極座標の可視化クラスの作成はひとまずおいておいて、コード全体のリファクタリング作業。
まだエラーが出る部分があるが、とりあえず形は整ったので一旦コミット
かなり中途半端なところで終える。
まだリファクタリング途中。

次の作業としては、

・getterメソッドが一部参照返しになっているものがあるので直す
（AgentのgetLinksメソッド（これについてはsetLinksを追加するのも検討すべき）、NetworkのgetAgentListメソッド）

・NetworkGraphメソッドで可視化し、ミスっている点を浮き彫りにすること。

である。