como no podía inyectar un transport en el codigo autogenerado, lo que hice fue crear una interface
de la cual todos los Managers deben extender.
ar.com.dcsys.gwt.manager.shared.Manager

y cambie el generador del GWT para que use esa interface como marker para generar el codigo.
asi que en el codigo cliente solo se debe hacer un GWT.create de la interface definida por el usuario.
por ejemplo si defini TestManager como en el ejemplo

public interface TestManager extends Manager {

en el codigo cliente debo :

TestManager tm = GWT.create(TestManager.class);

y listo. puedo usar el codigo.
lo que si debo setearle el trasnport antes de usarlo mediante el setter : setTransport(Transprot t)