変換動作をとりあえずつくってみましたが、macのpipeの動作として、outputStreamにcloseをかけないと出力データが反映されない形になっているみたいです。(これはprocessBuilderをつかったときと同じ感じになっています。)

別プロセスにして動作させてうまくいくのは、linuxのときだけなのかもしれませんね。