По [нашей нотации](http://yandex-ui.github.io/stylobate-islands/classnames/#local-modifiers) модификаторы с `_` как раз могут быть, вот только для гапов они тоже таки не совсем подходят, так как они модифицируют не гап, а блок.

Я предлагаю для подобных модификаторов добавлять префикс `with`, аналогично с `is` в `nb-is-disabled`, так будет сразу понятно, что это такой вот глобальный модификатор.

В итоге получим `nb-with-SIZE-SIDE-gap`.

@arteg про рефакторинг см. ссылку выше, об именовании классов. По сути большинство старых блоков с модификаторами становятся полноценными блоками, а грань между элементами и блоками почти стирается.