Восстановил работу PartArray

Доделал мелкие баги в StateMachine и StateMachineFree. Отрефакторил
некоторые переменные. Восстановил и проверил пересчет энергии
calcEnergy1 и calcEnergy2, calcEnergy1FastIncrementalFirst,
calcEnergy1FastIncremental. StateMachine.next() теперь обходит только
половину всего пространства состояний, что позволяет сократить
количество вычислений в 2 раза.