Zestawienia optymalne 2 sekwencji. Typ A. Wymagane wyznaczenie odległości edycyjnej i podobieństwa całych sekwencji aminokwasowych, najlepszego zestawienia lokalnego, oraz 2 globalnego - wszystko w modelach bez funkcji kary za długość przerwy. Odczyt danych z plików (2 sekwencje i macierz podobieństwa lub dystansu między aminokwasami), wyjście: optymalne zestawienie i jego ewaluacja. Na życzenie użytkownika można podać sekwencje kodujące RNA, które są przez program automatycznie translowane zgodnie z kodem genetycznym na aminokwasowe, składane jako aminokwasowe, a wynik znów przedstawiamy jako dopasowanie w alfabecie RNA (a więc złożenie de facto kodonów sekwencji wejściowych). Liniowe dopasowanie dwóch sekwencji, Liniowe dopasowanie dwóch sekwencji II