ripristinato file nodes.json completo.
Finalmente non da nessun errore.
Commentato tutti i console.log.
Tolto alcuni attributi styles (stroke-width...) assegnati a nodi e links dal js per usare quelli del css.
Aggiunto svg background al css.
Modificati gli attributi di force (charge ...) per una migliore rappresentazione.
Modificato field su cui mappare il colore (adesso è nodeType). Funziona.