Flere ændringer til qiime_pipe

Hey,

Der er en del småændringer i dette pull request. De to major ting er:

pick_denovo_otus er omskrevet så alle de underliggende programmer bliver kaldt individuelt. På den måde kan vi slå tree building fra og spare os selv for en del besvær når vi arbejder med ikke-16S data.

QIIME::Pipeline.run inline expander nu options på kommandolinjen. Det har den fordel at vi ikke behøver passe nogen parameter filer til script, og at alle tools nu kan have parametre.

Mens jeg sad og testede det kom der en del bugs frem som skulle være fixet, men det kan være vi skal have en rigtig test til scriptet.