JavaScript файлы лучше [в конце документа](http://stackoverflow.com/questions/5329807/benefits-of-loading-js-at-the-bottom-as-opposed-to-the-top-of-the-document) перед `</body>`.
CSS файл тут, в `<head>` ([вот рекоммендации от Гугла](https://developers.google.com/speed/docs/best-practices/rendering#PutCSSInHead)).