このreferenceの値はmpegtsの巡回カウンターみたいな形で動作しているみたいです。
ただし、warningがでるだけで変換そのものには影響でないっぽいので、とりあえず放置します。

本当の意味で変換したかったら、修正すべきではありますが・・・＾＾；
server - clientを挟んできちんと動作するようにしようとおもったのですが、結局標準出力の動作がかんばしくなかったため、お手上げ

代わりにnamedPipeをつかってやったらうまくいきそうなので、そっちでせめてみたいと思います。