Зачёт. Решение с кодировками приложил, просто немного другой метод чтения потока из файла.

A вот тебе лаконичность C#:

String[] fullArray = File.ReadAllLines("full.txt");
String[] partialArray = File.ReadAllLines("part.txt");
var diff = fullArray.Where(x => !partialArray.Contains(x));
File.WriteAllLines("result.txt", diff);