SARS-CoV-2

Ägeda raskekujulise respiratoorse sündroomiga koroonaviirus 2 ehk SARS-CoV-2 on plussahelaline RNA-viirus, mis põhjustab inimestel koroonat (COVID-19). See sarnaneb viirusega SARS-CoV, mis põhjustab SARSi. Viiruse ülekandumine uuele peremeesorganismile inimesele võis toimuda ajavahemikus 6. oktoober – 11. detsember 2019. Arvatakse, et viirus võib pärineda nahkhiirtelt, kellelt kandus pangoliinide kaudu inimestele. Esimesed inimeselt-inimesele nakkamise juhtumid tuvastati Hiinas Wuhanis. Virionide läbimõõt on umbes 50–200 nm. Sarnaselt teiste koroonaviirustega on sellel neli strukturaalset valku, mis on tuntud kui S (spike), E (envelope), M (membrane) ja N (nucleocapsid). N hoiab viiruse RNA genoomi ning S, E ja M moodustavad viiruse ümbrise. S valk vastutab seejuures seondumise eest peremeesrakuga ning on leitud, et SARS-CoV-2 viiruse S-valk seondub inimese ACE2 retseptoritega. 2019.–2020. aasta koroonapandeemia ajal kinnitati, et SARS-CoV-2 levib inimeselt inimesele. Viirus levib inimeselt inimesele enamasti piisknakkuse kaudu, peamiselt lähedasel kontaktil nakatunud inimesega, kellel on nakkusele iseloomulikud sümptomid, eelkõige köha. Teine võimalik levimisviis on kokkupuude viirusega saastunud pindadega. Esialgsete uuringute järgi püsib viirus plastikul ja metallil nakkusohtlikuna kuni kolm päeva, kuid papil mitte kauem kui päev ja vasel kuni neli tundi. Seep muudab viiruse kahjutuks. Teadlased pole kindlad, kas viirus on peiteajal nakkav või mitte. Maailma Tervishoiuorganisatsioon (WHO) avaldas 1. veebruaril 2020 arvamust, et viirus pole peiteajal nakkav, kuid Hiina teadlaste uuringu andmetel on see ilmselt nakkav ka peiteajal. WHO hakkas alates 2021. aasta mai lõpust kasutama viiruse variantide nimetamiseks kohanimede asemel kreeka tähestiku tähti. Näiteks 2020. aasta oktoobris Indias tuvastatud varianti B.1.617.2 hakati nimetama deltatüveks. 2021. aasta novembri lõpul esimesena Lõuna-Aafrika Vabariigis tuvastatud varianti B.1.1.529 hakati nimetama omikrontüveks. Loeteluna * Alpha, B.1.1.7, 18-Dec-2020 * Beta, B.1.351, 18-Dec-2020 * Gamma, P.1, 11-Jan-2021 * Delta, B.1.617.2 VOI: 04-Apr-2021, VOC: 11-May-2021 * Omicron, B.1.1.529 VUM: 24-Nov-2021, VOC: 26-Nov-2021 * Omicron 2 BA.2 ? B.1.1.529 ? BA.3 Esimesed SARS-CoV-2 viirusega nakatunud tuvastati 2019. aastal Hiinas Wuhanis. Viiruse täpne päritolu pole teada, kuid SARSi haiguspuhangu uurimisel avastati, et mitmed sarnased koroonaviirused pärinevad nahkhiirtelt. WHO arvates kandus ka SARS-CoV-2 tõenäoliselt inimestele üle nahkhiirtelt, kuid erinevused tähendavad, et viirusel on tõenäoliselt seni tuvastamata vaheperemees. Märtsis 2020 kinnitasid teadlased, et viirus on looduslikku päritolu ning miski ei viita, et see oleks tehislikku päritolu. 2002–2004 toimunud SARSi epideemia tekke põhjus avastati suhteliselt kiiresti. Ligi kaks aastakümmet kestnud teaduse edusammude taustal ei oldud 2019. aastal Wuhanist alanud pandeemia tekkepõhjust 2021. aasta II poole alguse seisuga suudetud tuvastada. 2021. aasta juuli II poolel keeldusid Hiina võimud WHO esindajaid viiruse päritolu uurimiseks teist korda riiki lubamast. Viirus avastati 2019. aastal lõpus ning tõenäoliselt nakatus esimene inimene sellesse 17. novembril 2019. Viirus levis kõigisse Hiina provintsidesse ja seejärel rohkem kui 150 riiki üle kogu maailma, põhjustades 2019.–2020. aasta koroonapandeemia. WHO kuulutas 30. jaanuaril SARS-CoV-2 rahvusvahelise tähtsusega rahvatervisealaseks hädaolukorraks ja 11. märtsil pandeemiaks. 23. märtsil 2020 oli kinnitatud 367 038 inimese nakatumine, sellest enam kui 81 000 Hiinas. Koroonasse oli üle kogu maailmas surnud üle 15 800 ning sellest tervenenud üle 100 000 inimese. Viiruse nakkavuskoefitsient on tõenäoliselt 1,4–3,8 ehk iga nakatunu nakatab 1–3 inimest, kui karantiini ja muid kaitsemeetmeid ei rakendata. Epideemia vaibub, kui nakkavuskoefitsient langeb alla ühe.  Pikemalt artiklis Koroonavaktsiin COVID-19 Vaccine Moderna, mRNA, Pfizer-BioNTech Comirnaty, mRNA, Vaxzevria (COVID-19 Vaccine AstraZeneca), adenov*, COVID-19 Vaccine Janssen, adenov*, Sputnik V, adenov*, COVID-19 Koroonapandeemia Koroonapandeemia Eestis Koroonaviirused Koroonavaktsiin SARSi haiguspuhang Maria Pasquini (7.5.2020). "Coronavirus Began Spreading Worldwide Late Last Year, Study Says". people.com (inglise). People (ajakiri). Vaadatud 8.5.2020. Using genetic analysis taken from more than 7,600 patients around the world, researchers at the University College London Genetics Institute have found evidence that the pandemic began late last year, and quickly spread worldwide. // "Estimates support that the COVID-2 pandemic started sometime around Oct. 6, 2019 to Dec. 11, 2019, which corresponds to the time of the host jump into humans," the research team wrote in the study, which was published on Tuesday. "Coronavirus: From bats to pangolins, how do viruses reach us?". Deutsche Welle. Vaadatud 23. märts 2020. "Koroonaviiruse haigus COVID-19". Terviseamet. Vaadatud 23. märts 2020. "Why the Coronavirus Has Been So Successful". The Atlantic. Vaadatud 23. märts 2020. "Study claiming new coronavirus can be transmitted by people without symptoms was flawed". Science. Vaadatud 23. märts 2020. "Novel Coronavirus(2019-nCoV) Situation Report - 12" (PDF). World Health Organization. Vaadatud 23. märts 2020. "Substantial undocumented infection facilitates the rapid dissemination of novel coronavirus (SARS-CoV2)". Science. Vaadatud 23. märts 2020. "Covid: WHO renames UK and other variants with Greek letters" (inglise). BBC News. 31. mai 2021. Vaadatud 1. juunil 2021. "Covid: New variant classed 'of concern' and named Omicron". BBC News (inglise). 27. november 2021, 08:34. Vaadatud 27.11.2021. Tracking SARS-CoV-2 variants January 31, 2022, 4:11 PM GMT+2, Reuters, Omicron subvariant BA.2 more infectious than 'original', Danish study finds Omicron BA.2: What we know about the Covid sub-variant "COVID-19 coronavirus epidemic has a natural origin". ScienceDaily. Vaadatud 23. märts 2020. "Covid: China rejects WHO plan for second phase of virus origin probe" (inglise). BBC News. 23. juuli 2021. Vaadatud 23. juulil 2021. "WHO: koroonaviirus on pandeemia". Delfi. Vaadatud 23. märts 2020. "AFP: kinnitust leidnud koroonaviiruse juhtumite arv tõusis üle 350 000". Postimees. Vaadatud 23. märts 2020. "Pattern of early human-to-human transmission of Wuhan 2019 novel coronavirus (2019-nCoV), December 2019 to January 2020". NCBI. Vaadatud 23. märts 2020. COVID-19 Vaccine Moderna Moderna vaccine success gives world more hope Reuters Pfizer-BioNTech Comirnaty Vaxzevria (COVID-19 Vaccine AstraZeneca) COVID-19 Vaccine Janssen Sputnik V's recognition in 2021 possible despite red-tape, politics — expert Tass.com 12.10.2021 Andersen, K. G., Rambaut, A., Lipkin, W. I. et al. (2020). The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine Brüssow, H. (märts 2020). The Novel Coronavirus – A Snapshot of Current Knowledge. Microbial Biotechnology. 2020: 1–6 Lucy van Dorp et al. (2020). Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2. Infection, Genetics and Evolution Jaan-Juhan Oidermaa. Lõuna-Aafrikas levib tugevalt muteerunud koroonavariant. ERR Novaator, 26. november 2021 Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern. WHO, 26. november 2021 Michelle Roberts. What are the Delta, Gamma, Beta and Alpha Covid variants?. BBC News, 19. oktoober 2021 Michelle Roberts. What are the Brazil, South Africa and UK variants and will vaccines work? BBC News, 16. märts 2021 Viiruse genoom NCBI "Teadlased: SARS-CoV-2 võib levida inimeselt koerale" ERR Novaator, 22. mai 2020 "Covid virus ‘survives for 28 days’ in lab conditions" BBC News, 11. oktoober 2020 "Koroonaviiruse ulatusliku leviku mõistatus hakkab vaikselt lahenema" ERR Novaator, 21. oktoober 2020