新鳥小綱

新鳥小綱（學名：Neoaves，又名：新鳥類）這個鳥類演化支包括現生鳥類絕大部分鳥種，除了古顎下綱（平胸鳥類，如鴯鶓、鴕鳥）和雞雁小綱（雁形目、雞形目之類），現存大約1萬種鳥種中，有將近95%屬新鳥小綱。 新鳥小綱各群開始分化出現得十分快速，大約在白堊紀﹣古近紀滅絕事件左右，因此試圖解開他們各群之間的關係，往往會出現許多爭議。 由於新鳥小綱各群在白堊紀-古近紀滅絕事件期間分化的太過快速，導致試圖解決他們之間的親緣關係問題異常複雜，尤其在早期的研究中，甚至出現矛盾的研究成果。無論如何，近期對新鳥小綱的一些大規模譜系基因學（英语：phylogenomic）研究，已經對新鳥小綱下的目和總目的定義導引出許多進展，雖然這些研究並未對高階的鳥群分類位階取得共識。埃里希·賈維斯等人在2014年針對48分類群所做的基因學研究，把新鳥小綱分成兩個主演化支：鴿鴇類和雀類，而理查德·普魯姆等人在2015年分析198個分類群，則恢復許多新鳥小綱裡、早期分化出的許多分類群。2017年，雷迪等人使用延伸的資料組重新分析，認為這只不過是排序資料型態的差異，編碼序列對普魯姆等人的分類位階有利。對這種分類位階持反對意見者，像瑞典烏普薩拉大學的亞歷山大·蘇，在2016年就透過更大型的譜系基因學研究，甚至提出有9個演化支的實多分支（英语：hard polytomy），直接就隸屬在新鳥小綱之下。到了2019年，美國古生物學家彼得·厚德等人的分析結果，重新採用鴿鴇類，以及搭配6個實多分支的雀類。 總合來說，這些研究都同意有許多總目，雷迪在2017年取了一個特殊的名稱叫「大哉七」，搭配3個獨立目，構成新鳥小綱。有意思的是，他們都包含一大群鳥種的陸鳥演化支──陸鳥類，以及一大群鳥種的水鳥演化支──水濱鳥類。下面是雷迪定義的鳥類分類群： 大哉七總目演化支： 陸鳥類 Telluraves 水濱鳥類 Aequornithes 日鳽總目 Eurypygimorphae（日鳽、鷺鶴和熱帶鳥） 鴇形總目 Otidimorphae（蕉鵑、鴇和杜鵑） 夜鳥類 Strisores（夜鷹、雨燕和蜂鳥） 鴿形總目 Columbimorphae（擬鶉、沙雞和鳩鴿） 奇蹟鳥類 Mirandornithes（火鶴和鸊鷉） 3個獨立目： 麝雉目 Opisthocomiformes（麝雉科） 鶴形目 Gruiformes（鶴科和秧雞科） 鴴形目 Charadriiformes（涉禽, 鷗、海雀科） 新鳥小綱分化的不同提議比較 採用Braun & Kimball在2021年提出的總目分類樹，下面的分支圖說明所有新鳥小綱之下各目的擬議關係 Van Tuinen M. (2009) Birds (Aves). In The Timetree of Life, Hedges SB, Kumar S (eds). Oxford: Oxford University Press; 409–411. Jarvis, E.D. (2014) Whole genome analyzes resolve the early branches in the tree of life of modern birds （页面存档备份，存于互联网档案馆）. Ericson, Per G.P.; et al. Diversification of Neoaves: integration of molecular sequence data and fossils (PDF). Biology Letters. 2006, 2 (4): 543–547 [2019-08-29]. PMC 1834003 . PMID 17148284. doi:10.1098/rsbl.2006.0523. （原始内容 (PDF)存档于2009-03-25）.  McCormack, J.E.; et al. A phylogeny of birds based on over 1,500 loci collected by target enrichment and high-throughput sequencing. PLOS ONE. 2013, 8 (1): e54848 [2020-10-12]. doi:10.1371/journal.pone.0054848. （原始内容存档于2020-05-05）.  Claramunt, S.; Cracraft, J. A new time tree reveals Earth history's imprint on the evolution of modern birds. Sci Adv. 2015, 1 (11): e1501005. PMC 4730849 . PMID 26824065. doi:10.1126/sciadv.1501005.  Mayr G. (2011) Metaves, Mirandornithes, Strisores and other novelties - a critical review of the higher-level phylogeny of neornithine birds （页面存档备份，存于互联网档案馆）. J Zool Syst Evol Res. 49:58-76. Matzke, A. et al. (2012) Retroposon insertion patterns of neoavian birds: strong evidence for an extensive incomplete lineage sorting era （页面存档备份，存于互联网档案馆） Mol. Biol. Evol. Braun, Edward L.; Cracraft, Joel; Houde, Peter. Resolving the Avian Tree of Life from Top to Bottom: The Promise and Potential Boundaries of the Phylogenomic Era. Avian Genomics in Ecology and Evolution. 2019: 151–210. ISBN 978-3-030-16476-8. doi:10.1007/978-3-030-16477-5_6.  Jarvis, E.D.; et al. Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds. Science. 2014, 346 (6215): 1320–1331 [2020-05-24]. PMC 4405904 . PMID 25504713. doi:10.1126/science.1253451. （原始内容存档于2015-09-24）.  Prum, Richard O.; Berv, Jacob S.; Dornburg, Alex; Field, Daniel J.; Townsend, Jeffrey P.; Lemmon, Emily Moriarty; Lemmon, Alan R. A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature. 2015, 526 (7574): 569–573. ISSN 0028-0836. PMID 26444237. doi:10.1038/nature15697.  Reddy, Sushma; Kimball, Rebecca T.; Pandey, Akanksha; Hosner, Peter A.; Braun, Michael J.; Hackett, Shannon J.; Han, Kin-Lan; Harshman, John; Huddleston, Christopher J.; Kingston, Sarah; Marks, Ben D.; Miglia, Kathleen J.; Moore, William S.; Sheldon, Frederick H.; Witt, Christopher C.; Yuri, Tamaki; Braun, Edward L. Why Do Phylogenomic Data Sets Yield Conflicting Trees? Data Type Influences the Avian Tree of Life more than Taxon Sampling. Systematic Biology. 2017, 66 (5): 857–879. ISSN 1063-5157. PMID 28369655. doi:10.1093/sysbio/syx041.  Suh, Alexander. The phylogenomic forest of bird trees contains a hard polytomy at the root of Neoaves. Zoologica Scripta. 2016, 45: 50–62. ISSN 0300-3256. doi:10.1111/zsc.12213.  Houde, Peter; Braun, Edward L.; Narula, Nitish; Minjares, Uriel; Mirarab, Siavash. Phylogenetic Signal of Indels and the Neoavian Radiation. Diversity. 2019, 11 (7): 108. ISSN 1424-2818. doi:10.3390/d11070108.  Prum, R.O.; et al. A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature. 2015, 526: 569–573 [2020-05-24]. PMID 26444237. doi:10.1038/nature15697. （原始内容存档于2020-05-29）.  Braun, E.L. & Kimball, R.T. (2021) Data types and the phylogeny of Neoaves. Birds, 2(1), 1-22; https://doi.org/10.3390/birds2010001 （页面存档备份，存于互联网档案馆） Boyd, John. NEORNITHES: 46 Orders (PDF). John Boyd's website. 2007 [30 December 2017]. （原始内容存档 (PDF)于2010-08-06）.  Sushma Reddy （页面存档备份，存于互联网档案馆） Alexander Suh