Мы настолько глубоко «вставили» зависимость, что я не понимаю, откуда она взялась :-) Может сделать эти реквайры чуть более плоскими, например можно запросто делать отдельно
```js
require('config/routes.js');
require('config/express.js');
``` 
и избавиться от `index.js`, прокидывая зависимости в каждый конфиг.

А может лучше конфигурирование в самом `app.js` производить, а из конфига доставать только значения. Исключение — `routes.js`, которому в зависимостях нужен `app`, `controllers` и `db`.