רוברט אדוארד לי

רוברט אדוארד לי (באנגלית: Robert Edward Lee; בדרך כלל באנגלית שמו מקוצר ל-Robert E. Lee, רוברט אִי לִי; ‏19 בינואר 1807 – 12 באוקטובר 1870) היה קצין צבא אמריקאי, שערק לטובת הקונפדרציה במלחמת האזרחים האמריקנית, ונלחם למען המשך מוסד העבדות. במהלך המלחמה זכה לניצחונות מזהירים, אך גם להפסדים צורבים, והעיקרי בהם בקרב גטיסברג, שעצר את פלישת כוחות הדרום למדינות הצפון. בחודשים האחרונים למלחמה מונה למפקד הכללי של צבא הקונפדרציה, וזמן קצר לאחר מכן נכנע לכוחות ארצות הברית ב-9 באפריל 1865, בסיומו של קרב אפומטוקס. לאחר המלחמה פעל לפיוס בין הצפון לדרום ובילה את שנותיו האחרונות כנשיא קולג'. הגנרל לי נותר דמות סמלית, כמעט מיתולוגית, של הקונפדרציה עד עצם היום הזה. לי נולד באחוזת סטרטפורד הול, במחוז וסטמורלנד, וירג'יניה. משפחת לי הייתה משפחה מכובדת ורבת השפעה בווירג'יניה. לי היה ילדם הרביעי של גיבור מלחמת העצמאות האמריקאית, הנרי לי (שכונה "הארי סוס קל") ואשתו אן היל (קרטר) לי. לאחר מלחמת העצמאות ופרישתו מהשירות הצבאי, אביו של רוברט, הנרי לי, נכנס לחובות כספיים כבדים עד לנקודה שהיה עליו לשרת במחנה מאסר לעבודות כפייה כדי לשלם את חובותיו. רוברט נולד לתוך המצוקה הכלכלית של משפחתו והיה מרוחק מאביו בילדותו המוקדמת. אף על פי כן, כאשר שוחרר ממחנה העבודה ראה הנרי לי בראש סדר עדיפויותיו את החינוך של בנו. הנרי לי חינך את בנו רוברט בניסיון חייו בצורה עצמאית וכל זאת בתקווה שרוברט לימים ישיב למשפחה את כבודה האבוד. הנרי לי היה תומך נלהב של המפלגה הפדרליסטית ופעמים רבות סבל מנידוי חברתי ורדיפות על רקע פוליטי שכן וירג'יניה הייתה לב התמיכה של המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית אשר בבסיסה הייתה אנטי-פדרליסטית. המפלגה הפדרליסטית תמכה בחיזוק יחסי ארצות הברית–הממלכה המאוחדת, ולכן בפרוץ מלחמת 1812 בין ארצות הברית והאימפריה הבריטית, המתח הפוליטי בתוך ארצות הברית רק החמיר. מהומות פרצו בעיר בולטימור במרילנד כאשר עיתון פדרליסטי פרסם מאמר שהתנגד למלחמה. בתגובה תקפו תומכים קיצוניים של המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית את המוציא לאור של העיתון בטענה שהיה פרו-בריטי. לאחר המהומה החלו התנכלויות של גורמים קיצוניים נגד פרו-פדרליסטים ופרו-בריטים. זמן קצר לאחר מכן המוציא לאור של העיתון פתח סניף חדש והעסיק את הנרי לי להגן על העסק שלו מפני פורעים נוספים. כאשר התארגן הנרי לי ומספר אנשי צבא נוספים להגן על הסניף, גורמים ממשלתיים הורו להם להניח את נשקם. הנרי לי וכלל המועסקים בהוצאה לאור נלקחו לבית הסוהר בבולטימור היכן שראש העיר הבטיח כי ישמרו בידי סוהרים מפני פורעים. הבטחתו של ראש העיר לא מולאה ועוד באותו לילה פרצו מאות פורעים לבית הסוהר וביצעו לינץ' בן מספר שעות באסירים. לאחר האירוע הנרי לי ברח בשן ועין לגלות באיי הקריביים. כאשר הבין שסיכוייו להתחיל חיים חדשים נמוכים מאוד, הנרי לי החליט לשוב למשפחתו אך נפטר בדרכו בעודו בג'ורג'יה. רוברט היה בן 11 בלבד במות אביו, אך סופר לו על כך רק בגיל 12. רוברט נותר בחסות אמו, אן היל (קרטר) לי, אישה בעלת ערכים נאצלים וחזון אשר חיזקה את רוחו של בנה וקראה לו לטפח את כישוריו החברתיים ומיומנויותיו. באותה העת נהג רוברט לקרוא ברישומיו המאוחרים של אביו המנוח, היכן שחונך כי עליו לאחוז בערכים לפני שיאחז ביוקרה או בכבוד. כאשר חלתה אמו, רוברט הפך לבעל אחוזת המשפחה ודאג לשלום אמו ואחותו הקטנה. במקביל דאג לשמור על סדרי לימודיו שהתאפשרו לו נכון לאותה העת בהתחשב במצבה הכלכלי של המשפחה. הכספים המעטים שנותרו בחזקתו של לי ולא שימשו לצרכים בסיסיים שימשו לתשלום עבור לימודיו ולתמוך במשפחתו, כולל אחיו למחצה הנרי לי הרביעי (שכונה "הארי סוס שחור"). הנרי לי הרביעי עסק בכתיבת נאומים עבור נשיא ארצות הברית המכהן, אנדרו ג'קסון וסגן הנשיא ג'ון קלהון. בסיום לימודיו בבית הספר עמד לי אל מול הצורך לבחור קריירה עתידית. קריירה צבאית לא הייתה בחירתו הראשונית אך בהתחשב במצבו הכלכלי הבעייתי ובמשמעת הרבה שבה אחז הוא התאים לשירות צבאי. לי נרשם לאקדמיה הצבאית האמריקאית וסט פוינט ב-1825, בה סיים את לימודיו בשנת 1829 מקום שני בכיתתו. לי הרוויח את קבלתו לוסט פוינט דרך קשריו עם ג'ון קלהון, ששירת באותה העת בתפקיד מזכיר המלחמה. הוא הוצב בחיל ההנדסה של צבא ארצות הברית בדרגת לויטננט מדרגה שנייה. הליך הענקת הבגרויות נמשך חודשיים, ובמהלכם ניתן ללי לטפל באמו האלמנה אשר חלתה והייתה על ערש דווי. לאחר מותה ב-10 ביולי, הוא בילה בביקור אצל קרובי משפחה וביקר לעיתים קרובות בארלינגטון, בביתו של ג'ורג' וושינגטון פארק קוסטיס, בנו המאומץ של ג'ורג' וושינגטון. שם חיזר לי אחר בתו של קוסטיס, מרי אן רנדולף קוסטיס (1873-1803), נינתה של מרתה וושינגטון, אותה הכיר לי עוד מילדותו. לי שירת 17 חודשים בפורט פולסקי באיי קוקספור, ג'ורג'יה. ב-1831 הועבר לפורט מונרו, וירג'יניה, כעוזר מהנדס. במהלך שירותו שם נישא למארי אן רנדולף קסטיס, החתונה התקיימה בשירלי פלנטיישן במחוז צ'ארלס סיטי, וירג'יניה, מקום הולדתה של הכלה. הם התגוררו באחוזת קוסטיס, על גדות נהר הפוטומק בארלינגטון, מול מחוז קולומביה. האחוזה משמשת היום כאתר הנצחה. נולדו להם שלושה בנים וארבע בנות - ג'ורג' וושינגטון קוסטיס, ויליאם ה. פיצהוי, רוברט אדוארד, מארי, אגנס, אנני ומילדרד. משימותיו הצבאיות הראשונות של לי היו עזרה בתכנון הקמת פורט פולאסקי על נהר סוואנה בג'ורג'יה (1829–1831) ומבצר מונרו באולד פוינט קומפורט בווירג'יניה (1831–1834). מפורט מונרו, לי נסע באוגוסט 1834 לפורט קלהון על ריפ ראפס בדרכי המפטון הסמוכים לפורט מונרו ואז באוקטובר הוצב במפקדת חיל ההנדסה בוושינגטון. לי שירת כעוזר במשרד המהנדס הראשי בוושינגטון בין השנים 1834 ו-1837, פרט לקיץ של שנת 1835, בו סייע לקבוע את הגבול בין מדינות אוהיו ומישיגן. ב-1837 קיבל את הפיקוד המשמעותי הראשון שלו, כלויטננט ראשון של קבוצת מהנדסים ופיקד על עבודות הנדסה בנמל סנט לואיס ובנהרות המיסיסיפי והמיזורי. עבודתו שם הביאה לקידומו לדרגת קפטן וב-1841 הועבר לפורט המילטון בנמל ניו יורק, שם ניהל את בניית הביצורים. מהנדסי הצבא הכירו בהצטיינותו של לי ומינו אותו לוועד קצינים שהשתתף בבחינות הגמר של וסט פוינט ביוני 1844 וכן כחבר במועצת המהנדסים להגנת החוף האטלנטי ב-8 בספטמבר 1845. לי הצטיין במהלך מלחמת ארצות הברית–מקסיקו (1846-1848). בשלב מוקדם במלחמה שירת לי תחת פיקודו של הגנרל ג'ון א. וול בצפון מקסיקו (חילו של וול היה תחת הפיקוד הכללי של זאכרי טיילור; המפקד העליון של צבא הכיבוש האמריקאי במקסיקו). קודם לקרב בואנה ויסטה ערך לי סקירה הנדסית של תקינות הארטילריה האמריקאית, שהייתה בעלת תפקיד מכריע בניצחון על המקסיקנים בקרב. לאחר הקרב הועבר למערכה במרכז מקסיקו והחל לשרת כאחד מהעוזרים הראשיים של וינפילד סקוט במהלך הצעדה מוראקרוס למקסיקו סיטי. קפטן לי התייעץ בקפידה בנוגע למצב הכוחות בשני הצדדים ובנוגע להצבת הארטילריה. נוסף על כך, לי למד מהאסטרטגיה הצבאית של סקוט ומהתקדמות כוחותיו לעבר מקסיקו סיטי. הוא מילא תפקיד חיוני בכמה מהניצחונות האמריקאים בזכות המודיעין שאסף - הוא זיהה דרכי התקפה שלא הוגנו על ידי המקסיקנים, כיוון שאלה חשבו שהשטח בלתי עביר. במהלך קרב צ'רו גורדו באפריל 1847 היה זה קפטן לי הצעיר שפיקד על יחידת חיל הרגלים שפרצה דרך האש הרצופה ותקפה את האגף השמאלי המקסיקני, תמרן הסדר מיקום של ארטילריה אמריקאית על גבעות חיוניות, וניתב את כוחותיו בדרכי פתע לעבר הכוחות המקסיקנים הלא מוכנים. הוא קודם לדרגת מייג'ור לאחר קרב צ'רו גורדו. לקראת סוף המלחמה קודם לדרגת לויטננט קולונל. באוגוסט אותה השנה פגשו הכוחות האמריקאים במחסום של לבה געשית שבלם את התקדמותם לעבר המקסיקנים בקרב קונטררס. הודות לכישוריו המודיעיניים ניתב לי את הכוחות האמריקאים דרך מעבר לא מוכר מסביב ללבה הגעשית ובכך הפתיע את המקסיקנים פעם נוספת. לי עצמו חצה את שדה הלבה, המכונה פדרגל, ברגל במהלך הלילה כדי להנחות את התגבורת הקרבה, אותם הנחה בחזרה דרך השדה לניצחון על המקסיקנים. סקוט העיר על לי כי פעילותו באותו יום ובאותו לילה היו ”ההישג הגדול ביותר של אומץ גופני ומוסרי שביצע כל אדם, למיטב ידיעתי, נכון למלחמה.” בסופה של המלחמה הצטייר לי כיורשו המיועד של וינפילד סקוט בתור הפנים של הצבא האמריקאי. כשהגיע חזרה לוושינגטון ב-29 ביוני 1848, חידש לי את תפקידו במטה חיל ההנדסה ובוועד ההגנה על החוף האטלנטי, כאשר תפקידיו הובילו אותו מבוסטון לפלורידה ולמוביל. באפריל 1849 הוא לקח על עצמו את הניהול של בניית מצודה צבאית לחופי האוקיינוס האטלנטי כדי להגן על נמל בולטימור (המצודה נקראה פורט קרול באוקטובר 1850). המינוי הבא שלו הוכיח פעם נוספת כי הצבא ראה בלי קצין מעל הממוצע ביכולותיו; ב-27 במאי 1852 הוא מונה למפקח על ווסט פוינט. הוא מילא תפקיד זה מ-1 בספטמבר 1852 עד 31 במרץ 1855, וחיזק את משמעת הצוערים, שלדעתו הייתה רופפת באופן מטריד, אך לא הותיר חותם קבוע באקדמיה. במהלך שלוש שנות פיקודו פעל לשיפור המבנים, הקורסים, ובילה זמן רב עם הצוערים. בנו הבכור, ג'ורג' וושינגטון קוסטיס לי למד בווסט פוינט בתקופה זו. קוסטיס לי סיים ב-1854, ראשון בכיתתו. עד לאותה העת, לי היה בקשר מועט ישיר עם הצבא בגבול המערבי. בזמן שהיה מפקח בווסט פוינט, מזכיר המלחמה ג'פרסון דייוויס ביקש להגדיל את הכוח הצבאי שסקר את השטחים הנרחבים שנרכשו ממקסיקו בהסכם גואדלופה אידלגו ורכישת גדסדן. השטח הנרחב היה דליל באוכלוסין וגודלו העצום הקשה על אכיפת הסמכות השלטונית של ארצות הברית. בתגובה אישר הקונגרס להקים שני רגימנטים חדשים של פרשים שילוו את שני הרגימנטים הקיימים ואת רגימנט הרובאים הקיים. דייוויס העביר החלטות רבות שנגעו לרגימנט הפרשים השני שהוקם; באותו יום שבו הוא נוצר, מונה אלברט סידני ג'ונסטון, ידידו הקרוב של דייוויס מימי ווסט פוינט, להיות מפקדו הראשי, ואילו לי הפך לסגנו של ג'ונסטון בפיקוד על הרגימנט. לי שירת עם ג'ונסטון בסנט לואיס, בטריטוריה של קנזס, ובכמה עמדות בצפון טקסס לפני שהתייצב לפיקוד בסן אנטוניו להחליף את ג'ונסטון בפיקוד. הסיורים שביצע לי או פיקד עליהם במסגרת התפקיד כללו מרדף אחרי שבטים אינדיאנים "עוינים" אך מרדפים אלו היו מעטים ורוב הזמן היה המצב בשטח שקט. לי, עם זאת, למד ממקור ראשון כיצד להתנהל בפיקוד על חיילים בשטח במצב לוגיסטי קשה. מטרתם המרכזית של הרגימנטים החדשים הייתה לסייע בהגנת המתיישבים האמריקאים מפני התקפות האפאצ'י והקומאנצ'י. אלה לא היו שנים מאושרות עבור לי, מכיוון שלא אהב להיות רחוק ממשפחתו לתקופות ארוכות, במיוחד עקב מצבה הבריאותי המתדרדר של אשתו. הוא בא לבקרה לעיתים קרובות ככל האפשר. במקרה היה בוושינגטון במהלך הפשיטה של ג'ון בראון על הרפר'ס פרי, וירג'יניה (כיום מערב וירג'יניה) ב-1859 ונשלח לשם לעצור את בראון ולהשיב את הסדר. הוא עשה זאת וחזר לגדוד שלו בטקסס. כשטקסס פרשה מארצות הברית ב-1861, לי נקרא לוושינגטון הבירה להמתין לקבלת הוראות נוספות. כחלק מהאריסטוקרטיה של מדינת וירג'יניה, חי לי בסביבה של עבדות במשך כל ימי חייו, אך מעולם לא החזיק יותר מחצי-תריסר עבדים תחת שמו. למעשה, לא היה ידוע על אף עבד בבעלותו, עד לגילויה של צוואתו (משנת 1846) ברשומות של מחוז רוקברידג', וירג'יניה. בצוואה מוזכרים שפחה בשם ננסי וילדיה, שהיו מיועדים להשתחרר עם מותו של לי. חותנו של לי, ג'ורג וושינגטון פארק קוסטיס, שמת באוקטובר 1857, הוריש לו רכוש רב (דרך אשתו), והוא זכה בשליטה על 63 עבדים - גברים, נשים וילדים, כמוציא לפועל של צוואתו של קוסטיס. לפי הצוואה על המוציא לפועל לשחרר את העבדים ב"אופן שיראה למוציא לפועל כמהיר וראוי ביותר", בתוך לא יותר מחמש שנים מיום מותו. לי החליט להרוויח כסף על ידי השכרת העבדים לעבודה במטעים במזרח וירג'יניה במהלך חמש השנים המותרות בצוואה. ההחלטה הביאה למרמור רב בקרב העבדים, שציפו להשתחרר מיד עם מותו של קוסטיס. ב-1859, שלושה מהעבדים - וסלי נוריס, אחותו מארי ובן-דודם ברחו לצפון. מכתב מ-1859 לניו יורק טריביון וריאיון עם נוריס משנת 1866 מגלים כי העבדים נתפסו מספר קילומטרים מהגבול עם פנסילבניה והוחזרו ללי. לי הורה להלקותם, ולשפשף את גביהם הפצועים במי מלח. לאחר ההלקאה הכריח את העבדים לעבוד בריצ'מונד, וירג'יניה ולאחר מכן באלבמה, ממנה ברח נוריס לצפון בינואר 1863 ובכך זכה לחירותו. לי שחרר את שאר עבדיו של קוסטיס בחורף של 1862, בתום חמש השנים. לי התנגד לפרישת מדינות הדרום, אותן כינה, במכתב משנת 1861, כ"מהפכה" ובגידה במאמצי המייסדים. אף על פי כן, לי לא העלה על דעתו את האפשרות שהממשלה הפדרלית תרים ידה על המדינות עצמן וטען כי מלחמה של ארצות הברית נגד עצמה תצלק את האומה לתמיד. לפי ראיית עולמו של לי, פרישת הדרום הייתה בגידה אך במקביל היה זה בלתי מתקבל על הדעת מבחינה מוסרית שהממשל הפדרלי ישמור על האיחוד תוך שפיכות דמים פנימית. עמדתו של לי התערערה עוד יותר כאשר וירג'יניה עצמה, ארץ מולדתו, התנדנדה בין שימור האיחוד לפרישה והצטרפות אל קונפדרציית המדינות של אמריקה. בהתחשב בערכיו המשפחתיים, האמין לי כי עליו לעמוד לצידה של וירג'יניה - מולדתו - ללא כל קשר לאיזה צד תבחר במלחמה. בסופו של דבר, נאמנותו למדינת מולדתו, וירג'יניה, גרמה לו להצטרף לקונפדרציה. ב-18 באפריל 1861, ערב מלחמת האזרחים האמריקאית, הציע הנשיא אברהם לינקולן לרוברט לי את דרגת מייג'ור ג'נרל בצבא ארצות הברית. הפנייה נעשתה בעקיפין, דרך שר המלחמה סיימון קמרון ודרך מתווך, הפוליטיקאי הרפובליקני מטעם מרילנד, פרנסיס פ. בלייר, בבית בנו של בלייר, מונטגומרי, שהיה אחראי על שירות הדואר מטעם לינקולן, בוושינגטון. לי סירב והתפטר מצבא ארצות הברית. וינפילד סקוט עצמו הציע ללינקולן למנות את לי למפקד העליון של צבא האיחוד נגד המלחמה הבלתי-נמנעת הקרבת לנוכח פרישת הדרום. שבועות מספר לפני פרישתו של לי מצבא האיחוד צוטט באומרו: ”אינני יכול להעריך אסון גדול יותר עבור האומה מאשר היפרדות האיחוד, ואני מעוניין להקריב הכל, מלבד כבוד, עבוד שימורו.” תחילה, עם פרישתו מצבא האיחוד, פעל לי בניסיון לא לבחור צד ולהישאר לא מעורב במלחמה לפני שהשתכנע להנהיג את כוחות הקונפדרציה כדי לשמור על וירג'יניה. לי רשם על כך: ”עם כל מסירותי לאיחוד ותחושת הנאמנות שלי כאזרח אמריקאי, אין ביכולתי לצאת בהחלטה ולהרים יד על מקורבי, משפחתי וביתי. על כן, התפטרתי ממשרתי בצבא. מלבד הצורך להגן על מולדתי, אני מקווה כי לעולם לא אצטרך להרים את חרבי פעם נוספת.” בפרוץ המלחמה מונה למפקד כוחות וירג'יניה ולאחר מכן לאחד מחמשת הגנרלים הראשונים של כוחות הקונפדרציה. לי סירב להציג את דרגות הגנרל, באומרו שמתוך כבוד לדרגת הקולונל שלו בצבא ארצות הברית יציג רק את שלושת הכוכבים המציינים קולונל בצבא הקונפדרציה, עד לניצחון במלחמה, שלאחריו יועלה לדרגת גנרל. לאחר פיקוד על כוחות הקונפדרציה במערב וירג'יניה, פיקד על הגנת חופי קרוליינה הדרומית, ונעשה ליועצו הצבאי של ג'פרסון דייוויס, נשיא הקונפדרציה, אותו הכיר כאמור מימיו בווסט פוינט. בתחילתה של המלחמה היו השערות בשני הצדדים כי תהיה זאת מלחמה קצרה שתימשך חודשים מספר בלבד. לי התנגד לאפשרות הזאת וטען כי: אם יהיה זה מאבק צבאות, המלחמה תימשך ארבע שנים לכל הפחות. פוליטיקאים צפוניים אינם מעריכים את הנכונות והרצון של הדרום ופוליטיקאים דרומיים אינם מעריכים את המספרים, האספקה והסיבולת הסבלנית של הצפון. שני הצדדים שוכחים שכולנו אמריקאים. אני חוזה כי על האומה לעבור ייסורים ארורים, יתכן כי תהיה זאת כפרה על חטאינו הלאומיים. ערך מורחב – מערכת חצי האי ב-1 ביוני 1862, נפצע הגנרל ג'וזף א' ג'ונסטון בקרב שבעת האורנים. לי קיבל את הפיקוד על ארמיית צפון וירג'יניה, הזדמנותו הראשונה להנהיג צבא בקרב. מיד עם מינויו היה על לי להתמודד כנגד כוחות הצפון בפיקוד הגנרל ג'ורג' מקללן שאיימו על ריצ'מונד, בירת הקונפדרציה. כוחות ארמיית הפוטומק תחת מקללן התקדמו לעבר ריצ'מונד דרך חצי האי וירג'יניה (על שם כך נקראה המערכה מערכת חצי האי) והתחלקו לשתי יחידות נפרדות שהתקדמו לעבר ריצ'מונד והתאחדו מחדש בשעריה. הלחימה נעצרה במשך מספר שבועות כאשר מקללן, בתקווה להטיל מצור על ריצ'מונד, ניסה לקרב את התותחים הגדולים שלו לעיר. לי, בינתיים, החל לתכנן מתקפת נגד, בהיותו משוכנע שכל מצור על בירת הקונפדרציה ימיט אסון על סיכוייה של הקונפדרציה כולה במלחמה. הוא הורה לחייליו של תומאס ג'ונתן "סטונוול" ג'קסון, לנוע מזרחה מעמק שננדואה - שם מנעו בהצלחה מכוחות האיחוד לתגבר את מקללן - ושלח פרשים תחת ג'יימס איוול בראון סטיוארט לרכיבה ארוכה סביב ארמיית הפוטומק למטרות איסוף מודיעין. ב-25 ביוני מקללן החל לקדם את כוחותיו באוק גרוב מדרום לעיר צ'יקהאומי. עם זאת, למחרת היום לי תקף צפונית לעיר ליד העיירה מכניקסוויל. גנרל האיחוד ג'ון פורטר צלח בהתגוננות בפני התקפות הקונפדרציה, ואף על פי שאנשיו של ג'קסון הגיעו לאגף האיחוד, אלו הספיקו לארגן מערך הגנה יציב. ובכל זאת, מקללן ראה את נוכחותו של ג'קסון כהוכחה לכך שכל האגף הימני שלו נתון למתקפה אפשרית, והוא הורה על נסיגת כוחותיו של פורטר. לי וג'קסון אילצו לבסוף את פורטר לסגת לאחר מאבק פראי באזור מכניקסוויל ב-27 ביוני. באותו לילה נטש מקללן את קו האספקה שלו והחל לסגת דרום-מזרח לג'יימסטאון. לי רדף אחרי כוחות האיחוד וב-29 ביוני יצא צבא הקונפדרציה במתקפה על העורף של ארמיית הפוטומק בתחנת סאבאג'. ב-30 ביוני הייתה ללי הזדמנות לנתק מחצית מצבא האיחוד מנתיב הנסיגה שלו לאחר סדרת התקפות של הקונפדרציה על העורף. מסיבות שונות, כולל כישלונו של ג'קסון להרחיק את תגבורת האיחוד מהשדה, התקפותיו של לי באותו יום לא הצליחו להשיג את מטרתו למרות פריצת דרך זמנית. ב-1 ביולי צבאו של מקללן התאחד מחדש בגבעת מלוורן המשקיפה על ג'יימסטאון. לי העריך שריכוז ארטילרי מוצלח עשוי להוביל לפריצת דרך שתגרש את כוחות האיחוד של ארמיית הפוטומק מווירג'יניה. מתקפת הארטילריה הראשונית של הקונפדרציה נכשלה בהשגת המטרה, ובהמשך, באמצעות שילוב של טעויות לוגיסטיות, הקונפדרציה תקפה עמדה כמעט בלתי ניתנת לחדירה של האיחוד ושני הצדדים ספגו תבוסה קשה. באותו לילה מקללן נסוג מחצי האי של וירג'יניה ובכך הסתיימה המערכה בכישלון האיחוד. קרבות אלה גרמו לנפגעים רבים בקרב כוחותיו של לי, בין השאר עקב תפקוד טקטי מגושם של פקודיו. למרות זאת, פעולותיו ההתקפיות של לי הצליחו לערער את ביטחונו של מקללן, והוא נסוג כאמור מהמערכה. בתוך זמן קצר, החלה מערכה חדשה בצפון וירג'יניה כאשר כוחות האיחוד תחת ג'ון פופ תקפו דרך הרי האפלצ'ים במטרה לאיים על ריצ'מונד מצפון. לי ידע שארמיית צפון וירג'יניה בפיקודו הייתה נתונה למצב מסוכן בין פופ למקללן, במיוחד אם כוחות השניים יתאחדו. ב-13 ביולי הוא שלח את ג'קסון, עם כוחות שהסתכמו בסופו של דבר ב-24,000 איש, לבלום את התקדמותו של פופ. לאחר התכתשות ראשונית מינורית בהר הסידר ב-9 באוגוסט, כוחותיהם ג'קסון ופופ היו במצב של סטטוס קוו למשך שבוע. לי, בעת שנודע לו על נסיגתו של מקללן ממערכת חצי האי, פנה עם שארית ארמיית צפון וירג'יניה והצטרף לג'קסון בגורדונסוויל, צפון וירג'יניה. הכוחות המשולבים של הקונפדרציה גברו על מספרם של פופ, ולי הספיק לנתק את מערך הכוחות של פופ עוד לפני ההתארגנות של כוחות ארמיית הפוטומק על גבול מרילנד-וירג'יניה. רצף של פקודות שנתגלו בידי שני הצדדים אפשרו ללי ולפופ ללמוד את האסטרטגיה אחד של השני. לפופ התברר כי לי מתכנן להקיף ולהפיל אותו ברפאהאנוק ועל כן נסוג לגדה הצפונית מעבר למסילת הברזל המרכזית. לי, שנודע לו ששני קורפוסים מארמיית הפוטומק יצטרפו לפופ תוך מספר ימים, פעל במהירות ובאומץ. הוא שלח את ג'קסון בתנועת פנייה רחבה דרך מעבר צר בהרי בול ראן סביב האגף הצפוני של צבא פופ. פופ שם לב למהלך של ג'קסון, אך תחילה הניח שהוא מופנה לעבר עמק שננדואה. ואז ג'קסון, שנע עם כוחותיו כמעט מאה קילומטרים בתוך יומיים, נע מאחורי המערך הצבאי של פופ במנסאס ב-26 באוגוסט, הרס שם את בסיס האספקה שלו ונסוג חזרה ללא אבדות. כוחותיו של ג'קסון, לפי תיאום עם לי, נעו במסווה כך שלא יתפסו בידי צבאו של פופ. במקביל מפקד האיחוד לא הצליח לרכז את צבאו לעומת כוחותיו האחרים של לי. כתוצאה מכך הוא נכנס למלכודת של לי באתר שדה הקרב הישן של מנאסאס - בול ראן. פופ תקף את ג'קסון, ובכך אפשר לכוחות של לי לתקוף את עורף המערך של כוחותיו במרחץ דמים קשה. עד אז הקורפוס החמישי של פורטר מארמיית הפוטומק הגיע לשדה הקרב ונצטווה לתקוף את אגף ימין (הדרומי) של ג'קסון. בשלב זה, גם כוחותיו של ג'יימס לונגסטריט חצו את המעבר ההררי, והתפרסו מימין לכוחותיו של ג'קסון וחסמו את תנועת הקורפוס של פורטר. למחרת, 30 באוגוסט, חידש פופ את התקפותיו נגד ג'קסון, לאחר שהעריך כי הוא נסוג. עם תנועת כוחותיו של פופ לעבר ג'קסון, לי הורה על לונגסטריט לבצע מתקפת פתע עליהם טרם הגיעו לעבר ג'קסון. לאחר צליחת מתקפת הפתע וסיום קרב בול ראן השני, היה על כוחותיו של פופ לסגת חזרה לוושינגטון די. סי.. לי, בתנועה נועזת ומהירה מאוד, ובזכות איחוד כוחות הקונפדרציה בפיקודו, הביס בהצלחה צבא איחוד אדיר בממדיו ועשה זאת בנוכחותה של ארמיית הפוטומק הגדולה עוד יותר. הגנרל המפקד של צבא האיחוד, הנרי האלק, לא התערב במערכה כדי לתאם בין מקללן ופופ, זאת לעומת הקונפדרציה, שבתוך שורות ההנהגה שלה שימש לי כגורם מתאם בין היחידות השונות. ערך מורחב – קרב אנטיאטם לאחר סדרת הניצחונות של הקונפדרציה בחצי האי וצפון וירג'יניה, החליט לי בספטמבר 1862 להעביר את ארמיית צפון וירג'יניה את נהר הפוטומק לעבר מרילנד ווושינגטון די. סי במטרה לאיים על בירת האיחוד ישירות. במעבר להתקפה על בירת האיחוד חישב לי גורמים אסטרטגיים, לוגיסטיים ופוליטיים. הוא האמין שחיילי מקללן ופופ חסרי המורל היו בקרבת וושינגטון ולא היה ברצונו לחכות להתארגנות של מתקפה חדשה מטעם האיחוד. אם היה נשאר בעמדת מגננה בווירג'יניה, לי היה נאלץ להגיב לתנועות האיחוד, ואילו במרילנד או בפנסילבניה הוא היה בעל היוזמה ההתקפית עצמו. לי האמין שהוא יכול לאגף את האויב בקלות על ידי חציית נהר הפוטומק מוושינגטון והצעיד את צבא צפון וירג'יניה דרך מרילנד. לפי האסטרטגיה של לי דחיפה קצרה לשטח האיחוד לא תספיק; שהייה ממושכת תהיה המפתח להצלחה של הקונפדרציה. לי קיווה להשאיר את צבאו על אדמת האיחוד במשך חלק גדול מהסתיו, לא מתוך כוונה לכבוש ולהחזיק שטח, אלא כדי להשיג סדרת יעדים אסטרטגיים לכל הפחות קודם להשבת הכוחות לווירג'יניה. במסגרת 'פקודה מיוחדת 191 קבע לי את האסטרטגיה של הפלישה לעבר מרילנד. אחד העותקים של הפקודה אבד למטה הכללי של ארמיית צפון וירג'יניה ובהמשך התגלה מלופף בתוך סיגר בידי חייל בצבא האיחוד. הפקודה כללה מספר סעיפים: 1. הסדרת יחס כוחות הקונפדרציה כלפי תושבי העיר פרדריקסברג בקרבת מקום (מערב מרילנד). 2. הנחיה למייג'ור טיילור לנוע חזרה דרומה ולשמור על קו האספקה עם וירג'יניה ועל העורף של הארמייה. 3. הנחיה שתנועת הכוחות תימשך ביום שלמחרת (10 בספטמבר) - שכוחותיו של ג'קסון יעמדו בראש המערכה וקביעת מטרות משניות לכיבוש במהלך ההתקדמות. 4. הגנרל לונגסטריט ינוע מערבה לבונסבורוג ומשם יתמוך בהרכבת קו אספקה נוסף לארמייה. 5. כוחותיהם של גנרל מקלווס וגנרל אנדרסון ינועו תחילה אחרי לונגסטריט ויכבשו את מידלטאון (מרכז מרילנד; מצפון לוושינגטון) כדי להשיג שליטה על הגבעות של מרילנד. 6. גנרל וולקר ינוע עם כוחותיו מעבר לנהר הפוטומק דרך העיר לובטיסוויל ויתאחד עם כוחותיהם של מקלווס וג'קסון למנוע נסיגה של כוחות האיחוד. 7. הדיוויזיה של הגנרל ד. ה. היל תקים את מערך הגנת העורף של ארמיית צפון וירג'יניה. 8. הגנרל סטיוארט ירכיב יחידת פרשים מכוחותיהם של ג'קסון, מקלווס ולונגסטריט ויבצע סקירה לוודא שאין חיילי קונפדרציה שאיבדו דרכם בצעידה. 9. לאחר השגת מטרותיהם, הכוחות בפיקוד ג'קסון, מקלווס ו-וולקר יתאחדו עם הכוח המרכזי של הארמייה, מוערך כי בהייגרסטאון. 10. כל רגימנט יישא בדרך כלל סדרת גרזנים איתו, לשימוש החיילים במאהליהם, לרכישת עץ וכו'. לי חילק מחדש את צבאו וב-11 בספטמבר לונגסטריט כבש את הייגרסטאון, מרילנד. חיל המצב הפדרלי העיקש במוצב הפרס הרפרס קנה עבור מקללן זמן נוסף, ועיכב את חלק הארי של ארמיית צפון וירג'יניה - בפיקודו של ג'קסון - למספר ימים יותר ממה שתוקצב בלוח הזמנים של לי. כשהוא כבר חש שתוכנית הפלישה שלו השתבשה, לי החל לקרוא לנסיגה דרומה עבור הערכת מצב מחודשת. במקביל הורה לי לגנרל ד. ה. היל לשמור על שליטת הקונפדרציה במעברי הגבעות בהר סאות'. אילולא היה יכול מקללן לנוע דרך מעברים אלה לפני שלי הצליח לאחד את צבאו מחדש, ארמיית צפון וירג'יניה עלולה הייתה להיהרס. ב-13 בספטמבר עברו הכוחות הפדרליים לפרדריק, ואנשי רגימנט חי"ר 27 של אינדיאנה גילו את העותק של פקודות 191 של לי. כאשר הגיעו התוכניות לידיו, העריך מקללן כי ביכולתו להנחית מכה קשה על לי. ב-14 בספטמבר הכה צבא האיחוד את המעברים בהר סאות'. הקרב על ההר היה ניצחון מכריע של האיחוד, אך מגיני הקונפדרציה הצליחו לעכב את התקדמות האיחוד מספיק זמן עבור לי בשביל להתחיל לגבש מחדש את כוחותיו הפזורים. בבוקר 15 בספטמבר הכניעו לבסוף כוחותיו של ג'קסון 12,000 חיילי איחוד בהפרס הרפרס. הקרב הסתיים במחיר של פחות מ-300 נפגעים בצד הקונפדרציה, ובכך ג'קסון זכה באחד הניצחונות הגדולים שלו במסגרת במלחמת האזרחים כולה. לאחר הקרב מיהר ג'קסון לשוב אל לי ולהתאחד עם כוחותיו. במקביל, ארמיית הפוטומק של מקללן נעה דרך מעברי הר סאות' במטרה למצוא את צבאו של לי, שמנה אולי 11,000 איש אחר הצהריים של 15 בספטמבר, ושלט על הגבעות מצפון לשרפסבורג (אנטיאטם). מקללן העריך כי כוחותיה המפוזרים של ארמיית צפון וירג'יניה באזור הסתכמו ב"לא פחות מ-120,000 איש" - הערכה שיותר מהכפילה את כוחה בפועל של הארמייה - והוא בילה את 16 בספטמבר בהדרכת סיורים על עמדות הקונפדרציה. ג'קסון, בדרך של צעדה כפויה בן לילה, הגיע לשרפסבורג בשעות אחר הצהריים של 16 בספטמבר, והכפיל למעשה את כוחו של לי. בשעה 05:30 ב-17 בספטמבר החלו כוחות האיחוד תחת ג'וזף הוקר להתקדם דרומה אל עבר כוחות הקונפדרציה בפריפריה החלקאית מצפון העיר שארפסברג ובכך החלו בקרב אנטיאטם. האגף השמאלי של לי, בפיקודו של ג'קסון, היווה את המחצית העליונה של המערך בעוד האגף השמאלי שלו, בפיקודו של לונגסטריט, היווה את המחצית התחתונה. בבוקר 17 בספטמבר החל הגנרל היל, עם הנותרים בכוחותיו, להתקדם בחיפזון לעבר לי. מקללן תכנן קרב התשה שנועד לשבור את האגפים של מערך הקונפדרציה אך למנוע התנגשות ישירה של מרכז מערכי הכוחות הלוחמים. כוחותיו של הוקר התקדמו לעבר ג'קסון ולאחר מרחץ דמים בין שני הצדדים בשדה תירס הוקר נהדף עם אובדן רבע מאנשיו. הוקר עצמו נורה ברגלו ונלקח מהשדה. הפיקוד על כוחותיו הועבר לבריגדיר גנרל ג'ורג' מיד. הקורפוסים בפיקודו של ג'קסון סבלו ביתר שאת, ואיבדו כמעט את כל הגנרלים והקולונלים שלהם. רק הגעת כוחותיו של היל אפשרה לג'קסון להחזיק את השטח ליד כנסיית דונקר. בהמשך תקף הקורפוס ה-12 של ארמיית הפוטומק את כוחותיו של ג'קסון ונוצר מצב דומה, כאשר אי-תמיכה בין יחידות בצבא האיחוד עקב קשיי תקשורת ותמרון הובילו לסטטוס קוו נוסף מול כוחות ג'קסון. גנרל האיחוד סאמנר נכנס כעת לפעולה והניע את כוחותיו ישירות למרכז המערך של הקונפדרציה הכין שספגו אבדות קשות והיה עליהם לסגת חזרה. שרידי הקורפוס ה-12 נעו לאחור בנסיגה שלאחר מכן. זמן קצר לאחר מכן שתי בריגדות של האיחוד תקפו את כוחותיו של היל, שאנשיו היו מותשים באותה הנקודה מלחימה מתמשכת. לאזור הלחימה ניתן מאוחר יותר הכינוי "נתיב הדמים", כאשר לבסוף היה על הבריגדות של האיחוד לסגת חזרה. מאידך אנשיו של היל הידלדלו במספרם בשני שלישים, כולל 25 מתוך 34 הקצינים בשטח. הקשיים הלוגיסטיים של האיחוד, שהתקיימו בעיקר עקב ההססנות של מקללן, הובילו לקושי בפריצת המערך הצבאי של לי. הגנרל ברנסייד, בקצה הדרומי של מערך האיחוד, קיבל את פקודותיו באיחור ופעל על פיהם בהמשך. הקרב הסתיים ב"נתיב הדמים" זמן קצר לפני שברנסייד החל לקדם את כוחותיו לקראת צהריי היום, ובאותה העת לי העביר כמעט את כל חיילי האגף הדרומי שלו כדי לתמוך בג'קסון בצפון. לבסוף ברנסייד התקדם, אך התקדמותו נבלמה זמנית עקב התנגדות של מספר מועט מחיילי הקונפדרציה על הגשר בקרב ברנסייד ברידג' (גשר ברנסייד). למרות מספרם המועט, חיילי הקונפדרציה על הגשר הצליחו להאט באופן משמעותי את ההתקדמות של האיחוד. ברנסייד חצה את הגשר מעל נהר אנטיאטם עם למעלה מ-8,000 איש, ובסביבות השעה 15:00 אחר הצהריים הוא פתח במתקפה על כ-2,000 חיילי הקונפדרציה שהתפרשו על הגבעות ממזרח לשארפסברג. ברנסייד החל לסדוק את האגף הימני של לי, ונראה היה כי סיכוייה של ארמיית צפון וירג'יניה מדלדלים. היה זה באותה העת שכוחותיו של היל, לאחר התארגנות מחדש, נעו 27 קילומטרים בתוך שעתיים והגיעו לעורף של ברנסייד. המתקפה של היל ריסקה את התקדמות האיחוד, ובשעה 16:30 אגף השמאל של ברנסייד היה בנסיגה מלאה. הבלימה של ברנסייד סיימה למעשה את הקרב. לחץ הופעל על מקללן לחדש את ההתקשרות ולתקוף את כוחות הקונפדרציה הנסוגים, אך הוא סירב, ולי חצה את הפוטומק בחזרה לווירג'יניה. מאוכזב מכשלונו של מקללן להשמיד את צבאו של לי, לינקולן מינה את אמברוז ברנסייד למפקד ארמיית הפוטומק. ברנסייד הורה על מתקפה מעבר לנהר הרפהנוק בפרדריקסבורג. כלל נתוני האסטרטגיה שלו והדיונים עם הנשיא לינקולן עברו במכתבים דרך הגנרל המפקד של האיחוד, הנרי האלק. עיכובים במתיחת הגשרים על הנהר אפשרו לצבאו של לי לארגן הגנות ביצורים. העיירה פרדריקסבורג הייתה על גדות נהר רפהנוק ומדרום-מערב לה התבצרו כוחות הקונפדרציה. היה זה רק ב-25 בנובמבר שהחלו כוחות האיחוד בפיקודו של ברנסייד להתקין את הגשרים שנועדו לחבר בין שתי גדות הנהר. לנוכח חציית הנהר בידי כוחות האיחוד ב-11 בדצמבר החל מטח ארטילרי של הקונפדרציה מתוך העיר פרדריקסבורג. הארטילריה העדיפה של האיחוד החלה במטח מיידי על העיירה ולאחר מכן התאפשרה הסתערות של כוחות האיחוד על העיירה עצמה. לי תחילה פיזר את כוחותיו לגדות הנהר, אך לנוכח כיבוש העיירה הורה ל"סטונוול" ג'קסון לרכז את מירב הכוחות של הקונפדרציה באגף הימני של המערך בחלקו של קו הביצורים שהיה מאחורי העיירה פרדריקסבורג עצמה. האגף השמאלי של כוחות האיחוד בפיקודו של ויליאם פרנקלין יצאו במתקפה חזיתית על חיילי הקונפדרציה המבוצרים ב-13 בדצמבר. התמיכה של הכוח המרכזי של פרנקלין בדיוויזיה הלוחמת של האיחוד הייתה מינורית שכן פרנקלין היסס לנוכח הפקודות הלא ברורות מצידו של ברנסייד. הקשיים הלוגיסטיים של האיחוד אפשרו לג'קסון לארגן את האגף הימני לקראת מתקפת נגד שנתמכה בידי אש ארטילריה. בהמשך בוצע ניסיון חדירה דומה של כוחות האיחוד לאגף השמאלי של הקונפדרציה, אשר עמד כחומת ביצורים בפיקודו של לונגסטריט. כוחות האיחוד בפרדריקסבורג נעו לעבר פירוק אגף השמאל של הקונפדרציה ללא הצלחה. כוחות האיחוד יצאו בגלים של פשיטות על שדות פתוחים לעבר כוחות הקונפדרציה המבוצרים אשר ירו ללא הרף לעברם. האסטרטגיה של הקונפדרציה ששימרה את הביצורים תרמה לשימור הקו ומנעה התקדמות של כוחות האיחוד. במקביל הקרב הוביל למרחץ דמים כבד עבור כוחות האיחוד. המתקפה הייתה הרסנית לכוחות הצפון אשר לא יכלו להגיע לקו הביצורים של הקונפדרציה. לונגסטריט אף ייעץ ללי: ”אם תשים כל אדם עכשיו בצד השני של הפוטומק בשדה הזה כדי להתקרב אליי עד לאותו קו ותיתן לי תחמושת רבה, אני אפיל את כולם לפני שהם יגיעו לקו.” לינקולן מינה אז מפקד חדש לארמיית הפוטומק, ג'וזף הוקר, במקומו של ברנסייד. הוקר בנה מחדש את ארמיית הפוטומק מההפסד הקשה ותכנן את חלוקתה לקראת מתקפה מתואמת על ארמיית צפון וירג'יניה בפיקודו של לי. הוקר תכנן לחלק את חילות הפרשים והרגלים כך שהפרשים ינתקו את קווי האספקה והתקשורת של לי עם ריצ'מונד בעוד כוחות החי"ר של האיחוד יעברו את נהר רפהנוק ויאגפו את כוחות הקונפדרציה ויתקפו מהעורף. לקראת הקרב היו ברשותו של הוקר 97,382 חיילים לעומת 57,352 ברשותו של לי. לי העריך נכונה את האסטרטגיה של הוקר והתכוון לתקוף את כוחות האיחוד באזור הערבה מעבר לנהר רפהנוק, ליד העיירה צ'נסלורסוויל אשר דרכה היו כוחות האיחוד צריכים לעבור כדי לאגף את ארמיית צפון וירג'יניה. ב-1 במאי 1863 הפתיעו כוחות הקונפדרציה את ארמיית הפוטומק בעוד חייליה היו בערבה. הוקר הורה על נסיגה לעבר העיירה צ'נסלורסוויל איפה שהאמין כי יוכל לשחוק את כוחות הקונפדרציה של לי במהלך מתקפתם. באותו הערב לי וג'קסון נפגשו לתכנן את מערך הקרבות ליום הבא. כאשר הגיע 2 במאי לי תקף חזיתית את מערך האיחוד בפיקודו של הוקר בצ'נסלורסוויל עם 15,000 איש בלבד. 30,000 חיילי קונפדרציה נוספים בפיקודו של ג'קסון התפצלו מהפיקוד של לי וביצעו איגוף נרחב של שטח בשליטת האיחוד כדי לתקוף את ארמיית הפוטומק מהעורף ובכך להפתיע את הוקר. בשעה חמש לפנות ערב הורה ג'קסון על מתקפה כוללת של כוחותיו לעבר אגף הימין והעורף של ארמיית הפוטומק במתקפת פתע. האסטרטגיה של לי וג'קסון הצליחה והובילה לארגון נסיגה של כוחות האיחוד. בלילה של 2 במאי, כאשר רכב ג'קסון בחשכה, הוא נורה בידי חייליו אשר לא זיהו אותו ונפצע אנושות. ג'קסון נפטר שמונה ימים מאוחר יותר ומותו פגע במורל החיילים ובפיקוד על הקורפוסים שעברו להנהגתו של לי. כוחות הפרשים של האיחוד נכשלו בניתוק קווי האספקה של לי עם הבירה ריצ'מונד שכן נקראו לשוב למרילנד לפני שיכלו להגיע למטרה. ב-5 במאי, בוועידה עם מפקדי הקורפוסים של ארמיית הפוטומק, הוקר, תחת לחץ מהמפקדים, הורה על נסיגה כללית של ארמיית הפוטומק חזרה למרילנד ובכך סיים את המערכה בהפסד. הניצחון האסטרטגי בקרב היה מהגדולים ביותר של לי עד לאותה העת ותרם למוניטין הציבורי שלו ברחבי הקונפדרציה. עם זאת, מותו של ג'קסון במהלך הקרב היווה מכה קשה לפיקוד הצבאי של הקונפדרציה. ערך מורחב – קרב גטיסברג לאחר ההפסד בצ'נסלורסוויל היה על לינקולן פעם נוספת להחליף את הפיקוד של ארמיית הפוטומק והחליף את ג'וזף הוקר בג'ורג' מיד. לאחר הניצחון בצ'נסלורסוויל עמדה הנהגת הקונפדרציה על צומת דרכים. הנשיא ג'פרסון דייוויס קרא לתגבורת הכוחות במצור על ויקסבורג כדי למנוע את נפילת נהר המיסיסיפי לידי האיחוד בזירה המערבית של המלחמה. לעומת זאת, לי טען כי כל עוד המלחמה תימשך זמן רב יותר, הפרש האספקה והסיבולת יטיב עם האיחוד וסיכוייה של הקונפדרציה לשרוד את המלחמה יקטנו. הנשיא דייוויס הסכים לתמוך באסטרטגיה של לי לנסות פעם נוספת לפלוש לצפון ולאיים מבחינה צבאית על וושינגטון די. סי. כדי לסיים את המאבק. לי תכנן להניע את ארמיית צפון וירג'יניה לעבר וושינגטון דרך פנסילבניה. הפעילות המוקדמת של הקונפדרציה כללה פשיטת שלושה רגימנטים של פרשים בפיקודו של ג.א.ב. סטוארט אשר הוטל עליו להעביר מידע מודיעיני למטה הפיקוד של לי בנוגע לתנועת האיחוד וזאת במטרה למנוע חזרה על הכישלון המודיעיני באנטיאטם. לקראת התנועה צפונה לעבר פנסילבניה היו ברשותו של לי 71,699 חיילים לעומת 93,921 חיילים ברשות ג'ורג' מיד וארמיית הפוטומק. בקיץ 1863, לי פלש לצפון בשנית. ב-15 ביוני, שלושה קורפוסים תחת פיקודו של לי חצו את נהר הפוטומק וב-28 ביוני הם הגיעו לנהר סוסקהאנה בפנסילבניה. בעוד לי איבד מזמנו היקר בהמתנה למודיעין על עמדות כוחות האיחוד ממפקד הפרשים סטיוארט, מרגל של הקונפדרציה בשורות האיחוד הודיע לו על כך שכוחותיו של מיד קרובים לאזור. דרך ניצול מוצלח של הכבישים המקומיים העיקריים, המתכנסים בנוחות למושב המרכזי של המחוז, לי הורה על תנועת צבאו להתעמתות חזיתית מול ארמיית הפוטומק של מיד בקרב גטיסברג. מוקדם בבוקר 1 ביולי התקדמה דיוויזיה של הקונפדרציה בפיקוד הנרי הית' לעבר גטיסברג להשתלט על קווי אספקה. בהתקשרות לא מתוכננת נפגשו אנשיו של הית' בכוחות האיחוד בפיקודו של בריגדיר גנרל ג'ון בופורד אשר צלחו בהאטת התקדמות הקונפדרציה עד להגעת תגבורת חי"ר מצד יחידות נוספות של ארמיית הפוטומק. גנרל האיחוד ריינולדס נהרג במהלך הקרב. עד מהרה תגבורת הקונפדרציה תחת הגנרלים היל וריצ'רד איוול הגיעו למקום. בשעות אחר הצהריים המאוחרות, 30,000 חיילי קונפדרציה הניעו באיטיות 20,000 חיילי איחוד לעבר העיר גטיסברג עצמה בעוד כוחות איחוד נוספים ביצרו את בית הקברות מדרום לעיר. ביום השני של הקרב (2 ביולי), כוחות האיחוד התארגנו במגננה על טווח גבעות ורכסים בצורת וו דייגים מדרום לגטיסברג עצמה, אשר הפכה לשדה קרב. הקונפדרציות עוטפות את עמדת האיחוד בתור ארוך יותר. באותו אחר הצהריים לי הורה על פתיחתה של מתקפה כבדה בפיקודו של לונגסטריט על אגף השמאל של האיחוד. לחימה עזה השתוללה בין הכוחות במאורת השטן, בסבב הקטן, בוויטפילד, בפרדס האפרסק ובבית הקברות, כאשר אנשיו של לונגסטריט התקרבו לעמדות האיחוד. באמצעות קווי הפנים הקצרים יותר, מפקד קורפוס הפוטומק השני, הגנרל וינפילד סקוט הנקוק ואחרים העבירו תגבורת במהירות כדי להקשות ולהאט את התקדמות כוחות הקונפדרציה. באגף הימני של מערך האיחוד, כוחות הקונפדרציה הוציאו לפועל מתקפות רחבות היקף בגבעת הקברות המזרחית ובגבעת קולפס במטרה לשבור את מערך ההגנה של האיחוד. אף על פי שחיילי הקונפדרציה הצליחו לאחוז בפרצות משני קצוות הקו, מגיני האיחוד החזיקו בעמדות יציבות עם רדת החשכה. ב-3 ביולי, באמונה כי אויבו נחלש, לי פעל לנצל את הרווחים האסטרטגים של היום הקודם עם התקפות מחודשות על קו האיחוד כדי ליצור פרצות נוספות בתוכו. הלחימה הכבדה התחדשה בגבעת קולפס כשכוחות האיחוד ניסו לכבוש מחדש את השטחים שאבדו עוד ביום הקודם. קרבות הפרשים התקיימו במרץ מזרחה ודרומה, אך האירוע המרכזי היה מתקפה חזיתית דרמטית של 12,500 חיילי קונפדרציה בפיקוד לונגסטריט נגד מרכז עמדות קו ההגנה של האיחוד ברכס הגבעות ממערב לבית העלמין. מחצית מהכוחות התוקפים הורכבו מבריגדת הרגלים מצפון וירג'יניה בפיקודו של גנרל פיקט. פיקט, שקידם הוראות מצידו של לי לקדם את חלוקתו כוחותיו לעבר האויב דרך קילומטר של אדמות חקלאיות לא מוגנות, סירב להיענות לפקודות של לי והפר אותן. בדומה למרחץ הדמים של הכוחות האיחוד בקרב פרדריקסבורג, מהלך הפוך התרחש במהלך גטיסברג כאשר הארטילריה והירי הכבד של כוחות האיחוד קטלו את כוחות הקונפדרציה הנעים על גבי שדה פתוח ולא אפשר להם להגיע לקו ההגנה של מערך האיחוד. באחר הצהריים של אותו היום הורה לי על הכוחות לסגת בהבנה כי אין ביכולתו לנצח בקרב ולהמשיך לנוע לוושינגטון. החלטתו של לי לפרוץ במתקפה חזיתית על מרכז קו הצפון הסתיימה באבידות כבדות. לי נסוג בשנית ושוב, כמו לאחר הקרב באנטיאטם, לא נרדף על ידי כוחות הצפון. על ג'ורג' מיד הוטלה מאוחר יותר ביקורת חריפה על התנהלותו שלא נע אחרי לי וכוחותיו הנסוגים. את הפסד הקונפדרציה בקרב ניתן לקשר למספר גורמים, רובם מקושרים אל לי עצמו. ראשית היה לי במצב בריאותי מעורער וייתכן שסבל מתעוקת לב. במכתב לנשיא ג'פרסון דייוויס הביע לי תשישות וקהות חושים שגרמה לכך שנעזר באחרים עבור התמצאות במצב בשדה הקרב. על לי היה להתמודד עם בעיות משמעת מצד חלק ממפקדי הקורפוסים שהיו קודם לכן תחת פיקודו של ג'קסון. יתרה מההתעלמות המוחלטת של פיקט מהדרכתו הצבאית של לי, היו מפקדים שפירשו לא נכון את הפקודות של לי, נושא שהיה גורם נוסף להפסד בקרב. לי העריך בצורה שגויה את הערכותה של ארמיית הפוטומק לקרב ולא העריך נכונה את האסטרטגיה של ג'ורג' מיד. למעשה, לי נשען בהערכותיו הצבאיות על המערכות הקודמות. לאחר הפסדו בגטיסברג שלח לי מכתב התפטרות לנשיא הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס, ב-8 באוגוסט 1863, אך דייוויס סירב לבקשתו. ביקורת רבה הובעה על שיטות ההתקפה האגרסיביות של לי, שבהן נהרגו חיילים רבים. ביקורת זאת לא הופיעה מיידית לאחר הקרב אלא רק מאוחר יותר, שכן גם לאחר ההפסד עדיין הוערך כגנרל המוצלח בשירותה של הקונפדרציה. ב-1864, המפקד הכללי החדש של כוחות הצפון בזירה המזרחית, הגנרל יוליסס ס. גרנט גמר אומר להשמיד את צבאו של לי ולכבוש את ריצ'מונד. לי ואנשיו עצרו את התקדמות הצפון, אך בעזרת תגבורותיו הצליח גרנט להתקדם אט-אט לכיוון דרום מזרח. הקזת הדמים במהלך קרב השממה, שבמהלכו שום צד לא יכול היה לתבוע ניצחון, סימנה את השלב הראשון במתקפה הגדולה של האיחוד לעבר ריצ'מונד, באביב 1864. גרנט היה מודע להפרש אדיר בכמות החיילים של הצבאות לטובת האיחוד ולכן לא נסוג, בשונה מקודמיו, גם במרחצי דמים כואבים לשני הצדדים. לאחר יומיים של לחימה בשממה, שני הצבאות היו באותו המקום בו שהו בתחילת הקרב. צבא האיחוד ספג יותר מ-17,500 הרוגים במשך 48 שעות, אלפים יותר משיעור המתים של חיילי הקונפדרציה. למרות אופיו היקר של הקרב, גרנט סירב להורות על נסיגה, לאחר שהבטיח לנשיא אברהם לינקולן כי ללא קשר לתוצאה, הוא לא יעצור את התקדמות צבא האיחוד. בלילה של 7 במאי, שעות לאחר סיום הלחימה בשממה, החל גרנט להזיז את צבאו קדימה כדי לחדש את התקדמותו. הוא כיוון להוליך את כוחותיו על פרשת הדרכים בספוטסילבניה ולחתוך בין צבאו של לי לריצ'מונד. לי צפה את המהלך הזה והגיב במהירות. לאחר השגת מודיעין מהפרשים ב-8 במאי, לי הורה לחייליו לחפור קו ביצורי שדה באורך של כ-6 ק"מ מצפון לספוטסילבניה. לאחר התכתשויות ראשונות, כוחות האיחוד תקפו דרך פרצה בקו הביצורים של הקונפדרציה ב-10 במאי. תקיפתם של הכוחות הנחושים שהסתערו בריצה חדרה את קווי ההגנה של הקונפדרציה, אך חיילי האיחוד הונעו בחזרה על ידי מתקפת נגד שארגן לי בסוף אותו היום. כשגרנט העביר את כוחותיו לקראת תקיפה נוספת, לי לא העריך בצורה נכונה את פעילות האיחוד והניע קדימה את הארטילריה שלו לפגוש תמרון איגוף פוטנציאלי. כתוצאה מכך, התקפתו של גרנט ב-12 במאי זכתה בתחילה להצלחה מוחלטת, ופרצה את קווי הקונפדרציה לפני שלי מיהר להורות לחייליו לנוע כדי לסתום את הפער. הקרב השתולל אל תוך הלילה, כוח האש העז של שני הצדדים שיטח את הנוף כשחיילים עסקו בלחימה פנים מול פנים בעמדה שנודעה לשמצה בשם "זווית הדמים". בשעות המוקדמות של 13 במאי השלימו אנשיו של לי בניית תעלת ביצורים חדשה ונסוגו אליה. מתקפת האיחוד על קו חדש זה ב-18 במאי נתקלה בירי ארטילרי כבד ולא השפיעה על הביצורים. בעקבות השוויון בספוטסילבניה, גרנט היה נחוש להמשיך בקידום הכוחות של האיחוד בכל דרך אפשרית. גרנט מצא את כוחות הקונפדרציה מעוגנות בצידו הדרומי של נהר אנה הצפוני, שם הגנתו של לי אילצה את גרנט לחלק את כוחותיו לשלוש יחידות נפרדות. כוחות הקונפדרציה על גדות הנהר בפיקודו של הגנרל היל הגנו בתעוזה על מוצבם אך לא הצליחו להפיל את ראשי הגשר של האיחוד מעל הנהר. ב-24 במאי, נהדפה התקפה של בריגדה מהקורפוס התשיעי של האיחוד לעבר קצה קו הביצורים של הקונפדרציה באוקס-פורד. בנקודה זאת רוב צפון וירג'יניה נכבשה כבר בידי צבא האיחוד. לאחר יומיים של לחימה ללא תוצאה חד משמעית בין 28 במאי ל-30 במאי בנחל טוטופוטומוי, לי וגרנט הורו לכוחותיהם לנוע לכיוון קולד הארבור מדרום-מזרח. הדרכים הבוקעות בצומת קריטית זאת הובילו לריצ'מונד ולמקורות אספקה של הקונפדרציה אך היו גם מקושרות לדרכי האספקה של האיחוד. פרשי האיחוד בפיקודו של פיליפ שרידן הונחו להשתלט במהרה על פרשת הדרכים האסטרטגית. גרנט הימר על מאמץ צבאי אחרון כדי להשתלט על ריצ'מונד. התכתשויות קלות שגררו אחריהן עיכובים בהתקדמות האיחוד החלו ב-31 במאי, אך ההתקפה העיקרית של צבא האיחוד התרחשה ב-3 ביוני, כאשר גרנט פתח בתקיפה חזיתית על מערך ההגנה של הקונפדרציה. גרנט הניח שאנשיו של לי נמתחו יתר על המידה בקו ההגנה הארוך, אך לי ניצל את האיחור במתקפה של גרנט כדי להביא תגבורת ולשפר את מערכת הביצורים שלו. התוצאה של הכנותיו הייתה קטל של כוחות האיחוד בעת תנועתם לעבר קולד הארבור; כוחות האיחוד המתקדמים נפלו במהרה, כאשר אלה שעברו את קו ההגנה הראשון נפלו תוך זמן קצר אל מול קו ההגנה השני של הקונפדרציה. למעלה מ-7,000 חיילי האיחוד נהרגו או נפצעו שעה אחת לפני שגרנט עצר את ההתקפה. במשך מספר ימים נפלו חיילים בשדה פתוח וגופות נרקבו מתחת לשמש הקיצית היוקדת. לאחר פרק זמן טרגי של עיכובים ואי הבנות, גרנט ולי ניהלו סוף סוף משא ומתן להפסקת אש זמנית לטובת פינוי הרוגים ופצועים מאמצע שדה הקרב. עבור מרבית החיילים הפצועים ששכבו בין הצבאות, ההפוגה הגיעה מאוחר מדי. במאמץ נוסף לשבור את המבוי הסתום בקולד הארבור, גרנט פנה שוב לתמרון, הפעם עם הכוונה לנתק את קווי האספקה של לי ולא לנתק את הבירה ריצ'מונד עצמה. כוחות הפרשים של האיחוד רכבו לעבר שארלוטסוויל, במטרה להרוס את מסילת הברזל המרכזית של וירג'יניה, וכוחות האיחוד בעמק שננדואה פנו לעבר לינצ'בורג, היכן שיכלו לחסום את תעלת נהר ג'יימס. שוב, לי פעל להתאים את כוחותיו לנטרול האסטרטגיה של גרנט. פיקוד הקונפדרציה הורה על שליחת את הקורפוס בפיקודו של הגנרל ג'ובל א. ארלי כדי להגן על לינצ'בורג ושלח פרשים כדי לבלום את הפשיטה הרכובה של האיחוד. כוחות הפרשים משני הצדדים התעמתו לבסוף בתחנת טרוויליאן על גדות הנהר. גרנט הצליח לשטות בלי, כשהעביר את אנשיו בגנבה מעבר לנהר ג'יימס. לאחר שעצרו את ניסיון כוחות הצפון לכבוש את פטרסבורג, וירג'יניה, ששימשה כנקודת קישור חיונית עבור רכבות אספקה לריצ'מונד, בנו לי ואנשיו תעלות משוכללות והושמו תחת מצור בפטרסבורג. לי ניסה לשבור את הקיפאון ושלח את ג'ובל א. ארלי לפשיטה על וושינגטון הבירה, מעבר לעמק שננדואה, אך ארלי הובס על ידי כוחותיו העדיפים של פיליפ שרידן. המצור על פטרסבורג החל ביוני 1864 והסתיים באפריל 1865. ב-31 בינואר 1865, קודם לי לתפקיד המפקד הכללי של כוחות הקונפדרציה. בתחילת 1865 קידם יוזמה שמטרתה לאפשר לעבדים להצטרף לצבא הקונפדרציה תמורת חירותם. היוזמה לא הבשילה בזמן הקצר שנותר לקיומה של הקונפדרציה. קווי הביצורים של שני הצדדים מסביב לעיר פטרסבורג נבנו לאורך 56 קילומטרים. פטרסבורג עצמה הייתה ממוקמת במרחק 37 קילומטרים מריצ'מונד והייתה מקושרת אליה דרך מסילת ברזל. ב-29 בספטמבר כבשו כוחות האיחוד את פורט הריסון אך התקדמותם להמשך השנה נעצרה. בתחילת המצור היו 62,000 חיילי צבא האיחוד לעומת 42,000 חיילי הקונפדרציה. לאורכו של המצור רבים מחיילי הקונפדרציה ערקו משירותם. גרנט קבע עיירה קטנה בפרברי פטרסבורג לשמש בתור מטה הפיקוד שלו במהלך המצור. הנשיא לינקולן ביקר באתר זה פעמיים במהלך המצור, פעם אחת ביוני 1864 ופעם אחת מרץ 1865. לינקולן כינס את מפקדי האיחוד גרנט, ויליאם טקומסה שרמן ודייוויד פורטר וקבע איתם את תנאי הכניעה שקידם לקראת הכניעה המיוחלת של הקונפדרציה. בדרך כלל הגעת מזג האוויר הסגרירי בחורף 1864 - 1865 הייתה מביאה לעצירה של המבצעים הצבאיים, אך לא זה היה המקרה סביב פטרסבורג. בשבוע הראשון של דצמבר, כוחות האיחוד ניהלו פשיטה על מסילת הברזל וולדון כדי להשמיד חלקים ממנה ולהקשות עוד יותר על מעברי האספקה של ארמיית צפון וירג'יניה. בעוד ששלג וגשם עיכבו את המאמץ המאמץ הצבאי של האיחוד, לי לא יכול היה להשתמש בזמן זה עבור העברה מהירה ככל האפשר של אספקה ממסילת הברזל. תוך שמירה על לחץ מתמיד על כוחות הדרום, הניע גרנט פעם נוספת את חייליו מחוץ לקווי הביצורים ולעבר כביש הקרש בפברואר 1865. כוחות האיחוד של גרנט תכננו לבצע איגוף מלא של פטרסבורג. בעת הגעת כוחות האיחוד לרחבת האצ'ר ליד טחנת ארמסטרונג ב-5 בפברואר הם נפגשו בכוח צבאי של הקונפדרציה שנשלח בידי לי. לאחר שלושה ימי קרב נסוגו כוחות הקונפדרציה וצבא האיחוד השתלט על נתיב מים מקומי. חודש מרץ התחיל בהשבעה של לינקולן לכהונה שנייה ובצניחת המורל של צבא הקונפדרציה. אספקה לא מספקת, מידע על מצוקה משפחתית בבית, ותחושה מבשרת איום על תבוסה מתקרבת גזלו את רוח הלחימה מרבים מחיילי הדרום. גרנט הבין שזו הזדמנות להכין את חייליו לקראת המכה הסופית. גרנט הורה על ארגונם של 50,000 חיילי רגלים, בתמיכת פרשים וארטילריה, לקראת התנתקותם מקווי הביצורים של המצור עבור תפיסת נתיבי האספקה הנותרים של לי מערבית לעיר. עוד קודם להוצאת התוכנית הצבאית של גרנט לפועל, לי תכנן להפיג את הלחץ ממערב העיר על ידי ביצוע מתקפת פתע על החלק המזרחי של הקו בפורט סדמן שנשלט על ידי צבא האיחוד. לפני הזריחה ב-25 במרץ, חלק גדול מאנשיו של לי התחילו את תקיפתם במהירות לעבר מבצר האיחוד. לצד תקוותם השאפתנית; סיכויי ההצלחה היו קלושים. מתקפת נגד של האיחוד הניסה את מתקפת הקונפדרציה - האחרונה מסוגה שקידם לי - ובכך היוזמה הצבאית שבה לגרנט. לאחר חודשים ארוכים בהם נשחק צבא הדרום בקרבות מרובים, הצליח הצפון לכבוש את פטרסבורג ב-2 באפריל 1865. לי נטש את ההגנה על ריצ'מונד ופעל להצטרף עם כוחותיו הנותרים לכוחותיו של הגנרל ג'וזף א' ג'ונסטון בקרוליינה הצפונית. פעם נוספת גרנט נקט ביוזמה. ב-29 במרץ החלו פרשי האיחוד בפיקודו של פיליפ שרידן וקורפוס הרגלים החמישי לנוע דרומית-מערבית לעבר האגף הימני של הקונפדרציה ומסילת הברזל סאות' סייד. ב-1 באפריל, 21,000 חיילים פדרליים התכתשו והכניעו את 11,000 חיילי הקונפדרציה בפיקודו של ג'ורג' פיקט בצומת דרכים מקומית המכונה חמישה מזלגות. גרנט המשיך אחר הניצחון זה במתקפה מוחלטת נגד קווי הקונפדרציה הנסוגים ב-2 באפריל. עם צמצום קווי האספקה שלו, נדרש לי לקרוא לתגבורת מצד מוצבי הקונפדרציה בריצ'מונד, ובכך נותרה בירת הקונפדרציה ללא הגנה. במקור תכנן לי לארגן מערך הגנה לאחר הגעת הכוחות הנסוגים לאולם המשפטים אמיליה. לאחר שהצבא שלו הורכב מחדש, לי שינה את תוכניתו המקורית ותכנן לצעוד לאורך מסילת הברזל בין ריצ'מונד ודנוויל בתקווה לפגוש את אשר נותר מצבא טנסי בפיקודו של ג'ונסטון שמגיע מצפון קרוליינה. יחד, שתי ארמיות הקונפדרציה, שהיו רחוקות ממצבם המקורי השלם, תכננו להסדיר קו הגנה ליד נהר רואנוק, ולצאת במתקפה נגד שרמן. הצעדה מריצ'מונד ופטרסבורג התחילה באופן מוצלח, רבים מחיילי הקונפדרציה, כולל הקצינים ובהם גם לי, היו נלהבים מכך שהיו שוב בשטח, אך לאחר הצעדה של היום הראשון החלו להופיע סימני עייפות ורעב. כאשר לי הגיע לאולם המשפטים של אמיליה ב-4 באפריל, הוא מצא, למורת רוחו, כי מנות האוכל לאנשיו לא הגיעו עקב קטיעת קווי האספקה. אף על פי שהצעדה המהירה צלחה, החיילים הרעבים של ארמיית צפון וירג'יניה נזקקו לאספקה. בעודו ממתין לבואם של כוחות מריצ'מונד, שהתעכב בתנאי שיטפון, החליט לי לעצור את הצעדה ולשלוח קרונות לאזור הכפרי לאיסוף מצרכים. לחקלאים המקומיים לא היה מעט לתת והקרונות חזרו ריקים כמעט. התוצאה העיקרית של עיכוב זה באמיליה הייתה יום צעדה אבוד שאפשר לכוחות האיחוד הרודפים זמן להתקרב. אמיליה הוכיחה את עצמה כנקודת המפנה של המערכה. ביציאתם מאולם המשפטים של אמיליה ב-5 באפריל, כוחותיו של לי נעו רק כמה קילומטרים לפני שמצאו את חילות הפרשים והרגלים של שרידן מחכים להם וחוסמים ישירות את כיוון התנועה שלהם לעבר ג'ונסטון. במקום לתקוף את העמדה הפדרלית המבוססת, לי שינה את תוכניתו. הוא תכננן כי יצעיד את צבאו מערבה, סביב כוחות האיחוד, וינסה להביא אספקה לחייליו בפרמוויל לאורך תוואי הרכבת של סאות' סייד. הנסיגה של ארמיית צפון וירג'יניה הייתה תחת לחץ פדרלי מתמיד ולי קיווה שהוא יכול להעביר את כוחותיו בין צבאות האיחוד דרך העיירה אפוטומיקס. גרנט שהבין את אופיו המכריע של הגשר הגבוה ליד פרמוויל העביר צוות של האיחוד להשמיד את הגשר בתקווה להכות את צבאו של לי ולמנוע את מעברו. הקרב על הגשר הגבוה היה למרחץ דמים וראה את מותם של רבים מהקצינים בשני הצבאות. עייפים מחוסר שינה (לי הורה על צעדות לילה למלא את הפער לאחר היום שאבד) ורעבים, חיילי הקונפדרציה החלו ליפול מעמדותיהם. פרדות וסוסים, גם הם מורעבים, קרסו תחת העומס. כשצפה במתרחש מגבעה סמוכה, קרא לי: ”אלוהים אדירים! האם הצבא קורס?” כמעט 8,000 איש ושמונה גנרלים של הקונפדרציה אבדו במכה אחת, נהרגו, נתפסו או נפצעו כאשר הקורפוס השישי של ארמיית הפוטומק של האיחוד תקף בעורפם. שרידי ארמיית צפון וירג'יניה הגיעו לפרמוויל ב-7 באפריל שם המתינה להם אספקת אוכל, אך כוחות האיחוד של שרידן נעו אחריהם במהירות כה רבה עד כי פרשי הקונפדרציה נאלצו להתייצב ברחובות העיירה כדי לאפשר לשאר חיילי הקונפדרציה לסגת ורוב החיילים מעולם לא קיבלו את מנות האוכל הנדרשות. חסום שוב על ידי צבאו של גרנט, לי שוב הסתובב מערבה בתקווה שיוכל לספק את כוחותיו בהמשך מסילת הברזל ואז לפנות דרומה. צפונית לפרמוויל, לי פנה מערבה לכביש ריצ'מונד-לינצ'בורג. הקורפוסים השני והשישי של האיחוד עקב אחריו. אולם מתחת לידיעתו של לי, כוחות רגלים ופרשים של האיחוד נעו במורד נהר האפוטומיקס בשביל לקטוע את התקדמותו. בהיותו בפרמוויל ב-7 באפריל שלח גרנט מכתב ללי וביקש את כניעת צבאו. לי, בסביבת כנסיית קומברלנד, קיבל את המכתב וקרא אותו. לאחר מכן העביר אותו אל לויטננט גנרל לונגסטריט. לונגסטריט ענה בחומרה "עדיין לא." כאשר לי המשיך בצעדתו מערבה הוא ידע את המצב הנואש שעומד בפני צבאו. אם יוכל להגיע לתחנת אפומטוקס לפני הכוחות הפדרליים הוא יכול היה לקבל את מנות האוכל שנשלחו מלינצ'בורג ואז לעשות את דרכו לדנוויל בדרכים עקיפות. אם לא, לא הייתה לו ברירה אלא להיכנע. אחר הצהריים של 8 באפריל, כוחות הקונפדרציה נעצרו קילומטר צפונית-מזרחית לאולם המשפטים של אפומטוקס. באותו לילה נשמעה אש ארטילרית מתחנת אפומטוקס, ודרכה של ארמיית צפון וירג'יניה הייתה חסומה משני אגפיו ומעורפו. הפרשים הפדרליים, שצעדו בדרכים קצרות יותר, חסמו את הדרך דרומה ומערבה. לי התייעץ עם פקודיו וקבע שיש לעשות ניסיון נוסף להגיע למסילת הברזל ולהימלט. עם שחר ב-9 באפריל תקף חיל הפרשים של מפקד הקונפדרציה ג'ון ב. גורדון את פרשי האיחוד שחסמים את הדרך לאולם המשפטים אפומטוקס, אך לאחר הצלחה ראשונית, גורדון שלח הודעה ללי בסביבות השעה 8:30 לפנות בוקר שאין ביכולת כוחותיו להמשיך. ברשותו של לי היו 30,000 חיילים נותרים, מתוכם לערך מחצית היו חמושים. בדיוק לקראת המתקפה הסופית של ארמיית הפוטומק על הנותרים מחיילי ארמיית צפון וירג'יניה, הורה לי לאחד מחיילי הפרשים לצאת עם דגל לבן בידו ולנופף בו לראיית שני הצדדים. לי נכנע לגנרל גרנט ב-9 באפריל 1865, באולם המשפטים באפומטוקס, וירג'יניה. לי סירב לבקשתם של כמה מפקודיו (ובעקיפין, של ג'פרסון דייוויס), שרצו לדחות את הכניעה ולאפשר ליחידות קטנות להסתנן להרים ומשם לפתוח בלוחמת גרילה. כניעת כוחותיו של ג'ונסטון אל שרמן בהמשך החודש התקיימה בתנאים דומים לכניעתו של לי. לאחר המלחמה לי הגיש בקשה לקבלת חנינה רשמית, אך מעולם לא קיבל תשובה, עקב טעות רישום. לי הניח שחוסר התגובה מצד הממשלה נבע מרצונה לשמור על זכותה לתבוע אותו בעתיד. בנושא בקשת החנינה לי היווה דוגמה עבור חיילי קונפדרציה רבים אחרים. ב-1975 הנשיא ג'רלד פורד העניק לו חנינה אחרי מותו והקונגרס השיב לו את אזרחותו, לאחר גילוי שבועת האמונים שלו בארכיון הלאומי בשנת 1970. אחוזת קוסטיס-לי, ביתם של לי ואשתו לפני המלחמה, הוחרמה על ידי כוחות הצפון, והיא מהווה כיום חלק מבית העלמין הלאומי בארלינגטון. לאחר מותו פסקו בתי המשפט כי הפקעת האחוזה הייתה לא חוקית ויש להשיבה לבנו של לי. הממשלה הציעה לרכוש את הקרקע, והוא הסכים. לי שירת כנשיא וושינגטון קולג' (כיום - אוניברסיטת וושינגטון ולי) בלקסינגטון, וירג'יניה, החל מ-2 באוקטובר 1865. במהלך חמש השנים הבאות הוא הפך את הקולג' מבית-ספר קטן וחסר ייחוד לאחר מהקולג'ים האמריקנים הראשונים שהציעו קורסים בעסקים, עיתונאות וספרדית. כמו כן, הוא שילב משפטים בתוכנית הלימודים האקדמית, רעיון תמוה בזמנו, מכיוון שמשפט נתפש כעיסוק טכני, לא אינטלקטואלי. לי יצר קוד כבוד פשוט להפליא בקולג' - "יש לנו חוק אחד בלבד, והוא שכל סטודנט הוא ג'נטלמן". חוק זה עדיין קיים באוניברסיטת וושינגטון ולי ובכמה בתי-ספר אחרים. באחת מפעולותיו החשובות, מיקד לי את מאמצי הקולג' למשיכת סטודנטים מהצפון. מרי, אשתו של לי, טענה בנוגע להתפטרות בעלה מפיקוד האיחוד ומעברו לשירות הקונפדרציה כי: בעלי הזיל דמעות מדם עבור מלחמה נוראית זאת. אף על פי כן, כאדם של כבוד, כבן וירג'יניה, חייב הוא ללכת אחר גורל ארצו. היה זה המאבק הקשה ביותר של חייו - להתפטר ממשרה בה אחז במשך שלושים שנה. — מרי רנדולף קוסטיס לי בערב 28 בספטמבר 1870, החל לדבר באופן לא נהיר. רופאיו לא יכלו לתת טיפול פרט למנוחה ותקווה לשיפור. כיום מאמינים כי לקה בשבץ, אף על פי שרופאיו לא אבחנו זאת. בשנותיו האחרונות התלונן על כאבי חזה (ככל הנראה אנגינה פקטוריס) ולעיתים קרובות התלונן על כאב בידו הימנית, שלעיתים חשה רדומה. סביר שסבל מטרשת עורקים, או סוג של הפרעה של הלב ומערכת כלי הדם, שתחליש אותו בהמשך חייו. בשנתו האחרונה התוודה לי, הזקן והחלש, לחבריו כי הוא חש כאילו הוא עלול למות בכל רגע. השבץ פגע באונות הקדמיות של המוח, ובכך שלל ממנו את כושר הדיבור. נוסף לכך, נבצר ממנו להשתעל ולירוק, בעיה שתתגלה כקטלנית. הוא הוזן בכוח באוכל ונוזלים, אך חלק מנוזלים אלה מצאו את דרכם לריאותיו וגרמו לדלקת ריאות. לי, משולל יכולת להשתעל, נפטר מהשפעותיה של דלקת הריאות, שבועיים לאחר השבץ, בבוקר 12 באוקטובר 1870, בלקסינגטון, וירג'יניה. הוא נקבר באולם האירועים באוניברסיטת וושינגטון ולי, מקום המוקדש כיום לזכרו. האוניברסיטה ושלושה בניינים בה נקראים על שמו (או בצירוף שמו). במהלך מלחמת האזרחים גדולתו הצבאית של לי הביאה לכך שמטעם ממשלת הקונפדרציה הציעו לו לשאת את חרבו של ג'ורג' וושינגטון, הצעה לה לי סירב. על שמו של לי קרויים בין היתר מחוז לי בתשע מדינות, הטנק M3 לי ואוניברסיטת וושינגטון ולי בלקסינגטון, וירג'יניה. יום הולדתו של לי מצוין במספר מדינות בדרום: בווירג'יניה כחלק מיום לי-ג'קסון וכחג לאומי באלבמה, במיסיסיפי ובפלורידה, במקביל ליום מרטין לותר קינג. אחוזת קאסטיס-לי, המכונה כיום בית ארלינגטון, בה התגורר לי במשך רוב חייו הבוגרים, משמשת כיום כאתר הנצחה ומוזיאון. האתר מנוהל על ידי שירות הפארקים הלאומיים של ארצות הברית. אנדרטאות רבות הוקמו לזכרו של לי, בעיקר בדרום ארצות הברית. על אף שקיבל חנינה נשיאותית מהנשיא פורד, אנשים רבים, ביניהם אפרו-אמריקאים, דורשים להסיר את הפסלים והאנדרטאות המוקדשות לזכרו של לי ברחבי ארצות הברית. בעקבות החלטה על הסרת פסלו של לי בשארלוטסוויל, וירג'יניה התקיימו הפגנות רבות בדרישה למנוע את הסרת הפסל ובהן עצרת של ארגוני עליונות לבנה אמריקאיים. בהפגנה נגד העצרת התבצע פיגוע דריסה בו נהרגה אישה. ב-20 במרץ 2018 בהוראת ראש העיר, מיץ' לנדריו, הוסר פסלו של לי בעיר ניו אורלינס. ב-3 ביוני 2020 בעיצומן של מחאות ג'ורג' פלויד, החליט גם מושל וירג'יניה, ראלף נורתם, להסיר את פסלי ההנצחה של לי במדינתו. סוסו הנאמן של לי, טרוולר, ליווה אותו לוושינגטון קולג' אחרי המלחמה. הוא איבד שערות רבות מזנבו, כיוון שמעריצים רבים רצו מזכרת מהסוס המפורסם. בשנת 1870, לאחר מותו של לי, צעד טרוולר מאחורי קרון-המת של הגנרל. זמן קצר לאחר מותו של לי, דרך טרוולר על נעץ חלוד וחלה בצפדת. המחלה הייתה חשוכת-מרפא בעת ההיא, וטרוולר הורדם, כדי לסיים את ייסוריו. הוא נקבר ליד האולם תחתיו נקבר לי באוניברסיטת וושינגטון ולי. ב-1907 הוצאו שרידיו מהקבר, והוצגו באולם. ב-1971 נקברו מחדש בסמוך לכניסה הצדדית לקברו של לי. ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, הוצאת 'מערכות', 1979 ערן סבאג, "חיים של אחרים" על רוברט אדוארד לי - חלק א‏, 13 באוקטובר 2010 ערן סבאג, "חיים של אחרים" על רוברט אדוארד לי - חלק ב‏, 13 באוקטובר 2010 רוברט אדוארד לי, באתר "Find a Grave" (באנגלית) רוברט אדוארד לי, באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית) כתבי רוברט אדוארד לי בפרויקט גוטנברג (באנגלית) רוברט אדוארד לי, באתר Discogs (באנגלית) קולין אדוארד וודוורד (Colin Edward Woodward), סטרטפורד הול, מחוז וסטמורלנד, וירג'יניה (Stratford Hall, Westmoreland County, Virginia), באתר אנציקלופדית וירג'יניה (Encyclopedia Virginia) משפחת לי של וירג'יניה (The Lee Family of Virginia), באתר היסטוריה של ארצות הברית (United States History) ביוגרפיה - הנרי לי השלישי (Henry Lee III - BIOGRAPHY), באתר תאגיד שדה הקרב האמריקאי (American Battlefield Trust) אן היל קרטר לי; 1773 - 1826 (Anne Hill Carter Lee; 1773 - 1826), באתר Find a grave קולין אדוארד וודוורד (Colin Edward Woodward), הנרי לי; 1756–1818 (Henry Lee; 1756–1818), באתר אנציקלופדית וירג'יניה (Encyclopedia Virginia) בולטימור ומלחמת 1812 (Baltimore & The War Of 1812), באתר אזור המורשת הלאומית של בולטימור (Baltimore National Heritage Area) מהומות תושבי בולטימור נגד מתנגדי המלחמה (Baltimore residents riot against antiwar dissenters), באתר שירות הפארקים הלאומיים של ארצות הברית (The National Park Service) כיצד 413 מילים הציתו התקפה על העיתונאות בבולטימור ב-1812 (How 413 words triggered an attack on journalism in Baltimore in 1812), באתר שמש בולטימור (THE BALTIMORE SUNׂ) הנרי לי | קצין בצבא ארצות הברית (Henry Lee | United States military officer), באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית) חייו של רוברט א. לי (The Life of Robert E. Lee), באתר ניסיון אמריקאי (American Experience) קולין אדוארד וודוורד (Colin Edward Woodward), הנרי לי; 1787–1837 (Henry Lee; 1787–1837), באתר אנציקלופדית וירג'יניה (Encyclopedia Virginia) רוברט א. לי לג'ון קלהון (Robert E. Lee to John Calhoun), באתר הארכיון הדיגיטלי של משפחת לי (Lee Family Digital Library), ‏28 בפברואר 1824 מארי אן רנדולף קורטיס לי; 1807 - 1873 (Mary Anna Randolph Custis Lee; 1807 - 1873), באתר Find a grave ג'ורג' וושינגטון קוסטיס לי | מחנך אמריקאי (George Washington Custis Lee | American Educator), באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית) ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 43 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 70 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 81 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 108 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 109 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 123 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 124 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 125 - 126 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 127 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 129 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 130 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 144 - 145 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 159 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 162 - 163 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 156 קרב גטיסברג | מלחמת האזרחים האמריקאית; 1863 (Battle of Gettysburg | American Civil War; 1863), באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית) תולדות הקרב (Battle History), באתר גטיסברג, פנסילבניה; צמתי דרכים היסטוריות (Gettysburg, Pennsylvania; Historical Crossroads) לפני 155 שנים - 8 באוגוסט 1863, גנרל רוברט א. לי שלח את כתב ההתפטרות שלו לנשיא הקונפדרציה ג'פרסון דייוויס (155 YEARS AGO- AUGUST 8, 1863 GENERAL ROBERT E. LEE SENDS HIS RESIGNATION TO CONFEDERATE PRESIDENT JEFFERSON DAVIS) ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 203 גרג מרץ (Greg Mertz), הקרב על השממה (Battle of the Wilderness), באתר אנציקלופדיה וירג'יניה (Virginia Encyclopedia) ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 207 תולדות הקרב על בית המשפט בספוטסילבניה (History of the Battle of Spotsylvania Court House), באתר שירות הפארקים הלאומיים של ארצות הברית (The National Park Service) הקרב על בית המשפט בספוטסילבניה | היסטוריה של ארצות הברית (Battle of Spotsylvania Court House | United States history), באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית) גורדון ס. רהא (Gordon C. Rhea), מערכת נהר אנה הצפונית (The North Anna Campaign), באתר לוח זמנים מהותי אודות מלחמת האזרחים (Essential Civil War Curriculum) הקרב על נהר אנה הצפונית (Battle of North Anna), באתר אנציקלופדיה של וירג'יניה (Virginia Encyclopedia) הקרב על קולד הארבור (Battle of Cold Harbor), באתר תאגיד שדה הקרב האמריקאי (American Battle Field Trust) הקרב על קולד הארבור | מלחמת האזרחים האמריקאית; 1864 (Battle of Cold Harbor | American Civil War; 1864), באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית) מערכת אוברלנד של 1864 (The Overland Campaign of 1864), באתר תאגיד שדה הקרב האמריקאי (American Battle Field Trust), קרב השממה, קרב ספוטסילבניה, מערכת אנה הצפונית, קרב קולד הארבור. ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 32 אפרו-אמריקאים במצור על פטרסבורג (AFRICAN-AMERICANS AT PETERSBURG), באתר שירות הפארקים הלאומיים של ארצות הברית (The National Park Service) מערכת פטרסבורג | מלחמת האזרחים האמריקאית (Petersburg Campaign | American Civil War), באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית) ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 231 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 242 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 244 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 251 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 253 ברוס קאטון, מלחמת האזרחים האמריקנית, עמ' 261