古虫界

古虫界（学名：Excavata）是单细胞生物的一个主要超級群組，屬於真核生物域，此群組最初由 Simpson 和 Patterson 於1999 年提出，之後湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯於2002年引入其作為一個支序親緣學分類。古虫界包含了许多自由生存或共生的原生生物，以及一些重要的人体寄生虫，例如賈第蟲和毛滴蟲。古虫界的生物原屬於原生生物界（Protista），一個現在已棄用的分類。它們擁有獨特的超微細胞結構，被認為是真核生物的基群。 學名 Excavata 意為「挖掘」，因部分古蟲界物種具有一條攝食溝，像是被挖出來的一樣。 中文翻譯为「古虫」，是因为在真核生物的系统发生树处于底部位置，与古菌等外群关系较近，线粒体可能缺失或功能原始。 许多古虫界的物种缺乏典型的线粒体，被称作「无线粒体原生生物」（amitochondriate），虽然大多数可能包含了功能上类似于线粒体、形态有很大变化的细胞器。其它的古虫界的生物有线粒体，线粒体嵴呈管状、盘状、薄片状。大多数古虫界物种有两个、四个甚至更多的鞭毛，很多物种有显著的腹部摄食沟（feeding groove）超微结构，内部由微管支撑。如果有系统发生的基因证据，其它缺乏这一特征的物种也可以归属于古虫界。 古虫界在门/纲的级别上分为六类。 眼虫门（Euglenozoa）与透色门（Percolozoa, Heterolobosea）是特别接近的亲缘关系，都具有盘状的线粒体嵴，因此被归纳为盘嵴总门（Discicristata）。2007年，一项研究表明盘嵴总门与Jakobida目具有基因亲缘关系 Jakobida目具有类似于其它原生生物的管状线粒体嵴，因此与盘嵴总门合称为Discoba亚界或三者首字母缩写——JEH总界。 后滴门（Metamonad）不寻常地缺少了典型的线粒体——代替线粒体，这些生物具有氢化酶体（hydrogenosome），纺锤剩体（mitosome）或其它未识别的细胞器。共同特点是都没有线粒体。基因分析表明，这些生物的细胞核中有线粒体的基因标志。这些生物都是寄生生活的，能够从其它来源获得ATP。源真核生物的一个例子是毛滴虫（Trichomonas Vaginalis），是常见的尿路感染，通过性接触传播。 古虫界是否为单系群（monophyletic group），仍然缺乏基因证据。可能是几个并行的进化分支。 某些古虫界的物种被认为是非常原始的真核生物，位于进化树的底部。这示意古虫界可能是多系群，包含着其它原生生物的祖先。但这也可能是由于长枝吸引（long branch attraction），这已经在微孢子虫（microsporidia）中有过前例。 除上述类群外马拉维单胞虫纲（Malawimonas）由于其分子系统学证据被认为可能是古虫中的一种，但其在其中的系统位置待定。 Rodríguez-Ezpeleta, Naiara; Brinkmann, Henner; Burger, Gertraud; Roger, Andrew J.; Gray, Michael W.; Philippe, Hervé; Lang, B. Franz. Toward Resolving the Eukaryotic Tree: The Phylogenetic Positions of Jakobids and Cercozoans. Curr. Biol.. 2007-07-17, 17: 1420 [2019-03-19]. （原始内容存档于2022-06-02） （英语）.  引文格式1维护：日期与年 (link) Hampl, V.; Hug, L.; Leigh, J. W.; Dacks, J. B.; Lang, B. F.; Simpson, A. G. B.; Roger, A. J. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic "supergroups". Proceedings of the National Academy of Sciences. 2009, 106 (10): 3859–3864. Bibcode:2009PNAS..106.3859H. PMC 2656170 . PMID 19237557. doi:10.1073/pnas.0807880106.  Hampl V, Hug L, Leigh JW, et al. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic "supergroups". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106 (10): 3859–64 [2012-02-23]. Bibcode:2009PNAS..106.3859H. PMC 2656170 . PMID 19237557. doi:10.1073/pnas.0807880106. （原始内容存档于2020-04-10）.  Simpson, Ag; Inagaki, Y; Roger, Aj. Comprehensive multigene phylogenies of excavate protists reveal the evolutionary positions of "primitive" eukaryotes (Free full text). Molecular Biology and Evolution. 2006, 23 (3): 615–25 [2012-02-23]. PMID 16308337. doi:10.1093/molbev/msj068. （原始内容存档于2020-05-29）.  Cavalier-Smith, T. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. 2002-03, 52 (Pt 2): 297–354 [2019-03-19]. PMID 11931142. doi:10.1099/00207713-52-2-297. （原始内容存档于2017-07-29） （英语）.  引文格式1维护：日期与年 (link) Simpson, AG. Cytoskeletal organization, phylogenetic affinities and systematics in the contentious taxon Excavata (Eukaryota). Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. 2003-11, 53 (Pt 6): 1759–1777 [2019-03-20]. PMID 14657103. doi:10.1099/ijs.0.02578-0. （原始内容存档于2018-11-27） （英语）.  引文格式1维护：日期与年 (link) Dawson, Scott C; Paredez, Alexander R. Alternative cytoskeletal landscapes: cytoskeletal novelty and evolution in basal excavate protists. Current Opinion in Cell Biology. 2013, 25 (1): 134–141. PMC 4927265 . PMID 23312067. doi:10.1016/j.ceb.2012.11.005.  Naiara Rodríguez-Ezpeleta, Henner Brinkmann, Gertraud Burger, Andrew J. Roger, Michael W. Gray, Hervé Philippe, and B. Franz Lang. Toward Resolving the Eukaryotic Tree: The Phylogenetic Positions of Jakobids and Cercozoans. Curr. Biol. August 2007, 17 (16): 1420–1425 [2012-02-23]. PMID 17689961. doi:10.1016/j.cub.2007.07.036. （原始内容存档于2012-09-22）.  Laura Wegener Parfrey, Erika Barbero, Elyse Lasser, Micah Dunthorn, Debashish Bhattacharya, David J Patterson, and Laura A Katz. Evaluating Support for the Current Classification of Eukaryotic Diversity. PLoS Genet. December 2006, 2 (12): e220. PMC 1713255 . PMID 17194223. doi:10.1371/journal.pgen.0020220.  Cavalier-Smith T. The excavate protozoan phyla Metamonada Grassé emend. (Anaeromonadea, Parabasalia, Carpediemonas, Eopharyngia) and Loukozoa emend. (Jakobea, Malawimonas): their evolutionary affinities and new higher taxa. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. November 2003, 53 (Pt 6): 1741–58 [2012-12-30]. PMID 14657102. doi:10.1099/ijs.0.02548-0. （原始内容存档于2018-06-12）.  源真核生物界 真核生物 原生生物 Tree of Life Eukaryotes（页面存档备份，存于互联网档案馆） Tree of Life: Jakobida （页面存档备份，存于互联网档案馆） Tree of Life: Fornicata （页面存档备份，存于互联网档案馆）