人類冠狀病毒HKU1

人類冠狀病毒HKU1（Human coronavirus HKU、HCoV-HKU1），是乙型冠狀病毒屬的一種病毒，可能是源於感染鼠類的病毒，於2005年1月由香港大學的研究團隊發表，在香港兩名肺炎患者的鼻咽分泌物中發現。 HKU1病毒與同屬的人類冠狀病毒OC43以及甲型冠狀病毒屬的人類冠狀病毒229E和人類冠狀病毒NL63同為造成人類普通感冒的四種冠狀病毒，也是四種病毒中最晚被發現的。此病毒與OC43病毒一樣以9-O-乙醯基唾液酸（9-O-acetylated sialic acids、9-O-Ac-Sias）為受體感染細胞。 2004年一月，一名從深圳返回香港的71歲的男子，因咳嗽有痰與發燒而入院治療，經胸部X光檢查證實有肺炎症狀，其鼻咽分泌物的數種病毒檢測均呈陰性，經檢驗發現新型的冠狀病毒HKU1。該名男子在入院五天後因症狀緩解而出院。後來研究人員檢查樣本發現另一名35歲、有肺炎症狀的婦人鼻咽分泌物中亦有此病毒。 由于HCoV-HKU1的检出率低，导致学界对其认知有限。巴西研究人员于2011年宣布在一名于1995年冷冻的儿童鼻咽拭子样本中找到HCoV-HKU1，使得HCoV-HKU1的记录提前到1995年，并且研究人员通过进化树分析认为病毒早期可能存在其它分支 。 人類冠狀病毒HKU1的基因組約長30000nt，其GC含量僅32%，是冠狀病毒中GC比最低者。其基因組編碼冠狀病毒皆有的複製酶（1a/1b）和刺突蛋白（S）、膜蛋白（M）、外膜蛋白（E）與衣殼蛋白（N）等四種結構蛋白，此外還有血凝素酯酶（英语：hemagglutinin esterase）（HE）與ORF4和ORF8兩個開放閱讀框編碼輔助蛋白，其基因順序為1ab-HE-S-ORF4-E-M-N-ORF8，其中ORF8的開放閱讀框位於衣殼蛋白的開放閱讀框之內。 冠狀病毒感染細胞之前，其刺突蛋白一般需被宿主細胞的蛋白酶切割，使其介導病毒外膜和細胞膜融合的結構域露出以利感染。HKU1病毒刺突蛋白中具有一S1/S2切割位點，可能可以被弗林蛋白酶切割。此病毒感染的潛伏期為2–4天，在冬季較多，造成的症狀通常包括流鼻水、發燒、咳嗽與喘息等，嚴重者可造成肺炎或細支氣管炎（英语：bronchiolitis），另外有研究人員認為此病毒可能造成腸道症狀。還有研究顯示被HKU1病毒感染的兒童發生熱性痙攣的比例高於被其他呼吸道病毒感染者。 乙型冠狀病毒屬中，人類冠狀病毒HKU1與乙型冠狀病毒1型、兔冠狀病毒HKU14、中國鼠冠狀病毒HKU24與鼠冠狀病毒等共同組成一演化支支系A（lineage A），此演化支的病毒基因組中皆編碼血凝素酯酶（HE），其他冠狀病毒則無。上述病毒中HKU1病毒可能與鼠冠狀病毒的關係較為接近，互為姊妹群，序列分析顯示HKU1病毒曾與鼠肝炎病毒（鼠冠狀病毒的一型）發生重組，另外不同基因型的HKU1病毒間亦有重組發生。 Lim, Yvonne Xinyi; Ng, Yan Ling; Tam, James P.; Liu, Ding Xiang. Human Coronaviruses: A Review of Virus–Host Interactions. Diseases. 2016-07-25, 4 (3) [2020-03-06]. ISSN 2079-9721. PMC 5456285 . PMID 28933406. doi:10.3390/diseases4030026. （原始内容存档于2020-06-04）. See Table 1.  Lau, S. K. P.; Woo, P. C. Y.; Yip, C. C. Y.; Tse, H.; Tsoi, H.-w.; Cheng, V. C. C.; Lee, P.; Tang, B. S. F.; Cheung, C. H. Y.; Lee, R. A.; So, L.-y.; Lau, Y.-l.; Chan, K.-h.; Yuen, K.-y. Coronavirus HKU1 and Other Coronavirus Infections in Hong Kong. Journal of Clinical Microbiology. 2006, 44 (6): 2063–71. PMC 1489438 . PMID 16757599. doi:10.1128/JCM.02614-05.  Human Coronavirus Types. Centers for Disease Control and Prevention. 2020-02-15 [2020-03-25]. （原始内容存档于2020-02-04）.  Hulswit, Ruben J. G.; Lang, Yifei; Bakkers, Mark J. G.; Li, Wentao; Li, Zeshi; Schouten, Arie; Ophorst, Bram; van Kuppeveld, Frank J. M.; Boons, Geert-Jan; Bosch, Berend-Jan; Huizinga, Eric G.; de Groot, Raoul J. Human coronaviruses OC43 and HKU1 bind to 9-O-acetylated sialic acids via a conserved receptor-binding site in spike protein domain A. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2019, 116 (7): 2681–2690. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.1809667116.  Woo, P. C. Y.; Lau, S. K. P.; Chu, C.-m.; Chan, K.-h.; Tsoi, H.-w.; Huang, Y.; Wong, B. H. L.; Poon, R. W. S.; Cai, J. J.; Luk, W.-k.; Poon, L. L. M.; Wong, S. S. Y.; Guan, Y.; Peiris, J. S. M.; Yuen, K.-y. Characterization and Complete Genome Sequence of a Novel Coronavirus, Coronavirus HKU1, from Patients with Pneumonia. Journal of Virology. 2004, 79 (2): 884–95. PMC 538593 . PMID 15613317. doi:10.1128/JVI.79.2.884-895.2005.  刘培林; 史蕾; 顾大勇; 胡龙飞. 人冠状病毒HCoV-HKU1研究进展. 中国公共卫生. 2017, 33 (8) [2020-04-07]. （原始内容存档于2020-04-07）.  Pyrc, K.; Berkhout, B.; van der Hoek, L. The Novel Human Coronaviruses NL63 and HKU1. Journal of Virology. 2006, 81 (7): 3051–3057. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.01466-06.  Su, Shuo; Wong, Gary; Shi, Weifeng; Liu, Jun; Lai, Alexander C.K.; Zhou, Jiyong; Liu, Wenjun; Bi, Yuhai; Gao, George F. Epidemiology, Genetic Recombination, and Pathogenesis of Coronaviruses. Trends in Microbiology. 2016, 24 (6): 490–502. ISSN 0966-842X. doi:10.1016/j.tim.2016.03.003.  Vabret, A.; Dina, J.; Gouarin, S.; Petitjean, J.; Corbet, S.; Freymuth, F. Detection of the New Human Coronavirus HKU1: A Report of 6 Cases. Clinical Infectious Diseases. 2006, 42 (5): 634–639. ISSN 1058-4838. doi:10.1086/500136.  Kelvin K. W. To, Ivan F. N. Hung, Jasper F. W. Chan, Kwok-Yung Yuen. From SARS coronavirus to novel animal and human coronaviruses 5. Journal of Thoracic Disease. 2013. doi:10.3978/j.issn.2072-1439.2013.06.02.  Woo, Patrick C. Y.; Huang, Yi; Lau, Susanna K. P.; Yuen, Kwok-Yung. Coronavirus Genomics and Bioinformatics Analysis. Viruses. 2010-08-24, 2 (8): 1804–1820. ISSN 1999-4915. PMC 3185738 . PMID 21994708. doi:10.3390/v2081803. In all members of Betacoronavirus subgroup A, a haemagglutinin esterase (HE) gene, which encodes a glycoprotein with neuraminate O-acetyl-esterase activity and the active site FGDS, is present downstream to ORF1ab and upstream to S gene (Figure 1).  Lau, Susanna K. P.; Woo, Patrick C. Y.; Li, Kenneth S. M.; Tsang, Alan K. L.; Fan, Rachel Y. Y.; Luk, Hayes K. H.; Cai, Jian-Piao; Chan, Kwok-Hung; Zheng, Bo-Jian; Wang, Ming; Yuen, Kwok-Yung; Sandri-Goldin, R. M. Discovery of a Novel Coronavirus, China Rattus Coronavirus HKU24, from Norway Rats Supports the Murine Origin of Betacoronavirus 1 and Has Implications for the Ancestor of Betacoronavirus Lineage A. Journal of Virology. 2015, 89 (6): 3076–3092. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.02420-14.