¿Acá es donde modificás el alto del div de pines para que no perder el foco?

Esto yo decía de hacerlo desde jquery y que se modifique sólo cuando tenemos el foco sobre el pin, si saliésemos de ese foco deberíamos preguntamos si estamos en el tooltip.
Si estamos en el tooltip lo seguimos mostrando, si no estamos ni en el tooltip ni en el pin, deberíamos ocultarlo.

Igual parece ir mejor, voy a probarlo desde tu repo.