Hopest fuer die Anbindung an den Flexi vorbereitet, geht im Moment nur
im single. Alle Module von MOD_ ind MOD_ umbenannt, darum soviele
Aenderungen. Die Mesh_Vars deutlich aufgeblasen, ebenso die
HopestSolver, die jetzt in der PrepareMesh die meisten Vorbereitungen
fuer den Flexi uebernimmt.
Merge branch 'develop' of https://github.com/tbole/hopest into develop

Conflicts:
	example/hopest/ini/parameter.ini
	src/fortranwrap.f90
	src/hopest_mesh.f90
	src/mesh/mesh_readin.f90
	src/refine/refine.f90
HDF5 wird static gebaut. Fix fuer das m4 Checkscript, damit auch
statische gelinkte HDF5 Versionen akzeptiert werden.
ElemToSide war nicht initialisiert. Mortar Arrays wurden zu spaet gebaut.
merge from fhindenlang master.
nElems und Elems pointer list --> nTrees und Trees pointer list.
Quads in Elems umbenannt. iQuad in iElem.
Einiges an Aufräumarbeiten und Bugfixing:
Im Mode 1 (in dem die HDF5/p4est Files gebaut werden) ist es nicht mehr
moeglich die BC auszutauschen. Dies geht nur noch bei Mode 2 (Solver-Mode).
Dafuer wurde die ReadBCs Routine in zwei Teile gesplittet, die ReadBCs
liest jetzt nur noch BCs ein, die SetUserBCs ersetzt die HDF5 BCs durch
die User BCs, so sind beide verständlicher und übersichtlicher.
Es funktionieren jetzt auch periodische Ränder, mit nur einem Element in
periodischer Richtung. Innere/BC Seiten werden jetzt richtig gebaut und
auch gezaehlt, das Ueberschreiben von BCs (auch von periodischen)
funktioniert jetzt. Alles inklusive konformer Verfeinerung, bei der auch
ein paar Bugs drin waren. HOMesh jetzt etwas einfacher.
merge from fhindenlang master branch
aktuelles parameterfile
Merge remote-tracking branch 'tbole/develop'