Versao 0.2b - Integrado ao command line externo para chamar o AVRDUDE:

Configuracao do External Tools do Atmel Studio 6.2 abaixo.

Comando:
C:\Temp\AvrDude_6.1\avrdude.exe

Argumentos:
-p m168p -c usbasp -U flash:w:$(ItemDir)Debug\$(ItemFileName).hex:i

obs: neste caso usando o AtMega168P, com o programador USBASP