Se había creado el proyecto en GitHub y estaba vacío.
Se creó el proyecto en NetBeans como algo nuevo.
Luego se cerró NetBeans y se añadieron al proyecto todo lo que ya había hecho.
Ahora lo que se está haciendo es subir lo que había hecho a GitHub.
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Dentro de la carpeta del proyecto de NetBeans hay una llamada 'documentacion' que no la ha creado NetBeans, la he creado yo.
Allí he colocado toda la documentación del proyecto.
También está un jar, su generador y unos procesos por lotes para ejecutar el servidor de ficheros.
Merge origin/master