プログラムは概ね完成した。
deleteしていない箇所を修正するなどの必要がある。

 Changes to be committed:
	modified:   Makefile
	renamed:    hmm.cpp -> hmm.hpp
	deleted:    hmm_version2.cpp
	new file:   input/params.txt
	new file:   input/params2.txt
	new file:   input/params3.txt
	new file:   input/sample-RNA.fa
	new file:   input/sample-RNA2.fa
	new file:   input/trna-seq.txt
	modified:   kadai.sh
	renamed:    kadai_out.txt -> kadai1_out.txt
	new file:   kadai1main.cpp
	new file:   kadai2_out.txt
	new file:   kadai2main.cpp
	new file:   kadai3_out.txt
	new file:   kadai3main.cpp