CSS файл лучше в `<head>` добавлять ([вот рекоммендации от Гугла](https://developers.google.com/speed/docs/best-practices/rendering#PutCSSInHead)). А JavaScript файлы тут, [в конце документа](http://stackoverflow.com/questions/5329807/benefits-of-loading-js-at-the-bottom-as-opposed-to-the-top-of-the-document) перед `</body>`.