Смотри, сейчас приходится создавать какой-то файл, потому что `create_graph` ожидает имя файла. Это code smell, который говорит о не очень хорошем дизайне функции `create_graph`. По хорошему, она должна принимать file like object(уже открытый файл), тогда её станет проще тестировать и можно будет использовать для чтения не только файлов, но, допустим, и чего-нибудь по сети.

А тестировать её можно с помощью StringIO, которое превращает строку в file-like object. Вообще, очень полезный класс при работе с биоинформатическими библиотеками