C++ に移植した。
とりあえずコンパイルが通って正しい結果を得ることが出来る状態になっている。
ただし，全然c++らしくないコードになっている。
具体的には、iostreamやstring型を全くつかっていない、classを全く使っていないなどという問題がある。
EMアルゴリズムのためには、少なくともFASTAファイルをiostreamでstring型に読み込んだほうがよさそうに思われる。

 Changes to be committed:
	renamed:    hmm.c -> hmm.cpp
	renamed:    viterbi.c -> viterbi.cpp

 Changes not staged for commit:
	modified:   Makefile
	modified:   README.md