蝙蝠冠狀病毒HKU3

蝙蝠冠狀病毒HKU3（BtCoV HKU3；Bat-SARS-CoV HKU3）屬嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV），為SARS-CoV相關病毒，在中華菊頭蝠樣本中發現，是第一個在蝙蝠中發現的SARS相關病毒。HKU3包含13個病毒株，其中HKU3-1、HKU3-2與HKU3-3於2005年發表，在香港的中華菊頭蝠中發現；HKU3-4至HKU3-13於2010年發表，在香港與廣東的中華菊頭蝠樣本中發現。 2004年至2005年，香港大學的研究人員在香港各地採集動物樣本，發現中華菊頭蝠樣本中含有與SARS-CoV相似的冠狀病毒，經全基因組定序得到HKU3-1、HKU3-2與HKU3-3等三個病毒株，是首次在蝙蝠樣本中發現SARS相關病毒，此前僅知果子貍、貉與鼬獾帶有SARS病毒。HKU3-1、3-2與3-3的基因組約長29700nt，其序列與SARS-CoV相似度為88%，大部分差異位於刺突蛋白（S）、ORF3與ORF8，其中尤以ORF8差異最大，與果子貍SARS病毒一樣比人類SARS病毒多了一段長29nt的插入序列（但此29個核酸與果子狸病毒的不完全相同），形成一完整的長開放閱讀框，而人類SARS病毒的ORF8則是被分成8a與8b等2個較小的開放閱讀框。 2010年，又有10個與此三個病毒株相近的新病毒株被發表，即為HKU3-4至HKU3-13，基因組長度介於29677nt至29716nt之間，這些病毒株來自2004年至2008年採集的中華菊頭蝠樣本，其中HKU3-7與HKU3-8來自廣東的個體，其他則來自香港的個體，香港的8個毒株彼此序列非常接近（相似度99.9%），和廣東的毒株相似度則為98.5%，這10個新病毒株與2005年發表的3個病毒株共同組成一個演化支。除HKU3-8外的9個病毒株的ORF8皆與果子狸SARS病毒、HKU3-1、3-2與3-3一樣是一個完整的長開放閱讀框，HKU3-8在此處則有一段長26nt的缺失（在人類SARS病毒29nt缺失的附近），將ORF8分為3個較小的開放閱讀框。 HKU3與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域（receptor binding domain, RBD）有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失（但不見於WIV1病毒與SHC014病毒） 截至2021年1月 (2021-01)[update]，SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹：   蝙蝠病毒   果子狸病毒   人類病毒 1個月後有另一研究團隊發表在湖北與廣西發現Rf1、Rm1與Rp3等三個蝙蝠SARSr-CoV病毒株。 病毒主题 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 （英语）.  Bat SARS coronavirus HKU3. NCBI Taxonomy Browser.  Bat coronavirus HKU3 (BtCoV) (SARS-like coronavirus HKU3). Uniprot. [2021-01-24]. （原始内容存档于2021-04-13）.  Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 （英语）.  Lau, S. K. P.; Woo, P. C. Y.; Li, K. S. M.; Huang, Y.; Tsoi, H.-W.; Wong, B. H. L.; Wong, S. S. Y.; Leung, S.-Y.; Chan, K.-H.; Yuen, K.-Y. Severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in Chinese horseshoe bats. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2005, 102 (39): 14040–14045. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.0506735102.  Lau, Susanna K. P.; Li, Kenneth S. M.; Huang, Yi; Shek, Chung-Tong; Tse, Herman; Wang, Ming; Choi, Garnet K. Y.; Xu, Huifang; Lam, Carol S. F.; Guo, Rongtong; Chan, Kwok-Hung; Zheng, Bo-Jian; Woo, Patrick C. Y.; Yuen, Kwok-Yung. Ecoepidemiology and Complete Genome Comparison of Different Strains of Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Rhinolophus Bat Coronavirus in China Reveal Bats as a Reservoir for Acute, Self-Limiting Infection That Allows Recombination Events. Journal of Virology. 2010, 84 (6): 2808–2819. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.02219-09.  Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176 . PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 （英语）.  Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380 . PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w （英语）.  He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348 . PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 （英语）.  Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864 . PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 （英语）.  Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638 . PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 （英语）.