二点
1. コメントはソースコード上にという意味でした。あとでコード見た時に同じ感想を抱かないためにもコード周辺に情報を残すことに意味があるかと
2. 下記のような書き方はできませんか？

```js
bootstrapjs: [
    bootstrapjsprefix + "transition.js",
    bootstrapjsprefix + "*.js",
]
```

自動的に重複を取り除く機構に成っていないと機能しませんが、なっていればこちらのほうが楽。