humans in Europe had recent Neanderthal ancestry, Nature 592, 2021-04-08, עמ' 253–257 doi: 10.1038/s41586-021-03335-3 Europe’s oldest known humans mated with Neandertals surprisingly often, Science News, ‏2021-04-07 (באנגלית אמריקאית) ניר חסון, כדי למנוע שימוש גזעני, עשרות חוקרים חיברו קוד אתי לשימוש בדנ"א קדום, באתר הארץ, 19 בנובמבר 2021 אוניברסיטת תל אביב, לראשונה – בכירי החוקרים בעולם של דנ"א עתיק ניסחו קוד אתי בינלאומי, באתר הידען, ‏22 בנובמבר 2021