Nanopublikationen.md

# Nanopublikationen #
#### von Miriam Käthler ####


### Definition ###

Eine Nanopublikation ist eine sehr kleine Publikation, ja sie ist die kleinste Einheit publizierbarer Informationen. Sie beinhaltet genau eine Behauptung zu einem beliebigen Thema, die eindeutig identifiziert und zum Autor zurückverfolgt werden kann. Dadurch können einzelne Nanopublikationen auch zitiert werden.  Sie sind für jeden zugänglich, d.h. sie sind im Open Access zu finden.  
Das Besondere an den Nanopublikationen ist, dass sie so aufbereitet werden, dass sie maschinenlesbar sind. Sie werden alle einheitlich strukturiert, sodass eine serienmäßige Verarbeitung möglich ist.  Mit Hilfe des Ressource Description Framework Standards (RDF) kann die Veröffentlichung auch technisch umgesetzt werden.  Das RDF-Modell ist mittlerweile ein Grundbaustein des semantischen Webs und sieht vor, dass alle Aussagen aus drei Einheiten bestehen: Subjekt, Prädikat und Objekt. Dadurch bilden diese drei Einheiten ein Tripel (3-Tupel). 
Die Nanopublikationen haben einen ganz bestimmten Aufbau. Es gibt eine gewisse Struktur, die typisch für sie ist, wodurch sie eigentlich ihren Charakter erst erhalten. So besteht eine Nanopublikation im Allgemeinen aus drei Grundelementen:  
-	Die Behauptung: ist eine minimale Einheit des Denkens, eine Aussage, die eine Beziehung zwischen zwei Konzepten (Subjekt und Objekt) mit Hilfe von einem dritten Konzept (Prädikat) ausdrückt.
-	Die Bedingung: sie enthält Metadaten bezüglich der Bedingungen, unter denen die Behauptung zum tragen kommt.
-	Die Herkunft: sie enthält Metadaten bezüglich der Herkunft. Dies sind unterstützende Metadaten wie z.B. Methoden und zuordnende Metadaten wie z.B. Autor, Intitution, Zeitstempel, URL, usw.
Die folgende Grafik zeigt, wie eine Nanopublikation generell aufgebaut sein kann:

![Aufbau einer Nanopublikation][1]
   
Für die Erstellung einer Nanopublikation gibt es einige Grundsätze, die beachtet werden sollten:
-	Der Mehrwert: die Behauptung in einer Nanopublikation ergibt sich aus einem gut dokumentierten Verfahren bzw. Beobachtung. 
-	Die Transparenz: die Herkunft und die Bedingungen beziehen sich auf das wer, was, wo und wann des Prädikats, damit die Qualität der Nanopublikationen auch von anderen beurteilt werden kann.
-	Das Vermeiden von Mehrdeutigkeit: alle Teile, seien es die Behauptung, die Bedingungen oder die Herkunft, müssen eindeutig sein.
-	Die einheitliche Referenz: bei den Nanopublikationen, bei denen Daten wie die Behörde, der Namensraum, das Eintrittsdatum und die Version schon im Netz vorhanden sind, sollte der Unique Resource Identifier (URI) verwendet werden. Wenn noch keine URI existiert, kann ein Universal and Unique Identifier (UUID) mit Hilfe von ConceptWiki erzeugt werden.


### Herkunft ###
Die Nanopublikationen eine relativ neue Erscheinung. Sie entstanden als Reaktion auf die Explosion der Informationen von hoher Qualität, die die Kapazitäten der herkömmlichen wissenschaftlichen Kommunikation durch Forschungsartikel überforderte. Durch Nanopublikationen ist es möglich, einzelne Daten als unabhängige Publikation zu verbreiten, auch ohne einen ausführlichen Forschungsartikel.  Doch sie sollen auf keinen Fall die peer-reviewed Publikationen ersetzen, sondern sie sollen sie ergänzen. 
Im Jahr 2009 war das erste Mal die Rede von Nanopublikation. Das kam daher, dass sich im Mai dieses Jahres mehr als 70 Experten der Daten und Semantik Web Technologien in New York trafen und das Concept Web Alliance (CWA) gründeten.  CWA machte es sich zur Aufgabe, die großen Mengen an Informationen aus den biologischen Wissenschaften, aber auch aus anderen wissenschaftlichen Disziplinen zu organisieren. Zu dieser Herausforderung zählte die Lagerung, die Kompatibilität und die Analyse der massiven und verschiedenen Datensätze. Da jedoch die Höhe der wissenschaftlichen Kommunikation immer mehr zunimmt, wird es immer schwieriger, bestimmte wissenschaftliche Kernaussagen zu finden. Daher hat CWA die Nanopublikationen erfunden, damit eine webweite Vernetzung gefördert werden kann.  
Barend Mons und Jan Velterop sind zwei der Vorreiter der Nanopublikationen. Sie waren maßgeblich an ihrer Entstehung beteiligt und führten diese dann im Oktober 2009 durch die Publikation „Nano-Publication in the e-science era“ ein. Wenig später, im Januar 2010, brachten Paul Groth, Andrew Gibson, und Jan Velterop dann das Dokument „The Anatomy of a Nanopublication“ raus, in dem die ersten technischen Spezifikationen für semantisch aktivierte Nanopublikationen veröffentlicht wurden. 
Im März 2011 wurde dann das Projekt Open Pharmaceutical Triple Store (Open PHACTS) gegründet. Das Projekt bestand aus 22 Partnern und ihre Aufgabe bestand darin, mit Hilfe von Nanopublikationen eine semantische Infrastruktur für die Wirkstoffforschung aufzubauen. Dies war die erste realisierte Umsetzung der Nanopublikationen. Knapp ein Jahr später, im Februar 2012, brachte Open PHACTS dann einen Leitfaden für die Erstellung von Nanopublikationen heraus. Zusätzlich dazu wurde schon im April 2011 eine Plattform geschaffen, wo jeder Informationen zu Nanopublikationen finden kann, wo sich die Community aber auch zu diesem Thema austauschen kann. Diese Plattform nennt sich „nanopub.org“. 
Die folgende Grafik zeigt anhand einer Zeitleiste die Entstehung und die Geschichte der Nanopublikationen:

![Geschichte der Nanopublikationen][2]
 

### Verbreitung ###
Da Nanopublikationen noch nicht so sehr alt sind, sind sie auch noch nicht so weit verbreitet. Ursprünglich wurden sie vom CWA im medizinischen Bereich entwickelt und kamen dann bei OpenPHACTS auch genau in diesem Bereich zum ersten Mal zur Anwendung. Auch heute werden die Nanopublikationen noch in den meisten Fällen im medizinischen und pharmazeutischen Bereich genutzt. Sie sind z.B. für DNA-Sequenzen sehr gut geeignet oder auch Formeln aus der Pharmazie. Auch in der Biologie werden die Nanopublikationen angewendet. Sie erleichtern das Publizieren von wichtigen Informationen aus allen wissenschaftlichen Disziplinen durch kurze Behauptungen, auf die dann zurück gegriffen werden kann.


### Persönliche Enschätzung ###
Nach meiner Einschätzung sind die Nanopublikationen ein wichtiger Fortschritt in der Bewältigung der heutigen Informationsflut. Durch sie können auch kurze wichtige Informationen veröffentlicht werden, auch ohne einen Fachartikel. Und dadurch, dass sie bestimmte Daten enthalten müssen, sind sie auch zitierbar. Das ist wichtig für das wissenschaftliche Arbeiten und so kann jeder darauf zugreifen. Daher bin ich der Meinung, dass die Nanopublikationen auch weiterhin noch stärker zum Einsatz kommen sollten und zwar in allen wissenschaftlichen Disziplinen. Es ist auf jeden Fall ein wichtiger Schritt und wird hoffentlich helfen, wichtige Informationen besser zugänglich zu machen.


### Beispiele ###
Es folgen einige Beispiele von Nanopublikationen: 
1.	Beispiel
Behauptung: Die DNA-Variante NG_000007.3:g.70628G>A (Subjekt) hat eine Häufigkeit (Prädikat) von 0,25% (Objekt).
Die Behauptung gilt speziell für die sardische Bevölkerung und trifft so wahrscheinlich nicht auf andere Bevölkerungsgruppen zu. Daher wird die sardische Bevölkerung zu einer Bedingung der Nanopublikation. Die Herkunft umfasst die Autoren des Artikels (Giardine et. Al.), das Datum, wann die Nanopublikation erstellt wurde, und andere Informationen. Schematisch sieht dies wie folgt aus: 

![Beispiel1][3]
 
Im XML-Format sieht die Nanopublikation folgendermaßen aus: 

![XML-Format][4]
 
Im RDF-Format sieht die Nanopublikation folgendermaßen aus:

![RDF-Format][5]
 
2.	Beispiel
Behauptung: Trastuzumab hilft gegen Brustkrebs.

![Beispiel2][6]
 

[1]: http://nanopub.org/original/images/schematic_nanopub.png
[2]: http://nanopub.org/wordpress/wp-content/uploads/2012/06/nphist.png
[3]: http://nanopub.org/original/images/schematic_nanopub_example.png
[4]: https://raw.githubusercontent.com/hshdb/nanopublikationen/master/images/Beispiel-Nanopublikation-XML.jpg
[5]: https://raw.githubusercontent.com/hshdb/nanopublikationen/master/images/Beispiel-Nanopublikation-RDF.jpg
[6]: https://raw.githubusercontent.com/hshdb/nanopublikationen/master/images/Nanopublikation-Beispiel.png