> そのためにはサイトをローカルで変換し、生成された静的ファイルを、Jekyllのソースファイルに代えて、GitHubレポジトリにプッシュする必要があります。

ニュアンス的にはこういう順番の方が通りがよい気がします：
「そのためには、Jekyllのソースファイルの代わりに、サイトをローカルで変換して、生成された静的ファイルをGitHubレポジトリにプッシュする必要があります。」