일단 제가 with를 쓴 건, '소유'를  의미할 때 쓰는 'with'입니다.
즉, 주어진 revision을 '갖는" git object를 찾아라..라는 의미로 쓴 겁니다.
다르게 바꾸면, 
Finds a Git object that has the given revision.이라는 의미죠. 

with와 by에 대해서..
제 생각에 메소드 이름지을 때 알려주신 패턴으로 짓는 건 제가 봤을 때 간략하게 이름으로 찾는다. id로 찾는다는 것을 알려주는 측면에서는 문제 없다고 봐요.

그러나, 설명을 하는 주석에서는 좀더 구체적으로 쓰는게 좋다고 생각했어요, 
보통 by를 수단  또는 방법의 의미로 쓸 때는 by 동사+ing 형으로 가는데요. 
주어진 한국어에서는 revision을 가져오되 어떤 방식으로 revision을 이용해서 git object를 가져오라는 지 드러나지 않고 있어요.

그래서 맨처음에 질문드린거고요,  참조값에 해당하는 것을 가져오라는 뜻이라고 설명해주셔서, 
저는 주어진 참조값을 갖고 있는 git object를 가져오라는 말로 이해해서 영어로 옮긴 것입니다. 

제가 어법 사전을 찾아보니 다음과 같이 by와 with의 차이를 설명해놓았네요.  한번 그대로 옮겨 적어봅니다.

<by(방법, 행위자) and with (도구)>
by 와 with는 모두 어떤 일을 수행한 '방법'을 나타내는 데 쓰이지만 중요한 차이가 있다. 
by는 어떤 결과를 얻기 위해 한'행위'를 나타낼 때 쓴다. 
with는 어떤 결과를 얻기 위해 사용한 '도구'나 '사물'을 나타낼 때 쓴다.  

예) 
I killed the spider by hitting it. 나는 거미를 때려 잡았다. 
I killed the spider with a shoe. 나는 신발로 거미를 죽였다.

I got where I am by hard work.
No you didn't. You got there with your wife's money.