É mais uma tentativa de domain-driven design, de não deixar as classes de entidade como classes burras, sem comportamento. Não acho que fica bagunçado, apensar de meio manual, pois o JAXB faz automaticamente a partir das mesmas classes, gerando JSON/XML a partir de anotações nas classes. As classes de negócio nem participam desse processo. Talvez o melhor seja confiar no JAXB mesmo e remover das instâncias os dados que não devem ser exportados, e assim deixar de lado a JSR JSON.