子プロセスの動作を標準出力へのデータ出力にし、ffmpegでのコンバート動作実行してみました。
いまのところ良い感じに動作しています。

これで、mjpeg + adpcmに変換してフレームの取り出しができたら御の字
フレームの扱い方がおかしかったので、調整した。
h264 + aacのflvデータをmjpeg + adpcmimawavに別々のトラックとして、変換する動作を書きました。
timestampはコピーしてあります。
余計なログ出力を調整しました。
あと、convert動作もこれで問題なさげです。
warningがでて、うっとおしかったので、調整しておいた。
クラス名指定だけでなく、classを設定可能にしました。
デバッグ用にログを出力しています。
h264のfilterDataに対応してみました。
flv動画のflvHeaderがまちがっていたので、調整しました。
displayUnitがlinuxのavconvででてきたので、処理できるようにしておきました。
読み込みが追加されているだけです。
環境変数を設定して機動する動作をつくってみました。
linux向けです。
このreferenceの値はmpegtsの巡回カウンターみたいな形で動作しているみたいです。
ただし、warningがでるだけで変換そのものには影響でないっぽいので、とりあえず放置します。

本当の意味で変換したかったら、修正すべきではありますが・・・＾＾；
server - clientを挟んできちんと動作するようにしようとおもったのですが、結局標準出力の動作がかんばしくなかったため、お手上げ

代わりにnamedPipeをつかってやったらうまくいきそうなので、そっちでせめてみたいと思います。
名前付きpipeを扱うライブラリを書いてみた。
現状のままだと、tailの処理が宙ぶらりんになるので、きちんとprocessを停止するプログラムをかいておきたいところですね。
ちゃんとプロセスを止めるようにした。
あとは、namedPipeをつくる場所をtmpdirあたりにすればいいかな・・・
namedPipeをjava.io.tmpにつくって、おわったら自動的に削除するようにしてみた。
とりあえず目標の動作はできた。