PlutoF

PlutoF on Tartu Ülikooli teadlaste loodud ja arendatav veebipõhine töölaud elurikkuse kirjeldamiseks, sellekohase andmestiku talletamiseks ja interpreteerimiseks. PlutoF võimaldab kõigil registreeritud kasutajatel sisestada ja hallata elurikkuse andmeid alates üksikutest vaatlusandmetest koos vaatluskoha koordinaatide ja kirjeldusega kuni DNA-põhise molekulaarse süstemaatika ja taksonoomiani. Samuti saab hallata loodusteaduslike kogude andmeid, koostada ja läbi viia projekte ning andmeid ja analüüse avaldada. Algselt seente elurikkuse andmestiku talletamiseks loodud töölaud ühendab nüüd ka loomade, lindude, taimede ja putukate andmeid ning töölaua universaalsus aitab kaasa ka loodusteadlaste valdkonnaülesele koostööle.[viide?] Algselt (2005) ehitati PlutoF-i töölaud kasutades PHP programmeerimiskeelt ja MySQL andmebaasimootorit. Töölaua praegune versioon (2015) on üles ehitatud kasutades Ember.js ja DRF-i raamistikke ning PostgreSQL+PostGIS andmebaasi. Töölauda arendab Tartu Ülikooli loodusmuuseumi elurikkuse informaatika ja digiarhiivide töörühm. PlutoF töölaud koosneb järgmistest moodulitest: projektid, kogud, seire ja looduskaitse, taksonoomia, ökoloogia. Moodul võimaldab luua, hallata, jagada ja publitseerida teadusprojekte. Iga projektiga saab siduda piiramatul hulgal vaatlusalasid ja seotud andmeid. Projekti võib muuta nähtavaks ainult koostajale, töörühma liikmetele või kõigile. PlutoF-i töölaud ei ole ette nähtud kitsalt teadusringkonnale. Süsteem lubab igal loodusvaatlejal luua endale harrastusteadlase projekti, mille vahendusel enda kogutud andmeid talletada ja hallata. Tihti kasutavad teadlased harrastusteaduse projektide raames kogutud andmeid ka teadustöös. Harrastusteaduse projektide raames kogutud kureeritud vaatlusandmed on kättesaadavad kogu maailma teadlastele portaali Global Biodiversity Information Facility (GBIF) kaudu. Harrastusteaduse projektide raames kogutud andmete kasutamist teadlaste poolt peetakse vajalikuks ja levinuks. Loodusteaduslikel kogudel on võimalus luua digitaalseid arhiive ja korraldada nende tööd. Eraldi moodulid on etikettide trükkimiseks, laenude korraldamiseks, aruannete kokkupanekuks, andmestike avaldamiseks elurikkuse ülemaailmse teabevõrgustiku GBIF kaudu või mujal. Kogude andmestike võimalike tüüpide hulka kuuluvad näiteks nõelastatud putukad, herbaareksemplarid, mikroorganismide eluskultuurid ja keskkonnaproovid. Seire- ja looduskaitseprojekte saab samuti luua ja hallata PlutoF-i kaudu. Ühes projektis saab siduda eri tüüpi vaatlusi taksoni esinemise kohta, seda ka DNA alusel. Samuti proove, eksemplare kogudest, viiteid jne. Siduda saab ka andmestikke kaitsealuste ja punase raamatu nimestiku liikide kohta. Klassifikatsioonimoodul võimaldab luua ja hallata eluslooduse klassifikatsioone. Töörühmadel on võimalik arendada konsensusepõhiseid klassifikatsioone ja teha need API kaudu avalikult ligipääsetavaks. Taksonite esinemise vaatlusi, ka DNA põhiseid, ja kogudes esinemise teateid saab siduda mitme klassifikatsiooniga korraga. Taksonite kirjeldusi saab laadida üles, toimetada ja publitseerida. Võimalik on hallata andmestikke mulla-, vee-, õhu-, kõdupuidu-, eluskoe- ja muudest proovidest. Proovide andmeid saab siduda DNA järjestustega analüüsidest, mis teostatud Sangeri ja/või mass-sekveneerimise (High Throughput Sequencing) meetoditel. Andmestikke saab täiendada seireandmetega ja muude andmetega samalt proovialalt. Süsteem võimaldab käsitleda ka katsete andmestikke. PlutoF-i töölaud jaguneb kolmeks suureks jaotuseks: Projektide moodulis saab luua teadus- ja harrastusteaduse projekte. Võimalik on luua ülem-projekti sees alam-projekte, lisada isikuid, proovialasid, faile, kuupäevi ja kirjeldusi. Taksoni esinemise moodulis saab sisestada kõikvõimalikke taksoni esinemisega seotud andmeid. Andmebaasistatakse nii objekt kui ka kogu sellega seotud info. PlutoF-i töölaud võimaldab salvestada eksemplari koodi, asukoha kogus, kogujad ja määrajad, tüübi, kasvu- ja vaatluskoha, interaktsioonid teiste taksonitega, substraadi ja kommentaaride abil ka ökoloogia. Eristada saab ka objekti tüüpi – vaatlus, säilitatud eksemplar, kirjanduspõhine taksoni esinemine, eluseksemplar, geenijärjestus või keskkonnaproov. Iga objektiga saab siduda mitmes vormingus faile, kirjandusviiteid, märksõnu ja välislinke.  Iga kasutaja saab lisada ja hallata faile. Lisada saab näiteks fotosid ja tekstifaile ning neid projektide, vaatlusalade ja objektidega siduda. Võimalik on kuvada failide metaandmed ning määrata CC-süsteemi kasutuslitsentse. Selles moodulis saab hallata loodusteaduslike kogudega, näiteks herbaariumi või muuseumi kogudega seotud andmestikku. Võimalik on hallata transaktsioone, näiteks laenud ja deposiidid. Lisada saab hinnangut eksemplaride või kogude seisundile, määrata ja muuta hooldustingimusi ning talletada pildipanka. Publitseerimislabor võimaldab otsida ja hallata DOI-ga varustatud andmekogusid ning küsida DOI-d enda andmetele. Võimalik on lisada, otsida ja hallata kirjandusviiteid, sarju ja märksõnu, samuti koostada märksõnadest kogumikke. Taksonoomia moodulis saab kuvada, lisada ja muuta taksoninimesid ja taksonikirjeldusi. Samuti saab vaadata ja toimetada UNITE andmebaasi kantud seente DNA-põhiseid liigihüpoteese, esindusjärjestusi, ühendklastreid, statistikat ja taksonoomiat. Moodul võimaldab geenijärjestuste analüüsi eri programmide abil, näiteks ITSx (http://microbiology.se/software/itsx/), ATOSH ja massBLASTer. Moodul võimaldab luua ja muuta laboris teostatavaid eksperimente nagu DNA eraldamine, PCR reaktsiooni läbiviimine ja DNA sekveneerimine. Moodul võimaldab lisada, muuta ja hallata proovi- ja püsialasid. Moodul võimaldab lisada vorme, mille abil andmete sisestamist hõlbustada. Vorme saab luua mitmesuguste andmetüüpide jaoks, näiteks mallid projektide, kogude või proovialade kohta käivate andmete jaoks. PlutoF-i töölaua doktoritööna teinud Kessy Abarenkov on selgitanud: "Töölaua nime valik kattus ajaga, kus Pluuto oli just planeetide nimistust välja heidetud ning kogu maailma ajakirjandus seda teemat aktiivselt kajastas. Kuna mul hakkas endisest planeedist kahju, otsustasin töölaua tema järgi nimetada. F oli tähestiku esimene täht, mis Plutoga sobis, ilma et Disney autoriõigusi oleks rikutud."[viide?] PlutoF-i töölaual hallatavaid andmeid majutatakse Eesti teaduse teekaardi "Loodusteaduslikud arhiivid ja infovõrgustik" (NATARC) infrastruktuuris, mida hallatakse Tartu Ülikoolis. Mahukamad andmekirjed PlutoF-is on järgmised (seisuga 27.06.2017): teadusprojektid – 38 887 harrastusteaduse projektid – 37 loodusvaatlused – 1 600 391 kogude eksemplarid – 1 176 881 geenijärjestused – 796 159 kirjanduspõhised vaatlused – 119 751 eluseksemplarid – 8382 keskkonnaproovid – 13 401 PlutoF-is esineb taksoni esinemise kirje 49 943 liigi kohta, sealhulgas 28 151 Eestis esineva liigi kohta. Portaali PlutoF kasutajaskonda kuuluvad muuseumid ja asutused (nii Eesti kui ka välismaised, sh erakogud) loodusteaduslike kogude andmete haldamiseks (vt Natarc.ut.ee); harrastusteadlased loodusvaatluste sisestamiseks (nt Eesti ornitoloogiaühing, Eesti mükoloogiaühing, Loodusheli); teadlased (taksonoomid, ökoloogid) ja kogukonnad teadusprojektide (UNITE andmebaas, ToxGen) läbiviimiseks; seireprojektide läbiviijad (nt LOORA, Eesti Taimeatlas, Kumari kartoteegi digiteerimine) PlutoF-i kasutamise statistika aastate lõikes: PlutoF-i sisselogimised riigiti 2016. aastal: PlutoF-i pilvesüsteemil on üle 2000 registreeritud kasutaja, kellest ligikaudu kolmandik on välisriikidest. Iga päev logib PlutoF-i süsteemi ligi 100 kasutajat, kes töötavad süsteemis keskmiselt 32 minutit. Välisriikidest on enim kasutajaid USA-st (keskmiselt 25 kasutajat päevas) ning Suurbritanniast ja Rootsist (keskmiselt 3 kasutajat päevas). Välisriikide teadlased kasutavad PlutoF-i peamiselt geenijärjestuste määramiseks ja andmebaaside majutamiseks. Eesti teadlased, õpetajad/õpilased, loodusvaatlejad jt kasutavad PlutoF-i pilve enda andmebaaside arendamiseks. Loodusteadlaste suhtumine harrastusteadusesse Urmas Kõljalg, R. Henrik Nilsson, Kessy Abarenkov, Leho Tedersoo, Andy F. S. Taylor, Mohammad Bahram, Scott T. Bates, Thomas D. Bruns, Johan Bengtsson-Palme, Tony M. Callaghan, Brian Douglas, Tiia Drenkhan, Ursula Eberhardt, Margarita Dueñas, Tine Grebenc, Gareth W. Griffith, Martin Hartmann, Paul M. Kirk, Petr Kohout, Ellen Larsson, Björn D. Lindahl, Robert Lücking, María P. Martín, P. Brandon Matheny, Nhu H. Nguyen, Tuula Niskanen, Jane Oja, Kabir G. Peay, Ursula Peintner, Marko Peterson, Kadri Põldmaa, Lauri Saag, Irja Saar, Arthur Schüßler, James A. Scott, Carolina Senés, Matthew E. Smith, Ave Suija, D. Lee Taylor, M. Teresa Telleria, Michael Weiss, Karl-Henrik Larsson (24.09.2013). "Towards a unified paradigm for sequence-based identification of fungi". Molecular Ecology.{{netiviide}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link) NATARC PlutoF Suuremad PlutoF-i portaaliga seotud projektid PlutoF-i kasutusjuhend Kessy Abarenkov "PlutoF – cloud database and computing services supporting biological research" doktoritöö