requirejsの設定を外部ファイル化しました。

grunt requirejs用に外部ファイル。
bootstrapの記述も外部ファイル化しました。

どのJavaScriptを読み込むかは、サーバーサイド側の処理でminify/uglify後のファイルの存在判定で変更します。
subfolder対応

https://github.com/chaplinjs/chaplin-boilerplate-plain#running-the-example