У нас есть метод cd https://github.com/Kolyaj/yandex-disk/blob/master/index.js#L15, меняющий текущую директорию. Потом относительно этой директории можно указывать относительные пути. Тут получается, что destination можно указать только абсолютный. Сделай вместо require('url').resolve('/', destination) вызов this._normalizePath https://github.com/Kolyaj/yandex-disk/blob/master/index.js#L208, как здесь https://github.com/Kolyaj/yandex-disk/blob/master/index.js#L217, тогда всё будет консистентно.