http://www.doctrine-project.org/jira/browse/DC-837
AFTER の指定は Doctrine1 に要望としては出ていたようですが実装には至らなかったようです。
`Doctrine_Export_Mysql::getDeclaration()` を拡張するような派生クラスを作れれば対応できそうですが、プラグインの範疇を超えるので良い解決策は無さそうです。なので `Doctrine_Connection::execute()` の実行について、カラム順を維持するための意図的なものとのことであれば問題ないと思います。