Gemmatimonadetes

Gemmatimonadetes on gramnegatiivsete bakterite hõimkond, mis eristub hästi 16S rDNA analüüsi abil. Selle hõimkonna esindajatele on iseloomulik diaminopimeliinhappe puudumine rakukestas. Sellest hõimkonnast on teada ainult kolm perekonda – Longimicrobium, Gemmatirosa ja Gemmatimonas. Neist esimene oli Gemmatimonas, millest tuntakse ainukesena kahte liiki (G. aurantiaca ja G. phototrophica). Esimene liik kirjeldati 2003. aastal ja teine 2015. aastal. Teised kaks teadaolevat liiki on 2013. aastal leitud Gemmatirosa kalamazoonensis ja 2016. aastal leitud Longimicrobium terrae. Samuti kuulub sinna mitmeid seni veel kultiveerimata baktereid, keda on kirjeldatud erinevates mereveest ja mullast isoleeritud geenijärjestuste põhjal. Hõimkonna tüüpesindajaks on 2003. aastal reoveepuhastussüsteemi aktiivmudast eraldatud Gemmatimonas aurantiaca. 16S rDNA analüüs näitas, et eraldatud G. aurantiaca tüvi T-27T kuulub bakterite hõimkonda, mida seni oli kirjeldatud vaid keskkonnaproovidest määratud geenijärjestuste kaudu ja tähistatud kui BD rühm (ka KS-B). Ühtlasi tuvastati, et 16S rDNA järjestuse erinevus teiste bakterihõimkondade vastavatest järjestustest on lausa 19%, mis on suurem, kui sellisel tuntud hõimkonnal nagu Actinobacteria (18%), kuid väiksem kui proteobakteritel (23%), mis on suurim bakterite hõimkond. Nii pakuti välja uue hõimkonna – Gemmatimonadetes – moodustamine. Keskkonnast isoleeritud DNA järjestuste alusel eeldatakse, et see hõimkond on looduses laialdaselt levinud ning temas võiks olla vähemalt neli alamhõimkonda. Huvitaval kombel näib, et sellesse hõimkonda kuulub nii meres kui ka maismaal elavaid baktereid. Leitud geenijärjestustele tuginedes paistab, et selle hõimkonna esindajaid võiks leida nii mullast, aktiivmudast, soolakoobastest, rannikuäärsest mudast, süvamere setetest, gaasihüdraatidest, arktilisest veest kui ka merekäsnade juurest. On pakutud, et 2% mullabakteritest kuulub hõimkonda Gemmatimonadetes. Kuna ühe liigesepõletikku põdeva patsiendi sünoviaalvedelikust eraldatud rRNA analüüsil leiti selle võimalik kuulumine tollel ajal veel määramata Gemmatimonadetes hulka, võivad selle bakterihõimkonna esindajad pakkuda ka meditsiinialast huvi. Zhang, Sekiguchi, et al (2003) Zeng et al (2015) DeBruyn, J; Nixon, L; Fawaz, M; Johnson, M; Radosevich, M (2011). "Global Biogeography and Quantitative Season Dynamics of Gemmatimonadetes in Soil". Appl. Environ. Microbiol. 77 (17): 6295–300. DOI:10.1128/AEM.05005-11. Pascual, J; García-López, M; Bills, GF; Genilloud, O (2016). "Longimicrobium terrae gen. nov., sp. nov., an oligotrophic bacterium of the under-represented phylum Gemmatimonadetes isolated through a system of miniaturized diffusion chambers". Int J Syst Evol Microbiol. 66 (5): 1976–85. DOI:10.1099/ijsem.0.000974. DeBruyn, Nixon, et al (2011) Zhang, H., Sekiguchi, Y., Hanada, S., Hugenholtz, P., Kim, H., Kamagata, Y., Nakamura, K. (2003). "Gemmatimonas aurantiaca gen. nov., sp. nov., a gram-negative, aerobic, polyphosphate-accumulating micro-organism, the first cultured representative of the new bacterial phylum Gemmatimonadetes phyl. nov". Int J Syst Evol Microbiol. 53 (Pt 4): 1155–63. DOI:10.1099/ijs.0.02520-0. PMID 12892144.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link) DeBruyn, J. M., Nixon, L. T., Fawaz, M. N., Johnson, A. M., Radosevich, M. (2011). "Global Biogeography and Quantitative Seasonal Dynamics of Gemmatimonadetes in Soil". Applied and Environmental Microbiology. 77 (17): 6295–6300. DOI:10.1128/AEM.05005-11.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link) Yonghui Zeng, Vadim Selyanin, Martin Lukeš, Jason Dean, David Kaftan, Fuying Feng, Michal Koblížek (2015). "Characterization of the microaerophilic, bacteriochlorophyll a-containing bacterium Gemmatimonas phototrophica sp. nov., and emended descriptions of the genus Gemmatimonas and Gemmatimonas aurantiaca". Int J Syst Evol Microbiol. 65: 2410–2419. DOI:10.1099/ijs.0.02520-0.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)