Correccion

se cambia la linea 550 var zIndex = parseInt(this.element.parents()... por var zIndex = parseInt($("body").children()...

Cuando se encuentran dos divs a la misma altura, en uno de estos divs se encuentra el datepicker y en otro div se encuentra un elemento con un z-index mayor al cualquier otro elemento, este se sobrepone por el datepicker, ya que no pertenece a los parents del datepicker. Es mejor buscar del body hacia abajo, con la funcion children.