ファイルとディレクトリ構成の整理 (#151)

**【内容】**

* 設定ファイルの位置をコピー先のディレクトリ構成に合わせた。
* ファイル移動に合わせてインストールスクリプトのパスを修正した。
* `mod_passenger.so` のインストール先をアプリケーションディレクトリ内に変更した。
* `redmine.conf` 内のpassenger設定を `passenger.conf` に分けた。


**【動作確認】**

* インストール実行して error, fatal が出ないこと
* 主要な画面を表示して `log/production.log` にエラーが出ないこと（既存のエラーを除く）


**【確認環境】**

* Ubuntu 12.04.5 LTS x86_64
* CentOS 6.5 x86_64


**【補足】**

forkしたリポジトリ内でテスト用のブランチにpull request送ってマージできることを確認しましたが、github上でPR取り込んだブランチを作業ディレクトリ上にpullするとsubmodule移動のコミットが「add by us: ～」になってしまいます。