Погодина Екатерина, 397, JUNIT

То есть тесты в той же директории, что и база данных хранится? А если у меня там данные хранятся?
Тесты нужно делать во временной директории.
Для этого можно использовать класс TemporaryFolder. Он создаст временную директорию, в которой и будем работать. Вот пример:

@Rule
public TemporaryFolder tmpFolder = new TemporaryFolder(); 
@Before
public void before() throws IOException {
provider = (Database) factory.create(tmpFolder.newFolder().getAbsolutePath().toString());
}