Вместо формата concat можно использовать протокол concat, тогда не надо создавать файлов:
-i 'concat:file1|file2'
Но я не знаю как в сперме экранировать вертикальную черту.
http://trac.ffmpeg.org/wiki/How%20to%20concatenate%20(join,%20merge)%20media%20files