短散在核元件

短散在核元件（Short interspersed nuclear elements，簡稱SINE）是真核生物基因組中長100至700bp的轉位子序列，屬於反轉錄轉座子，哺乳類基因組約有13%為SINE。SINE與LINE等轉位子皆是「寄生」於生物基因組中的DNA元件，某些情況下可能對生物體有害，但有時細胞也將其用來調控自己的基因表現。 SINE一般不具有长末端重复序列（LTR），其序列從5端至3端可大致分為頭端、中端與尾端三部分，其中頭端大多來自tRNA等由RNA聚合酶III轉錄的RNA，例如Alu元件的5端序列即來自7SL RNA；中端序列常與長散在核元件（LINE）相似，因此可利用後者編碼的內切酶；尾端則是由一些重複序列組成。 SINE頭端的序列與tRNA等小RNA相似，可被RNA聚合酶III轉錄，且其啟動子和tRNA一樣是轉錄序列的一部份（稱為「內部啟動子」），而非位於其上游。SINE轉錄出的mRNA不編碼任何蛋白質，相較之下LINE可編碼具內切酶和反轉錄酶活性的蛋白，SINE因具有和LINE同源的序列，其RNA跟LINE的RNA均可利用這些蛋白，反轉錄成DNA後再隨機插入基因組中。SINE因需仰賴基因組中的其他序列編碼的酵素才能增殖，屬於非自主的逆转录转座子（non-autonomous retrotransposon），而LINE則是自主的逆转录转座子（autonomous retrotransposon）。LINE的轉錄在生殖系细胞（英语：Germline cells）和早期胚胎中較為活躍，因此SINE也大多在這些階段轉錄增殖，胚胎發育後期以後，體細胞中SINE的轉錄一般會被抑制，不過某些狀況下可能使其恢復表現。 Alu元件是靈長類演化過程中相當重要的SINE，約長300bp，人類基因組中有超過百萬個Alu元件，占基因組大小超過10%，許多其他動物基因組中也有大量的SINE。SINE插入重要的基因序列可影響基因表現而造成人類的遺傳疾病 ，例如有些乳癌、大腸癌、白血病、血友病、囊腫性纖維化、神經纖維瘤病與Dent病（英语：Dent's disease）為Alu元件插入造成。 分子与细胞生物学主题 Vassetzky NS, Kramerov DA. SINEBase: a database and tool for SINE analysis. Nucleic Acids Research. January 2013, 41 (Database issue): D83–9. PMC 3531059 . PMID 23203982. doi:10.1093/nar/gks1263.  Ishak, Charles A.; De Carvalho, Daniel D. Reactivation of Endogenous Retroelements in Cancer Development and Therapy. Annual Review of Cancer Biology. 2020, 4: 159–176. doi:10.1146/annurev-cancerbio-030419-033525.  Kramerov DA, Vassetzky NS. SINEs.. Wiley Interdiscip Rev RNA. 2011, 2 (6): 772–86. PMID 21976282. doi:10.1002/wrna.91.  Hancks DC, Kazazian HH. Active human retrotransposons: variation and disease. Current Opinion in Genetics & Development. 2012, 22 (3): 191–203. PMC 3376660 . PMID 22406018. doi:10.1016/j.gde.2012.02.006.  Wicker T, Sabot F, Hua-Van A, Bennetzen JL, Capy P, Chalhoub B, et al. A unified classification system for eukaryotic transposable elements. Nature Reviews. Genetics. December 2007, 8 (12): 973–82. PMID 17984973. doi:10.1038/nrg2165.  Kriegs JO, Churakov G, Jurka J, Brosius J, Schmitz J. Evolutionary history of 7SL RNA-derived SINEs in Supraprimates. Trends in Genetics. April 2007, 23 (4): 158–61. PMID 17307271. doi:10.1016/j.tig.2007.02.002.  Okada N, Hamada M, Ogiwara I, Ohshima K. SINEs and LINEs share common 3' sequences: a review. Gene. December 1997, 205 (1–2): 229–43. PMID 9461397. doi:10.1016/s0378-1119(97)00409-5.  Deininger PL, Batzer MA. Mammalian retroelements. Genome Research. October 2002, 12 (10): 1455–65. PMID 12368238. doi:10.1101/gr.282402.  White RJ. Transcription by RNA polymerase III: more complex than we thought. Nature Reviews. Genetics. May 2011, 12 (7): 459–63. PMID 21540878. doi:10.1038/nrg3001.  Singer MF. SINEs and LINEs: highly repeated short and long interspersed sequences in mammalian genomes. Cell. March 1982, 28 (3): 433–4. PMID 6280868. doi:10.1016/0092-8674(82)90194-5.  Mätlik K, Redik K, Speek M. L1 antisense promoter drives tissue-specific transcription of human genes. Journal of Biomedicine & Biotechnology. 2006, 2006 (1): 71753. PMC 1559930 . PMID 16877819. doi:10.1155/JBB/2006/71753.  Gogvadze E, Buzdin A. Retroelements and their impact on genome evolution and functioning. Cellular and Molecular Life Sciences. December 2009, 66 (23): 3727–42. PMID 19649766. doi:10.1007/s00018-009-0107-2.  Beauregard A, Curcio MJ, Belfort M. The take and give between retrotransposable elements and their hosts. Annual Review of Genetics. 2008, 42: 587–617. PMC 2665727 . PMID 18680436. doi:10.1146/annurev.genet.42.110807.091549.  Cordaux R, Batzer MA. The impact of retrotransposons on human genome evolution. Nature Reviews. Genetics. October 2009, 10 (10): 691–703. PMC 2884099 . PMID 19763152. doi:10.1038/nrg2640.  Chalopin D, Naville M, Plard F, Galiana D, Volff JN. Comparative analysis of transposable elements highlights mobilome diversity and evolution in vertebrates. Genome Biology and Evolution. January 2015, 7 (2): 567–80. PMC 4350176 . PMID 25577199. doi:10.1093/gbe/evv005.  Wang W, Kirkness EF. Short interspersed elements (SINEs) are a major source of canine genomic diversity. Genome Research. December 2005, 15 (12): 1798–808. PMC 1356118 . PMID 16339378. doi:10.1101/gr.3765505.