Nie jestem pewien jak to jest przetrzymywane w pliku i parsowane ale może dałoby się przerobić tak aby w momencie parsowania nadawać tym node'om jakieś ID, np. inkrementując jakąś wartość int. Co o tym sądzisz? Czy może być wiele instancji node'ów o tych samych współrzędnych? Jeśli tak to trzeba porównywać wartości składowe.