Сухано Женя, 394 группа, FileMap, перезалил

java -cp ../fizteh-java-2014/out -Ddb.file=db.new ru.fizteh.fivt.students.SukhanovZhenya.FileMap.Main <<<'put 1 2; put 2 3; exit '
kormushin :Incorrect arguments
kormushin :No line found
hexdump -C db.new



С точки зрения программы все работает верно. Вы запустили программу без аргументов, дали на вход строку "put 1 2; put 2 3; exit ", что не является отдельной командой. Он вывел, что неправильные аргументы и что поток ввода закончился. Во 2 случае точно так же, ведь наши команды в обычном режиме не заканчиваются на ';'.

Если запустить
java -cp ../fizteh-java-2014/out -Ddb.file=db.new ru.fizteh.fivt.students.SukhanovZhenya.FileMap.Main 'put 1 2; put 2 3; exit '
то все будет корректно.