vendor/cakephpが消えてしまう件の対処

mac+VirtualBoxの場合、共有フォルダ配下にcomposerなどでゲスト側からファイルを追加すると、ホスト側との同期のタイミング？で追加したファイルが消えてしまう事象がありました。
共有フォルダはVirtualBoxではなくrsyncを使い、ゲスト側で更新されるディレクトリは共有対象外に指定しています。