はい、考えてみた結果、get_pds は Prime には置かないほうがいいと思います。

理由：
get_pds() それ自体は、(内部的に get_prime_factors() を使ったとしても)、呼び出し側から見ると素数とは関係ない (※) ので、import Prime するのはちょっと不自然かなと思います。
※get_pds(28) は [1, 2, 4, 7, 14] を返す (別に返す値は素数でなくてもよい)

そして、内部的に get_prime_factors() を使ったほうがいいかどうかは、
n 以下の素数の数が log n で近似できる（？たしか）ことから O(log n) になる気がするけど、
get_prime_factors() のほうがロジックとしては複雑なので直接パフォーマンスアップにつながるとは思わないので、
両方のバージョンを用意します。
（たぶんですが、n が大きい場合は get_prime_factors() を使ったバージョンのほうがパフォーマンスがいいです)