> Это будет несколько более муторно: сравнивать подстроки, канонизировать пути, etc.

Не вижу сложности. ты смог определить что директория пуста на уровне файла, можно это сделать и на уровне родительской директории и далее.

> Изменение это делалось потому, что storage сохраняет файлы в папках вида 'adfe/',

какого вида создаются папки никак не контролируется локальным хранилищем. вложенность этих папок может быть любой глубины.