npm パッケージで express インストールされてるんだけど、express ってコマンドも提供してて、
```
$ express [app name]
```
みたいにすると、app.js やら routes/* やら生成してくれます。

そのデフォルトの形がこの app.js です。app.use やら app.set やらは express 独自の書き方で、Express の公式ページが参考になるかも。
公式）http://expressjs.com/api.html#app.set

基本的に、app.set と app.get が対になっていて、app.js などで設定した app を他のファイルで require して app.get なんてしたりして、変数（db とか）の受け渡しとかができる。

require に関しては node の API ドキュメント見ると良いかな。require は 他のファイルで export した関数やらオブジェクトが使える感じだね。Node.js に標準搭載の http とかは、npm install しなくても require できる。express とかの標準搭載じゃないやつは、npm install して、node_modules 以下とかにないと使えない。
http://nodejs.jp/nodejs.org_ja/api/modules.html

試しに express コマンド打って project 作ってみると良さそう。